presentación de powerpoint · child_pugh_ascites clichy_score_ascites rotterdam_score_ascites...

Pau Alcover, 33 | 08017 Barcelona (Spain) | www.costaisa.com | [email protected]

Registro Ontológico de datos en investigación biomédica VII Conferencia Anual de las Plataformas Tecnológicas de Investigación Biomédica. Barcelona 4 Marzo 2014

……………………………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..…….

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

ESCENARIO ACTUAL: INVESTIGACIÓN

NUEVO CONOCIMIENTO

INTEGRACIÓN

INFORMACIÓN

DATOS

DISEÑO

Recogida

Transformación

Análisis

Deducción

Acciones

Resultados

Comparaciones

Conclusiones

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

ESCENARIO ACTUAL: USO DEL PAPEL

El papel es más barato, pero incrementa los costes a medio plazo

Lento y complejo

Dificultad de cooperación/comunicación entre instituciones en un mismo estudio de investigación, y si se trata de un proyecto a nivel internacional, le sumaríamos el factor idioma

Acceso a los Datos

Coste

Problemática asociada al uso de papel: perdurabilidad, unicidad, versionado, propiedad, trazabilidad, etc.

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

ESCENARIO ACTUAL: HERRAMIENTAS OFIMÁTICAS

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

ESCENARIO ACTUAL: BASES DE DATOS

De desarrollo: Base de Datos + Aplicación web

Coste de mantenimiento: Modificaciones BD, páginas web

Se necesitan recursos muy técnicos

Cada nuevo estudio requiere destinar esfuerzos a la estructuración de datos desde cero, sin la posibilidad de reutilizar modelos ya existentes.

Voluminoso y difícil de caracterizar con precisión. Difícil integración con otros sistemas.

Limitada Reutilización

Coste

Poca flexibilidad y estandarización case_id = case_id ty pe = ty pe crf =

case_id = case_id ty pe = ty pe crf =

case_id = case_id ty pe = id crf = c




id = ty pe

case_id = case_id

id = crf


rx_liv er

case_idty pecrfsizehepatomegalyright_sizelef t_sizecaudate_sizeparenchy manodulesnodules_numbernodules_localisationnodules_lobenodule_sizemargin

numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint

<pk,f k><pk,f k><pk,f k>

rx_ty pe

iddescription

smallintv archar(80)

radiological_exploration

case_idcrfty pedateobserv ationsv alidate

numeric(6)numeric(6)smallintdatetimev archar(255)smallint

<pk,f k<pk,f k<pk,f k

rx_hv

case_idty pecrfv einocclusionaspectf lowocclusion_aspectocclusion_natureocclusion_locationsegment_peripherallysegment_centrallyocclusion_lengthintrahepatic_collateralssubcapsular_collateralsspider_webshunting_collateralsother collaterals

numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint

<pk,f k><pk,f k><pk,f k><pk>

hv _pressures

case_idty pecrfrapf ree_right_pressurewedge_right_pressuref ree_lef t_pressurewedge_lef t_pressuref ree_middle_pressure

d iddl

numeric(6)smallintnumeric(6)decimal(3,1)decimal(3,1)decimal(3,1)decimal(3,1)decimal(3,1)decimal(3,1)d i l(3 1)


iv c

case_ididcrfocclusionocclusion_locationocclusion_aspectocclusion_natureocclusion_lengthsplenorenal_collateralsgastrorenal_collateralsretroperitoneal_collateralsother_collaterals

numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint


iv c_pressures

case_idty pecrfsuprahepaticinf rahepatic

numeric(6)smallintnumeric(6)decimal(3,1)decimal(3,1)


rx_others

case_idty pecrfha_aspectha_dilatationsplenectomyspleen_lengthspleen_sizeascitesascites_amountpleural_f luidpleural_f luid_amount

numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint


Radiological diagnostics

cases : 6

case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbiditymedication

numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallintsmallint

<pk>

<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>perf usion_intensity

case_idty pecrfright_t1_bef oreright_t2_bef oreright_t1_af terright_t2_af terlef t_t1_bef orelef t_t2_bef orelef t_t1_af terlef t_t2_af tercaudate_t1_bef orecaudate_t2_bef orecaudate_t1_af tercaudate_t2_af ternodules t1

numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint


perf usion_density

case_idty pecrfright_density _bef oreright_density _af terlef t_density _bef orelef t_density _af tercaudate_density _bef orecaudate_density _af ternodules_density _arterial

d l d it

numeric(6)smallintnumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint

lli t

<pk,f<pk,f<pk,f


crf : 3

idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1v alid_2date_2observ ations

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetimesmallintdatetimev archar(255)

<pk><f k1<f k2<f k3

case_id = case_id

case_id = case_id

case_id = case_id

case_id = case_id

case_id = case_id

case id = case id

case id = case id

case_id = case_id

case id = case id

case id = case id

case_id = case_id

cases : 4

case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_set

numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetime

f actor_v _leiden

case_idtestedv _datemutationapc_resistanceapcapc_normalresult_ty peapc_methodapc date

numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintdecimal(10,3decimal(10,3smallintsmallintdatetime

prothrombine_gene_mutation

case_idtesteddatemethodmutation

numeric(6)smallintdatetimev archar(80)smallint

<pk,f k>

protein_c_def iciency

case_idtesteddateactiv itynormal_activ ityactiv ity _percentagenormal_activ ity _percentageagnormal_agag_percentagenormal_antigen_percentagedef iciencyimpaired_liv erv k antagonists

numeric(6)smallintdatetimedecimal(10,3)decimal(10,3)decimal(6,2)decimal(6,2)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(6,2)decimal(6,2)smallintsmallintsmallint

antithrombin_def iciency

case_idtesteddateactiv itynormal_activ ityactiv ity _percentageagnormal_agag_percentagedef iciencyimpaired_liv er

k t i t

numeric(6)smallintdatetimedecimal(10decimal(10decimal(6,decimal(10decimal(10decimal(6,smallintsmallint

lli t

mpd

case_idtestedblood_cellnormal_blood_cellred_cellnormal_red_cellery thropoetinenormal_erithropoetinetransf errine_saturationf erritinenormal_f erritinemcvbone_marrow_biopsybiopsy _datempd_ty pesecf _testsecf _dateoccult mpd

numeric(6)smallintdecimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(6,2)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)smallintdatetimesmallintsmallintdatetimesmallint

<p

hy perhomocy steinemia

case_idtesteddateat_f astingaf ter_loadinghy perhomocy steinemiamutation_testedmutationv itamin_def iciency _excluded

numeric(6)smallintdatetimedecimal(10,3)decimal(10,3)smallintsmallintsmallintsmallint

antiphospholipid_sy ndrome

case_idtesteddateiggigg_normaligmigm_normaltotal_testspositiv e_testslupusconf irmed

numeric(6)smallintdatetimedecimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)decimal(10,3)smallintsmallintsmallintsmallint

pnh

case_idtesteddatetest_ty peev idence

numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallint

<pk,f

becet

case_idtesteddateev idence

numeric(6)smallintdatetimesmallint

<pk,f

hormonal_risk

case_idpregnancylast_deliv eryinf ant_conditionprev ious_pregnanciesmiscarriagescontraceptiv escontraceptiv e_namecontraceptiv e_startcontraceptiv e end

numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintsmallintsmallintv archar(80)datetimedatetime

Aetiology

id = disease

id = id

case_id = case_id

case_id = case_id

case_id = case_id

case_id = case_id

case id = case id

case id = case id

case_id = case_id

disease

iddescription


<pkcomorbidity

case_iddiseaseobserv ations

numeric(6)smallintv archar(255)

<pk,f k<pk,f k

f amilial_association

case_idev entsdegreety peobserv ations

numeric(6)smallintsmallintsmallintv archar(255)

<pk,f

intoxications

case_idalcoholalcohol_durationunknown_alcohol_durationunits_per_weekdrugsiv _drugscocainecannabis

numeric(6)smallintdecimal(5,2)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint

<pk,f k>

hepatic_thrombosis

case_idsplanchnic_areadatelocationbudd_chiaribd_datev einsobserv ations

numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintdatetimesmallintv archar(255)

<pk,f k

drug

iddescription


medication_at_diagnosis

case_ididobserv ations


<pk,f k<pk,f k

cases : 7

case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbidity

di ti

numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallint

lli t

<pk>

<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>

Case history

v enous_thrombosis

case_idty penumberev entdatelocationobserv ations

numeric(6)smallintsmallintsmallintdatetimesmallintv archar(255)

<pk,f

arterial_thrombosis

case_idnumberdatelocationdate2location2observ ations

numeric(6)smallintdatetimesmallintdatetimesmallintv archar(255)

<pk,f

id = hospital diagnosis

id = race

id = birth_country

id = ty pe

id = primary _sy mptom

id = initial_manif estation

id = dead_casue

case_id = case_id

id = reason

id = label

case_id = case_id

id = participating hospital

cases : 1



<pk>

<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>

Model: 13-07-04-phy sical_modelPackage: Diagram: Diagram 1

country

iddescription


<pk>

hospital

idty penameaddresspartdoctortelephoneemail

numeric(6)smallintv archar(255)v archar(255)smallintv archar(40)v archar(14)v archar(255)

<pk><f k>

dead_cause

iddescription


<pk>

race

iddescription


<pk>

hospital_ty pe

iddescription


<pk

sy mptom

iddescription


<pk>

crf : 2

idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1v alid_2date_2b ti

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetimesmallintdatetime

h (255)

<pk<f k<f k<f k

initial_manif estation

iddescription


<pk>

Baseline characteristics

reason

iddescription


<pk

temporal_label

iddescription


<pk

remarks

case_idbaselineclinical_presentationclinical_conditionradiologyhistologyaetiologylaboratoryhistoryinterv entions

d i t

numeric(6)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)v archar(255)

<pk,f k

conv ersion_table

table_namecolumn_namev aluesdescription

v archar(100)v archar(100)smallintv archar(100)

<pk><pk><pk>

id = test

crf = crf case_id = case_id



id = crf

id = crfid = crf

case id = case id

case id = case id

case id = case id

laboratory _f eature

case_idtestcrfdatef eature_resultnormal_v alueobserv ations

numeric(6)smallintnumeric(6)datetimedecimal(10,3)decimal(10,3)v archar(80)

<pk,f k3<pk,f k1<pk,f k2

laboratory _test

iddescriptionunitunit_2f actor

smallintv archar(80)v archar(20)v archar(20)f loat

<pk>

clinical_sy mptoms

crfcase_idabdominal_painabdominal_distensionhaematemesismelaenaf ev ertemperaturenauseav omitingweight_changeobserv ations

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintdecimal(5,2)smallintsmallintsmallintv archar(255)

<pk,f k1<pk,f k2

clinical_manif estations

crfcase_iddateascitesascites_sev eritychild_pugh_ascitesclichy _score_ascitesrotterdam_score_ascitesdiureticsparacenthesishepatomegalyhepatomegaly _detectionsplenomegalysplenomegaly _detectionendoscopygi_bleedinghepatic_encephalopathyencephalopathy _stageoedema_lower_limbsia_inf lammationea_inf lammationeai_ty pesepsisjaundicebacterial_peritonitishepatorenal_sy ndromehepatopulmonary _sy ndromeweightheight

numeric(6)numeric(6)datetimesmallintsmallintsmallintdecimal(4,2)decimal(4,2)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintdecimal(5,2)decimal

<pk,f k<pk,f k

endoscopy

crfcase_idesophageal_v aricesev _classif icationred_color_signsgastric_v aricesgv _classif icationduodenal_v aricesrectal_v aricesportal_hy pertensiv e_gastropathyphg_patternh l if i ti

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintchar(5)smallintsmallintsmallintsmallint

lli t

<p<p

gi_bleeding

crfcase_iddetectionty pesev eritytransf usionpacked_cellsother ty pe

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)

<pk,f k<pk,f k

ia_inf lammation

crfcase_idpancreatitischolangitischolecy stitisliv er_abscessappendicitisbowel_diseaseumbilical_v eindiv erticulitisgastroenteritisth

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint

h (255)

<pk,f k<pk,f k

Clinical condition a

crf : 4

idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetime

cases : 8


di ti


lli t

<pk>

<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>

id = id

case_id = case_id

case_id = case_id

case_id = case_id

cases : 5

case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsy

numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallint

<pk>

<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>

local_inf lammation

case_idprior to diagnosisdatebowel_diseasegastroenteritisumbilical_v einliv er_abscessotherdiv erticulitisbd_ty peappendicitischolecy stitischolangitispancreatitisea_inf lammationeai ty pe

numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)

<pk,f k>

abdominal_interv ention

idcase_iddateobserv ations

smallintnumeric(6)datetimev archar(255)

<pk<pk

interv ention_ty pe

iddescription


other_etiological_f actors

case_idabdominal_traumatrauma_datetrauma_ty pesarcoidosissarcoidosis_dateconnectiv e_diseaseconnectiv e_disease_dateconnectiv e_disease_ty peconnectiv e_other_ty pev asculitisv asculitis_datev asculitis_ty pedehy dratationdehy dratation_datedehy dratation_causesmoking_diagnosissmoking_prev iouslypacks_y earceliacceliac_dateotherother date

numeric(6)smallintdatetimev archar(80)smallintdatetimesmallintdatetimesmallintv archar(80)smallintdatetimev archar(80)smallintdatetimev archar(80)smallintsmallintsmallintsmallintdatetimev archar(255)datetime

Local precipitating factors

id = disease

id = id

case id = case id

case_id = case_id

case_id = case_id

case_id = case_id

case id = case id

case id = case id

case id = case id

disease

iddescription


<pk>comorbidity

case_iddiseaseobserv ations


<pk,f k<pk,f k

f amilial_association

case_idev entsdegreety peobserv ations

numeric(6)smallintsmallintsmallintv archar(255)

<pk,f

intoxications

case_idalcoholalcohol_durationunknown_alcohol_durationunits_per_weekdrugsiv _drugscocainecannabis

numeric(6)smallintdecimal(5,2)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallint

<pk,f k>

hepatic_thrombosis

case_idsplanchnic_areadatelocationbudd_chiaribd_datev einsobserv ations

numeric(6)smallintdatetimesmallintsmallintdatetimesmallintv archar(255)

<pk,f k

drug

iddescription


medication_at_diagnosis

case_ididobserv ations


<pk,f k<pk,f k

cases : 7


di ti


lli t

<pk>

<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>

Case history

v enous_thrombosis

case_idty penumberev entdatelocationobserv ations

numeric(6)smallintsmallintsmallintdatetimesmallintv archar(255)

<pk,f

arterial_thrombosis

case_idnumberdatelocationdate2location2observ ations

numeric(6)smallintdatetimesmallintdatetimesmallintv archar(255)

<pk,f

case_id = case_id

case id = case id

case id = case id

case id = case id

id = crf

id = crf

id = crf

id = crf

cases : 3

case_idenv ie_idhospital_diagnosisracebirth_countryprimary _sy mptominitial_manif estationdead_casueparticipating_hospitalinitialsbirth_datesexdiagnosisdiagnose_dateon_setweightaliv edeath_dateautopsycountrycomorbiditymedicationduration

numeric(6)char(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintnumeric(6)v archar(5)datetimechar(1)smallintdatetimedatetimedecimal(5,2)smallintdatetimesmallintchar(2)smallintsmallintsmallint

<pk>

<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>

karnof sky

crfcase_idscore

numeric(6)numeric(6)smallint

<pk,f<pk,f

child_pugh

case_idcrfbilirubinprothrombine timealbuminascitesencephalopathyscoreclass

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintchar(1)

<pk,f<pk,f

clichy _score

crfcase_idasciteschild_pughagecreatininescoreclass

numeric(6)numeric(6)decimal(4,2)decimal(4,2)decimal(5,3)decimal(6,4)decimal(5,2)char(2)

<pk,f k2><pk,f k1>

rotterdam_score

case_idcrfbilirubinprothrombin_timeascitesencephalopathyscoreclass

numeric(6)numeric(6)decimal(6,3)decimal(4,2)decimal(4,2)decimal(4,2)decimal(5,2)char(3)

<pk,f k1><pk,f k2>

Endpoints

crf : 6

idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1v alid_2date_2observ ations

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetimesmallintdatetimev archar(255)

id = crf

case_id = case_id date = date ty pe = ty pe c

case_id = case_id

pathology

case_iddatecrfty peroutelobecongestioncongestion_extentnecrosisnecrosis_extentlobular_inf lammationportal_inf lammationportal_v einsperiportal_f ibrosiscentrocentral_f ibrosisportoportal_f ibrosiscentroportal_f ibrosispericentral_f ibrosiscirrhosisnodular_hy perplasiaother_abnormalitiescomplication

numeric(6)datetimenumeric(6)smallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintsmallintv archar(255)smallint

<pk,f k<pk><pk,f k1<pk>

crf : 1

idcase_idreasonlabeldatev alid_1date_1v alid_2date_2b ti

numeric(6)numeric(6)smallintsmallintdatetimesmallintdatetimesmallintdatetime

h (255)

<pk<f k1<f k2<f k3

Histological diagnostics

biopsy _complication

case_iddatety pecrfidobserv ations

numeric(6)datetimesmallintnumeric(6)smallintv archar(80)

<pk,f<pk,f<pk,f<pk,f<pk>

cases : 9



<pk>

<f k1><f k2><f k3><f k4><f k5><f k6><f k7>

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

ESPECIFICACIÓN DEL MODELO DE DATOS Y DE LA INTERFAZ WEB DEL USUARIO MEDIANTE EL DISEÑO DE ONTOLOGÍAS

Ontología

Conjunto de conceptos, axiomas y relaciones que describen un dominio de interés.

NUEVA VISIÓN

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

Definición de los conceptos en el dominio (clases)

Ejemplo:

Organización de esos conceptos en una jerarquía (jerarquía subclase-superclase)

Ejemplo:

Definición de qué atributos y propiedades (slots) puede tener la clase, así como

las limitaciónes de sus valores (facetas)

Ejemplo:

¿QUÉ ES EXACTAMENTE UNA ONTOLOGÍA?

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

• FMA: Foundational Model of Anatomy – Toda la anatomía humana – Disponible para el desarrollo de aplicaciones

• GO: Gene Ontology – Componentes celulares – Procesos biológicos – Funciones moleculares

• National Cancer Institute

• Repositorios

– NCBO BioPortal (National Center for Biomedical Ontology) – The OBO Foundry: The Open Biological and Biomedical

Ontologies

• Web semántica

ONTOLOGÍAS BIOMÉDICAS

http://sig.biostr.washington.edu/projects/fm/

http://www.geneontology.org/

http://bioportal.bioontology.org/

http://bioportal.bioontology.org/

http://www.obofoundry.org/

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

VENTAJAS EN EL USO DE ONTOLOGÍAS

Formaliza, expresa y estructura el contenido, los conceptos y como se

relacionan entre ellos

Posibilita la cooperación: Compartir el mismo significado terminológico y en

caso de estudios multilingüe, el mismo idioma

El modelo de datos es extensible y escalable

Computable: permite clasificaciones automáticas y nuevas relaciones

Diseños anteriores o prototipos que pueden ser reutilizables (utilización de

repositorios validados)

Herramienta Open Source (Protégé) desarrollado por el Stanford Center for

Biomedical Informatics Research y con más de 200.000 usuarios

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

ORÍGENES DEL ONTOCRF

Solución desarrollada por la

Unidad de Informática Médica del

Hospital Clínic de Barcelona,

líder en producción científica de

ámbito médico a nivel estatal. El

objetivo era buscar alternativas a

los sistemas tradicionales, más

costosos y menos efectivos.

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

CLINICAL RESEARCH FORMS (CRF)

En la actualidad OntoCRF es un CRF o Cuaderno de

Recogida de Datos Online diseñado para recoger y transmitir

información de cada sujeto participante en un estudio clínico.

El propósito futuro es su aplicación para el uso secundario de

la información que está en la historia clínica, que es utilizada

con un propósito asistencial, y que puede ser utilizada con un

propósito de investigación.

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

Registro centralizado y consolidado de datos.

Entrada de datos simultánea desde diferentes puestos de trabajo.

Opción multiidioma para un mismo proyecto de investigación.

Entorno de trabajo colaborativo:

Disponibilidad de herramientas como gestión de agenda, biblioteca de documentos y foros de discusión.

Importación de datos de otras fuentes.

Explotación de los datos para su análisis:

Formato estándar XML exportable a SPSS u otras herramientas de análisis de datos.

MYSQL: Cuadro de mando (Business Intelligence)

PERMITE A LOS INVESTIGADORES

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

Entorno web

Simplificación y rapidez en el diseño (diseño en tiempo real)

Acceso distribuido

Almacenamiento de datos automático e interfaz amigable

Espacio de trabajo colaborativo y multidioma

Web Responsive

Certificados de seguridad SSL (HTTPS)

Configuración de perfiles, roles y vistas de portlets, pestañas y datos

En caso de inactividad la sesión expira automáticamente

Trazabilidad de las modificaciones que se han realizado en la base de datos

CARACTERÍSTICAS

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

Acorta notablemente el cierre de la base de datos

y la transferencia de la información

Optimización y

automatización del proceso de recogida de

datos, con un aumento de la calidad del dato

Estándares de calidad y seguridad Cooperación

BENEFICIOS

Aumenta la rigurosidad y fiabilidad del estudio

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

APLICACIONES EN PROYECTOS (I)

PROYECTOS NACIONALES

Proyecto Cáncer de mama: Unidad de oncología del Hospital Clínic. Registro del Cáncer de Mama Proyecto CEPA – Ciberes: Estudio de enfermedades respiratorias apoyadas por el Instituto Nacional de Salud Carlos III y los Ministerios españoles de Economía y Competitividad y Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad Proyecto Libro del residente (LRO): Registro online de la actividad de los médicos residentes (MIR) del Hospital Clínic de Barcelona

Proyecto WAHA: Estudio clínico de la Unidad de Alimentos Funcionales del Hospital Clínic de Barcelona

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

PROYECTOS INTERNACIONALES

Proyecto VALID: Registro del Servicio de hepatología del Hospital Beaujon de París (Francia) Proyecto CAPS Registry: Registro internacional del Síndrome Catastrófico Antifosfolípido (enfermedad rara de afectación cardiaca). Proyecto ASIA Registry: Estudio del Síndrome ASIA, enfermedad autoimune/inflamatoria, liderado por el Dr. Y. Shoenfeld del Sheba Medical Center en Tel-Hashomer (Israel)

Proyecto WAHA LOMALINDA: Estudio clínico de la Unidad de Alimentos Funcionales del Hospital Clínic de Barcelona, conjuntamente con la Universidad Lomalinda (California, USA). Sponsored by California Wallnut Commission

APLICACIONES EN PROYECTOS (II)

………………….………………….……………………………….………………….………………………………………….……………………….…………..……..

MUCHAS GRACIAS POR VUESTRA ATENCIÓN

presentación de powerpoint · child_pugh_ascites clichy_score_ascites rotterdam_score_ascites...

Documents