trim sequenceの方法 - w-fusion.co.jp · trim sequences l. choose ahare ta run 2. select...
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クリックTrim Seqenceの画面が開きます。
次にTrimmingする配列データを選択します。
配列を選択したら
こちらのボタンを押します
Trimming対象の配列データがこちらに表示されます。
選択した配列を元に戻したい(除きたい)場合は、除きたいこちらを押してください。
Trim Sequenceの方法
実行する場所の選択ローカルか?サーバーか?
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Phredスコアに基づいたトリミング
ベースコールから得たクオリティスコア(Phredスコア:Q)を用いてのトリミングも可能です。チェックボックスのチェックをはずせば、クオリティスコアによるトリミングは行われません。
クオリティが悪い塩基は負の値になります。5 �側、3 �側それぞれで負になったところから末端までがトリミングされます。
クオリティースコア(Q)エラー確率に変換 お客様の任意設定値
デフォルト=0.05
曖昧な塩基の除去トリムされた後の配列に許されるNの数の最大値を設定できます。
登録されてあるアダプター配列を選択し、トリミングを行うことができます。チェックボックスにチェックを入れることで、選択することが出来ます。オリジナルの配列を登録することでもきます。登録方法は詳細は、本Q&A中の「アダプタートリミングの機能にて、任意の配列を新しく設定できますか?」をご覧下さい。
選択したアダプター配列がこちらに表示されます。
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5 �末端/ 3 �末端の何塩基をトリミングするのか設定
配列の長さによるフィルタリングを設定長すぎる配列、短すぎる配列をフィルタリング
*設定する際は、チェックボックスにチェックを入れると数値を変更することが出来ます。
設定によって除外された配列のみのリストを作成するか?トリミングに関するレポートを作成するか?を選択
結果を表示のみにするか?保存してから開くか?を選択*表示のみでも後から保存することが出来ます。
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保存を選択した場合は、保存先を指定してください。
実行
クリック
作成されたレポートはNavigation Areaに表示されます。
レポートをワンクリック(選択)し、メニューのExportボタンを押すと保存先と保存のファイル形式を選ぶことが出来ます。
【レポートの出力方法】
保存形式 Portable Document Format(.pdf)
を選んでいただくと右図のようなレポート形式で出力されます。
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