struktur virus
DESCRIPTION
struktur dan sifat dari virusTRANSCRIPT
1
SIFAT VIRUSSIFAT VIRUS
TEORI ASAL MULA VIRUSTEORI ASAL MULA VIRUS
1. Teori regresif: virus merupakan bentuk degeneratif dari parasit 1. Teori regresif: virus merupakan bentuk degeneratif dari parasit intraselulerintraseluler
• Teori progresif : asam nukleat sel normal yang mampu Teori progresif : asam nukleat sel normal yang mampu bereplikasi di dalam sel . Mislanya Virus DNA berasal dari bereplikasi di dalam sel . Mislanya Virus DNA berasal dari plasmid. Retrovirus berasal dari retrotransposom dan RNA plasmid. Retrovirus berasal dari retrotransposom dan RNA virus berasal dari mRNAvirus berasal dari mRNA
• Teori Ko-evolusi:Teori Ko-evolusi: Virus berevolosi secara sejajar dengan kehidupan Virus berevolosi secara sejajar dengan kehidupan
• Semua teori ini ada benarnyaSemua teori ini ada benarnya
3
SIFAT-SIFAT VIRUSSIFAT-SIFAT VIRUS
• Agen infeksius yang berukuran sangat kecil• Mempunyai susunan yang sederhana.• Hanya dapat bereplikasi dalam sel hidup dapat bereplikasi dalam sel hidup
(manusia, hewan, tanaman dan bakteri). (manusia, hewan, tanaman dan bakteri). • Tidak bermetabolisme di luar sel inangTidak bermetabolisme di luar sel inang• memperbanyak diri dengan mengandalkan proses memperbanyak diri dengan mengandalkan proses
metabolisme dari sel inang. metabolisme dari sel inang. • Penyakit akibat infeksi virus terjadi karena Penyakit akibat infeksi virus terjadi karena
interaksi antara virus sel inanginteraksi antara virus sel inang
Definisi virusDefinisi virus
• Merupakan parasit sub-mikroskopik yang mutlak memerlukan sel Merupakan parasit sub-mikroskopik yang mutlak memerlukan sel hidup.hidup.
• Ukuran virus 20-400 nm. Berbentuk batang, sferik atau Ukuran virus 20-400 nm. Berbentuk batang, sferik atau pleomorfik.pleomorfik.
• Hanya dapat tumbuh dalam sel hidup. Hanya dapat tumbuh dalam sel hidup.
• Tidak mempunyai informasi genetik untuk menyandi apparatu Tidak mempunyai informasi genetik untuk menyandi apparatu untuk membentuk energi metabolk yang diperlukan sintesis untuk membentuk energi metabolk yang diperlukan sintesis protein.protein.
5
Struktur VirusStruktur Virus
• Partikel virus (virion) terdiri Partikel virus (virion) terdiri atas asam nukleat dan protein atas asam nukleat dan protein (kapsid)(kapsid)
• Beberapa virus dilengkapi Beberapa virus dilengkapi dengan envelope (membran dengan envelope (membran glikoprotein ) e.g. vesicular glikoprotein ) e.g. vesicular stomatitisstomatitis
6
KapsidKapsid
capsomerescapsomeres
Nucleocapsid(nukelokapsid tanpa genomadalah kapsid))
envelopedvirus
envelope
a virion
7
Simetri virusSimetri virus
• IcosahedralIcosahedralConstructed of 20 equilateral Constructed of 20 equilateral
triangular faces triangular faces e.g. foot-and e.g. foot-and mouth disease virusmouth disease virus
• Helical Helical – Tubular construction with the Tubular construction with the
subunits arranged around the subunits arranged around the nucleic acid in a coilnucleic acid in a coile.g. rabies viruse.g. rabies virus
– See page 12 to 15 Veterinary Virology 3 See page 12 to 15 Veterinary Virology 3 for more detailfor more detail
8
Simetri virusSimetri virus• IcosahedralIcosahedral
Tersusun atas 20 permukaan segitiga Tersusun atas 20 permukaan segitiga sama sisisama sisi
Contoh : virus mulut dan kukuContoh : virus mulut dan kuku
• Helical Helical – Tabung yang tersusun atas berbagai Tabung yang tersusun atas berbagai
subunit yang tersusun berbentuk kil subunit yang tersusun berbentuk kil menutupi asam nukleatmenutupi asam nukleat
– Contoh : virus rabiesContoh : virus rabies
9
• KompleksKompleks
Belum sepenuhnya Belum sepenuhnya diketahuidiketahui
e.g. smallpox viruse.g. smallpox virus
• Filamen pleomorficFilamen pleomorfic
e.g. ebolaviruse.g. ebolavirus
10
Virologi: Sejarah, sifat dan Virologi: Sejarah, sifat dan klasifikasiklasifikasi
• Viruses:Viruses:– Nucleic acid (genome) is DNA or RNA, but not Nucleic acid (genome) is DNA or RNA, but not
both; it provides the information for directed both; it provides the information for directed cell synthesis of new virus particlescell synthesis of new virus particles
– Nucleic acid is enclosed in a protein coatNucleic acid is enclosed in a protein coat– Require a cell for replication (remember viruses Require a cell for replication (remember viruses
replicate not multiply)replicate not multiply)– Rely upon cell receptors for entry to the cellRely upon cell receptors for entry to the cell
11
Asam inti (genom)Asam inti (genom)
Asam Inti
DNA
RNA
Serat Ganda (Double Stranded)
Positive
Negative
RNA DNA
serat tunggal (Single Stranded)
Serat ganda (Double Stranded)
(serat tunggal) Single Stranded
12
Struktur Kimia genomStruktur Kimia genom
Semua virus DNA Semua virus DNA mempunyai serat mempunyai serat beruntai ganda kecualiberuntai ganda kecuali
circoviruses and circoviruses and parvovirusesparvoviruses
• Semua virus DNA Semua virus DNA mempunyai 1 molekul mempunyai 1 molekul asam nukleat (tidak asam nukleat (tidak bersegmenbersegmen
13
• Virus RNA dapat mempunyai asam nukleat Virus RNA dapat mempunyai asam nukleat berserat tunggal atau ganda dan juga dapat berserat tunggal atau ganda dan juga dapat bersegmen atau berupa satu molekul, polarisasi bersegmen atau berupa satu molekul, polarisasi positif ata negatifpositif ata negatif
14
Struktur kimia kapsid (Protein)Struktur kimia kapsid (Protein)
• Protein strukturalProtein struktural– Menjaga kesetabilan virus Menjaga kesetabilan virus
dan berperan dalam dan berperan dalam perlekatan virus ke sel perlekatan virus ke sel inanginang
• Protein non-strukturalProtein non-struktural– Enzim yang diperlukan Enzim yang diperlukan
dalam replikasi virusdalam replikasi virus– Antibodi biasanya terbetuk Antibodi biasanya terbetuk
terhadap protein struktural. terhadap protein struktural.
15
Fungsi protein struktural Fungsi protein struktural
• Melindungi asalm nukleatMelindungi asalm nukleat
• Melekatkan virus pada reseptor sel inangMelekatkan virus pada reseptor sel inang
• Menembus membran sel inangMenembus membran sel inang
• Replikasi asam nukleat virus (beberapa Replikasi asam nukleat virus (beberapa virus)virus)
• Memodifikasi sel inangMemodifikasi sel inang
16
Sifat-sifatSifat-sifat Virus yang berhubungan dengan Virus yang berhubungan dengan disinfeksidisinfeksi
• Sensitivitas terhadap pemanasanSensitivitas terhadap pemanasan– Virus yang mempunyai amplop relatif lebih Virus yang mempunyai amplop relatif lebih
sensitif terhadap pemasanansensitif terhadap pemasanan
• Sensitivitas terhadap pHSensitivitas terhadap pH– pH yang ekstim dapat merusak viruspH yang ekstim dapat merusak virus
• Palarut lemakPalarut lemak– Virus yang mempunyai amplop umumnya Virus yang mempunyai amplop umumnya
lebih sensitiflebih sensitif
• Zat kimiaZat kimia– Bereaksi dengan asam amino dari protein Bereaksi dengan asam amino dari protein
beberapa di antaranya menginaktifkan DNA beberapa di antaranya menginaktifkan DNA atau RNAatau RNA
• Radiasi dan sinar ultravioletRadiasi dan sinar ultraviolet
17
Sifat-sifat virus yang berhubungan dengan Sifat-sifat virus yang berhubungan dengan diagnosisdiagnosis
• Virus dapat dilihat dengan Virus dapat dilihat dengan mikroskop elektronmikroskop elektron
• Virus dapat diisolasi Virus dapat diisolasi dalam sel hidupdalam sel hidup
• DNA atau RNA dapat DNA atau RNA dapat dilacak dengan dilacak dengan Polymerase chain reaction Polymerase chain reaction (PCR)(PCR)
• Antibodi khas virus dapat Antibodi khas virus dapat dilacak pada hewan yang dilacak pada hewan yang terinfeksi virusterinfeksi virus
18
Klasifikasi VirusKlasifikasi Virus
Didasarkan padaDidasarkan pada• Genom (RNA, DNA, SS, DS etc)Genom (RNA, DNA, SS, DS etc)
• Morfologi virion, envelopeMorfologi virion, envelope
• Cara ReplikasiCara Replikasi
• Hubungan serologis (Hubungan serologis (SerotipeSerotipe))
International Committee onInternational Committee onTaxonomy of VirusesTaxonomy of Viruses
19
Dasar-dasar penamaan virusDasar-dasar penamaan virus
• Ordo ( - Ordo ( - viralesvirales))
• Familia ( - Familia ( - viridaeviridae))
• Sub-familia ( -Sub-familia ( -virinaevirinae))
• Genera ( - Genera ( - virusvirus))
• Nama umumNama umum
20
Perbandingan bentuk Perbandingan bentuk dan ukuran virus dari dan ukuran virus dari berbagai Familiaberbagai Familia
21
Perbandingan Perbandingan bentuk virus bentuk virus dari berbagai dari berbagai Familia dengan Familia dengan pewarnaan pewarnaan negative pada negative pada mikroskop mikroskop elektronelektron
A: PoxA: PoxB: PapillomaB: PapillomaC: FiloC: FiloD: ReoD: ReoE: HerpesE: HerpesF: RhabdoF: RhabdoG: CaliciG: CaliciH: BunyaH: BunyaI: OrthomyxoI: Orthomyxo
22Sistem Taksonomi Universal agen penyakit pada hewan dan manusiaSistem Taksonomi Universal agen penyakit pada hewan dan manusia
Poxviridae Chordopoxvirinae
Orthopoxvirus vaccinia virus
Parapoxvirus orf virus
Avipoxvirus fowlpox virus
Capripoxvirus sheeppox virus
Leporipoxvirus myxoma virus
Suipoxvirus swinepox virus
Molluscipoxvirus Molluscum contagiosum virus
Yatapoxvirus Yaba monkey tumor virus
Entomopoxvirinae
Entomopoxvirus genera A, B,C
(Insect viruses, but likely also pathogens of fish)
Family (Order)
Subfamily Genus Type Species
THE DNA VIRUSES
The Double-Stranded DNA Viruses
Etc, etc
23
Virus dengan genom DNA serat Virus dengan genom DNA serat gandaganda
Poxviridae
Asfaviridae
Herpesviridae
Adenoviridae
Papovaviridaepapillomaviruses
adenoviruses
bovine herpesvirus-1,2
porcine cytomegalovirus
equine herpesviruses -1,4
african swine fever virus
poxviruses
24
Viruses with ss DNA genomesViruses with ss DNA genomes
Circoviridae
Parvoviridae
porcine circovirus
canine parvovirus-2
feline panleukopenia virus
porcine parvovirus (SMEDI)
25
Viruses with ds RNA genomesViruses with ds RNA genomes
Reoviridae
Birnaviridae
rotaviruses
bluetongue virus
african horse sickness
infectious bursal disease (chickens)
infectious pancreatic necrosis (salmonid fish)
26
Viruses with +ve RNA genomesViruses with +ve RNA genomes
Picornaviridae
Caliciviridae
Coronaviridae
Arteriviridae
Flaviviridae
Togaviridae
foot and mouth disease virus
porcine enteroviruses
feline calicivirus
equine arterivirus
pestiviruses (BVD)
coronaviruses
equine encephalitis viruses
27
Viruses with -ve RNA genomesViruses with -ve RNA genomes
Paramyxoviridae
Rhabdoviridae
Orthomyxoviridae
Filoviridae
Bunyaviridae
parainfluenza viruscanine distemper virus
respiratory syncytial virus
rabies virus
vesicular stomatitis virus
influenzaviruses
Ebola virus
Haantan virus
28
Viruses with reverse transcriptaseViruses with reverse transcriptase
Retroviridae
Hepadnaviridae
feline leukemia virus
feline, bovine immunodeficiency
viruses
bovine, avian leukosis viruses
caprine arthritis-encephalitis virus
29
Grup, tipe, strain dan isolatGrup, tipe, strain dan isolat
Grup (e.g. Virus blue tongue)
Tipe 1 …..sampai 24
Group specific antigen
Type 1 specificantigen
Type 2 specificantigen
•Strain merupakan virus yang Strain merupakan virus yang dikarakterisasi dengan baik. Strain virus dikarakterisasi dengan baik. Strain virus yang berbeda mempunyai karakteristik yang berbeda mempunyai karakteristik yang berbeda seperti virulensiyang berbeda seperti virulensi•Isolat menunjukkan virus yang diisolasi Isolat menunjukkan virus yang diisolasi dari inang atau lokasi tertentudari inang atau lokasi tertentu•Tipe umumnya berarti kekebalan tidak Tipe umumnya berarti kekebalan tidak conferred oleh pemamaparan conferred oleh pemamaparan sebelumnyaoleh tipe eg Foot-and-mouth sebelumnyaoleh tipe eg Foot-and-mouth diseasedisease
30
Pengelompokkan virus berdasarkan Pengelompokkan virus berdasarkan kriteria epidemiologikriteria epidemiologi
• Selain cara di atas virus juga dapat dikelmpokan Selain cara di atas virus juga dapat dikelmpokan berdasarkan kriteria epidemiologi sepert berdasarkan kriteria epidemiologi sepert Tropisme jaringan dan cara penularanTropisme jaringan dan cara penularan
• Enteric virusesEnteric viruses (penularan fecal-oral) and (penularan fecal-oral) and replicate primarily in the intestinal tract. Enteric replicate primarily in the intestinal tract. Enteric viruses are included in the families viruses are included in the families PicornaviridaePicornaviridae (genus (genus EnterovirusEnterovirus), ), Caliciviridae, Astroviridae, Caliciviridae, Astroviridae, Coronaviridae,Coronaviridae, ReoviridaeReoviridae (genera (genera RotavirusRotavirus and and ReovirusReovirus), ), Parvoviridae,Parvoviridae, and and AdenoviridaeAdenoviridae..
31
• Respiratory virusesRespiratory viruses Picornaviridae Picornaviridae (genus (genus RhinovirusRhinovirus), ), CaliciviridaeCaliciviridae, , Coronaviridae Coronaviridae (genus (genus CoronavirusCoronavirus)),, ParamyxoviridaeParamyxoviridae (genera (genera ParamyxovirusParamyxovirus, , RubulavirusRubulavirus and and PneumovirusPneumovirus), ), Orthomyxoviridae, Orthomyxoviridae, and and Adenoviridae.Adenoviridae.
• ArbovirusesArboviruses “ “ararthropod-thropod-boborne viruses”) Thus, the rne viruses”) Thus, the cycle is perpetuated. Arboviruses are included in cycle is perpetuated. Arboviruses are included in the families Togaviridae, Flaviviridae, the families Togaviridae, Flaviviridae, Rhabdoviridae, Bunyaviridae, Reoviridae (Rhabdoviridae, Bunyaviridae, Reoviridae (generagenera Orbivirus Orbivirus andand Coltivirus), Coltivirus), andand Asfarviridae. Asfarviridae.
• Oncogenic virusesOncogenic viruses Viruses that have Viruses that have demonstrated the capacity to be oncogenic, in demonstrated the capacity to be oncogenic, in experimental animals or in nature, are included in experimental animals or in nature, are included in the families the families RetroviridaeRetroviridae, , Hepadnaviridae,Hepadnaviridae, Papovaviridae, Adenoviridae,Papovaviridae, Adenoviridae, and and Herpesviridae. Herpesviridae.
•
Postulat Koch’sPostulat Koch’s
1.1. Agen penyakit harus ditemukan pada setiap kasus Agen penyakit harus ditemukan pada setiap kasus penyakitpenyakit
2.2. Agen penyakit harus dapat diisolasi dari inang dan Agen penyakit harus dapat diisolasi dari inang dan ditumbuhkan in vitroditumbuhkan in vitro
3.3. Penyakit harus muncul kembali bila agen yang Penyakit harus muncul kembali bila agen yang diisolasi diinfeksikan kembali pada inang yang diisolasi diinfeksikan kembali pada inang yang rentanrentan
4.4. Agen penyakit yang sama harus dapat diisolasi Agen penyakit yang sama harus dapat diisolasi kembali dari inang yang diinfeksikembali dari inang yang diinfeksi