“Situación actual e perspectivas de futuro das redes temáticas de investigación cooperativa”

Enero-2006

RED INBIOMEDhttp://www.inbiomed.retics.net

Nodo: Universidade da CoruñaInvestigador Principal: Alejandro Pazos Sierra

INBIOMED

Red Temática de Investigación Cooperativa en Informática BiomédicaFinanciada por el Fondo de Investigación Sanitaria (FIS) del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) con 1.851.000 € (3 años).Prorrogada, con nueva financiación para 2006, a la espera de que se haga pública la próxima convocatoria para Redes de Investigación.

INBIOMEDFormada por 13 grupos de investigación, con más de 100 investigadores de 11 Centros ubicados en 6 Comunidades Autónomas.

Coordinación de la Red: ISCIII.IP: Fernando Martín Sánchez.

Grupos en Galicia:

Red de FarmacogenómicaAplicada a I+D de Fármacos (USC)IP: Mª Isabel Loza García

RNASA-IMEDIR (UDC)IP: Alejandro Pazos Sierra

INBIOMEDTarea a desarrollar:

Desarrollo de una plataforma informática de almacenamiento, integración y análisis de datos clínicos, genéticos y epidemiológicos. Con objeto de utilizarse en patologías complejas, multigénicas y de alta influencia de factores ambientales.

INBIOMEDPara ello es preciso la Coordinación de:

Grupos de Informática Biomédica.Grupos de Carácter Tecnológico.Grupos de Investigación Clínica (Análisis de Requisitos, Verificación-Validación de Desarrollos y Diseño de Interfaces).

CáncerEnfermedad cardiovascularNeuropsiquiatría

Es necesario integrar y validar diversos tipos de datos:historia clínica, imágenes, genéticos, epidemiológicos, etc.

INBIOMED

Población

Individuo

Tejido, órgano

Célula

Molécula, Gen

Epidemiologíagenómica

DiagnósticoMolecular y basado en la imagen

Farmacogenética

Bioinformática

Imágenesmédicas

InformáticaMédica

Informática en salud públicaI

NBIOMED

Integración de niveles de información de Salud

PATOLOGÍ

SA

INBIOMEDSe constituyen 9 Comités de trabajo

INBIOMEDComités de trabajo agrupados

en tres bloques:Aspectos Horizontales

Comunicación: encargado de la difusión de las actividades y logros realizados por INBIOMED.

Formación en Informática Biomédica: encargado de la organización de actividades de formación de investigadores mediante participación en seminarios, sesiones, etc.

Calidad, Seguridad y Ética: encargado del aseguramiento de la calidad permitiendo reducir, eliminar y prevenir las deficiencias de calidad de los productos a obtener y alcanzar una razonable confianza en las prestaciones y servicios esperados por el usuario. Elaboración de un Manual de Gestión de Calidad de la Red definiendo la Misión, Visión, Política y Objetivos.

INBIOMEDAspectos Tecnológicos (I)

Plataformas Integradas: desarrollo de un prototipo operativo que permitirá a la Red centrase en el perfeccionamiento del modelo de integración y en desarrollar un modelo de información común.

Integración de Bases de Datos y Representación del Conocimiento: generación del modelo de datos general que permitirá representar información biomédica a distintos niveles.

Procesamiento y Análisis de Datos Estructurados:diseño y desarrollo de sistemas de ayuda a la decisión clínica y aplicación de técnicas de “wherehousing” y Ontologías a partir del estudio de la naturaleza de los datos manejados por los grupos clínicos de la Red y los sistemas de almacenamiento que los contienen.

INBIOMED

Aspectos Tecnológicos (II)Simulación, Modelización y “Text Mining”:definición y desarrollo de herramientas de modelización, simulación y “text mining” o minería de datos que permite extraer conocimiento a partir de textos, documentación y publicaciones de carácter biomédico. Procesamiento y Análisis de Imágenes:estudio de los diversos tipos de imágenes biomédicas con las que trabajan los grupos clínicos, diseñando futuros procesados de esas imágenes, los datos asociados a ellas para su comprensión, los dispositivos empleados para su obtención y el contexto en el que se sitúan (diagnóstico, etc). Toma de decisiones relativas al uso y adaptación de diversos estándares de almacenamiento de imágenes (DICOM, etc.) y del software de procesado y de gestión con el objetivo de incorporarlo en la plataforma INBIOMED.

INBIOMED

Aspectos Funcionales

Comité con tres tipos de Usuarios: Epidemiología del CáncerEpidemiología Genómica-CardiovascularFarmacogenómica en Neuropsiquiatría

Los usuarios deben identificar y consensuar las necesidades informáticas comunes a sus líneas de investigación.

INBIOMED

Participación del Grupo RNASA-IMEDIRComité de Formación en Informática BiomédicaComité de Calidad, Seguridad y ÉticaComité de Integración de Bases de Datos y Representación del conocimientoComité de Procesamiento y Análisis de imágenes (coordinación)Comité de Usuarios: Epidemiología del Cáncer

INBIOMEDAportación del Grupo RNASA-IMEDIR al Comitéde Procesamiento y Análisis de Imágenes (I):

Desarrollo de un sistema web para la gestión, análisis y procesado de imágenes.

VISIOM: Visor para un Sistema de Información Médica. Permite a los profesionales médicosacceder, desde cualquier lugar y encualquier momento, rompiendo la barrera espacio- temporal, a lasimágenes almacenadas y a lainformación a ellas asociada.

INBIOMEDAportación del Grupo RNASA-IMEDIR al Comitéde Procesamiento y Análisis de Imágenes(II):

VISIOM: Visor para un Sistema de Información Médica. Ofrece una serie de herramientas para llevar a cabo el análisis y procesado de distintos tipos de imágenes: radiológicas, geles de ADN y Proteínas, histopatológicas, etc.

INBIOMEDAportación del Grupo RNASA-IMEDIR al Comitéde Procesamiento y Análisis de Imágenes(III):

Se establece la necesidad de usar el estándar DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) y se desarrollan varias herramientas para facilitar su uso:

Servidor DICOM Seguro: Almacenamientode información procedente de cualquier modalidad DICOM

Visualizador VDICOM: Visualizador de estudiosDICOM

Dicomizador propio: Conversión de cualquierimagen jpg y su información a formato DICOM

INBIOMED Arquitectura de la plataforma tecnológica

Servicio Web de Sitio de la Red

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FicherosFicheros

ETL

Modelo de Datos (Ontología)

Motor de Ejecución por Lotes QL

Seguridad

Fuentes de Datos

PaquetesProcesamiento

Repositorio deDataSets

DatosTemporales,

Preprocesadosy Compartidos

Servicios Web de Procesado de Datos

Algoritmos Especializados C/C++, Java, .NET

INBIOMED Manager

Plugins.NET

Herramienta de Administración

Aplicación Externa

Java, C/C++, etc.

SOAP Toolkit

.NET DataSetToolkit DW Local

SistemaGestión

Laboratorio

BD Publica

Métodos, Procesos y Herramientas que se publican en un servidor Web a los cuales es posible llamar remotamente. Uso de estándares Web.Los Servicios Web utilizan el protocolo SOAP (HTTP para el transporte de mensajes y XML para el formato de estos mensajes).Independencia de la plataforma de desarrollo. Múltiples algoritmos implementados en distintos lenguajes los puede ejecutar la plataforma a través de servicios Web.

INBIOMEDPrincipales logros. Comunicación (I)

Boletín Inbiomed: Se han editado 12 boletines desde Julio de 2003 a Junio de 2005.

Presentaciones en Congresos: La Red se ha presentado en 10 congresos, entre los que se encuentran “HealthGrid 04 y 05 Conferences”, Euromise2004, etc.

INBIOMEDPrincipales logros. Comunicación (II)

Especial INBIOMED, Red de Investigación en Informática Biomédica.Revista I+S Informática y Salud. Sociedad Españolade Informática de la Salud. SEIS Nº 46-Abril 2004

Edición del libro “Informática Biomédica”.ISBN: 84-609-1770-3

En curso la edición del libro “Gestión, Procesado y Análisis de Imágenes Biomédicas”.

INBIOMEDPrincipales logros. Comunicación (III)

Los grupos de la Red han realizado más de 100 publicaciones con índice de impacto ISI, 30 de las cuales han sido compartidas por al menos dos grupos de la RedLas áreas de publicación han sido:

Informática Biomédica Imágenes MédicasBioinformáticaInformática Médica Tecnologías de la InformaciónEpidemiología MolecularFarmacogenómicaCáncer

El factor de impacto medio de todas las publicacionesrealizadas durante 2005 es alrededor de 2.5

0

5

10

15

20

25

1er año 2º año 3er año

PublicacionesCongresosCursos

INBIOMEDPrincipales logros. Formación.

Formación Interna:En los distintos grupos participantes en la Red se ha formado a los investigadores en las distintas técnicas y procedimientos necesarios para abordar de manera satisfactoria las tareas requeridas por la propia Red.Mediante la celebración de múltiples “workshops”, seminarios, cursos, etc., la Red ha formado, sobre todo en Informática Biomédica, a científicos jóvenes procedentes de disciplinas muy diversas: médicos, biólogos, químicos, informáticos, etc.

Formación de Postgrado. La Red ha promocionado y participado en los siguientes programas de Postgrado:

Doctorado en Bioinformática e Informática Biomédica. Univ. Pontificia de Salamanca. Master de Bioinformática para las Ciencias de la Salud. Universidad Pompeu Fabra.Doctorado en Ingeniería Biomédica. Especialización en Informática Biomédica. UPM.Máster TICS en Salud. Universidad Politécnica de Valencia (Propuesta).

INBIOMEDPrincipales logros. Participación en otras convocatorias I+D y colaboraciones externas (I)

Concesión por Genoma España de ayuda económica para el mantenimiento de las actividades de Redes científicas nacionales de Genómica, Proteómica y Bioinformática.Colaboración con las 3 plataformas tecnológicas patrocinadas por Genoma España:

Banco Nacional de ADN. Centro de Investigación del Cáncer (CIC), SalamancaCEGEN. Preacuerdo de colaboración con el Departamento de Bioinformática (UPF) del Centro Nacional de GenotipadoINB. Acuerdos para Formación

INBIOMEDPrincipales logros. Participación en otras convocatorias I+D y colaboraciones externas (II)

La Red ha sido el núcleo de las siguientes propuestas de proyectos y equipamiento realizadas al MEC:

Sistema de Tratamiento y Digitalización Total en Microscopía Óptica. Financiada por el MEC en el 2004.Equipamiento para la Adquisición, Visualización y Procesado de Imágenes Médicas en Microscopía Óptica. Financiada por el MEC – Fondos FEDER en el 2005.ONTOMINEBASE. MEC – Plan Nacional de I+D+i 2005. Plataforma para el desarrollo de estudios de investigación, basados en imagen biomédica procedente de fuentes de datos distribuidas y heterogéneas. Aplicación en tres especialidades. Presentada al MEC – Plan Nacional 2006.

Colaboraciones con otras RITC: INERGEN, REC=GEN, REDIMETH, REPIRER, EPICUR, PREDIMED, IM3.

INBIOMEDPrincipales logros. Participación en otras conv. I+D y colaboraciones externas (III).Se ha conseguido una Red de Excelencia Europea y son 6 los proyectos derivados de INBIOMED

INFOBIOMED

ACGT SYMBIOMatics @neurIST

INBIOMEDEvaluación Internacional. Septiembre 2005 (I)

Productividad realizada durante los 3 años de funcionamiento tanto por la red en su conjunto como por los grupos de investigación individuales.

Productividad excelente respecto al desarrollo de las herramientas para le manejo del conocimiento y a la generación de fondos de fuentes externas.El número de publicaciones científicas que ha generado es heterogéneo e incluye monografías, libros y un sitio Web muy rico en información.La red ha aprovechado oportunidades importantes para generar financiación de fuentes externas.

INBIOMEDEvaluación Internacional. Septiembre 2005 (II)

Estructura organizativa de la redExcelente, con una serie de comités encargados de objetivos específicos, esta red podría ser un modelo para sus pares con respecto a la distribución y monitorización de esfuerzos conjuntos.

Interacción científica entre los centros y/o grupos que forman la red

La integración muy buena entre la mayoría de los grupos que forman la red. Por falta de fondos o incentivos, la interacción con otros grupos en otras regiones del mundo parece limitada.

INBIOMEDEvaluación Internacional. Septiembre 2005 (III)

Actividades de formación realizadas por la red

Excelentes, con los primeros programas de doctorado y maestría en bioinformática en España, apoyados por varias de las Instituciones participantes, complementadas con una gran variedad de estrategias de comunicación de conocimiento a través de monografías y recursos electrónicos en Internet.

INBIOMEDEvaluación Internacional. Septiembre 2005 (IV)

Superposiciones y elementos comunes entre esta red y otras de temática similar. Posibilidad de agrupar total o paralelamente esta red con otras de temáticas afines.

Dentro del marco de RTIC existen oportunidades para agrupar con otras redes, por lo menos parcialmente, proyectos sobre el uso de herramientas virtuales para mejorar la capacidad para manejar y visualizar imágenes, particularmente las multi-modales.

Valoración global obtenida: Excelente (dentro del 20% mejor valoradas)

INBIOMEDSeleccionada para el premio del Diario Médico a las MEJORES IDEAS DEL AÑO 2005

INBIOMEDConsideraciones Finales (I)

Participar en la Red ha sido una gran oportunidad para nuestro grupo para trabajar de forma cooperativa con otros grupos de investigación complementarios, para abordar problemas complejos que, de otra forma, no sería posible.Los resultados de esa colaboración han sido muy fructíferos como se demuestra en la producción científica, la valoración de los evaluadores y los reconocimientos alcanzados por la Red.

INBIOMEDConsideraciones Finales (II)

La Informática Biomédica se está convirtiendo en una disciplina imprescindible, tanto para mejorar la asistencia clínica como para la investigación en este ámbito.

Es necesario trabajar sobre plataformas informáticasque permitan:

La adecuada integración de los diferentes tipos de datosincluso de fuentes heterogéneas.El fácil acceso a la información y la posibilidad de utilizar sobre ella herramientas que proporcionen más conocimientos.La posibilidad de realizar estudios integrándose con otras fuentes de datos externas, incluso internacionales.

INBIOMEDConsideraciones Finales (III)

Finalmente, destacar que los resultados de la Red ofrecen la posibilidad de una transferencia de tecnología, incluso a corto plazo, dadas las herramientas de análisis ya desarrolladas en el ámbito de la Red para el sector productivo, en este caso para el entorno clínico.

INBIOMEDConsideraciones Finales (IV)

INBIOMED es una oportunidad, por las habilidades, “Know-how” y experiencia acumulada en estos tres años por los grupos de investigación que en ella participaron, para dar soporte en informática biomédica a todos los CIBER que se van a poner en funcionamiento desde el ISCIII.

Desde INBIOMED se puede proporcionar a los distintos CIBER una plataforma que ofrezca un gran nivel de integración y estandarización de sus sistemas de almacenamiento de datos, de las herramientas analíticas que precisen, de los procesos y métodos, etc. Todo ello en línea con las tendencias internacionales(UE y USA) más actuales.