pub med apprentissage 2011
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Présentation des fonctions de base de PubMedTRANSCRIPT
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www.upmc.fr
Université Pierre-
et-Marie-Curie
Formation_Bu_Medecine
(at)scd.upmc.fr
Apprentissage en français
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Trouver des revues en ligne : liste AZ
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Accès distant pour accéder de l’extérieur
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Bases de données
bibliographiques
• Si on cherche des articles sans savoir dans quelle revue on va les trouver :
• ATTENTION : Les catalogues des bibliothèques ne répertorient que des titres de revues, pas des titres d’articles
• Il faut passer par des bases de données bibliographiques : PubMed, Web of Science…
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PubMed / MedLine :
présentation
- MEDLINE (Medical Literature Analysis and
Retrieval System Online)
- Base de données bibliographiques
(= références d’articles ≠ texte des articles) en
sciences biologiques et biomédicales
- Base gérée et mise à jour par la bibliothèque
nationale de médecine des États-Unis (NLM)
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PubMed / MedLine : contenu
- MedLine = le contenu (base de données)
≠ PubMed = le contenant (accès à MedLine +
autres bases)
- 21 millions de références d’articles, tirés de
5 000 revues, depuis les années 1950
- Une centaine de titres français
- Liste des revues : http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/citmatch_help.html#JournalLists
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PubMed via JUBIL
PubMed est accessible gratuitement sur
Internet mais si on passe par JUBIL pour
s’y connecter :
On garde l’interface classique
+ lien vers texte intégral si nos
bibliothèques sont abonnées
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PubMed via JUBIL
Accès distant possible, quand on se connecte
depuis chez soi ou dans son service ! 10
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Interroger PubMed
• Pour avoir des résultats pertinents, rechercher en anglais
• Les articles sont indexés avec un système de mots-clefs hiérarchisés : le MeSH
• MeSH pour Medical Subject Headings
• Intérêt du MeSH : gère les synonymes (Trisomy 21 = Down Syndrome = Mongolism)
+ permet de chercher sur le sujet seulement des articles : exemple de la revue Cell ou du docteur Cell
+ permet de réaliser des recherches fines, en allant du général au particulier
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Qu’est-ce que le MeSH ?
- Plus de 25 000 termes, hiérarchisés entre eux,
répartis en 16 grandes catégories
- Mise à jour annuelle
- Traduction française
par l’INSERM
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Le MeSH est accessible via PubMed
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Des tutoriels sur le MeSH
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Exemple d’un terme dans
l’arborescence du MeSH (on part du
général pour arriver au plus précis)
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Un même terme peut appartenir à
plusieurs arborescences
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Une recherche dans l’idéal :
Étape 1 : trouver le mot-clef de départ en français
• On détermine un mot-clef intéressant en
français
• On cherche l’équivalent de ce mot-clef dans le
MeSH français
• Le site du CISMeF propose la traduction
française du vocabulaire MeSH
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Équivalent du mot-clef dans le MeSH
français : http://pts.chu-rouen.fr
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Exemple : moelle épinière
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Place du terme dans l’arborescence
MeSH
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Étape 2 : choix des qualificatifs
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![Page 23: Pub Med Apprentissage 2011](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022052600/5585a340d8b42a6c1a8b4851/html5/thumbnails/23.jpg)
AB AD AE AG AA AN AH AI BI BS BL CF CS CI CH CL CO CN CT CY DF DI DU DH DE DT EC ED
Abnormalities Administration and Dosage Adverse Effects Agonists Analogs and Derivatives Analysis Anatomy and Histology Antagonists and Inhibitors Biosynthesis Blood Supply Blood Cerebrospinal Fluid Chemical Synthesis Chemically Induced Chemistry Classification Complications Congenital Contraindications Cytology Deficiency Diagnosis Diagnostic Use Diet Therapy Drug Effects Drug Therapy Economics Education
EM EN EP ES EH ET GE GD HI IM IN IR IS IP LJ MA ME MT MI MO NU OG PS PY PA PK PD PH
Embryology Enzymology Epidemiology Ethics Ethnology Etiology Genetics Growth and Development History Immunology Injuries Innervation Instrumentation Isolation and Purification Legislation and Jurisprudence Manpower Metabolism Methods Microbiology Mortality Nursing Organization and Administration Parasitology Pathogenicity Pathology Pharmacokinetics Pharmacology Physiology
PP PO PC PX RE RA RI RT RH SC SE ST SN SD SU TU TH TO TM TR TD US UL UR UT VE VI
Physiopathology Poisoning Prevention and Control Psychology Radiation Effects Radiography Radionuclide Imaging Radiotherapy Rehabilitation Secondary Secretion Standards Statistics and Numerical Data Supply and Distribution Surgery Therapeutic Use Therapy Toxicity Transmission Transplantation Trends Ultrasonography Ultrastructure Urine Utilization Veterinary Virology
Le MeSH comprend 83 qualificatifs
Chaque mot-clef du MeSH ne peut être associé
qu’avec certains qualificatifs
Les qualificatifs du MeSH
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Pourquoi utiliser le MeSH ?
• Recherche dans PubMed
– Avec « moelle épinière » : 85 articles seulement
– Avec « moelle spinale » : 1 article seulement
– Avec « spinal cord » (directement) :
plus de 145 000 articles
– Avec « spinal cord [MeSH] » : 73 000 articles
– Avec un qualificatif « "Spinal Cord/surgery"[Mesh] » :
2 600 articles
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Combiner les termes recherchés
• Opérateurs booléens (en majuscules)
AND / OR / NOT
• (AND) par défaut (en majuscule !)
• Troncature (transpl*) + guillemets
(« kidney allograft »)
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Liste de résultats dans PubMed
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![Page 27: Pub Med Apprentissage 2011](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022052600/5585a340d8b42a6c1a8b4851/html5/thumbnails/27.jpg)
Les limites…
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![Page 28: Pub Med Apprentissage 2011](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022052600/5585a340d8b42a6c1a8b4851/html5/thumbnails/28.jpg)
Limiter le nombre de résultats (par langue, type de
document, population…)
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Consulter les articles trouvés
• Sur papier dans les bibliothèques (JUBIL)
• En ligne, sur les postes des bibliothèques
• Et maintenant de chez vous, via l’accès
distant
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Lien direct vers le PDF ?
• Quand on est sur un ordinateur de l’université
• OU connecté en accès distant via JUBIL
• ET SI l’université est abonnée aux revues en
ligne où est paru l’article recherché
• Alors icône pour accès direct au PDF
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![Page 31: Pub Med Apprentissage 2011](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022052600/5585a340d8b42a6c1a8b4851/html5/thumbnails/31.jpg)
Exemple d’article accessible
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![Page 32: Pub Med Apprentissage 2011](https://reader034.vdocuments.pub/reader034/viewer/2022052600/5585a340d8b42a6c1a8b4851/html5/thumbnails/32.jpg)
FIN Merci de votre attention