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Sistema de Informação para Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol)
XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia Novembro de 2005
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Construção do conhecimento sobre biodiversidade
Coletiva, multi e inter-disciplinar Requer um ambiente de cooperação
global Depende de uma base comparativa de
dados e de conhecimento
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Dados
Ontem:
• pessoas responsáveis por seus dados
• dados “lidos” e interpretados por indivíduos
• descobertas feitas através do pensamento, através da análise de um indivíduo ou de algumas pessoas
Futuro
• grupos / instituições responsáveis pela gestão dos dados de provedores múltiplos
• leitura e interpretação com o auxílio de software
• descobertas feitas com o uso de computadores, verificadas pelas pessoas
Dados precisam ser digitais e estar disponíveis on-line
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Evolução do conceito de coleções de culturas
• “depósitos” de material de pesquisa
• depósito + serviços (preservação, identificação, distribuição ...) + catálogo
• depósito + serviços + pesquisa + catálogo
• depósito + serviços + pesquisa + centro de informação
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5
Evolução: Catálogo (CC) Centro de Dados (CRB)
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Desafios• Mudança de cultura (compartilhamento de
dados/ informações)
• Adoção de padrões mínimos (integração de dados de fontes diversas)
• Desenvolvimento e uso de ferramentas computacionais: Integração de dados e de interoperabilidade
de sistemas Análise, síntese e visualização
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Modelo: CABRI – Common Access to Biological Resources and Information
Metas Aumentar a conscientização dos usuários
científicos quanto à qualidade e variedade de coleções de culturas Européias
Facilitar o acesso ao material e à informação
Estratégia adotada Desenvolvimento de um sistema de acesso
único aos catálogos das coleções Garantia de um nível comum de qualidade do
material e informação associada
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CABRI
Iniciativa da Comunidade Européia
Hoje é um consórcio de nove centros de recursos biológicos Belgian Co-ordinated Collections of Micro-organisms CABI Bioscience (UK) Centraalbureau voor Schimmelcultures (Holanda) Institut Pasteur CIP (França) CERDIC (França) Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen
(Alemanha) European Collection of Cell Cultures (UK) National Institute for Cancer Research, Interlab Cell Line
Collection (Itália) National Collections of Industrial, Marine and Food Bacteria (UK)
http://www.cabri.org/
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CABRI – padronização dos dados
• dados mínimos, dados recomendados e dados completos para cada grupo taxonômico.
• permite a inclusão de dados históricos
• permite a inserção de dados mais completos
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CABRI Guidelines
• Padrões de qualidade para o gerenciamento de coleções
• Guidelines para a produção de catálogo
• Manual de Procedimentos
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Microrganismos
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Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico
http://sicol.cria.org.br
Apoio MCT/CNPq/Finep
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Objetivos do SICol
Servir de elemento integrador às diversas e diferenciadas coleções
Atender à demanda por informação das coleções e dos usuários de insumos biológicos na área da biotecnologia
Atender à demanda por informação dos formuladores de políticas públicas.
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Diagnóstico para definir a arquitetura: documentação e registro de dados infra-estrutura e capacitação ferramentas disponíveis
Desenvolvimento de um web site
A primeira fase do projeto envolveu:
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Documentação básica (registro apenas de campos mínimos) pouco estruturada (pouca/nenhuma utilização de
vocabulário controlado e formatos comuns) atendimento da demanda interna
Infra-estrutura e capacitação acesso à Internet é precário sem apoio de informática necessidade de um sistema de gestão do acervo
Ferramentas disponíveis Sistema distribuídos eram complexos: demandariam uma
certa competência em informática nas coleções
Diagnóstico (2001)
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Diagnóstico: Arquitetura do Sistema
Opção por um sistema centralizado (no momento)
Princípios: Provedor dos dados: total domínio, controle e
responsabilidade pelos dados Desenvolvimento do sistema: baseado em
protocolos abertos, “platform independent”, utilizando sempre que possível software de acesso público, não comercial .
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2a. Fase: desenvolvimento do sistema on-line (catálogo virtual)
Interface Web
Bactérias
Fungos
Células
Etc...
Base de dados do SICol
Coleções
Usuário
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Características do Sistema
Autonomia completa das coleções em relação aos dados.
Desenvolvido utilizando aplicativos “open source” ou livre
Compatibilidade com o padrão CABRI
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Autonomia das coleções
O SICol disponibiliza uma área de acesso restrito para que as coleções administrem os seus dados pela internet.
A qualquer momento as coleções podem inserir novos dados ou apagar os que estão sendo disponibilizados por ela.
A qualidade das informações disponibilizadas é de total responsabilidade de cada coleção.
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Para participar do SICol
1- Preencher e enviar para o CRIA o questionário: http://sicol.cria.org.br/pdf/questionario.rtf
2- O CRIA envia login e senha por e-mail para acesso à área restrita: http://sicol.cria.org.br/adm/
3- Na área restrita a coleção pode baixar a planilha modelo já no formato que os dados devem ser enviados ao SICol.
4- Através da área restrita a coleção também pode atualizar os dados no sistema.
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Resultado do esforço conjunto...
http://sicol.cria.org.br/cv
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Bacillus cereus
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Atualização
• CABRI: as coleções se comprometem a atualizar os seus catálogos a cada 6 meses
• SICol: não existe qualquer compromisso nesse sentido
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Rede speciesLink
Provedores: coleções biológicas com total domínio sobre os dados
Sistema Distribuído Modelo de dados: DarwinCore Protocolo de comunicação: DiGIR
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Novos desenvolvimentos
• Trabalhar no conteúdo do SICol
• Desenvolvimento do sistema de gerenciamento
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portal
Sistema de preservação de dados para gerações futuras (long term data archive)
data commons space
servidor regional
coleções biológicas dados de observação
data commonsspace
dados taxonômicos
Serviços Web•Mapas•Modelagem•Datacleaning•Georeferenciamento automático•Outros serviços
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Cenário envolvendo o uso de padrões e protocolosCenário envolvendo o uso de padrões e protocolos
dados descritivos
nomenclatura taxonomia
modelagem
qualidade de dados
mapas
dadosprimários
educaçãopesquisa
tomada dedecisão
coleçãobiológica
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Obrigada
Dora Ann Lange Canhos
http://splink.cria.org.brhttp://www.cria.org.br