mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de
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Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de structure
JM DUPONTLaboratoire de CytogénétiqueGroupe Hospitalier Cochin Saint Vincent de PaulUniversité Paris Descartes - Faculté de MédecineParis
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Anomalies de structure Fréquence = 0,5% équilibrées 0,06% déséquilibrées
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Anomalies de structure
Cassure double brin‣Pathologique
Fréquence = 0,5% équilibrées 0,06% déséquilibrées
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Anomalies de structure
Cassure double brin‣Pathologique‣Physiologique
Fréquence = 0,5% équilibrées 0,06% déséquilibrées
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Cassures double-brin (CDB) pathologiques
• ≈ 10 CDB / j / cell
• Stress réplicatif
• O2- provenant du métabolisme oxydatif -> radicaux hydroxyl (≈ 100/h/cell)
• Radiations ionisantes
• rayons γ, rayons X (≈ 300 Millions/personne/heure)
• Erreur de processus enzymatiques normaux
• Défaut de la Topoisomérase II (pas de ligation), action du complexe RAG en dehors de la région V(D)J
• Stress mécanique
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CDB physiologiques
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CDB physiologiques
• CDB méiotiques déclenchées par Spo11
• Première étape de la recombinaison méiotique
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CDB physiologiques
• CDB méiotiques déclenchées par Spo11
• Première étape de la recombinaison méiotique
• CDB déclenché par le complexe RAG
• Recombinaison V(D)J
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Redondance des mécanismes de réparation
MR Lieber, Annu Rev Biochem, 2010-79;181
«peu» fiableTout au long du cycleQuelque soit l’état de
l’extrêmitéGénère de la diversité par les
réarrangements formés
Essentiellement S et G2Fidélité «parfaite»
Réparation sans homologie de
séquence
Réparation à partir d’une séquence
homologue
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Réparation par recombinaison homologue
• Remplacement de la région lésée par une copie homologue
PJ Hastings et al., Nat Rev Genetics, 2009-10;551
Préparation des extrémités
Copie
Réparation
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Réparation par recombinaison homologue
• Homologie de séquence
• > 97% sur 50 - 300 pb
PJ Hastings et al., Nat Rev Genetics, 2009-10;551
EXO I + BLM (Bloom)
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Réparation par recombinaison homologue
• Homologie de séquence
• > 97% sur 50 - 300 pb
• Stabilisation de l’ADN simple brin
• RPA, RAD52
PJ Hastings et al., Nat Rev Genetics, 2009-10;551
EXO I + BLM (Bloom)
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T Sugiyama et N Kantake, J Mpl Biol 2009-390;45
Réparation par recombinaison homologue
• Homologie de séquence
• > 97% sur 50 - 300 pb
• Stabilisation de l’ADN simple brin
• RPA, RAD52
PJ Hastings et al., Nat Rev Genetics, 2009-10;551
EXO I + BLM (Bloom)
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Réparation par recombinaison homologueT Sugiyama et N Kantake, J Mpl Biol 2009-390;45
RAD51 + BRCA2 + cohesines
• Homologie de séquence
• Stabilisation de l’ADN simple brin
• Recherche d’homologie : Formation d’un nucléofilament
• RAD51-ssDNA : défomation de l’ADN simple brin
• Formation d’une synapse pour tester l’homologie
ME Moynahan, M Jasin, Nat Rev Mol Cell Biol, 2010-11;196
ATP
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Réparation par recombinaison homologueT Sugiyama et N Kantake, J Mpl Biol 2009-390;45
RAD51 + BRCA2 + cohesines
DSBRDouble Strand Break Repair
SDSASynthesis-Dependant strand
annealing
• Homologie de séquence
• Stabilisation de l’ADN simple brin
• Formation d’un nucléofilament, Recherche d’homologie
• Etape clé = invasion du brin homologue (D-loop) : RAD51
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Réparation par recombinaison homologue : Crossing over / Conversion génique
• Homologie de séquence
• Etape clé = invasion du brin homologue (D-loop)
• Résolution
• DSBR (Holliday junction)
• Crossing over
• Conversion génique
PJ Hastings et al., Nat Rev Genetics, 2009-10;551
Endonucléase
Double Holliday Junction
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Réparation par fusion des extrémités
• NHEJ : Non Homologous End Joining
• Remaniement des extrémités
• Ligation directe
W Gu et al., PathoGenetics, 2008-I:4
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Réparation par fusion des extrémités
• Fixation du complexe Ku (Ku70+Ku80)
• Facilite la fixation des autres enzymes
± MRN(MRE11+RAD50+NBS1)
(Ku70+Ku80)
MR Lieber, Annu Rev Biochem, 2010-79;181
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Réparation par fusion des extrémités
• Fixation du complexe Ku (Ku70+Ku80)
• Facilite la fixation des autres enzymes
• Polymérases / nucléases / ligase• Action itérative dans n’importe
quel ordre et indépendamment sur les deux extrêmités
± MRN(MRE11+RAD50+NBS1)
(Ku70+Ku80)
MR Lieber, Annu Rev Biochem, 2010-79;181
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Réparation par fusion des extrémités
• Fixation du complexe Ku (Ku70+Ku80)
• Facilite la fixation des autres enzymes
• Polymérases / nucléases / ligase• Action itérative dans n’importe
quel ordre et indépendamment sur les deux extrêmités
• «Cicatrice» au point de cassure
• Plusieurs résultats possibles pour un même point de cassure -> très flexible
• Création de diversité ( réarrangement V(D)J)
± MRN(MRE11+RAD50+NBS1)
(Ku70+Ku80)
MR Lieber, Annu Rev Biochem, 2010-79;181
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Choix du mécanisme de réparation
M Shrivastav et al., Cell Res, 2008-18;134
• Compétition entre HR et NHEJ
• HR : S et G2
• NHEJ : Tout le cycle mais essentiellement G0 et G1
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Choix du mécanisme de réparation
M Shrivastav et al., Cell Res, 2008-18;134
• Compétition entre HR et NHEJ
• HR : S et G2
• NHEJ : Tout le cycle mais essentiellement G0 et G1
• Eléments de régulation
• Partenaire disponible pour HR ++
• Régulation au cours du cycle cellulaire
• ex : activation CDK (Cycline
Dependant Kinases) en fin de G1 indispensable à la formation d’ADN simple brin
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Et si il n’y a pas de 2e extrémité ?
Cassure télomérique
PJ Hastings et al., Nat Rev Genetics, 2009-10;551
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Et si il n’y a pas de 2e extrémité ?
Cassure télomérique
PJ Hastings et al., Nat Rev Genetics, 2009-10;551
Arrêt de la réplication
D Branzei et M Foiani, Nat Rev Mol Cell Biol, 2010-11;208
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Cassure par arrêt de la réplication
Translesion Polymerase
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Cassure par arrêt de la réplication
Translesion Polymerase Template switch
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Template Switch
Break Induced Replication
Hélicase (Bloom syndrom Protein) + topoisomérase
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Template Switch
Break Induced Replication
Hélicase (Bloom syndrom Protein) + topoisomérase
Régression de la fourche de réplication
Réparation de la lésion reprise de
la réplication
Contournement de la lésion avant réparation
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Mécanismes de réparation
Avec recherche d’homologie
• Recombinaison homologue• Break Induced Replication
Sans recherche d’homologie
• NHEJ• Régression de la fourche de
réplication
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Les Anomalies chromosomiques résultent d’une réparation anormale !
W Gu et al., PathoGenetics, 2008-I:4
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Anomalies récurrentes : Recombinaison Homologue Non Allélique (NAHR : non allelic homologous recombination)
M Sasaki et al., Nat Rev Mol Cell Biol, 2010-11:182
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Anomalies récurrentes : Recombinaison Homologue Non Allélique (NAHR : non allelic homologous recombination)
M Sasaki et al., Nat Rev Mol Cell Biol, 2010-11:182
![Page 33: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/33.jpg)
Anomalies récurrentes : Recombinaison Homologue Non Allélique (NAHR : non allelic homologous recombination)
M Sasaki et al., Nat Rev Mol Cell Biol, 2010-11:182
![Page 34: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/34.jpg)
Anomalies récurrentes : NAHR 2 fois plus de délétions que de duplications !
M Sasaki et al., Nat Rev Mol Cell Biol, 2010-11:182
![Page 35: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/35.jpg)
Anomalies non récurrentes : NHEJ / BFB
• Organisation du génome dans le noyau Cassures
Machinerie de réparation
Intermédiaire de réparation
Translocation
K J Meaburn et al., Semin Cancer Biol 2007-17;80
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Quid des anomalies complexes ?
• Pelizaeus-Merzbacher
• Liée à l’X, gène PLP1Proteolipid Protein 1
• Non récurrente
P J Hastings et al., PLoS Genetics, 2009-5:e1000327
DuplicationDélétionTriplicationDiploïdie
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Clonage des points de cassure
• Réarrangement complexe
• Zones tripliquées au sein de zones dupliquées
• Zones non dupliquées intercalées
• Microhomologies aux points de cassure
J A Lee et al., Cell, 2007-131:1235
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Erreurs de réplication : FoSTeS / MMBIR
P J Hastings et al., Nat Review Genetics, 2009-10:551
![Page 39: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/39.jpg)
Facteurs favorisants les réarrangements
R-S Mani & A M Chnnaiyan., Nature Rev Genetics 2010-11;819
Architecture du génome /
structure de la chromatine
Organisation du noyau
Organisation du noyau
Stress cellulaire
Echec des processus de
réparation
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Facteurs favorisants les réarrangements
• Augmentation de la fréquence des cassures
• Proximité spatiale des molécules d’ADN
• Anomalie de la réparation
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Augmentation de la fréquence des cassures : ADN non B, séquences répétées, inversées, palindromes...
• Favorisent les cassures de l’ADN, Régions difficiles à répliquer
• -> blocage de la fourche de réplication, exposition ADN simple brin = matrice pour FoSTeS
Triplex DNA Epingle à cheveux Quadruplex DNA
ADN Cruciforme ADN Z lévogyre
L Visser et al, Hum Mol Genet 2009-18;3579
![Page 42: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/42.jpg)
Cas de la t(11;22)(q23;q11)
• Palindromes en 11q 23 et 22q11
• ADN cruciforme
• Cassure double brin
• Réplication ? Autre ?
• Réparation par NHEJ
• Homologie qq nucléotides
• petite délétion au point de cassure
![Page 43: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/43.jpg)
Facteurs favorisants les réarrangements
• Augmentation de la fréquence des cassures
• Proximité spatiale des molécules d’ADN
• Anomalie de la réparation
![Page 44: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/44.jpg)
Proximité spatiale des molécules d’ADN
• Organisation du génome dans le noyau
• Territoires chromosomiques
A Bolzer et al., PLoS Biol, 2005-3;826
![Page 45: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/45.jpg)
Proximité spatiale des molécules d’ADN
• Organisation du génome dans le noyau
• Territoires chromosomiques
• Juxtapositions de séquences éloignées
K J Meaburn et al., Semin Cancer Biol 2007-17;80
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Breakage-first model
• Mobilité des fragments cassés
K J Meaburn et al., Semin Cancer Biol 2007-17;80
G1, RAD51- G2, RAD51+JA Aten et al., Science 2004-303;92
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Contact-first modelK J Meaburn et al., Semin Cancer Biol
2007-17;80
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• Association fonctionnelle de séquences éloignées
Contact-first modelK J Meaburn et al., Semin Cancer Biol
2007-17;80
T Cremer et al., Curr Opinion Cell Biol, 2006-18;307CS Osborne et al., Nature Genetics,
2004-36;1065
Kcnq1ot1 (chr7) hba (chr11)
hbb b1 (chr7) hbb b1 (chr7)
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• Association fonctionnelle de séquences éloignées
• Corrélation entre volume de recouvrement et fréquence des translocations
Contact-first modelK J Meaburn et al., Semin Cancer Biol
2007-17;80
T Cremer et al., Curr Opinion Cell Biol, 2006-18;307
MR Branco and A Pombo, PLoS Biol, 2006-4;e138
CS Osborne et al., Nature Genetics, 2004-36;1065
Kcnq1ot1 (chr7) hba (chr11)
hbb b1 (chr7) hbb b1 (chr7)
![Page 50: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/50.jpg)
Facteurs favorisants les réarrangements
• Augmentation de la fréquence des cassures
• Proximité spatiale des molécules d’ADN
• Anomalie de la réparation
![Page 51: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/51.jpg)
Architecture du génome : les LCR
• LCR -> NAHR, anomalies récurrentes
• ≈ 13% du génome
• > 95 - 97% homologie
• 50 - 300 pb
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Architecture du génome : les LCR
M Sasaki et al., Nat Review Mol Cell Biol 2010-11;182
• LCR -> NAHR, anomalies récurrentes
• ≈ 13% du génome
• > 95 - 97% homologie
• 50 - 300 pb
• Fréquence NAHR fonction de
• Taille des duplicons
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Architecture du génome : les LCR
M Sasaki et al., Nat Review Mol Cell Biol 2010-11;182
• LCR -> NAHR, anomalies récurrentes
• ≈ 13% du génome
• > 95 - 97% homologie
• 50 - 300 pb
• Fréquence NAHR fonction de
• Taille des duplicons
• Facteurs protecteurs
• Inhibition des cassures au niveau des séquences répétées
• Utilisation préférentielle de l’homologue
![Page 54: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/54.jpg)
Architecture du génome : les LCR
M Sasaki et al., Nat Review Mol Cell Biol 2010-11;182
• LCR -> NAHR, anomalies récurrentes
• ≈ 13% du génome
• > 95 - 97% homologie
• 50 - 300 pb
• Fréquence NAHR fonction de
• Taille des duplicons
• Facteurs protecteurs
• Inhibition des cassures au niveau des séquences répétées
• Utilisation préférentielle de l’homologue
• Contrôle de la qualité de l’homologie
![Page 55: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/55.jpg)
Echec des processus de réparation, effet du stress cellulaire
• Mutation des protéines de réparation,
• Stress cellulaire
• Réduction RAD51
![Page 56: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/56.jpg)
Echec des processus de réparation, effet du stress cellulaire
• Mutation des protéines de réparation,
• Stress cellulaire
• Réduction RAD51
• Favorise la réparation via MMBIR plutôt que BIR
• Plus faible homologie tolérée
T Sugiyama et N Kantake, J Mpl Biol 2009-390;45
MMBIR
BIR
![Page 57: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/57.jpg)
Echec des processus de réparation, effet du stress cellulaire
• Mutation des protéines de réparation,
• Stress cellulaire
• Réduction RAD51
• Déficit en cohésines
K Nasmyth, An Rev Genet, 2009
![Page 58: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/58.jpg)
Rôle des cohésines : favorisent la recombinaison entre chromatides sœurs
S Covo et al., PLoS Genetic 2010-e1001006
• Mutation des protéines de réparation,
• Stress cellulaire
• Réduction RAD51
• Déficit en cohésines
• Augmentation de la recombinaison entre homologues plutôt qu’entre chromatides sœurs
![Page 59: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/59.jpg)
Conclusion
Anomalies complexes
Cas sure
![Page 60: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/60.jpg)
Conclusion
HR
NHEJBIR
CompétitionProtéines régulatrices : BRCA1
Cycle cellulaire
Anomalies complexes
Cicatrice au point de cassure
Cas sure
Restauration fidèle
![Page 61: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/61.jpg)
Conclusion
HR
NHEJBIR
NAHR
CompétitionProtéines régulatrices : BRCA1
Anomalies récurrentesmais pas seulement (ALU, LINE …)
Cycle cellulaire
Anomalies complexes
Cicatrice au point de cassure
LCR
Cas sure
Restauration fidèle
![Page 62: Mécanismes de survenue des anomalies chromosomiques de](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022062323/62aa5de2feafcf47262f43c8/html5/thumbnails/62.jpg)
Conclusion
HR
NHEJBIR
NAHR
FoSTeS / MMBIR
CompétitionProtéines régulatrices : BRCA1
Anomalies récurrentesmais pas seulement (ALU, LINE …)
Cycle cellulaire
Stress cellulaire
Anomalies complexes
Anomalies complexes
Cicatrice au point de cassure
LCR
Cas sure
Restauration fidèle