mutacje genowe
TRANSCRIPT
Mutacje
Mutacje spontaniczne
Nowe mutacje Bdy podczas replikacji DNA Polizg replikacji Niestabilno zasad azotowych w DNA Niestabilno zasad azotowych przyczyn tworzenia bdnych par komplementarnych
Figure 16.4 Genomes 3 ( Garland Science 2007)
Mutacje spontaniczne
czsto wystpowania
Czsto zalena od typu genu rnice w zalenoci od wielkoci genu zalenie od sekwencji gorce miejsca (hot-spot)
rednio 1/100,000 na kad rund replikacji
Mutacje indukowane
Powodowane przez czynniki mutagenne fizyczne, chemiczne i biologiczne karcynogen (transformacja neoplastyczna komrek) klastogen (fragmentowanie chromosomw) teratogen mutagen
TYPY MUTACJIzachodz w zygocie, podzie, komrkach
somatycznych (mutacje somatyczne) i rozrodczych (mutacje generatywne)w cigu caego ycia
mutacje w komrkach somatycznych nie s przekazywane potomstwu, w odrnieniu od mutacji w komrkach rozrodczych
mutacje w komrkach rozrodczych mog by odziedziczone lub powstaj de novo w procesie oogenezy lub spermatogenezywww.creationofman.net/chapter4/chapter4_5.html
TYPY MUTACJIow obszarze regulujcym proces transkrypcj efekt: spadek lub wzrost produkcji biaka miejsca czenia intronu i eksonu efekt: moe powsta niestabilne, szybko degradujce siRNA
Mutacje transkrypcyjne wystpuj
o
Mutacje RNA - zmieniaj prawidowe
o
Mutacje translacyjne - wpywaj na struktur kodowanego biakawww.surrey.ac.uk/qe/O4.htm
czynniki fizyczne i chemiczne
bdy w replikacji DNA
rekombinacja mejotyczna
MutacjeMUTAGENYbezporednia reakcja z DNA powodowanie zmian strukturalnych, prowadzcych do bdnego kopiowania nici matrycowej
mutageny
porednie dziaanie na DNA wytwarzanie okrelonych zwizkw chem. uszkadzajcych DNA (np. nadtlenki)
PROMIENIOWANIE
[promieniowanie o d. fali 254-265 nm silnie pochaniane, w duych dawkach letalne]
PROMIENIOWANIE SILNIE JONIZUJCE promieniowanie ,
-
i
+
SABO
JONIZUJCE promieniowanie
i X , UV
NIE JONIZUJCE fale radiowe, mikrofale, podczerwie, wiato widzialne
RDA PROMIENIOWANIA
DNA
DZIAANIE PROMIENIOWANIA X NA DNAuszkodzenie porednie (w wyniku radiolizy wody) OH . H.
HH
O
pojedyncze lub podwjne pknicia nicipowstawanie wiza poprzecznych DNA-biako
uszkodzenie bezporednie (jonizacja zasad)
www.bnl.gov/discover/Fall2008/DNA1.asp
Figure 16.9 Genomes 3 ( Garland Science 2007)
powstawanie dimerw cyklobutylowych powstawanie fotoproduktw (6-4)
Stymulowana przez ciepo hydroliza wizania -N-glikozydowego
hydroliza
Powstaje miejsce apurynowe/apirymidynoweFigure 16.10a Genomes 3 ( Garland Science 2007)
mutagenne lub/i letalne oksydacyjne zwizki addycyjnealkilacja(spowodowane obecnoci cyklobutanowe dimery pirymidynowe tworzone (uwarunkowana obecnoci czynnikw (np. reaktywnych form tlenu wpywem UV efekt: lokalna mogcych wprowadza alkilujcych denaturacja DNA; pod np. nadtlenku i podtlenku grupy alkilowe do DNA: 6,4-fotoprodukt; zwizki wice si zrnych pozycji wodoru, rodnika hydroksylowego kwasw 1) benzo[a]piren, aflatoksyna Bnukleinowych; -efektem jest np. powstawanie powstawa moe np. 7-metyloguanina, 8-oksyguaniny, 2-oksyadeniny, 3-metyloadenina, 3-metyloguanina; 5-formylouracylu) niektre z tak zmienionych zasad s letalne przeszkadzaj w rozplataniu Wikszo oksydacyjnych uszkodze jest DNA podczas replikacji i transkrypcji) powodowana przez rodnik hydroksylowy
Uszkodzenie DNAdeaminacja i depurynacjadwie najczciej spotykane spontaniczne reakcje chemiczne powodujce powane uszkodzenia DNA w komrkach
DEPURYNACJA oderwanie guaniny lub adeniny od szkieletucukrowo-fosforanowego
DEAMINACJA przeksztacenie cytozyny w uracyl
Mutacje
przyczyny
bd w replikacji prowadzi do niedopasowania nukleotydw w jednej z potomnych podwjnych helis
SYNTEZA DNAnowa ni
matryca polimeraza DNAFigure 2.7a Genomes 3 ( Garland Science 2007)
aktywno egzonukleazynieprawidowy nukleotyd
Figure 2.7b Genomes 3 ( Garland Science 2007)
Mutacjebdy replikacji bdy replikacji mutacje polizg replikacji insercje punktowe
przyczyny
delecje
do sekwencj 5 fazy (Glu) (np. ludzki gen Hdh zawiera przesuniciaCAG 3odczytu podczas translacji) powtrzon 10-35 razy; w chorobie Huntingtona liczba tych powtrze zwiksza si do 36-121)
mutacje zmiany fazy (ich wystpienie w obszarze choroby ekspansji powtrze kodujcym moe trinukleotydowych doprowadzi
Mutageny chemiczneCzynniki alkilujce(metylosulfonian metylu MMS, etylonitrozomocznik ENU, gaz musztardowy, diepoksybutan)
Czynniki arylujce(np. policykliczne wglowodory aromatyczne)
Czynniki deaminujce(kwas azotowy (III, dwusiarczyn sodowyhydroksylaminy, HSO3)
Interkalatory(np. barwniki akrydynowe)
Analogi zasad(mutageneza bezporednia)
CZYNNIKI ALKILUJCENajwiksza wraliwo na alkilacj atom azotu N7 guaniny; zwizki te powoduj: tranzycje i transwersje typu: ATTA, ATGC, GCCG, GCAT, GCTA
metylosulfonian etylu
Czynniki deaminujceKwas azotowy (III) deaminuje cytozyn, adenin i guanin
CZYNNIKI DEAMINUJCE
http://bio3400.nicerweb.com/Locked/media/ch15/15_04-deamination.jpg
Powoduj tranzycje wszystkich typw
Oryginalna zasada
mutagen
Zmodyfikowana zasada
Zasada tworzca par
Typ mutacji
ANALOGI ZASADANALOGI ZASAD AZOTOWYCH 5-BROMOURACYL
(analog tyminy; tworzy par z guanin)
2-AMINOPURYNA(analog adeniny; tworzy par z cytozyn)
5-BROMODEOKSYURYDYNA(analog tyminy; tworzy par z guanin)
ANALOGI ZASADhttp://bio3400.nicerweb.com/Locked/media/ch15/base_analogs.html
INTERKALATORY charakteryzuj si paskbudow, dziki czemu mog atwo wbudowywa si pomidzy pary nukleozasad
najczciej paskie ukady kilkuskondensowanych piercieni aromatycznych i/lub heteroaromatycznych
Figure 16.8b Genomes 3 ( Garland Science 2007)
Wstawiane s w podwjn helis DNA, zmieniaj jej struktur, co prowadzi do delecji i insercji w trakcie replikacji i rekombinacji. Inne: akryflawina, bromek etydyny, DAPI.
INTERKALATORY
Rys. Schematyczne przedstawienie zjawiska di- i triinterkalacji
INTERKALATORYBARWNIKI AKRYDYNOWE
proflawina
dezynfekujcy bakteriostatyk
oran akrydyny
powoduj mutacje typu frameshift
INTERKALATORYBROMEK ETYDYNY
Wykorzystywany m. in. w elektroforezie agarozowej, silny mutagen
INTERKALATORY
doksorubicyna
Niektre z nich s ju stosowane w leczeniuchorb nowotworowych takich jak rak piersi czy biaaczka
Wiele zwizkw jest badanych pod ktem
aktynomycyna
aktywnoci biologicznej, interkalacji, dziaania antynowotworowego i antywirusowego
Mutageny fizyczne a chemiczne
CZYNNIKI BIOLOGICZNE Wirusy (DNA i retrowirusy;ryczki, opryszczko, HBV, HCV) np. wirus
Transpozonyhttp://blog.wired.com/photos/uncategorized/2007/08/20/gene.jpg
(mobilne elementy genetyczne mogce zmienia pooenie w genomie)
www.microbiologybytes.com/blog/2008/07/
http://www.thenakedscientists.com/HTML/uploads/pics/jamil1_Figure_3.gif
MutacjeMUTAGENEZA przyczyny
porednia
kiedy uszkodzenie nie jest usuwane, ani naprawiane, lecz tolerowane, replikacja jest kontynuowana, niespecyficzna specyficzna w takim przypadku wyspecjalizowane (nieukierunkowana) (ukierunkowana) (biorce udzia w naprawie (np. 5-bromouracyl ulega parowaniu z polimerazy DNA - jeli mutacje adenin, natomiast jego forma enolowa - jeli mutacje DNA) wprowadzaj bdne zasady s wprowadzane tworzy pary naprzeciw uszkodzonych s wprowadzane z guanin, std po jednym cyklu replikacji
wynika z obecnoci stabilnych, nienaprawionych zasad o zmienionych waciwociach tworzenia par w DNA
bezporednia
tylko na terenie uszkodzenia
rwnie w innych miejscach genomu
G moe zosta wczona naprzeciw 5bromouracylu, a po II cyklu replikacji naprzeciw G zostanie wczona cytozyna - utrwalenie mutacji
Mutagen a TeratogenTeratogen- czynnik powodujcy trwae zaburzenia strukturalne lub czynnociowe u potomstwa w trakcie jego rozwoju embrionalnego lub podowego. Zaburzenia te mog ujawni si zarwno przed, jak i po urodzeniu (np. promieniowanie jonizujce, niektre leki aspiryna, witamina A, streptomycyna, talidomid; infekcje np. ryczka, toksoplazmoza)
Mutagen - czynnik wywoujcy mutacj zmian materiau genetycznego
Mutacja a Polimorfizm DEFINICJAMUTACJA - naga, skokowa, bezkierunkowa,dziedziczca si zmiana w materiale genetycznym dotyczca poniej 1% osobnikw populacji; termin wprowadzony przez de Vriesa (przeom XIX i XX w.); zjawisko losowe, podlegajcym wpywom rodowiska; czsto mutacji nie jest staa pomidzy gatunkami i zaley midzy innymi od doskonaoci aparatu powielania DNA i jego naprawy
POLIMORFIZM zmiana w materialegenetycznym dotyczca powyej 1% osobnikw populacji
TYPY MUTACJIsekwencja prawidowatranzycja (np. AT na GC)
sekwencja z mutacj
transwersja (np. CG na GC)
Tranzycja zamiana puryny na inn puryn lub pirymidyny na innpirymidyn puryn
Transwersja zamiana puryny na pirymidyn lub pirymidyny na
TYPY MUTACJI
delecja utrata jednego
lub kilku nukleotydw
insercja wstawienie jednego
lub kilku nukleotydw
inwersja -
obrcenie fragmentu sekwencji o 180 stopni
Mutacje krtki przewodnik
Mutacje
skutki
mutacje mutacje ciche mutacje ominicie mutacje - nie maj wpywu nonsensowne synonimiczne kodonu niesynonimiczne na funkcjonowanie - kodon kodujcynowy kodon - gdy - gdy nowy terminacyjnego kodon genomuaminokwas zostaje temu samemu odpowiada zamienionyaminokwasowi na kodon terminacyjny co kodon niezmutowany
odpowiada innemu aminokwasowi ni kodon niezmutowany
mutacja zmiany sensu
Mutacje
skutki
letalne - powoduj obnienie - nie wpywaj na - wzgldnie rzadko; - prowadz - prowadz do mierci do zdolnoci organizmu do
niekorzystne obojtne korzystne
subletalne
organizm; maj poprawiaj zdolnoci upoledzenia organizmu organizmu przeycia znaczenie w procesieadaptacyjne ewolucji organizmu
Mutacje krtki przewodnik ZMIANY EKOGENETYCZNEdziedzicznie uwarunkowana zdolno do wyczuwania cyjanowodoru, czy fenylotiomocznika akatalazja; xeroderma pigmentosum
MUTACJEPunktowe
DEFINICJAniedue zmiany w sekwencji DNA bez zmian iloci materiau genetycznego zmiany obejmujce utrat lub powikszenie materiau genetycznego, ale mniejsze ni mutacje chromosomowe zmiany liczby lub struktury chromosomw widoczne w mikroskopie optycznym zmiany w sekwencji DNA dotyczce jednego genu (przewanie s to mutacje punktowea)
OBSZAR GENOMUprzewanie jedna lub kilka par zasad od kilku par zasad do kilku mln par zasad
Odcinkowe
Chromosomowe
ok. 4 mln par zasad lub wicej
Genowe
przewanie jedna lub kilka par zasad
Pozachromosomowe
zmiany dotyczce pozajdrowego DNA, w szczeglnoci DNA mitochondrialnego
do 100200 tys. par zasad
KRYTERIUM
RODZAJ MUTACJI
EFEKTzamiana zasady purynowej na inn purynow lub pirymidynowej na inn pirymidynow (A G lub C T)
tranzycja
substytucja Zmiany w acuchu DNA transwersja zmiana zasady purynowej na pirymidynow lub odwrotnie
delecja
wypadnicie jednej lub wikszej liczby par nukleotydwwstawienie jednej lub wicej par nukleotydw do DNA
insercja
KRYTERIUM
RODZAJ MUTACJImilczca
EFEKTzmiany w syntezowanych polipeptydach nie wystpuj jeden aminokwas zastpiony innym, dugo polipeptydu bez zmian
typu zmiany sensu Zmiany w syntezowanych polipeptydach neutralna typu nonsens
jw., ale biako zachowuje sw funkcjpowstanie kodonu STOP, przedwczesne zakoczenie syntezy acucha polipeptydowego syntezowany polipeptyd jest od pewnego miejsca zupenie inny od pierwotnego, przewanie nieaktywny biologicznie
mutacja zmiany fazy odczytu
KRYTERIUM
RODZAJ MUTACJIpierwotna
EFEKTmutacja, ktra przywraca sytuacj sprzed pierwszej mutacji mutacja, ktra nie odtwarza sytuacji sprzed pierwszej mutacji, ale znosi jej efekty fenotypowe zmienia si ilo produkowanego biaka bez zmiany jego struktury moe sta si niemoliwe np. wycicie intronu i powstaje polipeptyd o wiele duszy ni normalnie, zawierajcy przypadkow, zbdn cz
Stosunek do wczeniejszej mutacji
supresorowa
w promotorzew sekwencji regulatorowej
Szczeglne miejsce mutacji
w genie nastpuje oglny wzrost liczby mutacji zwizanym w DNA z napraw DNA
Mutacjezwikszanie z pokolenia na pokolenie liczby kopii krtkiego motywu nukleotydowego (3-, 4-, 12- nukleotydowych), np. CCG ponad pewn liczb krytyczn, dajce objawy fenotypowe; mog dotyczy czci kodujcej lub niekodujcej genu
MUTACJE DYNAMICZNE
mutacje wystpujce tylko u czowieka, wykazujce du zmienno populacyjn:
korelacja midzy cikoci choroby oraz wiekiem pojawienia si objaww, a iloci powtrze ilo powtrze moe wzrasta w kolejnych pokoleniach objawy mog nasila si lub wystpowa wczeniej w kolejnych pokoleniach (antycypacja)
premutacja wzrost iloci powtrze poniej wartoci granicznej nie powoduje wystpienia choroby bezobjawowi nosiciele
Mutacje ANTYCYPACJAOstrzejszy przebieg choroby z wczeniej wystpujcymi objawami w kolejnych pokoleniach Opisana dla wikszoci chorb neurogenetycznych powodowanych mutacjami dynamicznymi
Wystpowanie ostrzejszej postaci schorze uzalenione od pci rodzica, od ktrego mutacja dynamiczna zostaa odziedziczona (np. ostrzejsza, modziecza posta choroby Huntingtona, jeli mutacja dziedziczona od ojca; dziedziczona mutacja od matki ostrzejsza posta dystrofii miotonicznej)
Mutacje ANTYCYPACJAZjawisko obserwowane take w chorobie Parkinsona, Alzheimera, raku okrnicy, raku sutka, gocu stawowym
Mutacje MUTACJE DYNAMICZNEstanowi podoe molekularne 14 jednostek chorobowych i mona je podzieli na dwie grupy:
choroby neurodegradacyjne: plsawica Huntingtona, rdzeniowo-opuszkowy zanik mini, ataksje mdkowo-rdzeniowe
Typ I
chromosomu X, upoledzenie umysowe zwizane z kruchym miejscem FRAXE, ataksja Friedreicha
Typ II dystrofia miotoniczna, zesp amliwego
Niestabilno sekwencji mikrosatelitarnych(MI ang. microsatellite instability
)
proste sekwencje powtrzone wykazuj zrnicowan dugo, co jest spowodowane bdami podczas replikacji; zmiany te przypisuje si utracie aktywnoci ktregokolwiek z 6 genw odpowiedzialnych za napraw le sparowanych zasad w DNA:
MSH2, MLH1, PMS1, PMS2, MSH6 (GTBP)
wzrasta czsto mutacji w onkogenach i genach supresorowych
Utrata heterozygotycznoci (LOH)W wielu komrkach nowotworowych stale dochodzi do utraty charakterystycznych odcinkw niektrych chromosomw; przyjmuje si, e utrata heterozygotycznoci wskazuje na utrat genu supresorowego zawartego w utraconym fragmencie chromosomuallel 1 sekwencja markera genet. sprzonego z prawidowym genem supresorowym allel 2 sekwencja delecja allelu 1 markera genet. i prawidowego sprzonego genu supresorowego z nieaktywnym genem supresorowym
prawidowa komrka somatyczna (heterozygota)
komrka nowotworowa
dzikuj za uwag
Naprawa DNAkategorie systemw naprawy DNA kategorie systemw naprawy DNA
naprawa z wycinaniem zasad systemy naprawy - usunicie uszkodzonej bezporedniej naprawa z wycinaniem zasady i ponowna - dziaaj bezporednio nukleotydw naprawa rekombinacyjna synteza z udziaem naprawa niedopasowanych na uszkodzone nukleotydy polimerazy DNA- naprawa dwuniciowych nukleotydw przerw w DNA - poprawia bdy replikacji
Naprawa DNA podstawowy mechanizm
o
rozpoznanie i usunicie uszkodzonego fragmentu acucha DNA przez jedn z nukleaz zrywajcych wizania kowalencyjne pomidzy nukleotydami powstaje luka nukleotydowa wic si z kocem 3 przecitego acucha i syntetyzujc kopi informacji zachowan w nici nieuszkodzonej
o wypenianie luki przez polimeraz naprawcz DNA,
o likwidacja niecigoci acuch przez ligaz
Naprawa DNAFOTOREAKTYWACJA cykliczne dimery pirymidynowemog ulega ponownej monomeryzacji pod wpywem fotoliaz (enzymw fotoreaktywujcych) w obecnoci wiata widzialnego; jest to proces swoisty dla dimerw pirymidynowych bezporednie usuwanie uszkodze, wolne od bdw)
ALKILOTRANSFERAZA usuwa grupy alkilowe bezporednioz O6-alkiloguaniny, grupa ta jest przenoszona na sam enzym i inaktywuje go)
Naprawa DNA
le sparowane zasady zaburzaj geometri dwuniciowej helisy DNA; co jest rozpoznawane przez biaka naprawiajce DNA dziki luce w cigoci nowego acucha, w ktrym znajduje si bdny nukleotyd; przerwy te dotycz nici opnionejUwaga: konieczna jest szybka korekta
Naprawianie uszkodze DNA powstajcych w wyniku procesw deaminacji, utleniania czy alkilacji Enzymy zapocztkowujce napraw DNA - glikozylazy DNA, rozpoznaj uszkodzone zasady i usuwaj je z DNA poprzez hydroliz wiza N-glikozydowych pomidzy uszkodzon zasad a reszt cukrow Poznano i scharakteryzowano wiele rnych glikozylaz DNA z rnych organizmw (czowieka, E. coli, wirusowe) o odmiennych specyficznociach substratowych
N-terminal DNA-binding domain of XRCC1
Niektre z glikozylaz DNA posiadaj dodatkowo aktywno liazy AP, powodujcej na hydroliz wizania fosfodiestrowego pomidzy nukleotydem po stronie 3 uszkodzenia a deoksyryboz pozbawion zasady azotowej
BER
wyrnia si 2 typy N-glikozylaz: glikozylazy monofunkcyjne rozbijaj wizanie N-glikozydowe pomidzy uszkodzon zasad a czsteczk deoksyrybozy powstaj miejsca apurynowych/apirymidynowych (AP) w DNA
BER -
glikozylazy dwufunkcyjne oprcz usunicia uszkodzonej zasady i utworzenia miejsc AP, posiadaj rwnie waciwoci ligazowe i usuwaj miejsca AP na drodze -eliminacji
BER skada si z dwch rnych szlakw naprawy DNA (podstawowego i alternatywnego), w ktrych zostaj wprowadzone odpowiednio jeden, bd od dwch do szeciu, nukleotydw w DNA, w miejsce usunitego wczeniej uszkodzonego nukleotydu
Naprawa DNAnaprawa z wycinaniem zasadpolega na usuniciu uszkodzonego nukleotydu, a nastpnie ponownej syntezie DNA w celu wypenienia powstaej luki; proces jest inicjowany przez glikozydaz DNA przecinajc wizania -N-glikozydowe midzy uszkodzon zasad a cukrowym skadnikiem nukleotydu; w kolejnym etapie endonukleaza AP wprowadza jednonukleotydow luk, rozcinajc wizanie fosfodiestrowe; nastpnie luka jest wypeniana przez polimeraz DNA (u ssakw)
NER
- naprawa przez wycinanie
nukleotydw; proces bardziej zoony ni BER; wymaga ATP jako rda energii; mniej specyficzny ni BER - usuniciu z DNA mog ulec zarwno fotodimery pirymidyn, addukty o rnej wielkoci podstawnika, jak i cz uszkodze usuwanych przez BER
Fragment DNA zawierajcy uszkodzenie jest nacinany po obu jego stronach przez nukleaz i usuwany. W przypadku bakterii dotyczy to oligonukleotydu o dugoci ok. 1213 nukleotydw ; natomiast w komrkach eukariotycznych jest to fragment skadajcy si z 2729 nukleotydw
Mechanizmy naprawy BER i NER s uniwersalnymi systemami naprawy, funkcjonujcymi zarwno w komrkach zdrowych, jak i nowotworowych, poddanych dziaaniu czynnikw toksycznych
Naprawa DNAETAPY
naprawa rekombinacyjna
wykorzystywana do naprawy dwuniciowych przerw w DNA; w ten proces zaangaowane s 4 grupy genw
o kompleks biakowy, w skad ktrego wchodzi biako Ku
( wice si z DNA po obu stronach pknicia) kieruje ligaz DNA do miejsca pknicia - Ku wie si z DNA wraz z kinaz DNA-PKCS, ktra aktywuje biako XRCC4 oddziaywujce z ligaz DNA4
czenie kocw niehomologicznych (NHEG)
Naprawa DNA
naprawa rekombinacyjna
dzikuj za uwag