sveučilište u dubrovniku - laboratorij za … mentora_lfg...unos tumor-supresorskih gena p53 i p21...
TRANSCRIPT
![Page 1: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/1.jpg)
Dr.sc. Marijeta Kralj
Laboratorij za funkiconalnu genomikuZavod za molekularnu medicinu
IRB
![Page 2: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/2.jpg)
Laboratorij za funkcionalnu genomiku –osnovan 2003. godine
JEDINICA ZA FARMAKOGENOMIKU JEDINICA ZA
PROTEOMIKU
JEDINICA ZA TRANSKRIPTOMIKU
![Page 3: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/3.jpg)
novosintetizirani spojevimale molekule
peptidiprirodni spojevi (ekstrakti bilja, minerali)komercijalni kemoterapeutici
In vitro testiranje potencijalnih protutumorskih spojeva
![Page 4: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/4.jpg)
In vitro testiranjePrimarni probirdodatna testiranja radi otkrivanja preciznijeg mehanizma djelovanja – molekularnih meta
utjecaj na stanični ciklusaktivacija određenog oblika smrti stanice (apoptoza, starenje, mitotska smrt)aktivacija/inhibicija gena/proteina...
In vivo studije Metode:
uzgoj stanica in vitro, dinamika rasta stanica/vijabilnost stanica (MTT-test), mikroskopija,protočna citometrija (određivanje staničnog ciklusa i apoptoze) SDS PAGE, Western blotting, Imunocitokemija
![Page 5: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/5.jpg)
Ispitivanje interakcijas mogućim metama (nukleotidi, proteini)
biološka aktivnostmehanizam djelovanja
molekularne mete
Dizajn novih spojevaradi optimizacije
opaženih svojstava
SpecifičniNeuobičajeno visok afinitet
Selektivni
PRIPRAVA NOVIH MALIH MOLEKULA
![Page 6: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/6.jpg)
Suradne institucije i laboratorijiFakultet kemijskog inženjerstva i tehnologije:
prof. dr. Mladen Mintasprof. dr. Grace Karminski-Zamolaprof. dr. Marija Šindler-Kulyk
Prirodoslovno matematički fakultetprof. dr. Marina Cindrić
Farmaceutsko-biokemijski fakultet prof. dr. Branka Zorc
Institut Rudjer Boškovićprof. dr. Mirjana Eckert-Maksićprof. dr. Mladen Žinić, dr. Ivo Piantanidadr. Ljerka Tušek-Božićdr. Manda Ćurićdr. Nikola Štambuk
Međunarodni instituti i laboratoriji (Njemačka, Poljska, BiH, Italija)
Do danas testirano ~ 550 spojevaU periodu 2003.- 2006. objavljeno 15 radova u prestižnim časopisima iz medicinske kemije, citiranih u CC.
![Page 7: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/7.jpg)
In-vitro + In-silico screening spojeva – suradnja s Laboratorijem za informacijske sustave, Zavod za elektroniku
Bioinformatika u otkriću antitumorskih lijekova
In-vitro screening Aktivnosti sojeva naviše staničnih linija
Sinteza KarakterizacijaNMR, mas.sp.
Baza DTP/NCIaktivnosti:
120 poznatih lijekova +~ 45000 drugih spojeva
Baza molekularnih deskriptora
Računalna analiza
Statistička analiza- “sravnjivanje” podataka - sličnost sa poznatim
farmaceuticima- slični spojevi iz DTP/NCI
Strojno učenje- procjena mehanizma
djelovanjaStructure-activity relationships (QSAR)
![Page 8: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/8.jpg)
Transkriptomika
FUNKCIONALNA GENOMIKA - razvoj i primjena metoda za određivanje funkcijegena
eksperimentalne metode širokog rasponaosnovni cilj - proširiti istraživanja odproučavanja jednog gena/proteina na svegene/proteine sustavnopovezati znanje o strukturi gena s funkcijom
![Page 9: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/9.jpg)
DNA čipovi (DNA microarrays)
Novi pristup istraživanju aktivnosti ili strukture gena na razini nekoliko stotina do desetaka tisuća gena (cijelog genoma) Različite metode, od kojih u LFG koristimo:
Affymetrix Gene ChipSystem®- platformu za analizu ekspresije čitavog genomaSuperArray® čipove (tzv. makročipove, za anlizu stotinjak gena uključenih u određeni signalni put ili bolest
![Page 10: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/10.jpg)
Transkriptomika
Ostale metode: Bioinformatička obrada dobivenih signala na čipovimaIzolacija RNA, DNALančana rekacija polimerazom (PCR, real-time PCR)Horizontalna gel elektroforezaIzolacija proteinaSDS-PAGEWestern blotting
![Page 11: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/11.jpg)
Proteomika
PROTEOM – set svih proteina u određenom organizmu, u određenom trenutku i određenoj situacijiPROTEOMIKA – analiza proteoma – svih proteina u nekom uzorku
mjerenje prisutnosti, kao i količine proteinaglobalni uvid u biologiju nekog organizma, jer se proučava MNOŠTVO proteina odjednom (umjestopojedinačno) proteini, a ne geni, odgovorni su za fenotip!!
![Page 12: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/12.jpg)
analiza•denzitometrija
•kvantifikacija
•software-ska obrada
izolacija•tkivo
•stanice
•stanična frakcija
•tjelesna tekućina..
frakcioniranje/separiranje•kromatografije
•2-D elektroforeza
•kombinacija više metoda
karakterizacija•spektrometrija masa (MS)
•LC-MS
•sekvencioniranje
•baze podataka
METODE U PROTEOMICI
![Page 13: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/13.jpg)
2-D elektroforeza
1-D: izoelektričnofokusiranje -razdvajanje proteinana temelju njihoveizoelektrične točke (pI)2-D - proteini se razdvajaju premaproteinskoj masi (MW), okomito u odnosu naprvu dimenziju
![Page 14: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/14.jpg)
ANALIZA GELOVA
separirani se proteinivizualiziraju bojanjemsrebrom, Coomasie plavilomili fluorescentnim bojama. analiza 2-D gelova je jedan odnajkompleksnijih zadataka u molekularnoj biologiji -tipičan 2-D gel sadrži 10.000točaka koje trebaidentificirati i kvantificirati, te usporediti s drugimgelovima!sustavi za imaging i pratećisoftware od kritičnog suznačaja za 2-D elektroforezu!
![Page 15: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/15.jpg)
Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21Unos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori)Istraživanje uloge gena p53 i p21 u tumorskim stanicama (ključnigeni u regulaciji staničnog ciklusa, smrti stanice te odgovora na terapiju!)Učinak povećane ekspresije ovih gena na regulaciju staničnog ciklusa, aktivaciju smrti stanica, kao i odgovora na kemoterapijuGensko liječenje tumora! (Ad- p53, prvi odobreni genski lijek uopće!)Metode:
umnožavanje i pročišćavanje (gradijent CsCl) adenovirusnih vektorainfekcija stanica praćenje ekspresije unešenih gena detekcija morfoloških promijena na stanicamaaktivacija različitih oblika stanične smrti
![Page 16: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/16.jpg)
Moguće okvirne teme za izradu doktorata
Aktivnost novih, potencijalnih antitumorskih lijekova (in vitro/in silico) (dr. sc. M. Kralj, dr. sc. L. Šuman)Novi terapijski modaliteti u liječenju malignih bolesti (prof. M. Radačić) Uloga različitih mehanizama odgovora stanica na terapiju oštećenjem DNA (dr. sc. M. Kralj)Uloga gena p53 i p21 u tumorskim stanicama (dr. sc. M. Kralj, dr. sc. N. Slade)Molekularna obilježja miofibroblasta Dupuytren-ove bolesti (prof. K. Pavelić)
![Page 17: Sveučilište u Dubrovniku - Laboratorij za … mentora_LFG...Unos tumor-supresorskih gena p53 i p21 zUnos gena pomoću modificiranih adenovirusa (adenovirusni vektori) zIstraživanje](https://reader033.vdocuments.pub/reader033/viewer/2022041805/5e5442cfa9b98a39d54ec5d3/html5/thumbnails/17.jpg)
http://www.irb.hr/hr/str/zmm/LABS/LFG/
Kontakti
M. Kralj - [email protected]. Šuman – [email protected]. Radačić – [email protected]. Pavelić – [email protected]. Gall-Trošelj – [email protected]