tema 6b [modo de compatibilidad] · 2014-03-19 · cuadro 2. tamaño de muestra, número medio de...
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Caracterización Genética
Caracterización Genética
Cualquier gen que muestre polimorfismo (dos o más alelos) y que sea estable durante la vida del individuo se puede utilizar como marcador genético.
Caracterización GenéticaMicrosatélites
• Son muy frecuentes y están repartidos por todo elADN y, a menudo, presentando un alto grado depolimorfismo.
• El modelo de herencia es mendeliano y los alelosdetectados presentan codominancia.
• Se necesitan cantidades muy pequeñas de materialbiológico para la determinación de las variantesalélicas,
• Las técnicas empleadas para la detección de lavariabilidad son muy simples.
Caracterización GenéticaMicrosatélites
Microsatélite: HLM6 Nº de acceso GenBank: U36498 Tamaño: 418 pb
GATCCTGAGCACGGCACCTGGCACATTCATGGACATTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCGTGCGCGCGCGCTGATATAGAGAGAAAGGGGAGGGAGGGAGCGGAAACAGAGACAAAGTGGAGAGATATCGAAAATGGGTCAAAATACTAATGGGTACACCTGGATAAAGGGTATATGGTTGTTTACCATCCAGGCAACTTTTCCACAAGTTTATCTTTAAATAAATGCATTTTAAAAATGGACCGTTGGCTGTTGTCCCAAATTTTGCCTAACCTTTGAGATTTCTGGCTTTGATTCCCGCAGCTGCCATCGCTAGCGTACCCAGACCCCAGAAGTGTGCAATGGTGACTTTAAAACAGTTGTCGCAGGTTCTGTCCCAGGCAAGAAAACCTGGATC
Caracterización GenéticaAplicaciones de los microsatélites para el
estudio de la diversidad genética:• Conocer la estructura de poblaciones, su
historia y su evolución• Caracterizar poblaciones• Tomar decisiones a la hora de evaluar y
conservar recursos genéticos (adscripción individual, distancias genéticas)
• Control de Paternidad• Trazabilidad (identificación individual)
Caracterización Genética
LAVADO Y CENTRIFUGACIÓN
EXTRACCIÓN DEL ADN/ARN
PURIFICACIÓN
Sangre Pelo y tejidos
DILUCIÓN
Caracterización GenéticaElectroforesis en secuenciador automático
Caracterización GenéticaAnálisis de densitometría de los fragmentos amplificados
Caracterización GenéticaIdentificación alélica (I)
Caracterización GenéticaIdentificación alélica (II)
Caracterización GenéticaFórmula genética individual
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Se utilizaron las siguientes muestras:
Chiapas, 41Chamula 42 Café 45 Palmera 47 Merino 44Canaria 40 Sopravissana 44
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Se utilizó un panel de 28 microsatélites
Cuadro 1. Estadísticos F y probabilidad de equilibrio global de los microsatélites en razas ovinas
Locus Fis Fit Fst BM1818 0.0607 0.1566 0.1021 BM1824 0.0581 0.1487 0.0962 BM6506 0.0646 0.1580 0.0999 BM6526 0.0634 0.1544 0.0972 BM8125 0.0618 0.1575 0.1020 CSRD247 0.0619 0.1563 0.1006 CSSM66 0.0605 0.1559 0.1015 D5S2 0.0625 0.1565 0.1004 ETH10 0.0604 0.1547 0.1004 ETH225 0.0582 0.1528 0.1004 HSC 0.0637 0.1586 0.1014 ILSTS011 0.0628 0.1565 0.1001 INRA35 0.0614 0.1548 0.0995 INRA6 0.0602 0.1554 0.1013 INRA63 0.0630 0.1574 0.1007 MAF209 0.0625 0.1583 0.1021 MAF65 0.0644 0.1585 0.1006 McM527 0.0588 0.1527 0.0997 OarCP20 0.0611 0.1536 0.0985 OarCP34 0.0639 0.1576 0.1001 OarFCB11 0.0634 0.1558 0.0986 OarFCB304 0.0600 0.1549 0.1009 OarFCB48 0.0622 0.1565 0.1006 RM006 0.0618 0.1564 0.1008 SPS115 0.0553 0.1500 0.1002 TGLA122 0.0525 0.1481 0.1009 TGLA126 0.0548 0.1509 0.1017 TGLA53 0.0598 0.1527 0.0988 Media 0.0609 0.1550 0.1003 Error estándar 0.0150 0.0148 0.0071
ESTADÍSTICOS F• Wright (1951) introdujo un método para partir el
coeficiente de endogamia total de una población subdividida (Fit) entre el componente debido a apareamientos no aleatorios dentro de subpoblaciones (Fis) y la subdivisión entre poblaciones (Fst) o efecto de la deriva.
• La correlación entre los genes de los individuos (I) y los de la población total (T) es representada por Fit, que corresponde a la endogamia total.
• La correlación entre los genes de los individuos y los de la subpoblación (S) es representada por Fis,
• La correlación entre los genes de la subpoblación y los de la población total está representada por Fst.
• Los estadísticos F se relacionan entre sí de la siguiente manera: (1 – Fit) = (1 – Fst)(1 – Fis)
FST como indicador de subdivisión poblacional:
• FST varía entre 0 y 1 y mide el grado de subdivisión a través de sus efectos de aumento de endogamia = reducción de heterocigosis (con respecto a la misma población global pero sin subdivisión)
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Cuadro 2. Tamaño de muestra, número medio de alelos por población heterocigosidad esperada, insesgada y observada, y valor de Fis (Weir&Cockerham, 1984).
Variedad Nº de animales
Nº de Alelos
Hesp Hins Hobs Fis
Chiapas 41 6.1 0.618 0.626 0.601 0.041
Chamula 42 7.0 0.697 0.707 0.689 0.025
Café 45 7.8 0.702 0.711 0.656 0.077
Palmera 47 5.8 0.618 0.625 0.571 0.088
Sopravissana 44 8.5 0.727 0.736 0.703 0.045
Merino 44 6.7 0.659 0.667 0.616 0.076
Canaria 40 7.9 0.715 0.724 0.677 0.066
Ho = Heterocigosis observada (individuos heterocigotas) en las subpoblacionesHe = Heterocigosis esperada (por H-W) en las subpoblacionesHins = Heterocigosis esperada (por H-W) en la población total
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Distancias Genéticas entre las poblaciones ovinas estudiadas.
Raza Chiapas Chamula Café Palmera Sopra Merino Canaria
Chiapas 0 0.098 0.118 0.279 0.230 0.240 0.245
Chamula 0.128 0 0.094 0.272 0.200 0.216 0.220
Café 0.144 0.095 0 0.254 0.184 0.198 0.198
Palmera 0.440 0.402 0.374 0 0.287 0.315 0.207
Sopravissana
0.313 0.268 0.244 0.443 0 0.184 0.180
Merino 0.319 0.282 0.268 0.521 0.214 0 0.224
Canaria 0.363 0.303 0.279 0.258 0.277 0.338 0
DA Arriba de la diagonal (Nei, 1972). DS Debajo de la diagonal (Nei et al., 1983).
CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA
Se utilizó un panel de 28 microsatélites