n ükleik a sitlerin (dna ve rna) yapıları
DESCRIPTION
N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları. Dr Lülüfer Tamer Gümüş. Sağlık Slaytları. http://hastaneciyiz.blogspot.com. NÜKLEİK ASİTLER. İlk defa, İsviçreli bir biyokimyacı olan FRİEDRİCH MİESCHER, 1869 yılında akyuvarlar ve balıkların sperm hücrelerinden nükleik asitleri ayırmıştır. - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
![Page 1: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/1.jpg)
Nükleik Asitlerin (DNA ve RNA)
Yapıları
Dr Lülüfer Tamer Gümüş
Sağlık Slaytları http://hastaneciyiz.blogspot.com
![Page 2: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/2.jpg)
NÜKLEİK ASİTLER
İlk defa, İsviçreli bir biyokimyacı olan FRİEDRİCH MİESCHER, 1869 yılında akyuvarlar ve balıkların sperm hücrelerinden nükleik asitleri ayırmıştır.
Ayrılan bu maddelerin, o zamana kadar hücrelerde bulunduğu bilinen maddelerden çok farklı olduğunu görmüştür. Asit özelliği gösteren bu maddelerde çok miktarda fosfor bulunmaktadır.
Hücrenin çekirdeğinde bulundukları içinde bu maddelere nükleik asit (DNA ve RNA) adı verilmiştir
![Page 3: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/3.jpg)
Nükleik asitler yüksek moleküler ağırlıklı polimerik bileşiklerdir.
Tam hidrolizleri ile baz (pirimidin-pürin), şeker ve fosforik asit oluşur.
Kısmi hidrolizle nükleozid ve nükleotidler oluşur.
NÜKLEİK ASİTLERİN YAPISI
![Page 4: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/4.jpg)
Genetik bilgi akışı; Santral dogma hipotezi
![Page 5: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/5.jpg)
DNA (Deoksiribonükleik Asit)
HücreHücreNNükleusükleus
KromozomKromozom
DeoDeoksiksiribriboozz nu nukkleileikk aassidid
GenGenlerler
DNA vücüttaki bütün proteinlerden sorumludur.
Her organizmada genetik bilgi kaynağı ve aktarıcısıdırlar. Türler arası benzerlik gösterir, Şempanzeler ile 98 % aynı genlere sahibiz
![Page 6: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/6.jpg)
DNA bir organizmadaki her hücredeki genetik bilgiyi içerdiği için genetik materyal olarak kabul edilmektedir
Fosfodiester bağları ile bağlı deoksiribonükleotid polimeridir
Zincir iskeleti fosfat, şeker ve bazları içerir. Deoksiribonükleotid
yapısı
![Page 7: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/7.jpg)
A
T
G C
A
T ÖZELLİKLERİ
1 . Çift iplikten oluşmuştur
2 . Nüklotid zincirleri birbir lerine zayıf Hidrojen bağları ile bağlanmıştır
3. Daima A karşısına T , G karşısına ise C gelir
A-T eşleşmesi iki hidrojen bağına sahiptir
G-C eşleşmesi üç hidrojen bağına sahiptir
![Page 8: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/8.jpg)
Baz çiftleşmesi-Chargaff kuralı
Chargaff kuralı: çoğu organizmada DNA’daki G içeriği daima C’ye ve A içeriği de T’ye eşittir.Bu durum G’nin C ile ve A’nın T ile eşleştiğini gösterir.
![Page 9: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/9.jpg)
DNA’NIN KENDİNİ EŞLEMESİ
DNA kendini eşlerken fermuar şeklinde açılır ve nükleotid parçaları YENİ ipliği oluştururlar. Böylece olay sonunda genetik şifrenin değiş mediği iki DNA oluşur bu olaya REPLİKASYON adı verilir. Bölünme öncesi bütün hücrelerde görülür
REPLİKASYON
![Page 10: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/10.jpg)
RNA
RNA (Ribonükleik Asit) fosfodiester bağları yoluyla bağlı ribonükleotid polimeridir.
Ribonükleotid yapısı
![Page 11: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/11.jpg)
RNA’nın YAPISI ve RNA ÇEŞİTLERİ
A
U
G
C
ÖZELLİKLERİ
1.Tek zincirlidir. Kendini eşleyemez, DNA tarafından üretilir.
2.% 10 Çekirdekte % 90 Stoplazmadadır
3. m-RNA ,t-RNA ve r-RNA olmak üzere 3tiptir
4. Hücredeki oranı r-RNA >t-RNA > m-RNA
5. Ömrü en kısa olan mRNA
![Page 12: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/12.jpg)
mRNA
tRNA
![Page 13: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/13.jpg)
13
Tip Kısalltma İşlev Dağılım
Mesajcı RNA mRNA Protein Kod. Tüm Canlılar
Ribozomal RNA rRNA Protein Sentezi Tüm Canlılar
Taşıyıcı RNA tRNA Protein Sentezi Tüm Canlılar
Ters Anlamlı RNA aRNA Gen Düzen. Tüm Canlılar
Küçük enterfarnscı RNA
siRNA Gen Düzen. Çoğu Ökaryot
Mikro RNA miRNA Gen Düzen. Çoğu Ökaryot
Küçük nükleer RNA snRNA Çeşitli Ökaryot
Küçük nükleolar RNA snoRNA RNA'nın çekirdekte mod Ökaryot
Ribonükleaz P RNaz P tRNA erginleşmesi Tüm Canlılar
Ribonükleaz MRP RNaz MRP rRNA erginleşmesi, DNA rep Ökaryotlar
Sinyal Tanıma Tanaciği RNası
SRP RNA Protein ihracı Tüm canlılar
BAZI RNA TİPLERİ
![Page 14: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/14.jpg)
Nükleotid yapısıNükleotid yapısı
Bir nükleotid:
Bir azotlu baz . Adenin, guanin, sitozin ya da timin (RNA’da timin yerine urasil)
Bir beş karbonlu şeker (Pentoz)
Bir ya da daha çok fosfat grubu
![Page 15: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/15.jpg)
Halkasal 5-karbonlu şeker
![Page 16: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/16.jpg)
Pürinler
DNA ve RNA iki pürine sahiptir: adenin (A) ve guanin (G).
![Page 17: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/17.jpg)
Pirimidinler
DNA’da iki pirimidin bulunur: sitozin (C), ve timin (T).
![Page 18: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/18.jpg)
RNA’da da iki pirimidin bulunur, sitozin(C), ve urasil (U) (timin yerine).
![Page 19: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/19.jpg)
-N-glikosidik
Karbohidrat
Baz
Nükleozid; Şeker ve Baz
Şekerin ilk karbonu ve baz nitrojeni arasındaki bağ glikozidik bağdır
![Page 20: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/20.jpg)
Başlıca Nükleozidler:
Adenozin
NH
N N
N
NH2
O
OHOH
CH2
OH
NH
N N
N
O
O
OHOH
CH2
OH
NH2
Guanozin
N
NO
O
OHOH
CH2
OH
NH2
Sitidin
NH
NO
O
OHOH
CH2
OH
O
Üridin
-N-glikosidik Pürinlerde N-9Pirimidinlerde N-1
DNA; deoksiriboz
N9N1
N1
CH2 N
3
CH6 C5
C4 N
H7
CH8
N9
Pürin
N3
CH2 N
1
CH
CH5
CH6
Pirimidin
![Page 21: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/21.jpg)
Karbohidrat
Baz
Fosfat
PürinPirimidin
RibozDeoksiriboz
Nükleotidler; nükleozidlerin mono, di veya trifosfat esterleridir ve negatif yük sağlarlar
Nükleotid; Baz + Karbohidrat + Fosfat
![Page 22: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/22.jpg)
Karbohidrat
Baz
FosfatFosfat, pentozun5. Karbonuna ester bağı ile
Ester Bağı
![Page 23: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/23.jpg)
Nükleozid ve Nükleotidlerin İsimlendirilmesi
BAZ RİBONÜKLEOSİD RİBONÜKLEOTİD (5’-MONOFOSFAT)Adenin (A) Adenosin Adenosin monofosfat (AMP) veya AdenilatGuanin (G) Guanosin Guanosin monofosfat (GMP) veya GuanilatSitozin (C) Sitidin Sitidin 5’-monofosfat (CMP) veya SitidilatUrasil (U) Üridin Üridin 5’-monofosfat (UMP) veya ÜridilatBAZ DEOKSİRİBONÜKLEOSİD DEOKSİRİBONÜKLEOTİD (5’-MONOFOSFAT)Adenin (A) Deoksiadenosin Deoksiadenosin 5’-monofosfat (dAMP) veya
DeoksiadenilatGuanin (G) Deoksiguanozin Deoksiguanozin 5’-monofosfat (dGMP) veya
DeoksiguanilatSitozin (C) Deoksisitidin Deoksisitidin 5’-monofosfat (dCMP) veya
DeoksisitidilatTimin (T) Deoksitimidin Deoksitimidin 5’-monofosfat (TMP) veya
Deoksitimidilat
![Page 24: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/24.jpg)
Adenin — adenozin — adenozin monofosfat
Nitrojen 9
Karbon 1
Karbon 5
Karbon 3
Adenozin
AMP
![Page 25: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/25.jpg)
Guanin — guanozin —guanozin monofosfat
Guanozin GMP
Guanin
1
3
![Page 26: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/26.jpg)
Sitozin — sitidin — sitidin fosfat
1
3
Sitidin CMP
![Page 27: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/27.jpg)
Timin —Timidin —Timidin monofosfat
Timidin TMP
![Page 28: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/28.jpg)
Urasil — Uridin —Uridin mono fosfat
Üridin UMP
![Page 29: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/29.jpg)
Mono, Di ve Tri Nükleotidler
mono Di Tri
![Page 30: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/30.jpg)
Nükleotid bağlantısı; fosfodiester bağıdır.
Nükleik asitlerdeki monomerler arası bağlanma bir birimdeki 5’ karbonu üzerindeki hidroksil grubu ve diğerinin 3’ hidroksiline bağlı fosfat grubu yoluyla olmaktadır
![Page 31: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/31.jpg)
Nükleotidlerin özellikleri
Pürin ve pirimidin bazları hidrofobiktir ve hücrede nötral pH civarında suda çözünmez Nükleotidler oldukça güçlü asitlerdir (fosfatın primer iyonizasyonu için pKa~1.0 ile).
![Page 32: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/32.jpg)
Asidiktirler
Fosforik asit gruplarının protonları ayrışabilir, Oluşan fosfat anyonları Mg++ ve Ca ++ ile sıkı kompleksler oluşturur.
N
NN
N
NH2
O
OHOH
OPOPOP
O
O
O
O
O
OO
Mg2+
![Page 33: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/33.jpg)
Bazlar tautomerik biçimleri (hidrojen atomları ve çift bağların yerlerinde değişim) arasında dönüşüm yeteneğine sahiptir.
![Page 34: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/34.jpg)
Pürin ve pirimidin halkalarındaki konjuge çift bağ sistemi spektrumun ultraviyole bölgesine yakın alanda ışığı kuvvetle absorbe eder
Bu güçlü absorbans sıklıkla nükleik asitlerin kantitatif ölçümünde kullanılmaktadır.
DNA ve RNA 260nm’de ölçülebilmektedir
Ribonükleotidlerin ultraviyole spektrumu. pH7.6
![Page 35: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/35.jpg)
Siklik Nükleotidler
Nükleotid monofosfatın iki serbest hidroksil grubunun esterleşmesi ile siklik yapı oluşur.
N
NN
N
NH2
O
OH
HH
HHO
P
O-
O
O
3', 5'-Cyclic AMP(cAMP)
![Page 36: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/36.jpg)
Genel olarak nükleozidler “ Adenozin“ hariç – biyolojik işleve sahip değildir
Adenozin lokal hormon olarak etki eder:
•Kas hücreleri adenozin salgılar. Damarlar genişler ve kan akımı, O2 ve besin taşınımı artar.
•Kalp ritmini düzenler.
•Uyku düzenlenmesinde yer alır.
Nükleozidlerin biyolojik işlevi
![Page 37: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/37.jpg)
Nükleotidlerin Fonksiyonları
Nükleik asitlerin (DNA ve RNA ) aktif öncülleridirler.
Metabolik düzenleyiciler olarak iş görürler (örneğin cAMP - hücre sinyal sisteminin aktivasyonu).
Tüm hücrelerde başlıca enerji kaynağı olarak işlevleri vardır (ATP , GTP).
![Page 38: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/38.jpg)
Adenozin Türevleri
Adenin nükleotidleri başlıca üç koenzimin bileşenidir: NAD, FAD ve KoA.ADP ve ATP Oksidatif fosforilasyonda substrat ya da ürün Serbest enerjinin başlıca dönüştürücüsü
3’-5’-siklik adenozin monofosfat (cAMP) Hücre içi sinyal iletiminde ikincil mesajcı
cAMP bağımlı protein kinaz aktivitesi
S-adenozilmetiyonin (SAM) Metilasyon reaksiyonlarında metil donörü Poliamin sentezinde propilamin kaynağı
![Page 39: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/39.jpg)
Guanozin Türevleri
GDP ve GTP Substrat düzeyinde fosforilasyon reaksiyonları Adenilil siklaz aktivasyonu Allosterik regülatör Protein sentezinde enerji kaynağı
Siklik GMP (cGMP) Hücre içi sinyal iletiminde ikincil mesajcı cAMP’ye antagonist NO ile artış
![Page 40: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/40.jpg)
Hipoksantin Türevleri
Hipoksantin ribonükleotid (IMP) pürin ribonükleotidlerinin öncülüAMP deaminasyonu ile artarDefosforilasyonu ile inozine dönüşür
![Page 41: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/41.jpg)
Urasil Türevleri
UDP-şeker türevleri; glukoz-1-fosfatın galaktoz-1-fosfata epimerizasyonuna katılır
UDP-glukoz; glikojen sentezinde glukoz vericisidir
UDP-şekerler; glikoprotein ve proteoglikanların sentezinde de şeker vericisidir
UDP-glukuronik asit; konjugasyon reaksiyonlarında glikozidik asit donörü (ör.bilirubin konjugasyonu).
![Page 42: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/42.jpg)
Sitozin Türevleri
CTP fosfogliserit sentezinde gerekli Seramid ve CDP-kolinle oluşan sfingomiyelin
ve diğer sfingozin türevleri
![Page 43: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/43.jpg)
Ribonukleotid ve deoksiribonükleotid fosfatlar (Nükleotidler) bütün hücreler için esansiyeldir
DNA ve RNA sentezlenemez
Protein sentezlenemez (CHO, Lipid, enzim, sinyal iletimi)
Hücreler prolifere olamaz
Çoğu metabolik hastalık etiyolojisinde nükleotid metabolizması sorumludur.
![Page 44: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/44.jpg)
Doğal olarak oluşan pürin türevleri
HN
N NH
N
O
Hypoxanthine
HN
NH
NH
N
O
Xanthine
O
Uric Acid
HN
NH
NH
HN
O
O
O
![Page 45: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/45.jpg)
Sentetik Nükleotid Analogları
İki mekanizma ile nükleotid metabolizmasına etki ederler.
1. Nükleik asit sentezi için gerekli özgül enzimlerin inhibisyonu
2. Metabolitlerinin nükleik asitlere katılması ile baz çiftlerini etkileyerek bilginin doğru aktarılması
![Page 46: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/46.jpg)
Sentetik Nükleotid Analogları; Tedavi amacı ile kullanılırlar
5-fluoro ve 5-iodo urasil ya da deoksiuridin türevleri ->timin ya da timidin analogları6-thioguanin6-mercaptopurine5- veya 6-azauridin5- veya 6-azasitidin8-azaguanin
N
N NH
N
SH
6-Merkaptopürin
COO-NH3+
ONH2
COO-
O
NH3+
OCH
N+
N
COO-NH3+
OCH
N+
N
Glutamin Azaserin 6-Diazo-5-oksonorlösin
Adenilosüksinaz ve IMP Dehdrogenaz inhibitörüdür.
Azaserin; FGAM sentetaz Diazonolösin; A.Imidazol sentetaz
![Page 47: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/47.jpg)
Nükleik asitlerinin yapıları
Primer
Sekonder
Tersiyer
![Page 48: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/48.jpg)
Nükleik asitlerin primer yapısıNükleotidler nükleik asitleri oluşturmak üzere 5’ ve 3’ karbon atomları arasında fosfodiester bağları aracılığıyla bağlanırlar
P
5’
3’
OH
AC GT
P PP P
5’ 5’ 5’ 5’
T3’ 3’ 3’ 3’
![Page 49: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/49.jpg)
Çok sayıda nükleotid birleştiğinde uzun tek zincirli polinükleotid ya da nükleik asit oluşur
5’
3’
RibozC-5
![Page 50: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/50.jpg)
Nükleik asit primer yapısı
Nükleik asit primer yapısı nükleotidlerin dizisidir.
Tek zincirli DNA’nın nükleotid dizisi
5’ 3’
![Page 51: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/51.jpg)
Nükleik asit sekonder yapısı
Baz çiftleri arasındaki aralık, iki baz arası 0.34 nm.dir. Her dönü 34 nm
![Page 52: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/52.jpg)
DNA sağ el ya da sol el yönünde dönüşlerle şekil alabilir
![Page 53: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/53.jpg)
Watson-Crick modeli
Watson-Crick modeli Her dönüde antiparallel çift sarmal baz
çiftleri. Çiftleşme A-T ve G-C.
DNA’nın Watson-Crick modeli B form sarmalıdır.
![Page 54: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/54.jpg)
Çift Sarmal Biçimleri
0.26 nm
2.8 nmMinorgroove
Majorgroove
C GA T
T AG C
C G
G CT A
A T
G CT A
A TC G
A T
G C
1.2 nm
A DNA
1 nm
Majorgroove
Minorgroove
A T
T AG C
C G
C G
G CT A
A T
G CT A
A TC G
0.34 nm
3.9 nm
B DNA
+34.7o Rotasyon/Bp
11 Bp/dönüş-30.0o Rotasyon/Bp
12 Bp/dönüş+34.6o Rotasyon/Bp
10.4 Bp/dönüş
C GG C
G CC G
C G
G CG C
G CC G
G CC G
0.57 nm
6.8 nm
0.9 nm
Z DNA
![Page 55: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/55.jpg)
B form sarmalı
Hücrelerde bulunan DNA en çok bu konformasyonu gösterir
Fizyolojik koşullar altında B form
Sarmalın dönüş yönü : sağ
Her dönüşteki rezidü sayısı : 10
Rezidü başına rotation : 36
Rezidü başına sarmalda artış : 0.34 nm
Sarmal adımı : 3.4 nm
![Page 56: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/56.jpg)
A-form sarmalı
A form heliksi düşük nem koşullarında hazırlanmaktadır. Sarmal dönüş yönü : sağHer dönüdeki rezidü sayısı : 11Rezidü başına dönüş : 33°Rezidü başına sarmalda artış : 0.255 nmSarmal adımı : 2.8 nm
DNA A-type (140D)(low water content)
![Page 57: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/57.jpg)
Z form sarmalı - B DNA alternatif sol-el
biçimini alabilir. Bu yapı - “ Z DNA “ olarak
adlandırılır.Sarmal dönüş yönü : solDönüş başına rezidü sayısı : 12 (6 dimer)Rezidü başına sarmalda artış : 0.37 nmSarmal adımı : 4.5 nm
DNA Z-type (2ZNA)(high salt concentration)
![Page 58: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/58.jpg)
DNA’nın denatürasyonupH değiştirilirse; bazlar iyonize olurısı artırılırsa; H bağları etkilenir ve 2 DNA zinciri açılır.
![Page 59: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/59.jpg)
59
Heliks yapısının yarısının açıldığı ısıya DNA nın erime derecesi ( melting tempature, Tm) denir. DNA çift zincirinin açılması DNA DENATÜRASYONU olarak adlandırılır, 260 nm de ölçüm yapılır
Fosfodiester bağları ısıya dayanıklıdır.
Melting Tempature:
![Page 60: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/60.jpg)
60
Tek sarmallı DNA çift sarmala oranla 260 nm de dahafazla absorbans verir
A-T den zengin bölge G-C den zengin bölgeye göre daha düşük ısılarda denatüre olur.
![Page 61: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/61.jpg)
PCR
![Page 62: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/62.jpg)
62
Amplifikasyon
istenen gen
şablon DNA
1’nci döngü
2’nci döngü
4’üncü döngü
3’üncü döngü
35’inci döngü
21 =2 kopya
22 =4 kopya 8 kopya 16 kopya
235 = 34 milyar kopya
Leninger 112601
![Page 63: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/63.jpg)
63
Klinikte Kullanım: Ör; Faktör V Leiden
![Page 64: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/64.jpg)
DNA’nın tersiyer yapısı
DNA’nın iki ucu bağlanabilmekte ve halkalaşmaktadır.
![Page 65: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/65.jpg)
Mitokondrial DNA
Mitokondriyal matriks proteinlerinin tümünün sentezi için gerekli bilgiyi kodlar. Mitokondrideki 2 adet rRNA ve 22 adet tRNA’yı kodlar. ETZ ve oksidatif fosforilasyon ile ilgili bazı proteinleri kodlar. Bakteri DNA’sına benzer, halkasaldır.
![Page 66: N ükleik A sitlerin (DNA ve RNA) Yapıları](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022061518/5681438a550346895db007ce/html5/thumbnails/66.jpg)
Mt.DNA'nın çekirdek DNA'sından bağımsız replikasyon ve transkripsiyon sistemi vardır.
İnsan mt-DNA’sı maternal kalıtımla geçer. Anne tüm çocuklarına mt DNA’sını aktarırken, sadece kız çocuklar bunu ikinci kuşağa aktarır.
Mitokondrial DNA çekirdek DNA’sına benzemekle birlikte belirgin farklılıklar da göstermektedir. a) 3.5 milyon kb'lik çekirdek DNA’sı yanında, 16.5
kb'lik mt-DNA çok küçük bir genoma sahiptir. b) mt.DNA kompakt bir yapıya sahip olup intron
içermez. Sağlık Slaytları http://hastaneciyiz.blogspot.com