s ignalink d atabase ana raquel nunes24392 ricardo fradique24566 elisabete alves25983
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SIGNALINK DATABASE
Ana Raquel Nunes24392
Ricardo Fradique24566
Elisabete Alves25983
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MENTORES DA SIGNALINK DATABASE
Projecto desenvolvido por professores e estudantes das
seguintes instituições:
• Eötvös University
• Semmelweis University
• Hungarian Academy of Sciences
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FUNDAMENTOS PARA A CRIAÇÃO DA SIGNALINK
Inicialmente…
- Vias de transdução de sinal independentes.
Actualmente…
- Grandes interações entre vias de sinalização;
- Necessidade de novas experiências, técnicas de
modelação, e formas de armazenamento.
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FUNDAMENTOS PARA A CRIAÇÃO DA SIGNALINK
• Fonte (seed) – proteínas e interações a partir de um pequeno
grupo de artigos de revisão;
• Pesquisa semi-automática da literatura para aprofundar as
proteínas e interações;
• Com critérios de arquivação manuais foram selecionadas
proteínas e interações dos resultados e adicionados às
“sementes”.
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OBJECTIVO DA SIGNALINK DATABASE
5
Permitir análises
sistemáticas utilizando
uma rede das principais
vias de sinalização
intracelularesMap of the JAK/STAT pathway in H. sapiens
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CARACTERÍSTICAS DA SIGNALINK DATABASE
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CRITÉRIOS USADOS PARA DEFINIR E INCLUIR A INFORMAÇÃO
• 1) Pesquisa de informação:• Artigos de revisão;• Bases de dados especificas : WormBase , FlyBase e UniProt;• Resultados de pesquisa do IHOP , ChiliBot , e PubMed.
• 2) Seleção • De interações que tiveram evidência direta e indireta a nível experimental.
• 3) Detalhes técnicos:• Cada interação inserida teve de ser dirigida;• Os artigos analisados que descrevem as interações estavam eram os mais atuais.• Para todos os trabalhos de revisão e cerca de 70% dos artigos foi examinado não só
o seu resumo como também o texto principal.• Duas interações de sinalização entre as mesmas duas proteínas em direções opostas
são listadas separadamente na base de dados.
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FINALIDADE DA SIGNALINK DATABASE
Procurar vias de sinalização
Fazer downloads de
artigos e informações sobre
espécies e as suas
vias específicas
Prever funções de proteínas
Observar modelos
de tecidos ou doenças por processos de sinalização