openfoam guía del usuario_ 3.4

8/17/2019 OpenFOAM Guía Del Usuario_ 3.4

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OpenFOAM Guía del usuario: 3.4 La ejecución de aplicaciones

en paralelo

[ Tabla de contenido ] [ Índice ]

[ anterior ] [ siguiente ]

3.4 Aplicaciones que se ejecutan en paralelo

En esta sección se describe cómo ejecutar OpenFOAM en paralelo en

procesadores distribuidos. El método de la computación en paralelo utilizado por

OpenFOAM se conoce como la descomposición de dominio, en el que la geometrí ay campos asociados se rompen en pedazos y se asignan a procesadores separados

para la solución. El proceso de cómputo paralelo implica: la descomposición de los

campos de malla y; ejecutar la aplicación en paralelo; y,-post tramitación del caso

descompuesto como se describe en las siguientes secciones. El funcionamiento

paralelo utiliza el dominio público openmpi implementación de la interfaz de paso

de mensajes estándar (MPI).

3.4.1 La descomposición de los datos de campo iniciales

malla yLas mallas y los campos se descomponen con el decomposePar utilidad. El objetivo

subyacente es para romper el dominio con el mínimo esfuerzo, pero de tal manera

a garantizar una solución bastante económica. La geometría y los campos se

dividen de acuerdo a un conjunto de parámetros especificados en un diccionario

llamado decomposeParDict que debe estar ubicado en el sistema de directorio del

caso de interés. Un ejemplo decomposeParDict diccionario se puede copiar desde

el interFoam / damBreak tutorial si el usuario lo re uiere; las entradas del

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diccionario en su interior se reproducen a continuación:

17

18 numberOfSubdomains 4; 19

20 método sencillo; 21

22 simpleCoeffs 23 { 24 n ( 2 2 1 ); 25 delta 0,001; 26 } 27

28 hierarchicalCoeffs 29 { 30 n ( 1 1 1 ); 31 delta 0,001;

32 para xyz; 33 } 34

35 manualCoeffs 36 { 37 ArchivoDeDatos ""; 38 } 39

40 distribuidos no; 41

42 raíces ( ); 43

44

45 // *********************************************** *************

************* //

El usuario tiene la opción de cuatro métodos de descomposición, especificados por

el método de palabras clave como se describe a continuación.

simple

Descomposición geométrica simple en el que el dominio se divide en piezas dedirección, por ejemplo, 2 piezas en la dirección, en 1 etc.

jerárquica

La descomposición geométrica jerárquico que es el mismo que sencilla ,excepto el usuario especifica el orden en el que se realiza la división de

dirección, por ejemplo, por primera vez en la dirección x, entonces ladirección x , etc.

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Descomposición Scotch que no requiere de entrada geométrica del usuario ylos intentos de minimizar el número de límites de procesador. El usuario puedeespecificar una ponderación para la descomposición entre los procesadores, através de una opcionales processorWeightspalabra clave que puede ser útil enlas máquinas con diferentes rendimiento entre procesadores. También hayuna entrada de palabra clave opcional estrategiaque controla la estrategia dedescomposición a través de una cadena compleja suministrada al escocés.Para obtener más información, consulte el archivo de código fuente: $

ESPUMA _SRC / decompositionMethods / decompositionMethods / scotchDecomp / scotchDecomp.C

manual

Descomposición Manual, donde el usuario especifica directamente laasignación de cada celda a un procesador particular.

Para cada método , hay un conjunto de coeficientes especificados en un sub-

diccionario de decompositionDict , llamado < método > coeffs como se muestra en

la lista Diccionario. El conjunto completo de entradas de palabras clave en eldecomposeParDict diccionario se explican en la Tabla 3.4 .

ntradas obligatorios

numberOfSubdomains Número total de subdominios

método Método de descomposición simple / jerárquica / scotch / metis / Manual /

simpleCoeffs entradas

n Número de subdominios en , , ( )

delta Cell factor de sesgo Típicamente,

hierarchicalCoeffs entradas

n Número de subdominios en , , ( )

delta Cell factor de sesgo Típicamente,

orden Orden de descomposición xyz / xzy / yxz ...

scotchCoeffs entradas

processorWeights

(Opcional)Lista de los factores deponderación para la asignación de

( < wt1 > ... <WTN > )

http://-/?-https://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=603831154064625664https://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=604310002975793152https://t.co/yhNQw6ydwQhttps://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://twitter.com/CFDdirect/status/603937212426809344https://twitter.com/CFDdirect/status/604310002975793152https://twitter.com/CFDFoundationhttps://twitter.com/CFDFoundationhttps://twitter.com/CFDFoundation/status/601741012504072192https://t.co/0i4r0afVbvhttps://twitter.com/CFDFoundation/status/603831041716002816https://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=603937212426809344https://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=601741326711926785https://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=603937212426809344https://twitter.com/CFDFoundation/status/603831041716002816https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=603937212426809344http://t.co/7qE3VuBHDghttps://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=601741326711926785https://t.co/k4rzFegLWChttps://twitter.com/CFDFoundationhttps://twitter.com/CFDdirect/status/603937212426809344http://t.co/zWMaOcCbA8https://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=603831154064625664https://twitter.com/hashtag/ubuntu?src=hashhttps://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=603831154064625664https://twitter.com/CFDFoundation/status/601741012504072192https://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=601741326711926785https://twitter.com/CFDdirect/status/601399693113950208https://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=604310002975793152https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=604310002975793152https://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hash


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as c u as a os procesa ores; < wt1 > es el factor de ponderaciónpara el procesador 1, etc ; pesosestán normalizados por lo quepuede tomar cualquier rango devalores.

estrategia Estrategia de descomposición

(opcional); por defecto es "b"

manualCoeffs entradas

archivo de datos Nombre del archivo que contienelos datos de la asignación de lascélulas para procesadores

" < nombreArchivo > "

ntradas de datos distribuidos (opcional) - ver sección 3.4.3

repartido ¿Los datos distribuidos a través de

varios discos?

si no

raíces Caminos de raíz a los directoriosde casos; < rt1 > es la ruta raízpara el nodo 1, etc.

( < rt1 > ... <RTN > )

Tabla 3.4: Palabras clave en decompositionDict diccionario.

El decomposePar utilidad se ejecuta de la manera normal escribiendo

decomposePar

Al finalizar, se habrá creado un conjunto de subdirectorios, uno para cada

procesador, en el directorio de caso. Los directorios se nombran procesador

donde representa un número de procesador y contiene un directorio

de tiempo, que contiene las descripciones de los campos descompuestos, y una

constante / Polymesh directorio que contiene la descripción de malla

descompuesto.

3.4.2 Ejecución de un caso descompuesto

Un caso OpenFOAM descompuesto se ejecuta en paralelo con el openmpi

implementación de MPI. openmpi se puede ejecutar en una máquina

multiprocesador local de manera muy simple, pero cuando se ejecuta en máquinas

en una red, un archivo debe ser creado que contiene los nombres de host de las

máquinas. El archivo se puede dar cualquier nombre y situado en cualquier camino.

En la siguiente descripción se hará referencia a un archivo de este tipo por el

nombre genérico, incluyendo la ruta completa, < máquinas > .

https://twitter.com/CFDdirect/status/599966021013889025http://t.co/YdgiQaKT6Uhttps://t.co/vb3nuPC6h2https://twitter.com/CFDdirect/status/601399693113950208https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=600925070052216832https://twitter.com/CFDdirect/status/600925070052216832https://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=600925070052216832https://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=600925070052216832https://twitter.com/CFDdirect/status/600685669153906688https://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=600685669153906688https://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=601399693113950208https://t.co/EeVRnq4p1Shttps://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=600209704678268928https://twitter.com/CFDdirect/status/600209704678268928https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=601399693113950208https://t.co/1hGp7bDMPLhttps://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/hashtag/snappyHexMesh?src=hashhttps://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=600209704678268928https://twitter.com/CFDdirect/status/600925070052216832http://twitter.com/CFDdirect/status/601399693113950208/photo/1https://t.co/TL3IZNTdOShttps://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=600685669153906688https://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=601399693113950208https://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://t.co/k4rzFegLWChttp://-/?-https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=600685669153906688https://t.co/ronpEcYQsnhttps://twitter.com/CFDdirect/status/600685669153906688https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=600209704678268928https://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://twitter.com/CFDdirect/status/600209704678268928


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El < máquinas > archivo contiene los nombres de las máquinas enumeran una

máquina por línea. Los nombres deben corresponder a un nombre de host resuelto

por completo en el / etc / hosts de archivos de la máquina en la que el openmpi se

ejecuta. La lista debe contener el nombre de la máquina que ejecuta el openmpi .

Cuando un nodo del equipo contiene más de un procesador, el nombre de nodo

puede ser seguido por la entrada cpu = , donde es el número de procesadores

openmpi deben ejecutarse en ese nodo.

Por ejemplo, imaginemos un usuario desea ejecutar openmpi de la máquina aaa en

las siguientes máquinas: aaa , bbb , que cuenta con 2 procesadores; y ccc . Los <

máquinas > contendrían:

aaa

bbb cpu = 2

ccc

Una aplicación que se ejecuta en paralelo usando mpirun .

mpirun -hostfile < máquinas > -np < nProcs >< foamExec > < otherArgs > -paralelo > log y

donde: < nProcs > es el número de procesadores; < foamExec > es el ejecutable,

por ejemplo icoFoam ; y, la salida se redirige a un archivo llamado registro . Por

ejemplo, si icoFoam se ejecuta en 4 nodos, se especifica en un archivo llamado

máquinas , en la cavidad del tutorial en el $ ESPUMA _RUN tutoriales / /

incompresible / icoFoam directorio, entonces el siguiente comando debe serejecutado:

mpirun -hostfile máquinas -np 4 icoFoam -paralelo > log y

3.4.3 La distribución de los datos entre varios discos

Los archivos de datos pueden necesitar ser distribuida si, por ejemplo, si sólo

discos locales se utilizan con el fin de mejorar el rendimiento. En este caso, el

usuario puede encontrar que la ruta de acceso al directorio raíz caso puede diferir

entre las máquinas. Los caminos deben entonces ser especificados en el

decomposeParDict diccionario utilizando distribuidosy raícespalabras clave. La

distribuido entrada debe decir

distribuido sí;

https://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=598974468111802368https://twitter.com/CFDdirect/status/599330030527848448https://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=598974468111802368https://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=599330030527848448https://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=598257426677248001https://twitter.com/CFDdirect/status/597449175073161216https://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=599330030527848448https://twitter.com/CFDdirect/status/598257426677248001https://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://t.co/3HhvBYD7ZJhttps://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=598974468111802368https://twitter.com/CFDdirect/status/598257426677248001https://twitter.com/CFDdirecthttps://t.co/PUemmQxrg6https://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=597449175073161216https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=598257426677248001https://t.co/SZbkNnjYEVhttps://twitter.com/CFDdirect/status/598974468111802368https://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=599966021013889025https://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=599966021013889025https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=599966021013889025https://twitter.com/CFDdirect/status/598974468111802368https://twitter.com/CFDdirect/status/599966021013889025https://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=597449175073161216https://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://t.co/wUzKmXkO08https://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://twitter.com/intent/retweet?tweet_id=597449175073161216https://twitter.com/hashtag/OpenFOAM?src=hashhttps://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/intent/tweet?in_reply_to=599330030527848448https://t.co/YjPmx4lSU9https://twitter.com/CFDdirect/status/597121740486090752https://twitter.com/intent/favorite?tweet_id=598257426677248001https://twitter.com/CFDdirecthttps://twitter.com/CFDdirect/status/597449175073161216https://t.co/ronpEcYQsnhttps://twitter.com/CFDdirect/status/599330030527848448https://twitter.com/CFDdirecthttps://t.co/PUemmQxrg6


6/7

y a ra z e en ra a es una s a e ru as e ra z, root0 , root1 , ..., para

cada nodo

raíces

< función nroots >(

" < root0 > "" < root1 > "...

);

donde < función nroots > es el número de raíces.

Cada uno de los procesadores de directorios se deben colocar en el directorio de

caso en cada una de las rutas de acceso de root especificados en el

decomposeParDict diccionario. El sistema de directorio y los archivos dentro de la

constante directorio también deben estar presentes en cada directorio caso. Nota:

los archivos de la constante se necesitan directorio, pero el Polymesh directorio no

es.

3.4.4 Post-tratamiento paralelo casos procesados

Cuando los casos post-procesamiento que se han ejecutado en paralelo el usuario

tiene dos opciones:

reconstrucción de los datos de malla y de campo para recrear el dominio ycampos completa, que puede ser post-procesado de forma normal;post-procesamiento de cada segmento del dominio descompuestoindividualmente.

3.4.4.1 La reconstrucción de los datos malla y

Después de un caso se ha ejecutado en paralelo, se puede reconstruir para el post-

procesamiento. El caso se reconstruye mediante la fusión de los grupos de

directorios de tiempo de cada procesador de directorio en un único conjunto de

directorios de tiempo. El reconstructPar utilidad realiza una reconstrucción tales

ejecutando el comando:

reconstructPar

Cuando los datos se distribuyen en varios discos, hay que primero copia en el

directorio de caso local para la reconstrucción.

3.4.4.2 Post-tratamiento de los casos descompuesto

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Chris Greenshields 01 de marzo 2015 Guía del usuario

← OpenFOAM Guía del usuario: 3.3 La ejecución de aplicaciones

OpenFOAM Guía del usuario: 3,5 solucionadores estándar→

El usuario puede post-procesar casos descompuestos utilizando el PARAFOAM

post-procesador, que se describe en la sección 6.1 . Toda la simulación puede ser

post procesados por reconstruir el caso o, alternativamente, se puede procesar

posteriormente un segmento del dominio descompuesto individualmente por

simplemente tratar el directorio individuo procesador como un caso en su propio

derecho.

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