polymorphisme genetique. les differents types de marqueurs genetiques marqueurs morphologiques...
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POLYMORPHISME POLYMORPHISME GENETIQUEGENETIQUE
LES DIFFERENTS TYPES DE LES DIFFERENTS TYPES DE MARQUEURS GENETIQUES MARQUEURS GENETIQUES
Marqueurs morphologiquesMarqueurs morphologiques- Complexité d’analyseComplexité d’analyse- Influence de l’environnementInfluence de l’environnement- Représentation partielle du génomeReprésentation partielle du génome- Faible polymorphismeFaible polymorphisme- Expression tardifs des caractèresExpression tardifs des caractères Marqueurs biochimiquesMarqueurs biochimiques- Complexité d’analyseComplexité d’analyse- Influence de l’environnementInfluence de l’environnement- Représentation partielle du génomeReprésentation partielle du génome- Faible polymorphismeFaible polymorphisme- Expression tardifs des caractèresExpression tardifs des caractères Marqueurs ADNMarqueurs ADN
Localisation des marqueurs ADNLocalisation des marqueurs ADN
ADN ChloroplastiqueADN Chloroplastique ADN mitochondrial ADN mitochondrial Gène, Gène,
ADNanonymeADNanonyme ADN nucléaireADN nucléaire
Les diffèrents types de marqueurs Les diffèrents types de marqueurs polymorphes ADNpolymorphes ADN
Polymorphismes de longueur Polymorphismes de longueur RFLPRFLP AFLPAFLP RAPDRAPD MinisatelliteMinisatellite MicrosatelliteMicrosatellite
Mutation ponctuelle ou SNPMutation ponctuelle ou SNP
Définition et propriétés des Définition et propriétés des marqueursmarqueurs
PolymorphismePolymorphisme
LiaisonLiaison
PolymorphismePolymorphisme
Taux 1 à 5% est fonction de:Taux 1 à 5% est fonction de:
- Environnement- Environnement
- Composition du génome (Hot spot, - Composition du génome (Hot spot, cite fragile etc.…)cite fragile etc.…)
- Mutations- Mutations
- Situation de la population - Situation de la population (consanguinité, dérive génétique, (consanguinité, dérive génétique, sélection etc.…) sélection etc.…)
PIC (polymorphisme information content)PIC (polymorphisme information content)- Varie de 0 à 1Varie de 0 à 1- Proportion d’individus informatifs dans Proportion d’individus informatifs dans
une population idéaleune population idéale- Influencé par:Influencé par:
Nombre d’allèlesNombre d’allèles
Le type de transmission du locus Le type de transmission du locus (dominant ou codominant)(dominant ou codominant)
La composante de la famille en individus La composante de la famille en individus (homozygotes ou hétérozygotes)(homozygotes ou hétérozygotes)
LiaisonLiaison
Absence de recombinaisonAbsence de recombinaison Distance génétique réduite (<20cM)Distance génétique réduite (<20cM)
Déséquilibre de liaisonDéséquilibre de liaison
SAM Cartograph
ie génétique
Diagnostique génétiqueIntrogressio
n
Equilibre de liaison:Equilibre de liaison:
- Présence de recombinaisonPrésence de recombinaison
- Population en équilibre de H.W Population en équilibre de H.W (absence de sélection, migration, (absence de sélection, migration, mutation ou dérive génétique)mutation ou dérive génétique)
ORIGINE DU POLYMORPHISMEORIGINE DU POLYMORPHISME
Mutation ponctuelleMutation ponctuelle
Mutation large:Mutation large:- InsertionInsertion- DélétionDélétion- C.O inégauxC.O inégaux- Slippage Slippage - Erreurs dans le système de réparation de Erreurs dans le système de réparation de
l’ADNl’ADN
INTERÊT D’UN MARQUEURINTERÊT D’UN MARQUEUR
Précocité du typagePrécocité du typage Rapidité d’utilisationRapidité d’utilisation Coût faibleCoût faible Détermination du génotype au Détermination du génotype au
marqueur possible chez tout animalmarqueur possible chez tout animal
Marqueurs ADNMarqueurs ADN
DOMAINES D’APPLICATIONSDOMAINES D’APPLICATIONS
Marqueurs très polymorphesMarqueurs très polymorphes
SAMMarqueurs liés
CaractérisationMarqueurs
liés
CartographieMarqueurs liés
Clonage positionnelle
Cartographie d’intervalle
PhylogénieMarqueurs non liés
Pop de la même espèce (marqueurs
microsatellites)
Entre espèces différentes (ex. gène Hox)
Lig. Mat. (marq. Mito)
Marqueur moyennement polymorphe:Marqueur moyennement polymorphe:- Etude de caractérisation sur Etude de caractérisation sur
populations très réduite en nombrepopulations très réduite en nombre- Etude de caractérisation sur Etude de caractérisation sur
populations consanguinespopulations consanguines- Etude de caractérisation sur un faible Etude de caractérisation sur un faible
échantillonéchantillon
Comment palier a un problème Comment palier a un problème d’informativité ?d’informativité ?
Situation:Situation:
Région chromosomique importanteRégion chromosomique importante
Problème:Problème:
Absence de marqueurs polymorpheAbsence de marqueurs polymorphe
Solution:Solution:
Haplotype (marqueur ADN Haplotype (marqueur ADN génétiquement très liés)génétiquement très liés)
Stratégie d’établissement des Stratégie d’établissement des cartes génétiquescartes génétiques
Constitution d’une collection d’ADN Constitution d’une collection d’ADN génomique de familles de référencegénomique de familles de référence
- 02 parents et 10 à 30 produits02 parents et 10 à 30 produits- 150 à 300 individus au total150 à 300 individus au total Recherche de marqueurs ADN par criblage Recherche de marqueurs ADN par criblage
de banque d’ADN génomiquede banque d’ADN génomique Typage des individus du panel de référence Typage des individus du panel de référence
pour les marqueurs étudiéspour les marqueurs étudiés Centralisation des résultats et analyse de Centralisation des résultats et analyse de
liaisonliaison
RFLP RFLP
Marqueur ADNMarqueur ADN
Sonde ADN:
-Radioactif
-Fluorescente
Enzyme de restriction
Mécanisme de génération du Mécanisme de génération du polymorphisme RFLPpolymorphisme RFLP
Mutation ponctuelleMutation ponctuelle
InsertionInsertion- Transposant Transposant - VirusVirus
DuplicationDuplication
Techniques de mise en évidenceTechniques de mise en évidence
Southern blotSouthern blot
PCR/RFLPPCR/RFLP
Southern blotSouthern blot
Principe de la techniquePrincipe de la technique- Digestion de l’ADN par enzyme de Digestion de l’ADN par enzyme de
restrictionrestriction- Electrophorèse sur gel d’agaroseElectrophorèse sur gel d’agarose- Hybridation avec une sondeHybridation avec une sonde- Mise en évidenceMise en évidence Limite de la techniqueLimite de la technique- Quantité d’ADN Quantité d’ADN - ToxicitéToxicité- Nécessité de connaître la région étudiéNécessité de connaître la région étudié
PCR/RFLPPCR/RFLP
PrincipePrincipe- Amplification de l’ADNAmplification de l’ADN- Digestion enzymatiqueDigestion enzymatique- Electrophorèse sur gel d’agaroseElectrophorèse sur gel d’agarose Avantage de la techniqueAvantage de la technique- RapiditéRapidité- Automatisation de la techniqueAutomatisation de la technique- Pas de toxicitéPas de toxicité
CaractéristiquesCaractéristiques
Nombre d’allèle faibleNombre d’allèle faible Ne représente qu’une faible Ne représente qu’une faible
proportion de la variabilité génétique proportion de la variabilité génétique
Seules les mutations qui modifies un Seules les mutations qui modifies un cite de restriction sont mise en cite de restriction sont mise en évidenceévidence
Comment en peut palier au Comment en peut palier au problème du polymorphisme?problème du polymorphisme?
Les HaplotypesLes Haplotypes