návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení...
DESCRIPTION
Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra. Bioreaktor Termostat Clarkova kyslíkova elektroda Fluorescenční sonda Jemné nastavení intenzity záření Hrubé nastavení intenzity záření Zapínače kanálů Přívod vzduchu a dusíku - PowerPoint PPT PresentationTRANSCRIPT
![Page 1: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/1.jpg)
NÁVOD NA TESTOVÁNÍ AKTIVITY
FLUORESCENČNÍ ČOČKY S
IMOBILIZOVANÝM ENZYMEM POMOCÍ ZAŘÍZENÍ SAFIBRA
1
![Page 2: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/2.jpg)
1) Bioreaktor
2) Termostat
3) Clarkova kyslíkova elektroda
4) Fluorescenční sonda
5) Jemné nastavení intenzity záření
6) Hrubé nastavení intenzity záření
7) Zapínače kanálů
8) Přívod vzduchu a dusíku
9) Připojení k termostatu
10) Bio Console
11) Bio Controller
12) Počítač pro ovládání zařízení Safibra
13) SOMS5 pro zapnutí detektoru záření
14) Detektor záření Safibra
12
13
12
10
11
1415
16
15) Tlaková nádoba s N2
16) Vzduchový ventil 2
![Page 3: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/3.jpg)
34
56
8
7
9 9
3
![Page 4: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/4.jpg)
Vložení čočky do bioreaktoru
4
![Page 5: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/5.jpg)
1 2
31) Naplň bioreaktor
pufrem nebo médiem a vlož vhodné míchadlo.
2) Pomocí pinzety umísti fluorescenční čočku na optickou sondu (obr. 1-3).
5
![Page 6: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/6.jpg)
1 2
1) Uzavři bioreaktor a připoj bílou hadici na přívod vzduchu (c).
2) Připoj bioreaktor k termostatu (a – přívod vody z termostatu, b – odvod vody do termostatu) .
3) Připoj Clarkovu elektrodu (obr. 1 a 2).
a
b
6
c
![Page 7: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/7.jpg)
1) Zakryj zdroj záření a bioreaktor černým hadrem .
2) Zapni termostat (označeno na obr. 1).
3) Červeným ventilem zapni přívod vzduchu do bioreaktoru (obr. 2).
4) Zapni zdroj záření SOMS5 (obr. 3)
5) Zapni počítač (přihlášení jméno – host, heslo – Heslo1)
21
7
![Page 8: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/8.jpg)
6) Zapni řídící jednotku Bio Console.
Rozsvítí se obrazovka řídící jednotky Bio Controller ADI 1010. 8
![Page 9: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/9.jpg)
SPOUŠTĚNÍ PROGRAMU PRO MĚŘENÍ LIFETIMU FLUORESCENCE
9
![Page 10: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/10.jpg)
1) Na ploše obrazovky počítače připojenému k detektoru záření vyber ikonu Safibra Sync. 2.0_new (na obr.)
2) Objeví se okno Data acquisition 2.0
Vyčkej statusu Ready.
1 2
10
![Page 11: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/11.jpg)
V ikoně Measure vyber program Fluorescence miltipoint new sensor (SYNCDET).
11
![Page 12: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/12.jpg)
Objeví se následující okno Fluorescence measurement - multipoint.
12
![Page 13: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/13.jpg)
V okně Parameters
1) vyplň Start ch.: 1 a Stop ch.: 1,
2) vyplň Time constant 10,
3) zruš zaškrtnutí generate automatically,
4) pomocí napěťového šroubu detektoru nastav nastav intenzitu prvního okna
13
![Page 14: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/14.jpg)
1) Otevři TotalCommander.
2) Zkopíruj cestu pro uložení dat do pole Output point (zmáčkni v TotalCommanderu pravým tlačítkem na horní řádek s adresářem – zmáčkni Ctrl+C – V řádku Output file zmáčkni Ctrl+V).
3) Za lomítko adresáře napiš jméno souboru pro uložení dat ve formě: nazev.csv.
14
![Page 15: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/15.jpg)
V okně Status vyber Manual channel switch 1.
Channel 0 se změní v 1
15
![Page 16: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/16.jpg)
Zmáčkni tlačítko Open graph.Objeví se černé okno časové závislosti doby života fluorescence. 16
![Page 17: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/17.jpg)
KALIBRACE DOBY ŽIVOTA FLUORESCENCE SENZORU NA AEROBNĚ-ANAEROBNÍ
PODMÍNKY
17
![Page 18: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/18.jpg)
Nastavení aerobních podmínek, tj. minimální hodnoty doby života
fluorescence.
18
![Page 19: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/19.jpg)
Nastav 15% průtok vzduchu do biorektoru:
1) Na řídící jednotce Bio Controller zmáčkni tlačítko Menu.
2) Černým kolečkem vyber Manual Control.
3) Zmáčkni tlačítko Menu.
4) Černým kolečkem vyber Air Massflow Controller (na obr.).
5) Zmáčkni tlačítko Start/Stop.
6) Černý kolečkem nastav 15% (na obr.).
7) Zmáčkni postupně tlačítka Start/Stop a Setp.
Krok 6Krok 4
19
![Page 20: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/20.jpg)
Po nastavení průtoku vzduchu do biorektoru vyletí kulička v průtokoměru na jednotce Bio Console.
Zmáčkni tlačítko Start v ikoně programu Fluorescence measurement.
Detail
20
![Page 21: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/21.jpg)
V okně grafu se objeví šum doby života fluorescence v aerobních podmínkách. 21
![Page 22: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/22.jpg)
Po nasycení média/pufru v bioreaktoru kyslíkem nakalibruj na jednotce Bio Controller Clarkovu kyslíkovou elektrodu na 100% nasycení kyslíkem:
1) Zmáčkni tlačítko Calib.
2) Zmáčkni tlačítko dO2.
3) Černým kolečkem vyber Calibration (na obr.).
4) Zmáčkni tlačítko Calib.
5) Černým kolečkem nastav 100% (na obr.).
6) Zmáčkni tlačítko Calibration.
7) Zmáčkni tlačítko Setp.
8) Třetí sloupec v Bio Controller ukazující koncentraci O2 v bioreaktoru se nastaví na 100% (na obr.).
Krok 3 Krok 5
Krok 8
22
![Page 23: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/23.jpg)
Nastavení anaerobních podmínek
23
![Page 24: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/24.jpg)
Vypni přívod vzduchu do bioreaktoru - viz str. 19 s tím rozdílem, že se hodnota Air Massflow Controller přenastaví černým kolečkem z hodnoty 15% na 0 %.
24
![Page 25: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/25.jpg)
2) Zapni přívod dusíku do bioreaktoru postupným zapnutím ventilů 1, 2 a 3.
1
3
3) Na jednotce Bio Console nastav ventilem 3 průtok dusíku na 1 ml/min.
2
1) Vypni přívod vzduchu do bioreaktoru - viz str. 19 s tím rozdílem, že se hodnota Air Massflow Controller přenastaví černým kolečkem z hodnoty 15% na 0 %
Krok 2
Krok 3
25
![Page 26: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/26.jpg)
V okně časové závislosti doby života fluorescence se vlivem snižující se koncentrace O2 v bioreaktoru postupně zvyšuje hodnota doby života fluorescence (obr. 1). Po poklesu koncentrace O2 v bioreaktoru (jednotka Bio Console na obr. 2), vyčkej ustálení lifetimu fluorescence při anaerobních podmínkách (na obr. 2)
1
2
1
26
![Page 27: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/27.jpg)
Opětovné nastavení aerobních podmínek
27
![Page 28: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/28.jpg)
1) Postupně vypni přívod N2 do bioreaktoru v pořadí ventilů na dusíkové bombě 3, 2 a 1 (str. 25).
2) Zapni přívod O2 do bioreaktoru (str. 19).
3) Vyčkej poklesu hodnoty lifetimu fluorescence na původní hodnotu.
28
![Page 29: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/29.jpg)
TESTOVÁNÍ ODEZVY FLUORESCENČNÍHO SENZORU S
ENZYMEM NA KONCENTRACI SUBSTRÁTU
29
![Page 30: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/30.jpg)
1) Stříkačkou naber vzorek substrátu.
2) Skleněnou tyčinkou ve víku bioreaktoru nastříkni vzorek substrátu do bioreaktoru (na obr.).
3) Odezva enzymu imobilizovaného na fluorescenční čočce se projeví vzrůstem (schodem) lifetimu fluorescence v grafu.
Krok 2
Krok 3
nástřik
30
![Page 31: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/31.jpg)
POPIS OKEN PROGRAMU FLUORESCENCE
MEASUREMENT MULTIPOINT NEW SENSOR
31
![Page 32: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/32.jpg)
32
TAU – doba života fluorescenceCHANNEL – nastavený měřící kanál detektoruINTENSITIES – intenzity fluorescence ve 4 oknech (intenzita v 1. okně max. 9.999 E 6)TIME CONSTANT – RANGE – měřicí rozsah
OKNO PARAMETERSREADOUT PERIOD – časová perioda snímání dat doby života fluorescenceCHANNEL SWITCH PERIOD –Start ch., Stop ch. –TIMECONST DELAY –SAMPLE NAME, OPERATOR NAME, NOTE – pole pro vpisování poznámek k experimentůmOUTPUT FILE – pole pro vkládání cesty pro uložení dat
![Page 33: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/33.jpg)
33
OKNO STATUSVALUES MEASURED– počet naměřených datCURRENT DATA MARKER – počet poznámek vložených do grafuDATA MARKER NOTE – vložení poznámky do grafu (vožení pomocí tlačítka Set new marker) MANUAL CHANNEL SWITCH – nastavení použitého kanálu detektoruOPEN GRAPH – otevření okna časové závislosti doby života fluorescenceGRAPH TIME SCALE, GRAPH Y-SCALE – nastavení měřítek os grafu
![Page 34: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/34.jpg)
34
OKNO ADDITIONAL CONTROLSNENASTAVUJE SE!!!!Slouží ke kalibraci programu pro různé čočky
![Page 35: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/35.jpg)
35
OKNO O2 CONCENTRATIONNemusí se nastavovat!!!Kalibrace koncentrace kyslíku v bioreaktoru (měřeno Clarkovou elektrodou) na dobu života fluorescence.
![Page 36: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/36.jpg)
36
OKNO FAULT DETECTIONNENASTAVUJE SE!!!DETERMINATION COEFFICIENT OF EXPONENTIAL FIT – koeficient pro vypočítání doby života fluorescenceFLUORESCENCE DECAY GRAPH – graf zhášení fluorescence
![Page 37: Návod na testování aktivity fluorescenční čočky s imobilizovaným enzymem pomocí zařízení Safibra](https://reader030.vdocuments.pub/reader030/viewer/2022033103/5681457d550346895db25352/html5/thumbnails/37.jpg)
37
OKNO LOGUkládání softwarových procesů