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TECNICHE DELLA RICERCA NELLE BANCHE DATI ONLINE

MATERIALE DIDATTICO A CURA DI:

S. FACCO, P. GARDOIS, G. GRILLO, B. MARTIN, C. RUFFINENGO,

C. VILLANACCI I PARTE (STRATEGIE / MEDLINE)

Corso di formazione Tutoriale – 11° ed. Torino, 5 novembre 2010

Tecniche della ricerca nelle banche dati online

LA RICERCA BIBLIOGRAFICA IN DUE PASSAGGI

PROGETTAZIONE

quesito scomposizione

parole chiave PICO

operatori booleaniconcatenazione delle parole

STRATEGIA

database quale utilizzare?

i tesauri il MESH e non solo

la ricerca per voce di tesauro /termine libero

i sottodescrittori da quale punto di vista affrontare l’argomento cercato

Focus/explode le voci di soggetto principali, l’inclusione delle diramazioni secondarie di un soggettoi limiti e tipi di pubblicazione


fase preliminareFocalizzare il problemaScomporlo in termini essenzialiTradurre i termini in inglese

esecuzioneCercare i termini MESH che rappresentano i concetti e i subheadingrelativi ad ogni termine

Combinare i termini scegliendo gli operatori booleani adeguati

LA PROGETTAZIONEquesito scomposizione


ANDIn Ovid può essere sostituito dall’opzione“Combine”

OR

NOT

a bA+B

LA PROGETTAZIONEOperatori booleani concatenazione delle parole


Il modello PICO : Patient group(s)Intervention treatmentComparisonOutcome

In EBM viene richiesta la capacità di trasformare lo scenario o caso clinico in domande (quesiti clinici) correttamente formulate. Saranno caratterizzate dalla peculiarità di:•Essere centrate sul paziente•Generare risposte appropriate e preciseI quesiti clinici dovrebbero contenere 4 elementi:

LA PROGETTAZIONEParole chiave PICO


“TRADURRE” il PICOPatient and Problem

Come descriveresti un gruppo di pazienti simili a colui che stai trattando? Quali sono le principali caratteristiche del paziente? Considera il problema primario, ma anche condizioni correlate: età, sesso, talvolta il gruppo sociale o etnico a cui appartiene, la sua storia personale. (es: è un fumatore? è stato esposto a sostanze tossiche? etc.)

InterventionQuale intervento fondamentale stai per prendere in considerazione? Prescrizione di un farmaco? di un test diagnostico? di un intervento chirurgico? Quali altri fattori possono influenzare la prognosi del paziente (vedi sopra)?

OutcomeChe cosa vuoi ottenere, misurare, migliorare o modificare? Cosa stai cercando di fare per il tuo paziente? Ridurre il numero di eventi avversi? Migliorare i risultati funzionali?

ComparisonQuali sono le alternative prinicipali all’intervento preso in esame? Stai per scegliere tra due farmaci, un farmaco ed un placebo, due test diagnostici?Non sempre è presente un paragone specifico


MEDLINECaratteristiche della banca dati:

Parte dal 1950, prodotto dalla National Library of Medicine

Indicizza solo articoli di riviste (5.197 riviste biomediche internazionali, 80% del contenuto in lingua inglese)

Settori: Medicine, Biology,Environmental science, Marine biology, Plant and animal, science, Biophysics, Chemistry, Nursing, Dentistry, Veterinarymedicine, Allied health, Pre-clinical sciences

Thesaurus:MESH (Medical Subject Headings della NLM)

LA STRATEGIAdatabase quale utilizzare


Le pubblicazioni specifiche di una disciplina vengono recensite o indicizzate e successivamente raccolte in un repertorio bibliografico (cartaceo: soggetti-autore; elettronico: database) che ne agevola il ritrovamento.

Il metodo più efficace per interrogare un repertorio bibliografico è l’utilizzo di parole chiave (o termini di soggetto) che formano un tesauro (o soggettario): vocabolario controllato con l’abolizione dei sinonimi in cui le varie voci sono strutturate tra loro in una rete di relazioni gerarchiche: “struttura ad albero”

Nell’ambito delle scienze mediche ed infermieristiche il repertorio principale è:

MEDLINE (Pubmed gratuito http://www.pubmed.gov)

N.B. Per l’accesso al testo pieno, al catalogo e ad altri serviziricordarsi l’integrazione con

LA STRATEGIAI tesauri il MeSH e non solo


Thesaurus livello ottimale di controllo, consente univocitànei termini di ricerca

Ricerca libera sconsigliabile in genere poiché riduce il controllo. Implica una ricerca in tutti i campi [Tag] (TIAB, Text Word, MeSH Terms, etc.)

IMPORTANTE!La ricerca può anche essere effettuata tramite parole troncate,

in questo caso il sistema ricerca tutti i termini che iniziano con la stringa data, es.: inserendo: bacter*

il sistema ritrova bacteria, bacterium, bacterophage etc…

LA STRATEGIALa ricerca per voce di tesauro

e/o termine libero


Gli indicizzatori possono anche assegnare un ulteriore elemento descrittivo ad un termine MeSH: i subheadings o sottodescrittori.

La loro funzione è di dettagliare ulteriormente un aspetto specifico di un termine MeSH.

Es.:DiagnosisSurgery

MetabolismPathology

LA STRATEGIAI sottodescrittori da quale punto di vista affrontare l’argomento cercato


Quando si sceglie un termine MeSH in Medline/PubMed viene selezionata in automatico l’opzione “explode”. Occorre deselezionare, se si vuole fare la ricerca solo sul termine scelto es.: Infection

LA STRATEGIAexplode l’inclusione delle diramazioni

secondarie di un soggetto


Restringere la ricerca agli articoli che hanno il soggetto scelto come soggetto rilevante

(in PubMed es. = infection*, l’asterisco indica che il soggetto è argomento principale )

LA STRATEGIAMajor Topic headings una

possibilità di restringere la ricerca


•Età•Specifici sottoinsiemi (subsets: systematic reviews…)•Tipo di pubblicazione•Lingua•Data•Altro…

LA STRATEGIAi limiti


Tra i vari generi di pubblicazioni utilizzati dalla National Library of Medicine per la recensione del materiale bibliografico (e utilizzabili come limiti nella ricerca) , ricordo i principali:

Clinical Trial rapporto di uno studio clinico pre-organizzato sulla sicurezza, efficacia o dosaggio ottimale di uno o più farmaci, dispositivi o tecniche diagnostiche terapeutiche o profilattiche in esseri umani selezionati in base a criteri predeterminati di idoneità e osservati per verificare l’evidenza di effetti favorevoli o sfavorevoli.

Controlled Clinical Trial lavoro che consiste in un esperimento clinico che implica uno o piùtrattamenti di prova, almeno un trattamento di controllo, misure specifiche dei risultati per valutare l’intervento e una metodologia priva di pregiudizi finalizzata ad assegnare i pazienti al trattamento.

Meta-Analysis lavoro che consiste in studi che utilizzano un’analisi quantitativa per combinare i risultati di studi indipendenti e riassunti e conclusioni che possono essere usati per valutare l’efficacia terapeutica.

Practice Guideline lavoro che consiste in un insieme di direttive o principi per indirizzare il personale medico in decisioni sanitarie circa le procedure diagnostiche, terapeutiche o cliniche da adottare in specifiche circostanze cliniche. Possono essere sviluppate da agenzie governative a qualunque livello, istituzioni quali società professionali o comitati governativi.

Randomized Controlled Trial lavoro che consiste in un esperimento clinico che include fasi specifiche e preordinate di gestione dello stesso.

Revisione sistematica differiscono dalle revisioni tradizionali della letteratura in quanto riuniscono risultati di tutti gli studi clinici condotti su un determinato argomento, ottenendo una stima basata su un numero maggiore di soggetti, quindi statisticamente più stabile e clinicamente più affidabile.

LA STRATEGIAtipi di pubblicazione


Strumenti di ricerca

• Database bibliografici• Cataloghi• Subject gateways• Motori di ricerca• Mailing list e rispettivi archivi• Forum di discussione• Siti di associazioni professionali


Le fonti per la ricerca bibliografica onlinein ambito biomedico:

I database: definizione

• La gestione dell’informazione è lo scopo principale di un database

• Esso è un insieme di descrizioni standard, strutturate e organizzate, accessibile all'utenza attraverso interfacce che ne permettano l'interrogazione e il recupero di dati


Una tabella di database

• Sono visibili i campi (colonne) in verticale e i record (righe) in orizzontale


Relazione tra tabelle

• Esempio di database relazionale, in cui le tabelle sono collegate tra loro


Ricercare in un database bibliografico

• Vanno distinti:– la struttura del database– il software di IR (= information

retrieval, recupero dell’informazione)


Ricapitolando: cosa sono i database bibliografici?

• In un database bibliografico i dati sono divisi in campi e record

• I record rappresentano le citazioni bibliografiche (che derivano dallo spoglio di articoli di riviste prese in considerazione dal database)

• Per ogni articolo viene prodotta una citazione bibliografica che comprende una serie di elementi (metadati). Questi riferimenti bibliografici sono relativi alla letteratura biomedica (prevalentemente periodici)

Le singole citazioni bibliografiche sono organizzate in campi (Autore, titolo, rivista …)


RISORSE A PAGAMENTOACCESSO DA CASA

http://proxy-medicina.unito.it


TROVA@UNITO E PUBMEDCome posso accedere ai servizi di trova@unito ?Collegarsi a Pubmed da link presenti su pc universitarioppure da casa tramite proxyhttp://proxy-medicina.unito.itinserendo le proprie credenziali SCU:


tutorial e FAQ strumenti risorse utili

MEDLINE IN PUBMED


La ricerca per parole “libere”inserendo le parole della ricerca, Pubmed procede con la funzione di completamento automatico, suggerendo i termini


gli esiti della ricerca:


selezionando gli articoli, posso gestirli in vario modo, posso (cliccando su send to): mandare le citazioni in un file, mandarle in una collection virtuale all’interno di MY NCBI, mandarle nel “clipboard”=parcheggio temporaneo (max 8 ore) di citazioniinviarle via mail


Sulla destra della schermata trovo:

La possibilità di gestire i risultati e di filtrarli

La possibilità di capire come il sistema hainterpretato la mia ricerca

La possibilità di visualizzarele ultime ricerche effettuate


Come Pubmed ha interpretato la ricerca – tramite parole libere - di

hospital infections:

"cross infection"[MeSH Terms] OR ("cross"[All Fields] AND

"infection"[All Fields]) OR "cross infection"[All Fields] OR ("hospital"[All

Fields] AND "infections"[All Fields]) OR "hospital infections"[All Fields]


La chiave per accedere: a. all’eventuale full-textb. al catalogo d’Ateneo

Questa citazione era stata selezionata per l’invio in clipboard, resta segnalato anche nel corso di ulteriori ricerche


Fornisce informazioni importanti per l’articolo:a. Tipo di disegno di studiob. Termini MeSH correlatic. Sostanze correlate


Consente di impostare formati diversi di visualizzazione dei datiImportante: Medline, contiene tutti i tag relativi all’articolo, da utilizzare per importare i dati in un sistema di gestione della bibliografia


In Advanced Search trovo:la “search history”

cliccando sui numero di esitidi ogni ricerca, ritorno all’elenco complessivo

cliccando sul numero progressivo di ogni ricerca, posso:

combinare le ricerche con gli operatori,cancellarle,rilanciarle,vedere come il sistema ha interpretato la ricerca,salvarla in MY NCBI


In Advanced Search posso limitare una ricerca per autore,rivista, data di pubblicazione o altri campi a scelta


In Advanced Search, posso gestire ulteriori limiti


La ricerca per termini MeSH

Opzione di ricerca tramite termini MeSH


Inserimento termine “libero” Il sistema “interpreta” il termine, suggerendo il termine di vocabolario controllato semanticamente più vicino al termine di partenza

Sottodescrittori: essenziali per capire da quale punto di vista ci interessa l’argomento cercato

2 funzioni importanti:a. Restringere la ricerca ai soli articoli aventi questo soggetto come argomento PRINCIPALEb. Non esplodere: non includere nella ricerca gli articoli soggettati con le diramazioni “figlie” di

questo termine

Nella parte sottostante della schermata, trovo:

a. Tutti i termini che, inseriti, avrebbero portato a quel termine MeSH, utili (correlandoli con OR) per ricerche per parole libere in database o altri sistemi non provvisti di tesauro

b. La ramificazione del MeSH all’interno della quale si trova il termine cercato, utile per sapere se ci interessa anche il termine “figlio” nella funzione Explode

“figlio” di “cross infection”Tecniche della ricerca nelle banche dati online

Selezionando da qui il termine, lo ricerco comprensivo di tutti i sottodescrittori

Possibilità di lanciare la ricerca direttamente in Pubmed


Invio della ricerca (dopo aver selezionato le opzioni desiderate) nel box di ricerca con gli operatori più opportuni


La ricerca è ora impostata all’interno del box, possibilità di verificarla e eventualmente modificarla, poi invio cliccando su


Stringa di ricerca lanciata e relativi risultati


La “carta d’identità” di un articolo

Dati bibliografici

Meshattribuiti


Non utilizzare i MeSH per:

Argomenti recenti

Argomenti poco studiati o poco consueti

Articoli inseriti nel database nel corso

delle ultime settimane


Registrazione per apertura account in Pubmed, che consente di:

Salvare le ricerche (anche in modalità alert = con avviso automatico di ulteriori pubblicazioni

inerenti la ricerca salvata)

Salvare collezioni di citazioni bibliografiche

Salvare la propria bibliografia, anche di altra letteratura non indicizzata in Pubmed

Visionare le ricerche svolte negli ultimi 6 mesi (solo se collegati nel corso di sessioni in My NCBI)

Personalizzare i filtri di ricerca


Ricerche salvate

Collezioni salvate

Bibliografia salvata

Attività recente (ultimi 6 mesi)


Da qui posso salvare la ricerca in My NCBI


Da qui, dopo averli selezionati, invio gli articoli nelle “Collections”


Esempio di comunicazione dell’avvenuto inserimento di nuova citazioneall’interno di una ricerca salvata in Pubmed con funzione di “alert”


Le collections possono essere rese “pubbliche”, in questo modo posso comunicare il link a dei colleghi o inserire l’URL all’interno di blog, pagine web…


TROVA@unito


TROVA@UNITO: COS’È


I SERVIZI DI TROVA@UNITOSERVIZI DI BASE 1TESTO COMPLETO

Tutti i possibili accessi per UNITOal full-text dell’articolo

Guida all'uso di TROVA@unito


I SERVIZI DI TROVA@UNITOSERVIZI DI BASE 2

CERCA DOCUMENTO CARTACEO PRESSO

Ricerca la rivista nel catalogo di ateneo


LE RIVISTE ON-LINE

Tutte offrono gratuitamente:Abstracts, norme per gli autori, indici…

MALa maggior parte sono a pagamento.

L’abbonamento per l’accesso è pagato da UNITO /FACOLTÀ DI MEDICINA/ASO

Un esempio:NATURE

http://www.nature.com/Tecniche della ricerca nelle banche dati online

IL SISTEMA BIBLIOTECARIO D’ATENEO - SBA

http://www.unito.it/SBA.htm


LA LISTA A-ZPER CERCARE UN PERIODICO ELETTRONICO

IN ABBONAMENTO O GRATUITO

http://malachia.unito.it:3210/unito/a-z/unito


LA LISTA A-ZPER CERCARE UN PERIODICO ELETTRONICO

IN ABBONAMENTO O GRATUITOhttp://malachia.unito.it:3210/unito/a-z/unito


LA LISTA A-Z RICERCA PER TITOLO DI PERIODICO = RIVISTA

Scrivere il titolo del periodico per esteso o abbreviato

Ricerca per ordinamento alfabetico

Selezionare prima di lanciarela ricerca

lanciarela ricerca


LA LISTA A-Z RICERCA PER TITOLO DI PERIODICO = RIVISTA

UN ESEMPIO

Accesso ai servizi di trova@Unito


ricerca semplice

ricerca avanzata

Possibilità di creare un’areapersonale dovesalvare ricerce e bibliografie

Catalogo Unico di Ateneo

Accedendo all'interfaccia on-line del catalogo si possono ricercare, utilizzando i

campi disponibili, i libri e/o i periodici e/o altri documenti, materiali multimediali, etc.

posseduti dalle biblioteche dell'Università di Torino e verificarne la localizzazione e la

disponibilità per il prestito e/o la consultazione.

Ricerca avanzata:

•ha un maggior numero di campi interrogabili

•è possibile effettuarlaanche ponendo dei limitisu: biblioteca, natura,tipologia del documento

...le riviste online gestite dalla Biblioteca DSPM:

Per le riviste:

Esito:Il primo è la versione cartacea,cliccando su arrivo ai dati sulla localizzazione e sul posseduto

Il secondo è la versione online, cliccando su vedo i dati catalografici del periodico, cliccando su questi ultimi accedo al periodico online

Per i libri:

Oltre alla normale ricerca per autore e/o titolo, è possibile ricercare tutti i libri catalogati presso questa biblioteca tramite voci di soggettoMeSH, inserendo la voce in “Ricerca libera”

Cliccando susi accede all’indicazionerelativa alla localizzazione

Cliccando sul titolosi accede ai dati catalograficie all’indicazione relativaalla localizzazione

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