reaxys elena bernardini biblioteca di scienze del farmaco

Reaxys

Elena BernardiniBiblioteca di Scienze del Farmaco

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

L’agenda di oggi

Cos’è ReaxysCome si accedeCome si usaCase studies

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Cos’è Reaxys?

Banca dati con interfaccia web per il recupero di informazioni su composti chimici, reazioni chimiche e citazioni bibliografiche

Contiene informazioni bibliografiche provenienti da diverse fonti (riviste e brevetti) e dati fattuali dalle stesse fonti

–Dati sperimentali misurati e non quelli calcolati–Reazioni –Dati sulle sostanze

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Che ambiti di ricerca in Reaxys?

Chimica organicaChimica inorganicaChimica metallorganicaChimica farmaceuticaBiochimica e scienze biologicheChimica analitica Chimica fisicaChimica ambientaleChimica dei materiali…

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Interoperabilità con Sciverse ScopusI prodotti dello stesso publisher contengono link reciproci

Attraverso il link a SciVerse Scopus, ai full-text sul sito dei publisher e delle banche dati brevettuali

È possibile l’accesso alla propria biblioteca digitale configurando l’OpenURL resolver

Biblioteca centrale di Farmacia

Reaxys e SciVerse Scopus: usare approcci

diversi

6

Dati sulle sostanze

Pubblicazioni

Ricerca chimica

Ricerca bibliografica

Dettagli chimiciDettagli in letteratura

• Dati sulle proprietà sperimentali

• Dati di bioattività

• Informazioni sulla sintesi• Sostanze correlate con

attività simile

• Informazioni sugli autori• Campi di ricerca attivi – citato da,

nuovi articoli • Keywords, abstract• Multidisciplinarietà• Ricerca per area disciplinare

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Copertura bibliografica

I dati storici risalgono al 1771, attraverso la copertura di riviste e brevetti. I dati vengono estratti dalle pubblicazioni solo se contenenti la struttura chimica, dati sperimentali e citazioni affidabili

La copertura delle riviste può non essere del 100%, qualora ci siano pubblicazioni che mancano di queste informazioni


Come avrei dovuto

lavorare?

La ricerca in Reaxys

Leggere ogni singolo articolo

Ricerca bibliografica tradizionale

Ricerca fattuale

con reaxys

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

I dati fattuali e bibliografici

1H NMR

300 MHZ


Cosa contiene Reaxis

Sono inclusi solo dati validati sperimentalmente, non dati calcolati o estrapolati

Da Beilstein: informazioni su strutture, reazioni, proprietà di composti organici del carbonio da riviste dal 1771. Brevetti 1869-1980

Da Gmelin: informazioni su strutture e proprietà di composti inorganici e matalloorganici da riviste e brevetti dal 1772

Informazioni su brevetti selezionati in lingua inglese (WO, US, EP; dal 1976) appartenenti alle principali classificazioni chimiche: C07, A61K , A01N, C09B

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Integrazione con Pubchem

PubChem è un db gratuito che fornisce informazioni su composti chimici e bioattivitàLa sia integrazione con Reaxys permette la ricerca in parallelo della stessa struttura nei due db con I risultati presentati nell’interfaccia di Reaxys

I TOC sono linkati a Pubchem

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

I vantaggi dell’integrazione di Pubchem

Stessa query e ricerca parallelo in entrambi i db con una sola interfaccia e una copertura di circa 40 M di compostiI risultati sono suddivisi in due set, filtrati e visualizzati nel contestoSovrapposizione tra i due bd del 16%-20%Ci sono link diretti da Reaxys a PubChem Sono disponibili le reazioni di Reaxys per i composti che non fanno match in PubChemCon un’unica interfaccia è possibile creare dei synthesis plans attraverso composti simili di Reaxys per ciò che è unico in Pubchem, con un’unica interfaccia tra i database“Synthesize” hyperlink to Reaxys Synthesis Planner and Xcelerate AutoPlan


Approved drug filter

È ora disponibile un filtro che consente di selezionare i composti che già hanno la licenza per l’uso farmaceutico (FDA e EMA)


Come si accede?


Banche dati d’Ateneo


Selezionare la banca dati

Consultabile anche da casa, previa autenticazione nell’home page della Biblioteca Digitale


Registrarsi per usare servizi personalizzati

Solo in questo modo è possibile configurare l’editor di struttura, salvare strategie e risultati della ricerca, creare alert


Application settings

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Come si usa? 3 tipologie di ricerca base

Ricerca di letteratura

Ricerca per sostanze

Ricerca per reazioni


Come si usa

Query: Reactions tab, Substances tab, Literature tabIn Reaction Query tab e Substances Query tab si può ricercare usando le strutture o testoLe strutture possono essere disegnate con un editor, o si possono ricercare per nomeIn Literature tab si può ricercare per dettagli bibliografici e keywordLe query si possono salvare e lanciare successivamente

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

3 tipologie di ricerca

1

2

4

3

1.Ricerca per reazione

2.Ricerca per sostanza o proprietà chimico fisica

3.Ricerca bibliografica

4.Ricerca per nome

5.Lanciare la ricerca

5

La ricerca per formula è la più consigliata

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca per condizioni base e avanzata

1

1.Ricerca per nome della struttura

1.Ricerca per reazione

2.Ricerca per Condizioni di reazione base e avanzata

2

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca per proprietà base e avanzata

1

1.Ricerca per sostanza e proprietà

2.Ricerca per Proprietà base e avanzata

2

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca bibliografica base (1)

1. Quick Search2. Authors/Assignees3. Journal Title4. Patent Number5. Patent Country6. Publication Year7. Advanced

Searching

1

2

4

3

5

6

7

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca bibliografica base (2)

1. Aprire l’elenco per cercare la voce di interesse

1

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca bibliografica avanzata

1. Ricerca avanzata2. Cercare il campo

scrivendo il nome3. Cercare il campo

espandendo l’elenco

1

2

3

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca bibliografica avanzata

1. Espandere l’elenco delle proprietà ricercabili

2. Attenzione: alcune proprietà ricorrono in più gruppi con sintassi diverse: meglio cercarle per nome che espandendo gli elenchi

1

2


I risultati della ricerca

I risultati appaiono in modo diverso a seconda del tipo di ricerca

Ogni reazione o sostanza è accompagnata dalla bibliografia già de-duplicata

– Reaction Results Tab• Reaction Tab• Citations Tab

– Substances and Properties Results Tab• Grid Tab• Table Tab• Citations Tab

– Literature Results Tab


Risultati della Ricerca per

reazioni: tabulare

1. Dettagli di reazione2. Link a Reagenti e catalizzatori3. Dettagli sperimentali: con i brevetti4. Visualizza/nascondi i dettagli di

reazione5. Trova reazioni simili6. Visualizza il dettaglio sulla sostanza7. Zoom8. Disponibilità commerciale

1

2

4

3

5

6

7

8



reazioni: tabulare

1. Ordinamento2. Filtri3. Filtro per sottostruttura4. Limita ai selezionati

1

3

2

4



reazioni: tabulare1. Full Text and View Citing Articles2. Briciole di pane per la navigazione3. Reazioni Multi -Step

1

2

1

3


Le icone hanno lo stesso significato in ogni schermata

Visualizzazione di una reazione Multi-

Step


1.Contenuto dei documenti2.Full Text e citazioni3.Markush Viewer (Show all

substances)

1

2

1

2

3

Risultati della ricerca per reazioni:

citazionale


Risultati della ricerca per

sostanze: tabulare

1. Informazioni sulla sostanza2.Vedi dati specifici disponibili3.Vedi tutti I dati4.Dati di reazione

1

2

3

4


Risultati della ricerca per

sostanze: griglia

Le icone e i tipi di informazione recuperabili sono sempre rappresentati dalle stesse icone e etichette


Risultati della ricerca per sostanze: citazionale

Le icone sono sempre le stesse. Nel formato citazione si vede la referenza del documento, il numero di citazioni di Scopus, link al full text

1.Cliccando sui termini si aprono e si visualizzano l’abstract, le reazioni, le condizioni di reazione ecc..

1

2


Risultati della ricerca bibliografica

1

2

Nel formato citazione si vede la referenza del documento, il numero di citazioni di Scopus, link al full text. Le informazioni possono essere leggermente diverse se provengono da Brevetti o da riviste

1.Cliccando sui termini si aprono e si visualizzano l’abstract, le reazioni, le condizioni di reazione ecc..

1


History

La History permette di ritornare sui propri passi

– Rivedere i risultati di una ricerca precedente– Ritornare alla stringa ricerca precedente– Combinare i risultati di due o più ricerche– Salvare i risultati– Cancellare i risultati salvati


History

1

2

1. Risultati ricerca bibliografica

2. Risultati ricerca per sostanza

3. Risultati ricerca per reazione

1


Alert

Un Alert si ottiene salvando una ricerca nel proprio spazio personale sul server remoto di ReaxysSi può scegliere di lanciarla una volta al mese o ogni volta che il db viene aggiornatoSi riceve un email con il link a Reaxys Si possono salvare al massimo 50 Alerts


Creare un alert


Gli Alert salvati

Se non si vuole attendere il momento dell’aggiornamento, è possibile lanciare la stessa query cliccando su Edit query

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca per sostanza

La ricerca per sostanze può essere condotta in vari modiOltre alla struttura chimica, il db contiene informazioni sulle proprietà delle sostanze, dei composti e delle reazioni, da riviste e brevettiI campi ricercabili sono moltissimi. Quando un dato esiste nelle fonti indicizzate, il dato diventa chiave di ricerca

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca avanzata per proprietà

La ricerca avanzata per proprietà richiede esperienza e una buona conoscenza della materia. Meglio cominciare espandendo le voci per farsi un’idea della disponibilità

Fare anche attenzione allo spelling dei termini

L’elenco dei termini è disponibile nell’Help in linea https://www.reaxys.com/reaxys/WebHelp/Reaxys_Help.htm?ver=0.2.11926#All_Files/Query_Page.htm

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Operatori Booleani (1)

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Operatori Booleani (2)

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Gli editor di struttura chimica

Si utilizzano degli editor per disegnare le molecole, o si possono importare strutture salvateDisponibili ChemAxon MarvinSketch (basato su Java), Dotmatics Elemental che non richiede installazione

Reaxys può essere configurato con altri editor. Gli editor esterni non sono supportati sui Macintosh

– CrossFire Structure Editor– Accelrys ISIS Draw– Accelrys Draw– CambridgeSoft ChemDraw– InfoChem ICEdit

Maggiori dettagli nell’Help in linea

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca per strutturaRicerca semplice: di default ricerca la struttura esatta, inclusi isotopi, miscele, sali, ioni, radicali, stereochimicaÈ possibile modificare l’impostazione punto per puntoUsare l’editor per disegnare. In alternativa usare la funzione Generate Structure from Name

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Combinare struttura e proprietà

La ricerca per struttura può combinarsi con i dati di proprietà utilizzando l’apposito comando (semplice o avanzato)

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

I dettagli di ricerca struttura (1)

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

I dettagli di ricerca struttura (2)

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ulteriori opzioni di ricerca per struttura

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

La ricerca parallela in Pubchem e eMolecules

La ricerca per sostanze viene automaticamente estesa anche a Pubchem ed eMolecules. È sufficiente spostarsi da un tab all’altro per visualizzare i risultati


Risultati della ricerca

Reaxys

Pubchem

E-Molecules

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca per reazione

I composti chimici possono essere disegnati con l’editor o ricercati per nome, formula bruta, CAS RN… (vedi ricerca per sostanza)Si può cercare per prodotto, reagente, catalizzatore ecc..

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Importare la formula da ricerca precedente

È possibile recuperare una formula da una precedente ricerca e copiarla nel modulo di ricerca per reazione e viceversa

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca per similarità

Il grado di similarità tra due reazioni è determinato da:

– Natura delle trasformazioni coinvolte (centri di reazione)

– Natura degli atomi immutati immediatamente attorno ai centri di reazione

(vedi Help in linea)

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Combinare la reazione con la scelta delle condizioni

La ricerca di reazioni associate ad un particolare composto può essere combinata con le condizioni di reazioni (semplice e avanzata)

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Ricerca bibliografica

Si possono utilizzare gli operatori booleani

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

I campi della ricerca bibliografica (1)

Authors/Assignees Si possono utilizzare gli *. Usare la lista consigliata o digitare il nome come nell’esempio: Snyder,Carroll A. È possibile selezionare più di un nome alla voltaJournal Title Digitare il nome e scegliere dall’elenco. L’* funziona da wildcard e si può usare prima o dopo la parola. *cta*scand* trova "Acta Chem. Scand., Ser. A". Si possono cercare più riviste insiemeCercare ache tra le abbreviazioni, i nomi non sono standardizzati

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia


Brevetti La sintassi dipende dal brevetto US Applications: US<year> / <number (no leading zeros)> Es.: US2003/225075US granted patents: US<number (no leading zeros)> Es.: US6337346EP patents: EP<number (no leading zeros)> Es.: EP8755

WO patents: WO<year> / <number (no leading zeros)> Es.: WO2002/61194

Oppure digitare il numero del box

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia


Patent Country Digitare le due lettere dell’abbreviazione del paese del brevetto nel query box o digitare e selezionare dall’elencoSi possono selezionare più paesi in una volta


Collegamento tra Reaxys e Scopus

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Synthesis Planner

Si usa per creare uno schema di reazione partendo da composti a scelta trovati da una precedente ricerca in Reaxys, fino al prodotto desideratoSi può cominciare da qualunque composto visibile nei risultati di una ricerca

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Schema di sintesi dell’Indometacina

Ricercare per nome la sostanza nel tab reaction, o nel nel reaction tab

Tra i risultati, scegliere il composto di interesse e cliccare su “Synthesize”

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Personalizzare la visualizzazione

Scegliere come si vogliono visualizzare i dati, lo zoom, l’orientamento della reazione …

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Costruzione del Synthesis Plan usando gli strumenti di ricerca

Per la creazione del Synthesis Planner è possibile eseguire ricerche, applicare filtri, cercare reagenti all’interno di cataloghi commerciali, selezionare i reagenti in base a condizioni sperimentali scelte …

Ora è possibile effettuare ricerche per sottostrutture mentre si predispone un synthesis planner


Output del progetto di sintesi


Sintesi indometacina

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Stampare ed esportare i risultati (1)I risultati si possono stampare e salvare in

vari formatiI documenti esportati contengono il link a Reaxys e l’ID identificativo di sostanza o reazione

Il comando Print permette la stampa della videata. Selezionare prima ciò che si intende stampare (se si scelgono solo alcuni risultati)Nell’Help in linea sono disponibili esempi di esportazione nei vari formati

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

Stampare ed esportare i risultati (2)


Scelta dei dettagli di esportazione

Limiti di esportazione: 5000 per i formati ML, SD, RD e SMILES, 1000 per altri tipi di file


SLIDE (sul sito SBA)


SLIDE (in Ariel)

Bib

liote

ca c

en

trale

di Farm

acia

CONTATTI

[email protected] 503 18425Biblioteca di Scienze del Farmaco

reaxys elena bernardini biblioteca di scienze del farmaco

Documents