Identifikasi Virus Avian Influenza

H5N1 Clade 2.1.3 dan 2.3.2

Berbasis PCR

Virus Avian Influenza sudah menyebar

luas sejak pertama kali ditemukan wabah

tahun 2003, menimbulkan kerugian yang

sangat besar bagi industri perunggasan

Secara teoritis virus flu burung tidak bisa

menginfeksi manusia karena perbedaan

reseptor spesifik

Virus AI H5N1 di Indonesia : virus Avian

Influenza(AI) clade 2.1 (2.1.1, 2.1.2 dan

2.1.3) yang menyerang unggas kini

ditemukan jenis AI baru yang kini

menyerang itik yaitu virus AI clade 2.3.2

Virus ini bukan hasil mutasi dari virus AI

sebelumnya yang pernah mewabah tetapi

masuk dari luar Indonesia.

Genom internal virus Influenza A terdiri atas genom hemaglutinin (HA), neuraminidase (NA) polymerase basic 2(PB2); polymerase basic 1 (PBI) ; polymerase acidic (PA) ; nukleoprotein (NP) ;Matriks (M) dan nonstructural (NS)

Teknik PCR dapat digunakan untuk

mendeteksi gen-gen virus influenza

untuk deteksi dini (early date action) dan

tindakan dini (early action).

Tahap awal dilakukan identifikasi kasus

untuk mengetahui gejala-gejala yang ada

pada ayam yang diduga terinfeksi Avian

Influenza H5N1

Rapid Test AI

Uji Serologi

Uji Histopatologi

Isolasi virus

Reverse Transcriptase-PCR (RT-PCR)

Realtime Transcriptase-PCR (RRT-PCR)

Identifikasi terhadap Avian Influenza clade

2.1.3 dan clade 2.3.2 terlebih dahulu

dibuat primer spesifik

Desain primer spesifik dilakukan dengan

menggunakan aplikasi BioEdit

Pemilihan primer spesifik spesies dipilih

urutan nukleotida yang tidk terkonservasi

Panjang sekuen primer berkisar antara 15-

25 nukleotida

GC content (40-60%)

Kedua primer tidak mengalami self

annealing, primer dimer, miss priming dan

berkomplemen

Selisih Temperature Melting antara dua

primer 5 0C

Mencari sekuen Avian Influenza clade 2.1.3 dan clade 2.3.2 pada database skuen EBI dan NCBI

Analisis kesejajaran dengan menggunkan aplikasi ClustalW pada aplikasi desain primer BioEdit

Pemilihan daerah yang tidak konserve untuk menentukan primer forwad dan primer reverse.

Primer Avian Influenza H5N1 clade : 2.1.3

Forward :

5'GGGAGTGCCCCAAATATGTA'3

Reverse :

5'TATTGGTGACCCCATCTACT'3

Primer Avian Influenza H5N1 clade : 2.3.2

Forward :

5'GTAGAGAAGGCCAATCCAGC'3

Reverse :

5'ATGCAATCCACTTCGAGAGT'3

Perbedaan cara identifikasi virus Avian

Influenza H5N1 clade 2.1.3 dengan clade

2.3.2 dapat dilakukan dengan aplikasi PCR

yaitu RT-PCR dan RRT-PCR dengan

menggunakan primer spesifik pada masing-

masing clade