pid miologie actuelle des infections respiratoires virales chez … · 2016-05-23 · pid miologie...
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ÉÉpidpidéémiologie actuelle desmiologie actuelle desinfections respiratoiresinfections respiratoiresvirales chez lvirales chez l’’enfantenfant
Jacques Brouard
Astrid Vabret
François FreymuthService de Pédiatrie
Laboratoire de VirologieHumaine et Moléculaire
Pour le clinicien un diagnostic virologiqueest parfait s’il est
! disponible
! réalisable au lit du malade
! simple
! rapide
! spécifique et sensible
! bon marché
Mais il n’existe pas …
Culture cellulaire! Mise en culture du prélèvement sur différentes lignées
cellulaires et incubation
! Observation au microscope d’un effet cytopathogène
Effet cytopathogène
d’adénovirus sur cellules
MRC-5
(photo. Virologie Caen)
! Mais il n’existe pas UNE lignée cellulaire permettantune culture pour tous les virus respiratoires
! Voire certaines cultures sont difficiles ou impossibles(hCoV-NL63, MPV)
«!Le diagnostic conventionnel!»• Immunofluorescence
– Fixation des cellules sur lame
– Révélation par des anticorps dirigés contre les protéinesvirales et marqués par une molécule fluorescente
– Lecture au microscope à fluorescence
Immunofluorescence surcellules nasopharyngées
(photo. Virologie Caen)
• Nécessité d’une certaine expertise lors de lecture
• Pas toujours possibilité IF par exemple pour lesrhinovirus ++++
FREYMUTH F et al. — Les virus responsables d’infections
respiratoires en pédiatrie. Bilan de 3 480 aspirations nasales
réalisées chez l’enfant en une période de six ans.
Ann Pédiatr (Paris), 1987. 34, n 7. 493-501.
Infections virales respiratoires du jeune entant (CHRU de Caen) 3480aspirations nasales de novembre 1980 à décembre 1986
• Virus respiratoire syncytial 897 (25,7%)
• Virus influenza A et B 108 (3,1%)
• Virus parainfluenza 3 111 (3,2%)
• Adénovirus 107 (3,1%)
• Rhinovirus 115 (3,3%)
ÉÉpidpidéémiologie viralemiologie viraleCHU de CaenCHU de Caen
12/1980 12/1980 àà 12/1990 12/19907085 pr7085 prééllèèvements (%/+)vements (%/+)
07/2000 07/2000 àà 08/2003 08/20033151 pr3151 prééllèèvements (%/+)vements (%/+)
VRSVRS 1497 (64) = 21,2 % 1497 (64) = 21,2 % prlvts Ttxprlvts Ttx 517 (42) = 16,4 % 517 (42) = 16,4 % prlvts Ttxprlvts Ttx
RhinovirusRhinovirus 212 (9)212 (9) 235 (19)235 (19)
EntEntéérovirusrovirus 79 (6,5)79 (6,5)
Influenza A/BInfluenza A/B 221 (9,5)221 (9,5) 195 (16)195 (16)
AdAdéénovirusnovirus 244 (10,5)244 (10,5) 96 (8)96 (8)
ParainfluenzaParainfluenza 1,2,3 1,2,3 159 (7)159 (7) 101 (8)101 (8)
Recherche virale +Recherche virale + 33 %33 % 39 %39 %
ÉÉpidpidéémiologie virale par mmiologie virale par mééthodes virologiques traditionnellesthodes virologiques traditionnellesCHU de CaenCHU de Caen
0
10
20
30
40
50
1112 1 2 3 4 5 6 9 101112 1 2 3 4 5 6 9 101112 1 2 3 4 5 6 9 101112 1 2 3 4 5 6mois
% pvtVRS
influenza A/Bparainfluenza 1,2,3Rhino
AdV
1999-2000 2002-20032001-20022000-2001
L’épidémiologie virale varie selon les années
Protocole exploration biologie moléculaire surplusieurs virus à la fois
Aspirations nasales à –80 °C
Extraction ARN (Qiagen®)
RT-PCR multiplex 1 RT-PCR multiplex 2 RT-PCR multiplex 3
Métapneumovirus
VRS
Influenza A
Influenza B
Parainfluenza 4
Parainfluenza 3
Parainfluenza 2
Parainfluenza 1
HCoV 229E
Influenza C
Rhinovirus
HCoV OC43
Évolution du protocole
Techniquesconventionnelles
Techniquesmoléculaires
Enfants consultant aux Urgences de Pédiatrie pour atteinte respiratoire aiguë
ENFANTSHOSPITALISES
1/11/2003 au 30/03/2004
Antigéniqueimmunofluorescence
Antigéniqueimmunofluorescence
et culture HuH7
Nombre de virusdétectables 7 13
Aspirations nasales 260 260
Recherche positive (%)Coinfections virales
150 = 57,6%0
188 = 72,3 %5
Épidémiologie virale enpourcentage des virus
détectés : 150 193
v. RespiratoireSyncytial
92,0 % 74,1 %
Rhinovirus ? 11,9 %
v. Influenza 7,3 % 9,3 %
Adénovirus 0 % 2,6 %
v. Parainfluenza 0,6 % 1,0 %
Entérovirus ? 1,0 %
Métapneumovirus ? ?
Coronavirus ? 0 %
Moléculaire par PCRet RT-PCR multiplex
15
263
242 = 92 %52
317
49,8 %
28,7 %
6,3 %
1,6 %
2,8 %
2,5 %
5,4 %
3,5 %
ENFANTSHOSPITALISES/ NON H1/11/2003 au 30/03/2004
Total HOSPITALISES
Nombre d’enfants 449 263
Age moyen 7,3 (+/-5,4) 5,3** (+/-4,5)
Recherche positive (%) 411 = 91,5% 242 = 92 %
Épidémiologie virale enpourcentage des virus
détectés : 518 317
v. RespiratoireSyncytial
43,6 % 49,8 %**
Rhinovirus 31,8 % 28,7 %
v. Influenza 8,8 % 6,3 %**
Adénovirus 2,3 % 1,6 %
v. Parainfluenza 3,2 % 2,8 %
Entérovirus 2,1 % 2,5 %
Métapneumovirus 4,4 % 5,4 %
Coronavirus 3,4 % 3,5 %
NON HOSPITALISES
186
9,3** (+/-6,3)
169 = 90,8 %
202
33,7 %**
36,1 %
13,9 %**
3,5 %
4,0 %
2,5 %
3,0 %
3,5 %
ÉÉpidpidéémiologie virale PCR multiplexmiologie virale PCR multiplexCaen 2003-2004Caen 2003-2004
Pneumovirus 49 %
Picornavirus 34 %
Adenovirus 2 %
Parainfluenza Parainfluenza 3 %3 %
Influenza 9 %
Coronavirus 3 %
Lors de cette enquête le Mycoplasma pneumoniae représentait 1% des résultats
Nouvelles techniques = modification de l’épidémiologie
ÉÉpidpidéémiologie virale PCR multiplex Wisconsinmiologie virale PCR multiplex WisconsinHenrickson PIDJ 2004; 23(1s): S11-S18
Children’s Hospital of Wisconsin 1/11/1996 au 31/10/19983325 Infections des VRI (42% bronchiolite, 38% pneumopathie, 12% laryngite)829 tests chez enfants de moins de 2 ans avec Hexaplex :
170 antérieurement sainsHexaplex (7 virus) recherche positive = 41%Influenza 34%, VRS 40%, VPI 16%Épidémiologie en fonction du tableau clinique
48%
24%
12%
69%
19%
16%
ÉÉpidpidéémiologie virale PCR multiplex Southamptonmiologie virale PCR multiplex SouthamptonLegg PIDJ 2005; 24: 611-16
Southampton University Hospital on the South Coast of England
- 88 nourrissons « à risque atopique » suivis 1er hiver
- 1/11/1997 au 31/03/1998 ambulatoire
RT-PCR (RV, EV, HCoV, AdV, VPI, VI, VRS, Mp, Cp)
Prélèvements effectués lors de symptômes respiratoires
. Prélèvements = 123
. Identification virale = 151
Épidémiologie : Picornavirus 46% (Caen 38,6)
VRS 27% (Caen 33,7)
VPI 13%
HCoV 9%
Coinfection virale = 20% (picornavirus + VRS ou VPI)
Comparaison des méthodes• Techniques
conventionnelles
– Caractère infectieux– Isolement de la
souche– IF : rapidité 2h
12,11! (n = 7)– Culture :référence
long 5 jours+IF 48,58! (n = 13)
– Prélèvement de bonnequalité, acheminementrapide
– Utilisateur entraîné
• PCR multiplex
– Gain en sensibilité– Outil épidémiologique– Séquençage– Rapport coût/efficacité– Rhinovirus, hMPV,
coronavirus, bocavirus
– Adapté aux grandesséries2 jours; 23,69! (n = 15)
– Conditions de travailspécifiques
– Virus non infectieux oulatent
Coût direct et indirect Laboratoire Freymuth
Discussion
A B A B C 1 2 3 4
1997Hexaplex
(Prodesse)
1998 Osiowy et coll.
1999 Grondahl et coll.
2003-2004 Coiras et coll.
2004 Syrmis et coll.
2004 Templeton et coll.
2004 Bellau-Pujol et coll.
Année AuteurAdéno
virus
Entéro
virus
Rhino
virushMPV
HCoV
OC
43
HCoV
229E
Virus influenza Virus parainfluenza VRS
Outils moléculaires : fiables pour le diagnostic ?
Falsey et al., J Clin Dis, 2005
Non malades,S-1 à S+1
RT-PCR nichée
Pathologie respiratoireN = 146 : VRS = 17; hMPV = 5 (15%)
Témoins N = 158 :VRS = 1; hMPV = 0
NB : adultes
Choix de la technique de détection enfonction des virus recherchés
Détectionantigénique
Isolement enculture
PCR
Influenza A et B + ++ +
Influenza C - - ++
VRS ++ ++ ++
hMPV - +/- ++
Parainfluenza ++ + ++
Adénovirus + + ++
Rhinovirus - + ++
Coronavirus - +/- ++
Une sensibilité supérieure n’est pas leseul intérêt des techniques moléculaires
– Épidémiologie différente selon les
phénotypes sifflants du nourrisson
– Intérêt dans évaluation de la gravité de
l’atteinte respiratoire
– Intérêt de veille épidémiologique : virus
émergents
Enquêtes épidémiologiquescomparatives : Caen 2003-2004
Tableau clinique Bronchiolites Asthmes du nourrisson p
Nombre d’aspirations nasales 298 61
Age moyen en mois(± DS)
5 (±4) 10,5 (±5,5)
Epidémiologie virale (%)
v. Respiratoire Syncytial 54,3 25,7 < 0,001
Rhinovirus 29,0 44,6 < 0,01
v. Influenza 3,7 8,1 NS
Adénovirus 0,9 4,0 NS
v. Parainfluenza 2,6 0,0 NS
Entérovirus 1,1 4,0 0,06
Coronavirus 3,5 8,1 NS
Métapneumovirus 4,9 5,5 NS
• RT-PCR en temps réelstandardisée avec ARNgène de « ménage »GAPDH
• 1ère étape de validationanalytique
• Corrélation entre lacharge virale et lagravité de labronchiolite chez 75nourrissons : 36 + parIFA-CV-RT PCR
Gueudin et al. J Virol Methods 2003; 109: 39
Quantification ARN VRSaspiration nasale
Respiratory syncytial virus load predicts diseaseseverity in previously healthy infants
1 log charge RSV = 0,8 jour supplémentaire hospitalisation
Les virus «!émergents!»• Le métapneumovirus humain
– Infection hivernale
– Age précoce (6,7 mois)
– Responsable de bronchiolites (70,6%)
– 4 ou 5ème agent chez les enfants hospitalisés (~ 5%)
• Les coronavirus– Détectés dans 4% à 9% des prélèvements « traditionnels » négatifs
– Présents dans les infections des voies aériennes inférieures
– Co-infections fréquentes
– Comorbidités
• Les bocavirus….
Comparaison phénotype clinique <24 moisCoronavirus/Métapneumovirus/VRS (09/04-05/05)
S/VRS35,9
(7,8)
12,5
(3,1)
8,9
(1,8)
O_ Tt %
(réa %)
5,64,43,7Durée Hosp (jours)
S/VRS21,92539,3Gastro-entérite %
S/VRS
(S/VRS)
87,5
(70,3)
56,3
(50)
30,4
(23,2)
Atteinte VAI %
(bronchiolite)
S/VRS12,521,926,8Otite MA %
-4,1-3,4-4,5Début !p jours
S/HCoV18,721,99Atopie P %
S/VRS12,528,133,9Comorbidité %
S/VRS689Âge mois
pVRS
64
hMPV
32
HCoVs
56
ProblProbléématique de lmatique de l’é’étude destude desinfections viralesinfections virales
? Non vues par une structure de soinNon vues par une structure de soin
Prise en chargePrise en chargeMMéédecins de villedecins de ville
Venues directes auxVenues directes auxUrgences hospitaliUrgences hospitalièèresres
Hospitalisations :Hospitalisations :Population de loin la plus Population de loin la plus éétuditudiééeeReprRepréésentativitsentativitéé ? ?
ConclusionConclusion• Chaque année ~ 500000 bronchiolites• 2 à 5% hospitalisés• Parmi ceux-ci ~ 40 % recherche virale positive• Place des autres virus grâce au développement de
la biologie moléculaire +++• Exceptionnel de voir des virus nouveaux, hMPV et
HCoV-NL63, avec une telle prévalence (~ 10%)• Études complémentaires compréhension de la
physiopathologie de l’atteinte respiratoire enfonction de chaque virus : séquelles à long terme #
• Surveillance au niveau planétaire par OMS apermis de détecter SRAS, H5N1
• Virus de la prochaine pandémie ?