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UNIDAD 5: GRÁFICOS DE PUNTOS, LÍNEAS E HISTOGRAMS EN R

Técnicas Inteligentes en BioinformáticaMaster en Lógica, Computación e Inteligencia ArtificialDpto. Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial

Francisco J. Romero Campero

Universidad de Sevilla

CONTENIDOS

1. Nubes de puntos: plot

2. Gráficos de líneas: plot

3. Histogramas: hist

4. Gráficos de sectores: pie

5. Gráficos de barras: barplot

6. Gráficos de cajas y bigotes: bloxplot

Nubes de puntos: la función plot

La función básica para realizar gráficos en R es plot. La mayoría de los argumentos de plot son

compartidos por el resto de las funciones gráficas de R.

Cuando recibe como argumentos dos vectores x e y de la misma longitud construye la nube de puntos (x[i],y[i]).

> light.intensity <- c(20, 20, 20, 20, 21, 24, 44, 60, 90, 94, 101)

> growth.rate <- c(1.73, 1.65, 2.02, 1.89, 2.61, 1.36, 2.37, 2.08, 2.69, 2.32, 3.67)

> plot(light.intensity,growth.rate)

El parámetro pch que recibe como valor un entero 0:18 cambia el formato de los puntos de la nube.

> plot(light.intensity,growth.rate,pch=0)




El parámetro col recibe como valor una cadena de caracteres que especifica el color a utilizar (blue, red, green, black, etc) en los puntos de la nube.

> plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="blue")

> plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="red")

> plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="green")

> plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="black")

Los parámetros xlab/ylab reciben como valor cadenas de caracteres para etiquetar el eje x e y respectivamente.

> plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="blue",

xlab="Light intensity",ylab="Growth rate")

El parámetro main recibe como valor una cadena de caracteres para poner un título al gráfico.

> plot(light.intensity,growth.rate,pch=1,col="blue", xlab="Light intensity",ylab="Growth rate", main="Chlorella growth with different light intensities",ylim=c(0,5))

Una vez creado un gráfico se pueden añadir más puntos si no cerramos la ventana del gráfico utilizando la función points que puede recibir los mismo argumentos que plot.

> chlamy.growth.rate <- c(2.13, 1.97, 1.82, 2.15, 2.91, 1.76, 2.17, 1.98, 2.89, 2.12, 4.15)

> points(light.intensity, chlamy.growth.rate, pch=2, col="red")

Sin cerrar la ventana del gráfico podemos añadir una legenda utilizando la función legend.

Su primer argumento es una cadena de caracteres para fijar su posición: "bottomright", "bottom", "bottomleft", "left", "topleft", "top", "topright", "right" y "center".

Las etiquetas para cada tipo de punto se especifica en el argumento legend que recibe como valor un vector de cadenas de caracteres.

El color y el formato de cada punto en la legenda se especifica con los parámetros pch y col.

> legend("topright",legend=c("Chlorella","Chlamydomonas"), col=c("blue","red"),pch=c(1,2))

CONTENIDOS







plot también se puede utilizar para construir gráficos de líneas para ello se utiliza el parámetro type. Este puede tomar los valores p (puntos, valor por defecto), l (líneas), o (puntos y líneas overplotted), etc.

> nitrogeno1 <- c(-1.075103, 1.280028, 2.683602, 6.666022, 9.116407, 9.343273, 10.664870,10.789350, 12.978650, 14.159840, 16.503100, 17.095810, 17.329490, 18.393520,19.737110, 21.092610, 22.436250, 23.544800, 24.827950, 25.769430, 26.559980,29.064630, 29.134650, 31.338990, 31.450320, 31.669930, 32.029450, 33.159360, 39.492470, 49.286340)

> ganancia1 <- c(28.31418, 28.25424, 31.63590, 26.07938, 38.90268, 25.88322, 29.84876, 33.18449, 37.94326, 39.55208, 35.84804, 41.50167, 33.24588, 35.71353, 41.86831, 26.53296, 40.95675, 34.14026, 37.96503, 41.83494, 30.56075, 37.99969, 44.49413, 39.89654, 40.72090, 36.41778, 46.13874, 45.20830, 45.27624, 54.37569)

> plot(nitrogeno1,ganancia1,type="l")

> legend("topright",legend=c("Chlorella","Chlamydomonas"), col=c("blue","red"),pch=c(1,2))

El resto de parámetros son los mismos.> plot(nitrogeno1, ganancia1, type="overplotted", pch=1, col="blue", xlab="Nitrógeno", ylab="Ganancia", main="Ganancia vs Nitrógeno", ylim=c(10,60))

Sin cerrar la ventana del gráfico se pueden añadir más líneas utilizando la función lines.

> nitrogeno2 <- c(-7.2839350, -2.1964150, -0.1786368, 1.1558680, 4.8274680, 6.0928080, 8.1951320, 9.0023950, 9.9906730, 10.9303900, 16.2817600, 17.4798700, 19.2580100, 21.2041200, 23.4992600,25.5497400, 27.0016200, 28.7333300, 28.7599200, 29.1683900, 32.1669900, 33.1895300, 33.9031300, 34.2451000, 35.3139300, 35.6320800, 35.6364600, 35.8048300, 38.1215400, 49.6416800)

> ganancia2 <- c(13.07851, 11.63313, 18.63174, 13.32036, 21.40557, 20.15547, 24.05262, 28.75824, 27.43614, 27.73498, 30.67290, 32.58556, 29.88930, 35.04294, 33.52377, 40.08095, 39.43911, 33.32000, 32.39222, 38.84882, 45.73129, 40.31301, 41.37395, 36.97655, 44.09940, 47.69075, 40.03095, 44.35698, 40.50994, 55.07710)

> lines(nitrogeno2,ganancia2,type="overplotted",pch=2,col="red")

> legend("topleft",legend=c("Clase1","Clase2"), pch=c(1,2),col=c("blue","red"))

CONTENIDOS







Histogramas: la función hist Un histograma es una representación gráfica de las frecuencias (absolutas o relativas) de ciertos

valores en un vector.

hist es la función que permite construir histogramas y comparte la mayoría de sus parámetros con plot.

> fecundidad <- c(12.8, 21.6, 14.8, 23.1, 34.6, 19.7, 22.6, 29.6, 16.4, 20.3, 29.3, 14.9, 27.3,22.4, 27.5, 20.3, 38.7, 26.4, 23.7, 26.1, 29.5, 38.6, 44.4, 23.2, 23.6, 38.4, 32.9, 48.5, 20.9, 11.6, 22.3, 30.2, 33.4, 26.7, 39, 12.8, 14.6, 12.2, 23.1, 29.4, 16, 20.1, 23.3, 22.9, 22.5, 15.1, 31, 16.9, 16.1, 10.8, 35.4, 27.4, 19.3, 41.8, 20.3, 37.6, 36.9,37.3, 28.2, 23.4, 33.7, 29.2, 41.7, 22.6, 40.4, 34.4, 30.4, 14.9, 51.8, 33.8, 37.9, 29.5, 42.4, 36.6, 47.4)

> hist(fecundidad)

La mayoría de los parámetros de plot también se utilizan en hist

> hist(fecundidad, col="grey", xlab="Fecundidad", ylab="Número de hembras",main="Fecundidad en Drosophila melanogaster")

Algunos párametros específicos

El parámetro breaks se utiliza para determinar de cajas a utilizar (número de barras) por defecto utiliza el algoritmo de sturges para determinarlo.

> par(mfrow=c(1,2))

> hist(fecundidad, breaks=7, col="grey", xlab="Fecundidad", ylab="Número de hembras",main="Fecundidad en Drosophila melanogaster")

> hist(fecundidad, breaks=seq(from=10,to=60,by=10), col="grey", xlab="Fecundidad", ylab="Número de hembras", main="Fecundidad en Drosophila melanogaster")

El parámetro border cambia el color del borde de las barras.

> hist(fecundidad, breaks=seq(from=10,to=60,by=10), col="grey", border="blue", xlab="Fecundidad", ylab="Número de hembras",main="Fecundidad en Drosophila melanogaster")

This work is licensed under the Creative Commons Attribution-NonCommercial NoDerivs 3.0 Unported License. To view a copy of this license, visit http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/.

Estas transparencias están basadas en el material docente desarrollado por Francisco J. Romero Campero e Ignacio Pérez Hurtado de Mendoza para la asignatura Informática Aplicada a la Bioquímica del Grado Conjunto en Bioquímica por la Universidad de Sevilla y la Universidad de Málaga (Andalucía Tech). Este trabajo está liberado bajo la licencia Creative Commons Attribution-NonCommercial NoDerivs 3.0 Unported License.

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