pajek - cbb.sjtu.edu.cncbb.sjtu.edu.cn/~zwang/sysbio/pajekcn.pdf · vladimir batagelj department of...
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Pajek
分析和可视化大型网络的程序
参考手册 List of commands with short explanation
version 1.16 Vladimir Batagelj and Andrej Mrvar
翻译：先红、一生有我、傻大师、沧海回眸、AndyChang、comp network、遥遥、大头、三
叶草 整理：饭团
Ljubljana, October 4, 2006 1996, 2006 V. Batagelj, A. Mrvar. Free for noncommercial use. PdfLaTex version October 1, 2003
Vladimir Batagelj Department of Mathematics, FMF University of Ljubljana, Slovenia http://vlado.fmf.uni-lj.si/ [email protected] Andrej Mrvar Faculty of Social Sciences University of Ljubljana, Slovenia http://mrvar.fdv.uni-lj.si/ [email protected]
目 录 1.Pajek介绍.......................................................................................................................................1 2.数据对象........................................................................................................................................3 3 主窗口工具栏...............................................................................................................................7
3.1 File（文件） ......................................................................................................................7 3.2 Net（网络） ..................................................................................................................... 11 3.3 Nets(网).............................................................................................................................26 3.4 Operation（操作）...........................................................................................................28 3.5 Partition（分类） .............................................................................................................34 3.6 Partitions（分类） ...........................................................................................................35 3.7 Vector（向量） ................................................................................................................35 3.8 Vectors（向量）...............................................................................................................36 3.9 Permutation（排序） .......................................................................................................37 3.10 Cluster（类） .................................................................................................................37 3.11 Hierarchy（层次） .........................................................................................................37 3.12 Options（选项） ............................................................................................................38 3.13 Info(信息) .......................................................................................................................40 3.14 Tools(工具) .....................................................................................................................40
4 绘图窗口工具.............................................................................................................................42 4.1 主窗口绘图工具..............................................................................................................42 4.2 Layout（布局） ...............................................................................................................42 4.3 Layers（图层）................................................................................................................43 4.4 GraphOnly（仅图形）.....................................................................................................44 4.5 Previous（退回到前一次操作） .....................................................................................44 4.6 Redraw（重绘） ..............................................................................................................44 4.7 Next（下一步） ...............................................................................................................44 4.8 Options（选项） ..............................................................................................................45 4.9 Export (导出) ....................................................................................................................47 4.10 Spin（旋转） .................................................................................................................49 4.11 Move（移动）................................................................................................................49 4.12 Info (信息) ......................................................................................................................49
5 Exports to EPS/SVG/VRML........................................................................................................50 5.1 Defaults (默认值)..............................................................................................................50 5.2 Parameters in EPS,SVG and VRML Defaults Window（在EPS/SVG/VRML默认窗口中
的参数）.................................................................................................................................50 5.3 Exporting Pictures to EPS/SVG — 在输入文件中定义参数 .........................................52
6 在Pajek中使用Macros（宏） ....................................................................................................57 6.1 什么是Macro（宏）？ ...................................................................................................57 6.2 怎样标明一段宏？..........................................................................................................57 6.3 如何运行宏？..................................................................................................................57 6.4 例子..................................................................................................................................57 6.5 重复 后的命令..............................................................................................................57
附加信息.........................................................................................................................................59
Pajek – Manual 1
1 Pajek 1.16 / October 4, 2006
1.Pajek介绍
Pajek 运行在 Windows 环境，用于带上千及至数百万个结点大型网络的分析和可视化
操作。在斯洛文尼亚语中 Pajek 是蜘蛛的意思。 新 Pajek 版本通过以下途径获取，但限于
非商业用途：
http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/pajek/
我们于 1996年 11月应用Delphi(Pascal)语言，开始开发Pajek，其中的一些程序由Matjaz Zaversnik 提供。
当看到现有的几种大型网络已有机器可读格式时，我们萌发了开发 Pajek 的动机。Pajek向以下网络提供分析和可视化操作工具：合著网、化学有机分子、蛋白质受体交互网、家谱、
因特网、引文网、传播网（AIDS，新闻，创新）、数据挖掘（2-mode 网）等。大型网络集
在这里也可找到：
http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/data/
对 Pajek 的设计工作，得益于我们先前的开发经历：包括开发 gragh 数据结构，以及
Gragh 和 X-graph 的算法库，集成 Stran, RelCalc, Draw, Energ，以及基于 SGML 的图形描述
语言 NetML 等的经历。
http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/default.htm
图 1：Pajek / 蜘蛛
Pajek – Manual 2
2 Pajek 1.16 / October 4, 2006
图 2：处理大型网络的途径
设计 Pajek 的主要目的：
支持将大型网络分解成几个较小的网络，以便使用更历久的方法进一步处理；
向作用者提供一些强大的可视化操作工具；
执行分析大型网络有效算法（subquadratic）。
通过 Pajek 可完成以下工作：在一个网络中搜索类（组成，重要结点的邻居，核等）；
析取属于同一类的结点，并分别地显示出来，或者反映出结点的连接关系（更具体的局域视
角）；在类内收缩结点，并显示类之间的关系（全局视角）。
除普通网络（有向、无向、混合网络）外，Pajek 还支持多关系网络，2-mode 网络（二
分（二值）图—网络由两类异质结点构成），以及暂时性网络（动态图—网络随时间演化）。
Pajek – Manual 3
3 Pajek 1.16 / October 4, 2006
图 3：Pajek 教材
此手册简单地解释了运行于 新版本 Pajek 上的所有程序。我们建议初学者阅读以下
Pajek 教材：
de Nooy W., Mrvar A., Batagelj V. (2002) Exploratory Social Network Analysis With Pajek. Structural Analysis in the Social Sciences 27, Cambridge University Press, 2005.
希望对使用 Pajek 进行网络分析有一个概览，请阅读 NICTA 工作室的幻灯片：
Batagelj V.: Workshop on Network Analysis, Sydney, Australia: 14th to 17th June 2005; at Nicta (National ICT Australia). http://vlado.fmf.uni-lj.si/pub/networks/doc/#NICTA
2.数据对象
Pajek 是专门用来分析大型网络（含有成百上千个结点）的专用程序。包含如下六
种参数：
Pajek – Manual 4
4 Pajek 1.16 / October 4, 2006
图 4：Pajek 主窗口
1. Networks（网络）－主要对象（结点和边）。默认扩展名为： .net。在输入文件中，
网络有多种表现方法：
·利用弧线/边（如：1 2－从 1 到 2 的连线） ·利用弧线列表/边序列（如：1 2 3－从 1 到 2 的连线和从 1 到 3 的连线） ·矩阵格式 ·UCINET，GEDCOM，化学式
关于网络绘制的更详细的信息包含在输入文件中，在'Exports to EPS/SVG/VRML'章节中对此有相关介绍。
2. Partitions（分类）－它指明了每个结点分别属于哪个类，默认扩展名为:.clu。
3. Permutations（排序）－将结点重新排列，默认扩展名：.per。
4. Clusters（类）－结点的子集（如：来自分类中的一个类）。默认扩展名：.cls。
5. Hierarchies（层次）－按层次关系排列的结点，例：
根结点 Root 下面有两个子群－g1 和 g2。g2 是一个叶结点，包含 v5、v6、v7 三个
结点。g1 又包含两个子群---g11 和 g12...默认扩展名：.hie。
6. Vectors（向量）－指明每个结点具有的数字属性（实数）。默认扩展名：.vec。
双击所选的网络、分类…就可以在屏幕上显示这个对象。 pajek 主窗口中的程序(见图 4)是根据输入时的数据类型来组织编排的。 排序、分类和向量用于分别从不同角度反映结点的性质，例如结点组织顺序、类别
和数字特性。
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7 Pajek 1.16 / October 4, 2006
3 主窗口工具栏
3.1 File（文件）
六种数据对象的输入/输出操作：
网络 network－N
－ Read（读）－从 Ascii 文件中读取网络。
－ Edit（编辑网络）－选择结点，显示其邻居，然后： * 添加新边到选定结点（在新边上双击鼠标左键） * 删除边（双击左键） * 更改边的属性值（单击右键） * 通过增加不可见的新结点将边细分为两条相互垂直的边（单击鼠标中键）
－ Save －保存网络为 Ascii 文件
－ Export Matrix to EPS（将矩阵输出为 EPS）－用 EPS 格式生成矩阵
* Original（普通）－利用默认的计数方法（适合 1-Mode 和 2-Mode 网络） * Using Permutation（排序）－利用当前排序。通过绘制附加线来区分选中的分类
中不同的类。此选项适合于 1-Mode 和 2-Mode 网络。如果在 2-Mode 网络中绘制附
加线，则需要首先定义从属分类和以包含的类作为第二个分区的分区（在分类菜单
中）。 * Using Partition（分类）－利用当前的分类。在记录窗口中列出了不同的类中边
的数目和密度（以及所选的两个类中的结点）。另外，当密度用阴影图表示时，矩
阵被输出到 EPS。 1.Structural（结构化）－根据类间 大可能的连边数目来定义密度（适合于
密度网络图） 2.Delta（三角化）－根据拥有 大的输入和输出邻居结点数来定义密度（适合
于稀疏网络）。 * only black borders（只有黑色边框）－如果被检测到，则矩阵中的所有方阵都将
有黑色边框，否则，黑色边框将会变成白的，明亮的边框会变成黑色的。
－ Change Label 修改选定网络的标签。
－ dispose 从内存中删除所选的网络。
表 1：时间事件列表
事件 注释 TI t 原始事件－后续事件从时间点 t 开始发生 TE t 终止事件－当时间点 t 结束后发生 AV vns 添加标签为 n，属性为 s 结点 v HV v 隐藏结点 v SV v 显示结点 v DV v 删除结点 v AA uvs 添加具有属性 s 的弧线（u，v）
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HA uv 隐藏弧线（u，v） SA uv 显示弧线（u，v） DA uv 删除弧线（u，v） AE uvs 添加具有属性为 s 的边（u：v） HE uv 隐藏边（u：v） SE uv 显示边（u：v） DE uv 删除边（u：v） CV vs 改变结点属性－将结点 v 的性质改为 s CA uvs 改变弧线属性－将弧线（u，v）的属性改为 s CE uvs 改变边的属性－将边（u：v）的属性改为 s CT uv 改变类型－改变连线（u，v）的方向（无） CD uv 改变弧线（u，v）的方向 PE uvs 用属性为 s 的单边（u：v）替代一对弧线（u，v）和（v，u） AP uvs 添加一对具有 s 属性的弧线（u，v）和（v，u） DP uv 删除弧线对（u，v）和（v，u） EP uvs 用具有 s 属性的弧线对（u，v）和（v，u）来替换边（u：v）
Time Events Networks 网络 －N
－ Read Time Events －读取用时间事件描述的网络。见表 1
属性 s 可以为空。如果两个结点之间存在多条连接边（弧），那么在程序命令中必须用
附加标签：如 k（第 k 条边）来标明具体是哪条边。例如：命令 HE:3 14 37 将连接结点
14 和 37 的第三条边隐藏起来。
时间网络的例子如下： *Vertices 3 *Events TI 1 AV 2 "b" TE 3 HV 2 TI 4 AV 3 "e" TI 5 AV 1 "a" TI 6 AE 1 3 1 TI 7 SV 2 AE 1 2 1 TE 7 DE 1 2 DV 2 TE 8 DE 1 3
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9 Pajek 1.16 / October 4, 2006
TE 10 HV 1 TI 12 SV 1 TE 14 DV 1 也存在其他可能：用时间间隔（time intervals）来描述 time 网络。
－ Save —用时间事件格式保存时间网络
Partition-C
－ Read 从 Ascii 文件中读取分类。
－ Edit 编辑分类（将结点分类）。
－ Save 保存分类。
－ Change label 修改标签。
－ Dispose selected partition from memory 从内存中删除分类
Permutation-P
－ Read 从 Ascii 文件中读取排序。
－ Edit 编辑排序（将两个结点交换位置）
－ Save 保存排序
－ Change label 修改名称
－ Dispose selected Permutation from memory 从内存中删除排序
Cluster-S
－ Read 从Ascii文件中读取类 1。
－ Edit 编辑类（cluster）（增加和删除结点）。
－ Save 保存选择类到一个 ASCII 文件。
－ Change Label 改变所选类的名称。
－ Dispose 从内存中删除所选类。
Hierarchy（层次） －H
－Read 从 ASCII 文件中读入层次
－Edit 编辑层次（改变结点的类型和名字，或者显示所选结点所属的层次（和子树））。
结点能在一个层次内能移动。
－Save 保存所选层次到 ASCII 文件。
1 以上由“comp network”和“先红”共同翻译，Email: [email protected]
Pajek – Manual 10
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－Change Label 改变所选层次的名称。
－Dispose 从内存中删除所选的层次。
Vector（向量） －V
－Read 从 ASCII 文件中读入向量。
－Edit 编辑向量（改变向量的组成）。
－Save 保存所选向量到 ASCII 文件。如果类描述的向量 id 存在，所有的具有相应 id的向量将被保存到相同的输出文件。在所选向量上按 V 键，向量的 id 能被增加到类（空
类应该首先创建）。所有的向量必须有相同的维。
－Change Label 改变所选向量的标签。
－Dispose 从内存中删除所选的向量。
pajek 项目文件 －*.paj
－Read pajek 读 pajek 项目文件（文件包含所有可能的 pajek 数据对象－网络，分类
（partitions），排序（permutation），类(clusters)，层次(hierarchies)和向量(vectors)）。
－Save 保存所有当前载入的对象作为一个 pajek 项目文件。
Repeat session （重复会话）－程序执行过程中，所有的命令被记在*.log 文件中。用这
种方法，你能通过选择 log 文件重复任何步骤。如果你在 log 文件中将一个文件名称改
为?。当下一次运行 log 文件时，程序将询问文件名（所以你能重复一系列相同的步骤
－log 文件将可以有不同的输入数据）。如果备份 log 文件（Pajek.log）存在（在 Pajek.exe同一个目录下），当 Pajek 运行时，它将自动执行。
Show Report Window－在它关闭或没显示的情况下调出报告窗口。
Exit 退出程序。
Pajek – Manual 11
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3.2 Net（网络）
操作（Operations），该操作仅输入一个网络。
Transform 变换
－Transpose（转置） －对所选的网络转置：
* 1-Mode －改变箭头方向。 * 2-Mode －交换行与列。
－Remove 移除
* Selected Vertices －从网络中移除所选的结点。 * all Edges －从所选的网络中移除所有的边。 * all Arcs －从所选的网络中移除所有的弧。 * Multiple Line －从所选的网络中移除所有的多重连线。
1. Sum Values －相应两结点之间的所有已删除的边的值加上没删除的边的
值。 2. Number of Lines －在新网络中对应于原始网络两个结点之间的边的属性
值。 3. Min Value －在所选结点之间所有连线中的 小边的属性值。 4. Max Line －在所选结点之间所有连线中的 大边的属性值。 5. Single Line －在一个新网络中两结点间连线边的属性值为 1。
* Loops －移除所选网络中所有的环。 * Lines with Value
1. lower than －移除比指定边的属性值低的所有边。 2. higher than －移除比指定边的属性值高的所有边。
Pajek – Manual 12
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3. within interval －移除在指定边的属性值范围内的所有边。 * all Arcs from each Vertex except(来自每个结点的所有弧，除开)
1. K with Lowest Line Values －依据输出边的属性值对结点的边按升序排
列。仅保留有 低属性值的所选边数。 2. K with Highest Line Values －依据输出边的属性值对结点的边按降序排
列。仅保留有 大属性值的所选边数。
－Add 增加额外的结点，边或者结点/边的标签到网络中。
* Vertices －复制网络到新的网络。对于所选定的结点，维度能扩大。（加入无边
的结点） * Source and Sink －如果网络是无环的，增加唯一的起点和终点（新网络有两个
人工结点）。 * Default Vertex Labels －用默认结点标签（V1，V2…）替代当前结点标签。 * Vertex Labels from File －用输入网络文件给定的名称改变默认结点名称（V1，V2…）。 * Line Labels as Line Values －用边的属性值替代边的标签（如果没有标签则新产
生）。在画图窗口中标注的边的属性值，小数位是相同的。 * Sibling edges（兄弟边） －增加兄弟边到结点，其结点有相同的：
1. Input（输入）－弧-祖先 2. Output（输出）－弧-后代
－Edges→Arcs（边→弧） －将所有的边转换为弧（都有方向）（生成有向网络）
－Arcs→Edges（弧→边）
* All －将所有的弧转换为边（生成无向网络）。 * Bidirected only －仅将双向的弧转换为边：
1. Sum Values －新边的属性值是两条弧的边的属性值之和。 2. Min Value －新边的属性值是弧的边的属性值中 小的。 3. Max Value －新边的属性值是弧的边的属性值中 大的。
－Bidirected Arcs→Arcs（双向弧→弧）
* Select Min Value －如果在两个结点之间存在两条向弧，仅保留边的属性值低的
弧，移除边的属性值高的弧。如果两个边的属性值相等则用一条边替代两条弧。 * Select Max Value －如果在两个结点之间存在两条向弧，仅保留边的属性值高的
弧，移除边的属性值低的弧。如果两个边的属性值相等则用一条边替代两条弧。
－Line Values －改变边的属性值。
* Recode －通过选择区间和重新编码边的属性值这种方法，显示边的属性值的频
率分布。 * Multiply by －乘以一个常数。 * Add Constant －在边的属性值上加一个常数。 * Absolute －对边的属性值取绝对值。 * Absolute+Sqrt －对边的属性值取平方。 * Exp －边的属性值为底数 e 的指数。 * Ln －取边的属性值的自然对数。
Pajek – Manual 13
13 Pajek 1.16 / October 4, 2006
* Power －边的属性值取所选的幂。 * Normalize（标准化）
1. Sum －标准化使得边的属性值的总和为 1 2. Max －标准化使得边的 大属性值为 1
－Reduction（简化）
* Degree（度） －（递归地）删除网络中结点的度低于某个选定值的结点
（根据入度、出度或所有的度）。操作能限定在所选的类中。 * Hierarchical（层次） －递归地删除网络中所有只有一个或者没有邻居的结点。
结果：随着结点删除，网络成为更简单的网络和层次。原始网络能被恢复（假如我
们忽略连线的方向）。 * Subdivisions（细分） －递归地删除网络中恰好有 2 个邻居的所有结点（及相应
的两条边），并在这两个邻居间增加一条直接的边。结果是产生更简单的网络（适
合于作图）。原始网络不能被恢复！ * Design（flow graph）(设计（流程图）)运用McCabe简化网络的所有结构（适合
于程序－流程图）[38]。2
图6 第36天时路透社关于恐怖袭击的部分新闻网络结构图
－Generate in Time － 在指定的时间或时间间隔内生成网络。输入起始时间、结束时
间和步数（整数）。
在激活结点和边前必须给出其它一些附加的参数，这些参数必须按一定的格式输入，参
2 以上由“饭团”翻译，Email:[email protected]
Pajek – Manual 14
14 Pajek 1.16 / October 4, 2006
数必须输入在符号“[”和:“]”之间：
“-”用于分类某时间间隔段的 小值和 大值
“,”用于分隔时间间隔段
“*”表示无穷大。例如：
*Vertices 3 1 "a" [5-10,12-14] 2 "b" [1-3,7] 3 "e" [4-*] *Edges 1 2 1 [7] 1 3 1 [6-8]
结点“a”从时刻 5 到时刻 10，以及时刻 12 到时刻 14 的时间间隔内是激活的，结点“b”从时刻 1 到时刻 3，以及时刻 7 是激活的，而结点“e”从时刻 4 开始一直都是激活状
态。从 1 到 2 的边在时刻 7 时是激活的，从 1 到 3 的边在时刻 6 至时刻 8 之间是激活的。
在一个时间网络中，结点和边应该满足一致性条件：如果边 a 在时刻 t 是激活的，那么
它的端点在时刻 t 也必须是激活的。只有符合时间段要求的边才能够生成。 注意时间记录应该在 后一行，此时结点和边已经被定义好。 再来看另一个描述时间网络的方法：利用时间事件（time events）来定义时间网络。
* All－在指定的时刻生成所有网络。 * Only Different－在指定的时刻生成所有网络，仅当新的网络中至少有一个结点
和边与前一个网络不同。 * Interval－在固定的时间间隔生成网络。
－ 1-Mode to 2-Mode－由任意网络转变生成 2-Mode 网络
－ 2-Mode to 1-Mode－由 2-Mode（隶属）网络转变生成一般网络（1-Mode）。结果
是一个加权网络。为了将 2-Mode 网络存储为输入文件的格式，可以使用 Pajek 或者
Ucinet（具体见 Ucinet 数据集中的 Davis.dat）
* Rows － 其结果是一个包含各行元素（参与者）之间关系的网络。边的属性值
表示两个参与者之间公共事件的数目。 * Columns － 其结果是一个包含各列元素（事件）之间关系的网络。边的属性
值表示同时参与两事件的参与者数目。 * Include Loops － 如果选中，回路可以被添加，其中的值表示每一个参与者参
与的事件数目（包括每一个事件参与者的数目）。 * Multiple Lines － 产生无权值的 1-Mode 网络，网络中结点之间可以出现多条
边。生成边的标签对应于相关事件/参与者的名称。如果对同维的分类存在，则可
以生成多相关网络。 * Normalize 1-Mode － 规格化得到的 1-Mode 网络。1-Mode 网络的生成可以通
过选中 include loops，不选中 multiple lines 而得到：
Pajek – Manual 15
15 Pajek 1.16 / October 4, 2006
得到的网络通常不是稀疏的。为了使之更加稀疏，可以使用Net/Transform /Remove/lines with value/lower than。 *Rows=Cols － 将具有相同结点子网的 2-Mode 网络转化为 1-Mode 网络。
－ Multiple Relations
* Extract Relation(s) － 从选取的多重相关网络中抽取出一个或者所选的关系
列表。 * Canonical Numbering （规范化编号）－ 列举有序数字 1，2，～的关系。 * Generate 3-Mode Network － 由 1-Mode 和 2-Mode 多重关系网络生成 3-Mode网络。对于多重关系网络 r 中的每一条边：i j v(从 i 到 j 的边的属性值为 v，相
关编号为 r，) 产生以下三条边（三角形）：
此处 N 是第一种模式的势（cardinality），M 为第二种模式的势（cardinality）。
* Line Values -> Relation Numbers － 将边的属性值存储为相关值（去尾的整
值）。 * Relation Numbers -> Line Values － 将相关值存储为边的属性值。
Pajek – Manual 16
16 Pajek 1.16 / October 4, 2006
* Change Relation Number / Label － 将选择的相关值转变为带有相关名称的
新的相关值。
－ Sort Lines
* Neighbors around Vertices － 对于每一个结点，依据连接到该结点的其它结点
进行升序排列。 * Line Values －按照边的属性值的大小进行升序或降序排列。
Random Network － 生成预定度数的随机网络 －Total No. of Arcs －选定度数和 arc 数目，生成随机有向图。
－Vertices Output Degree － 选定度数，以及每个结点的出度，生成随机有向图。
－Erdos-Renyi － 依据 Erdos 和 Renyi 定义的模型，生成无向、有向、无循环、双向
或者 2-mode 的随机网络。在 ER 模型中每一条边的生成都按照概率 P，而在 Pajek 中，
使 用 了 更 直 观 的 指 标 ： 平 均 度 d 。 所 有 的 连 接 都 必 须 符 合
和 m = pM，这里的 n = |V |，m = |L|，M 表示
大的网络中边的数目，例如无向图 M = n(n − 1)。
－Scale Free － 生成无尺度无向、有向或者非循环网络。依据为无尺度网络生成模型，
见文献[43]，在网络增长的每一步中，有一个新结点和 k 个边被加入到网络 N 中去。边
的端点可以在已有的结点中随机的选择，选择的概率为
，
其中
这里可以较为容易检查 。3
－ Extended Model（拓展模型） —根据 BA 拓展模型生成随机网络[2]。
3 以上内空由“遥遥”翻译，Email: [email protected]
Pajek – Manual 17
17 Pajek 1.16 / October 4, 2006
附：非原文内容，说明而添加
Partitions（分类区域） －分类网络。结果是一个分类。 －Degree（度）
* Input（输入）－指向结点的边数 * Output（输出）－从结点指出的边数。 * All（总数）－结点的所有的邻居。
－Domain（范围） －根据结点的输入输出以及邻居来计算该结点的范围。结果是：
* 分类包括范围的大小－可获得结点的数目。 * 向量包括标准化的范围尺寸－标准化通过总的结点数减 1 来完成。 * 向量包括到到该范围的平均距离。 根据平均距离分类标准的区域范围可以计算出近似的 Prestige 指数。
－Core（核） －k-核是给定网络的一个子集，在子集中每一个结点至少有 k 个近邻，
根据：
* Input（输入）－指向结点的边数 * Output（输出）－从结点指出的边数。 * All（总数）－所有的邻居。 * 2-Mode －2-Mode 网络的核心分类。给定第一个子集的 小度（k1）第二个子
集的 小度（k2），生成一个新的分类。这里，0 表示结点不属于前面所定义的 k1
和 k2 所属的核，1 表示该结点属于该核。
* 2-Mode Rveview －给定 k1 和 k2 初始值，计算下列：
k1 k2 Rows Cols Comp
这里，k1是第一个子集的 小度，k2是第二个子集的 小度。Rows和Cols 是相应的
Pajek – Manual 18
18 Pajek 1.16 / October 4, 2006
第一个和第二个子集中结点数，Comp是由k1和k2导出的网络中相互连接的部分的数
目。K1和k2是不断增加的，直到网络为空。
Figure 7: US Patents － Main island ’liquid-crystal display’
* 2-Mode Border —在一个给定的 2-Mode 网络中计算 k1 和 k2 的边界值（border values）。
－Valued Core －一般的 k-核心: 来用边的属性值替代计算边数 (邻点)。
当计算的Valued Core时候可以用边数的和或 大的值：
Pajek – Manual 19
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全部下限为val的valued core是给定网络的一个子网，这里在同一核心中，边的属
性值的和至少是val 。
大于下限为val的valued core是给定网络的一个子网，这里在同一核心中， 大的
边的属性值的至少是val 。
必须预先给定下限。有两种不同的方法来决定下限:
* First Threshold and Step —选择 初的下限，然后增加下限值。
* Selected Thresholds —通过向量来决定下限值 (逐渐增加的数目) 。
另外地，还可以利用输入，输出或所有的valued core。
－ Depth（深度）
* Acyclic（无环） 依照结点的深度分类无环的网络。 * Genealogical（谱系）依照结点的层次关系分类谱系网络。
－ p-Cliques（p 团） 依照 p-Cliques 分类网络(分类，类的结点至少有比例 p (数目在
0 之间和 1)个邻居)。
* Strong（强壮性）－对于有向网络。
* Weak（脆弱性）－对于无向网络。
－ Vertex Labels—根据同一层次中的结点(对于分子)具有相同的名称，来分类结点。
－ Vertex Shapes（结点形状）—根据同一层次(在系谱中表示)中的结点具有相同的形
状(椭圆形，方形,菱形)来分类结点 。
－Islands —根据连接类的边的属性值(权值)分类网络结点(类里的权值必须大于邻居
的权值):用邻边的 大权值来定义结点的深度。两个选择项：
* Line Weights（边的权值）
* Line Weights[简单的]
Pajek – Manual 20
20 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Figure 8: Bow-tie – Graph structure in the web [18]
如果Generate Network with Islands被选中，具有连线组成的Islands的新的网络将生成。
－Bow-Tie(蝴蝶结领结) —根据下列等级分类有向网络(Web 图结构)中的结点：1 – LSCC, 2 – IN, 3 – OUT, 4 –TUBES, 5 – TENDRILS, 0 – OTHERS。
－2-Mode 将一个 2- Mode 网络的结点分类成两个子集。
Components
－ Strong（强连接）—选择网络的强连接部份。
－ Strong-Periodic（周期强壮的）—选择网络的周期强壮部分－根据周期把连接紧密
的部分进行更深入的分类。
－ Weak（弱连接）—所选网络中弱连接的部分。
－ Bi-Components（双组份）—所选网络中双向连接的部分。关联结点属于不同层次，
因此，结果不能存储在分类中－双向连接的部分被储存在层次中!可以在各部分中选择
结点的 小数目。 此外，包括关联结点的分类能产生4:
给出由结点构成的双连组（Bicomponent）数目。“分类”包括每一属于双连组的结点、
双连组外部结点，以及关联结点（articulation points）。分类编码：双连组外部结点
为 0 类，每一双连组依次序编码（1-N 之间，其中 N 为双连组数），关联结点为 9999998
类。
4 以上部分由“一生有我”翻译，Email：[email protected]
Pajek – Manual 21
21 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Hierarchical Decomposition（层次分解）
－Clustering*－（聚类分解）层次聚类过程。通过使用“Operation/Dissimilarity”
或直接读入文件方式，输入相异网络(矩阵)；
* Run －运行的结果产生嵌套群及 EPS 系统树层次结构；
* Options －本过程的可选项：general, minimum, maximum, average, ward,
squared ward。
－ Symmetric-acyclic (均衡无环分解)—网络的均衡无环分解，结果生成带嵌套群的
层次结构[24]。
Numbering（编号）
－ Depth First（深度优先）－对选定网络按深度优先原则编号…
* Strong－对于强连接，考虑有向的边；
* Weak－对于弱连接，忽略方向（或者无向网络）。
－ Breadth First（广度优先）－对选定网络按广度优先原则编号…
* Strong－对于强连接考虑有向的边；对于弱连接忽略方向（或者无向网络）。
* Weak－对于弱连接，忽略方向（或者无向网络）。
－ Reverse Cuthill-McKee -RCM 计数。See Paper
－ Core + Degree（核+度）－根据分类的所有中心核，按递减顺序编号。对于具有同
样核的结点，根据具有同样或更高核的邻结点的编号按递减顺序排序
Citation Weight（引文权重） －如果一个网络表示的是引文网络，每条连的权重（引
用量）和结点（论文）可被计算，结果如下：
－ 网络中带数值的边表示引文的重要程度；
－ 在主路径上对结点进行二分类；
－ 网络有唯一的主路径；
－ 向量表示结点（论文）的重要度
分配权重的不同方法[33]：
－ Search Path Count(SPC)（搜索路径计数）－方法。从源结点开始计算直至终止结
点。
－ Search Path Link Count(SPLC)（搜索路径链接计数）－方法。每一结点均被视为
源结点。
－ Search Path Node Pair(SPNP)（搜索路径结点对）－方法。
对权重，可进行标准化（使用流或 大值）或分段。
K-近邻（K-neighbors）－选择所有结点
Pajek – Manual 22
22 Pajek 1.16 / October 4, 2006
－ Input－输入被判定结点，从它出发，我们可以在 多 K 步内到达选定结点。
－ Output－输出可被选定结点 多 K 步内到达的结点。
－ All－所有包括输入和输出（忽略边的方向）。结果产生分类，在分类内结点的分类
序数与它到给定结点的距离相等，从给定结点不可到达的结点被归于类 9999998。当你
获得分类之后还可以生成子网。
－ From Clusters（面向类）－根据类内的每一结点计算符合选定长度距离的结点。结
果产出与类内结点数一样多的分类。 后输出可被存为向量，而非分类。
Paths between 2 vertices (两结点间的路径)
－ One Shortest（一条 短路径）－寻找两结点间的 短路径。结果是一个新的网络。
边的值可考虑在内（如果他们表示两结点的距离）或者不考虑（图的理论长度），选择
后者往往更快。
－ All Shortest（所有 短路径）－搜索两点间的所有 短路径。结果是一个新的网
络。边的值可考虑在内（如果他们表示两结点的距离）或者不考虑（图的理论长度），
选择后者往往更快。
－ Walks with Limited Length（限定长度的行走）－找出两结点间具有限定 大长
度的所有行走路径。
－ Diameter（直径）－寻找直径，即网络两结点间的 长 短路径的长度。进行全面
搜索，因此该操作对于大的网络（结点大于 2000）将很慢。
－ Geodesics Matrices*（ 短程线的矩阵）－计算 小路径长度矩阵，以及 短程线
的矩阵（仅用于小世界网络）
－ Distribution of Distances（距离的分布）－计算 小路径长度的分布，及网络
内可达结点对的平均路径长度，有两种方式：
* From All Vertices（面向所有结点）－所有结点被视为开始结点；
* From Vertices in Cluster（面向类内结点）－仅被群选定结点被作为开始结
点计算。
Critical path method, CPM（关键路径法）－找出无环网的关键路径，结果生成包含
关径路径的新网络。算法可被用于项目计划领域，但也可用于作无环图分析。此外还会
生成包含有关行动的总的和自由延迟时间网络。此外，还有两个向量（分类）生成：一
者包含到达设定状态的 早可能时间，另一者包含达到设定状态的 迟弹性时间。
Maximum Flow (结点间的 大流)
－ Selected Pair（选定对）－寻找选定两结点间的 大流（算法寻找可渗透的路径，
而其中往往选择 短路径）。算法可被用于技术领域（如实际流，代表能量的边的属性
值）。结果生成包含两结点及代表二者 大流的边的新网络。
－ Pairs in Cluster（聚类对）－寻找由群确定的结点间的 大流。结果生成边的属
性值代表对应结点间 大流的新网络。该算法很慢，因此只适用于小型网络或带有限结
点的群。
Pajek – Manual 23
23 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Vector (向量)—从网络中获得向量
－ Cetrality（中心势）－结果是一个向量，包含对每一结点和整个网络居中性指标的
选定中心势测量值[52，P169-219]。
* Closeness 紧密度（Sabidussi）
1.Input（输入）－输入其他结点到选定结点的距离，以判断每一结点的居中
性。
2.Output（输出）－根据选定结点到其他所有结点的距离，判断每一结点的居
中性。
3.All（所有）－忽略边的方向，将网络视为无向网。
* Betweenness（中介度）(Freeman)
－ Get Loops（获得环）－将回环的值存到向量
－ Get Coordinate（获得坐标）－获得网络的 X，Y 或 Z 坐标。你可以一次获得所有的
坐标。可能可得到多于 3 种坐标，坐标必须包含坐标属性。
－ Important Vertices（重要的结点）－寻找有向网（如 WEB，科学家引文网）或 2-Mode
网中的重要结点。结果产生带有权重以及包含指定重要结点分类的向量。
* 1－Mode：Hub/Authorities，在有向网中我们常确定两种重要结点类型：集线中
心（Hub）和权威（Authorities）。一个结点被认为是很好的集线中心，如果它指
向许多好的权威结点。而如果它被许多好集线结点连接，那么它就是一个好的权威。
在获得的分类值“1”表示该结点是权威结点，值“2”表示该结点既是权威结点也
是集线结点，值“3”表示该结点是一个集线结点。
* 2－Mode：一般应用于模式二网络的算法，用于搜寻第一和第二子集的重要结点。
－ Structural Holes（结构洞）－波特用于测量约束的指标[19，page54-55]，结果是：
* networks Pij:结点i与j的关系概率值，同i的所有关系值之比。这里aij指i，j两
点间的边的属性值。
* 网络包含二值约束 Cij，它表示围绕结点 j 和 i 的初始“洞”的缺失约束:解释：
结点 j 通过以下方式约束结点 i 的主持人身份：
(a) 结点 i 要有较大的时间与能量的投资，才能到达结点 j；
(b) 二是结点j被很少的结构洞包围着，通过这些结构洞结点i可通过谈判促进投资
Pajek – Manual 24
24 Pajek 1.16 / October 4, 2006
回报。5
* 结点为约束为 ∑= j ijii cCC : , 对于独立结点 1=iC 的集合。
－ Clustering Coefficients(聚集度系数) － 在无向网络中计算不同的固有趋向聚集度:
设 deg(υ) 表示结点 υ 的的度数， |))((| 1 υGE 与结点 υ 直连的含有 1 个邻居的结点，
MaxDeg 网络中单个结点的 大度数，与 ))(( 2 υGE ，与结点 υ 直连的含有 1 到 2 个邻
居的结点。
* 1CC － 只有1个邻居的结点的聚集度。
* )1)(deg()deg(
|))((|2)( 1
1 −⋅=
υυυ
υGE
CC )()deg()( 1'1 υυυ CC
MaxDegCC =
* 2CC － 2 个邻居的结点的聚集度。
* |))((||))((|)(
2
12 υ
υυ
GEGECC = )()deg()( 2
'2 υυυ CC
MaxDegCC =
如果 deg(υ)≤结点 υ所有的聚集度为 0。
－ Summing up Values of Lines(线数和) － 与选取结点相连的所有的入度与出度，或
所有的线数的和数。
－ Min of Values of Lines( 小线数) － 找到与选择结点相连的入度与出度，或所有
线数的 小值。
－ Max of Values of Lines( 大线数) － 找到与选择结点相连的入度与出度，或所有线
数的 大值。
－ Centers(中心) － 在图中使用“掠夺”（robbery）算法找到中心：结点比它们（中
心）的邻居含有更高度数（更强）时从它们中掠取强度：
* 首先根据结点的度数赋予相应结点相应强度，或者用 1 赋值。 * 当“虚弱”结点被找到的时候，邻居根据强度从它掠取相应的强度，或者他们平
分。
－ PCore(P 核)－一般化核心
* Degree(度) － 简单核心。 * Sum(和) － 将线数计入总值 account 。（在 PCore 中线数的总和） * Max( 大) －将线数计入总值 account。（在 PCore 中线数的 大）
5 以上内容所“傻大师”翻译，Email：
Pajek – Manual 25
25 Pajek 1.16 / October 4, 2006
循环 过渡
图 9：属于循环和过渡的线（捷径）3 边环。
图 10： 弧上的 4 边环的种类
Count(数目) － 每条边属于预先指定的环的次数。
－ 3-rings(3 边环) － 每条属于 3 边环的边的计数（count number）。
* 无向—对于无向网络 － 记取无向三边环的计数。 * 有向—对于有向网络 － 记取循环，过渡，或者所有的 3 边环，或者记取每条边
为过渡捷径的次数(见图 9)。 －4-rings（4 边环）－ 每条属于 4 边环的边的计数(count number)。
* 无向—对于无向网络 － 记取无向 4 边环的计数。 * 有向—对于有向网络 － 记取循环，过渡，或者所有的 4 边环，或者记取每条边
为过渡捷径的次数(见图 10)。
循环 过渡 宗系 菱形
Pajek – Manual 26
26 Pajek 1.16 / October 4, 2006
3.3 Nets(网)
两个网络的运算。
Union of lines(边的联合) － 融合选取的网络。结果是一个复合联系的网络。如果你想
得到网络的联合，复合边必然被删除。网络必须在维度上匹配或：如果一个网络有 m个结点和其他 n 个结点，且 m<n 于是在 n 个结点的网络中头 m 个结点必须与 m 个结点
的网络相匹配。
CrossIntersection(交叉交集) － 将相关数目考虑的被选取网络的交集。
CrossDifference（交叉差集）－ 被选取网络的差集。
Difference(差集) － 将相关数目考虑的被选取网络的差集。
Union of vertices(结点的联合) － 将第二个网络加入到第一个网络后。
Fragment（1 in 2）(碎片)—在网络 2 中找到所有碎片的副本（由网络 1 决定）
－ Find (寻找) － 执行命令
－ Options（选项） 选择适当的碎片模型。
* Induced(诱导的) － 碎片的副本中两结点间不能有多余的边来匹配（强条件）
否则多余的边会被提出（present）。（相对较弱） * Labeled(标记的) － 标记必须匹配（例如：分子中的原子）。标记用分划（partition）中的类型（颜色）来决定—第一个分划与第二个分划必须在寻找标记过的碎片之前
选择。第一个分划决定第一个网络（碎片）的‘标记’，第二个分划决定第二个（原
始的）网络。
Pajek – Manual 27
27 Pajek 1.16 / October 4, 2006
* Check values of Lines(检查边间的数值)－边的数值必须匹配（例如：在家谱学中
表示性别的数值：1—男，2—女） * Check relation number(检查相关系数)—相关系数必须匹配。 * Check only cluster(仅仅检查类)—只有碎片会被查找。其中，第一个结点是类中
结点的一个。
图 11：碎片—Ragusa的近亲通婚
* Extract subnetwork(展开子网)—产生附加结果：展开包含属于碎片和一致边的子
网。 ·Retain all vertices after extracting (在展开之后保留所有结点)－在展开后的网络
与原网络相同的结点会被保留，仅仅不属于任何碎片的边将被取消。 * Same vertices determine one fragment at most(相同结点 大化决定一个碎片)—在同结点集合（不同边）上的碎片处理的方式 如果没有被选择：允许相同结点集的碎片 选择：不允许相同结点集的碎片。 * Repeating vertices in fragment allowed － 相同结点可以在碎片中出现多次。(例如：在循环中)
Multiply First*Second（乘法 第一个*第二个）－ 将所选择的 1 或 2 网络模型相乘（与
乘法规则相匹配）
Shrink coordinates(1 to 2)(缩小一致性) —当你缩小网络时有用，单独缩小每一个网络，
然后将所有的一致性赋予原始网络中的结点（同一类的结点得到相同的一致性）。用缩
小网络 1 的一致性替换网络 2 的一致性。缩减可以用
分划 或 结构
来定义 6。
6 为 AndyChang 翻译，Email: [email protected]
Pajek – Manual 28
28 Pajek 1.16 / October 4, 2006
3.4 Operation（操作）
操作前需要输入网络或者其它数据。
Shrink Network－在收缩（Shrink）之前，需要在 Option 菜单中选择适当的“块模型”。
在一个新网络里画线时， 必须提供原始网络中收缩结点间连线数的默认值。
－ Partition －网络的收缩按照所选的分区进行。在 Class 0 中的结点（缺省情况）
保持不变，其他的结点被收缩。导致被收缩的网络与分区。
－ Hierarchy —网络的收缩按照所选的层次进行。层次中邻近的结点收缩为新的结
点。Cut 结点收缩为虚拟的结点。Border 结点并不导致收缩，但它们是不可见的。属于
其他结点的结点保持不变。收缩的类型（块模型）可在 Option 菜单里选择。
Extract from Network
－Partition — 根据所选的分区提取子网络（丛分区中提取分类范围）。被提取的分区
作为一个附加的结果。
－Cluster — 按照所选的聚集进行子网的提取。
－to GEDCOM — 按照所选的分区（若连接组件）进行子系谱的提取，并形成一个新
的 GEDCOM 文件（系谱必须作为 Ore 图被提取）。
Brokerage Roles — 根据给定的分区，对于每个结点 j 来说有五种 brokerage 角色
（coordinator, itinerant broker, representative, gatekeeper 以及 liaison）
Dissimilarity* — 根据公共邻居的数目计算机在聚集的结点中选定相异度矩阵(d1, d2,
d3 or d4)。修正的类欧氏空间 d5 与 Manhattan-like d6 相异度也可以计算出来[8]。
得到的矩阵可以进一步用于聚类过程的分级。
可以将结点v作为其邻居的一部分（也可以不作为其中的一部分）并在报告窗口中仅显
示上三角/无向或完备的矩阵/有向矩阵（在结点数较低的情况下）。
Nv表示结点v的输入、输出或者其全部的邻居的集合。+表示对称和，U表示集合的合
并，\表示集合的差异（difference/微分？）|表示集的势；1st axdegree与2nd maxdegree
分别表示网络中 大的度数与次大的度数。
d1(u, v) =maxdegree 2nd maxdegree1st |Nv Nu |
++
d2(u, v) = |Nv Nu ||Nv Nu |
U
+
Pajek – Manual 29
29 Pajek 1.16 / October 4, 2006
d3(u, v) = |Nv| |Nu|
|Nv Nu |++
d4(u, v) =|)Nv| |,Numax(|
|)Nu \ Nv| |,NvNu \ max(|
d5(u, v) = ∑≠=
+++n
vuss
,1
2vuuv
2vvuu
2svsu
2vsus ))q - (q )q - ((q · p ))q - (q )q - ((q
d6(u, v) = ∑≠=
+++n
vuss
,1
vuuvvvuusvsuvsus |)q - q| |q - q(| · p |)q - q| |q - q(|
相异度d5、d6基于某个关于结点的矩阵Q = ][ uvq ，比如说邻接矩阵或者距离矩阵。参
数p一般被设置为1或者2。在 0== vu NN 的情况下，所有的相异度d1-d4均被设置为1。
Vector — 对网络和向量的操作
－ Network * Vector — 通过向量方式的普通的矩阵（网络）乘法，结果是一个新
的向量。
－ Vector # Network — 结果是一个新的网络。
* Input — 通过相应的向量值来做网络中incoming arcs的乘法——用矩阵的第
i 列乘以向量中的第 i 部分。
* Output — 通过相应的向量值来做网络中 outgoing arcs 的乘法—用矩阵的第
i 行乘以向量中的第 i 部分。
－ Harmonic Function — 参见 Bollobas [17, page 328].
把(G, a)作为一个连接的有权的图，权重函数为a(x, y)，且S是结点集合V(G)的一
个子集。 IR (G) V : f → 表示图(G, a)的谐函数，在边界S的情况下，如果
f(x) = ∑y
y)f(y)) (a(x,A(x)
1， SGVx \)(∈∀
A(x) = ∑y
y) a(x,
Pajek 中的执行：
* 函数 f 由向量决定
* 权重函数 a(x,y)由数值网络给定
* 子集 S 由分区确定 — Class 1 中的结点在子集 S（固定结点）中，其他结点在
V(G)\S 中
* 除此之外，排列决定计算中结点的顺序
在Pajek中，可以多次进行谐波函数的计算—只要延续函数间的差距变得足够小。表示
Pajek – Manual 30
30 Pajek 1.16 / October 4, 2006
函数f的向量部分在计算完成后或在每次反复计算终止时（所有部分都被计算完成）可
以立即被改进。该过程的影响因素如下：
* Input — 邻近结点
* Output —邻近结点
* All —邻近结点
－Summing up neighbors — 对于每一个结点通过以下三个因素求取类成员的邻接点
的和：
* Input — 邻近结点
* Output —邻近结点
* All —邻近结点
－Min of neighbors — 对于每一个结点通过以下三个因素求取类成员的邻接点的 小
值：
* Input — 邻近结点
* Output —邻近结点
* All —邻近结点
－Max of neighbors — 对于每一个结点通过以下三个因素求取类成员的邻接点的 大
值：
* Input — 邻近结点
* Output —邻近结点
* All —邻近结点
－Put Loops — 在当前网络中将向量值作为循环数。
－Put Coordinate — 在网络规划中将向量作为结点的 x、y、z 坐标，或将其作为结点
极半径或极角。
－Diffusion Partition — 根据向量给定的 threshold 计算扩散分类。选定集聚中的
结点可以被认为在时间 1 被采用。
－Islands — 根据由向量给定的结点权重来选择结点的分类与集聚的粘附。
* Vertex Weights — 结点“岛”是具有权重结点的给定网络结点的集聚，“岛”
上结点的权重要远大于其邻域内的结点的权重。这种权重也可以被称为高度。
* Vertex Weights [Simple] — 简单的结点“岛”是指只具有一个 高点的结点
“岛”。
Transform — 依据分类、集聚和/或向量的网络变换。
－Remove Lines — 依据分类删除连接
* Inside Clusters — 在同一个（选定）的集聚子网中删除相关结点所有的连接。
* Between Clusters — 在不同的集聚子网间删除相关结点所有的连接。
* Between Two Clusters
1、 Arcs — 删除从第一个集聚子网指向第二个集聚子网的所有的arcs。
2、 Edges — 删除所选的两个集聚子网间的所有edges（边）。
Pajek – Manual 31
31 Pajek 1.16 / October 4, 2006
* Inside Clusters with value
1、 lower than Vector value — 删除由分类确定的集聚子网内，低于指
定向量值的所有连线。
2、 higher than Vector value — 删除由分类确定的集聚子网内，高于
指定向量值的所有连线。
向量的维度必须与分区中的 高聚集数相等。7
－Add（增加）－增加一些弧到给定的类
* Arcs from Vertex to Cluster（从结点到类的弧）：增加从选中结点到类所有结点
的弧。 * Arcs from Cluster to Vertex（从类到结点的弧）：增加从类中所有结点到选中结
点的弧。
－Direction（方向）－转换为有向网络，这里所有弧都指向
* Lower->Higher 从低到高：层次号。 * Higher->Lower 从高到低：层次号。
层次中连线可能被删除也可能不被删除。
－Vector(s) -> Line Values － 用相应的终点和初始结点的向量进行运算（和、差、乘、
除）的结果替换边的属性值。
Recorder（变换序）
－Network（网络）－根据选中的排序变换网络中的结点。
－Partition（分类）－根据选中的排序部分变换分类中的结点。
－Vector（向量）－根据选中的排序变换向量中的结点。
Count neighbor Colors（计算邻居颜色）－对一个选中的网络和分类，因为每个结点的
邻居结点被选中的颜色的频率被给出使用的群决定颜色的计算。
Coloring（着色）
－Create New（生成新的）－结点的连续着色由转换决定，结果依赖于选中转换的有效
性。
－Complete Old（完成旧的）－排序决定完成部分结点的着色。比如：一些结点可以手
工着色，但大多数结点始终无色。在这点上可以帮助程序更好地着色。
7 以上由“大头”翻译，Email：[email protected]
Pajek – Manual 32
32 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Figure 12: World trade. Orderings: alphabetical and determined by clustering
Balance*（平衡）－为标记图分类重定位算法（图中给出正的或负的值在线上表示朋友
或敌人）。为在群内有尽可能多的正线，在群外有负线有优化分类。如果重复数目高于
1，初始分类进入给定群的数目对每个独立重复是接近随机的。如果程序找到几个优化
解，都被报告。更多算法细节参看 Doreian and Mrvar[23]
Blockmodeling*（块模型）－一般化块模型。
－Random Start（随机开始）－从随机分类开始优化。
－Optimize Partition（优化分类）－为选中分类显示判别函数并优化它。
－Restricted Options（限制选项）－只显示选中部分选项（对大多数用户足够）或全部
选项。
Genetic Structure（遗传结构）－根据给定分类（ 小结点的）计算给定无环网络的遗
传结构，我们得到在分类中更多不同群里的向量和优势基因分类。
Permutation（排序）－根据网络改进给定排序
－Travelling Salesman（旅行商）－可以应用不同矩阵或修改矩阵表示网络（填充对角
线和用一些大数代替矩阵中的 0）：
* Run（运行）－运行 3-OPT 算法解决旅行商问题。 * Options（选项）－将选中值放在对角线上，增加一些人工结点和带有大值的附
加线，用选中（大的）值代替 0。
－Seriaton（顺序排列）－从网络或（随机的）排序开始用顺序排列算法改进排序。
* 1-Mode－为一般网络 * 2-Mode－为 2-Mode 网络
－Clumping（集聚）－从网络或（随机的）排序开始用集聚算法[4]改进排序。
* 1-Mode－为一般网络 * 2-Mode－为 2-Mode 网络
Pajek – Manual 33
33 Pajek 1.16 / October 4, 2006
－R-Enumeration （R-列举）－从网络或（随机的）排序开始寻找尽可能接近彼此的
排序在邻居结点中。
Functional Composition（功能合成）－f 是一个分类或一个排序，g 是一个分类、一个
排序或一个向量。结果是一个新的分类、排序或向量 r 被定义为 r[v]=(f*g)[v]=g[f[v]].
Expand Partition（扩展分类）
－Greedy Partition（贪婪分类）－将不清楚群号的结点放入同一个群中作为分类中被
选中结点。如果
* Input（输入）－ 多 K 步我们就可以到达选中的结点。 * Output（输出）－ 多 K 步我们可以从选中的结点回到结点处。 * All（全部）－输入+输出（不记线的方向）
如果一个结点属于多个群，多个群均可以被加入。
Figure 13: Petri net
－Influence Partition（影响分类）－将在分类中不知群号的每个结点都放入 接近的
Pajek – Manual 34
34 Pajek 1.16 / October 4, 2006
结点所在群中。如果在已知群号的几个结点中有相同的距离， 高值被采用。
－Make Multiple Relations Network（生成多重关系网）－用分类将网络转成多重关系
网。如果线上所有 后结点属于分类中同一个群，多重关系标记就等于 后一个结点的
群号，否则为 0。
Expand Reduction（扩展还原）－从各部分网中转存原始网（等级还原）和适当的层次
（结果始终是无向网）。
Identify（识别）－识别（变换和/或加入一些单元）8
Petri－通过分类决定的起始场所令牌（marking of places）来执行 Petri 网。网络中场所
数目等于分类维度。场所首先被定义成（1..m）然后变迁为（m+1…n）,如果超过一个
变迁能被激活怎么做呢？有两种可能：
－Random（随机）－随机选择变迁。
－Complete（完全的）－生成所有可能变迁的完全树－结果是层次的。你能选择 大
深度树，或尽可能的执行 Petri 网。
试一下 Peterson 书中[44，21 页]例 petri2 或 petri52 的数据(见图 13)
Refine Partition（重提分类）重提所选网络的分类（Reachability－能达到性）。
－Strong…对于有向网。
－Weak…对于无向网。
Leader Partition（首要分类）－找出层次内网络结点的类。
3.5 Partition（分类）
分类只需要一个输入。 Create Null Partition（生成空分类）－生成选定维数的空分类。默认维数是所选网络的
大小（如果内存中存在网络）。
Binarize（二进制）－从所选网络中生成一个二进制（0-1）分类。
Canonical Partition（规范化分类）－将分类转换成规范的形式（结点 1 在类 1 中，具
有 小值且和结点 1 不在同一类中的临接结点在类 2 中，以此类推）
Canonical Partition [Decreasing frequencies]（规范化分类）－将分类转换成规范的形
式（在类 1 中具有高频度的老的类将被重新设置，在类 2 中具有高频度的老的类也将被
重新设置，以此类推）
Make Network（生成网络）－从分类中生成网络。
－Random Network(随机网络)－生成随机网络，这里结点的度由所用分类决定。
* Undirected（无向）－在无向网络中，分类给定结点的度。 * Input（入度）－分类给定结点的入度。 * Output（出度）－分类给定结点的出度。
8 以上为沧海回眸所译，Email: [email protected]
Pajek – Manual 35
35 Pajek 1.16 / October 4, 2006
－2-Mode Network－生成 2-Mode 网络：第一个集合包含结点（v1…vn），第二个集合包
含类（c0…cm）。如果结点 i 在类 j 中，将产生一条从 vi 到 cj 的连线。如果选项 Existing Clusters only 被选择，仅当包含至少一个结点的类能作为第二个集合的结点。
Make Permutation－从所选分类中变换。（首先，在 低层次中所有的结点，…）
Make Cluster－将分类转换为类。
Make Hierarchy－将分类转换为层次（嵌套或不存在嵌套）。
Make Vector－转换分类为向量（V[i] :=C[i]）。
Count, Min/Max Vector－依据给定的划分产生关于类频度和 大、 小向量值的信息。
3.6 Partitions（分类）
在两个分类上操作。两个分类必须在操作前选定。 Extract second from first－从第一个分类中提取结点，这些结点满足第二个分类的标准
（指定的间隔）。当我们有包含一些信息结点的分类（例如性关系），这个操作是可利用
的。当你提取网络的一小部分（例如这些结点与所选的结点的距离少于 3），没有执行
相同操作（Extraction）的分类中，关于性关系的信息将丢失。
Add Partitions－增加两个分类（在无环网络中）。
Fuse Partitions－熔合两个分类－把第二个分类加入到第一个分类的未尾（用于 2-Mode网络）。
Expand－扩展分类到更高（原始）维数。
－First according to Second(Shrink) －根据由分类二所确定收缩范围，扩展分类一。
－Insert First into Second according to Third(Extract) －当前分类通过抽取由分类二
定义的选定类获得，该分类二来自分类一。此时子分类被修改。我们可使用这种操作，
将该被修改的子分类插回分类一。
Intersection －选定分类的交互。
Make Random Network －生成随机网络，该网络的入度由分类一决定，出度由分类二
决定。
Info －两选定分类间的双变量统计指标:
－Cramer’s V, Rajski －意外报告表，计算 Cramer’s V 和 Rajski 系数。
－Spearman －秩次相关系数。
3.7 Vector（向量）
使用向量操作 Creat Indentity Vector －生成选定维数的识别向量（向量只包含 1’s）。缺省维数为选
定网络的规模（如果在记忆体内有一个网络的话）。
Extract Subvector －从给定向量中抽取子向量－标准为选取定分类的类。
Shrink Vector －根据分类中的类，收缩向量值形成新向量－调整向量以收缩网络。当
Pajek – Manual 36
36 Pajek 1.16 / October 4, 2006
收缩几个值为一个值时，可以使用值的和、平均数、 小值、 大值或中位数等。
Make Partition －转化向量为分类：
－ by Intervals －根据向量被所选的分类数，赋予各结点适当的分类值。间隔可通过
以下办法产生：
* First Threshold and step －选择第一个阀值和步长，再增加阀值。 * Selected Thresholds －选择所有的阀值或类数
－ by Truncating（Abs）－分类取绝对值，消去向量。
Make Permutation －将向量转化为变换体－排列变换
Transform －给定向量的变形:
－ Multiply 被常数乘
－ Add Constant 在向量中增加常数值
－ Absolute 向量构成元素取绝对值.
－ Absolute +Sqrt －对取绝对值成分求平方根
－ Truncate －削去向量
－ Exp －向量的指数化
－ Ln －向量的自然对数化
－ Power －向量的选定幂律化
－ Normalize
* Sum －标准化以使各元素和为 1 * Max －标准化以使 大的元素值为 1
3.8 Vectors（向量）
对两个向量的操作。这两个向量在操作之前就必须选定。 Add Vectors －对选定向量求和
Subtract Second from First －对选定向量求差分
Multiply Vectors －选定向量的积
Divide First by Second －选定向量的除法
Linear Regression －使用线性回归法拟合两个向量。结果为：回归线，第二个向量及
相应误差的线估计。
Min (V1, V2) －求选定向量中的小值
Max (V1, V2) －求选定向量中的大值
Fuse Vectors －向量的互溶
Transform －两向量变成另外的两个向量
Pajek – Manual 37
37 Pajek 1.16 / October 4, 2006
－Cartesian→Polar －第一个向量包含 X 坐标，第二个 Y 坐标，结果：向量包含极半
径和度带有极角的向量。
－Polar→Cartesian －第一个向量包含极半径，第二个向量的度包含极解。结果：向量
包括 X 坐标和 Y 坐标。结果可被标准化以在画图框内使用方向。
Info － 两个向量间的 Pearson 相关系数
3.9 Permutation（排序）
只需将排序作为输入 Identify －建立选定维的辨别排序。缺省维数为选定网络规模（如果在记忆体内存在一
个网络的话）
Random －建立选定维的随机排序。缺省维数为选定网络规模（如果在记忆体内存在
一个网络的话）
Random 2-Mode－建立选定维和 2-mode 网络第一个类属的结点数的随机排序。缺省维
数为选定网络规模和第一类属结点数（如果在记忆体内存在网络及其对应分类）
Inverse －建立选定排序的倒数排序
Mirror －建立选定排序体的映射排序（按相反的方向排列）。
Make Partition －按给定排序的选定类数目，生成分类
Make Vector －转换排序体为向量
3.10 Cluster（类）
只有类（及分类）可作为输入 Create Empty Cluster －创建没有结点的类
Creat Complete Cluster － 创建有 1…n 个值（结点）的类。
Make Partition-将类排序来划分。
Binarize Partition （二元分类）－此处翻译不是很恰当，给出原文（Binarize partition according to cluster - make binary partition of the same dimension as the given partition, vertices that are in cluster numbers determined by the cluster will go to class 1 other to class 0. This allows noncontiguous ranges to be selected (other choices in Pajek need contiguous ranges). Note the exception: In this case cluster represents set of cluster numbers and not set of vertices numbers.）.
3.11 Hierarchy（层次）
只需要输入层次。
Extract Cluster（摘录类） –从层次提取类，类是整个层次选定子结点。
Make Network（构造网络） –将层次转换成网络(例如使用它吸取等级划分的层)。闭
合结点也在考虑。
Make Partition（作分类）–将层次转换成分类(按闭结点)。
Pajek – Manual 38
38 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Make Permutation（作结点排序）–将分类转换成结点.
3.12 Options（选项）
Read / Write（读/写）
－Threshold（阈值）-边的属性值必须大于(绝对)两个结点间给定的边的属性值。
－Max. vertices to draw－网络中允许绘制的 大结点数（防止过长的等待）.
－Read / Save vertices labels?－是否读入/保存标签,坐标,或者其他结点的描述. 如果
结点标签没有读入(如果网络非常大和结点标签长,建议这样做)，它们能通过用以下输
入文件导入：Net/Transform/Add/Vertex Labels from File
－Save coordinates of vertices? －是否保存结点坐标为网络文件。
－Save complete vertex description? －当每个结点的完整描述保存到网络输出文件时
将出现，即使连续结点有相同的描述（例如，形状，时间间隔…）。
－Check equality of vertex descriptions by reading? －能使用户快速读入有关结点描
述的网络文件：当结点严格相同的描述经常出现时（例如，结点的形状），检查这个选
项来节省空间。当输入文件中结点描述有许多不同时（例如，在临时网络中时间标志），
不检查这个选项来节省时间。
－Check equality of line descriptions by reading? －能使用户快速读入有关边描述的网
络文件：当边严格相同的描述经常出现时（例如，边模式 Dots/Solid），检查这个选
项来节省空间。当输入文件中边描述有许多不同时（例如，在临时网络中时间标志），
不检查这个选项来节省时间。。
－Auto Report? －自动报告所有文字结果存档为 rep1.rep 。
－Ore:1-Male，2-Female Links－当读入族谱作为 Ore 图时产生二种类型的弧：值 1
的弧代表父亲和孩子的关系，值 2的弧代表母亲和孩子的关系。
－GEDCOM -pgraph－当读入族谱（D.R.White）时，使用 pgraph 格式(结点是成对的
或单独的)，否则只是单独结点。
－Bipartite Pgraph－对于婚姻，三角关系或环，产生有四方形的双向图。
– Pgraph+labels－当读入 GEDCOM 文件时，将边的标签附上。
x / 0 =当用 0除以非 0 值时指定结果。
0 / 0 =当 0 除以 0 时指定结果。
Blockmodel－选择供压缩的成块模型的类型。可能有:
－0..Min Number of Links
－1..Null
－2..Complete
－3..Row-Dominant
Pajek – Manual 39
39 Pajek 1.16 / October 4, 2006
－4..Col-Dominant
－5..Row-Regular
－6..Col-Regular
－7..Regular
图 14 广义块类型
－8..Row-Functional
－9..Col-Functional
－10..Degree Density
见 Batagelj [6] and Doreian, Batagelj, Ferligoj [25]. Ini File
－ Load－使用选定 pajek 配置文件，它储存为*.ini 文件。
Pajek – Manual 40
40 Pajek 1.16 / October 4, 2006
－Save －保存当前 pajek 配置成一个 ini 文件。
FontSize －显示的字体大小。
3.13 Info(信息)
Network－网络的信息
－General－一般的网络信息
*number of vertices （结点数目） *number of arcs, edges and loops （弧、边、环的数目） *density of lines（边密度） *sort lines according to their values (ascending or descending) to find the most/least important lines.（通过它们的属性值对边排序（升序或降序）来找出 重要/不重要
的边）。 这种线路按其价值(升降)寻找 / 重要线路。
－Line Values －边的属性值的频率分配。
－Indices－网络（化学的和族谱的）的不同标记。
－Triadic Census－网络中不同的三元组（三个结点）的数目。见 Faust 和 Sasserman[52]和 49 页图 15。
－Multiple Relations－多重关系网络的一般信息。
*number of relations（关系数目） *number of arcs, edges and total number of lines for each relation（每个关系中，边，
弧的数目和边的数目。） －Vertex Label -> Vertex Number –通过给定标签查找结点序号，或给定结点序号查找
结点标签
Partition－分类的一般信息，通过结点类的标号对结点排序（升序或降序）来发现重要
的结点。类标号的频度分布。类标号的均值，中位数和标准偏差也能给出。
Hierarchy－关于层次的一般信息。当且仅当结点数目是整数则操作是可能的。它返回
层次结点中（在第一级中）结点的数目。
Vector－向量的一般信息。给定类的序号（＃－类的数目或选定的划分值能被给出），
按结点的属性值，均值，中位数，标准偏差和频率分布对结点排序。
Memor－可用内存，不太准确。
About (关于)－有关 pajek 版本，作者，著作权的信息…
3.14 Tools(工具)
R
－Send to R－调用有一个向量/网络的统计包 R[45]，向量/网络通过类选定或所有当前
可利用的向量和/或网络。
Pajek – Manual 41
41 Pajek 1.16 / October 4, 2006
－Locate R－查找磁盘中统计程序 R（Rgui.exe 或 Rterm.exe）的位置。
SPSS
－Send to SPSS(外放的SPSS) – SPSS软件派召统计SPSS软件包一分,还是网络载体, 间隔/向量类选定或所有现有间隔及载体。
－Locate SPSS －查找磁盘中统计软件 SPSS（runsyntx.exe）的位置。
Web Browser－当点击带有 Shift and Right mouse button 的结点时，选择哪种 Web 浏览
器打开。
Add Program(加上节目)－增加带有特殊参数的新可执行程序到工具菜单。
Edit Parameters－编辑选定的外部程序的参数。
Remove Program－从工具菜单中删除选定的外部程序。
Pajek – Manual 42
42 Pajek 1.16 / October 4, 2006
4 绘图窗口工具
4.1 主窗口绘图工具
Draw（绘图）－绘制网络图。打开一个新窗口，出现一个新菜单。你可以手工编辑网
络，如按住鼠标左键并拖动以移动结点，用鼠标右键拖动出多边形以选中图形的某一部
分，右键点击结点以编辑此结点的连线，运用 X，Y，Z，S，x，y，z，s 键来旋转图形。
绘图窗口主要包括如下功能：
Draw-Partition（图形分类）－与绘图类似。结点颜色代表所选部分图形的等级。此外，
通过单击鼠标中键（或 Shift+left 键）来增加所选结点的等级数，也可以通过同时按 Alt键（或 Alt+Left 键）来减少所选结点的等级数。如第 75 页图 20 所示，颜色代表选定的
等级。除
除了图形分类以外，其它的一些主要菜单项先前已有描述。如可依据分类图的图层来绘
制网络图，通过指定分类中图形的结点数目以 优化能量。单击分类图形的邻近结点可
移动所选等级的图形。 Draw-Vector（绘制向量）－结点的大小决定于所选的向量。
Draw-2Vectors（绘制二维向量）－结点的大小决定于所选的两个向量（一为宽，二为
高）。 Draw-Partion-Vector（绘制部分一维向量）－结点的大小决定于所选的两个向量（一为
宽，二为高） Draw-Partition-2Vectors（绘制部分二维向量）－通过所选分类确定结点的颜色，结点
的大小决定于所选的两个向量（一为宽，二为高）。 Draw-SelectAll（绘制所有所选对象）－创建一个新的分类图并用它来绘制网络图。
4.2 Layout（布局）
创建网络布局。 Circular（圆环状）－各结点组成圆环形。 1. Original（初始状态）－按网络的某一属性来排序 2. using Permutation（转置）－以当前转置来排序。 3. using Partition（分类）－作出单独的圆环以对所选分类图进行聚类。圆环的中心点
为簇中结点位置的算术平均值。 4. Random（随机）－随机顺序。
Energy－产生自动布局
1. Kamada-Kawa－在平面内自动产生布局的算法。 （a） Free（自由）－在平面中任一位置布局都是可能的。 （b） Fix first and last（固定 先的和 后的结点）－ 先的和 后的结点固定在对角
上。 （c） Fix one vertex in the middle（固定一个结点在中间）－选择一个结点固定在图形
的中间。 （d） Seleted group only（仅选定的群）－在优化时，仅选定图形的部分被考虑。 （e） Fix selected vertices（固定选定的结点）－将分类所选定的结点固定到特定位置
上。此选项仅在图形分类启动时可见。
Pajek – Manual 43
43 Pajek 1.16 / October 4, 2006
2. Fruchterman Reingold－产生自动布局的另一种算法（比 Kamada-Kawai 快）。 （a） 2D－在平面上优化。 （b） 3D－在空间上优化。 （c） Factor－当用 Fruchterman Reingold 优化时，输入结点间距离优先的因子。
3. Starting position（起始点）－对于 engergy 画法而言（随机的,圆环形的,在 xy 平面上的给
定位置的特定点，给定 Z 轴坐标）。 EigenValues（特征值）－用特征值或特征向量绘图（Lanczos 算法）。连线值可以考虑
也可以不考虑。
1. 1 1 1－选择 2 个或 3 个特征值，算法将计算相应的特征向量。特征值可能是多重的，所
以会有很多种可能性。例如： （a） 1 1 1－计算对应于第一个特征值的３个特征向量。 （b） 1 1 2－计算对应于第一个特征值的２个特征向量和对应于第二个特征值的 1 个
特征向量。 （c） 1 2 2－计算对应于第一个特征值的１个特征向量和第二个特征值的 2 个特征向
量。 （d） 1 2 3－计算对应于第一个特征值的１个特征向量和第二个特征值的 1 个特征向
量以及第三个特征值的 1 个特征向量。 （e） 1 1－计算对应于第一个特征值的２个特征向量（2D 图）。
Figure 16: VRML display of layout determined by eigenvectors
4.3 Layers（图层）
仅当图形分类功能激活时可见。依据分类在图层内制图。 Type of Layout－图层类型（2D－ y 轴方向的图层，或 3D－Z 轴方向的图层）。根据制
图要求选择合适的菜单。
In y direction（Y 轴方向）－在图层上（Y 轴）绘制结点，在图层内绘制中心等距的结
Pajek – Manual 44
44 Pajek 1.16 / October 4, 2006
点（X 轴），所有结点的 Z 坐标值均为 0.5.
In y direction+random in x－与第一个选项相同，只是在这种情况下，结点呈随机排序
而非根据结点编号。
In z direction（z 轴方向）－按它们的 X 和 Y 坐标，在 Z 轴绘制图层。
In z direction+random in xy（z 轴方向，xy 坐标值随机）－随机定义 X 坐标值和 Y 坐
标值，在 Z 轴绘制图层。
Averaging x coordinate（平均 x 坐标值）－在 2D 图层中添加好结点后再使用该功能。
反复计算 x 轴所有邻近结点的平均值并标准化。当结点彼此接近时全图的近似值 高。
可对所有结点或仅对所选的部分结点使用该功能。
Averaging x and y coordinates（平均 x 坐标值和 y 坐标值）－当结点都已被加入 3D 图
层后使用该功能。反复计算所有邻近结点的 x 坐标值和 y 坐标值的平均值并标准化。当
结点彼此接近时全图的近似值 高。可对所有结点或仅对所选的部分结点使用该功能。
Tile in X direction（x 轴方向平铺）－在取平均值后，移动 x 轴上的结点使之彼此靠近，
采用此功能，结点被重置，x 轴方向结点间距离减小。
Tile in XY plane（xy 平面平铺）－与上一个相同，只不过该选项用于 3D 图。
Optimize layer in X direction（x 轴方向优先）－用线条总长度 小来优化图层布局。
1. Forward（向前）－从第一层开始逐层往后。仅当所有图层与当前图层数目相同或
比之小 1 时才能达到 优布局。 2. Backward（向后）－从 后一层开始逐层往前。仅当所有图层与当前图层数目相同
或比之大 1 时才能达到 优布局。 3. Complete（完全）－从第一层开始逐层往后。仅当所有图层与当前图层数目相同或
比之大 1 或比之小 1 时才能达到 优布局。 Optimize layers in XY plane（xy 平面图层优先）－同上，但此选项用于 3D 图。
Resolution（分辨率？）－在图层中，有很多其它额外位置可用。但仅当（Pgraph）P图被选时生效。Resolution 分辨率越高，优化结果越好，但速度也越慢。
4.4 GraphOnly（仅图形）
显示不带标注和箭头的完整图形。
4.5 Previous（退回到前一次操作）
显示前次 pajek 中的网络，以及 / 或者图形分分类，以及 / 或者向量（取决于
Options/PreviousNext/Apply to 中的选择）。
4.6 Redraw（重绘）
重新绘制网络。
4.7 Next（下一步）
显示前次 pajek 中的网络，以及 / 或者图形分分类，以及 / 或者向量（取决于
Options/PreviousNext/Apply to 中的选择）。
Pajek – Manual 45
45 Pajek 1.16 / October 4, 2006
4.8 Options（选项）
图形布局的其它选项。 Transform－图形调整及变化。
1. Fit area（调整到与区域一致） (a) max(x), max(y), max(z) － 尽可能将图形调整到与区域大小一致（分别调整每
个坐标轴使之适合于每张图） (b) max(x,y,z) －保持实际比例的同时使图形与区域大小一致 (依三个坐标轴的
大距离来调整图形) 2. Resize（调整大小） －根据选定因素从 x、y 及 z 轴三个方向调整整张图及部分图
的大小。 3. Translate（翻转） －空间翻转图形或图中选定部分） 4. Reflect y axis（y 轴映射） －以 y 轴为对称轴映射图形或图中选定的部分 5. Rotate 2D（二维旋转） －在 xy 平面旋转图形或图中选定部分） 6. Fisheye （鱼眼转换）－ 鱼眼转换（笛卡尔或极坐标）。若未选择结点，则整个图
形或选中部分图形的中心点即被作为该图或该部分图的焦点，否则第一个被选择的
结点将被作为焦点。 Values of lines（线值） － 在权值计算或者特征向量计算时将边值平均化。
Mark vertices using（标注所用结点）
1. 标签 2. 数字 3. 分类簇 (若同样大小的分类图形被选中) 4. 结点值 (若同样大小的结点被选中) 5. 无标签 6. 无标签、无箭头 7. 仅簇 － 在布局图中仅属当前簇的结点被标注。
Lines （线）－选择画线的方式
1. Draw Lines（画线） (a) Edges －是否画边 (b) Arcs － 知否画弧 (c) Relations －.绘制所有线（空线除外）或者只绘制选定关系的线（如1-3，6，10-15）
2. Mark Lines（标注线） (a) No － 不标注 (b) with Labels 标签标注 (c) with Values 值标注
3. Different Widths（不同宽度） － 若选中此项，线条的宽度将由该线的值决定
GreyScale（灰度） －若选中此项，线条的灰度就取决于该线值的大小。 Size（大小） － 确定结点大小、结点边界宽度、线宽、箭头大小、字体大小或将其设
为默认值。
结点大小可以设定为自动(均值为 0)。可以从输入文件（包括 x 和 y 两个值）中读入，或由
当前选定的一个或二个向量所决定。字体大小可以根据存贮的数值文件确定。 Colors（颜色） －确定背景、结点、点的边界、边、弧以及字体等的颜色，或将其设
Pajek – Manual 46
46 Pajek 1.16 / October 4, 2006
为默认。边/弧的颜色代表线之间的联系。可用 Relation Colors 将特定类设为某一颜色。
也可将结点的颜色、结点的边界颜色、弧/边存入输入文件中（参见图 19）。字体颜色可
以根据储存的数值文件确定。
网络例子如下： *Vertices 9
1 "a" ic Pink bc Black 2 "b" ic Yellow bc Cyan 3 "c" ic Cyan bc Yellow 4 "d" ic Purple bc Orange 5 "e" ic Orange bc Brown 6 "f" ic Magenta bc Green 7 "g" ic Brown bc Magenta 8 "h" ic Red bc Blue 9 "i" ic Green bc Magenta
*Arcs 1 2 1 c Blue 2 3 1 c Red 3 4 1 c Black 4 5 1 c Yellow 5 6 1 c Gray 6 7 1 c Cyan 7 8 1 c Magenta 8 9 1 c Purple 9 1 1 c Brown
Layout －布局
1. Redraw during moving（移动中重绘） －当稳定选定结点位置时重绘整个网络 2. Real xy proportions（xy 比例不变） －绘图窗口是否总是保持正方形或其它形状 3. Arrows in the Middle（箭头居中） －在线条的中间位置画箭头---而不是在端点 4. Size of vertex 0 －如何处理 0 尺寸的结点（结点尺寸由输入文件或所用向量决定）
(a) Hide vertex（隐藏结点） －显示或不显示尺寸为0的结点 (b) Hide attached lines（隐藏附加线） －是否显示一侧端点尺寸为0的线条
5. Decimal Places（小数点位数） －标注结点或向量时精确到小数点后多少位 6. Show SubLabel（显示子标签）－选择网络布局图中结点子标签的位置 7. ScrollBar On/Off (滚动条开/关)－在绘图窗口的左上角中显示/隐藏滚动条。当部分
图形被选中时，滚动条用于移动。而当整幅图被选中时，滚动条用于旋转（像按下
X,Y,Z,x,y,z 等键－绕着由指定键定义的轴旋转，S－绕着选择的法线旋转） Interrupt（中断）－在优化过程中的中断周期（每？秒停顿，或者不停顿）
Previous/Next（上一步/下一步）－在绘图窗口中，用上一步/下一步命令来控制画网络
顺序：
1. Max. number ( 大数)－依次显示多少个网络。如果给定的数大于已存在的网络数，
那么序列将会停止的更早。 2. Seconds to wait (等待的秒数)－在两个布局之间等待的秒数
Pajek – Manual 47
47 Pajek 1.16 / October 4, 2006
3. Optimize Layouts (优化布局)－是否优化目前的布局。如果无聊的顺序是由同一个
网络获得的，选择 Energy/Starting Positions/Given xy 用已存在的坐标来开始优化是
有用的。 (a) Kamada-Kawai － 使用Kamada-Kawai算法来优化目前的布局。 (b) 2D Frucht. Rein－ 用2D Frucht. Rein算法来优化目前的布局。 (c) 3D Frucht. Rein－ 用3D Frucht. Rein算法来优化目前的布局。
4. Apply to (应用到)－ 当前一个或后一个被选择时，那个对象（网络，区域，向量）
将改变。 (a) Network 网络－在内存中的前一个/后一个网络将会被画出来。如果Draw－
Partition被选择，并且新的网络和选择的partition（划分）的维数一致，同样的
partition将决定新网络中结点的颜色。如果Draw－Vector被选择，并且新网络
和选择的结点的维数一直，那么同样的vector将决定新网络的结点尺寸。 使用相同的partition/vector,选项（Option）可以被用来显示几个同样尺度的网
络。 (b) Partition 区域－在内存中的前一个/后一个区域将被选择。如果Draw－
Partition被选择：使用前一个/后一个区域，同样的网络将被画出来（网络和区
域必须在尺度上相匹配）。 (c) Vector 向量－在内存中的前一个/后一个向量将被选择。如果Draw－Vector被
选择：同样的无聊将使用前一个/后一个向量被画出来（无聊和向量必须在尺
度上相匹配）。
选项可以用于显示几个所选选定的网络的向量。 通过同时检查结果对象（网络，区域，向量），前一个/后一个网络将被画出来，
同时使用前一个/后一个区域和（或）向量。所有的相关的选择的对象必须在尺度
上是匹配的。 Select all (选择全部)－选择窗口中所有的结点（接着可能将结点放在特定的类中）。
4.9 Export (导出)
导出图象为如下的几种格式 EPS/PS －导出为 EPS 格式（带有或者不带有 Clip，或者 WYSIWYG[所见即所得－导
出的EPS图片类似于在Draw窗口中的图片－除了颜色是黑/白或者被区域选定的彩色]。PS－导出为 PS 格式（类似于 EPS，但是没有头文件）。
SVG－到出为 SVG（Scalable Vector Graphics，可扩展的向量图）格式。附加到布局图
上的控制可以包括在 SVG 或 HTML 中。检查布局的插件可以在如下网址上获取：
http://www.adobe.com/svg/viewer/install SVG格式的图片可以被进一步编辑，使用 http://www.jasc.com (Web Draw). 直线的和射线的梯度（从一种颜色到另一种颜色的平滑而连续的颜色变换）也可以选择－直
到3种背景颜色在Export/Options窗口中均可以选择。 1. General 一般－导出为 SVG，不选择图片的某个部分 2. Labels/Arcs/Edges 标签/弧/边－导出，并有可能打开/关闭标签，弧和/或边。 3. Partition 区域－使用一个或两个区域导出为 SVG。缺省时，一个区域被使用：同
样的区域决定类和颜色。但是，如果两个区域被 Partitons 菜单所定义，那么，第一
个区域决定类，而第二个区域决定结点。
Pajek – Manual 48
48 Pajek 1.16 / October 4, 2006
(a) Classes 类－用户可以在类中打开/关闭选择的类和边（classes and lines）。 (b) Classes with semi-lines 带有半边的类－用户可以打开/关闭选择的类。在类中
的边被画为半边。 (c) Nested Classes 嵌套类－上层类在更低的层中被嵌套－无论什么情况下，被选
择的类被所有更高层的类打开，依次类推，同时，所有更低层的类被关闭（例
如：适合显示核）。 4. Line Values 边值－使用边的值导出为 SVG。阈值或者类数必须被指定。如果输入
＃n，那么 n 个相同尺寸的类将会产生。根据得到的阈值，边的子集（以及附带的
结点）被定义，并能够被在网络浏览器中打开和关闭。 (a) Classes 类－用户可以打开或关闭指定了值的边和附带的结点。 (b) Nested classes 嵌套的类－用户可以打开或关闭选择的/更高（低）层的边和附
加的结点。 (c) Options 选项－这是附加的选项，使用一些可视化的属性来强调边的值。
Different Colors 不同的颜色－使用用来分类结点的颜色来画边的子集。 Using GreyScale 使用灰度值－根据边的值来显示边的深浅。 Different Widths 不同的宽度－根据边的值来显示边的宽度。
5. Multiple Relations Network 多个关系的网络－导出多个关系的网络到 SVG 中。用
户可以在布局图中显示或隐藏一个或多个关系。 6. Current and all Subsequent 当前和所有的后来的－如果被检查，那么目前和所有后
来的网络都将被导入到 SVG 中。对应于每个网络，一个单独的 html 文件将被生成。
文件名的命名如下：file001.htm, file002.htm,… 生成的 html 文件将给出一些附加的
连接（前一个/后一个）来在他们之间进行切换。如果区域/向量和网络的维度也是
匹配的，区域将决定结点的颜色，向量将决定结点的尺寸。根据在 Draw 窗口中选
择的 Options/Previous/Next/Apply to，Subsequent 被应用到任意在[Network, Partition, Vector]之间的结合上（三者中任意一个，任意一对或者三者都包括）。
VRML －导出为 VRML（Virtual Reality 虚拟现实）格式。
MDL MOL file －导出为 MDL Molfile 格式。对于 Netscape，如果要看的话，需要安装
Chime 插件。
http://www.mdli.com (Chemscape Chime). Kinemages －导出为带有 ball 或标签的 Kinemages 格式。需要 Mage 浏览器。可以从下
面这个网址下载免费的 Mage 软件
ftp://kinemage.biochem.duke.edu/PCprograms/Win95 98 2000/ or http://www.prosci.org/Kinemage/MageSoftware.html.
1. Current Network Only 只有当前网络－只导出当前的网络为 Kinemages。被
Partitions 菜单定义的两个 partitions 可以使用－分别用于生成和颜色。 2. Current and all Subsequent 目前和随后所有的－导出目前的和随后所有的网络（在
Mage 中，使用命令 KINEMAGE/NEXT 或 Ctrl N）。如果下一个区域/向量在维度
上和网络的维度相匹配，区域将决定结点的颜色而向量将决定向量的尺寸。根据在
Draw 窗口中对 Options/Previous/Next/Apply to 的选择，Subsequent 被用到[Network, Partition, Vector]中的任何一个组合上（三个对象中的任意一个，他们中任意一对或
者全部三者）。 3. Multiple Relations Network 多个关系网络－导出可能隐藏/显示选择的关系。
Bitmap 位图－导出为 Windows 位图（bmp）格式。
Pajek – Manual 49
49 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Options 选项－EPS，SVG 和 VRML 缺省选择（看 Exprots to EPS/SVG/VRML 一节）。
4.10 Spin（旋转）
Spin around （绕法线旋转）－绕着选择的法线旋转网络。
Perspective （透视）－远处的结点将被画的更小（或者不画）。
Normal （正常）－ 正常的结点被旋转。
Step in degrees －Step in degrees when showing rotation.
4.11 Move（移动）
给定其它约束移动结点：
Fix（固定）－固定在 x 或 y 方向移动，或不许改变到中心（环）的距离。
Grid（栅格）－在栅格定义（x,y）中的位置，在手动移动结点时可选择这些位置。
Circle（环）－在环中定义（x,y）的位置，在手动移动结点时可选择这些位置。
Grasp（拖动）－在给定的类中拖动鼠标移动选中的结点。在下面类中的结点可能被移
动：
1. Closet Class Only（ 靠近的类） 2. Closet Class and Higher（ 靠近的类和更高者） 3. Closet Class and Lower（ 靠近的类和更低者）
4.12 Info (信息)
－ 选择计算当前图层的美化属性： Closest Vertices（ 近的结点）
Smallest Angle（ 小的角）
Shortest/Longest Line（ 短/ 长的边）
Number of crossings if lines（边的交叉点）
Vertex Closest to Line（ 靠近边的结点）
All Properties（所有属性）
结点坐标要介于 0-1 之间！
Pajek – Manual 50
50 Pajek 1.16 / October 4, 2006
5 Exports to EPS/SVG/VRML
5.1 Defaults (默认值)
如果在绘图窗口中没有标签则输出到 EPS/SVG 图中也没有标签，否则在绘图窗口中的数字/标签将会显示出来。如果你用 Draw/partition 看图，和在 EPS/SVG 图中的色彩是相同的。
5.2 Parameters in EPS,SVG and VRML Defaults Window（在EPS/SVG/VRML默认窗口中的参数）
窗口被分类为 5 个画面，左边两个右边三个。 需要注意的是如果在 Pajek 输出文件（NET）中指定了参数，它们将覆盖在窗口中的设置。
Top frame on the left－EPS/SVG Vertex Default （左侧顶端的画面是 EPS/SVG 的结点默认）
这个画面定义输出到 EPS 和 SVG 各图层的默认值： Interior Color（内部色）－结点内部颜色。如果使用划分，划分色将覆盖指定的内部
色。
Border Color（边界色）－结点边界颜色。
Label Color（标签色）－结点标签颜色。
Border Width（标签宽度）－结点边界线宽度。
Label Position: Radius/Angle（标签位置：半径/角度）－标签显示的位置。
－Radius(半径)：从结点标签开始处到中心的距离－第一个极坐标参数
－Angle(角)：结点标签的角度位置－第二个极坐标参数
Fontsize（字体）－结点标签字体大小。
Label Angle（标签角度）－结点标签显示角度：如果角度小于 360 是相对于水平位置
而言的（0----水平）；否则就是相对于中心图层（360－同心）。当所有结点都是基于同
心圆画出的图层/圆形时使用后者。
x/y Ratio（x/y 的商）－商表示结点相对于 x,y 方向的距离（比如：1 表示圆，小于/大于 1 表示椭圆）
Shape（形状）－结点默认形状（椭圆、单元框或钻石形状）
Bottom frame on the left－EPS/SVG Line Default(左侧底部画面----EPS/SVG 直线默认)
这个画面定义输出到 EPS 和 SVG 的图层中线的默认值。 Edge Color(边的颜色)－边的颜色。
Edge Width(边的宽度)－边的宽度。
Arc Color(弧的颜色)－弧的颜色。
Arc Width(弧的宽度)－弧的宽度。
Pattern(图案)－画线的图案（实线或点线）
Pajek – Manual 51
51 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Sort Lines(排序线)－在输出到 EPS/SVG 之前根据它们的值按升序或降序排序线。（比
如输出 高的值在 上面，让他们按这种方面显示）。
Arrow Size(箭头大小)－箭头大小。
Arrow Position(箭头位置)－箭头到终端结点的距离：如果距离在 0 和 1 之间，则表示
跟弧的距离相关。比如：0 表示箭头达到终端；0.5 表示箭头在弧的中间。如果值大于 1就表示到终端结点的绝对距离。（如果你不计弧的长度，希望箭头在所有弧上的位置都
是相同的，就可以使用这个值）。
Label Color(标签颜色)－边标签的颜色。
Label Angle(标签角度)－边标签的显示角度：如果角度小于 360，是相对于直线方向的
（0 表示平行于直线）；否则是相对于水平线的（360—表示水平的。）
Label Position — 连线标签（line labels）的中心位置 — 位置在连线上被指名 — 即连线标签中心位置到终点的距离（参见 Arrow Position）
Fontsize —连线标签的字体大小
Label Position: Radius /Angle– 连线标签的中心位置（Radius 与 Angle）将依据 Label Position 来确定：
– Radius — 连线标签中心与标签定义的点之间的距离 — 第一个极坐标参数
– Angle — 标签位置的角度 — 第二个极坐标参数（0-360 度）。
Top frame on the right
这个框架定义了一些把 layouts 导出到 VRML 时的附加默认值。 EPS: 用 RGB 颜色而非 CMYK。— 在 EPS 文件中用 RGB 进行颜色的描述（默认
是CMYK）。
EPS, SVG, VRML Size of Vertices — 导出至 VRML 时的定点大小默认值（对于 EPS与 SVG 的导出同样有效）
VRML Size of Lines — VRML 中连线的宽度
VRML Bckg. Color —VRML 中 lauout 的背景色
Middle frame on the right
这个框架定义了把 lauout 导出至 EPS 时的一些附加默认值。 Add. Border (Right, Left, Top, Bottom) — 导出至 EPS 时附加的 layout 的边界
（仅当选定EPS Clip格式时）。
Background Border:
－Bckg. Color — 背景颜色。导出至 SVG 时同样适用。No—意味着没有背景颜色。
－Border Color — layout 边界线的颜色。导出至 SVG 时同样适用。No—意味着没有
边界线。
－Border Radius —layout 的边界线半径（如果大于 0 意味着其代表的是椭圆形而不是
Pajek – Manual 52
52 Pajek 1.16 / October 4, 2006
矩形）
－BorderWidth —layout 边界线的宽度。
Shapes file — 默认的形状文件, 双击可以更换。
Bottom frame on the right – SVG Default
该框架显示当导出 layout 至 SVG 时的梯度（颜色连续平滑的改变） Bckg. Color 2 — SVG 导出的第二种颜色。第一种颜色在右侧中部的框架中指定。 No
— 指没有第二种颜色，否则将使用指定的梯度进行颜色的转变。
Bckg. Color 3 — SVG 导出的第三种颜色（按梯度改变）。
3D Effect on Vertices — 如果选择，将会根据颜色改变的梯度描绘出具有 3D 效果的结
点。
Gradients — 可用梯度的种类（No，Linear（线性）或 Radial（放射型））。
5.3 Exporting Pictures to EPS/SVG — 在输入文件中定义参数
Definition of Network (and its picture) on Input ASCII File 网络及其图像在输入的 ASCII 文件中的定义 对每一个结点和连线我们可以详细的说明它的绘制过程（包括颜色、形状、大小、格调、旋
转、宽度等……）。 网络的描述可以通过一种标准化的语言进行。以下的一些保留词被用到：
Pajek – Manual 53
53 Pajek 1.16 / October 4, 2006
1. *Vertices n — 结点遵从的定义。n 指定点的数目。每个定点可以由以下顺序进行描述： vertex num label [x y z] [shape] [changes of default parameters]
说明：
vertex num — 结点号码（1，2，3，……n）
label — 如果 label（标签）以字母 A..Z 或者 0..9 打头且空格表示标签的末端（例如
vertex1），由更多词组成的标签必须有一对引号隔离（例如，”vertex 1”）
x, y, z — 结点坐标（介于 0 到 1 之间）
shape — 代表定点的物体的形状。形状由文件 SHAPES.CFG 定义（ellipse 椭圆形、box方形、diamond 菱形、triangle 三角形、cross 十字形、empty 空白）
shapes.cfg 中的参数定义如下： – SHAPE s — s 是结点的外部名称（Pajek 网络文件中使用）
– sh — sh 可以是 ellipse, box, diamond, triangle, cross, empty。This is the
name of PostScript procedure that actually draws object。（过程在文件
drawnet.pro中定义）
– s_size — 默认大小
– x_fact — x 方向上的放大率
– y_fact — y 方向上的放大率
– phi — 目标在正方向上的旋转度数（0..360）
– r — 描述矩形或菱形的角的范围的参数（r = 0 为矩形，r > 0 为圆形）
– q — 描述菱形的参数 — 菱形顶部对角线与中部对角线的比率（例如 q = 0.01，q = 0.5，q = 2， …）
– ic — 结点的内部颜色。可用颜色列表可参见原稿第 74 页图 19。
– bc — 结点的边界颜色
– bw — 结点的边界宽度
– lc — 标签颜色
– la — 标签角的度数
– lr — 结点标签的开始位置到定点中心的距离（radius — 第一个极参数）
– lphi — 标签的位置的角度描述（0..360）（angel — phi — 第二个极参数）
– fos — 字体大小
– font — 标签上的字体（Helvetica, Courier, …）
– HOOKS — 根据 s_size 为所选的形状增加边的位置。有三种指定位置的方式：
(a) CART — x y — 笛卡儿坐标系（x，y）中的位置
Pajek – Manual 54
54 Pajek 1.16 / October 4, 2006
(b) POLAR — r phi — 极坐标中的位置，phi是正的角度（0..360） (c) CIRC — r phi1 —极坐标中的位置的迭代 r — radius，phi =K*phi1，k = 1，
2… ; k*phi1≤360 每一个结点的默认值都可以按照定义的顺序进行改变，例如：1 ”vertex one” 0.3456 0.1234 0.5 box ic White fos 20 说明：白色的方体代表结点 1，标签（vertex one）可以用 20 号字体显示。 2. *Arcs (or *Edges) — 弧（边）的定义。格式： v1 v2 value [additional parameters]
说明： v1 — 起始结点序号
v2 — 终点结点序号
value — 从 v1 到 v2 的弧的值
这三个参数必须具备。如果没有指定别的参数，默认的弧将是黑色、直线、实心。当有下述
情况时发生改变： • 如果value为负值，实心线将变为点线
• 如果弧具有回路，将描绘一条贝塞尔曲线
• 如果存在双向弧将会描绘两条弯曲的贝塞尔曲线
在终点端，边将绘制箭头。如前所述，hooks 将用来详细说明边连接的点的具体位置。 附加参数有：
w — 线的宽度
c — 线的颜色
p — 线的模式（实心，点线）
ap — 箭头的位置
– ap = 0 箭头在终点上
– 0 ＜ap ≤ 1 箭头与终点具有一定距离（与连线长度成比例）
– ap ＞1 箭头远离终点
l — 连线标签（例如 “line 1 2”）
lp — 标签位置（参考 ap）
lr — 标签半径（即标签文本中心相对与边的位置）
lphi — 标签半径（即标签文本中心相对与边的角度）lr 与 lphi 是极坐标参数
lc — 标签颜色
la — 标签角度（o＜la＜360 表示与边成负角度，la≥360 — 表示相对于 x 轴的绝对
角度）
fos — 标签的字体大小
font — 用于描绘标签的字体（Helvetica, Courier, ...）
Pajek – Manual 55
55 Pajek 1.16 / October 4, 2006
h1 — 起点的 hook（0 表示中心，1 表示 接近，2 表示用户定义）
h2 — 终点的 hook
a1 — 起点的角度（贝塞尔曲线）
k1 — 起点的速率（贝塞尔曲线）
k2 — 终点的速率（贝塞尔曲线）
a2 — 终点的角度（贝塞尔曲线）
对某些有特殊形状的连线可以利用参数 alpha1,k1,alpha2,k2 组合来定义： alpha1=alpha2=0, k1≥ 0, k2≥ 0—直线（默认）
alpha2=alpha2=0,k1=-1,k2>0）—以 k2 为半径的椭圆形的边（对半径的测量严格按照前
面介绍的方法进行）
alpha1=alpha2=0, k1=-1, k2<0—第二条可能的以-k2 为半径的椭圆形的边
alpha1=alpha2=0,k1=-2,k2>0—正向以半径为 k2 的圆形弧线
alpha1=alpha2=0,k1=-2,k2<0—正向以—k2 为半径的第二条可能的圆形弧线
alpha1=alpha2=0,k1=-3,k2>0—负向以 k2 为半径的圆形弧线
alpha1=alpha2=0,k1=-3,k2<0—负向以-k2 为半径的第二条可能的圆形弧线
alpha1=alpha2=0,k1=-4—双边
alpha1 或 alpha2≠ 0,k1>0,k2>0—贝塞尔曲线（若 alpha1 和 alpha2 经过两点间的直线的
两端时，有不同的符号线，若 alpha1 和 alpha2 有相同的符号线—在两点间直线的同侧）
3.*Edges（边）—边的定义。 同对定义弧线时使用的参数相同，但是 type(a),size(s),position(ap)对边来说没有意义.
PS and EPS
PS—导出到附录(.PS)不含标题（drawnet.pro）.利用它可以节省空间，如果你有很多图
片并且你的文字处理程序能够使你可以单独对标题进行定义的话( 就像在 中
一样)。
EPS—导出到具有节略的脚本描述语言的文件中（.EPS）. 开始时 Drawnet.pro 就已经加
入进去了。图片是完整的，你可以把它添加到文本中，把它变大或变小（不失去其性质），
旋转，在脚本打印机中打印，利用 GhostScript viewer 来视图，将其转化为 PDF，JPG格式….
一个例子：
Pajek – Manual 56
56 Pajek 1.16 / October 4, 2006
Figure 18: Example picture
在 Pajek 的绘图窗口你必须设定一些参数：如 options/Lines/Mark Lines /with labels 从而使连
线标签显示出来。
Pajek – Manual 57
57 Pajek 1.16 / October 4, 2006
6 在Pajek中使用Macros（宏）
6.1 什么是Macro（宏）？
宏能够使你记录一连串的原始 Pajek 命令到一个文件。以后你就可以调用这个文件来运
行保存的一系列命令而不需要一个一个的选择）。
6.2 怎样标明一段宏？
1. 首先载入所有的将被宏用到的对象（网络，分区，……）。 2. 选择宏中将要使用的对象（比如,第一次使用的网络必须在‘Network ComboBox’中显
示出来才行）。 3. 选择宏/声明并选中宏文件（默认扩展名为.mcr）。 4. 利用 Pajek 定义一段命令序列。我们推荐使用 Macro/Add 添加注释到宏文件中。当宏
运行时，这段注释会显示在报告窗口中，这样将帮助你理解宏的运行。 5. 后，选择 Macro/Record 结束声明。
6.3 如何运行宏？
1.首先载入将要运行的宏文件。 2.选择 Macro/Play，并选中这个宏文件。
6.4 例子
以下的这段宏完成了对一个无周期网络的拓扑分类：
前七行保存当前的组合框的状态。在开始运行宏之前，我们将要运行的拓扑分类的非周
期网络必须位于网络组合框（Network Combo Box）的顶部。
6.5 重复 后的命令
宏子菜单能够多次运行 后的命令，这些命令被 Pajek 运行过，适合于很多不同的连续
对象。
Pajek – Manual 58
58 Pajek 1.16 / October 4, 2006
例：在 Pajek 中，载入 100 个网络后，在第一个网络中运行度分区命令，通过键入 99运行“Repeat Last Command”完成对其它网络的度分区。 包含多个对象的命令同样可以运行（如通过选择分区来提取出子网络）。从对网络的设置
来提取子网络有三种不同的可能性（这种可能性通过确定合适的对象来决定）： •对所有的网络，提取是被同一个分区决定的（incrementing（增加）适合于网络，但不
适合分区—分区是固定的）。 •对所有的网络，提取被另一个分区决定（incrementing 适合网络，也适合分区—没有什
么是固定的）。 •对于一个网络，很多提取被不同的分区决定（incrementing 不适合网络，但适合分区—
网络是固定的）。 重要提示：对第一次载入的对象，总是首先运行这个命令。“重复”命令将从比已经运
行该命令的对象的数值高一位的对象开始。 如果这个命令的结果仍是一个常数，所有的常数被存放在一个向量中。在 Pajek 中存在
以下常数：结点数目，弧，边，网络密度，集聚系数，直径，重连数，相关系数，偶然事故
系数，分段数目，主核心数，元素数目，临界路径的长度， 大流量，结点间距离，划分数
目，分区/等级的 小和 大值，结点数的 小值， 大值，算术平均，中间值，标准误差。
Pajek – Manual 59
59 Pajek 1.16 / October 4, 2006
附加信息
本手册经过了先红、一生有我、傻大师、沧海回眸、AndyChang、comp network、遥遥、
大头及三叶草等网友的翻译与修订，如您发现翻译错误，请您发信到：[email protected]，以
便于我们的重新修改。 感谢阿甘提供了一个群（29611667）－“复杂网络讨论空间”，它让我们走到一起！ 饭团 2007-5-3