Présentation de GeneProt

Nicolas Jacq – CNRS DataGRID

Laboratoire de Biologie des Protistes (LBP)

Quelques Chiffres…

• 120 millions de $ d’investissements, levés par GeneProt en moins d’un an, dont – 10 millions de $ de Compaq– 40 millions de $ de Novartis

• 40 millions de $ du client Novartis pour l’analyse par GeneProt de 3 tissus humains en état malades et sains

• 35 millions de $ sur 4 ans de GeneProt pour l’installation, le matériel et la maintenance de son informatique par Compaq

Historique

• 03/00 : fondation de GeneProt• 09/00 : alliance avec Bruker Daltonics

– analyse par spectrométrie de masse

• 10/00 : choix de Compaq, alliance avec Novartis• 12/00 : 120 millions de $ d’investissements obtenus

au total • 02/01 : ouverture du centre (5000 m²)

– premier au monde dans la recherche et la production de protéomes à grande échelle

• 05/01 : centre opérationnel

Objectifs de GeneProt

• Obtenir des quantités massives de protéines à partir des fluides et tissus d’organismes (constitution de bases de données)

• Identifier les protéines• Déterminer les structures, fonctions et interactions

des protéines • Synthétiser des protéines

Applications dans l’industrie pharmaceutique et agro-alimentaire

Méthodologie de GeneProt

• Extraction à un temps donné – plus de 100 000 protéines / tissu ou fluide

• Séparation des protéines (chromatographie…)

• Identification et caractérisation – par spectrométrie de masse : 51 spectromètres– par comparaison avec des bases de données :

algorithmes adaptés– …

Besoins informatiques de GeneProt

• Grande capacité de stockage

• Solutions rapidement disponibles

• Intégration de systèmes hétérogènes

• Analyse des données presque en temps réel

Solution proposée par Compaq

Pour capturer, stocker et analyser les énormes volumes de données générés par GeneProt :

• 1420 processeurs Alpha en parallèle – 1 milliard de comparaisons de séquences par heure

• Système d’exploitation : Tru64 Unix• Système de stockage : StorageWorks• Base de données : Oracle

Analyse complète d’un protéome en 6 mois