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Proseminar
Recherche in molekularbiologischen
Datenbanken
für Biochemiker
Lehrstuhl für Bioinformatik, Biologisch-Pharmazeutische FakultätFriedrich-Schiller-Universität Jena
http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/
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1. Vortrag, gehalten von Studenten
+
2. praktische Übungen zu den jeweiligen Datenbanken anhand von Übungsaufgaben
Gliederung des Proseminars
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Vortrag
• Folien + 1-2 seitige Zusammenfassung
• Artikel dienen als Grundlage des Vortrages
• Beschäftigung mit der Datenbank für die Vorbereitung des Vortrages jedoch notwendig
http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/lehre/Sommersemester/proseminarbc.html
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Ausgewählte Datenbanken
GenBank, Entrez (und BLAST)
Ensembl
PROSITE
ExPASy
PDB
BRENDA
KEGG
BioCyc
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Betreuer
http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/
Prof. Dr. Stefan SchusterEmail: Telefon: +49 3641 949580Raum: 3403
Jörn BehreEmail: Telefon: +49 3641 949584 Raum: 3424
Luis FigueiredoEmail: Telefon: +49 3641 949583 Raum: 3429
Anja SchröterEmail: Telefon: +49 3641 949583 Raum: 3429
Dr. Ina Weiß Email: [email protected]: +49 3641 949020Raum: 3402
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Ausgewählte Datenbanken
GenBank, Entrez (und BLAST)
Ensembl
PROSITE
ExPASy
PDB
BRENDA
KEGG
BioCyc
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GenBank, Entrez (und BLAST)
GenBank ist eine umfangreiche Datenbank für Nukleotidsequenzen
Die Daten von GenBank sind über das System Entrez erhältlich, welches insgesamt 35 biol. Datenbanken umfaßt
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) ermöglicht das Auffinden von ähnlichen Sequenzen in GenBank und anderen Datenbanken
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Ensembl
Umfassendes Genom-Informationssystem
Fokus liegt auf Genom-Annotation und Vergleich des Genoms von Chordatieren, mit Schwerpunkt auf Wirbeltieren
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PROSITE
Datenbank von Protein-Domänen, -Familien und funktionellen Bereichen von Proteinen
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ExPASy
Expert Protein Analysis System
Zugang zu vielfältigen Datenbanken (u.a. PROSITE, SWISS-PROT, ENZYME) und Analysetools für Proteine und Proteomik
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PDB
Protein Data Bank
Zentrales weltweites Verzeichnis dreidimensionaler Strukturdaten von biologischen Makromolekülen
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BRENDA
BRaunschweig ENzyme DAtabase
Größtes öffentlich verfügbares Enzym-Informationssystem weltweit
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KEGG
Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
Database of biological systems that integrates genomic, chemical and systemic functional information
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BioCyc
BioCyc is a collection of more than 350 organism-specific Pathway / Genome Databases (PGDBs)
Each BioCyc PGDB contains the predicted metabolic network of one organism, including metabolic pathways, enzymes, metabolites and reactions
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Wichtige Hinweise zu den Vorträgen
• Die Vortragenden vereinbaren bitte 3 Tage vorher eine Konsultation mit dem Verantwortlichen des jeweiligen Proseminars.
• Die Zusammenfassung und den Vortrag bitte bis spätestens 12 Uhr am Tag vor dem Vortragstermin als Datei an Ina Weiß ([email protected]) schicken. Die Zusammenfassung wird dann durch den Lehrstuhl an alle Teilnehmer des Proseminars ausgegeben.
http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/lehre/Sommersemester/proseminarbc.html
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Ablaufplan
Datum Thema BetreuerSprache von
Folien + HandoutVortragender
16.04. Vorbesprechung Anja Schröter
07.05. GenBank, Entrez(, BLAST) Anja Schröter deutsch
Ensembl Jörn Behre deutsch
14.05. PROSITE Anja Schröter deutsch
ExPASy Anja Schröter deutsch
28.05. PDB Jörn Behre deutsch
BRENDA Stefan Schuster deutsch
11.06. KEGG Luis Figueiredo englisch
25.06. BioCyc Luis Figueiredo englisch
09.07. Abschlussübung Anja Schröter
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Webseite
• geschützter Zugang zu Dateien
http://pinguin.biologie.uni-jena.de/bioinformatik/lehre/Sommersemester/proseminarbc.html
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Wie ändere ich das Passwort meines FRZ-Accounts?
• Starten Sie das Programm PuTTY.
• Melden Sie sich auf der Maschine login.minet.uni-jena.de an und geben Sie das Kommando yppasswd ein.