merkez aratırma laboratuvarı (betum) · konferansta sunum yapılmıtır. •eğitim öğretime...
TRANSCRIPT
Merkez Araştırma Laboratuvarı
(BETUM)
Abant İzzet Baysal Üniversitesi Gölköy Yerleşkesi 14300 Bolu /TÜRKİYE
Telefon : 0 (374) 254 10 00 / 8701 Faks : 0 (374) 253 45 58
E-posta : [email protected] Web: http://betum.ibu.edu.tr/
Proje Başlangıç: 2009
Faaliyete Başlama: 2013
AİBÜ Bilimsel, Endüstriyel ve Teknolojik Uygulama ve Araştırma Merkezi Yönetmeliği 01.06.2013 tarih ve 28664 sayılı Resmi Gazete
Toplam Alan: 3320 m2; Oturum Alanı:1060 m2
Toplam 23 adet araştırma ve analiz laboratuvarı
Bilimsel araştırmalara yönelik olarak teknolojik alanda uygulama ve araştırma yapan kurum ve kuruluşların ihtiyacı olan ileri düzeyde akademik ve üretime yönelik çalışmaların gerçekleşmesi için sürdürülebilir altyapı ile hizmet vermek; üniversite, kamu kurumları ve sanayi çevrelerinin ortaklaşa yürüteceği çalışmalara destek vererek ülke gelişmesine ve ekonomisine katkı sağlamaktır.
Temel ve uygulamalı alanlardaki araştırma ve geliştirme faaliyetlerini merkezi bir
organizasyon çerçevesinde düzenlemek,
Yaratıcı, verimli ve ortak çalışma grupları içeren bir araştırma ortamı oluşturmak,
Üniversite-sanayi işbirliğini güçlendirmek ve uygulanabilir sonuçların sanayiye
aktarımını hızlandırmak,
Disiplinler arası ve/veya çok disiplinli bilimsel araştırmalara ve nitelikli araştırıcı beyin
gücünün bir araya gelebilmesine imkân sağlamak,
Kamu ve özel sektörün ihtiyaç duyduğu veya ihtiyaç duyabileceği deney, test ve Ar-Ge
çalışmalarına imkan sağlamak, bu yolla üniversite-sanayi işbirliğinin önemli adımını
oluşturmak,
Abant İzzet Baysal Üniversitesi ile diğer üniversiteler arasında ortak araştırma
faaliyetlerinin geliştirilmesini sağlamak ve bu amaçla Abant İzzet Baysal Üniversitesi ile
yapılacak ortak projeler için diğer araştırıcılara çalışma imkanı sağlamak,
Uluslararası kuruluşlar, Üniversitenin bilimsel araştırma projeleri, sanayi ve diğer kamu
kurumlarının desteği ile yürütülen proje çalışmalarına çalışma ortamı hazırlamak,
Sağlayacağı ileri düzey araştırma olanaklarıyla, üniversitenin araştırıcı potansiyelinin
nitelik ve nicelik yönünden gelişimine önemli katkı sağlamaktır.
İşini severek yapan, tarafsız, bağımsız, etik ilkeler doğrultusunda çalışan, ülke, kurum, müşteri ve çevre çıkarlarını düşünen personel ile ulusal ve uluslararası geçerliliği olan yöntem ve izlenebilirliği sağlanmış cihazlar kullanarak mümkün olan en kısa sürede, doğru ve güvenilir sonuç vermek,
İyi bir mesleki ve teknik uygulama ile kontrol altında kaliteli iş üretmek ve kalitede sürekliliği sağlamak,
Müşteri memnuniyetini sağlamak, müşteri talep ve ihtiyaçları doğrultusunda yapılan analiz çeşitliliğini artırmak,
Kalite yönetim sisteminin tüm personel tarafından benimsenerek sürekli iyileştirilmesini sağlamak,
TS EN ISO/IEC 17025 Deney ve Kalibrasyon Laboratuvarlarının Yeterliliği İçin Genel Şartlar standardına uygun olarak hizmet vermek,
Kalite politikamızdır.
4 Uzman Dr.
1 Uzman Yüksek Mühendis
1 Biyolog
3 Lisans mezunu Tekniker
2 Destek elemanı
MALDI TOF/TOF Biotyper
İyon Kromatografisi Laboratuvarı
GC, GC/MS, HPLC, UPLC Laboratuvarı
Mekanik Yorulma Cihazı
Mikrobiyoloji Laboratuvarı
Görüntüleme Laboratuvarı
Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarı
Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarı
Çevre Analiz Laboratuvarı
Organik ve İnorganik Halojen Tayini
Atık Su Analiz Laboratuvarı
Duyusal Analiz Laboratuvarı
• 1231 adet örnek analiz edilmiştir.
• 26 kalem makine ve teçhizatın eğitimi alınmıştır.
• 2016 yılında düzenlenen çeşitli eğitimlere katılınmış, ayrıca 1 adet kongre ve bir adet konferansta sunum yapılmıştır.
• Eğitim öğretime destek amacıyla ders kapsamında bir çok teknik gezi gerçekleştirilmiştir.
• Merkez adına 4 adet BAP projesi yürütülmektedir.
• Merkez bünyesinde 10 adet BAP projesi ve 2 adet ÖBAP, 1 adet DÜBAP, 2 adet de TÜBİTAK projesine analiz desteği sunulmuştur.
• Merkez Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi (otomasyon) tamamlanarak kullanıma hazır hale getirtilmiş ve personele otomasyon kullanımı eğitim verilmiştir.
Merkezin 2016 Yılı Faaliyetleri
Bilimsel Endüstriyel ve Teknolojik Uygulama ve Araştırma Merkezi
Abant İzzet Baysal Üniversitesi Gölköy Yerleşkesi 14300 BOLU / TÜRKİYE Telefon : 0 (374) 254 10 00 / 8701 Faks : 0 (374) 253 45 58 E-posta : [email protected]
Uzman Dr. Sanaz LAKESTANI
Meteorolojik Parametreler
Bölgesinde Kış ve Yaz Dönemlerine ait WRLPLOT ile Hazırlanan Rüzgargülleri
Rüzgar Hızı ve Yönü Yağmur Nem Sıcaklık
EPA, WHO ve Türkiye Güvenli-Yeşil Bina Tarafından İç Ortamlarda Sağlanması Gereken TUOB’lein Limitleri
TUOB İç ortam hava kalitesi
değerlendirmesi
Günlük ortalaması <500
μg.m-3
Kabul edilmiş değer
Günlük ortalaması 501-3000
µg/m3
Hassas grup için eylem
önerilmektedir 1
Günlük ortalaması > 3000
μg.m-3
Eylem gerekmektedir
1Hasas grup: bebekler, hamileler, yaşlılar, astım hastaları, kalp hastaları
Ölçülen Parametre
Sağlanması Gereken
Kriter
(μg.m-3)
Koşullu Sınır Değerler*
(μg.m-3)
Benzen 5 10
TUOB 200 400
UOB’lerin Mevsimsel değişimi
İç Ortam Sonuçlarının Anket Değerleri ile Karşılaştırılması
İlkbahar-yaz ve Sonbahar-Kış mevsimindeki iç ortam hava kirleticilerinin kaynaklarına ait faktör analiz sonuçları
UOB’lerden Kaynaklanan Risk Analizi
İç Ortamda Solunuma Bağlı Risk Analizi
İç ve Dış Ortamda Hayat Boyu Maruziyet Hesaplaması
Tehlike Sınırının Hesaplanması
Kanser Risk Limit Değerleri
A sınıfı 10-4 Kesin Risk,
B sınıfı 10-4-10-5 Muhtemel Risk
C sınıfı 10-5 -10-6 Mümkün Risk
CDI = (CA x ED x IR x EF x L xCU) BW x ALT x NY
Bebek Anne
ED Haftalık maruziyet
süresi (sa/hafta)
168 168
IR Solumun hızı
(m3/sa)
0,42 0,54
EF Maruziyet frekansı
(hafta)
52 52
L Toplam maruziyet
süresi(yıl)
7 70
BW vücut ağırlığı Kg 16,3 57,05
ATL Ortalama yaşam
süresi
0-7 35-44
NY bir yıldaki gün
sayısını (gün)
365 365
CU Birim değişikliği 10E-3 mg/µg
Kronik Günlük Kirlilik Alımı :
(mg/Kg/gün)
Bebekler ve anneler için benzenin iç ortamdaki solumaya bağlı yaşam boyu kanser riski
Naftalin için İç Ortamda Hayat boyu Kanser Riskine Maruz kalma
HR= C/RfC Tehlike Sınırının :
Tehlike Sınırı
HR Tehlike sınırı
C Konsantrasyon (μg m‐3)
RfC Referans Konsantrasyon (μg m‐3)
UOB Referans Konsantrasyon (μg
m‐3)
Kaynak
Benzen 9,6 ATSDR*
Etilbenzen 1300 ATSDR*
Toluen 5000 IRIS**
m,p,o-Ksilen 217 ATSDR*
naftalin 3.7 ATSDR*
*ATSDR (Agency for Toxic Substances and Disease Registry), **IRIS (Integrated Risk Information system)
UOB’lerin referans konsantrasyon miktarı (μg m‐3)
Benzen İçin EPA tarafından Önerilen Birim Risk Değeri ve Hayat Boyu kanser Riski karşılaştırılması
Türkiye ile Diğer Ülkelerin Tehlikeli Sınır Değerlerinin Karşılaştırılması
Bebeklerin Sağlık Durumu ile UOB’lerin ilişkisinin incelenmesi
Sağlıklı
48%
Alerji 8%
Bronşit, Bronşiyolit
14%
Diğer
Hastalıklar
30%
Hastalıklar Yüzdeleri
II.Dönem III.Dönem IV.Dönem
Solunum yolu
enfeksyon 79,10% 25,10% 2,40%
Alerji durumu 1,20% 4,80% 3,60%
Diğer hastalıklar 14,60% 23,00% 10,80%
Herhangi Bir Hastalık
Geçirmemiş 5,10% 46,70% 83,20%
II., III. Ve IV. Örnekleme Dönemlerinde bebeklerde görülen hastalıkların yüzdesi
Hastalık Çocuk Sayısı
doktor tanısı ile kesinleşmiş astım 3
alerji 3
atopik dermatit 17
Bronşit 7
Bronşiolit 23
Astım ve alerji bulunan evlerde sigara içilmesi, kömür sobası kullanılması, ana caddeye yakın olması ve yer kaplama tipinim lamine parke olması ortak özellik olarak göze çarpmaktadır.
Vakum Pompası İmpaktör
Penicillium: insanlarda deri, akciğer (inhilasyon), sindirim sistemi şarbonunu ve mavi küf hastalıklarına sebep olmaktadır. Solunum yolu, burun ve sinüs problemleri, göz ve cilt tahrişleri, sinir sistemi komplıkasyonları ve baş ağrısı gibi birçok rahatsızlık bu mantar türünün neden olduğu hastalıkların başında gelmektedir.
1-Penicillium 2-Sporothrix 3-Aspergillus 4-Rhizopus
Oturma Odası Bebek Odası Dış Ortam
Oturma Odası Bebek Odası
Uzm. Dr. Esra Mutlu
Birim sorumlusu Uzman Dr. BAHRAM SARKARATI
Proteomiks ◦ Tam protein Profil analizi
◦ Profil farklılık analizi
◦ Protein modifikasyon analizi
Enzimoloji ◦ Enzim saflaştırılması
◦ Aktivite tayini
◦ İnhibisyon çalışmaları
Fermentasyon ◦ Ayarlanabilir koşullarında fermentasyon prosedürü
ve ürünlerinin analizi
Örnek hazırlama ◦ Homojenizasyon ◦ Santrifugasyon ◦ Saflaştırma
Elektroforez ◦ 1D (PAGE) ◦ 2D (IEF + PAGE)
Western blot(tam içerik ve immune blot) Görüntüleme Jel ekstraksiyon MALDI TOF-TOF/MS
• Homojenizasyon
• Omni TH (0.25-100 ml)
• IKA 18 (5-1500ml)
• Santrifugasyon
• Hitachi CR22N Max RCF 55000
• Hitachi CP100NX Max RCF 803000
• Saflaştırma
• BioRad NGC Orta ve Düşük basınçlı kromatografi sistrmi
• GF
• IEX
• Afinte
• HI
• SDS-PAGE ve Native PAGE
• 8.6 x 6.8 cm
• 13.3 x 8.7 cm
• İzo elektrik Fokuslama
• pH range: 3-12
• IEF strip uzunluğu: 7, 11, 17 cm
• Western blot
• TransBlot Turbo:
• max 30 dakikada transfer sağlar
• ChemiDoc Görüntüleme:
• Görünür
• UV
• Luminesans
Çoklu İlaç direnç deneylerinde dirençli ve dirençsiz hücre hatlarında protein profil farkının analizi ◦ Örn. Meme kanseri MCF7/AdVp3000 hücre
hattında (Adriamycin’e dirençli) ilaca direnç unsurlarının tesbiti
Hastalık, Yaş ve çevre koşulları nedeniyle protein modifikasyonlarının incelenmesi
Kanser biyomarker çalışmaları
Gastrointestinal kanseri ◦ Mide kanserinde degAla-FPA (fibrinipeptide-A with alanine truncation at the N-
terminal) biomarker olarak kullanılmlştır. %85(Metastazlı) -%100 Metastazsıs sensetivite göstermiştir.
◦ Serum proteinlerindeki glikozilasyon farklılaşmaları biomarker olarak incelenmektedir.
Solunum sistemi kanseri ◦ Oksidatif stres kontrol proteinlerinin modifikasyonu ◦ COAH ve Akciğer kanserindeki farklı protein profili bulunmuştur.
Böbrek ve Mesane kanseri ◦ Böbrek hücre karsinomasında(RCC) serum proteumundaki farklılık benin ve malin
tümörlerin belirlenmesinde kullanılır. ◦ Mesane kanserinde idrar biyomarkerleri üzerinde çalışılmaktadır.
Prostat kanseri ◦ Prostat kanseri erken teşhisinde kullanılacak veya ilerlemeleri izleyecek biyomarkerler
üzerinde çalışılmaktadır.
Meme kanseri ◦ MALDI-TOF meme kanserinde aktif metabolitlerin tayininde kullanılmaktadır. ◦ Meme kanserinde regulator moleküller Western blot, 2D elektroforez ve MALDI-TOF
kullanılarak bulunmuştur.
Yumurtalık kanseri ◦ Yumurtalık kanserinde ilaç direnci çalışmaları 2D elektroforez ve MALDI-TOF/MS
kullanılarak yapılmaktadır.
Lösemi ◦ Akut miyeloid lösemi alt türlerinin ayrımında MALDI-TOF/MS kullanılmaktadır. ◦ MALDI-TOF/MS bir çok lösemi araştırmasında kullanılmıştır.
HPLC’ye göre avantajlar ◦ Az örnek hacmi 1-2
ug ◦ Az atık HPLC’ye göre
1/5 ◦ Hızlı 2-3 kat
detectörler: ◦ UV/VİS ◦ Floresan ◦ ECD
Vitaminler: A, B1, B2, 25-OH D, C, E, K Katekolaminler ◦ Dopamin ◦ Epinefrin ◦ Norepinefrin
Plazma serbest metanefrinleri Kanda hemoglobin varyantlarının tayini :
HgA, HgA1c,HgA2 HgF, HgS, HgC Nörotransmiterlerin tayini: Kolin, Asetilkolin Fizyolojik örneklerde pürin ve pirimidin
Kompleks ilaçlarda bileşen tayini
Etken madde miktar tayini (K.K. Lab.da)
Tıbbi bitkilerde etken madde tayini ◦ Atropa Belladonna(Güzelavrat otu): Atropin
◦ Cinchonae(kınakına) kabuğu: kinin, kinidin, hidrokinin, hidrokinidin
◦ Ephedra Sinica(Efedra): Efedrin ve Norefedrin
◦ Ginko Biloba : Quercetin, Kaempferol
Nursel SÖYLEMEZ MİLLİ
2017
Chemistry
Pharmaceutical
analysis
Clinical
analysis Taxonomy
MICROBIOLOGY
6907 Tür, Biotyper 3.1, Mascot, Autoflex Speed BRUKER
MALDI-TOF MS bu sayede her organizma için özgül olan proteinlerden kütle spektrometresine
dayalı o mikroorganizma için özgün bir çeşit parmak izini çıkarmakta, bu sayede bakteri, mantar ve virüs tanımlaması yapılabilmektedir.
Bakteri ve mantar tanımında MALDI-TOF Kütle Spektrometresi
Klinik mikrobiyoloji laboratuvarında MALDI-TOF Kütle Spektrometresi uygulaması
Bakteriyemi mikrobiyolojik teşhisinde MALDI-TOF Kütle Spektrometresi
MALDI-TOF Kütle Spektrometrisi dönüş süresi ve maliyet tasarrufu
MALDI-TOF MS, veri tabanında yer alan güvenilir Prevotella türlerini tanımlar.
MALDI-TOF MS'in tanımlama doğruluğu, 16S rRNA kısmi dizilişine yakındır.
Türler arası çeşitlilik nedeniyle, veri tabanının her türde bir takım suşlarla genişletilmesi gerekiyor.
Mevcut kütüphane kullanılarak Shigella türleri ve E. coli‘ yi ayırt etmek mümkün oldu.
Test edilen 180 izolatın % 94.4'ü doğru E. coli veya Shigellae olarak sınıflandırılmıştır.
Dört (% 2.2) izolatın sonuçları yorumlanamayıp ve altı (% 3.3) izolat yanlış sınıflandırılmıştır.
Nocardia türleri, insan klinik örneklerinden en sık izole edilen aerobik aktinomisetlerdir.
BDAL v6'lı Biotipper platformu, Nocardia‘nın 16 türünden 12 sini doğru olarak tanımladı
Streptomyces ve Tsukamurella cins düzeyinde tanımlamıştır
MALDI-TOF'un klinik olarak ilgili aktinomisitlerin veri tabanının takviye edilmesine gerek kalmadan tanımlanmasına yardımcı olduğunu gösterdi.
MALDI-TOF MS kullanılarak çiğ veya pastörize süt ile yapılan bir Fransız peyniri olan Maroilles'ten mezofilik laktik asit bakterilerinin (LAB) kültürlenebilir popülasyonunu tespit edilmiştir.
Kromojenik medya, MALDI-TOF MS'in teşhis kalitesini düşürmez.
Kromojenik ortamlar, mikrobik patojenlere yanlış tanımlamalar yapmaz.
Kromojenik ortam, MALDI-TOF MS tarafından mikrobik tanımlamayı desteklemek için kullanılabilir.
MALDI TOF Veteriner teşhis laboratuvarında bakterilerin belirlenmesi için bir yöntem olarak ~ 100 bakteri türünün belirlenmesi için değerlendirilmiş,
16S rDNA sekanslama ve biyokimyasal testlerle karşılaştırmalar yapılmış,
Sonuçların MALDI-TOF ile benzer olduğu bulunmuş ve
Veteriner kliniklerinde bakteri tanımlamak için hızlı ve güvenilir bir yöntemdir denilmiştir.
Çalışmada akut postoperatif endoftalmi hastalarında toplanan vitreus örneklerinden izole edilen 45 bakteri suşunun % 96'sını tanımlamışlardır.
Bağlar ve şarap imalathaneleri arasından izole edilen mayaların MALDI-TOF MS veritabanı oluşturulmuş ve
Tür seviyesinde maya tanımlanması başarıyla gerçekleştirilmiş
Droplet digital PCR ile akciğer kanseri hastalarında plevral sıvı örnekleri ile EGFR mutasyon tanısını geliştirdi.
Formalinle sabit parafine gömülü göğüs ve mide karsinom numunelerinde HER2 amplifikasyonunun ddPCR ile saptaması
‘’ddPCR , gerçek zamanlı PCR'ye kıyasla daha iyi saptama limiti göstermekle birlikte Düşük konsantrasyonda hedef bakterilerin miktarının belirlenmesinde umut verici bir yöntemdir’’
2018 Şüpheli kanserli hastalarda mitokondrial DNA kopya sayısının iyi optimize edilmiş bir ddPCR yöntemi ile nicelendirilmesi yapılmıştır.
HIV tedavisine ortak bir yaklaşım, HIV ile enfekte olmuş hücrelerin yeniden etkinleştirilmesini içerir.
HIV'in transkripsiyonla yeniden
aktive edilmiş hücrelerini doğrudan ölçmek için tek hücre testi geliştirildi.
Gecikmeyi geciktirici ajanların HIV'in yeniden aktivasyonu üzerindeki tek hücreli etkileri heterojendir.
Toplu hücre ile ilişkili HIV RNA
seviyeleri RNA üreten hücrelerin sayısından farklıdır.
Test, hedef hücre tanımlamasını
takiben genomik DNA ve mRNA'nın tek hücreli kantifikasyonuna izin verir.
Standart eğriye ihtiyaç duymadan balık dokusu örneklerinde IHNV yüklerini ölçmek için ddPCR‘ı kullanmışlardır
Tür teşhisi çalışmalarında
GDO Tespiti
Patojenik Escherichia coli O157 ve Listeria monocytogene'in eş zamanlı tespiti
Uzman Dr. Hatice Karadeniz
Serum,
plazma,
İdrar,
Ter,
Tükürük
Örnek (Sıvı veya katı)
Deiyonize su
ile Ultrasonik
Ekstraksiyon
İyon
Kromatografisi
Anyonlar: F-, Cl-, NO2-, NO3
-, SO42-, Br-, PO4
3-
Katyonlar: Ca+2, Mg+2, Na+, K+, Li+, NH4+
Serum,
plazma,
İdrar,
Ter,
Tükürük
Beyin Omurilik sıvısı
isi
Nükleer Magnetik Resonans Spektroskopisi
1H
13C
15N
19F
31P