Pulau Kakaban merupakan salah satu pulau terunik didunia yang terletak di daerah Kalimantan Timur karena terdapat danau ditengah-tengah laut. Danau tersebut dahulunya merupakan laguna dari sebuah atol yang terbentuk dari karang yang telah mengalami proses pengangkatan ke permukaan berjuta-juta tahun lalu membentuk sebuah pulau cincin sehingga memiliki proses evolusi tersendiri bagi biota lautnya. Air di dalamnya tergolong payau karena masih terpengaruh oleh pasang surut air laut, namun tidak seasin air laut karena tercampur dengan air hujan. Air danau mengalami peristiwa pasang surut dari air laut yang tampaknya dapat masuk ke danau melalui celah-celah batuan pada sekeliling karang, namun tidak ditemukan saluran yang besar atau gua yang dapat menghubungkan keduanya. Oleh karena itu, tidak ada hewan besar yang dapat masuk atau keluar dari dalam danau selama beribu-ribu tahun.Sementara biota laut yang dulu terperangkap dalam laguna Pulau Kakaban harus menyesuaikan diri dengan ekosistem yang tertutup, air yang bersifat payau, jumlah hara yang miskin, keragaman biota yang rendah, jaringan makanan yang sederhana, dan kondisi air yang tergenang seperti danau. Menurut SK Bupati Berau No. 70 TAHUN 2004, Pulau Kakaban ditetapkan sebagai status kawasan konservasi laut daerah.

Di sekitar danau,vegetasi beralih ke pohon bakau dengan perakarannya yang khas dan menjadi tempat hidup bagi spons dan jenis tunikata di sekitar danau. Jenis pohon pembentuk hutan mangrove ini antara lain adalah  Rhizophora  (bakau),  Bruguiera (tanjang),  Avicennia  (api-api), dan  Sonneratia (pidata). Hutan belantara dengan pohon-pohon tinggi tumbuh rapat di atas karang atol pulau ini, menimbulkan kesan yang mirip hutan di daratan Kalimantan. Sisi luar Pulau Kakaban merupakan tebing yang tinggi dan curam yang langsung masuk ke laut, dengan terumbu karang-nya yang sangat indah, bergua-gua dan lorong-lorong. Ekosistem terumbu karang dipengaruhi oleh perubahan suhu pada danau karena pada suhu yang terlalu tinggi ataupun terlalu rendah terumbu karang sulit terbentuk. Padahal terumbu karang berguna sebagai tempat berlindungnya ikan, tempat menari makan serta berkembang biak biota di danau tersebut. Terumbu karang merupakan hasil simbiosis antara hewan karang dengan alga zooxanthellae  , jika suhu terlalu tinggi dapat menyebabkan hewan karang pergi sedangkan suhu yang terlalu rendah menyebabkan alga mati sehingga tidak mampu berfotosintesis.

Pulau Kakaban memiliki keunikan pada biota airnya antara lain diperkaya oleh empat jenis ubur-ubur (Cassiopeia ornata, Mastigias papua, Aurelia aurita dan Tripedalia cystophora. Cassiopeia atau “ubur-ubur terbalik” dapat ditemukan berbaring di dasar danau yang dangkal untuk mendapatkan sinar matahari guna memproses makanannya. Danau Kakaban juga memiliki alga laut dan epifit dari beberapa genera. Dan genus yang dominan adalah Halimeda  (Halimeda opuntia  dan Halimeda tura). Biota laut yang ditemukan juga antara lain moluska, gastropoda, spons, bivalvia, bintang laut, teripang, udang dan kepiting . Dua jenis teripang yang teridentifikasi adalah Holothuria cavans dan Synaptulaspinifera . Teripang jenis kedua ini lebih sukar ditemui karena lebih sering membenamkan diri pada pada sediment di dasar danau. Jenis kepiting yang baru ditemukan adalah Orcovita saltatrix danjenis tunikata yang baru (Styela complexa) .Jenis ikan yang ditemukan di Danau Kakaban antara lain Serinding (Apogon lateralis), Puntang atau Gelodok  (Exyrias   puntang), Teri karang (Antherinomorus   endrachtensis), dan ikan Julung-julung (Zenarchopterus  dispar) yang hidup di permukaan air, Ular laut (Acrochondus granulatus). Sebagian besar biota Danau Kakaban ini merupakan jenis yang baru ditemukan atau dideskripsikan endemik atau jenis yang jarang ditemukan di tempat lain. Hal menarik lain yang dapat ditemukan di Danau Kakaban, yaitu anemon pemakan ubur-ubur. Anemon ini berwarna putih karena telah kehilangan symbiosisnya dengan alga hijau (zooxanthellae). Anemon ini memakan ubur-ubur yang berenang terlalu dekat dengannya sehingga tentakelnya terjerat.

Pulau Kakaban dengan potensi alam uniknya memang menjadi daya tarik tersendiri yang belum banyak diketahui oleh orang. Potensi pariwisata yang tinggi ini memang dapat menghasilkan pendapatan yang tidak sedikit, namun jika pengembangan pariwisata ini dilakukan dapat timbul beberapa masalah. Masalah tersebut antara lain pariwisata yang tidak terkendali yang menyebabkan

polusi, banyak sampah/ limbah, peningkatan sedimentasi, dan kerusakan fisik yang disebabkan oleh pengunjung yang berenang di danau, penggunaan mesin-mesin tempel di danau mengakibatkan terganggunya habitat, punahnya spesies, dan pada akhirnya akan berakibat menurunnya potensi pariwisata. Jika pengelolaan pariwisata Pulau Kakaban akan dilakukan, penting untuk melaksanakan analisis mengenai dampak lingkungan (AMDAL) atau pengkajian dampak lingkungan dalam rangka memastikan dampak-dampak dari pembangunan resort dan konstruksi. Pembagian wilayah (zonasi) akan menjadi metode yang paling sesuai untuk diterapkan dalam mengatur Kakaban, sehingga kelestarian dari wilayah ini akan tetap terjaga.