perl raquel c. de melo minardi [email protected] curso de verÃo em bioinformÁtica estrutural

PERL

Raquel C. de Melo Minardi

[email protected]

CURSO DE VERÃO EM BIOINFORMÁTICA ESTRUTURAL

Primeiro programa em perl

Abra um editor de texto e escreva o programa

A primeira linha deveria ser$!/usr/bin/perlpara informar ao sistema que isto é um programa em perl e para informar o caminho para o interpretador perl no sistema Unix

Escreva o código, por exemploprint “Este é meu primeiro programa em perl.”;

Salve com a extensão .pl

Dê permissão de execuçãochmod +x programa.pl

Execute o programa chamando./programa.pl ou perl programa.pl

Raquel C. de Melo Minardi 2/88


Ao digitar./programa.pl ou perl programa.pl

o programa será interpretado

Se há erros de sintaxe no código, o interpretador irá informar e não executará o programa



A opção –w na linha#!/usr/bin/perl

é uma condição de permissão de alertas (allow warnings) e é muito útil na depuração do seu código

Comumente usa-se também a linhause strict;

que indica que o interpretador irá checar os nomes das variáveis para verificar se foram anteriormente declaradas


Variáveis

Variáveis são nomes associados a posições de memória que pode conter valores

Em perl, variáveis escalares podem conter números (inteiros ou de ponto flutuante) ou cadeias de caracteres (strings) e são identificadas por começarem com “$”$a, $b e $resultado são exemplos de variáveis

Nomes de variáveis válidos começam com uma letra e a seguir têm uma sequência de letras números e underscores$a

$nome

$primeiro_nome

$ultimoNome

$bloco12

$c22e


Estados de variáveis

Variáveis em perl têm três estados

exists: variável foi declarada mas não tem valor

defined: variável têm um valor que pode ser true ou false

true: variável tem valor diferente de 0 ou “”


Literais e atribuições

Literais são valores constantes como 2, 5 e “palavra”, por exemplo

Valores são atribuídos a variáveis através do símbolo “=”$resultado = $a + $b;

$t = “palavra”;


Números

Internamente, os números são sempre armazenados em ponto flutuante mas há várias possíveis representações

$a = 134;$a = -2004;$a = 56.79;$a – 56.78989;$a = 13e34;$a = -12E29;

NUNCA COMEÇE UM NÚMERO COM ZERO!O NÚMERO SERÁ RECONHECIDO COMO UM NÚMERO EM OCTAL


Caracteres especiais


Operadores

Perl suporta as operações aritméticas básicas


Operador Operação

+ Adição

- Subtração

* Multiplicação

/ Divisão

** Exponenciação

% Módulo

Operadores

Parênteses podem ser usados para se indicar precedência diferente da padrão

Existem abreviações para os operadores


Operador Abreviação

$k = $k + 2 $k += 2

$k = $k - 2 $k -= 2

$k = $k * 2 $k *= 2

$k = $k / 2 $k /= 2

Operadores


Cadeias de caracteres (strings)

Strings são sequências de caracteres

Strings são delimitadas por aspas duplas

A string mais curta é “”

A string mais longa é tão comprida quanto a memória do computador permitir


Operadores para strings

A concatenação é a operação mais conhecida entre strings

O operador é o “.”

A função length é uma função predefinida que retorna o comprimento de uma string


Cadeias de caracteres


Strings entre aspas

Certos caracteres quando precedidos de contrabarra entre aspas duplas têm um siginifcado especial\n → nova linha\t → tabulação

Variáveis são interpolaladas quando dentro de aspas duplas

Se você quer usar “ como um literal dentro de uma string entre aspas duplas, use \”


Função split

A função split quebra uma string de acordo com a posição de um conjunto de delimitadores

O delimitador é escrito entre barras: /PADRÃO/


Função split


Função substr

A função substr extrai uma substring de uma string

Recebe três argumentos: uma string a posição inicial o número de caracteres a serem retornados a partir da

posição inicial


Função substr


Interpolação


Entrada pelo console

<STDIN> denota a entrada padrão

Durante a execução de um programa perl, toda vez que <STDIN> é invocado, o programa para e espera que o usuário digite uma sequência de caracteres seguida de enter

<STDIN> conterá então a sequência lida e pode ser atribuído a um escalar


Entrada pelo console


Impressão formatada

A função printf permite formatar a uma impressão Especificando o número de casas decimais de um

número Estabelecendo uma estrutura tabular através da

inclusão de espaços e tabulações

printf FILEHANDLE FORMATO, LISTA

FORMATO contém uma string de controle LISTA contém a lista de variáveis que serão impressas segundos

os formatos estabelecidos


Arranjos

Como visto, uma variável escalar contém um valor numérico ou uma string

Um arranjo é uma estrutura de dados composta e pode ser heterogênea

Ele contém uma lista de valores numéricos, ou uma lista de strings ou uma mistura deles

A ordem é importante

Em perl, arranjos são definidos com um símbolo “@” antes do nome

Portanto, em um mesmo programa podemos ter uma variável escalar $var e um arranjo @var


Arranjos


Arranjos

A função push adiciona um valor ao final de uma arranjo

A função shift recupera o primeiro valor de um arranjo

A função pop recupera o último valor de um arranjo


Arranjos


Arranjos

A função pré-definida sort ordena elementos de uma arranjo

$a<=>$b : para comparação entre números

cmp : para comparação entre strings

0 se são iguais 1 se $a>$b -1 se $b>$a


Arranjos


Arquivos

A conexão entre um programa perl e arquivos de entrada e saída são os filehandles

Diferentemente das variáveis, filehandles não tem um prefixo definido mas são normalmente escritos com letras maiúsculas

Antes de se utilizar um filehandle, ele deve ser aberto:open (IF, $nomeArquivoEntrada): abertura para leituraopen (OF, “>$nomeArquivoSaida”): abertura para escritaopen (OF, “>>$nomeArquivoSaida”): abertura para escrita

Fechar após o usoclose(IF)


Arquivos

É recomendado testar sempre se a abertura do arquivo foi realizada com sucesso e usar a função die para encerrar o programa caso algum problema tenha ocorrido

open (IF, $nomeArquivoEntrada)

or die (“Não foi possível abrir o arquivo”);


Arquivos


Estruturas de controle

Estruturas de controle são aquelas que podem alterar o fluxo de execução do programa

Há basicamente dois mecanismos:

Estruturas condicionais Estruturas de repetição


Estrutura condicional


Estruturas de controle

Os principais operadores a serem utilizados nas expressões são:


Operador Números Strings

Igualdade == eq

Desigual != ne

Menor que < lt

Maior que > gt

Menor ou igual <= le

Maior ou igual >= ge

Estrutura de repetição


Expressões regulares

Expressões regulares são mecanismos que permitem ao programa ler um texto e identificar padrões no mesmo


Expressão regular


Expressão regular


Caracter Combina com O mesmo que

\d dígito [0-9]

\D Não-dígito [^0-9]

\w Caracter alfa-numérico

[a-zA-Z0-9_]

\W Caracter não alfa-numérico

[^a-zA-Z0-9_]

\s Espaços em branco [ \t\n\r\f]

\S Caracter não espaço

[^ \t\n\r\f]

CARACTERES ESPECIAIS

QUANTIFICADORES

Expressão regular


Quantificador Significado

{n} Ocorre exatamente n vezes

{n,m} Ocorre pelo menos n e no máximo m vezes

{n,} Ocorre pelo menos n vezes

* Ocorre 0 ou mais vezes

+ Ocorre 1 ou mais vezes

? Ocorre 0 ou 1 vez


O “.” é um caracter especial que substitui qualquer caracter


Expressão regular


Expressão regular


Para ignorar a diferença entre maiúsculas e minúsculas usa-se um “i” no final

Expressão regular


Para casar pelo menos um entre vários padrões, separá-los com “|”


Pode-se ainda ancorar um padrão no início ou fim de uma string usando:

\^PADRÃO\ : início \PADRÃO$\ : fim


Expressão regular



Quando usamos expressões regulares, perl tenta casar o maior padrão possível (estratégia gulosa)

Para tentar casar o menor (estratégia preguiçosa), usar um “?”


Expressão regular



Pode-se usar expressões regulares para substituir um padrão em uma string

$string =~ s/PADRÃO/NOVA_STRING/

$string =~ s/PADRÃO/NOVA_STRING/i : case insensitive$string =~ s/PADRÃO/NOVA_STRING/g : global


Expressão regular



Símbolos especiais como \, |, (, ), [, {, ^, $, *, +, ?, . devem ser colocados após a barra


Funções

Funções recebem um conjunto de parâmetros, realizam um conjunto de operações e retornam um valor

Nomes de funções seguem as mesmas convenções dos nomes de variáveis

Podem ser colocadas em qualquer lugar do programa

Variáveis podem ser declaradas com my no interior de funções


Funções


Funções

Todas as variáveis de um programa podem ser vistas e acessadas no interior das funções

Quando declaramos variáveis no interior de funções, elas sobrescrevem as globais em seu interior


Funções


Hashes

Um hash é uma variável que armazena uma coleção de pares (chave, valor), arranjados de tal forma que é possível recuperar um valor a partir de sua chave

A ordem não é importante

Também chamados de arranjos associativos


Possíveis formas de se inicializar um hash

Hash


Hash


Hash


Acesso a posições de um hash através das chaves

Imprimindo todos os valores de um hash através das chaves

Hash


Hash


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