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Les -carraghénases :
Un modèle de dégradation en phase
hétérogène
Etienne Rebuffet Février 2008
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OSO3-
Les galactanes d’algues rouges
Agarose
κ-carraghénane
ι-carraghénane
λ-carraghénane
de lacharge négative
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Applications des carraghénanes
Médecine
Anti-coagulant Anti-viral
Cosmétique Agriculture
Agroalimentaire
Gélifiant Emulsifiant
Stimulent les défenses des plantes
Dentifrice
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La dégradation en phase hétérogène
Collaboration entre différentes enzymes pour la dégradation d’un substrat récalcitrant
ENDO
EXO
PROCESSIVE
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La ι-carraghénase d’A. fortis
Michel, G. et coll. The structural bases of the processive degradation of iota-carrageenan, a main cell wall polysaccharide of red algae. Journal of molecular biology 334, 421-33 (2003).
Domaine B Domaine A
Hélice β
Topologie du site actif de type tunnel
=> Dégradation processive
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Résultats et perspectives
Boucle formée par les résidus 343 à 349.
Mutants catalytiques obtenus
(E245, D247, E310)
■ Biochimie
■ Cocristallisation
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Zobellia galactanivorans
Delesseria sanguinea
Isolé à Roscoff depuis une algue rouge : Delesseria sanguinea
Décrite par T. Barbeyron
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CgiA_Af
CgiA_Zg
CgiB_Zg
CgiC_Zg
Les ι-carraghénases de Z. galactanivorans
Domaine B
Domaine AHélice β
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Les ι-carraghénases de Z. galactanivorans
CgiA_Zg
CgiB_Zg
CgiC_Zg
Synergie entre les trois enzymes ?
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Stratégie
■ Surexpression et purification des ι-carraghénases de Z. galactanivorans
■ Identification des produits de dégradation de ces iotases
■ Détermination des paramètres cinétiques (kcat, Vm)
■ Structures cristallographiques
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Remerciements
Equipe de glycobiologie marine
CZJZEK Mirjam
MICHEL Gurvan
BARBEYRON Tristan
JAM Murielle
Région Bretagne
CNRSFinancement ARED du projet Iotase3D