PubMed-外文文摘型医学文献数据库PubMed 外文文摘型医学文献数据库

天津医科大学图书馆

2019.9

一、引言

PubMed主页

一、引言

本章内容提要本章内容提要本章内容提要本章内容提要

PubMed概述 PubMed概述 登录方式 检索方法与技巧 检索方法与技巧 检索结果处理 个性化服务（My NCBI） 个性化服务（ y NC ）

二、PubMed概述

1.简介

PubMed是生物医学领域最重要、最权威、完全免费的文摘数据库 是检索全世界生物医学期刊论文费的文摘数据库，是检索全世界生物医学期刊论文的重要工具。

由美国国立医学图书馆(National Library ofMedicine NLM)下属美国国家生物技术信息中心Medicine, NLM)下属美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)研制开发 用于检索MEDLINE In ProcessNCBI)研制开发，用于检索MEDLINE、In Process Citations等数据库的网上检索系统，是NCBI Entrez系统的数据库之一Entrez系统的数据库之一。

二、PubMed概述

1.简介

权威：美国国立医学图书馆，是世界生物医学信息的中心 负责收集 整理 发布世界范围内的生物的中心，负责收集、整理、发布世界范围内的生物医学文献。

PubMed整合在NCBI的统一检索平台上，与该平台上的其他40多个数据库建立了无缝链接 全面提供了的其他40多个数据库建立了无缝链接，全面提供了

生物医学研究必需的文献信息与分子生物信息，包括文献库(Literature) 健康库(Health) 基因库括文献库(Literature)、健康库(Health)、基因库(Genes)、基因组库(Genomes)、蛋白质库(Proteins)以及化学物质库(Chemicals)等六个大类及化学物质库(Chemicals)等六个大类。

二、PubMed概述

2.特点2.特点

免费访问 免费访问 收录范围广 更新速度快 更新速度快 检索系统完备

二、PubMed概述

2.特点——免费访问特点 免费访问

自1997年6月起面向网上用户免费开放；自 年 月起面向网 用户免费开放；

免费提供题录、文摘和部分全文； 免费提供题录、文摘和部分全文；

PubMed数据库收录的文献90%原始语种是英语，数据库收录的文献 始语种是英语79%有英文摘要，5%文献有免费全文，大部分文

献有全文链接。献有全文链接

二、PubMed概述

2.特点——收录范围广特点 收录范围广

PubMed收录全世界包括美国在内80多个国家的收录全世界包括美国在内 多个国家的5,200余种生物医学期刊的文摘及题录数据，内容

涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、药理涉及临床医学、护理学、牙科学、兽医学、药理学、环境和公共卫生，保健系统等医学各个领域，自1946年以来的文献记录，文献量超过2600万条。自 年以来的文献 录 文献 超 万条

二、PubMed概述

2 特点 收录范围广2.特点——收录范围广

P b d的文献记录主要来源于以下几类 Pubmed的文献记录主要来源于以下几类：

（1）M dli（1）Medline

（2）I it ti (P MEDLINE)（2）In‐process citations(PreMEDLINE)

（3）P bli h li d it ti（3）Publisher‐supplied citation

（4）OLDMEDLINE（4）OLDMEDLINE

二、PubMed概述

（1）MEDLINE

是当前国际上最权威的生物医学文献数据库。

是PubMed的主体内容，占总文献量的90%；

每条记录均进行了MeSH标引，并带有[PubMed‐i d d f MEDLINE]标识indexed for MEDLINE]标识 ；

数据每周更新 数据每周更新；

二、PubMed概述

（2）In‐process citations

又称PreMEDLINE；将尚未完成主题词标引等加工处理的最新文献存入 将尚未完成主题词标引等加工处理的最新文献存入临时库中，并标注为[PubMed‐in process]；数据每天更新 数据每天更新；

每周会把数据经过主题词、文献类型、基因库存取号（G B k）等加工标引后转入MEDLINE数据库号（GeneBank）等加工标引后转入MEDLINE数据库，同时从In Process Citations中删除。

二、PubMed概述

（3）Publisher supplied citation

该数据来自于数据出版商。为加快报道速度，P bM d同步发布出版商提供的电子文献信息 并PubMed同步发布出版商提供的电子文献信息，并标注为[PubMed-as supplied by publisher]；

大部分属于MEDLINE收录范围的记录随后会转为[P bM d i ][PubMed‐in process]；

少部分不属于MEDLINE收录范围的记录（例如综 少部分不属于MEDLINE收录范围的记录（例如综合性期刊中的非生物医学文献），PubMed会继续保留 其记录状态不变或仅标注为[P bM d]保留，其记录状态不变或仅标注为[PubMed]。

二、PubMed概述

（4）OLDMEDLINE

包含了部分1966年以前出版且尚未被MEDLINE收录的文献记录 该部分数据没有文摘 没有进行M SH的文献记录。该部分数据没有文摘，没有进行MeSH标引，每条数据标注为[PubMed-OLDMEDLINE]。

二、PubMed概述

（5）其他：出版商通过电子期刊平台优先发布的电子期刊文献，PubMed标注为[Epub ahead of print]。

PubMed每条记录均有惟一的识别号PMID(PubMed Unique Identifier) 。

[P bM d i d d f MEDLINE][PubMed-indexed for MEDLINE]

[PubMed in process][PubMed-in process]

[PubMed-as supplied by publisher]

[P bM d OLDMEDLINE][PubMed-OLDMEDLINE]

二、PubMed概述

2 特点 更新速度快2.特点——更新速度快

PubMed每日更新（周二到周六） 每天增 PubMed每日更新（周二到周六），每天增加2000－4000条完整记录。

二、PubMed概述

2 特点 检索系统完备2.特点——检索系统完备

提供智能化检索 即检索词自动转换匹配 提供智能化检索，即检索词自动转换匹配功能。

使用方便快捷，还提供丰富的外部链接及多种个性化服务功能多种个性化服务功能。

二、PubMed概述

3 功能特色3.功能特色

自动词语匹配 自动词语匹配(Automatic Term Mapping) 字段限定功能(Limits)

短语检索功能 短语检索功能(Phrase Searching) 截词功能(Truncating Search)

逻辑组配功能 逻辑组配功能(Boolean Operators Search) 过滤器（Filters）

三、登录方式

网址 http://www ncbi nlm nih gov/pubmed/ 网址：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

校内网 访问天津医科大学图书馆主页 校内网：访问天津医科大学图书馆主页：http://lib.tijmu.edu.cn/

四、检索方法与技巧

基本检索：自动词语匹配检索、字段限定检索、 基本检索：自动词语匹配检索、字段限定检索、著者检索、短语精确检索、截词检索、布尔逻辑检索截词检索、布尔逻辑检索

高级检索：多字段组合检索 高级检索：多字段组合检索

其他检索 : 主题词检索、期刊检索、特定文献检索、 其他检索 :   主题词检索、期刊检索、特定文献检索、临床证据查询

四、检索方法与技巧

1.基本检索(Basic Search) 在基本检索输入框中，可以输入任何具有实质性意义的词语， 在基本检索输入框中，可以输入任何具有实质性意义的词语，

比如：自由词、主题词、人名或者刊名，系统都会智能化地同系统中词表的进行匹配后完成检索。

四、检索方法与技巧

1.基本检索—自动词语匹配（Automatic Term Mapping）

PubMed对键入的检索词自动进行分析、匹配、转换并检索，是一种智能化的检索过程。是 种智能化的检索 程

可以将不规范的检索词转换成相对应的Mesh主题词，并自动完成对转换后的 主题词进行扩展检索 同时对输入动完成对转换后的Mesh主题词进行扩展检索，同时对输入的各个检索词进行自由词检索。

输入检索词后，系统将按顺序在Mesh转换表、刊名转换表、

作者转换表、作者索引等转换表中对检索词依次进行自动作者转换表 作者索引等转换表中对检索词依次进行自动搜索对比，当匹配到合适的结果后，即停止继续搜索。

四、检索方法与技巧

检索词

MeSH转换表在在PubMedPubMed主页的检主页的检

索提问框中键入检索提问框中键入检

刊名转换表

索词，系统将按顺索词，系统将按顺序使用如下序使用如下44种表或种表或

索引，对检索词依索引，对检索词依次进行自动搜索对次进行自动搜索对

短语表

次进行自动搜索对次进行自动搜索对比，当匹配到合适比，当匹配到合适的结果后，即停止的结果后，即停止继续搜索继续搜索

作者索引

拆分检索词继续搜索。继续搜索。

未匹配成功未匹配成功

四、检索方法与技巧

1.基本检索—字段限定功能(Limits)

PubMed系统支持字段限定检索，其形式为检索词后面加上带有 [ ] 的字段标识符号。如:cell [ta], Lung[au]，即可在指定带有 [ ] 字 标 符 如 [ ], g[ ] 即 定字段中进行检索。

注意 注意：

字段标识符可用全称，也可用缩写；

字段标识符必须用方括号括起来 置于检索 的后边字段标识符必须用方括号括起来，置于检索词的后边；

检索词及字段标识符用大小写均可。

四、检索方法与技巧

1.基本检索—字段限定功能(Limits)常用字段标识符（ field identify symbol）常用字段标识符（ field identify symbol）标识符 字段名(T ) (Fi ld D i ti )(Tags) (Field Descriptions )AU Author（著者姓名）AD Affiliation or Address （第一著者单位 地AD Affiliation or Address （第一著者单位、地

址（包括email地址）LA Language of Article（文献语种）LA Language of Article（文献语种）DP Publication Date（出版时间）AB Abstract （文摘）AB Abstract （文摘）JOUR journal （期刊名称）PT Publication Type（出版类型）PT Publication Type（出版类型）MH MeSH Terms （医学主题词）

四、检索方法与技巧

1.基本检索—字段限定功能(Limits)PMID P bM d U i Id tifi （数据库识别号）PMID PubMed Unique Identifier（数据库识别号）

CY Country （出版国家）

PT  Publication Type（出版类型）IS ISSN （国际标准刊号）

EDAT Entrez Date （入库时间）

TA Journal Title Abbreviation（期刊名称缩写）TA Journal Title Abbreviation （期刊名称缩写）

GS GeneSymbo （基因符号）

（特别识别码）UID Unique Identifiers （特别识别码）

TI Title（篇名）

TW  Text Words（文本词）

四、检索方法与技巧

1.基本检索—著者检索(Author)

在检索框中输入著者姓名，自动执行著者检索。

一般为姓名简写，部分数据也支持全名检索（限2002年以后文中有作者姓名全称的文献，且姓名排列顺序不限）。

格式为：姓在前，名在后，姓用全称，名用首字母（姓全称+空格+名首字母缩写） 如：john Smith 用 Smith J [AU]+空格+名首字母缩写）。如：john Smith 用 Smith J [AU]、尚永丰用 Shang YF [AU]

需要注意的是，姓相同，名字的首字母相同的著者可能很多，为提高查准率，可提供著者单位、主题等信息。通过字段限定检索可以实现更精确的著者检索 通过字段限定检索可以实现更精确的著者检索。

四、检索方法与技巧

1.基本检索—短语检索功能(Phrase Searching)：也叫强制检索制检索

PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语的精确检索 PubMed允许使用双引号来强制系统进行短语的精确检索。

即系统会将双引号内的检索词作为一个不可分割的词组在数据库的全部字段中进行检索。数据库的全部字段中进行检索

注意：使用双引号检索，系统会自动关闭词汇转换功能。

四、检索方法与技巧

1.基本检索—截词检索(Truncating Search)

PubMed允许使用截词符“*”、“?”作为通配符进行截词检索，提高查全率。

无限截词符“*”代表0到多个字符有限截词符“?”代表0到1个字符有限截词符“?”代表0到1个字符

截词功能只限于单词，对词组无效。 如：键入infection*,只能 截词功能只限于单词，对词组无效。 如：键入infection ,只能检索到含有infection、infections的文献， 但不包括"infectioncontrol""infection atrium"等词组的文献。

注意：使用截词功能时，系统会自动关闭词汇转换功能。

cell?

"cells"[MeSH Terms]OR " ll "[All Fi ld ]OR "cells"[All Fields] OR "cell"[All Fields]

face transplant*p

face transplant[All Fields] OR face transplantation[All Fields] OR face transplantations[All Fields] OR face transplanted[All Fields] OR face transplants[All Fields]

键入 heperten*，系统会检索到所有前缀为heperten的单词（hepertension,hepertensive等），并对其分别进行检索。

四、检索方法与技巧

1.基本检索—布尔逻辑检索(Boolean Operators Search)

PubMed可直接进行AND、OR、NOT三种布尔逻辑运算，逻辑运算符要求大写，系统默认空格为AND检索。辑运算符要求大写，系统默认空格为AND检索。

PubMed中直接输入几个检索词，系统默认这几个词之间是AND的逻辑组配关系。

当 个检索表达式中含有两个运算符以上时 顺序为从左 当一个检索表达式中含有两个运算符以上时，顺序为从左至右，可以通过“( )”来改变运算顺序。

布尔逻辑检索优先顺序：（）>NOT>AND>OR

四、检索方法与技巧

2 高级检索(Ad d S h)2.高级检索(Advanced Search)

方便实现多个字段的组合检索 提高查准率 方便实现多个字段的组合检索，提高查准率;尤其适用于需要分步检索才能完成的复杂课题。

高级检索页面主要有检索输入框、检索构建器（S h B ild ）及检索史（S h Hi t ）三（Search Builder）及检索史（Search History）三部分。

四、检索方法与技巧

点击Edit直接编辑检索式

检索输输入框

检索构构建器

检检索史

检索输输入框

检索构构建器 回顾检索结果；8小时未使

用 历史记录自动删除 可

检

用，历史记录自动删除；可以通过检索历史编制检索式

检索史

检索输输入框

检索构构建器

单击Add to history可在显示文献条目之前，预览检索到的文献条数，节省查找文献的时间；

检

通过该功能可以逐渐增加检索词来完善检索策略。

检索史

四、检索方法与技巧

3.其他检索—主题词检索(MeSH Database)

主题词（subject,subject headings),又称叙词（discriptor),指经过规范化处理的检索词或词组过规范化处理的检索词或词组。

主题词来源于NLM编制的《医学主题词表》又称MeSH表 主题词来源于NLM编制的《医学主题词表》又称MeSH表

Mesh在文献检索中的重要作用主要表现在两个方面：准确

性（准确揭示文献内容的主题）和专指性，对提高查全率及查准率具有十分重要的意义。

如：艾滋病 主题词：获得性免疫缺陷综合征

四、检索方法与技巧

3.其他检索—主题词检索(MeSH Database)

主题词检索是PubMed最有特色的检索方法，包括选择主题词、副主题词，查看主题词注释及主题词树状结构表等。副 题词 看 题词注释及 题词树状结构表等

主题词检索的优点:主题词对同一概念的不同表达方式进行了规范 而且可以通过组配副主题词及限定主要主题词使检索结规范,而且可以通过组配副主题词及限定主要主题词使检索结

果更加专指、准确。同时，利用主题词的树状结构表，可以很方便地扩大或缩小检索范围很方便地扩大或缩小检索范围。

主题词检索只针对MEDLINE数据库中的记录，不能检索其他来源的记录（包括 in-process citation，supplied by publisher等）

副主题词又称限定词，是对主题词所探讨的某一方面内容加以限定的词，其作用是增强主题词的专制性，通常用组配符“/”与主题词一起使用。例如 h t i (高血压)/ ti l (病因学)例如：hypertension(高血压)/etiology(病因学)

树状结构 是将树状结构：是将全部主题词按其词义范畴和学科词义范畴和学科属性编排而成的一个分类体系表。鉴于学科的分化与交叉，许多的概念可以分属在概念可以分属在不同的大类之下，因此会有一个以因此会有 个以上的树状结构

四、检索方法与技巧

3.其他检索—期刊检索(Journal in NCBI Databases)

可通过期刊的主题（Topic）、期刊的名称（全称或缩写）或ISSN号等来检索特定期刊 并可得到P bM d及NCBI其或ISSN号等来检索特定期刊，并可得到PubMed及NCBI其他数据库所收录期刊的详细信息，包括刊名全称、缩写、ISSN号、出版商、出版国、语种、创刊年等相关信息。ISSN号、出版商、出版国、语种、创刊年等相关信息。

期刊刊名：

⑴可用期刊全称：GENE THERAPY[TA]；

⑵可用期刊简称：JAMA[TA]；(The Journal of the American⑵可用期刊简称：JAMA[TA]；(The Journal of the American

Medical Association)

四、检索方法与技巧 例题10：检索“Cancer cell”期刊，写出该期刊的出版国和

ISSN号。

四、检索方法与技巧

3.其他检索—特定文献检索( Citation Matcher)

单篇引文匹配器 ） 在已知某 单篇引文匹配器（Single Citation Matcher ）：在已知某一篇文献的作者、出处的情况下，可将该文献检索出来。

四、检索方法与技巧

检索项：刊名信息、出版年月、卷、期、起始页码、著者、篇名中的任意词等。

四、检索方法与技巧

3.其他检索—临床证据查询(Clinical Queries)

它是专为临床医生和临床实验工作者设计的检索服务，为临床研究提供便利 设置临床研究分类 系统综述为临床研究提供便利。设置临床研究分类、系统综述、医学遗传学研究三项，缩小查询范围，得到更精确的查询结果。询结果。

专用于检索疾病的病因、诊断、治疗和预

专用于检索系统评价、meta分析、临床试验综

专用于检索疾病遗传学方面的文献，包括鉴别诊断、临床描述、处理、遗传咨询、

后及临床预测指南等方面的文献

述和指南等循证医学信息

床描述、处理、遗传咨询、分子遗传学和遗传测试等方面的文献

四、检索方法与技巧

3.其他检索—临床试验（Clinical Trials）

美国国立医学图书馆研制开发的临床试验数据库 收录 美国国立医学图书馆研制开发的临床试验数据库。收录了美国及世界193个国家21万多项临床试验研究记录，为病人及其家属、医疗卫生工作者和社会大众提供相关信息服务，是十分重要的循证医学信息资源。

五、检索结果处理

检索结果显示

检索结果输出

检索结果精炼与筛选

五、检索结果处理

1.检索结果显示

显示格式(Format )：PubMed提供Summary、Abstract、MEDLINE XML等7种显示格式 默认的是Summary格式MEDLINE、XML等7种显示格式，默认的是Summary格式。

排序方式(Sort by) ： 按照入库时间（Most Recent)、相关性排序方式( y) 按照入库时间 ) 相关性（Relevance）出版日期（Publication Date）、作者（FirstAuthor、 Last Author）、 刊名（Journal）、篇名（Title）对

检索结果进行排序 默认按记录入库的自然顺序排序 新的检索结果进行排序。默认按记录入库的自然顺序排序，新的排在前面。

五、检索结果处理

1.检索结果显示—显示格式(Format )

Summary 简要格式Summary:简要格式；Summary(text):以纯文本形式显示Summary格式的所有信息；Abstract:摘要；Abstract:摘要；Abstract(text):以纯文本形式显示Abstract格式的所有信息；MEDLINE:显示MEDLINE记录中的全部字段MEDLINE:显示MEDLINE记录中的全部字段信息，并含有字段标识符；XML:显示XML(可扩展标记语言)格式的记录信息，方便在Web环境下对数据进行转录信息，方便在Web环境下对数据进行转换与描述;PMID List:仅显示每条记录的PMID号。

五、检索结果处理

1.检索结果显示—排序方式(Sort by)

Most Recent:最新的；相关性Relevance:相关性；

Publication Date:出版时间；First Author:第一作者；

h 排名最后的作者Last Author:排名最后的作者；Journal:刊名；Title:篇名。

五、检索结果处理

2.检索结果输出（Send to）

Send to下拉菜单包括File、Clipboard、Collections、E-mail、Order My Bibliography Citation manager 等7项结果输出方Order、My Bibliography、Citation manager 等7项结果输出方

式，可对检索结果分别进行“保存到文件中”、“保存到剪贴板”、“保存到馆藏”“发送E-mail”、“发送到原文订购系贴板 保存到馆藏 发 发 到原文订购系统中”等操作。

注意 如注册了 账号 可以使用 注意：如注册了“My NCBI”账号，可以使用Collections、MyBibliography功能，对检索结果进行输出处理。

五、检索结果处理

2.检索结果输出（Send to）

五、检索结果处理

3.检索结果的精炼与筛选

五、检索结果处理

3.检索结果的精炼与筛选—过滤器(Filters)

过滤器（Filters）:通过对检索结果进行各种条件限定达到精炼的目的定达到精炼的目的。

六、个性化服务（My NCBI）

定题跟踪&存储检索策略 定题跟踪&存储检索策略

针对注册用户提供个性化的服务My NCBI针对注册用户提供个性化的服务，

可存储检索策略，进行定题跟踪，并将结果发送到指定邮箱到指定邮箱。

练习题

1.通过基本检索和主题词检索两种途径检索2012年以来有关萎缩性胃炎药物治疗(atrophic gastritis, drug therapy)方面的英文文献。

写出：(1)基本检索途径：①检索式；②检索结果篇数。(2)主题词检索途径：①主题词；②副主题词；③检索式；④检索结果篇数；⑤其中一篇文献的篇名、第一作者、文献出处、

PMID号码。

练习题

2.利用高级检索途径检索天津医科大学姚智教授2011年发表在Peptides的文献。写出：(1)文献题录；(2)第一作者； (3)PMID号码； (4)该文所在期刊卷、期、页数。

练习题

3.通过“Journals in NCBI Databases”检索《The American journal of pathology》（美国病理学杂志），写出：(1)刊名缩写（NLM Title Abbreviation）；(2)创刊年份；(3)发刊频次；(4)出版国别；(5)出版物类型。

练习题

4.检索与非小细胞肺癌治疗相关的系统评价方面的文献 写出文献，写出：(1)检索式；(2)检索篇数(2)检索篇数；(3)天津医科大学的相关成果，并以Summary(text)格

式导出其题录信息式导出其题录信息。

检索词检索词：非小细胞肺癌：non-small cell lung cancer，NSCLC

治 疗 h治 疗：therapy

Thank you!Thank you!