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医学信息检索与 医学信息检索与 利用 利用 津医科大学图书馆 津医科大学图书馆 2019/10/18 1

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医学信息检索与医学信息检索与利用利用

天津医科大学图书馆天津医科大学图书馆

2019/10/18 1

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为什么要学习文献信息检索?为什么要学习文献信息检索?为什么要学习文献信息检索?为什么要学习文献信息检索?

科学研究的一般工作流程:

发现问题 试验 数据分析 发现

•检索相关的研究

•分析现有的研究结果

•制订试验方案

定义试验步骤

•数据可视化

数据验证

•写作研究论文

发表研究论文•分析现有的研究结果

•发现问题

•提出假说

•定义试验步骤

•试验

•数据汇总

•数据验证

•调整试验

重新校验假说

•发表研究论文

提出假说 •数据汇总 •重新校验假说

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一个科研人员的时间分配表一个科研人员的时间分配表一个科研人员的时间分配表一个科研人员的时间分配表

查资料写报告

51%9%

查资料

计划思考

实验研究实验研究

写报告实验研究

32%32%计划思考8%

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学习文献信息检索的目的学习文献信息检索的目的

面对日益增长的信息资源,如何通过一种有效的方法,以 少的时间与精力来获取自己所要的信息

——这就是学习信息检索所要解决的问题

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概论主要内容概论主要内容

一、绪论

二 文献信息检索途径二、文献信息检索途径

三、文献信息检索技术和策略三、文献信息检索技术和策略

四、文献信息检索语言

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绪论绪论一、绪论一、绪论 1.课程的目标和任务课程的目标和任务

课程的目标:

医学文献信息检索旨在培养学生的信息意识医学文献信息检索旨在培养学生的信息意识、

信息能力和信息道德,掌握文献信息检索的基本

理论 基本知识和基本技能 培养学生的检索理论、基本知识和基本技能,培养学生的检索、

筛选、分析、评价、管理和综合利用文献信息的

能力、创新能力和终身学习能力。

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绪论绪论一、绪论一、绪论

课程的任务 课程的任务:

医学文献信息检索课的主要任务是通过学习信

息检索的基础知识和基本技能 了解医学及相关息检索的基础知识和基本技能,了解医学及相关

专业文献信息的基本知识,掌握常用医学信息资

源数据库的使用方法,能够快速地从各种医学信

息资源中获取自己所需要的信息,并进行分析、

评价和有效利用。

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一 绪论一 绪论一、绪论一、绪论 信息素养包含的内容: 信息意识:是主观上对信息具有强烈的知情愿望和高度敏感。信息道德 是指个体在信息活动中应遵循的道 信息道德: 是指个体在信息活动中应遵循的道德规范。信息能力 是信息素养的核心 培养医学生的信 信息能力:是信息素养的核心,培养医学生的信息能力至关重要。包括信息活动能力、信息积累能力 信息表达能力 信息甄别能力 信息利用能力、信息表达能力、信息甄别能力、信息利用能力。

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一、绪论一、绪论

文献信息数据库的类型文献信息数据库的类型

什么是题录格式什么是题录格式

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文献信息数据库的类型:文献信息数据库的类型:

1.书目数据库(Bibliography Database)

2 事实数据库(Fact Database) 2.事实数据库(Fact Database)

3.数值数据库(Numeric Database)

全文数据库( ll b ) 4.全文数据库(Full-text Database)

5.多媒体数据库(Multimedia Database)

6.知识库(Knowledge Base)

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书目数据库书目数据库

提供文献的特征 如篇名 著者 文献来源 摘 提供文献的特征,如篇名、著者、文献来源、摘要、文献收藏单位等,提供“文献线索”的数据库库。

中国生物医学文献数据库,pubmed,Web of S i EMB CA等Science,EMBase,CA等。

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事实数据库事实数据库

提供问题的答案,如医学术语、疾病的诊治方法、提供问题的答案,如医学术语、疾病的诊治方法、药物的用法和不良反应、化合物的结构与化学反应等。应等。

Physician Data Query,电子版的词典、百科全书、年鉴等。书、年鉴等。

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数值数据库数值数据库

提供数据信息 包括统计数据 科学实验数据 提供数据信息,包括统计数据、科学实验数据、化合物理化数据、人口数据、疾病发生和死亡数据 各种测量数据等据、各种测量数据等。

美国疾控中心CDC的Data and Statistics、ISI的JCR等的JCR等。

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全文数据库全文数据库

中文全文数据库:中国知网CNKI、中文科技期刊数据库、万方系统的数字化期刊全文库数据库、万方系统的数字化期刊全文库

常用英文全文数据库有SpringerLink、Proquest、Wiley、ScienceDirect、OVID。Wiley、ScienceDirect、OVID。

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题录题录题录题录

篇名、著者、出处这三个字段构成题录。三个字段构成题录。

例:黄伟,金远平. 形式概念分析在本平. 形式概念分析在本体构建中的应用.微机发展,2005(2):28-发展,2005(2):2831.

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三 文献信息数据库的检索途径三 文献信息数据库的检索途径三、文献信息数据库的检索途径三、文献信息数据库的检索途径

1. 自由词检索1. 自由词检索 2. 主题词检索 3. 分类检索3. 分类检索 4. 著者检索 5. 题名检索5. 题名检索 6. 引文检索 7. 机构检索7. 机构检索 8. 刊名检索 9. 序号检索 序号检索

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自由词又称文本词Text Word,包括:标题词Title Word,关键词Keyword 文摘词Abstract Word 全文词Fulltext WordKeyword,文摘词Abstract Word,全文词Fulltext Word。通过从文献篇名、正文或摘要中抽取出来的能表达文献主要内容的单词或词组查找文献的检索途径。

自由词检索自由词检索

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美国国立医学图书馆的《医学主题词表》

主题词检索主题词检索美国国立医学图书馆的《医学主题词表》

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主题词检索主题词检索主题词检索主题词检索

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《中国图书馆分类法》《中国图书馆分类法》

分类检索分类检索

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著者检索著者检索

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著者检索著者检索著者检索著者检索

姓前名后,姓用全称,名缩写

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题名检索题名检索题名检索题名检索

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引文检索引文检索引文检索引文检索

以被引用文献(文章后面的参考文献)为检索起点来以被引用文献(文章后面的参考文献)为检索起点来

查找引用文献的过程。

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机构检索机构检索机构检索机构检索

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刊名检索刊名检索刊名检索刊名检索

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序号检索序号检索

利用文献特有序号作为检索入口查找文献的途径。文献中的序号主要包括ISSN ISBN 专利号 公文献中的序号主要包括ISSN、ISBN、专利号、公开号、合同号、化学物质登记号等。

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四 基本检索技术与检索策略四 基本检索技术与检索策略四、基本检索技术与检索策略四、基本检索技术与检索策略

1 文献检索的定义和作用1.文献检索的定义和作用

2.文献信息检索技术

3 文献检索策略3.文献检索策略

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1.1.文献检索的定义和作用文献检索的定义和作用

文献检索

定义:根据用户需要,利用检索工具和检索系统,定义:根据用户需要,利用检索工具和检索系统,查找出符合用户特定需要的过程。

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1.1.文献检索的定义和作用文献检索的定义和作用

文献检索的意义和作用:文献检索的意义和作用:文献检索的意义和作用:文献检索的意义和作用:

((1)获取科学知识的 佳捷径

(2)避免科研工作重复 少走弯路(2)避免科研工作重复、少走弯路。

(3)提高科研、生产效率,节省时间。

(4)提高信息素养(4)提高信息素养。

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文献信息检索技术文献信息检索技术2.2.文献信息检索技术文献信息检索技术 (1) 布尔逻辑检索 (1).布尔逻辑检索 (2).截词检索 (3) 邻近检索(3).邻近检索 (4).限定检索 (5).扩展检索 (6).加权检索 (7).精确检索和模糊检索(8) 跨库检索 (8).跨库检索

(9).相关信息反馈检索

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(1)(1) 布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术(1).(1).布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术

布尔运算符布尔运算符布尔运算符布尔运算符

◦ AND OR NOT 分别表示逻辑与 逻辑或 逻◦ AND、OR、NOT,分别表示逻辑与、逻辑或、逻辑非三种逻辑运算关系。

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(1)(1) 布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术(1).(1).布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术

逻辑“与”,检索表达式为 “A and B”。◦ 数据库中同时含有检索词A和B的文献为命中文献;

◦ 作用是缩小检索范围,提高查准率;

◦ 例如,查找“胰岛素治疗糖尿病”的文献,检索式为i li (胰岛素) d di b t (糖尿病)insulin(胰岛素) and diabetes(糖尿病)。

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(1)(1) 布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术(1).(1).布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术

逻辑“或”,检索表达式为“A or B”。◦ 数据库中的文献中含有检索词A或B的文献为命中文献;

◦ 作用是扩大检索范围;

◦ 例如,查找“肿瘤”的文献,检索式为cancer(癌) or(瘤) (癌) (新生物)tumor(瘤) or carcinoma(癌) or neoplasm (新生物)。

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(1)(1) 布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术(1).(1).布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术

逻辑“非”,检索表达式为“A not B”。◦ 数据库中凡含有检索词A而不含B的文献为命中文献;

◦ 作用是缩小检索范围,提高查准率;

◦ 例如,查“动物的乙肝病毒(不要人的)”的文献,检索式为 ( 病毒) (人索式为 hepatitis B virus(乙肝病毒) not human(人类)。

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(1)(1) 布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术(1).(1).布尔逻辑检索技术布尔逻辑检索技术

布尔逻辑运算的优先顺序◦ 当一个检索表达式含有多个布尔算符时,执行的顺序为not>and>or

◦ 可用圆括号改变运算顺序,将需要优先运算者置于()中中。

◦ 例如,查找“维生素C或维生素E对糖尿病患者肾脏的保护作用” 检索式为护作用 ,检索式为:

(维生素C or 维生素E)and 糖尿病 and 肾。

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(2)(2) 截词检索截词检索(2).(2).截词检索截词检索

截词检索:把检索词截断,取其中的一部分片段,再加上截词符号一起输入检索,系统按照词的片段与数据库里的索引词对比匹配,凡是包含这些词的片段的文献均被检索出来。

截词检索主要用于检索词的单复数、词性的词尾变化、词根相同的一类词,以及同一词的拼法变变化 词根相同的 类词 以及同 词的拼 变异等。

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(2).(2).截词检索截词检索

常用的截词符号有“ * ”、“ ?”。

* 可代替0-n个字母 可代替 个字母

?可代替0-1个字母

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(2)(2) 截词检索截词检索(2).(2).截词检索截词检索

根据被截断部位的不同:

左截断,*hydroxy 左截断,*hydroxy

右截断,hyperten*

中截断 h*ophilia 中截断,h*ophilia

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(2).(2).截词检索截词检索

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(3)(3) 邻近检索邻近检索(3).(3).邻近检索邻近检索

邻近检索(proximity searching)是用来表示检索词与检索词之间位置关系的检索技术,通常用位置算符来实现。

采用的位置算符有near,with。◦ “near”,表示检索词位置相邻,检索词出现的顺序可前可后,如gene NEAR apoptosis;

“ 表示检索词位置相邻 且两词出现的顺序与◦ “with”,表示检索词位置相邻,且两词出现的顺序与输入顺序一致,如liver WITH cancer。

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(3)(3) 限定检索限定检索(3).(3).限定检索限定检索

限定检索(limit Searching)又称限定字段检索(limit Field Searching),是利用检索词出现的字段进行的检索;

用户可以指定检索某一字段或某几个字段以使检用户可以指定检索某 字段或某几个字段以使检索结果更为准确,减少误检;

检索系统的限定检索会采用缩写形式的字段标识检索系统的限定检索会采用缩写形式的字段标识符;◦ 如 PubMed中[AU]著者、[AD]作者机构等。如 中[ ]著者 [ ]作者机构等

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(4)(4) 扩展检索扩展检索(4).(4).扩展检索扩展检索

扩展检索(expand searching)是同时对多个相关检索词执行逻辑或检索的技术;

即当用户输入一个检索词后,系统不仅能检出该检索词的文献,还能检出与该检索词同属于一个检索词的文献 能检出与该检索词同属于 个概念的同义词或下位词的文献,◦ 如PubMed中主题词的扩展检索。

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(5)(5) 加权检索加权检索(5).(5).加权检索加权检索

加权检索(weighing searching)不仅检索提问词是否存在,而且计算提问词的权值,当权值之词是否存在,而且计算提问词的权值,当权值之和超过阈值的记录才能在数据库中被检出来。◦ 在某些数据库中表现为仅检索主要概念主题词,如在某些数据库中表现为仅检索主要概念主题词,如pubmed;

◦ 而有些数据库表现为词频检索,如中国学术期刊全文数据库。

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(6)(6) 精确检索和模糊检索精确检索和模糊检索(6).(6).精确检索和模糊检索精确检索和模糊检索

精确检索(exact searching)是指所检信息与输入的词组完全一致的匹配检索技术;◦ 在许多系统中用引号来表示,如检索“Acute Pancreatitis”;

模糊检索(fuzzy searching)允许所检信息与检索提问之间存在一定的差异。◦ 如检索Acute Pancreatitis,可检索出Pancreatitis、Acute Pancreatitis等。

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(7)(7) 跨库检索跨库检索(7).(7).跨库检索跨库检索

跨库检索(cross database searching)是一次对多个数据库同时进行检索的技术。对多个数据库同时进行检索的技术。◦ 跨库检索能为用户提供统一的检索接口,将用户检索需

求转化为不同数据库的检索表达式,并发地检索本地和

广域网上的多个分布式异构数据库,并对检索结果加以

整合,以统一的格式将结果呈现给用户。

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(7)(7) 跨库检索跨库检索(7).(7).跨库检索跨库检索

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(8)(8) 相关信息反馈检索相关信息反馈检索(8).(8).相关信息反馈检索相关信息反馈检索

相关信息反馈检索,是将与已检结果存在某种程度相关的信息检索出来的检索技术,多由检索系统自动进行检索。◦ 如PubMed的“Related Articles”。

◦ CNKI的相似文献

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(8)(8) 相关信息反馈检索相关信息反馈检索(8).(8).相关信息反馈检索相关信息反馈检索

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(9)(9) 智能检索智能检索(9).(9).智能检索智能检索

自动实现检索词、检索词对应主题词及该主题词所含下位词的同步检索。

如中国生物医学文献服务系统(SinoMed)的智能检索。PubMed的“自动词语匹配检索”属于智能检索 的 自动词语匹配检索 属于智能检索。

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(10).(10).其他网络检索技术其他网络检索技术

其他网络检索技术其他网络检索技术

1)包含或排除检索技术

2)检索结果翻译与多语种检索 2)检索结果翻译与多语种检索

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33 文献检索步骤文献检索步骤3.3.文献检索步骤:文献检索步骤:

分分析检索

选择合

制定检

检索结果

输出检是

分析主

索用词索

课题,

合适的数

检索策略

果是否满

检索结果

主题概念

,明确实

数据库

略满意

念,确定实

质需

修正检索策略

否定检

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检索策略的调整检索策略的调整检索策略的调整检索策略的调整

(1)扩大检索范围的方法:

增加同义词或近义词,用OR组配;

主题词扩展检索(有下位词)或使用上位主题词进行检索;词进行检索;

检索相关主题词;

使用截词符或通配符;使用截词符或通配符;

减少检索的字段限定;

横向检索横向检索;

检索引文。

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检索策略的调整检索策略的调整检索策略的调整检索策略的调整

(2)缩小检索范围的方法:

使用逻辑运算符“and”或“not”;使用逻辑运算符 and 或 not ;

选择专指性的检索词;

使用副主题词;使用副主题词;

主题词加权检索;

限制字段检索限制字段检索。

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检索效果的评价检索效果的评价检索效果的评价检索效果的评价

查全率(recall):指系统在进行某一检索时查全率(recall):指系统在进行某一检索时,检出的相关文献量占系统文献库中相关文献量的比率,它反映该系统文献库中实有的相关文献量在多大 度上被检索出来在多大程度上被检索出来。

R=(检出相关文献量/系统文献库中相关文献总量)×100%×100%

查准率(precision):指系统在进行某一检索时,检出的相关文献量占检出的文献总量的比率,它反映每次从该系统文献库中实际检出的全部文献反映每次从该系统文献库中实际检出的全部文献中有多少是相关的。

P=(检出相关文献量/检出文献总量) ×100%P=(检出相关文献量/检出文献总量) ×100%

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五、文献信息检索语言五、文献信息检索语言文献检索语言文献检索语言:

用以描述文献信息特征 表达检索需求的一用以描述文献信息特征,表达检索需求的

种专门的人工语言,是联系信息生产者、种专门的人 语言,是联系信息生产者

管理者与使用者之间的桥梁。

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检索语言的种类检索语言的种类 规范性

◦非规范性:标题、关键词非 标 关

◦规范性:分类、叙词(主题词) 描述信息特征 描述信息特征

◦外部特征:标题、著者、序号、引文

内部特征 分类 主题 代码(分子式)◦内部特征:分类、主题、代码(分子式)

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检索语言的类型

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外部特征的检索语言外部特征的检索语言 以文献著者姓名字顺为标识的检索语言。

著者索引

标识的检索语言。

著者包括译者、编者、 著者索引

文献题名索引

文献序号索引

著者包括译者、编者、文摘人、专利权人、学会和机关团体名、学术

文献序号索引

引文索引

会和机关团体名、学术会议名等。

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外部特征的检索语言外部特征的检索语言外部特征的检索语言外部特征的检索语言

著者索引以文献发表时的题目(篇名) 刊名或书名 著者索引

题名索引

文献序号索引

(篇名)、刊名或书名字顺为标识的检索语言。

文献序号索引

引文索引 包括书名目录(索引)、刊名目录(索引) 篇刊名目录(索引)、篇名索引等。

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外部特征的检索语言外部特征的检索语言

著者索引以文献所特有的序号为检索标识的检索语言 著者索引

题名索引

文献序号索引

检索标识的检索语言。

专利号索引 科技报告 文献序号索引

引文索引

专利号索引、科技报告序号索引、技术标准号、国际标准书号(ISSN)国际标准书号(ISSN)索引等。

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外部特征的检索语言外部特征的检索语言

著者索引以文献所附注的参考文献为检索标识的检索语 著者索引

题名索引

文献序号索引

献为检索标识的检索语言。利用文献的引用和被引用关系建立起来的 文献序号索引

引文索引

被引用关系建立起来的文献检索系统称为引文索引索引。

参考文献指著者在文献参考文献指著者在文献末尾附加的用来表明论据或数据来源出处的文据或数据来源出处的文献资料。

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内部特征的检索语言内部特征的检索语言内部特征的检索语言内部特征的检索语言

•以分类号和类目名称作为标识符号,按学科、专业集中文献。

分类检索语言•典型代表:《中图法》

主题检索语言 •以名词术语为标识符号,•从主题概念的角度来集中文献•从主题概念的角度来集中文献。

•典型代表:《MeSH》

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11 基本大类(基本大类(2222个)个)1. 1. 基本大类(基本大类(2222个)个)A 马克思主义、列宁主义、毛泽东 N 自然科学总论思想、邓小平理论

B 哲学、宗教 O 数理科学和化学

C 社会科学总论 P 天文学、地球科学

D 政治、法律 Q 生物科学

E 军事 R 医药、卫生

F 经济 S 农业科学

G 文化、科学、教育、体育 T 工业技术

H 语言、文字 U 交通运输

I  文学 V 航空、航天

J  艺术 X 环境科学、安全科学

K  历史、地理 Z 综合性图书

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2 R2 R 医药 卫生医药 卫生 大类下设大类下设1717个二级类目个二级类目2.R 2.R 医药、卫生医药、卫生 大类下设大类下设1717个二级类目个二级类目

R1 预防医学 卫生学 R74神经病学与精神病学R1   预防医学、卫生学 R74 神经病学与精神病学

R2   中国医学 R75 皮肤病学与性病学

R3   基础医学 R76 耳鼻喉科学

R4 临床医学 R77眼科学R4   临床医学 R77 眼科学

R5   内科学 R78 口腔科学

外科学 外国民族医学R6   外科学 R79 外国民族医学

R71 妇产科学 R8   特种医学

R72 儿科学 R9   药学

R73肿瘤学R73 肿瘤学

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主题描述语言及其应用主题描述语言及其应用主题描述语言及其应用主题描述语言及其应用

主题词法特点:主题词法特点: (1)采用指定的词语——“主题词”,来专指或网罗相应的概念,也就是适当归并某个概念的或网罗相应的概念,也就是适当归并某个概念的同义词、近义词、拼法变异词及缩写等,以保证这个“主题词”与这个概念唯一对应;

(2)采用参照系统; (3)主题词分类索引和等级索引,轮排索引; (4)主题词表,增删修订定期更新。

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主题词是什么 主题词是什么

iphoneiphoneAppleApple手机手机苹果手机苹果手机苹果手机苹果手机爱疯爱疯 手机手机爱疯爱疯 手机手机............

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700+700+ 31003100700+700+ 3100+3100+

3000+3000+ 69w+69w+3000+3000+ 69w+69w+

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cancerneoplasms carcinomaneoplasms carcinoma

癌 症

tumor oncology

癌 症

tumourtumor oncology

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医学主题词表医学主题词表医学主题词表医学主题词表《医学主题词表》(M di l S bj t H di 简称《医学主题词表》(Medical Subject Headings,简称

MeSH表),美国国立医学图书馆(NLM)研制的用于标引、

编 和检索生物医学文献的英文受控 表编目和检索生物医学文献的英文受控词表。

MeSH表汇集了由著名的医学专家、医学编辑和医学

图书馆专家推荐的、在生物医学领域里使用频繁且使用

者认可的主题词2.5万多个,副主题词83个。者认可的主题词 万多个,副主题词 个

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哪里来哪里来MeSHMeSH哪里来哪里来无法显示图像。计算机可能没有足够的内存以打开该图像,也可能是该图像已损坏。请重新启动计算机,然后重新打开该文件。如果仍然显示红色“x”,则可能需要删除该图像,然后重新将其插入。

→ PubMed →

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概念体系概念体系--限定词限定词概念体系概念体系--限定词限定词

3 限定词( lifi )3.限定词(qualifiers)又称副主题词(subheadings),是对文献主题起限定作用 构成主题的 些通用性概念 本身无限定作用,构成主题的一些通用性概念,本身无独立检索意义。

限定词的数量及其可组配的主题词的范围均有限定词的数量及其可组配的主题词的范围均有严格规定。到2009年,MeSH表规定使用的限定词有83个。有83个。

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概念体系概念体系 补充概念补充概念概念体系概念体系--补充概念补充概念

4..补充概念(supplement concept)

补充概念又称补充化学物质名称 用于标引补充概念又称补充化学物质名称,用于标引

MEDLINE中出现的化学物质和毒品等并在PubMed中

可用化学物质名称字段[NM]进行检索的概念。

目前MeSH表收录有455000多个补充概念目前MeSH表收录有455000多个补充概念。

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概念体系-款目词概念体系-款目词

5.款目词(entry terms)

款 称 参 是 款目词又称见参照(see references),是主题

词的同义词或相关词,作用是将自由词引见到主词的同义词或相关词 作用是将自由词引见到主

题词 。

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我馆服务我馆服务我馆服务我馆服务

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http://lib.tmu.edu.cnp

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服务导航服务导航外借服务外借服务

借书、还书、预约、续借、馆际互借阅览服务阅览服务

电子阅览、图书期刊杂志阅览特色服务特色服务

论文查收查引、科技查新、毕业论文查重论文认证 毕业论文提交论文认证、毕业论文提交

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网上自助网上自助网上自助网上自助

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