plone per applicazioni web tecnico‑scientifiche
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Plone come framework applicativo in un settore di punta. la bioinformaticaTRANSCRIPT
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Milano, 28/4/2010
Plone per applicazioni web tecnico‑scientifiche
Ivan Rossi – BioDec S.r.l.
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Milano, 28/4/2010
Cosa fa BioDec ...
BioDec S.r.l.Via Calzavecchio 20/2
40033 Casalecchio di Reno (BO)[email protected]
Software e consulenza in Bioinformatica
Applicazioni web tecnico scientifiche‑
Sistemistica Unix/Linux
Software e consulenza in Bioinformatica
Applicazioni web tecnico scientifiche‑
Sistemistica Unix/Linux
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Milano, 28/4/2010
Gestione dati tecnici: ma perché?
● I tecnici lavorano per la produzione dei dati, la loro visualizzazione e gestione non sono percepite altrettanto prioritarie
... però ...● Spesso i dati devono
essere fruiti da chi tanto tecnico non è
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Milano, 28/4/2010
... OK, ma quando? ...● In presenza di dati strutturati
– Sappiamo ogni volta che “forma” hanno
● Quando non tutto deve essere visibile a tutti– Una parte dei dati sono confidenziali
– Esiste una distinzione di ruoli tra chi accede ai dati
● Quando il processo di analisi è definito– Esiste un “protocollo” da seguire
● Quando i file Excel è troppo grande o sono >1!– Gli spreadsheet servono per fare prototipi
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Milano, 28/4/2010
... cioè? Fammi un esempio ...
Gestione dati strumentali (LIMS)● Monitoraggio apparecchiature, anche distribuite● Aggregazione dati da sorgenti diverse● Taratura strumentazioni● Implementazione di protocolli di analisi● Calcolo e visualizzazione di dati derivati● Ricerca dati storici
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Milano, 28/4/2010
Esempi
● BioDec BMS: Raccolta di analisi su composti confidenziali effettuata da fornitore esterno
● BioDec BMS: integrazione dati di laboratorio (biologia molecolare) con database di informazioni accessorie
● Haplone: database di dati speciali, che necessitano del calcolo di quantità derivate
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Milano, 28/4/2010
Analisi da fornitore esterno
Requisiti fondamentali● Fornitore e committente sono in città diverse
(MI e RM): trasmissione crittata via Internet.● Il fornitore non deve conoscere dettagli sul
composto (patent pending)● Il fornitore deve avere accesso solo ai composti
di sua competenza.● Analisi specifica (IHC)
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Vediamola
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BioDec BMS
● Integrazione dati di laboratorio (biologia molecolare) con database di informazioni accessorie (proprietà biosequenze)
● Gestione di protocolli di analisi● Ricerca e organizzazione dati● Cross-linking tra dati e piattaforma collaborativa● Browser di biosequenze rilasciato free
(GPL, http://plone4bio.org)
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Haplone
● Dati sensibili: dati personali e genetici● Calcolo di dati derivati (genealogie, aplogruppi)● Inserimento dati sia manuale che massivo● Validazione dati inseriti● Ricerca sottoinsiemi di dati e loro export● Statistiche sugli insiemi selezionati
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BioDec S.r.l.Via Calzavecchio 20/2
40033 Casalecchio di Reno (BO)
Email: [email protected]: www.biodec.comTelefono: 051-0548263
Grazie per l'attenzione!