proteiner - agy henrik wilmar
TRANSCRIPT
![Page 1: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/1.jpg)
Proteiner
Biomolekyler kap 7
![Page 2: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/2.jpg)
• Generna (arvsanlagen) (och miljön) bestämmer hur en organism skall se ut och fungera.
• Hur?
• En gen är en ritning för hur ett protein skall se ut.
• Proteiner får saker att hända i organismen.
• Hur en organism ser ut och fungerar avgörs av vilka proteiner som byggs i kroppen…..
• …som avgörs av vilka gener som finns i DNA-molekylen.( En människa har ca 25 000 olika gener)
![Page 3: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/3.jpg)
Var finns generna?
![Page 4: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/4.jpg)
Hur styr genen hur proteinet skall se ut?
![Page 5: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/5.jpg)
Aminosyror bygger upp proteiner
Tabell 2 aminosyror sid351
Protein (primärstruktur)
![Page 6: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/6.jpg)
![Page 7: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/7.jpg)
Den genetiska koden
![Page 8: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/8.jpg)
Aminosyra-molekylen
![Page 9: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/9.jpg)
Aminosyran ser olika ut, har olika laddning, vid olika pH-värden (molekylen är en amfolyt)
![Page 10: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/10.jpg)
Aminosyror
Sidogruppen/sidokedjan ger aminosyran dess egenskaper
Tex. • en laddad resp. oladdade
sidokedja ger olika bra löslighet i polära respektive opoläralösningsmedel
• en sur- eller basisk sidokedja ger olika egenskaper vid olika pH
![Page 11: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/11.jpg)
Aminosyrors laddning
När man tittar på en aminosyras laddningar via syra/basgrupper brukar man använda sig av pH 7,4 som referens. Vanligt pH i levande organismer (fysiologiskt pH). Vid fysiologiskt pH är aminogruppen positivt laddad, och karboxylgruppen negativt laddad
Detta sker eftersom:• pKa för karboxylgruppen är lägre än 7,4 (pKa ~ 2) , vilket innebär att den har
lämnat ifrån sig sin proton.• pKaH för aminogruppen är högre än än 7,4 (pKaH ~ 9), vilket innebär att den har
tagit upp en proton.
( Värdet på pKa för en basisk grupp så är det pKaH för den korresponderande syran som anges. pKaH = 9 för en aminogrupp syftar därmed på pKa för R-NH3
+ )
![Page 12: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/12.jpg)
Rep: En svag syras protolys (en jämviktsreaktion)
![Page 13: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/13.jpg)
Aminosyror är sk zvitterjoner (amfojoner)
När en molekyl innehåller både positiva och negativa laddningar, men totalt sett är oladdad kallas den för en zvitterjoner.
Beroende på vilken aminosyra det handlar om (R-gruppen), och vilket pH det är i en lösning, kan aminosyror vara zvitterjoner.
Den generella formen av aminosyror:
Vid fysiologiskt pH (7,4) är aminogruppen positivt laddad och karboxyldelennegativt laddad i aminosyran. Aminosyran som helhet är oladdad (neutral).
![Page 14: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/14.jpg)
Aminosyran ser olika ut beroende på pH i lösningen
![Page 15: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/15.jpg)
Isoelektrisk punkt (Ip) för aminosyror
Beroende på vilken sidokedja en aminosyra har kommer den att påverka pKa-värdena för aminogruppen och karboxylgruppen en liten aning.
Detta gör att det finns en variation i vilket pH-värde som aminosyran är neutral (zwitterjon)
Vissa aminosyror har egna sura eller basiska grupper i sina sidokedjor, och då kommer detta pH-värde att skilja sig mycket.
• Det pH-värde där en molekyl är totalt sett oladdad och inte vandrar i ett elektriskt fält kallas för aminosyrans isoelektrisk punkt (Ip).
Olika aminosyror har alltså olika Ip-värden (pga att de har olika sidokedjor)
![Page 16: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/16.jpg)
Olika aminosyror har olika Ip-värden (pI)
![Page 17: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/17.jpg)
Elektrofores – en metod att separera laddade
partiklar från varandra (tex aminosyror/proteiner)
Olika aminosyror (proteiner) kan separeras från varandra
med elektrofores (pga olika Ip) .
Molekyler separeras utifrån laddning med elektrisitet.
Animering elektrofores:https://www.youtube.com/watch?v=GyO1FQFM_OE
![Page 18: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/18.jpg)
![Page 19: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/19.jpg)
Proteiner
![Page 20: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/20.jpg)
Proteinets struktur
• Primärstruktur
• Sekundärstruktur
• Tertiärstruktur
• Kvartärstruktur
![Page 21: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/21.jpg)
Proteinets olika strukturnivåer
Proteinstrukturer
α-helix β-struktur
![Page 22: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/22.jpg)
1. Primärstrukturen (aminosyrasekvensen)
![Page 23: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/23.jpg)
aminosyra → peptid → polypeptid
![Page 24: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/24.jpg)
Peptidbindning– kovalent bindning mellan två aminosyror
![Page 25: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/25.jpg)
2. Sekundärstrukturen- två olika typer
α-helix β-struktur
![Page 26: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/26.jpg)
Tertiär strukturen (kvartär strukturen)
![Page 27: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/27.jpg)
![Page 28: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/28.jpg)
3. Tertiärstrukturen hålls ihop av olika typer av bindningar
Bindningar/attraktioner mellan aminosyrornas R-grupper
Bindning bildas → energi frigörs
Ju mer energi som frigörs → ju stabilare molekyl
Den färdiga 3D-strukturen den mest stabila
Vilka aminosyror kan bilda disulfidbryggor? (hår)Vilka aminosyror bidrar till hydrofoba interaktioner(hydrofob effekt)?
![Page 29: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/29.jpg)
• Olika typer av proteiner
- fiberproteiner
- globulära proteiner
![Page 30: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/30.jpg)
Fiberprotein
• Utsträckt tertiärstruktur
• Olösliga i vatten
Tex:
Kollagen (i bindväv, brosk, ben, ligament)
Elastin (brosk, blodkärlsväggar)
Keratin (hår, naglar, många S-S bryggor)
Myosin (i muskler)
Fibrin (behövs för koagulation av blod)
![Page 31: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/31.jpg)
Globulära proteiner
Aminosyrorna på utsidan av proteinet har
hydrofila R-grupper
→ Vattenlösliga
T ex.
• Albumin
• Globulin
• Hemoglobin
• Insulin
• Många olika enzymerkvartärstruktur
![Page 32: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/32.jpg)
Proteinstrukturer
α-helix β-struktur
![Page 33: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/33.jpg)
Inläsning , instudering!
Uppgift 1-10 ”proteiner och enzymer”
![Page 34: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/34.jpg)
Denaturering av protein – strukturen förändras -egenskapen förändras
• Bryter bindningar i tertiär-och kvartärstruktur
• 3D-strukturen förändras/förstörs
• Proteinet får andra egenskaper tex vattenlösligheten förändras , enzymer fungerar inte
Vilken typ av bindning påverkas av:
• Värme
• pH
• Salter (joner)
• Tungmetaller
![Page 35: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/35.jpg)
3. Tertiärstrukturen hålls ihop av olika typer av bindningar
Aminosrasekvens
![Page 36: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/36.jpg)
Hur pH-värdet påverkar ett protein
![Page 37: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/37.jpg)
![Page 38: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/38.jpg)
• Forts. instudering: stencil uppgift 10-13 (1-10)
• Lab (efter lovet)
- denaturering av protein
- gelfiltrering
![Page 39: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/39.jpg)
Enzymer
![Page 40: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/40.jpg)
Animering enzymfunktion:
• https://www.youtube.com/watch?v=qgVFkRn8f10 (5 min) (inkl kofaktorer, koenzyme)
• https://www.youtube.com/watch?v=PILzvT3spCQ (inhibering, kompetetiv, icke kompetetiv) 1.5 min
![Page 41: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/41.jpg)
Enzymer• Proteiner (globulära, ”nystan”)
• Biologiska katalysatorer - påskyndar reaktionen utan att förbrukas
• Katalysatorn sänker aktiveringsenergin
Enzymet karbanhydras
CO2 + H2O ↔ HCO3- + H+
![Page 42: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/42.jpg)
Enzym-katalyserad reaktion
![Page 43: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/43.jpg)
Så funkar enzymet
Substrat – ämnet (molekylen) som enzymet reagerar med
Aktivt centrum
(yta/säte ,”active site”) – där substratet (molekylen) binder in
Enzymsubstratkomplex
Produkt – det som bildas
![Page 44: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/44.jpg)
Exempel på enzymer och deras verkan
Substrat – ämnet (molekylen) som enzymet reagerar medProdukt – det som bildas
![Page 45: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/45.jpg)
Trypsin binder långa basiska
aminosyror
Chymotrypsin binder flata, opolära aminosyror.
Elastas binder små aminosyror.
Exempel på aktiva ytan i tre olika enzym
![Page 46: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/46.jpg)
Aktiva ytan och substratet
Sidogrupper på aminosyror i enzymet och substratet kommer i rätt position:
– Geometriskt (passar steriskt, ”3D-pussel”)– Kemiskt (hydrofob, vätebindning, jonbindning)
Ofta är både enzym och substrat kirala
– vänster eller höger isomer (spegelbildsisomeri)
![Page 47: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/47.jpg)
Enzymaktiviteten (reaktionshastigheten) påverkas av:
• tillgång på substrat
• miljöfaktorer som temp, pH, gifter(tungmetaller)
• ev. inhibitorer
![Page 48: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/48.jpg)
Enzymaktiviteten påverkas av miljöfaktorer(reaktionshastigheten)
![Page 49: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/49.jpg)
Enzymet påverkas av miljöfaktorer
Tungmetaller är giftiga för organismer!
Tungmetaller binder till aminosyror i enzymets proteinkedja
(inte till aktiva ytan)
→ enzymets tredimensionella struktur ändras
→ substratet passar inte till den aktiva ytan (enzymet fungerar inte)
Ex. Cu2+, Ag+, Hg2+, Cd2+
![Page 50: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/50.jpg)
Enzymaktivitet är pH-beroende
Sidokedjorna hos aminosyrorna ändras vid olika pH.
3D-strukturen hos proteinet(enzymet) ändras
Optimal funktion vid visst pH
Var i organismen finnsenzymerna?
Pepsin (magsäcken) (protein till peptider)
Amylas (saliv, tunntarm)(stärkelse till glukos)
Arginase (levern) (ammoniak till urea)
![Page 51: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/51.jpg)
Enzymer är temperaturberoende
Varför går reaktionen snabbare mellan 0-40 ºC?
Vad händer efter 40 ºC?
![Page 52: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/52.jpg)
Enzymaktivitet beror av substratkoncentrationen
Enzymmättnad
Alla platser på enzymet är upptagna
Mer substrat får vänta på sin tur
![Page 53: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/53.jpg)
Enzymer kan blockeras av en inhibitorEnzymaktiviteten stoppas/bromsas -inhiberas
Inhibitorn kan vara ”kompetetiv” eller ”icke kompetetiv”
Inhibitorn kan vara olika läkemedelsmolekyler Tex acetylsalicylsyra (smärtlindring),
![Page 54: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/54.jpg)
Animering enzymfunktion:
• https://www.youtube.com/watch?v=qgVFkRn8f10 (5 min) (inkl kofaktorer, koenzyme)
• https://www.youtube.com/watch?v=PILzvT3spCQ (inhibering, kompetetiv, icke kompetetiv) 1.5 min
![Page 55: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/55.jpg)
Forts. instuderingsuppgifter (reviderad version)
Labbar:
-
![Page 56: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/56.jpg)
Karboanhydras (eller karbanhydras) som i levande organismer katalyserar jämviktreaktionen mellan kolsyra och koldioxid.
En Zn2+-jon är koordinerad till karboanhydrasets aktiva yta och är nödvändig för reaktionens aktivitet.
Denna jon kan bytas ut mot en Co2+-jon, vilket leder till att aktiviteten minskas med omkring 80%.
Tex enzymet (karboanhydras) gör reaktionen 107 ggr snabbare jmf utan enzym!
![Page 57: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/57.jpg)
Karboanhydras är ett av de viktigaste enzymerna som dominerar i kroppen och bland annat reglerar syra-basbalansen (pH), elektrolyt och vattenbalansen och jontransport i levande organismer genom att hydrolyserakoldioxid (CO2) till bikarbonat (HCO3 - ) och protoner (H+ ) med följande reaktion: CO2 + H2O ↔ HCO3
- + H+
![Page 58: Proteiner - AGY Henrik Wilmar](https://reader031.vdocuments.pub/reader031/viewer/2022012504/617e9254a72cb00ef74ac4d4/html5/thumbnails/58.jpg)
Aminosyrors laddning
När man tittar på en aminosyras laddningar via syra/basgrupper brukar man använda sig av pH 7,4 som referens. Vanligt pH i levande organismer (fysiologiskt pH). Vid fysiologiskt pH är aminogruppen positivt laddad, och karboxylgruppen negativt laddad
Detta sker eftersom:• pKa för karboxylgruppen är lägre än 7,4 (pKa ~ 2) , vilket innebär att den
har lämnat ifrån sig sin proton.• pKa för aminogruppen är högre än än 7,4 (pKaH ~ 9), vilket innebär att den
har tagit upp en proton.