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ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
FILOGENIAS MOLECULARES
Evolución Molecular Guillermo Barturen http://bioinfo2.ugr.es/EvolMol/ [email protected]
FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
DEFINICIÓN & OBJETIVOS
La filogenética molecular es el estudio de las relaciones evolutivas entre organismos mediante el uso de datos moleculares, como: secuencias de ADN y proteínas, inserciones de elementos transponibles y otras moléculas marcadores.
Objetivos: • Reconstruir las relaciones filogénicas entre organismos • Estimar el tiempo de divergencia entre organismos • Determinar la secuencia de eventos durante la evolución de los
diferentes linajes
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
¿POR QUÉ FILOGENIAS MOLECULARES?
1. El ADN y las proteínas son entidades heredables “estrictas” 2. Los datos moleculares rara vez son ambiguos 3. Los elementos moleculares suelen modificarse con una tasa
constante 4. Las comparaciones moleculares son fácilmente cuantificables 5. La homología entre caracteres es más sencilla entre datos
moleculares 6. Algunos datos moleculares pueden establecer relaciones entre
organismos muy lejanos 7. Los datos moleculares son mucho más abundantes
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
TERMINOLOGÍA
Dendrograma o Árbol filogenético (Topología)
Nodos - Terminales (OTUs) - Internos (HTUs)
Longitud de rama
Clado
Raíz
Ramas - Terminales - Internas
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Unidad taxonómica operativa Unidad taxonómica hipotética
FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
ÁRBOLES SIMÉTRICOS
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
TIPOS DE ÁRBOLES
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
ÁRBOLES CON o SIN RAÍZ
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
ÁRBOLES CON o SIN RAÍZ
Para OTUs >= 3: 𝑵𝑼= 𝟐𝒏 − 𝟓 ! [𝟐𝒏−𝟑 𝒏 − 𝟑 !] 𝑵𝑹 = 𝟐𝒏 − 𝟑 ! [𝟐𝒏−𝟐 𝒏 − 𝟐 !]
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
¿CÓMO “ENRAIZAR” UN ÁRBOL?
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
RESOLUCIÓN DEL MÉTODO
FALTA DE RESOLUCIÓN
RESUELTO SÓLO BIFURCACIONES
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
ÁRBOLES REALES o INFERIDOS
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
ÁRBOLES DE GENES o ESPECIES
Divergencia Genética
Especiación
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
TAXONES & CLADOS TAXÓN: especie o grupo de especies (ejem. Género, familia, ordeno clase) al que se le ha dado un nombre.
GRUPOS o CLADOS
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
SELECCIÓN DE SECUENCIAS • Ortólogas: ancestro común • Presentes en todas las especies del grupo • Ritmo evolutivo adecuado (ni alto, ni bajo) • Se descartan los gaps
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FILOGÉNIAS MOLECULARES ÁRBOLES FILOGENÉTICOS
RECONSTRUCCIÓN ANÁLISIS DE CLUSTER
• Métodos jerárquicos divididos • Métodos jerárquicos aglomerativos
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