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NGS（次世代シーケンサー）解析のためのライブラリー作製キット選択ガイド

スタートマテリアル

解析目的

dsDNA

（gDNA or cDNA）

PCR Free 発現解析

全ゲノム解析 Ovation® Rapid Library System 100ng

FFPE

or 微量

ChIP解析/発現解析/全ゲノム解析

Ovation® Ultralow Library System V2 1ng

メチル化

全ゲノムバイサルファイトシーケンス

RRBSバイサルファイト

シーケンス

Ovation® Ultralow Methyl-Seq

Library System 10ng

Ovation® RRBS Methyl-Seq

System 100ng

ターゲット

リシークエンス

変異解析

SNP/InDel/CNV

Ovation® Target Enrichment

System 10ng

推奨商品最低サンプル量

Total RNA

Stranded RNA-Seq

ライブラリー作製

ヒト全血 Ovation® Human Blood RNA-Seq Library System

100ng

ヒトFFPE Ovation® Human FFPE RNA-Seq Library System

100ng

(FFPE)

多様な生物 Ovation® Universal RNA-Seq System 10ng

モデル生物（マウス、ラット、ショウジョウバ

エ、シロイナズナ

Ovation® RNA-Seq System for Model

Organisms 10ng

原核生物 Ovation® Complete

Prokaryotic RNA-Seq Library System

100ng

高等脊椎動物 Ovation® Solo

RNA-Seq System

10pg もしくは1細胞

融合遺伝子 Ovation® Fusion

Panel Target Enrichment System

10ng

ds cDNA増幅 Random/Oligo dT Ovation® RNA-Seq System V2 500pg

Ovation® Rapid Library System

2時間でDNA、cDNAからPCR freeライブラリーが作製可能スタートサンプル量はわずか100ngから可能

Ovation® Rapid Library Systemは、2時間でライブラリの作製が可能です。PCR増幅を行う必要がありませんので、GC含量に起因するバイアスを最小限に抑えることができます。Ovation® RNA-Seq V2(7102-08等）で増幅したcDNAからライブラリー作製を行う場合、6.5時間で作業を完了することができます。

スタートサンプル量：DNA or cDNA 100～500ng 所要時間：2時間

DNA or cDNA

End Repair Adaptor Ligation

Final Repair Library Quantitation

Workflow

2 時間

製品名反応数製品コード価格（税抜）

Ovation® Rapid DR Multiplex System 1-8 32 0319-32 ¥187,000



Sheared Genomic DNA

or ds cDNA End Repair

Adaptor Ligation

PCR Library

Quantitation

Ovation® Ultralow Library System V2

わずか1ngのdsDNAからのライブラリーを作製可能ハイフィデリティーなPCR酵素によりGC含量に依存しない再現性

Workflow

4 時間


Ovation® Ultralow System V2 1-16 32 0344-32 ¥288,000

Ovation® Ultralow System V2 1-16 32 0344NB-32 ¥260,000

Ovation® Ultralow System V2 1-96 96 0347-A01⋆ ¥820,000

⋆精製用ビーズが含まれておりません

Ovation® Ultralow Library System V2は、予め増幅することなくわずか1ngのdsDNAからDNAライブラリーを作製可能です。 Ovation® RNA-Seq V2(7102-08等）で増幅したcDNAから、簡単にライブラリー作製を行うことも可能です。

スタートサンプル量：gDNA or ds cDNA 1～100ng 所要時間：4時間

Ovation® Ultralow Methyl-Seq Library System

わずか10ngのgDNAからdirectionalなMethyl-Seq用ライブラリーを作製可能全ゲノムバイサルファイトシーケンスに最適

Ovation® Ultralow Methyl-Seq Systemは、わずか10ngのgenomic DNAからライブラリーを作製可能です。本製品は全ゲノムバイサルファイトシーケンスを目的に使用することができます。

スタートサンプル量：gDNA 10～300ng 所要時間：5～9時間

Sheared Genomic

DNA

End Repair

Adaptor Ligation

Final Repair

Bisulfite Conversion

PCR Library Quantitation

Workflow

5～9時間


Ovation® Ultralow Methyl-Seq DR Multiplex System 1-8 32 0335-32 ¥430,000

Ovation® Ultralow Methyl-Seq DR Multiplex System9-16 32 0336-32 ¥430,000

Gennomic DNA

Msp Iによる断片化

Adaptor Ligation

Finel Repair Bisulfite

Conversion PCR

Library Quantitation

ゲル精製不要のシンプルなワークフロー必要リード数は全ゲノムバイサルファイトシーケンスの1/50 新たなアダプター構造によりシーケンス解析時にPhixは不要

Workflow

6.5時間

Ovation® RRBS Methyl-Seq Systemは、100ngのgenomic DNAからライブラリーを作製可能です。断片化はメチル化状態に依存しない制限酵素Msp Iを使用します。

スタートサンプル量：gDNA 100ng 所要時間：6.5時間

Forward/Reverse ReadとMsp I Fragmentの間にランダムに延期が0～3個挿入されます。


Ovation® RRBS Methyl-Seq System 1-16 32 0353-32 ¥530,000

**本製品にはBisulfite Conversionに用いる試薬は含まれません

Ovation® RRBS Methyl-Seq System

InDA-C技術を利用したRNA-Seq用ライブラリー作製

⋆rRNA除去やpoly（A)精製の必要はありません

Insert dependent adaptor cleavage(InDA-C) is an efficient method to reduce unwanted transcripts prior to sequencing

Gene-specific primersで特定配列を二本鎖化し、制限酵素処理でその配列を除去する方法。rRNAやグロビン由来のcDNAの次の反応への持ち込みを大幅に抑制します。

Ovation® Human Blood RNA-Seq Library SystemでInDA-C効果を見た1例

ヒト成人全血由来totalRNAからのRNA-Seqライブラリー作製キット

Ovation® Human Blood RNA-Seq Library System

ヒト全血由来のtotalRNAからdirectionalなライブラリー作製ヒトrRNA（12S、16S、18S、28S）とグロビン遺伝子（HBA1、HBA2、HBB、HBD）をInDA-C技術

で効率的に抑制インプット量はわずか100ng

製品名反応数製品コード価格（税抜） Ovation® Human Blood RNA-Seq Multiplex System 1-8 32 0337-32 ¥410,000

Ovation® Human Blood RNA-Seq Multiplex System 9-16 32 0338-32 ¥410,000

ヒトFFPE由来total RNAからのRNA-Seqライブラリー作製キット

Ovation® Human FFPE RNA-Seq Library System

ヒトFFPEおよび新鮮凍結組織由来のtotal RNAからderectionalなライブラリーを作製ヒトrRNA（12S、16S、18S、28S）をInDA-C技術で効率的に抑制 FFPEでは100ng～、新鮮凍結組織では10ngから解析が可能

製品名反応数製品コード価格（税抜） Ovation® Human FFPE RNA-Seq Multiplex System 1-8 32 0340-32 ¥475,000

Ovation® Human FFPE RNA-Seq Multiplex System 9-16 32 0341-32 ¥475,000

原核生物からのdirectionalなRNA-Seqライブラリー作製キット

Ovation® Complete Prokaryotic RNA-Seq Library System

原核生物由来のtotal RNAからdirectionalなライブラリーを作製原核生物由来のrRNAをInDA-C技術で抑制インプット量はtotal RNA量で100ng～

製品名反応数製品コード価格（税抜） Ovation® Complete Prokaryotic RNA-Seq DR Multiplex System 1-8 32 0326-32 ¥457,000

Ovation® Complete Prokaryotic RNA-Seq DR Multiplex System 9-16 32 0327-32 ¥457,000

モデル生物に特化したRNA-Seqライブラリー作製キット

Ovation® Model Organism RNA-Seq System

モデル生物全4種類（マウス、ラット、ショウジョウバエ、シロイナズナ）由来のtotal RNAからdirectionalなライブラリーを作製

各生物種のrRNA（細胞質、ミトコンドリア）をInDA-C技術で効率的に抑制。更にシロイナズナは葉緑体のrRNAも抑制

インプット量はtotal RNA量で10ng～

さまざまな生物種からのRNA-Seq用ライブラリー作製キット

Ovation® Universal RNA-Seq System

さまざまな生物種由来のtotal RNAからdirectionalなライブラリーを作製可能各生物種のrRNA以外にも特定の転写産物をInDA-C技術により抑制インプット量はtotal RNAで10ngより

**本キットは特定のInDA-Cを含んでおりません。個別にInDA-Cプライマーを作製して頂く必要がございます。 NuGEN社ではお客様が抑制したい転写産物に対して、無償でプライマーの設計を致します。プライマーはお客様ご自身で合成ください。

製品名反応数製品コード価格（税抜） Ovation® Universal RNA-Seq System 1-16 32 0343-32 ¥400,000

製品名反応数製品コード価格（税抜） Ovation® Mouse RNA-Seq System 1-16 32 0348-32 ¥440,000

Ovation® Rat RNA-Seq System 1-16 32 0349-32 ¥440,000 Ovation® Drosophila RNA-Seq System 1-16 32 0350-32 ¥440,000 Ovation® Arabidopsis RNA-Seq System 1-16 32 0351-32 ¥440,000

組織 InDA-Cでターゲットとした転写産物

Human Cardiac actin and myosin

Goat rRNA,globin

Macaque rRNA,globin

C.elegans rRNA,4 housekeeping genes

Grape rRNA,chloroplast RNA

Planaria rRNA

NuGEN社で過去に作製実績のあるInDA-Cの例

NuGEN社独自のSingle Primer Enrichment Technology（SPET）技術を用いたターゲット領域濃縮システム

Ovation® Target Enrichment System

微量のゲノムDNAからNuGEN社独自の技術SPETによりターゲットを濃縮がん関連遺伝子、ヒトミトコンドリアゲノム、カスタムターゲット遺伝子（～10Mb）の検出 24時間ワークフローの簡単操作（8時間のオプションコントロールも用意）

スタートサンプル量：gDNA 10～500ng 所要時間：8時間～1日

Ovation® Target Enrichment Systemは、NuGEn社独自のターゲット配列濃縮技術であるSingle Primer Enrichment Technology（SPET）を用いて、微量のゲノムDNAからターゲット配列を濃縮してマルチフレックスライブラリーを作製するためのシステムです。8時間プロトコールと1日プロトコールを選択することができ、どちらのプロトコールでも、そのままシーケンスに使用可能なインデックス付のライブラリーを作製できます。ターゲット配列の含有比率が高く、高いリード数も示します。更に、ターゲット配列以外のリード数は低い結果となります。SPETはどの様な配列のゲノムソースに対しても数Kb～10Mbのターゲットサイズに対応可能です。

Workflow

断片化～500bp FWDアダプターライゲーションターゲットプローブ/REVアダプターのアニーリング

プローブ伸長 PCRプライマーのアニーリングターゲット増幅

Ovation® Cancer Panel Target Enrichment System（9079-08、9079-32、9079-96）、Ovation® Cancer Panel 2.0 Target Enrichment System（9115-08 、9115-32、9115-96）及びOvation® Cancer Panel FFPE Target Enrichment System（9099-08、9099-32、9099-96）は、新鮮組織もしくはFFPEサンプル用に設計されたプローブを用いた癌パネルです。 Ovation® Cancer Panel Target Enrichment SystemとOvation® Cancer Panel FFPE Target Enrichment Systemは344のがん関連遺伝子をターゲットとしております。 Ovation® Cancer Panel 2.0 Target Enrichment SystemはOvation® Cancer Panel Target Enrichment Systemでターゲットとしたがん関連遺伝子344に23のCNV（Copy Number Variations）関連遺伝子も加えた、509遺伝子をターゲットとしています。 Ovation® Human Mitochondrion Target Enrichment System（9087-8、9087-32、9087-96）は、ミトコンドリアゲノム全体をカバーするようにデザインされたプローブを用いています。 Ovation® Custom Target Enrichment Systemは5Kbから最大10Mb（過去の実績では3.5Mb）のターゲットに対応可能なプローブをデザインします。


Ovation® Cancer Panel 2.0 Target Enrichment SystemとDigital PCRの比較では非常に良好な相関が取れています。

Copy number mesurements using quantitaed BAC clone spike-in


Ovation® Cancer Panel Target Enrichment System

8 9079-08 ¥150,000

32 9079-32 ¥500,000

96 9079-96 ¥1,420,000

Ovation® Cancer Panel 2.0 Target Enrichment System

8 9115-08 ¥170,000

32 9115-32 ¥570,000

96 9115-96 ¥1,610,000

Ovation® FFPE Cancer Panel Target Enrichment System

8 9099-08 ¥150,000

32 9099-32 ¥500,000

96 9099-96 ¥1,420,000

Ovation® Human Mitochondrion Target Enrichment System

8 9087-08 ¥150,000

32 9087-32 ¥500,000

96 9087-96 ¥1,420,000

Ovation® Custom Target Enrichment System 32 - 要お問い合わせ

96 - 要お問い合わせ

Ovation® Target Enrichment Systemに使われているもう一つの技術-N6 Index Read

バーコードとは異なるユニークな6塩

基を付加することによりユニーク配列かPCR duplicateかを見分けることができます。

同じ6塩基配列の為PCR duplicateだと判明


Ovation® Fusion Panel Target Enrichment System V2

微量のRNAからNuGEN社独自の技術SPETによりターゲットの融合遺伝子を濃縮 502遺伝子をターゲットとする融合遺伝子の検出シングルチューブで行う24時間のワークフローと8時間のFastプロトコルも準備

スタートサンプル量：total RNA 10ng～1ug 所要時間：8時間～1日

Ovation® Fusion Panel Target Enrichment System V2は、NuGEn社独自のターゲット配列濃縮技術であるSingle Primer Enrichment Technology（SPET）を用いて、微量のtotal RNAから

ターゲット配列を濃縮してマルチフレックスライブラリーを作製するためのシステムです。英国サンガーセンターのCatalog of Somatic Mutations in Cancer （COSMIC）とChimerDB2.0のデータベースで融合遺伝子として登録されている502の遺伝子の全エキソン領域をターゲットに含んでいます。わずか10ngのtotal RNA（別売のOvation® cDNA Module for Target Enrichment 9103-XXが必要）、またFFPEからサンプルであれば1ugのtotal RNAでライブラリーの作成が可能となります。

Workflow

Ds cDNA調整、末端修飾 FWDアダプターライゲーションターゲットプローブ/REVアダプターのアニーリング

プローブ伸長 PCRプライマーのアニーリングターゲット増幅

Ovation® cDNA Module for Target EnrichmentによるcDNA作製


Ovation® cDNA Module for Target Enrichmnet

8 9103-08 ¥3,800 32 9103-32 ¥136,000 96 9103-96 ¥360,000

Ovation® Fusion Panel Target Enrichment System V2

8 9124-08 ¥150,000 32 9124-32 ¥500,000 96 9124-96 ¥1,420,000

上図は肺のAdenocarcinomaセルラインのH2228における融合遺伝子の解析（図A）とUniversal Human Reference（UHR） RNAに10種類の癌セルラインを混ぜたものの解析（図B）結果です。 H2228では既知の癒合遺伝子が検出されています。また、UHR RNAではBCR-ABL、NUP214-XKR3融合遺伝子とFGFR1/WHSC1L1とMLLT10-PICALMの融合遺伝子が検出できた例です。融合遺伝子の確認にはRT-PCRとサンガー法のシーケンサー用いました。


ngs（次世代シーケンサー）解析のためのライブラ …cnv（copy number...

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