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Caracterización Genética

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Caracterización Genética

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Caracterización Genética

Cualquier gen que muestre polimorfismo (dos o más alelos) y que sea estable durante la vida del individuo se puede utilizar como marcador genético.

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Caracterización GenéticaMicrosatélites

• Son muy frecuentes y están repartidos por todo elADN y, a menudo, presentando un alto grado depolimorfismo.

• El modelo de herencia es mendeliano y los alelosdetectados presentan codominancia.

• Se necesitan cantidades muy pequeñas de materialbiológico para la determinación de las variantesalélicas,

• Las técnicas empleadas para la detección de lavariabilidad son muy simples.

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Caracterización GenéticaMicrosatélites

Microsatélite: HLM6 Nº de acceso GenBank: U36498 Tamaño: 418 pb

GATCCTGAGCACGGCACCTGGCACATTCATGGACATTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCGTGCGCGCGCGCTGATATAGAGAGAAAGGGGAGGGAGGGAGCGGAAACAGAGACAAAGTGGAGAGATATCGAAAATGGGTCAAAATACTAATGGGTACACCTGGATAAAGGGTATATGGTTGTTTACCATCCAGGCAACTTTTCCACAAGTTTATCTTTAAATAAATGCATTTTAAAAATGGACCGTTGGCTGTTGTCCCAAATTTTGCCTAACCTTTGAGATTTCTGGCTTTGATTCCCGCAGCTGCCATCGCTAGCGTACCCAGACCCCAGAAGTGTGCAATGGTGACTTTAAAACAGTTGTCGCAGGTTCTGTCCCAGGCAAGAAAACCTGGATC

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Caracterización GenéticaAplicaciones de los microsatélites para el

estudio de la diversidad genética:• Conocer la estructura de poblaciones, su

historia y su evolución• Caracterizar poblaciones• Tomar decisiones a la hora de evaluar y

conservar recursos genéticos (adscripción individual, distancias genéticas)

• Control de Paternidad• Trazabilidad (identificación individual)

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Caracterización Genética

LAVADO Y CENTRIFUGACIÓN

EXTRACCIÓN DEL ADN/ARN

PURIFICACIÓN

Sangre Pelo y tejidos

DILUCIÓN

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Caracterización GenéticaElectroforesis en secuenciador automático

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Caracterización GenéticaAnálisis de densitometría de los fragmentos amplificados

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Caracterización GenéticaIdentificación alélica (I)

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Caracterización GenéticaIdentificación alélica (II)

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Caracterización GenéticaFórmula genética individual

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CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA

Se utilizaron las siguientes muestras:

Chiapas, 41Chamula 42 Café 45 Palmera 47 Merino 44Canaria 40 Sopravissana 44

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CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA

Se utilizó un panel de 28 microsatélites

Cuadro 1. Estadísticos F y probabilidad de equilibrio global de los microsatélites en razas ovinas

Locus Fis Fit Fst BM1818 0.0607 0.1566 0.1021 BM1824 0.0581 0.1487 0.0962 BM6506 0.0646 0.1580 0.0999 BM6526 0.0634 0.1544 0.0972 BM8125 0.0618 0.1575 0.1020 CSRD247 0.0619 0.1563 0.1006 CSSM66 0.0605 0.1559 0.1015 D5S2 0.0625 0.1565 0.1004 ETH10 0.0604 0.1547 0.1004 ETH225 0.0582 0.1528 0.1004 HSC 0.0637 0.1586 0.1014 ILSTS011 0.0628 0.1565 0.1001 INRA35 0.0614 0.1548 0.0995 INRA6 0.0602 0.1554 0.1013 INRA63 0.0630 0.1574 0.1007 MAF209 0.0625 0.1583 0.1021 MAF65 0.0644 0.1585 0.1006 McM527 0.0588 0.1527 0.0997 OarCP20 0.0611 0.1536 0.0985 OarCP34 0.0639 0.1576 0.1001 OarFCB11 0.0634 0.1558 0.0986 OarFCB304 0.0600 0.1549 0.1009 OarFCB48 0.0622 0.1565 0.1006 RM006 0.0618 0.1564 0.1008 SPS115 0.0553 0.1500 0.1002 TGLA122 0.0525 0.1481 0.1009 TGLA126 0.0548 0.1509 0.1017 TGLA53 0.0598 0.1527 0.0988 Media 0.0609 0.1550 0.1003 Error estándar 0.0150 0.0148 0.0071

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ESTADÍSTICOS F• Wright (1951) introdujo un método para partir el

coeficiente de endogamia total de una población subdividida (Fit) entre el componente debido a apareamientos no aleatorios dentro de subpoblaciones (Fis) y la subdivisión entre poblaciones (Fst) o efecto de la deriva.

• La correlación entre los genes de los individuos (I) y los de la población total (T) es representada por Fit, que corresponde a la endogamia total.

• La correlación entre los genes de los individuos y los de la subpoblación (S) es representada por Fis,

• La correlación entre los genes de la subpoblación y los de la población total está representada por Fst.

• Los estadísticos F se relacionan entre sí de la siguiente manera: (1 – Fit) = (1 – Fst)(1 – Fis)

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FST como indicador de subdivisión poblacional:

• FST varía entre 0 y 1 y mide el grado de subdivisión a través de sus efectos de aumento de endogamia = reducción de heterocigosis (con respecto a la misma población global pero sin subdivisión)

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CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA

Cuadro 2. Tamaño de muestra, número medio de alelos por población heterocigosidad esperada, insesgada y observada, y valor de Fis (Weir&Cockerham, 1984).

Variedad Nº de animales

Nº de Alelos

Hesp Hins Hobs Fis

Chiapas 41 6.1 0.618 0.626 0.601 0.041

Chamula 42 7.0 0.697 0.707 0.689 0.025

Café 45 7.8 0.702 0.711 0.656 0.077

Palmera 47 5.8 0.618 0.625 0.571 0.088

Sopravissana 44 8.5 0.727 0.736 0.703 0.045

Merino 44 6.7 0.659 0.667 0.616 0.076

Canaria 40 7.9 0.715 0.724 0.677 0.066

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Ho = Heterocigosis observada (individuos heterocigotas) en las subpoblacionesHe = Heterocigosis esperada (por H-W) en las subpoblacionesHins = Heterocigosis esperada (por H-W) en la población total

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CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA

Distancias Genéticas entre las poblaciones ovinas estudiadas.

Raza Chiapas Chamula Café Palmera Sopra Merino Canaria

Chiapas 0 0.098 0.118 0.279 0.230 0.240 0.245

Chamula 0.128 0 0.094 0.272 0.200 0.216 0.220

Café 0.144 0.095 0 0.254 0.184 0.198 0.198

Palmera 0.440 0.402 0.374 0 0.287 0.315 0.207

Sopravissana

0.313 0.268 0.244 0.443 0 0.184 0.180

Merino 0.319 0.282 0.268 0.521 0.214 0 0.224

Canaria 0.363 0.303 0.279 0.258 0.277 0.338 0

DA Arriba de la diagonal (Nei, 1972). DS Debajo de la diagonal (Nei et al., 1983).

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CARACTERIZACIÓN DE LA OVEJA CANARIA

Se utilizó un panel de 28 microsatélites