spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny...
TRANSCRIPT
![Page 1: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/1.jpg)
1
Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl
■ proteíny (prednášky PSF)
■ DNA, RNA
■ sacharidy
■ mastné kyseliny
![Page 2: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/2.jpg)
2
Stanovenie proteínov
Biuretová metóda
BCA (Smithova) metóda
Lowryho metóda
λmax = 540 nm
λmax = 720 nm
λmax = 562 nm
![Page 3: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/3.jpg)
3
Bradfordova metóda
Reakcia s fluoreskamínom
Ninhydrínova reakcia
λex = 390 nm
λem = 475 nm
λmax = 570 nm
λmax = 590 nm
![Page 4: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/4.jpg)
4
Nitrácia proteínov (xanthoproteínová r.)
http
://ww
w.n
atu
re.c
om
/npro
t/journ
al/v
9/n
4/fu
ll/npro
t.20
14.0
52.h
tml
■ HNO3
■ λmax = 358 nm
■ detekčný limit: 5 μg
■ interferencia: TX-100, fenolové zlúčeniny
![Page 5: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/5.jpg)
5
![Page 6: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/6.jpg)
6
Stanovenie DNA
■ 1. krok: HClO4....depurinácia DNA
■ 2. krok: DABA....tvorba farebného produktu, λmax = 420 nm, príp. λex = 420 nm,
λem = 520 nm
R. s kyselinou 3,5-diaminobenzoovou (DABA)
■ r. je špecifická pre DNA
■ interferencia: lipidy, sacharidy, soli, TX-100
riešenie: precipitácia DNA pomocou EtOH
■ detekčný limit:
absorbancia 25 μg DNA
fluorescencia 10 ng DNA (1 μg/mL pri 10 μL vzorky DNA)
![Page 7: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/7.jpg)
7
depurinácia:
reakcia s DABA:
![Page 8: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/8.jpg)
8
R. s difenylamínom (DPA)
podobne ako pri DABA:
■ 1. krok: depurinácia DNA (tvorba ω-hydroxylevulinaldehydu)
■ 2. krok: r. s DPA....tvorba farebného produktu, λmax = 595 nm
■ interferencia: lipidy, sacharidy, proteíny, RNA
![Page 9: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/9.jpg)
9
Fluorometrické metódy
■ vysoko citlivé
■ nízky detekčný limit
■ založené na nekovalentnej interakcii interkalačných činidiel
![Page 10: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/10.jpg)
10
Stanovenie RNA
R. s orcinolom
■ 1. krok: HCl...depurinácia RNA/tvorba furfuralu
■ 2. krok: orcinol/Fe3+....tvorba farebného produktu, λmax = 660 nm
![Page 11: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/11.jpg)
11
![Page 12: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/12.jpg)
12
htt
ps:/
/ww
w.n
cbi.nlm
.nih
.gov/p
roje
cts
/gap/c
gi-
bin
/docum
ent.
cgi?
stu
dy_id
=phs000200.v
4.p
2&
ph
d=
19
61
![Page 13: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/13.jpg)
https://pt.slideshare.net/acpammar/p-h-glass-electrode/5
Influence of the concentration and kind of the alkaline solution on
the pH-value (an electrode with a low alkaline error was used for
measurements)
https://www.researchgate.net/publication/228500946_Alkali-activated_binder_and_pozzolan_cement_binder-compete_binder_reaction_or_Two_sides_of_the_same_story/figures?lo=1
![Page 14: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/14.jpg)
14
Stanovenie sacharidov
R. s ferrikyanidom
■ alkalický roztok ferrikyanidu, 100 °C, 10 min
■ vzniká ferrokyanid, λmax = 237 nm
■ interferencia: Trp, Tyr
■ detekčný limit: 1 nmol (mannóza)
![Page 15: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/15.jpg)
15
R. s fenolom
■ 1. krok: hydrolýza polysach. v konc. H2SO4
■ 2. krok: reakcia s fenolom = vzniká žltý produkt, λmax = 492 nm
■ interferencia: Trp, Tyr
■ detekčný limit: 0.2 μg (maltóza)
![Page 16: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/16.jpg)
16
R. s 2-aminotiofenolom
■ r. furfuralu s aminotiofenolom = vysoko fluorescenčný produkt
λex = 361 nm, λem = 411 nm
■ interferencia: SDS, TX-100, Tris
■ detekčný limit: 50 ng (Glc, Gal, Xyl), 10 ng (arabinóza)
![Page 17: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/17.jpg)
17
Purpald®-ová metóda
■ na dôkaz bakteriálnych polysach.
■ λmax = 550 nm
■ detekčný limit: 15 μg/mL
![Page 18: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/18.jpg)
18
Stanovenie MK
Stanovenie MK (C > 10)
■ r. MK s dusičnanom kobaltnatým v organickom rozpúšťadle
■ λmax = 435 nm
■ detekčný limit: 0.1 μM
■ interferencia: PLs
![Page 19: Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny ...labaky.unas.cz/biochem_analyt_met/prednaska2-1.pdf · 1 Spektrálne metódy stanovenia biomakromolekúl proteíny (prednášky](https://reader036.vdocuments.pub/reader036/viewer/2022081400/60944a3ecf3676225a59768b/html5/thumbnails/19.jpg)
19https://en.wikipedia.org/wiki/Densitometer
■ vizualizácia iódom