prokariotoen zitoplasma 1
TRANSCRIPT
![Page 1: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/1.jpg)
Zitoplasma eta bere osaera
Material genetikoa. Kromosoma. Plasmidoak.
Juan Arbulu
http://www.arizmendipro.eu
@jarbulu
![Page 2: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/2.jpg)
Ziktoplasma eta bere osaera
• Prokarioten zitoplasma sistema koloidal bat da:
– Fase dispertsailea: ura eta hainbat sustantziak disoluzioan (zitosola)
– Fase dispertsoa: makromolekulak eta partikula supramolekularrak
• Bere baitan du:
– Material genetikoa: kromosoma (eta plasmidoak)
– Erribosomak
– Inklusioak eta organuloak (ez guztietan)
![Page 3: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/3.jpg)
![Page 4: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/4.jpg)
Bazilo baten zitoplasmaren itxura
Mesosoma
Nukleoidea
Erreserba granuloa Zitoplasmaren
zati handienak
itxura granularra
du erribosomen
eraginagatik
![Page 5: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/5.jpg)
Nukleoidea
• Prokarioten DNA ez dago mintzez inguraturik
• Zitoplasmaren alderdi baten biltzen da, nukleoide izena hartzen duelarik
• Genomaren osaera da:
– Gehienetan kromosoma bakar bat
– Batzutan, plasmidoak ere agertzen dira
![Page 6: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/6.jpg)
Prokariotetako kromosoma: osaera kimikoa eta egitura
• Kromosoma isolatuen osaera
– %60 DNA
– %30 RNA
– %10 Proteinak
• Gehienetan kromosoma bakarra eta zirkularra, kobalenteki itxita
• Haploidia, baina bakterioa bizkor hazten bada kromosomaren kopiak egon daitezke aldi berean
![Page 7: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/7.jpg)
Prokarioten oiko kromosomen salbuespenak
• Borrelia: kromosoma lineala, muturrak itxita dituelarik
• Streptomyces: kromosoma lineala muturretan errepikatutako sekuentziak dituelarik
• Bi kromosoma edo dituzten bakterioak – Rhodobacter, Vibrio, Leptospira, Brucella: bi kromosoma
linealak
– Sinorhizobium meliloti: hiru kromosoma zirkularrak
– Burkholderia cepacia: 2-4 kromosoma
– Agrobacterium tumefaciens: 1 lineala eta 1 zirkularra
![Page 8: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/8.jpg)
Kromosomaren tamaina
• Oiko bakterioak: 3000-5000 kpb
– Adb.: Escherichia coli (4700 kpb)
• Bakteria txikiak: 700-1000 kpb
– Adb.: Mycoplasma genitalium (700 kpb)
• Ziklo konplexuak dituzten bakteriak: 12000 kpb
– Adb.: Aktinomizetoak, zianobakterioak
![Page 9: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/9.jpg)
Kromatina eta kromosomaren antolaketa
• Watson-Cricken erako DNA helize bikoitza
• Negatiboki biribilkatuta, bi entzimen eraginagatik:
– DNA girasa (topoisomerasa-II) superhelize negatiboak sartzen ditu
– DNA topoisomerasa-I (superhelize negatiboa erlxatu egiten du)
![Page 10: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/10.jpg)
DNAren superhelize negatiboa
![Page 11: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/11.jpg)
• DNAren girasak superhelize negatiboa eragiten du.
• Ekintza bakoitzean kate bietan eten bat egiten du eta bertatik helize bikoitza pasatzen du, ondoren zegoen etena berriro itxiz
![Page 12: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/12.jpg)
Escherichia coli-n agertzen diren gune superbiribilkatuak
• Escherichia coli-n 50 gune edo bukle superbiribilkatuak daude.
• Bukle bakoitza DNAri lotutako proteina berezi batzuk mantentzen dituzte.
• Bukle bakoitza egiturazko proteina batzuei lotuta daude, DNAri elkartzen direnean “kromatina” eratzen dutelarik.
![Page 13: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/13.jpg)
Escherichia coli-ren bukleak
![Page 14: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/14.jpg)
Eubakterioen kromatinaren egiturazko proteinak
• HU: histonen antzerako proteina basikoak – Biraketa txikia duten DNA zatiei lotzen zaie
espezifikotasunik gabe, biraketa handiagoa duten bukleak eratuz
– DNAren konponketan, birkonbinazioan eta espresio genikoan parte hartzen du
• IHF – 13 pb-ko sekuentziari lotzen zaio era espezifikoan
– DNA zati desberdinetan biraketa handiak eragiten ditu
– Gene batzuren espresioan eta birkonbinazio espezifikoan parte hartzen du
![Page 15: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/15.jpg)
Plasmidoa: definizioa eta kontzeptu orokorrak
• Plasmidoak: kromosoma kanpo dauden elementu genetikoak euren burua erriplikatzeko gai direnak
• Gehienak DNAzkoak dira c.c.c.
• Episomak: bakterioaren kromosoman txertatu daitezken plasmikdoak
• Tamaina: 2 kb-tik >1000 kb-rano
![Page 16: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/16.jpg)
Plasmidoak kodifikatutako fenotipo batzuk
• Antibiotikoekiko erresistentzia (R plasmidoak) • Metal hastunekiko erresistentzia (Adb., Hg-ri) • Birulentzia (toxinak, ehunen inbasioa, etab.) • Bakteriozinen ekoizpena • Sideroforoen ekoizpena • C iturri ordezkoen erabilera • Agrobacterium-en plasmidoak: tumoreen indukzioa
landareetan (Ti A. tumefaciens-rena) • Rhizobium-en plasmidoak: lekadunekin sinbiosia eta
nitrogenoaren finkapena
![Page 17: Prokariotoen zitoplasma 1](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022050808/55a471e91a28abb1568b4696/html5/thumbnails/17.jpg)
Plasmidoen erreplikazioa
• Erreplikatzeko gaitasuna izan arren ostalariaren herremintak behar izaten ditu bera egiteko, oriV
• Erreplikazio ereduak
– Theta-erako erreplikazioa
• Norantza bakarrekoa
• Bi norantzetakoa
– Sigma-erako erreplikazioa (zirkulu birakorra)