sistema de simulación por dinámica molecular de
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propiedadespropiedades
eléctricaseléctricas
1952
1976
1985
1991
2003200420052006
20022001
1993
deposición deposición carbón carbón
vaporizadovaporizado
C60
NTC en hollín
paredparedsencillasencilla
NEC, JapónNEC, JapónIBM, EUAIBM, EUA
1995
Dinámica MolecularDinámica MolecularREBOREBO
URSSURSSRadushkevichLukyanovich
1960
1970
AplicacionesAplicaciones
Sistema de simulación por dinámica molecular de interacciones entre nanotubos de carbono de pared sencilla y diferentes polímeros
Cro
nogr
ama
de lo
s na
notu
bos
de c
arbó
n (N
TC)
Diagrama MoSDAS
user
DNA.xyz
DNA.crdDNA.top
bio.pdb DNA.pdbCNT.pdb
centered.g96CNT.topCNT.g96 gromacs.g96
CNT.itp DNA.itp ions.itpwater.itpposre_CNT.itp
input.mdpindex.ndx init.g96 DNA_CNT.top
topol.tpr
nucInput.py
sed edition
measuremoleculeLenght
moved withVMD script
sed editionsed edition
measuremoleculeLenght
developmentof the file complete the
input templete
developmentof the file
Myrna I. Merced Serrano1, Raúl Colón2, José O. Sotero Esteva1
1. Departamento de Matemáticas, 2. Departamento de Física y Electrónica Universidad de Puerto Rico en Humacao
MoSDASGUI● integra cuatro paquetes de
simulación de dinámica molecular usando cuatro lenguajes de programación.
● Incorpora dos métricas especialmente diseñadas para conformación de polímeros sobre NTCs
● proveerá biblioteca de especificaciones físicas para distintos polímeros y diferentes tipos de interacción
Mon
ómer
o d
e es
tiren
o
vista lateralVista desde adentrodel tubo
ADN de hebra sencilla
Importancia:Importancia:
●utilidad de nanutubos funcionalizados en la fabricación de sensores
●estudios de efectos de interacción de CNT con polímeros biológicos
Objetivo:Objetivo:
Construir un herramienta que: ●presente interfaz fácil de usar,
●agilice la utilización de programado complejo de simulación de dinámica molecular,
●acopie parámetros físicos apropiados,
●presente funciones de distribución apropiadas para este tipo de estudio.
Este proyecto es financiado por el proyecto Partnership for Research and Education in Materials (PREMUPRH). Myrna I. Merced agradece a los proyectos PREMUPRH, Undergraduate Research in Mathematics for Academic Achievement (URMAA) y RISE por su auspicio. Raúl Colón agradece el apoyo del proyecto UPRH Minority Access to Research Careers. José O. Sotero Esteva agradece el auspicio de PREMUPRH y URMAA.
Simulación preliminar demuestra viabilidad de la simulación con otros polímeros. Ya había sido hecha con ADN.
URMAAURMAA
NSFDMR353730NSA H9823004C0486NIH 5T34GM00815617NIH 1R25GM07534801A1