VIDEI DRAUDZĪGĀ LAUKSAIMNIECĪBĀ NOZĪMĪGU AUGU PAZĪMJU ĢENĒTISKĀ KARTĒŠANA UN MOLEKULĀRO MARĶIERU IDENTIFIKĀCIJA

2010.03.04.

2

Izstrādāt un adaptēt molekulāros marķierus videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgām augu pazīmēm

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

PROJEKTA PĒTĪJUMA AKTIVITĀTES

3.1. aktivitāte. Jaunu selekcijas materiāla vērtēšanas metodiku izstrāde, pilnveidošana un pārbaude

3.3. aktivitāte. Videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgu augu pazīmju ģenētiskā kartēšana un molekulāro marķieru identifikācija

2010.03.04.

3

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

MOLEKULĀRO MARĶIERU

PRIEKŠROCĪBAS SELEKCIJĀ

Ļauj būtiski saīsināt selekcijas laiku, jo dod iespēju jau agrīnās paaudzēs identificēt indivīdus ar noteiktu genotipu (gēnu alēļu kombināciju) , apejot ilgstošus, darbietilpīgus lauka izmēģinājumus

Ļauj identificēt indivīdus ar noteiktām gēnu alēļu kombinācijām, kuras nav iespējams noteikt fenotipiski lauka izmēģinājumos

2010.03.04.

4

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

MARĶIERI

2010.03.04.

5

Almost all aspects of life are engineered at the molecular level, and without understanding molecules we can only have a very sketchy understanding of life itself

Francis Crick Tāpat kā ceļojumā orientēties palīdz ceļa

stabi, genomā orientēties palīdz marķieri Atšķirības genoma DNS sekvencē kalpo

kā molekulārie marķieri genoma kartēšanai

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

FENOTIPISKĀ UN ĢENĒTISKĀ

DAUZVEIDĪBA

2010.03.04.

6

Fenotipiskā daudzveidība atspoguļo atšķirības dažādu miežu šķirņu genomā

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

NO PAZĪMES LĪDZ POLIMORFISMAM GĒNA

SEKVENCĒ

2010.03.04.

7

Pazīme

Miežu genoms 5x109 bp

Pazīmi nosakošā gēna sekvence

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

GENOMIKA UN AUGU SELEKCIJA

2010.03.04.

8

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

MOLEKULĀRIE MARĶIERI ESF

PROJEKTĀ

2010.03.04.

9

Zināmu molekulāro marķieru adaptācija noteiktām pazīmēm, piemēram, slimības izturībai un jaunu marķieru izstrāde noteiktām slimības izturības gēnu alēlēm

Pazīmju kartēšana miežu populācijā izmantojot asociāciju ģenētikas pieeju un jaunu molekulāro marķieru veidošana noteiktām videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgām pazīmēm

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

MARĶIERI NOTEIKTIEM GĒNIEM

2010.03.04.

10

Darbs ar zinātnisko literatūru, lai identificētu marķierus noteiktiem gēniem

Identificēto marķieru tehniskā pārbaude

Identificēto marķieru pārbaude Latvijas laukaugu selekcijas materiālā

Jaunu marķieru izveide zināmiem gēniem un pārbaude Latvijas laukaugu selekcijas materiālā

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

MARĶIERI NOTEIKTIEM GĒNIEM – PAZĪMES

2010.03.04.

11

Mieži – putošā melnplauka un vārpu fuzarioze

Kartupeļi – lakstu puve un izturība pret nematodēm

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

GĒNU KARTĒŠANA

2010.03.04.

12

Ja gēns, kurš nosaka kādu pazīmi nav zināms, tad tas ir jākartē

Pazīmju kartēšanai izmantojot molekulāros marķierus nepieciešams liels skaits marķieru, kuri ir vienmērīgi izvietoti genomā un efektīva sistēma to genotipēšanai noteiktā augu materiālā

Illumina miežu genotipēšanas platforma

Vienlaicīga 3072 punktveida mutāciju (SNP) genotipēšana 96 miežu paraugos

Augsta datu kvalitāte, zināms marķieru novietojums miežu genomā

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

PIEMĒRS – MIEŽU GENOMA RAJONI, KURI IETEKMĒ -

GLIKĀNU SATURU

2010.03.04.

13

Lineāri genomā izvietoti molekulārie marķieri

Kor

elāc

ija a

r -g

likān

u sa

turu

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

UZSĀKTIE DARBI

2010.03.04.

14

Literatūras analīze publicētu molekulāro marķieru identificēšanai

Metodiku apgūšana; konkrētiem molekulāriem marķieriem nepieciešamo specifisko materiālu un reaģentu iepirkums

Miežu augu materiāla audzēšana DNS izdalīšanai no 96 miežu līnijām genotipēšanai

Iepriekšējos projektos iegūto datu analīze ar uzsvaru uz videi draudzīgā lauksaimniecībā nozīmīgām pazīmēm

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099

2010.03.04.

15

Pateicības: • VIAA par atbalstu projekta realizācijā • VPLSI kolēģiem par sadarbību • LU par atbalstu projekta administrēšanā

2009/0218/1DP/1.1.1.2.0/09/APIA/VIAA/099