laporan isolasi dna jadi2
DESCRIPTION
isolasi dnaTRANSCRIPT
ISOLASI DNA TANAMAN dan
ELEKTROFORESIS DNALaporan Praktikum Genetika
Diajukan Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Mata Kuliah Genetika (BI409)
Disusun oleh
Kelompok 1 Kelas B
Ridwan Maulana (0704739)
Adriana (0706685)
Eva Hafida (0704558)
Jeina Kranimulia Putri (0608383)
Noviyanti F (0704401)
Ratna Sari Murti (0700733)
Zea Zetina (0704479)
JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS PENDIDIKAN INDONESIA
2010
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler DNA terdapat
pada nukleus mitikondria dan kloroplas Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas yaitu hanya mewariskan
sifat-sifat yang berasal dari garis ibu Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua Dilihat dari organismenya struktur DNA prokariot tidak
memiliki protein histon dan berbentuk sirkular sedangkan DNA eukariot berbentuk linier
dan memiliki protein histon
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-
komponennya yaitu gula pentosa (deoksiribosa) gugus fosfat dan pasangan basa Sebuah
sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh
sistem kehidupan Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki
suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom DNA juga dapat diisolasi
baik pada manusia maupun tumbuhan DNA manusia dapat diisolasi melalui darah
Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih karena memiliki nukleus dimana
terdapat DNA didalamnya
DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontamoinasi oleh polisakarida
dan metabolit sekunder seperti tannin pigmen alkaloid dan flavonoid Salah satu
kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi dinding sel untuk
melepaskan isi sel Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki dinding sel yang kuat
dan pada beberapa tanaman kontaminasi sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat
Kehadiran kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas enzim misalnya DNA tidak
sensitive oleh enzim retriksi dsan mengganggu proses amplifikasi DNA dengan PCR
Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan
mengidentifikasi mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNARNA Cara
pemisahan dengan elektroforesisi ini merupakan alat pendukung yang sangat pokok
dalam teknologi DNA rekombinan dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk
pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA
12 Tujuan
1 Dapat melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman
2 Dapat memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA
13 Dasar Teori
Isolasi DNA
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo 2004 57)
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom Genom meliputi bagian gen
yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme DNA genom meliputi gen
danintergen(Campbell dkk2004221)
DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk Organisme
prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular sedangkan organisme eukariotik mempunyai
DNA berbentuk linier DNA eukariot terletak dalam inti sel sedangkan DNA prokariot
terletak dalam sitoplasma (Jusuf 20017)
Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick Mereka
memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind
Franklin dan Maurice Wilkins Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA
merupakan rantai ganda (double helix) Untai ganda tersusun dari dua rantai
polinukelotida yang terpilin Kedua rantai memiliki susunan antiparalel yaitu satu rantai
berorientasi dari ujung 5rsquo ke 3rsquosedangkan yang lain berorientasi ujung 3rsquo ke 5rsquo Ujung 5rsquo
merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3rsquo berakhir dengan
gugus OH Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan
kedua basa nitrogen (Sadava dkk2004218--220)
Komponen nukleotida DNA adalah gula fosfat dan basa nitrogen Komponen gula pada
DNA adalah gula deoksiribosa yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen
Basa yang ada pada DNA ada dua macam yaitu purin dan pirimidin Purin terbagi lagi
menjadi dua macam yaitu adenin dan guanin Pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu timin
dansitosin (Sadava dkk2004219)
DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita Hal tersebut
dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup
Fungsi-fungsi tersebut adalah
1 Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava
dkk2004220)
2 Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekul-
molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis yaitu fungsi DNA untuk
mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 199959)
DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus tetapi dapat ditemukan pada
mitokondria dan kloroplas DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat
berbentuk sirkular terdiri dari untai ganda replikasi semikonservatif dan bebas dari
protein histon DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven amp Johnson 2002
94) DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik DNA prokariot mempunyai DNA
ekstranuklear yang dinamakan plasmid Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu
esensial bagi fungsi kehidupan bakteri tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan
perumbuhan dalam lokasi hidupnya
Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan
basa Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi
diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua
plasmid tereplikasi (Pierce2005203)
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya ada
dua yaitu sentrifugasi dan presipitasi Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada
bagian atas tabung
Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran (Alberts dkk 1994 254)
Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA
Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)
dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA
Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida
yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru
Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm
dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA
diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm
dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada
260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah
sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi
protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio
260280 lebih rendah dari 18
DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi
menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang
berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal
Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih
lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi
diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan
untuk perbandingan identifikasi dan analisis
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA
dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil
yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi
hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel
melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia KIRSMAN832010isolasi DNA
Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini
dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul
misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan
melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap
massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan
dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati
dan kondisi elektris lingkungan
Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah
medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan
mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA
Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV
Jenis Elektroforesis
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase
diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak terutama ialah ion-ion
kompleks Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem
pemisahan Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat
terlarut luas penampang tegangan yang digunakan konsentrasi elektrolit kekuatan ion
pH viskositas dan adsorpsivitas zat terlarut
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel
kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-
protein Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media
14 Metode Kerja
Isolasi DNA Tanaman
Alat
mikrovivet berbagai ukuran
tabung 15 ml
tips mikropipet berbagai ukuran
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender lumping
Bahan
buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB
2)
Potasium asetat 5 M
SDS 20
Kloroform Isoamil alcohol (241)
Alkohol 100 (pa)
TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)
Buah strowberi
CTAB 2
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
BAB I
PENDAHULUAN
11 Latar Belakang
DNA adalah asam nukleat yang mengandung materi genetik dan berfungsi untuk
mengatur perkembangan biologis seluruh bentuk kehidupan secara seluler DNA terdapat
pada nukleus mitikondria dan kloroplas Perbedaan ketiganya adalah DNA nukleus
berbentuk linier dan berasosiasi sangat erat dengan protein histon sedangkan DNA
mitokondria dan kloroplas berbentuk sirkular dan tidak berasosiasi dengan protein histon
Selain itu DNA mitokondria dan kloroplas memiliki ciri khas yaitu hanya mewariskan
sifat-sifat yang berasal dari garis ibu Sedangkan DNA nukleus memiliki pola pewarisan
sifat dari kedua orangtua Dilihat dari organismenya struktur DNA prokariot tidak
memiliki protein histon dan berbentuk sirkular sedangkan DNA eukariot berbentuk linier
dan memiliki protein histon
DNA memiliki struktur pilinan utas ganda yang anti pararel dengan komponen-
komponennya yaitu gula pentosa (deoksiribosa) gugus fosfat dan pasangan basa Sebuah
sel memiliki DNA yang merupakan materi genetik dan bersifat herediter pada seluruh
sistem kehidupan Genom adalah set lengkap dari materi genetik (DNA) yang dimiliki
suatu organisme dan terorganisasi menjadi kromosom DNA juga dapat diisolasi
baik pada manusia maupun tumbuhan DNA manusia dapat diisolasi melalui darah
Komponen darah yang diisolasi yaitu sel darah putih karena memiliki nukleus dimana
terdapat DNA didalamnya
DNA yang diisolasi dari tanaman seringkali terkontamoinasi oleh polisakarida
dan metabolit sekunder seperti tannin pigmen alkaloid dan flavonoid Salah satu
kesulitan isolasi DNA dari tanaman tinggi adalah proses destruksi dinding sel untuk
melepaskan isi sel Hal ini disebabkan karena tanaman memiliki dinding sel yang kuat
dan pada beberapa tanaman kontaminasi sulit dipisahkan dari ekstrak asam nukleat
Kehadiran kontaminasi diatas dapat menghambat aktivitas enzim misalnya DNA tidak
sensitive oleh enzim retriksi dsan mengganggu proses amplifikasi DNA dengan PCR
Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan
mengidentifikasi mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNARNA Cara
pemisahan dengan elektroforesisi ini merupakan alat pendukung yang sangat pokok
dalam teknologi DNA rekombinan dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk
pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA
12 Tujuan
1 Dapat melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman
2 Dapat memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA
13 Dasar Teori
Isolasi DNA
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo 2004 57)
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom Genom meliputi bagian gen
yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme DNA genom meliputi gen
danintergen(Campbell dkk2004221)
DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk Organisme
prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular sedangkan organisme eukariotik mempunyai
DNA berbentuk linier DNA eukariot terletak dalam inti sel sedangkan DNA prokariot
terletak dalam sitoplasma (Jusuf 20017)
Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick Mereka
memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind
Franklin dan Maurice Wilkins Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA
merupakan rantai ganda (double helix) Untai ganda tersusun dari dua rantai
polinukelotida yang terpilin Kedua rantai memiliki susunan antiparalel yaitu satu rantai
berorientasi dari ujung 5rsquo ke 3rsquosedangkan yang lain berorientasi ujung 3rsquo ke 5rsquo Ujung 5rsquo
merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3rsquo berakhir dengan
gugus OH Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan
kedua basa nitrogen (Sadava dkk2004218--220)
Komponen nukleotida DNA adalah gula fosfat dan basa nitrogen Komponen gula pada
DNA adalah gula deoksiribosa yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen
Basa yang ada pada DNA ada dua macam yaitu purin dan pirimidin Purin terbagi lagi
menjadi dua macam yaitu adenin dan guanin Pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu timin
dansitosin (Sadava dkk2004219)
DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita Hal tersebut
dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup
Fungsi-fungsi tersebut adalah
1 Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava
dkk2004220)
2 Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekul-
molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis yaitu fungsi DNA untuk
mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 199959)
DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus tetapi dapat ditemukan pada
mitokondria dan kloroplas DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat
berbentuk sirkular terdiri dari untai ganda replikasi semikonservatif dan bebas dari
protein histon DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven amp Johnson 2002
94) DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik DNA prokariot mempunyai DNA
ekstranuklear yang dinamakan plasmid Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu
esensial bagi fungsi kehidupan bakteri tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan
perumbuhan dalam lokasi hidupnya
Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan
basa Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi
diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua
plasmid tereplikasi (Pierce2005203)
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya ada
dua yaitu sentrifugasi dan presipitasi Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada
bagian atas tabung
Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran (Alberts dkk 1994 254)
Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA
Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)
dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA
Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida
yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru
Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm
dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA
diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm
dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada
260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah
sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi
protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio
260280 lebih rendah dari 18
DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi
menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang
berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal
Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih
lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi
diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan
untuk perbandingan identifikasi dan analisis
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA
dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil
yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi
hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel
melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia KIRSMAN832010isolasi DNA
Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini
dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul
misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan
melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap
massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan
dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati
dan kondisi elektris lingkungan
Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah
medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan
mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA
Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV
Jenis Elektroforesis
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase
diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak terutama ialah ion-ion
kompleks Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem
pemisahan Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat
terlarut luas penampang tegangan yang digunakan konsentrasi elektrolit kekuatan ion
pH viskositas dan adsorpsivitas zat terlarut
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel
kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-
protein Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media
14 Metode Kerja
Isolasi DNA Tanaman
Alat
mikrovivet berbagai ukuran
tabung 15 ml
tips mikropipet berbagai ukuran
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender lumping
Bahan
buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB
2)
Potasium asetat 5 M
SDS 20
Kloroform Isoamil alcohol (241)
Alkohol 100 (pa)
TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)
Buah strowberi
CTAB 2
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
Elektroforesis dengan Agarose merupakan metode standar untuk memisahkan
mengidentifikasi mengkarakterisasi dan purifikasi dari molekul DNARNA Cara
pemisahan dengan elektroforesisi ini merupakan alat pendukung yang sangat pokok
dalam teknologi DNA rekombinan dengan aplikasi yang begitu luas baik untuk
pemisahan untai tunggal atau untai ganda molekul DNA
12 Tujuan
1 Dapat melakukan isolasi DNA dari berbagai jenis tanaman
2 Dapat memahami cara kerja senyawa yang digunakan untuk mengisolasi DNA
13 Dasar Teori
Isolasi DNA
Deoxyribonucleic acid (DNA) merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi genetik
makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya (Suryo 2004 57)
Keseluruhan DNA dalam suatu sel akan membentuk genom Genom meliputi bagian gen
yang fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme DNA genom meliputi gen
danintergen(Campbell dkk2004221)
DNA organisme prokariot dan eukariot mempunyai perbedaan bentuk Organisme
prokariot memiliki DNA berbentuk sirkular sedangkan organisme eukariotik mempunyai
DNA berbentuk linier DNA eukariot terletak dalam inti sel sedangkan DNA prokariot
terletak dalam sitoplasma (Jusuf 20017)
Struktur DNA pertama kali dijelaskan oleh James Watson dan Francis Crick Mereka
memperoleh model DNA dari hasil foto difraksi sinar X yang dibuat oleh Rosalind
Franklin dan Maurice Wilkins Watson dan Crick menyimpulkan bahwa struktur DNA
merupakan rantai ganda (double helix) Untai ganda tersusun dari dua rantai
polinukelotida yang terpilin Kedua rantai memiliki susunan antiparalel yaitu satu rantai
berorientasi dari ujung 5rsquo ke 3rsquosedangkan yang lain berorientasi ujung 3rsquo ke 5rsquo Ujung 5rsquo
merupakan ujung yang berakhir dengan gugus 5-fosfat dan ujung 3rsquo berakhir dengan
gugus OH Kedua rantai dihubungkan dengan ikatan hidrogen yang memghubungkan
kedua basa nitrogen (Sadava dkk2004218--220)
Komponen nukleotida DNA adalah gula fosfat dan basa nitrogen Komponen gula pada
DNA adalah gula deoksiribosa yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen
Basa yang ada pada DNA ada dua macam yaitu purin dan pirimidin Purin terbagi lagi
menjadi dua macam yaitu adenin dan guanin Pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu timin
dansitosin (Sadava dkk2004219)
DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita Hal tersebut
dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup
Fungsi-fungsi tersebut adalah
1 Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava
dkk2004220)
2 Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekul-
molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis yaitu fungsi DNA untuk
mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 199959)
DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus tetapi dapat ditemukan pada
mitokondria dan kloroplas DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat
berbentuk sirkular terdiri dari untai ganda replikasi semikonservatif dan bebas dari
protein histon DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven amp Johnson 2002
94) DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik DNA prokariot mempunyai DNA
ekstranuklear yang dinamakan plasmid Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu
esensial bagi fungsi kehidupan bakteri tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan
perumbuhan dalam lokasi hidupnya
Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan
basa Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi
diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua
plasmid tereplikasi (Pierce2005203)
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya ada
dua yaitu sentrifugasi dan presipitasi Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada
bagian atas tabung
Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran (Alberts dkk 1994 254)
Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA
Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)
dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA
Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida
yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru
Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm
dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA
diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm
dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada
260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah
sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi
protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio
260280 lebih rendah dari 18
DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi
menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang
berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal
Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih
lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi
diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan
untuk perbandingan identifikasi dan analisis
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA
dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil
yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi
hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel
melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia KIRSMAN832010isolasi DNA
Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini
dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul
misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan
melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap
massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan
dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati
dan kondisi elektris lingkungan
Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah
medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan
mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA
Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV
Jenis Elektroforesis
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase
diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak terutama ialah ion-ion
kompleks Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem
pemisahan Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat
terlarut luas penampang tegangan yang digunakan konsentrasi elektrolit kekuatan ion
pH viskositas dan adsorpsivitas zat terlarut
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel
kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-
protein Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media
14 Metode Kerja
Isolasi DNA Tanaman
Alat
mikrovivet berbagai ukuran
tabung 15 ml
tips mikropipet berbagai ukuran
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender lumping
Bahan
buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB
2)
Potasium asetat 5 M
SDS 20
Kloroform Isoamil alcohol (241)
Alkohol 100 (pa)
TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)
Buah strowberi
CTAB 2
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
Komponen nukleotida DNA adalah gula fosfat dan basa nitrogen Komponen gula pada
DNA adalah gula deoksiribosa yaitu gula ribose yang kehilangan satu atom oksigen
Basa yang ada pada DNA ada dua macam yaitu purin dan pirimidin Purin terbagi lagi
menjadi dua macam yaitu adenin dan guanin Pirimidin terdiri dari dua jenis yaitu timin
dansitosin (Sadava dkk2004219)
DNA mempunyai fungsi-fungsi yang sangat penting bagi tubuh kita Hal tersebut
dikarenakan DNA merupakan molekul kehidupan utama di dalam sel makhluk hidup
Fungsi-fungsi tersebut adalah
1 Tempat menyimpan dan menyalurkan informasi genetik suatu makhluk hidup (Sadava
dkk2004220)
2 Fungsi heterokatalis yaitu fungsi untuk melaksanakan pengaturan pembuatan molekul-
molekul lain yang penting dalam tubuh dan fungsi autokatalis yaitu fungsi DNA untuk
mereplikasi dirinya sendiri (Suryo 199959)
DNA eukariot tidak hanya dijumpai pada nukleus tetapi dapat ditemukan pada
mitokondria dan kloroplas DNA yang diisolasi dari kloroplas menunjukkan sifat
berbentuk sirkular terdiri dari untai ganda replikasi semikonservatif dan bebas dari
protein histon DNA kloroplas penting dalam proses fotosintesis (Raven amp Johnson 2002
94) DNA juga dijumpai pada organisme prokariotik DNA prokariot mempunyai DNA
ekstranuklear yang dinamakan plasmid Plasmid merupakan DNA yang tidak terlalu
esensial bagi fungsi kehidupan bakteri tetapi penting dalam pengaturan siklus hidup dan
perumbuhan dalam lokasi hidupnya
Kebanyakan plasmid adalah sirkular dan tersusun dari beberapa ribu pasangan
basa Plasmid mempunyai titik ori (origin of replication) sehingga mampu mereplikasi
diri tanpa pengaturan dari DNA kromosom Replikasi dimulai dari titik ori hingga semua
plasmid tereplikasi (Pierce2005203)
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA Prinsipnya ada
dua yaitu sentrifugasi dan presipitasi Sentrifugasi merupakan teknik untuk memisahkan
campuran berdasarkan berat molekul komponennya Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada
bagian atas tabung
Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran (Alberts dkk 1994 254)
Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA
Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)
dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA
Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida
yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru
Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm
dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA
diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm
dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada
260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah
sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi
protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio
260280 lebih rendah dari 18
DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi
menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang
berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal
Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih
lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi
diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan
untuk perbandingan identifikasi dan analisis
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA
dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil
yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi
hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel
melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia KIRSMAN832010isolasi DNA
Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini
dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul
misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan
melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap
massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan
dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati
dan kondisi elektris lingkungan
Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah
medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan
mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA
Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV
Jenis Elektroforesis
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase
diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak terutama ialah ion-ion
kompleks Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem
pemisahan Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat
terlarut luas penampang tegangan yang digunakan konsentrasi elektrolit kekuatan ion
pH viskositas dan adsorpsivitas zat terlarut
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel
kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-
protein Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media
14 Metode Kerja
Isolasi DNA Tanaman
Alat
mikrovivet berbagai ukuran
tabung 15 ml
tips mikropipet berbagai ukuran
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender lumping
Bahan
buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB
2)
Potasium asetat 5 M
SDS 20
Kloroform Isoamil alcohol (241)
Alkohol 100 (pa)
TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)
Buah strowberi
CTAB 2
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan berada pada
bagian atas tabung
Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam fraksi yang terpisah yaitu
supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian bawah (Campbell dkk 2002 115)
Presipitasi merupakan langkah yang dilakukan untuk mengendapkan suatu komponen
dari campuran (Alberts dkk 1994 254)
Sebuah difenilamin (DPA) indikator akan mengkonfirmasi keberadaan DNA
Prosedur ini melibatkan hidrolisis kimia DNA ketika dipanaskan (misalnya ge 95 deg C)
dalam asam reaksi memerlukan gula deoksiribosa dan karena itu spesifik untuk DNA
Dengan kondisi tersebut 2-deoksiribosa akan dikonversi ke w-hydroxylevulinyl aldehida
yang bereaksi dengan senyawa difenilamin untuk menghasilkan senyawa berwarna biru
Konsentrasi DNA dapat ditentukan mengukur intensitas absorbansi larutan pada 600 nm
dengan spektrofotometer dan membandingkan dengan kurva standar konsentrasi DNA
diketahui Mengukur intensitas absorbansi larutan DNA pada panjang gelombang 260 nm
dan 280 nm digunakan sebagai ukuran kemurnian DNA DNA menyerap sinar UV pada
260 dan 280 nanometer dan protein aromatik menyerap sinar UV pada 280 nm sebuah
sampel DNA murni memiliki rasio 260280 pada 18 dan relatif bebas dari kontaminasi
protein Sebuah persiapan DNA yang terkontaminasi dengan protein akan memiliki rasio
260280 lebih rendah dari 18
DNA bisa diukur dengan memotong DNA dengan enzim restriksi
menjalankannya pada gel agarosa pewarnaan dengan bromida etidium atau noda yang
berbeda dan membandingkan intensitas DNA dengan penanda DNA konsentrasi dikenal
Menggunakan teknik Southern blot ini diukur DNA dapat diisolasi dan diperiksa lebih
lanjut menggunakan analisis PCR dan RFLP Prosedur ini memungkinkan diferensiasi
diulang dalam urutan genom Ini adalah teknik-teknik yang ilmuwan forensik digunakan
untuk perbandingan identifikasi dan analisis
Zubaidah (2004) dalam Jamilah (2005) menyatakan bahwa isolasi DNA dapat
dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain preparasi ekstrak sel pemurnian DNA
dari ekstrsk sel dan presipitasi DNA Meskipun isolasi DNA dapat dilakukan dengan
berbagai cara akan tetapi pada setiap jenis atau bagian tanaman dapat memberikan hasil
yang berbeda hal ini dikarenakan adanya senyawa polifenol dan polisakarida dalam
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi
hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel
melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia KIRSMAN832010isolasi DNA
Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini
dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul
misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan
melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap
massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan
dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati
dan kondisi elektris lingkungan
Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah
medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan
mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA
Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV
Jenis Elektroforesis
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase
diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak terutama ialah ion-ion
kompleks Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem
pemisahan Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat
terlarut luas penampang tegangan yang digunakan konsentrasi elektrolit kekuatan ion
pH viskositas dan adsorpsivitas zat terlarut
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel
kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-
protein Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media
14 Metode Kerja
Isolasi DNA Tanaman
Alat
mikrovivet berbagai ukuran
tabung 15 ml
tips mikropipet berbagai ukuran
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender lumping
Bahan
buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB
2)
Potasium asetat 5 M
SDS 20
Kloroform Isoamil alcohol (241)
Alkohol 100 (pa)
TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)
Buah strowberi
CTAB 2
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
konsentrasi tinggi yang dapat menghambat pemurnian DNA Jika isolasi DNA dilakukan
dengan sample buah maka kadar air pada masing-masing buah berbeda dapat memberi
hasil yang berbeda-beda pula Semakin tinggi kadar air maka sel yang terlarut di dalam
ekstrak akan semakin sedikit sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit
Penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat menyebabkan rusaknya membrane sel
melalui ikatan yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak
pada membrane membentuk senyawa ldquolipid protein-deterjen kompleksrdquo Senyawa
tersebut dapat terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan
hidrofobik demikian juga dengan deterjen sehingga dapat membentuk suatu ikatan
kimia KIRSMAN832010isolasi DNA
Elektroforesis
Elektroforesis adalah teknik pemisahan komponen atau molekul bermuatan
berdasarkan perbedaan tingkat migrasinya dalam sebuah medan listrik Medan listrik
dialirkan pada suatu medium yang mengandung sampel yang akan dipisahkan Teknik ini
dapat digunakan dengan memanfaatkan muatan listrik yang ada pada makromolekul
misalnya DNA yang bermuatan negatif Jika molekul yang bermuatan negatif dilewatkan
melalui suatu medium kemudian dialiri arus listrik dari suatu kutub ke kutub yang
berlawanan muatannya maka molekul tersebut akan bergerak dari kutub negatif ke kutub
positif [2] Kecepatan gerak molekul tersebut tergantung pada nisbah muatan terhadap
massanya serta tergantung pula pada bentuk molekulnya Pergerakan ini dapat dijelaskan
dengan gaya Lorentz yang terkait dengan sifat-sifat dasar elektris bahan yang diamati
dan kondisi elektris lingkungan
Keterangan F adalah gaya Lorentz q adalah muatan yang dibawa oleh objek E adalah
medan listrik Secara umum elektroforesis digunakan untuk memisahkan
mengidentifikasi dan memurnikan fragmen DNA
Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV
Jenis Elektroforesis
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase
diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak terutama ialah ion-ion
kompleks Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem
pemisahan Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat
terlarut luas penampang tegangan yang digunakan konsentrasi elektrolit kekuatan ion
pH viskositas dan adsorpsivitas zat terlarut
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel
kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-
protein Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media
14 Metode Kerja
Isolasi DNA Tanaman
Alat
mikrovivet berbagai ukuran
tabung 15 ml
tips mikropipet berbagai ukuran
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender lumping
Bahan
buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB
2)
Potasium asetat 5 M
SDS 20
Kloroform Isoamil alcohol (241)
Alkohol 100 (pa)
TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)
Buah strowberi
CTAB 2
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
Pita DNA Setelah Elektroforesis dan Diamati di Bawah Sinar UV
Jenis Elektroforesis
Elektroforesis kertas adalah jenis elektroforesis yang terdiri dari kertas sebagai fase
diam dan partikel bermuatan yang terlarut sebagai fase gerak terutama ialah ion-ion
kompleks Pemisahan ini terjadi akibat adanya gradasi konsentrasi sepanjang sistem
pemisahan Pergerakan partikel dalam kertas tergantung pada muatan atau valensi zat
terlarut luas penampang tegangan yang digunakan konsentrasi elektrolit kekuatan ion
pH viskositas dan adsorpsivitas zat terlarut
Elektroforesis gel ialah elektroforesis yang menggunakan gel sebagai fase diam untuk
memisahkan molekul-molekul Awalnya elektoforesis gel dilakukan dengan medium gel
kanji (sebagai fase diam) untuk memisahkan biomolekul yang lebih besar seperti protein-
protein Kemudian elektroforesis gel berkembang dengan menjadikan agarosa dan
poliakrilamida sebagai gel media
14 Metode Kerja
Isolasi DNA Tanaman
Alat
mikrovivet berbagai ukuran
tabung 15 ml
tips mikropipet berbagai ukuran
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender lumping
Bahan
buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB
2)
Potasium asetat 5 M
SDS 20
Kloroform Isoamil alcohol (241)
Alkohol 100 (pa)
TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)
Buah strowberi
CTAB 2
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
14 Metode Kerja
Isolasi DNA Tanaman
Alat
mikrovivet berbagai ukuran
tabung 15 ml
tips mikropipet berbagai ukuran
saringan
gelas kimia
sendok
penangas
vorteks
mini sentrifuga
blender lumping
Bahan
buffer ekstraksi (100 mM tris- HCl Ph 8 50 mM EDTA 500 mM NaCl CTAB
2)
Potasium asetat 5 M
SDS 20
Kloroform Isoamil alcohol (241)
Alkohol 100 (pa)
TE (10 mM Tris-HCl 1 mM EDTA pH 8)
Buah strowberi
CTAB 2
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
Elektoforesis DNA
Range pemisahan molekul DNA dengan agarose gel
Agarose Seaparsi optimal dari
molekul DNA (Kb)
03 50-60
06 10-20
07 08-10
09 05-70
12 04-60
15 02-40
20 01-30
Bahan kimia
Buffer TAE 10 X (400 mM Tris asetat 10 mM EDTA Ph 8 )
Eidium bromida
Loading buffer
DNA Marker
Agarose
Alat dan bahan
Elektroforesis unit (meliputi comb dan tray)
Power suply
Mikropipet digital
Transilluminator UV
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
BAB II
HASIL PENGAMATAN
Tabel 1 Hasil Pengamatan Isolasi DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Setelah sentrifuge kedua dengan kecepatan 14000rpm selama 10 menit
Warna merah muda
Sampel di homogenkan dengan cara dibolak-balik sebanyak 50x
Setelah di sentrifuge dengan kecepatan 14000 rpm selama 10 menit
Larutan Bening
DNA
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
Tabel 2 Pengamatan Hasil Elektroforensis DNAFoto Hasil Pengamatan Keterangan
Tambahkan loading dye kedalam sampel dengan perbandingan 5 bagian sampel DNA dan 2 bagian Loading dye
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
Sampel dimasukkan ke dalam sumur yang terdapat dalam gel alat siap dipasang dan disambungkan ke sumber listrik( elektroforesis pada daya 100 volt selama 30 menit )
Fragmen DNA yg sempurna karena tidak terurai Kontrol fragmen-fragmen DNA
Fragmen DNA yang banyak terurai dan kurang sempurna
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
PERTANYAAN DAN JAWABAN
Isolasi DNA
1 Hitung jumlah senyawa yang dimasukka pada tahapan kerja nomer 5 14 dan 18
Buffer ekstraksi sebanyak 4 kali volume total sampel = 4 x
Kloroform Isoamil Alkohol sebanyak frac12 x volume total sampel = frac12 x
Alkohol sebanyak 2 x volume total sampel = 2 x2 Jelaskan apa fungsi senyawa-
senyawa yang digunakan dalam isolasi DNA Buffer ekstraksi berperan dalam proses
destruksi jaringan tanaman sehingga terjadi degradasi pada DNA
SDS berfungsi sebagai detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi
protein
Kloroform Isoamil Alkohol membantu proses denaturasi protein yang masih
menempel pada kromosom
Alkohol digunakan untuk mempresipitasi asam nukleat
Elektroforesis DNA
1 Coba sebutkan manakah yang disebut DNA pada hasil elektroforesis anda
2 Mengapa DNA hanya dapat diamati dengan bantuan sinar UV Jelaskan DNA
berukuran sangat kecil dan sulit untuk diamati oleh karena itu untuk memudahkan
pengamatan DNA diwarnai menggunakan Etidium bromida Etidium bromida ini akan
berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah lampu
UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
3 Apakah Etidium Bromide Bagaimana cara kerja Etidium bromida dalam proses
pewarnaan DNA Etidium bromida seperti telah disebutkan di atas adalah pewarna
yang digunakan untuk mempermudah pengamatan DNA dalam gel Etidium bromida
akan berinteraksi dengan basa dari molekul DNA dan baru akan tampak jika di bawah
lampu UV warnanya rsquoorange fluoresencersquo
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
BAB III
PEMBAHASAN
Isolasi DNA
Pada praktikum isolasi DNA dilakukan isolasi terhadap tanaman strawberry
Isolasi DNA ini dilakukan melalui beberapa tahap Tahap pertama yang dilakukan yaitu
mengisolasi jaringan yang ingin digunakan dengan mengambil beberapa bagian dagiang
buah strawberry yang dihancurkan didalam tabung Tahap selanjutnya yaitu melisiskan
dinding dan membran sel dengan larutan pelisis yaitu menggunakan larutan buffer
ekstraksi
Untuk mengisolasi jaringan buah strawberry maka jaringan tanaman tersebut
yang masih memiliki komponen-komponen lengkap perlu dipisahkan satu dengan lainnya
sehingga yang tersisa hanya sel darah putih Karena itu ke dalam tabung diberikan larutan
pelisis sel yaitu buffer ekstraksi seperti yang dipaparkan di atas yang merupakan larutan
hipotonis Karena larutan tersebut hipotonis maka akan terjadi hemolisis Larutan pelisis
sel terdiri atas EDTA (ethylenediamine tetraacetic acid) yang akan membentuk kompleks
(chelate) dengan ion logam seperti Mg2+ yang merupakan kofaktor DNAse Selain itu
dalam larutan tersebut juga terdapat larutan NaCL yang berfungsi untuk menstabilkan
larutan sehingga mempercepat reaksi-raksi yang akan terjadi pada tahapan berikutnya
Untuk melisiskan membran sel dan membran nukleus sel tanaman yang terisolasi
tadi diberikan pula larutan SDS (Sodium Dodecyl Sulfate) yang berfungsi untuk merusak
lipid pada membran sel sehingga leukosit hancur Pada saat proses destruksi jaringan
tanaman dapat menyebabkan degradasi pada DNA dengan adanya aktivitas enzim
endonuklease karena itu digunakan buffer ekstraksi yang mengandung senyawa Tris
EDTA CTAB potassium asetat dan SDS Senyawa CTAB dan SDS merupakan
detergen yang dapat melisis dinding sel dan mendenaturasi protein Selain itu CTAB dan
EDTA adalah senyawa inhibitor yang dapat menghambat aktivitas enzim nuclease
Kemudian sampel tersebut dihomogenkan dengan menggunakan vortekx Setelah
dihomogenkan warna larutan berubah menjadi merah
Sampel yang telah homogen kemudian diinkubasikan setelah itu diberi larutan
Potassium asetat dan dihomogenkan setelah homogeny sampel disimpan dalam wadah
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
berisi es Potassium asetat adalah senyawa yang berikatan dengan debris sel dan protein
sehingga membentuk senyawa kompleks dengan CTAB-potassium aesta-protein- debris
sel Setelah itu sampel disentrifuga pada kecepatan 14000 rpm selam 10 menit
Setelah sampel disentrifuga terbentuk 2 lapisan fasa atas berupa larutan ekstrak
dan berwarna bening sedangkan fasa bawah berupa endapan yang berwarna merah Fasa
atas yang kemudian diambil untuk digunkan pada tahap selanjutnya Tahap ini disebut
juga dengan tahap purifikasi Tahap ini bertujuan untuk membersihkan sel tanaman dari
zat-zat lainnya
Kemudian pada tahap berikutnya digunakan klorofom isoamil alcohol (241)
yang berperan untuk mendenaturasi protein yang masih menempel pada kromosom
sedangkan untuk mempresipitasi asam nukleat digunakan alkohol 100 Pemberian
alkohol bertujuan untuk membersihkan DNA dari pengotor-pengotornya DNA dalam
alcohol akan terpresipitasi (menggumpal) sedangkan DNA dalam air akan larut tetapi
protein tidak dapat larut dalam air Tahap tersebut merupakan terakhir disebut juga tahap
presipitasi presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein histon sehingga untai-untai
DNA tidak lagi menggulung (coiling) dan berikatan dengan protein histon yang
menyebabkan DNA menjadi terlihat Hal tersebut dapat terlihat dengan adanya benang-
benang endapan DNA pada dasar tabung
Pembahasan Elektroforesis
Pada praktikum elektroforesis kali ini digunakan gel agarose karena dengan
menggunakan gel agarose teknik yang digunakanpun cukup sederhana mudah
penanganannya dan sederhana selain itu gel agarose mempunyai kemampuan pemisahan
dengan range yang cukup luas yaitu mulai 70 pb (pasangan basa) sampai 800000pb
Selainitu penggunaan gel agarose juga mempunyai keuntungan dimana lokasi
dari DNA dalam gel dapat diamati secara insitu dengan menggunakan Etidium Bromida
sebagai pewarna Etidium bromide nantinya akan berinteraksi dengan basa dari molekuk
DNA dan memberikan warna orange Floresance dibawah lampu UV
Hasil penyinaran dibawah lampu UV dapat dilihat berupa potongan pita-pita
DNA yang mempunyai fragmen-fragmenGambar pada hasil pengamatan kami
ditemukan salah satunya potongan fragmen pita DNA yang banyak terurai dan kurang
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
sempurna karena pengaruh konsentrasi agarose yang menyebabkan DNA
bermigrasisehingga fragmen-fragmennya lebih besar
Bab IV
Kesimpulan
DNA juga dapat diisolasi baik pada manusia maupun pada tumbuhan Pada
praktikum isolasi DNA dari tanaman digunakan jaringan tanaman yang mengandung
sedikit kontaminan yaitu menggunakan daging buah Prinsip-prinsip dalam melakukan
isolasi DNA ada 2 yaitu sentrifugasi dan presipitasi Isolasi DNA memiliki beberapa
tahapan yaitu isolasi jaringan dinding dan membran sel dilisiskan ekstraksi dalam
larutan purifikasi dan presipitasi
Dari hasil pengamatan dapat dilihat hasil dari tahap-tahap yang telah dilakukan
Isolasi DNA telah berhasil dilakukan Hal tersebut dilihat dengan adanya benang-benang
DNA yang terbentuk Terbentuknya benang-benang tersebuut juga merupakan hasil dari
proses tahapan-tahapan yang dilakukan dengan menggunakan larutan senyawa-senya
tertentu
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
DAFTAR PUSTAKA
Achmmad Wendy 2010 Isolasi DNA
httpwwwmacnaturecom201002isolasi-dna-referensi-terpercayahtml
httpenwikipediaorgwikiDNA_extraction )
httpkirsman83weeblcom2post201001isolasi-dna
buahhtmlycom2post201001isolasi-dna-buahhtml
httpidwikipediaorgwikiElektroforesis (diakses pada tanggal 10 Mei 2010)
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
Lampiran Gambar
Proses Penuangan larutan ke dalam sampel dengan menggunakan mikropipet
Sentrifuge
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-
Pipet Ukur
- FAKULTAS PENDIDIKAN MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
-
- PENDAHULUAN
-
- Isolasi DNA Tanaman
- Elektoforesis DNA
- BAB II
-