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LES AGENTS INFECTIEUX
Dr H. MANDIN – 20/10/2016
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CLASSIFICATION DU VIVANT
� Organismes cellulaires :
� Procaryotes (unicellulaires) ►Bactéries
� Eucaryotes :
� Unicellulaires ►Protozoaires
� Parasites
� Pluricellulaires :� Mycètes� Végétaux� Animaux
� Organismes acellulaires :
=Nécessité d’1 cellule hôte pour se multiplier
� Présence d’acides nucléiques :
� Virus
� Absence d’acides nucléiques :
� Prions
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BACTERIES
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DEFINITION
� Procaryote unicellulaire d’~ 1µm
� Ubiquitaire :� Environnement
� Chez l’homme quantité de bactéries 10X > quantité de cellules
� Reproduction par scissiparité(division binaire)
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FORMES POSSIBLES
� Sphéroïde = cocci
� Cocci gram positif :
� En amas : Staphylococcus spp
� Staphylococcus aureus = Staphylocoque doré
� Staphylocoques blancs
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� En chaînettes : Streptocoques spp
� Streptococcus pyogenes = Strepto A
� Streptococcus agalactiae = Strepto B
� Streptococcus pneumoniae = Pneumocoque
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� En diplocoques : Enterococcus spp
� Enterococcus faecalis
� Enterococcus faecium
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� Sphéroïde = cocci
� Cocci gram négatif :
� Neisseria meningitidis = méningocoques > méningites
� Neisseria gonorrhoeae = gonocoque > IST
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� Bâtonnets = bacilles :
� Bacilles gram négatifs :
� Entérobactéries � Escherichia coli� Salmonella spp.
� Pseudomonas aeruginosa (=Pyo)
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� Bacilles gram positifs :
� Corynébactéries� Listeria monocytogenes
� Lactobacillus
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� Bactéries spiralées = spirochètes :
� Treponema pallidum (=Syphilis)
� Leptospirose (endémique aux Antilles+++)
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� Bactéries incurvées :
� Campylobacter spp.
� Bactéries fuselées :
� Fusobacterium (angine de Vincent)
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STRUCTURE : éléments constants
� ADN chromosomique
� Membrane cytoplasmique interne� bicouche de
phospholipides
� Paroi
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STRUCTURE : éléments inconstants
� Membrane externe :
� LPS (lipopolysaccharide)
� Lipide A ► Endotoxine : � TA, hyperthermie, leucopénie…
� Antigène O ► spécificité antigénique = sérotypage Ex : Salmonella typhi (Fièvre typhoïde) / Salmonella entéritidis (GE)
� Adhésines : � Adhérence aux cellules� Formation de biofilms sur matériel étranger (KT, prothèses…)
� Porines : Passage de molécules hydrophiles (ex : ATB)
� COLORATION DE GRAM
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GRAM POSITIF (bleu)� Membrane interne� Paroi épaisse � Pas membrane externe
GRAM NEGATIF (rose)� Membrane interne� Paroi peu épaisse� Membrane externe
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Coloration de gram
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� +/- ADN plasmidique � Ex : gènes de résistance aux ATB
� Capsule :
� Résistance à la bactéricidie sérique► facteur de pathogénicité� Ex : Klebsielle > BMR
� Antigène de capsule K► sérotypage � Ex : Méningocoque A/B/C
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� Pili :
� Pili sexuels : � Conjugaison des bactéries ► transmission de matériel génétique
� Ex : gènes de résistance ATB
� Pili communs : � production d’adhésine ► adhérence aux cellules / matériel
� Flagelles :� mobilité des bactéries� Antigène flagellaire H► sérotypage
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� Cytoplasmique ► synthèse protéique :
� Toxines � Ex : choléra, E.coli entérotoxinogène (turista), Staph
doré (exfoliations, choc toxique, TIAC…)
� Permettant la pénétration intra-cellulaire :� Ex :mycobactéries (tuberculose), Légionelles
� Molécules de résistance : � Aux réactions immunitaires de l’hôte + ATB
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RELATION HÔTE / AGENT INFECTIEUX
� Espèces commensales ► Flores� Normalement présentes = résidentes� Rôle protecteur � Jamais pathogènes ou pathogènes opportunistes dans certaines
conditions
� Espèces pathogènes� Systématiquement responsables d’infections� Différentes localisations, différents mode de transmission
� Espèces saprophytes� Environnement +++� Habituellement inoffensives � Pathogènes opportunistes dans certaines conditions
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Espèces commensales = Flores
� Flore cutanée (102 à 106/cm2) :
� Propionibactrium acnes � Staphylocoque blanc (=coagulase négative) � Corynébactéries � Autres espèces (Entérobactéries…) > flore transitoire
� Flore voies aériennes supérieures (108/ml de sécrétion pharyngée) :
� Streptocoque : αhémolytique, S. pneumoniae � Neisseria : saprophytes, meningitidis � Haemophilus : parainfluenzae, influenzae
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� Flore digestive (1011-1012 bactéries/gr selle) :
� Aérobies (entérobactéries (E.coli), entérocoques,…) � ↓ en descendant
� Anaérobies (Bactéroïdes fragilis, Clostridium…)� ↑ en descendant
� Flore vaginale (108-109 bactéries/ml sécrétions) :
� Anaérobies +++� Lactobacillus ++� Autres espèces :
� Gardnerella vaginalis / Atopobium vaginae / Mobiluncus� Ureaplasmes / Mycoplasmes� Streptocoque B/ Staphylocoque / Entérobactéries…
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Espèces pathogènes
� Localisations humaines et environnementales ►Pathogénicité liée au mode de transmission
� Tellurique :
� Clostridium tetani ► tétanos
� Clostridium perfringens ► gangrène gazeuse
� Bacillus anthracis ► anthrax
� Listeria monocytogenes ► infections NN
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� Hydrique :
� Vibrio cholerae ► choléra � Leptospirose (urines des rats)� Légionellose (tours réfrigérées, bras morts…)
� Agents strictement humains :
� Chlamydia trachomatis : 1èr agent d’IST bactérienne� Neisseria gonorrhoeae chez l’homme (blennoragie) :
2ème agent d’IST bactérienne� Bordetella pertussis : agent de la coqueluche
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Espèces saprophytes
� Habituellement inoffensives
� Environnement� Chez l’homme (flore, portage asymptomatique)
� Environnement : � Pseudomonas aeruginosa (=Pyo)
� tropisme hydrique � Surinfections de plaies / Otites…
� Acinetobacter baumannii
� Stenotrophomonas maltophilia
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Pathogènes opportunistes
� Quand ? : � baisse d’immunité� surinfection � altération des muqueuses….
� Notion de seuils établis par des référentiels différencie :� � Colonisation � � Infection
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AU LABORATOIRE
� QUALITE DU PRELEVEMENT +++
� Respect des conditions d’asepsie ► contamination flore� Ex : hémocultures positives à SCN � Ex : urines contaminées par la flore vaginale et cutanée
� Respect des modalités de prélèvements :� Ex : IST Chlamydia ► 1er jet urinaire car germe intracellulaire
� Respect des conditions d’acheminement� Ex abcès, épanchement, digestif…:
si écouvillon : avec milieu de transport ► anaérobies † avec l’air � Ex prélèvement urétral : délai d’1 heure ► gonocoque † car fragile +++
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Démarche de l’examen bactériologique
� Examen direct J0 ► germes, cellules…:
� Etat frais :� Présence de bactéries, levures, trichomonas…� Numération : leucocytes, hématies…
� Coloration de Gram :� Forme : cocci, bacille…� Coloration : gram +, gram -
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� Cultures J1:
� Milieux solides : boîtes de Pétri� Milieux liquides� Fonction des besoins nutritionnels, sélectifs…
� Identification des germes J2 :
� Caractères biochimiques, sucres…� Galeries d’identification : API� Techniques automatisées
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� Antibiogramme J3 :
� Sensibilité aux ATB
� Milieux liquides� Milieux solides (disques, CMI)
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� Autres techniques :
� Sérologies : recherche d’anticorps dans le sang� Ex : Syphilis
� Recherche d’antigènes dans les sites infectés� Toxine Ex : Clostridium difficile� Sérotypage Ex : Salmonelles, Méningocoques
� Amplification génique PCR
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ATB : mécanisme d’action
1) ß-lactamines, glycopeptides, fosfomycine
2) Colistine, Daptomycine
3) Aminosides , tétracyclines, macrolides et apparentés (MLSK), acide fusidique, phénicolés
4) Fluoroquinolones, rifampicine, nitroimidazolés
5) Sulfamides + Triméthoprime (inhibition synthèse des
folates)
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� Pourquoi tester les ATB ?
� Antibiothérapie probabiliste :
� Infection non documentée� Spectre large ► plusieurs ATB � Pression de sélection de résistance
� Antibiothérapie curative :
� Infection documentée� Spectre restreint ► suppression d’ATB, mode d’action ciblé
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RESISTANCE AUX ATB� Résistance naturelle :
� Sur le chromosome bactérien → transmission verticale
� Caractéristique d’un genre ou d’une espèce
� Phénotype « sauvage »
� Résistance acquise� Espèce naturellement sensible
� 1ou plusieurs mécanismes de résistance
� Acquisition de gènes 80-90%� Transmission horizontale
� Éléments génétiques mobiles Ex : plasmides
� Mutation chromosomique 10-20%� Transmission verticale
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� Modes de résistances
� Imperméabilité membranaire : � Résistance naturelle (taille) ou acquise (porine)
� Efflux actif : � Protéines transmembranires > pompes
� Inactivation enzymatique ► hydrolyse des ATB� Ex : Betalactamase (BLSE+++) ► BMR
� Modifications de la cible � Ex : substitution de la cible SAUR � SARM ► BMR
� Résistance croisée contre plusieurs familles d’ATB ►BMR
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� Les ATB, c’est pas automatique
� Utilisation des bons ATB aux bonnes posologies sinon :
� Acquisition de résistance +++
� BMR = Bactérie Multi-Résistantes
� Impasse thérapeutique
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Infections nosocomiales
� Définition :
� Infection contractée dans un établissement de santé
� Nosocomiale si absente à l’entrée dans l’établissement
� Délais (statut infectieux non connu à l’admission) : � Après 48h d’hospitalisation
� Site opératoire : 30 jours
� Sur matériel in situ : 1 an
� 3500 décès/an seraient directement imputables aux IN
� Prévalence des patients infectés +/- 5,3% (2012)
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� Facteurs de risque :
1. Age (personnes âgées, préma…)2. Pathologie (immunodépression, brûlés, trauma…) 3. Traitements (déséquilibre flore, chimio…) 4. Actes invasifs (sonde, intubation, KT…)
� Services :
1. Réanimation 26%2. Chirurgie 6% 3. Services médecine 6%
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� Sites infectieux :
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� Germes :
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� Mode de transmission :
� Infections exogènes :
�� ManuportageManuportage +++ (personnel/patient ou patient/patient)
� Contamination de l’environnement (eau, air, matériel…)
� Infection endogène :
� Acte invasif� Fragilité particulière
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MOYENS DE LUTTE� Buts :
� Réduire le nombre d’IN� Réduire la fréquence des BMR aux ATB
� Dispositifs :� Comité de Lutte contre les Infections Nosocomiales (CLIN)� Equipe Opérationnelle d’Hygiène Hospitalière (EOHH)
� Actions :� Recommandations nationales de référence, bonnes pratiques..� Surveillance et signalement � Formation, prévention et sensibilisation du personnel hospitalier +++