Pembukuan dan Pemilihan Metode Akuntansi yang MenguntungkanSecara umum, wajib pajak badan berkewajiban untuk menyelenggarakan pembukuan. Pasal 1 angka 29 UU KUP, yaitu bahwa pembukuan adalah suatu proses pencatatan yang dilakukan secara teratur untuk mengumpulkan data dan informasi keuangan yang meliptui harta, kewajiban, modal, penghasilan dan biaya, serta jumlaa harga perolehan dan penyerahan barang atau jasa, yang ditutup dengan menyusun laporan keuangan berupa neraca, dan laporan laba rugi untuk periode Tahun Pajak tersebut. Sehingga, berdasarkan pembukuan tersebut dapat dihitung besarnya pajak yang terutang. Selain dapat dihitung besarnya Pajak Penghasilan, pajak lainnya juga harus dapat dihitung dari pembukuan tersebut. Agar Pajak Pertambahan Nilai dan Pajak Penjualan Barang Mewah dapat dihitung dengan benar, pembukuan juga harus mencatat harga perolehan atau nilai impor, jumlah harga jual atau nilai ekspor, jumlah harga jual dari barang yan dikenakan Pajak Penjualan Atas Barang Mewah, jumlah pembayaran atas pemanfaatan Barang Kena Pajak tidak berwujud dari luar daerah pabean di dalam daerah pabean, jumlah Pajak Masukan yang dapat dikreditkan dan yang tidak dapat dikreditkan. Dengan demikain, pembukuan harus diselenggarakan dengan cara atau system yang lazim dipakai di Indonesia, misalnya berdasarkan Standar Akuntansi Keuangan, kecuali peraturan perundang-undangan perpajakan menentukan lain.Beberapa pilihan dalam penyelenggaraan pembukuan berdasarkan ketentuan yang ada dalam peraturan perpajakan, meliputi hal-hal yang menyangkut:a) Accrual vs. modified cash basis accountingb) System penilaian persediaan yang diperkenankan FIFO (First In First Out) dan rata-rata tertimbang (average) vs. LIFO (Last In First Out) dan COMWIL (Cost or Market Whichever Is Lower)c) Metode perhitungan penyusutan dan amortisasi dalam bentuk metode garis lurus, metode saldo menurun dan metode satuan produksid) Metode perhitungan penyusutan basis bulanan vs. basis tahunane) Perhitungan penyusutan open ended vs. closed ended dalam metode saldo menurunf) Pilihan bahasa dan mata uang yang digunakan dalam penyelenggaraan pembukuan

1. Pembukuan stelsel akurat vs. stelsel kas campuran (termodifikasi)Sesuai memori penjelasan Pasal 28 UU KUP, stelsel akrual adalah suatu metode penghitungan penghasilan dan biaya dalam arti penghasilan diakui pada waktu diperoleh dan biaya diakui pada waktu terutang. Termasuk dalam pengertian stelsel akrual adalah pengakuan dan penghasilan berdasarkan metode persentase tingkat penyelesaian pekerjaan yang umumnya dipakai dalam bidang konstruksi dan metode lain yang dipakai dalam bidang usaha tertentu seperti build operate and transfer (BOT) dan real estate.

Sementara, stelsel kas adalah suatu metode yang perhitungannya didasarkan atas penghasilan yang diterima dan biaya yang dibayar secara tunai. Menurut stelsel kas, penghasilan dan biaya baru dianggap sebagai penghasilan dan biaya apabila keduanya telah benar-benar diterima dan dibayarkan secara tunai pada suatu periode tertentu. Stelsel kas biasanya dipakai oleh perusahaan kecil, hiburan dan restoran yang tenggang waktu antara penyerahan jasa dan penerimaan pembayarannya tidak berlangsung lama. Pemakaian stelsel kas dapat mengakibatkan perhitungan yang mengaburkan terhadap penghasilan, yaitu besarnya penghasilan dari tahun ke tahun dapat disesuaikan dengan mengatur penerimaan kas dan pengeluaran kas.Oleh karena itu, untuk penghitungan Pajak Penghasilan dalam memakai stelsel kas harus memperhatikan hal-hal antara lain sebagai berikut:(i) Penghitugan jumlah penjualan dalam suatu periode harus meliputi seluruh penjualan, baik yang tunai maupun yang bukan. Dalam menghitung harga pokok penjualan harus diperhitungkan seluruh pembelian dan persediaan(ii) Dalam memperoleh harta yang dapat disusutkan dan hak-hak yang dapat diamortisasi, biaya-biaya yang dikurangkan dari penghasilan hanya dapat dilakukan melalui penyusutan dan amortisasi(iii) Pemakaian stelsel kas harus dilakukan secara taat asas (konsisten).Pada dasarnya, metode pembukuan yang dianut harus taat asas, yaitu harus sama dengan tahun-tahun sebelumnya, misalnya dalam penggunaan metode pengakuan penghasilan dan biaya (metode kas atau akrual), metode penyusutan aktiva tetap, dan metode penilain persediaan. Namun perubahan metode pembukuan masih mungkin dilakukan dengan syarat telah mendapat persetujuan dari Direktur Jenderal Pajak. Perubahan metode pembukuan harus diajukan kepada DJP sebelum dimulainya tahun buku yang bersangkutan dengan menyampaikan alasan yang logis dan dapat diterima serta akibat yang mungkin timbul akibat dari perubahan tersebut. Perubahan metode pembukuan akan mengakibatkan perubahan dalam prinsip taat asas yang dapat meliputi perubahan penggunaan metode pengakuan penghasilan atau pengakuan biaya itu sendiri, misalnya metode pengakuan biaya yang berkenaan dengan penyusutan aktiva tetap dengan menggunakan metode penyusutan baru.Buku, catatan, dan dokumen termasuk yang diselenggarakan secara program aplikasi online dan hasil pengolahan data elektronik yang menjadi dasar pembukuan atau pencatatan harus disimpan selama 10 tahun di Indonesia. Hal ini dimaksudkan apabila DJP akan mengeluarkan surat ketetapan pajak, bahan pembukuan atau pencatatan yang diperlukan masih tetap ada dan dapat segera disediakan. Penyimpanan ini harus dialkuakn dengan memperhatikan keamanan, kelayakan dan kewajaran penyimpanan.