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New Reaxys 使用介绍

Introduction to new Reaxys Value Tree Ver_2

Markus Bussen


• New Reaxys介绍• New Reaxys中包含内容

• New Reaxys中的新增内容和检索功能

• New Reaxys中的结果和检索方法• New Reaxys中的结果界面

• New Reaxys中的Quick Search与结果筛选方法

• New Reaxys中的Synthesis Plan的制作

• New Reaxys中的Query Builder使用介绍

• New Reaxys中检索小结

2

提纲

TITLE OF PRESENTATION | 3

Elsevier 公司介绍

Elsevier于1880年在荷兰成立，成立之初致力于学术期刊杂志的发行和出版，现已发展成为全球最大的科技文献出版社

Elsevier 是一家全球性公司，总部在荷兰阿姆斯特丹，在世界25多个国家雇有7000多名员工，是励德爱思唯尔集团(Reed Elsevier)的成员。


Reaxys数据库的发展历程

2015 Q1

2016 Q3


REAXYS数据库涵盖内容

文摘数据库>53,596,146 records

(from ~16,000 journal titles plus records from

key patent organizations)

物质数据库> 42,780,007 substances

(total),并且整合了Emolecular 和Pubchem的物质信息，总计达到9000

万+的物质

反应数据库> 42,744,107 single- and

multi-step reactions

理化性质数据库

> 500 million experimental properties

in > 500 fields in > 130 subject areas

Reaxys

物质商业数据库

8,433,545 substances from eMolecules

专利数据库收录7大专利局的信息

包括WO,US,EP,CN,JP,TAIWAN and South Korea


Reaxys 收录的文献范围和涉及学科分类

• 涵盖与化学相关16个学科领域• 农业及生命科学

• 生物化学，分子生物学

• 化学工程Chemical Engineering

• 化学Chemistry

• 牙科学Dentistry

• 宇宙科学Earth and Planetary Science

• 能源Energy

• 工程Engineering

• 环境Environmental Science

• 免疫学及微生物学Immunology and Microbiology

• 材料科学Materials Science

• 药学Medicine

• 神经系统科学Neuroscience

• 药理学、毒理学Pharmacology, Toxicology and Pharmaceutics

• 物理学和天文学Physics and Astronomy

• 兽医学Veterinary 6

Reaxys总共收录16,098 种期刊

其中包括化学最核心期刊426种（其中收录ACS旗下化学最核心期刊31种)

化学相关专利（76年以来的WO, US, EP),2010年以来的所有JP, Korea以及2015年以后所有的CN，Taiwan

对于较早文献的收录比较好，最早的一篇文章可以追溯到1771年









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提纲


New Reaxys的登录方式

https://new.reaxys.com/


• New Reaxys收录更多的亚太区域的专利

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New Reaxys中拥有更广泛的专利覆盖

World US Europe Japan S. Korea China Taiwan

2015

2016

2017

≤2014

July 2016 2017September 2016 December 2016

更多的源自亚洲专利中的物质将陆续添加到New Reaxys中


New Reaxys的简洁界面让初次使用者快速获得最权威信息

可使用自然语言和结构检索，一键获得所有相关信息


New Reaxys智能识别搜索意图并给出结果选项

New Reaxys智能解析搜索意图

认为是反应

提供其他可供选择的检索选项

1

2

3


New Reaxys的Query Builder提供交互式的信息查询

Tips：New Reaxys的Query Builder允许通过各种条件组合来做针对性检索

不同条件选择


New Reaxys中的数据会更加标准化，规范化

Tips：

New Reaxys所有相关的数据都集中在

一起，以列表形式呈现，并可直接使用


New Reaxys中的过滤分析工具提供交互式预览便于快速评估

选择其中一个选项后，可以在其他选项中看到这个选项在其他选项中所占有的比例。









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提纲


New Reaxys中的结果界面—物质结果

检索Tips:

物质的相关的合成路线，所有反应，以及文献链接，实现从物质到反应或者文献的跳转。

检索Tips:

物质的各类理化性质，包括谱图，生物活性，物性数据等，直接点开各个不同的选项进行查看。

检索Tips:

物质的结构信息，可以通过放大镜图标放大结构，鼠标悬停在结构上，可以看到更多的结构选项和直接合成路线的功能


New Reaxys中的结果界面—物质的理化性质界面

检索Tips：

Reaxys中拥有大量的物质理化性质，谱图数据，

且能直接给出具体数值，检测条件，以及原始文献出处，帮助用户更好的链接到原文


New Reaxys中的结果界面—生物活性数据

检索Tips：Reaxys会摘录原始文献中的和生活活性有关的内容和数据，整理成表格提供给用户

该化合物的EC50数据和检测方法


New Reaxys中的结果界面—反应结果

检索Tips：1. Reaxys中的反应会将相同的反应进行整理，用通过点击Show All Detail，获取相

同底物和产物反应的不同条件2. Reaxys会提取原文中的Experimental Procedure，帮助用户快速获得原文中的反应

操作流程3. Reaxys提供该条反应的Similar Reaction检索，获得和这条反应反应中心一样的反

应，帮助寻找更多的可能的反应条件


New Reaxys中的结果界面—Show All Detail

检索Tips：1. Reaxys中的反应会将相同的反应进行整理，用通过点击Show All Detail，获取相

同底物和产物反应的不同条件，每条反应都有各自对应的参考文献，并提供原文链接，


New Reaxys中的结果界面—Experimental Procedure

检索Tips：Reaxys提供摘自原文作者的Experimental Procedure，提供详细的反应操作细节


New Reaxys中的结果界面—Similar Reaction

检索Tips：通过Reaxys提供的Similar Reaction Search，获得和原

有反应在反应中心一致，但是依据附属原子不同级别变化的类似反应


New Reaxys中的结果界面—文献结果界面

检索Tips：1. Reaxys中的文献都会经过Reaxys专家进行人工索引，提炼其中的Index Term，物

质，反应，帮助用户进行文献分类和索引，以及文献，物质，反应的相互跳转。


New Reaxys中的结果界面—文献结果界面

检索Tips：

鼠标悬停在结构上，可以直接进行物质相关的检索。









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提纲


New Reaxys中的检索

Tips：

1. Quick Search2. Query Builder3. Results4. Synthesis Planner5. History

New Reaxys中的Quick Search，简单，直接的检索方式


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New Reaxys检索案例1—物质相关检索


• 检索吉非替尼这个药物• 获得药物的相关信息

• 获得药物的NMR谱图数据

• 获得药物的晶型数据和对应文献

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Quick Search检索案例1

检索Tips：在Quick Search界面启动Marvin JS结构编辑器，进行结构编辑


Marvin JS结构编辑器使用

元素周期表以及常用原子

A：

原子属性定义工具

选择工具，橡皮，健定义，链，正负电子

重复基团，R基团，R

基团链接端，反应定义工具

常见的环，官能团，Reaxys的Generic Group定义


结构的绘制

Tips：

Reaxys中的结构绘

制，可以直接通过物质名称导入。


New Reaxys中的检索

Tips：

Reaxys会自动依据输入的内容进行检索判

断，给出不同的结果集，包括物质，反应等内容。


New Reaxys中的物质结果

Tips：Reaxys编辑人员会阅读文献原文，直接提取和理化性质相关的数据，录入到Reaxys中，并整理成列表，供研究人员使用，


New Reaxys中的物质理化性质—NMR谱图数据

Tips:

Reaxys编辑人员会摘录和谱图有

关的结果数据，条件，直接录入到Reaxys中，供科研人员使用。


New Reaxys中的物质理化性质—晶型数据

Tips:

Reaxys编辑人员会摘录和晶型有

关的描述，并给出原文的位置所在


New Reaxys中的物质相关的文献

Tips：

在物质界面，可以一键获得和这个物质有关的所有文献


New Reaxys的文献筛选

Tips：

Reaxys的Index Term（Reaxys Tree）分析，帮助从概念角度出发，筛选对应的文献


• 通过Index Term（Reaxys Tree）分析• Physico chemical analysis methods Spectroscopical

analysis NMR spectroscopy

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获得文献


其中的一篇

Tips：从Reaxys的索引体系中，可以对文献内容有个大致的判断。


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New Reaxys检索案例2—反应相关检索


• 检索以下的反应• 吡啶环2，3，4位上存在一个硝基还原成氨基

• 吡啶环6位上存在一个Cl

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检索Tips：在Quick Search界面启动Marvin JS结构编辑器，进行结构编辑


结构的定义

结构绘制步骤：

1：用套索选择工具选择吡啶上的3个C原子

2：用链工具中的

不定位取代健将吡啶和NO2，NH2相接

3：用反应定义工

具，指定反应前后NO2到NH2的变化


检索功能的选择和检索

检索Tips:1：As Drawn，和所画结构完全一致的反应2：Substructure，亚结构反应检索，会展开所有H，可以设定所有原子开放还是杂原子开放


上传结果并检索

Tips：

New Reaxys中当执行检索后，会可以通过Preview功能先

预览下结果，可以通过预览大致判断下结果


最终的结果

Tips：检索到结果后，可以通过旁边的工具进行筛选


• 检索以下的反应• 吡啶环2，3，4位上存在一个硝基还原成氨基

• 吡啶环6位上存在一个任意的取代。

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Quick Search检索案例—案例的衍生

添加可以有取代的位点，继续用As Draw进行检索


如何绘制

Tips：1：使用原子属性定义工具A，选择原则属性，打开原子属性列表2：选择.S+，给6位C原子添加最大可取代的取代基数4


最后的结果

Tips：

可以使用Reaxys的分析工具对反应进行筛选


Reaxys中的反应筛选

Tips：

Reaxys提供11种反

应筛选工具，帮助科研人员从大量反应中快速筛选出相关反应，发现一些未知的信息

Document Type帮

助分析反应的出处，Reaxys还收录一些源自和Reaxys编辑之间沟通的邮件


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New Reaxys检索案例3—文献相关检索


• 检索涉及Suzuki反应催化剂有关的文献，看看是否有一些和催化剂活性有关的文献报道

• Quick Search中输入Catalyst for Suzuki Coupling

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New Reaxys中的基于不同条件的智能检索


New Reaxys中的文献检索结果

可以使用New Reaxys中的分析工具，对文献进行筛选


New Reaxys文献分析工具

Tips：

New Reaxys提供9种文献分析工具

1. Index term（List）：基于索引词的分析2. Index term（Reaxys Tree）：基于概念组的分

析3. Publication Year：基于出版年限的分析4. Document Type：基于文献类型的分析5. Authors：基于作者的分析6. Patent Assignee：基于专利权人的分析7. Journal Title：基于期刊名称的分析8. Substance Classes: 基于反应中心结构的分析9. Reaction Classes：基于反应类型的分析


New Reaxys中的文献筛选工具

Tips：

Index Term是Reaxys的编辑

人员在阅读完文献后给予文献的一些描述性的词汇，帮助用户能更好的了解文献中的重要内容。


New Reaxys中的文献筛选工具（续）

Tips：

在选定Index Term后，可以通过Limit to 或者Exclude，来获取包含这个索引词，或者不包含这些索引词的文献









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提纲


• 给吉非替尼制定合成计划• Step1：检索到吉非替尼

• Step2：导入合成计划

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Reaxys的Synthesis Plan是全球最先进的合成路线设计工具

Tips：1：通过前述的操作找到物质2：鼠标悬停在结构上，看到Synthesize3：点击，打开Synthesis Plan，这里选择手动


• 可以添加多条反应在一个Plan中，用于比较

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Synthesis Plan—添加感兴趣的反应


添加好的结果界面

Tips：1：通过添加多条反应，可以用来评估反应信息2：点击虚线的地方，可以查看条件，或者隐藏，移除反应


继续的扩充反应路线

Tips：在Synthesis Plan上可以对任意一个物质进行同样的Synthesis的操作，可以将更多的反应添加进来


最后的结果

可以对Synthesis Plan进行导入，导出或者保存等操作。









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提纲


• 检索以下物质• 天然存在的• 30个C原子• 有抗菌效应的• 光学旋光度在75-80

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New Reaxys的Query Builder检索案例

Tips：

Reaxys的Query Builder可以将科研人员的想法付诸实践


• 需求涉及4个方面• 分子式，理化性质，Key Word，源自天然产物……

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检索需求分析

Step 1: 添加分子式条件，C30*


条件的添加……

Step 2: 添加天然产物的条件，在右侧Forms里面选择天然产物，拖动至左侧，并选择Find Any



Step 3: 添加Key Word，antimicrobi*，用*通配符表示任意字符



Step 4: 添加Physical Data，其中找到旋光度，输入数值75-80


执行检索

Step5：选择物质检索


最后的检索结果


• 刚才的案例说30个C，如果我要求是28或者30个C该如何检索

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案例的衍生

Tips：在分子式检索下面，添加一个分子式的条件，需要注意的是，要和之前的分子式条件成为一个组别，Group，然后添加C28*，并将两个分子式之间的逻辑关系换成OR。


最终的结果

可以同时检索到C28,C30的天然产物








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提纲


• New Reaxys从大量文献中摘取和物质性质相关的所有数据，帮助科研人员获得标准化，规范化，格式化的物性数据列表及参考文献

• New Reaxys中的Query Builder检索帮助科研人员通过简便的方式，获得精准，跨学科的精确答案

• New Reaxys中的结构面板，能实现科研人员绝大部分的结构绘制要求，帮助科研人员用最直接的方式获得相应的物质和反应

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New Reaxys检索小结

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