universitetet i bergen akliste programstyremØte … · vedlegg 4, 5, 6: mal - eksamensoppgave...
TRANSCRIPT
1
U N I V E RS I T E TE T I B ER G E N Molekylærbiologisk institutt
SAKLISTE PROGRAMSTYREMØTE 18. SEPTEMBER 2012, KL . 09.15 ROM 520B1 (N-TERMINAL ) Deltakarar : Hee-Chan Seo (leiar, Gr. A) Rune Male (Gr. A), Øyvind Halskau (Gr. A), Linda Hjørnevik (Gr. B), Kristin Gravdal (Gr. D), Grethe M. Aarbakke (Gr. C), Vanja Haugland (Gr. C, sekretær). SAK I: INNKALLING OG GODKJENNING AV SAKSLISTE Forslag til vedtak: Innkalling og saksliste vart godkjent. SAK II: GODKJENNING AV REFERAT 19. april 2012 Vedlegg 1: Referat frå programstyremøte 19. april 2012 Forslag til vedtak: Referatet vart godkjent. SAK III: ORIENTERINGSSAKER
� Mottak av nye masterstudentar i molekylærbiologi haust 2012 Det vart gitt tilbod til 23 søkarar. Alle busett i Noreg. Av desse takka 9 mastersøkjarar ja til tilbodet og byrja på masterprogrammet i molekylærbiologi haust 2012. � Evaluering av metode for tildeling av masteroppgåver og rettleiarar ved MBI Haust 2011 ble det tatt i bruk ein ny metode (sjå vedlegg 2) for å tildele masteroppgåve og rettleiarar ved instituttet. Etter det lave opptaket i haust til masterstudiet i molekylærbiologi, samt ei ytra misnøye frå enkelte masterstudentar, stilte instituttleiar seg tvilande til måten det blir gjort på. 9 av 14 studentar har gitt tilbakemelding på at dei i hovudsak er nøgde med metoden som vart brukt haust 2011 og vår 2012. MBI fortsett dermed med metoden for val og utdeling av masteroppgåver og rettleiarar, som vart innført haust 2011. Vedlegg 2: Svar på evaluering av metode for val av masteroppgåver ved MBI � Mottak av nye bachelorstudentar, kull H2012 56 søkte opptak til bachelorprogrammet i molekylærbiologi gjennom Samordna Opptak 2012. Totalt 38 søkjarar takka ja til plass på bachelorprogrammet. Av desse har 36 studentar registrert seg. � Miniseminar i forbindelse implementering av nye felles karakterbeskrivelser
for masteroppgaver i MNT –fagene Fakultetet arbeider nå med den videre implementeringen av de nye karakterbeskrivelsene, og vil derfor arrangere et miniseminar: Onsdag 19. september 10:15 – 12:30, Aud. A, Allègaten 66, Auditoriefløyen. Hovedmålgruppa for seminaret er rettleiarar, programstyrene, eksterne sensorar og programsensorar. Vedlegg 3: Invitasjon til miniseminar 19. september 2012 � INF100 - Grunnkurs i programmering vil bare bli und ervist på hausten frå
og med haust 2013 På grunn av lav oppslutning om INF100 i vårsemestre foreslår II å endre undervisningssemestre for INF100- Grunnkurs i programmering, til kun undervisning i høstsemesteret.
2
� Sensoroppnevning Det er på tide å fornye eksterne sensorlista for ei ny 4-års periode. Gruppe A er informert per e-post og bedt om å gje tilbakemelding på den noverande lista. � Ny forside på eksamensoppgåver frå haust 2012 MN-fakultetet har sendt ut ny forsidemal til eksamensoppgåver ved fakultetet. Dette for å sikre at naudsynt informasjon blir tatt med (t.d. tillatne hjelpemiddel), samt gjer det enklare for dei i eksamenslokalet å få oversikt over informasjonen på forsida. Dei ber alle institutt om å ta i bruk den nye forsida frå haustsemesteret 2012. Vedlegg 4, 5, 6: Mal - eksamensoppgave skriftlig eksamen – bokmål, – nynorsk, – engelsk
Forslag til vedtak: Sakene vart tatt til orientering. SAK 7/12 Store studieplanendringar komande studieår 2013/2014, frist 1. oktober
• MOL211 – Virologi Emneansvarleg Dag E. Helland ønskjer å leggje ned MOL211 Virologi frå vår 2012. Han er orientert om at ei slik stor endring kun kan gjelde frå vår 2013, og at han må undervise emnet vår 2013 viss endringa vert godkjent av programstyret og instituttrådet. Er det eit passande tidspunkt å leggje ned MOL211?
1. Manglande ressursar til å undervise emne: i dag er det omtrent berre Dag Helland som har den faglege bakgrunnen/og interessa? til å undervise i MOL211. 2. Vi ser ein betraktelig nedgang i antal studentar som tar MOL211 (VÅR2008: 24 studentar; VÅR2012: 6 studentar). 3. Kan BIO271 (tidl. MAR271) Fiskesjukdommar – virologi overta for MOL211? BIO271 og MOL211 overlappar nok ein del, men vil ha noko forskjelleg fokusområde. Vedlagt finn dykk emnebeskrivelser, pensumliste og forelesningsplan for MOL211 og BIO271. 4. Ein framtidig plan kan vere å integrere virologi i andre emne (forutan MOL100) ved MBI, til dømes: MOL201 – Molekylær cellebiologi, MOL203 – Genstruktur og funksjon og/eller MOL215 - Tumorbiologi.
Vedlegg 7, 8, 9: Undervisingsplan i virologi vårsemesteret 2012 BIO271/MOL211, emnebeskrivelse – MOL211 virologi, emnebeskrivelse – BIO271 Fiskesjukdommar – virologi.
• Bruk av Moodle til deleksamenar i MOL100. MBI brukar Moodle til å gjennomføre deleksamenane, men systemet er ikkje støtta eller drifta av IT-avdelinga. Vår 2012 opplevde vi ein kræsj på serveren, som førte til komplikasjonar og usikkerheit ved gjennomføringa av deleksamar i emnet. Vi er avhengig av ein person til å gjennomføre driftinga av Moodle og at serveren den ligg på ikkje vil kollapse neste semester. Denne personen har til no vore Brage Førland (mannen til Oddfrid Førland på BIO). Studieadministrativ avdeling har meldt i frå om at Universitetet i Bergen ikkje har mogelegheit til å kome med eit alternativt IT-system til Moodle i nærmaste framtid. Vi vil difor vere avhengig av nokon til å drifte Moodle for oss dei neste to åra. Rein vil avtale eit møte med Brage i starten av neste veke, og eit ev. møte med IT-avdelinga. Vi reknar med å få ei avklaring på ei løysing i slutten av neste veke.
3
Å endre vurderingsforma for MOL100 er ikkje ynskjeleg. Men viss det visar seg å ikkje vere mogleg å ta i bruk Moodle våren 2013, vil vi måtte melde inn i haust om at vi ikkje kan gjennomføre elektroniske deleksamenar i MOL100, og såleis endre vurderingsforma i emnet.
Forslag til vedtak: Viss ein ikkje kan ta i bruk Moodle for å gjennomføre deleksamenar i MOL100 vår 2013, godkjenner programstyret ei eventuell endring av vurderingsformen i MOL100 frå «Deleksamenar (20%) og skriftleg 4-timars eksamen (80%)» til berre «4-timars skriftleg eksamen (100%)».
• Biostruct vil holde nasjonale kurs ved ulike institusjoner. MOL950 BIOSTRUCT – Recombinant proteins; Expression, Purification and Interaction studies (5 STP), UiB/EMBL, 28 Nov-7 Des (Arnt Raae) vil finne stad ved UiB i haust. Målgruppa for kursa vil vere ph.d.-kandidatar (som får dekka kostnader med kursa), men det vil også vere ope for masterstudentar (som sjølve må sørgje for finansiering). Emna skal i følgje Øyvind Halskau etter kvart bli synlige i vår emneoversikt.
Vedlegg 10: Nasjonale kurs – BIOSTRUCT Forslag til vedtak: Programstyret vedtar at kursporteføljen vil bli synlige blant våre emner på våre nettsider. SAK 8/12 Oppnemning av ny programsensor
MBI sin 4-årige programsensoravtale med Jon Nissen-Meyer var ferdig vår 2012. MBI må oppnemne ein ny kandidat som kan vere programsensor for studieprogramma ved instituttet. Instituttleiar ber programstyret om å kome med forslag til særskilte fokusområde/oppdrag som MBI skal gje til neste programsensor.
Forslag til vedtak: Programstyret tar saken til etterretning. Forslag til særskilte fokusområder den nye programsensoren skal fokusere på i den neste perioden vil bli gitt på det neste programmøtet i november. Vedlegg 11, 12, 13,: Brev til programsensor Jon Nissen-Meyer, sensormappe til programsensor MBI, Strategisk plan for MBI 2011 - 2016. SAK 9/12 MAT102 - Brukarkurs i matematikk II – pil otprosjekt vår 2013
Matematisk institutt vil tilby MAT102 – Brukarkurs i matematikk II som eit pilotprosjekt våren 2013. Programstyret må ta stilling til om 1. MAT102 er eit emne vi vil tilrå våre studentar å ta i løpet av sin bachelorgrad i molekylærbiologi? 2. I kor stor grad bør det tilrådast å ta MAT102? 3. Når passar det best for molekylærbiologistudentar å ta MAT102? - For studentar som tar KJEM110 1. semester vil det passe godt å ta det i 2. semester saman med MOL100 og KJEM130. - 4. semester saman med MOL201 og MOL202 (lab) kan også vere eit alternativ, men fare for at det vil bli for stor arbeidsbelastning.
Vedlegg 14, 15, 16, 17: MAT102 emnebeskrivelse, MAT102 følgebrev, rapport fra arbeidsgruppen for brukertilpasset tilbud i matematikk og studieløp BAMN-MOL frå kull H2009.
4
SAK 10/12 Intern overgang til bachelor i molekylærbiologi - vår og haust 2013 Programstyremøte må ta stilling til om bachelorprogrammet skal vere lukka eller open for intern overgang vår og haust 2013. Grunnar til at vi bør vurdere å ikkje opne for intern overgang er ei potensiell, framtidig plassmangel på emne som MOL202 – Eksperimentell molekylærbiologi. MOL202 har kapasitet til 48 studentar. Haust 2011 starta 71 (64 via SO og7 via intern overgang) studentar på bachelorprogrammet i molekylærbiologi. Etter oppfølging av 2011 kullet er det i haust 47 av 71 som har fortsatt på bachelorstudiet.
Forslag til vedtak: MBI opnar opp for intern overgang og tilbyr enkelte plassar etter spesiell vurdering, vår og haust 2013. SAK 11/12 Har MBI eit behov for ein eigen bachelorkoordinator?
Er det eit behov å ha ein vitskapleg ansatt med eit fagleg koordinatoransvar for bachelorprogrammet i molekylærbiologi, slik som masterprogrammet har ein eigen masterkoordinator (Rune Male)? Koordinatoren kan t.d. vere ein ressursperson for administrasjonen ved rekrutteringsarbeid, informasjonsarbeid i form av programmøter og liknande etc.?
Forslag til vedtak: diskutere om eit slikt tiltak kan vere med på å styrke administrering, gjennomføring og kvaliteten av bachelorprogramstudiet ved MBI.
SAK 12/12 Emneansvarleg i MOL100 ynskjer full sensordekning i MOL100.
Dette vil krevje store økonomiske ressursar av instituttet. Er dette noe vi tilrår at emneansvarleg skal få gjennomslag for?
Forslag til vedtak: programstyret bør kome med ein tilbakemelding til leiinga om dette er noko dei burde prioritere å bruke ressursar på.
SAK 13/12 Ekstern sensor ved mastergradseksamener ved MBI
Tidlegare stipendiat ved MBI Kristian Kobbenes Starheim begynte i forskarstilling ved NTNU 1. august. Han har meldt interesse for å vere ekstern sensor til mastergradseksamenar innan celle – og tumorbiologi ved MBI. Han har vore sensor for på ein mastergrad ved NTNU tidlegare og meiner han skal ha god kjennskap til korleis det foregår.
Inhabilitetsproblem: Det er ein rettleiande regel som seier at ein ekstern sensor som har vore ansatt ved MBI tidlegare, har ei karantenetid på 2 år før ein tar sensoren i bruk. Starheim fullførte sin doktorgrad ved MBI i juni 2012. Det kan oppstå eit inhabilitetsproblem viss Starheim vert brukt som sensor i nær framtid.
Forslag til vedtak: Programstyret godkjenner å oppnevne Starheim som sensor. Skulle ein ta han i bruk før desse to åra har gått, må ein sørgje for/gjere ei vurdering på at han ikkje vil bli brukt til mastergradseksamenar kor rettleiar eller student har god kjennskap til Starheim.
5
Vedlegg Referat frå programstyremøte 19. april 2012 Svar på evaluering av metode for val av masteroppgåver ved MBI Invitasjon til miniseminar 19. september 2012 Mal - eksamensoppgave skriftlig eksamen – bokmål Mal - eksamensoppgave skriftlig eksamen – nynorsk Mal - eksamensoppgave skriftlig eksamen – engelsk Undervisingsplan i virologi vårsemesteret 2012 BIO271/MOL211 Emnebeskrivelse – MOL211 virologi Emnebeskrivelse – BIO271 Fiskesjukdommar – virologi Nasjonale kurs - BIOSTRUCT Brev til programsensor Jon Nissen-Meyer Sensormappe til programsensor MBI Strategisk plan for MBI 2011 – 2016 MAT102 emnebeskrivelse MAT102 følgebrev Rapport fra arbeidsgruppen for brukertilpasset tilbud i matematikk Studieløp BAMN-MOL frå kull H2009 VAH 160912
U N I V E R S I T E T E T I B E R G E N Molekylærbiologisk institutt
PROTOKOLL PROGRAMSTYREMØTE
19. APRIL 2012, KL. 1200 ROM 542A2 (C-TERMINAL)
Deltakarar: Hee-Chan Seo (leiar, Gr. A) Rune Male (Gr. A), Øyvind Halskau (Gr. A), Linda
Hjørnevik (Gr. B), Øyvind Strømland (Gr. D), Marielle Hauge (sekretær).
SAK I: INNKALLING OG GODKJENNING AV SAKSLISTE
Vedtak: Innkalling og saksliste vart godkjent.
SAK II: GODKJENNING AV REFERAT 30. januar 2012
Vedlegg 1: Referat frå programstyremøte 30. januar 2012
Vedtak: Referatet vart godkjent.
SAK III: ORIENTERINGSSAKER
Søknad til master i molekylærbiologi
Søknadsfristen for opptak til master i molekylærbiologi haust 2012 var 15. april. Det
er totalt 54 søkjarar til masterprogrammet i molekylærbiologi, der 38 av søkjarane har
MAMN-MOL på førsteprioritet. Ved førre hovudopptak var det 43 søkjarar til
masterprogrammet i molekylærbiologi.
Nedlegging av Felles kopiteneste ved UiB
Felles kopiteneste ved UiB vart lagt ned frå og med 15. mars 2012. Frå 15. mars vart
ansvaret for eventuelt opptrykk av masteroppgåver gitt til UiB sin
rammeavtaleleverandør AIT AS i Oslo. Leveringstida frå AIT AS til
transportseksjonen ved UiB er 1-3 arbeidsdagar. Masteroppgåvene må bli levert før
kl.9 for å bli sendt til trykking same dag.
Kvoteplassar ved MN-fakultetet, haust 2012
MN-fakultetet har fått 25 kvoteplassar for studieåret 2012/2013. Fakultetet har gitt
opptak til tre studentar frå samarbeidsinstitusjonar i sør, og har rangert kvotesøkjarane
med omsyn til storleiken på institutta og talet på aktive kvotestudentar på institutta.
Molekylærbiologisk institutt er tildelt ein ny kvotestudent haust 2012.
Seminar om bacheloropptak
Fakultetet arrangerte seminar om bacheloropptak ved MN-fakultetet 21. mars. Det vart
gitt informasjon om prosedyren for opptak frå søknadsfrist til opptaket i midten av juli
(veke 30). Søkjarane har svarfrist 26. juli (veke 30) på om dei tek i mot studieplassen.
Søkjarar som takkar ja til studieplassen byrjar på UiB i veke 33.
Emneansvarlege for MOL210 Lipidbiokjemi og MOL320 Avanserte metodar
i biokjemi
Studieadministrasjonen ved MBI er orientert om at førsteamanuensis Aurelia Lewis er
emneansvarleg for emnet MOL210 Lipidbiokjemi, som skal gå første gong haust
2012. I MOL320 Avanserte metodar i biokjemi er professor Kari E. Fladmark
emneansvarleg.
Forslag til vedtak: Sakene vart tatt til orientering.
SAK 3/12 Tilrådde valemne for bachelorprogrammet i molekylærbiologi Kjemisk institutt og Institutt for biologi har dei siste åra gjort endringar i
emneporteføljane sine. Dette har ført til at informasjonen på nett og i studiehandboka
om tilrådde valemne for bachelorprogrammet i molekylærbiologi ikkje lenger er
oppdatert, fordi tidlegare tilrådde emne har blitt lagt ned. Studiehandboka for MN-
fakultetet blir revidert kvar vår, og i samband med denne prosessen ønskjer
studieadministrasjonen ved MBI å oppdatere informasjonen om tilrådde valemne.
Noverande tilrådde valemne: BIO100 Innføring i evolusjon og økologi (H), KJEM120
Grunnstoffenes kjemi (H), KJEM122 Syntetisk uorganisk kjemi (V), KJEM131
Organisk syntese og analyse (H), KJEM210 Kjemisk termodynamikk (H), MOL231
Prosjektoppgåve i molekylærbiologi (V/H) og MOL270 Bioetikk (H).
Studieadministrasjonen har plukka eit utval av potensielt tilrådde valemne:
BIO101 Organismebiologi I (V), BIO210 Evolusjonsbiologi (V), FARM236
Lækjemiddelkjemi (V), KJEM14 Molekylær fysikalsk kjemi (V), KJEM202
Miljøkjemi (V), KJEM230 Analytisk organisk kjemi (V), KJEM233 Organisk
massespektrometri (H), KJEM250 Analytisk kjemi (V), KJEM260 Radiokjemi og
radioaktivitet (V), PHYS101 Grunnkurs i mekanikk og varmelære (H), PHYS102
Grunnkurs i elektrisitetslære, optikk og moderne fysikk (V), INF109
Dataprogrammering for naturvitskap (H/V). Dei to nye emna BIO103 Cellebiologi og
genetikk (går første gong vår 2013) og BIO104 Komparativ fysiologi (går første gong
vår 2013) kan også vere aktuelle valemne for bachelorstudentar i molekylærbiologi.
Emne ved Institutt for biologi: http://www.uib.no/bio/utdanning/emner-ved-bio
Emne ved Kjemisk institutt: http://www.uib.no/kj/utdanning/emner
Emne ved Institutt for fysikk og teknologi: http://www.uib.no/ift/utdanning/emne
Emne ved Matematisk institutt: http://www.uib.no/math/utdanning/emner
Vedtak: Programstyret diskuterte oppdatering av tilrådde valemne i bachelorgrada. BIO101
Organismebiologi I, KJEM140 Molekylær fysikalsk kjemi, KJEM250 Radiokjemi og
radioaktivitet, PHYS101 Grunnkurs i mekanikk og varmelære og INF109
Dataprogrammering for naturvitskap vil bli lagt til som tilrådde valemne i bachelorgrada i
molekylærbiologi. BIO103 Cellebiologi og genetikk og BIO104 Komparativ fysiologi vil
også bli vurdert lagt til som tilrådde valemne i framtida.
Emnet KJEM217 Biofysikalsk kjemi kan vere eit aktuelt emne for masterstudentar i
molekylærbiologi. Emnet har krav til vidaregåande emne i kjemi, KJEM210 Kjemisk
termodynamikk, KJEM251 NMR-spektroskopi 1 eller tilsvarande. Studieadministrasjonen
ved MBI vil sende ein førespurnad til Kjemisk institutt og spør om avanserte emne i
molekylærbiologi, MOL320 Avanserte metoder i molekylærbiologi, delvis kan oppfylle
forkunnskapskravet i KJEM217.
SAK 4/12 Rapport frå programsensor 2011/2012
Programsensor Jon Nissen-Meyer sendte årsrapporten for 2011/2012 til MBI 26.
januar 2012. I denne fjerde og siste rapporten frå programsensor tek han for seg
masteroppgåvene, og den heilskaplege kvaliteten på pensum og undervising gitt ved
MBI. I tillegg har programsensor diskutert moglege strategiar for å optimalisere
bruken av MBI sine undervisingsressursar.
Vedtak: Programstyret sender rapporten frå programsensor Nissen-Meyer og Programstyret
sine kommentarar vidare til Instituttrådet.
Programstyret gjekk gjennom den fjerde rapporten frå programsensor Jon Nissen-Meyer. I
punkt II har programsensor vurdert seks masteroppgåver som vart levert og eksaminert i
perioden 2004-2011, og vurderinga er svært lik sensuren frå masterkommisjonen. Ved
samanlikning av total karakterbruk for masteroppgåver ved dei to institutta er det tilnærma
identisk distribusjon av karakterane. Vurderinga av masteroppgåver ved MBI er derfor i tråd
med andre institusjonar.
Vidare har programsensor tatt for seg heilskapleg kvalitet på bachelor og masterprogrammet i
molekylærbiologi. Programsensor har kommentert at det er få førelesingstimar og kollokvium
på emna MOL201 og MOL203, og viser til at IMBV sitt innføringskurs MBV1050 Biokjemi I
har 60 førelesingstimar og 12 veker med kollokvieundervising. Til samanlikning har MOL100
17 doble førelesingar og fire kollokvium 2012. Linda Hjørnevik, som er kollokvieleiar på
MOL100, kommenterte at studentane har gitt tilbakemelding om at enkelte tema må bli gått
gjennom på ei eiga førelesing og ikkje saman med andre tema. Det bør derfor bli lagt til fleire
førelesingstimar i emnet.
Programsensor har også kommentert at MOL310 Strukturell molekylærbiologi dekkjer eit
fundamentalt tema, og bør derfor vere obligatorisk i bachelorgrada i molekylærbiologi.
Programstyret diskuterte moglegheitene for å flytte emnet til bachelorgrada, men ei slik
flytting krev at det er plass til emnet i grada. I tillegg må ein opprette eit nytt masteremne som
kan gi ei djupare forståing av protein, bindingar og enzymkinetikk. Dette vil stille større krav
til eksterne studentar, og kan medføre at desse får fleire krav til obligatoriske emne i
mastergrada. Alternativt kan ein trekkje ut element frå MOL310 og inn i noverande
bacheloremne, og leggje til meir dybdeforståing i MOL310.
I punkt IV tek programsensor for seg optimalisering av undervisingsressursar, og
programstyret diskuterte bruken av undervisingsstipendiatar ved MBI. Ein fjerdedel av
arbeidsmengda til ein 4-årig stipendiat er undervisingsplikt, tilsvarande omtrent 400 timar per
år. Undervisingsplikta inkluderer også rettleiing av masterstudentar. Programsensor skriv at
stipendiatane ikkje fyller den totale, teoretiske undervisingsplikta, av ulike årsakar (sjå
«Annual report from program auditor for 2011-12, punkt IV, ii). Programstyreleiar Hee-Chan
Seo informerte om ein lik tendens for universitetsstipendiatar og post.doc. ved MBI.
Programstyret vedtok å sjå på undervisingsreknskapet for å vurdere om det er oppdatert og
rettferdig. Programsensor trekk fram at instituttet bør ta omsyn til undervisingsplikta ved
tilsetjing av universitetsstipendiatar, og at den aktuelle kandidaten må kunne gjennomføre den
forventa undervisingsplikta i aktuelle emne.
Programsensor skriv at tilsetjing av masterstudentar som undervisingsassistentar kan vere ein
effektiv bruk av ressursar. Programstyret diskuterte dette, og bruk av masterstudentar kan
frigjere noko av undervisingstida til stipendiatane. Til dømes kan masterstudentar vere
aktuelle som kollokvieleiarar i MOL100 og MOL200. Den frigjorte tida til stipendiatane kan
då bli brukt på meir tidskrevjande emne i bachelor- og masterundervisinga.
Vidare tek programsensor for seg moglegheita for samarbeid med andre institutt i
emneundervisinga. Dette krev at ein finn gode løysingar på problemstillingar knytt til
poengfordeling og pengar. I tillegg foreslår programsensor bruk av nasjonale PhD-skular.
Øyvind Halskau sit i styret for BioStruct, og stadfestar at dette allereie skjer.
Vedlegg 2, 3, 4a, 4b, 4c, 4d og 5: Rapport frå programsensor 2011/2012, pensumliste og
læringsmål for MBV1050 Biokjemi I: Biomolekylers struktur og funksjon, eksamenar i
MBV1050 (4a-d), og oppgåver til MBV1050.
SAK 5/12 Emneevalueringar frå haust 2011
Dei obligatoriske emna MOL200 Metabolisme, MOL203 Genstruktur og funksjon,
MOL204 Anvendt bioinformatikk I og MOL300 Praktisk molekylærbiologi vart
evaluert av studentane haust 2011.
Vedtak: Programstyret godkjente emneevalueringane.
Vedlegg 6, 7, 8, 9: Emneevaluering MOL200 haust 2011, emneevaluering MOL203 haust
2011, emneevaluering MOL204 haust 2011 og emneevaluering MOL300 haust 2011.
SAK 6/12 Ny sensor i MOL217 Anvendt bioinformatikk II
Emnet MOL217 har tidlegare hatt to interne sensorar, Rein Aasland og Pål Puntervoll.
Det er brukt interne sensorar då det ikkje er mogleg å hente inn ein fagleg kvalifisert
ekstern sensor. Grunna ulike årsakar har dei to interne sensorane ikkje moglegheit til å
stille opp, og emneansvarleg Nathalie Reuter jobbar med å finne ein ny sensor.
I følgje Utfyllande reglar for eksamen ved det Matematisk-naturvitskaplege fakultet,
§ 8 skal det normalt vere ein ekstern sensor på alle munnlege vurderingar for ordinære
emne på 100- og 200-nivå. I tilfelle der det ikkje er mogleg å hente inn ein ekstern
sensor, kan Programstyret godkjenne bruk av intern sensor som ikkje deltok i
undervisinga av emne og som er vurdert som fagleg kvalifisert og uhilda med tanke på
studentane som skal bli vurdert.
Vedtak: Emneansvarleg Natalie Reuter har hittil ikkje fått positivt svar frå moglege sensorar
internt ved UiB. Øyvind Halskau foreslo ein potensiell sensor som ikkje jobbar ved UiB.
Studieadministrasjonen vil informere Natalie Reuter om den aktuelle kandidaten.
Vedlegg 10: Utfyllande reglar for eksamen ved det Matematisk-naturvitskaplege fakultet
(http://www.uib.no/matnat/utdanning/reglement-og-prosedyrer/reglement-i-utdanningssaker-
ved-det-matematisk-naturvitenskapelige-fakultet/utfyllende-regler-for-eksamen-ved-det-
matematisk-naturvitenskapelige-fakultet)
Vedlegg
Referat PIM 300112
Rapport frå programsensor
2011/2012
Pensumliste og læringsmål for
MBV1050 Biokjemi I
Eksamenar i MBV1050
Oppgåver til MBV1050
Emneevaluering MOL200 H11
Emneevaluering MOL203 H11
Emneevaluering MOL300 H11
Utfyllande reglar for eksamen ved det
Matematisk-naturvitskaplege fakultet.
MRH 120412
1
Evaluering (anonym) av metoden for utdeling av
masteroppgaver ved MBI (høst 2011 og vår 2012)
Antall masterstudenter tatt opp ved MBI Høst 2011: 10 Vår 2012: 5 (1 i permisjon) Det har kommet 9 svar.
• #1 Når startet du på din master i molekylærbiologi? (choice)
Høst 2011: 7 Vår 2012: 2
- #2 Hvordan synes du at måten dere fikk velge oppgave og veileder på har fungert? (choice)
Svaralternativer:
- Veldig bra
- Bra
- Helt ok
- Dårlig
- Veldig dårlig
Svar:
Bra: 5 Helt ok: 4
• #3 Hvis du synes metoden ikke fungerte bra, kan du gi en kort forklaring på hvorfor: (text)
2012-09-07 X: Syns alle veilederene kunne ha kommet og presentert seg selv. 2012-09-08 X: Man kunne fått visst mer om hvordan man kunne velge oppgaver utenom listen. 2012-09-14 X: Det som var mest negativt var at forskningsgruppene ikke presenterte seg selv, men at vi heller fikk utdelt en lefse med informasjon om de ulike gruppene. Dette blir veldig mye informasjon, uten å kunne knytte det til faktiske arbeidsoppgaver og veiledere.
2
• #4 Du fikk velge masteroppgave basert på en liste av mulige master oppgaver og veiledere. Hvordan synes du at det fungerte? (choice)
Svaralternativer:
- Veldig bra
- Bra
- Helt ok
- Dårlig
- Veldig dårlig
Svar:
Veldig bra: 1 Bra: 3 Helt greit: 5
• #5 Hvis du synes det fungerte dårlig å velge din masteroppgave på denne måten, kan du gi en kort forklaring på hvorfor: (text)
2012-09-07 X: Min masteroppgave var ikke på listen, den er egentlig på biologisk fakultet, så hadde vært greit med litt med opplysninger om at du faktisk kan "finne" din egen oppgave. 2012-09-07 X: Syns alle veilederene kunne ha kommet og presentert seg selv. 2012-09-10 X: Personleg meiner eg at mitt val av oppgåve er basert på ei blanding mellom det eg las i oppgåveteksten, men også kjemi med veileder. Eg trur difor det hadde vore fordelaktig for veiledere som VIRKELEG har lyst på studentar å gje ein kort presentasjon personleg, kanskje 15 min om prosjektet og seg sjølv for å promotere. Mange oppgåver kjem ofte tørrt ut på papiret, men med ein engasjernade veiledar trur eg at dei vert valde lettare (i hvertfall at lettare tar seg ein tur til dei å høyrer meir.) Eg trur ein del av oppgåvene rett og slett forsvinn i mengden. og ein slik presentasjon skapar eit andlete å hugse når ein les oppgåvene 2012-09-14 X: Synes det skulle være mer informasjon om muligheter for å ta masteroppgave utenfor denne listen, for å få større mangfold.
3
• #6 Du fikk utdelt en masteroppgave og veileder på bakgrunn av din prioriteringsliste. Hvordan synes du at det fungerte? (choice)
Svaralternativer:
- Veldig bra
- Bra
- Helt greit
- Dårlig
- Veldig dårlig
- Ingen formening om dette
Svar:
Veldig bra: 3 Bra: 3 Helt greit: 3
• #7 Hvis du synes det fungerte dårlig med en slik prioriteringsliste, kan du gi en kort forklaring på det. (shorttext)
2012-09-10 X: MEN, det er viktig at alle veiledere som er oppmelde også er klar over denne prioriteringslista. Mange veiledere hadde ingen informasjon om utvalget og nærmest lovet vekk oppgåver før fristen. så her må det informeres mer
• #8 Hvordan fungerte det å levere inn dine valg av oppgaver og veileder innen 15. november/15. mai? (choice)
Svaralternativer:
- Det fungerte fint
- Fristen var for kort. Jeg ville gjerne hatt mer tid til å tenke på mitt valg av veileder og oppgaver:
- Fristen var for langt ut i semesteret. Jeg ville gjerne levert inn listen før og fått tildelt oppgave på et tidligere tidspunkt
- Ingen formening om dette
Svar:
Det fungerte fint: 7 Fristen var for langt ut i semesteret. Jeg ville gjerne levert inn listen før og fått tildelt oppgave på et tidligere tidspunkt: 1
4
Fristen var for tidlig. Jeg ville gjerne hatt mer tid til å tenke på mitt valg av veileder og oppgaver: 1
• #9 Har du andre kommentarer til hvordan utdelingen av masteroppgaver og veiledere har fungert her ved instituttet? (text)
2012-09-13 X: Skulle gjerne sett at vi fikk mer informasjon om hva slags kriterier som ble brukt til å skille mellom studentene dersom to eller flere studenter ville ha det samme prosjektet. Utover det var jeg fornøyd. Veldig greit å få en presentasjon med kontaktinfo av de forskjellige gruppene.
U N I V E R S I T E T E T I B E R G E N Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet
Dette er et UiB-internt notat som godkjennes elektronisk i ePhorte
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet Telefon 55582062 Telefaks 55589666 [email protected]
Postadresse Postboks 7803 5020 Bergen
Besøksadresse Realfagbygget, Allégaten 41 Bergen
Saksbehandler Eli Neshavn Høie 55583227
side 1 av 2
Institutt for fysikk og teknologi Institutt for biologi Molekylærbiologisk institutt Geofysisk institutt Kjemisk institutt Institutt for geovitenskap Institutt for informatikk Matematisk institutt
Miniseminar i forbindelse implementering av nye fel les karakterbeskrivelser for masteroppgaver i MNT -fage ne Viser til tidligere utsendt informasjon under samme journalpost vedrørende implementering av nye karakterbeskrivelser for masteroppgaver i MNT-fagene. Fakultetet arbeider nå med den videre implementeringen av de nye karakterbeskrivelsene, og vil derfor arrangere et miniseminar: Onsdag 19. september 10:15 – 12:30, Aud. A, Allègat en 66, Auditoriefløyen I forbindelse med seminaret, vil leder av arbeidsgruppen som utarbeidet beskrivelsene, Carl Henrik Gørbitz, UiO, holde en presentasjon av arbeidet som er gjort. Gørbitz vil gi en oppsummering av arbeidet til gruppen med gjennomgang av bl.a. karakterbeskrivelsene, veileder- og sensorveiledninger samt sensurskjema. Han vil også komme med noen synspunkter på bruk av karakterskalaen. Det blir lagt opp til diskusjon etter at presentasjonen er avholdt.
Hovedmålgruppen for seminaret er veiledere, programstyrene, eksterne sensorer og programsensorer. Vi oppfordrer derfor instituttene til å gjøre seminaret kjent både internt og for eksterne samarbeidspartnere. Fakultetet vil etter at miniseminaret er avholdt ha en tett oppfølging av implementeringen, og vil holde egne møter for masterstudentene på et senere tidspunkt. Saken vil få videre oppfølging gjennom Studiestyret. For ytterligere informasjon vises det til: http://www.uib.no/matnat/utdanning/reglement-og-prosedyrer/reglement-i-utdanningssaker-ved-det-matematisk-naturvitenskapelige-fakultet/karaktersetting-av-masteroppgaver-innenfor-mnt-fagene-nye-retningslinjer
Referanse Dato
2011/13600-ELIHØ 28.08.2012
side 2 av 2
Innføringen av de nye karakterbeskrivelsene vil også berøre miljøer ved Det medisinsk-odontologiske fakultet og Høgskolen i Bergen. Vi inviterer og oppfordrer disse miljøene til å være tilsted på miniseminaret. Vennlig hilsen Harald Walderhaug visedekan Eli Neshavn Høie studiesjef Kopi Det medisinsk-odontologiske fakultet Studieadministrativ avdeling Høgskolen i Bergen
U N I V E R S I T E T E T I B E R G E N Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet
1
Skriftlig eksamen
Emne: Semester:
Dato: Kl. (fra- til):
Tillatte hjelpemidler (i samsvar med
emnebeskrivelsen):
Antall sider:
Annen informasjon:
U N I V E R S I T E T E T I B E R G E N Det matematisk-naturvitskaplege fakultet
1
Skriftleg eksamen
Emne: Semester:
Dato: Kl. (frå - til):
Tillate hjelpemiddel (i samsvar med
emneskildringa):
Tal på sider:
Annan informasjon:
U N I V E R S I T Y O F B E R G E N Faculty of Mathematics and Natural Sciences
1
Written examination
Course: Semester:
Date: Time (from- to):
Permitted examination support material
(according to the course description):
Number of pages:
Additional information:
DEH/AN/V12 Undervisingsplan i virologi vårsemesteret 2012 [MAR271/MOL211 Emneansvarlege: Professor Are Nylund, Institutt for biologi ([email protected])(MAR271) Professor Dag E. Helland, Molekylærbiologisk institutt ([email protected])(MOL211) For å optimalisera undervisinga i virologi vert emna MAR 271 og MOL211 undervist saman. Pensumet er i praksis det same, men studentane i emnet MAR271 må ha fiskevirus som tema i oppgåvene medan studentane i emnet MOL211 står friare. Undervisinga er i stor grad forskingsbasert og reflekterer virologisk forsking ved UiB. Førelesingar: Måndag Kl. 1215- 1400 og torsdag Kl. 1015- 1200, Seminarrommet (Rom 439C1), 4. etg., Molekylærbiologisk institutt, Bioblokka, HIB. Førelesingane vert på engelsk dersom det er studentar som ikkje forstår norsk. Førelesingane er forskingsbaserte og definerande for pensum. Dersom ei førelesing vert avlyst, blir den flytta til ledige datoar seinare i semesteret. Dei fleste førelesingane vert lagt ut på Mi side som pdf format. Kollokvium: Studentane organiserer seg i kollokviegrupper på 3 – 5 studentar for å gå gjennom generelt pensum, utleverte oppgåver, tidlegare eksamensoppgåver og artiklar. Studieadministrasjonen kan hjelpa med å finna rom til kollokvia. Presentasjonsoppgåver og semesteroppgaver i emnet MAR271. Oppgåver vert utlevert 1. mars på ”Mi side”. Presentasjon av oppgåvene vert 3., og 7. mai. Detaljinformasjon om denne presentasjonen vert gitt munnleg. Semesteroppgåver i MOL211. Oppgåvene vert utlevert 1. mars med frist for innlevering 3. mai Kl 1400 på Studentekspedisjonen, 4. etg.. Innan 12. mars skal det leverast elektronisk ein førebels tittel og disposisjon på oppgåva (MAR271 til AN, MOL211 til DEH). Detaljinformasjon om denne oppgåva vert gitt munnleg. Pensum: Læreboka er Teri Shores:”Understandingviruses”, 2nd. ed., Jones & Bartlett Learning, ISBN-13-978-0-7637-8553-6, og dekker den generelle delen av pensum. Spesielt interesserte studentar kan alternativt velja ei anna lærebok i virologi. Slike får ein på Studia eller dei kan kjøpast frå amazon.com. Førelesingane, presentasjonsoppgåvene og semesteroppgåvene dekker og deler av pensum i tillegg til nokre utleverte artiklar og anna stoff. Studentar som tar MAR271får eit sett med vitskapelige artiklar som tilleggspensum (oversikt over artiklane blir lagt ut på Mi side.). Obligatoriske aktivitetar: Førelesingane er ikkje obligatoriske, men er sterkt tilrådde å fylgja då erfaringa viser at dei som regelmessig deltar på førelesingane får best resultat. Dei vil også gi deler av pensum som ikkje vert dekt på anna vis. Presentasjonsoppgåvene og semesteroppgåvene er obligatoriske. Det er også obligatorisk for MAR271 studentane å vera tilstades på presentasjonane 3/5 og 7/5. Eksamen: Frist for oppmelding til eksamen er 1. februar og skriftleg eksamen vert torsdag 24. mai for MOL 211. I MAR271 er det munnleg eksamen. Denne vert i månadsskiftet mai-juni og fastlagt etter oppmeldingsfristen (1/2/2012) i samarbeid med studentane. For fastsetting av endelig karakter vil semesteroppgåve, presentasjon (for MAR 271) og avsluttande eksamen bli lagt til grunn. Undervisingsplan (Tentativ): Måndag 23/1 Introduksjon og orientering v/ professorane Dag E. Helland og Are Nylund
Virusstruktur v/ professor Dag E. Helland Torsdag 26/1 Virus systematikk og taxonomi v/ professor Are Nylund Måndag 30/1 Metodar i virusforsking og diagnostikk v/ professor Dag E. Helland Torsdag 2/2 Oversikt om fiskevirologi v/ professor Are Nylund Måndag 6/2 ISA virus (Orthomyxoviridae) v/ professor Are Nylund Torsdag 9/2 Reoviridae (HSMI) og Totiviridae (CMS) v/ professor Are Nylund Måndag 13/2 Virus evolusjon v/ forsker Andreas Steigen Torsdag 16/2 Virus evolusjon v/ forsker Andreas Steigen Måndag 20/2 Rhabdo – og paramyxovirus v/ stipendiat Stian Nylund Torsdag 23/2 Poxvirus v/ stipendiat Stian Nylund Måndag 27/2 Iridoviridae, Nodaviridae og IPN virus v/ professor Are Nylund Torsdag 1/3 Utlevering av semester- og presentasjonsoppgåver MAR271 og MOL 211 (“Mi side”) Måndag 5/3 Togavirus v/ professor Are Nylund Torsdag 8/3 Immunresponser på virusinfeksjoner v/professor Ivar Hordvik Måndag 12/3 Herpesvirus og poliovirus v/ professor Lars Haarr Måndag 12/3 Innlevering (elektronisk) av forslag til tittel og disposisjon av semesteroppgåvene i MOL 211 til DEH Torsdag 15/3 Retrovirus v/ professor Dag E. Helland Måndag 19/3 Influensavirus: strukturktur, replikasjon, immunologi og epidemiologi v/ professor Rebecca Cox Brokstad Torsdag 22/3 Virusvaksinar og svineinfluensa v/ professor Rebecca Cox Brokstad Måndag 26/3 Klinisk virologi og diagnostikk v/ professor Lars Haarr Torsdag 29/3 Torsdag 12/4 Bakteriofager v/ professor Dag E. Helland Måndag 16/4 Torsdag 19/4 New viruses and viruses that are re-emerging v/ 1. aman. Andreas L. Steigen Måndag 23/4 Torsdag 26/4 Måndag 30/4 Torsdag 3/5 Frist for innlevering av semesteroppgåve i MOL211 kl.14:00 (Trykt og elektronisk) Måndag 7/5 Torsdag 10/5 Måndag 14/5 Torsdag 24/5 Skriftleg eksamen MOL211 (Kl 0900 – 1300) (Lukke til!!) Førelesingane 23/1, 26/1, 30/1, 2/2, 13/2, 16/2, 8/3, 12/3, 15/3, 19/3, 22/3, 26/3,12/4 og 19/4 er obligatoriske for MOL211 studentane.
EMNEBESKRIVELSE – MOL211 VIROLOGI
Fagleg ansvarleg Professor Dag E. Helland, [email protected] Undervisningssemester Vår, emnet vert ikkje undervist ved lågt studenttal. Emnet har eit avgrensa tall på plassar og inngår i undervisningsopptaket. Meir info: http://www.uib.no/matnat/utdanning/studiehverdag/undervisningsopptaket. Undervisinga går parallelt med BIO271. Eksamenssemester Det er ordinær eksamen kvart semester Undervisningsspråk Engelsk, norsk dersom kun norskspråklege studentar deltek. Krav til studierett For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller ev opptakskrav Mål og innhald Emnet tek for seg virusstruktur, replikasjon, patogenese, diagnostikk, verten sin respons mot virusinfeksjon og bruk av virus innan genterapi. Enkelte virus av relevans for menneske og fisk blir spesielt behandla. Emnet er basert på gjennomgang av virologiske prinsipp og sentrale originalarbeid.Emnet har som mål å gi studentane ei god oversikt i virologi og for ståing av moderne virologiske problem og arbeidsmetodar. Det tek for seg virusstruktur, klassifikasjon, replikasjon, patogenese, diagnostikk, verten sin respons mot virusinfeksjon, bruk av virus som vektor og modellsystem i molekylærbiologisk forsking og virusvaksiner. Det vert gitt ei innføring i metodar nytta til isolering og studie av virus. Nokre virus av spesiell relevans for menneske og fisk blir brukt som døme for ulike virusgrupper. Aktuelle virusepidemiar vert tatt fram. I tillegg vert også prioner og viroider drøfta. Emnet er basert på gjennomgang av virologiske prinsipp og nokre sentrale originalarbeid. Læringsutbyte/resultat Ved fullført emne MOL211 skal kandidaten kunne: - beskriva ulike strukturar ein finn hos virus - relatera dei einskilte virusstrukturane til biofysikalske eigenskapar - klassifisera virus og gi døme på kjente virus i dei ulike klassane - skissera hovudstega i virusreplikasjon for ulike virusgrupper - forstå hovudmekanismane for viral patogenese og verten sin respons ved virusinfeksjon - kjenna til dei viktigaste metodane for diagnostikk - gi døme på bruk av virus som vektor og modellsystem i molekylærbiologisk forsking - kjenna til og forklara ulike strategiar for utvikling og produksjon av virusvaksiner - ha kjennskap til i metodar nytta til isolering og studie av virus. - ha spesiell innsikt i dei humane virus og virus frå fisk brukt som døme for ulike virusgrupper i undervisinga. - kjenna til dei viktigaste problemstillingane for aktuelle humane virusepidemiar
- forklare den molekylære struktur av prion og viroide og gi ei kort oversikt av kva sjukdomar dei gir. Krav til forkunnskapar MOL100/MOL101 eller tilsvarande. Emnet høver best i mastergraden, tidlegast i 5. eller 6.semester av bachelorgraden. Tilrådde forkunnskapar MOL200, MOL201, MOL202, MOL203 Fagleg overlapp MAR271/BIO271: 10 sp Obligatoriske arbeidskrav Obligatorisk oppmøte på førelesingane. Emnet inkluderar ei obligatorisk oppgåve som utgjer 3 sp av arbeidsmengda. Dersom det er færre enn 10 påmeldte studentar vil det bli obligatorisk studentbasert seminar i tillegg til semesteroppgåva. Vurderingsformer Skriftleg eksamen 4 timar, eventuelt munnleg eksamen avhengig av studenttalet. Semesteroppgåva tel 30% og avsluttande eksamen 70% for endeleg karakter. Ingen hjelpemiddel. Karakterskala Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.
EMNEBESKRIVELSE – BIO271 (tidl. MAR271)
Fiskesjukdommar - virologi
Undervisningssemester
Vår
Eksamenssemester
Det er ordinær eksamen kvart semester
Undervisningsspråk
Engelsk, norsk dersom berre norskspråklege studentar.
Krav til studierett
For oppstart på emnet er det krav om ein studierett knytt til eit masterprogram/Ph.d-utdanninga ved Det matematisk-naturvitskaplege fakultet, samt at du oppfyller ev opptakskrav
Mål og innhald
Emnet gir ei basal innføring i virologi og epizootiologi med spesiell vekt på fiskevirus og deira verknad på verten (patologi). Diagnostikk og profylakse vert gjennomgått.
Læringsutbyte/resultat
Å gi studentane ei basal innføring i fiskevirologi med vekt på virus knytte til norske oppdrettsartar.
Krav til forkunnskapar
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
MOL100, KJEM100/110, BIO213, (gamle emner: BIO201, BIO202), BIO280, BIO291
Fagleg overlapp
10 sp MAR271
Obligatoriske arbeidskrav
Seminar og skriftlige innleveringer. Godkjende obligatoriske aktivitetar er gyldig i 6 semester.
Vurderingsformer
Mappeevaluering av presentasjonar, laboratoriejournalar (30%) og ein munnleg eksamen (70%).
Karakterskala
Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.
1
Vanja Haugland
From: [email protected]
Sent: 14. september 2012 17:17
To: Vanja Haugland
Subject: Re: [gra.mbi] Studieplanendringer vår og høst 13 - frist 1. oktober
Hei Vanja, jeg har en liste med nye kurs som gis nasjonalt. Etter avtale
med din forgjenger Marielle skal disse bakes inn som vanlige kurs ved
UiB. Men det er altså Biostruct som holder disse kursene ved
forskjellige institusjoner. Biostruct betaler for reise og opphold for
studenter som har PI'en sin som medlem.
Det vil altså komme følgende kurs inn (jeg vil stå for tilpasning av
tekst og alt annet):
MBV9300BTS BIOSTRUCT – Membrane Proteins; from isolation to crystals, (5
STP), UiO, 23-27 January , (Preben Morth)
KJE 8701 BIOSTRUCT – Biophysical aspects of protein folding and
stability (5 STP), UiT, 12-23 March, (Arne Smalås)
MBV 9270 BIOSTRUCT – Advanced Glycobiology (10 STP), 3-16 May,
(Kristian Prydz)
KJE8704 – BIOSTRUCT – Structure guided drug discovery and design (5
STP), UiT, 11-15 June (Richard Engh)
MBV 9220 BIOSTRUCT – Protein Crystal Spectroscopy, (5 STP) UiO, 13-17
August (Kristoffer Andersson)
KJE 8703 BIOSTRUCT – Crystallization of Biological Macromolecules, (3
STP) UiT, 10-14 September (Ronny Helland)
MOL0950 BIOSTRUCT – Recombinant proteins; Expression, Purification and
Interaction studies(5 STP), UiB/EMBL, 28 Nov-7 Des (Arnt Raae)
KJE 8702 BIOSTRUCT – Synchrotron Data Collection, (3STP) ESRF/UiT, time
not scheduled yet
Previous courses 2011 (will be arranged next time 2013)
MBV 9510 BIOSTRUCT – Biomolecular NMR spectroscopy (5 STP), UiO, 7.-16.
February 2011 (Per Eugen Kristiansen)
MBV 9520 BIOSTRUCT – Advanced Biomolecular NMR (5 STP), UiO, 7.-16
March 2011 (Per Eugen Kristiansen)
MOL910 BIOSTRUCT – Biomolecular Modelling (10 STP), UiB 14.-18. March +
UiT 4.-8. April (Nathalie Reuter, Bjørn Olav Brandsdal)
KJM9480BTS BIOSTRUCT – Proteomics Basic, (5 STP), UiO, 12.-16. September
(Bernd Thiede)
2
BIOSTRUCT – Atomic Force Microscopy, (3 STP), UiB, 17.-21. October,
(Aurora Martinez)
KJM9310 BIOSTRUCT – Biomolecular Structure and Function, (10 STP), UiO,
7.-24. November, (Ute Krengel)
MBV 9220 BIOSTRUCT – Protein Crystal Spectroscopy, UiO, 16.-20. august
2010 (Kristoffer Andersson)
Mvh
Øyvind
On 14.09.2012 16:53, Vanja Haugland wrote:
> Hei!
>
> Jeg ønsker å minne dere om at vi nå nærmer oss fristen for å melde inn store og mindre studieplaneendringer.
> Vedlagt finner dere beskrivelse og eksempler på hva som er store og hva som er små studieplanendringer.
>
> Stor studieplan endring er f.eks.
> - å legge ned eller å opprette et nytt emne
> - endre studienivå på et emne (fra f.eks 200 til 300 nivå)
> - endring av antall studiepoeng for et emne
> ..se vedlegg for mer info.
>
> Her er lenken til emnelisten vår for nærmere info om vårt utdanningstilbud og emneinfo:
http://www.uib.no/mbi/utdanning/emne
>
> Jeg beklager jeg er sent ute med å sende påminnelse.
> Skulle noen av dere ha noen forslag til endringer, send dem gjerne inn til meg på mandag slik at vi kan ta dem opp
i det neste programstyremøtet på tirsdagen 18. september.
>
> Takk og god helg!
>
> Vennlig hilsen
>
> Vanja Haugland
> ----------
> Studieveileder
> Molekylærbiologisk Institutt
> Universitetet i Bergen
> PB 7803
> 5020 Bergen
>
> Telefon: + 47 55 58 45 29
> Telefax: + 47 55 58 96 83
> Web: http://www.uib.no/mbi
>
>
U N I V E RSI T E TE T I B E RGE N Molekylærbiologisk institutt
Postadresse: Telefon: +47 55 58 45 00 E-post: [email protected] Besøksadresse:
Postboks 7803 Telefaks: +47 55 58 96 83 Internett:http://www.uib.no/mbi/ Thormøhlens g. 55
5020 Bergen Direktenr: +47 55 58 45 29 Org. no. 874 789 542 Bergen
Norway
Professor Jon Nissen-Meyer Institutt for molekylær biovitenskap Universitetet i Oslo Postboks 1041, Blindern, 0316 Oslo Deres ref Vår ref Dato 07/5525/MBI/ODF 10.05.2007 Nominasjon av programsensor - Molekylærbiologisk institutt, UiB Molekylærbiologisk institutt ved Det matematisk-naturvitenskaplige fakultet, Universitetet i Bergen, skal som et ledd i kvalitetssikringsarbeidet i gang med en ordning med programsensor. Molekylærbiologisk institutt ønsker å nominere deg som programsensor for vårt bachelor- og masterprogram i molekylærbiologi, og håper du er villig til å påta deg oppgaven. Programsensor oppnevnes av Fakultetets studiestyre etter nominasjon fra instituttene. Programsensor blir nominert for en 4-års periode, og skal i løpet av denne perioden evaluere de to programmene. Målet med programevalueringen er en kontinuerlig utvikling og forbedring av fakultetets utdanningstilbud. Programevalueringen skal blant annet sette fokus på den faglige oppbyggingen av studieprogrammet, og vurdere dens kvalitet i forhold til nasjonal og internasjonal standard. Programsensor skal også se kritisk på undervisnings- og vurderingsmetoder som blir brukt, og om disse gir den ønskede læringseffekten. Ved Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet har instituttet og programsensor følgende oppgaver i forhold til programevalueringen:
Instituttet skal
• Nominere programsensor for en 4-års periode for de programmene som skal evalueres. Studiestyret oppnevner programsensor etter nominasjon fra instituttene. En programsensor kan fungere i to perioder.
• Inngå en kontrakt med programsensor hvor oppgavene er definert og honoraret er avtalt etter fakultetets retningslinjer for sensorhonorar. Programsensor oppnevnes slik at sensorperioden begynner med høstsemesteret når undervisningsåret starter. Programsensor får halv honorarsats for det første og det siste kalenderåret av sensorperioden.
• Definere hva programmet har behov for å få frem i evalueringen. Institutt/program setter selv opp en detaljert plan over hva de vil ha belyst i hvert av de fire år evalueringen foregår.
• Gi programsensor innsyn i sakslister og referater fra programstyremøter • Gi programsensor anledning til å delta på programstyremøter
U N I V E RSI T E TE T I B E RGE N Molekylærbiologisk institutt
Postadresse: Telefon: +47 55 58 45 00 E-post: [email protected] Besøksadresse:
Postboks 7803 Telefaks: +47 55 58 96 83 Internett:http://www.uib.no/mbi/ Thormøhlens g. 55
5020 Bergen Direktenr: +47 55 58 45 29 Org. no. 874 789 542 Bergen
Norway
Programsensor skal
• Legge vekt på en evaluering av den faglige oppbyggingen av studieprogrammet og på den faglige sammenhengen mellom bachelor- og masterprogrammet i den samme disiplinen.
• Kommentere og gi råd om innhold, kombinasjoner og struktur i kursene, og om vurderingsmåter. • Utarbeide en årlig evalueringsrapport til programstyre innen 1. juli etter malen i Handbok for
kvalitetssikring av universitetsstudia. Denne rapporten innarbeides i instituttrapporten. Programsensor kan fra år til år fokusere på ulike aspekter og problemstillinger ved programmet/programmene i samråd med institutt/programstyre.
• Delta i den mer omfattende programevalueringen som skal finne sted hvert 4. år (se pkt. 4.2 i Handbok for kvalitetssikring av universitetsstudia)
Studiestyret ved Det matematisk-naturvitenskaplige fakultet har vedtatt satser for honorering av programsensor. Honoraret er kr 30 000,- per år for de to programmene i molekylærbiologi. Utgifter til reise og opphold vil bli dekket av Molekylærbiologisk institutt. Programsensor blir oppnevnt for fire år og skriver avtale med instituttet (vedlagt). Molekylærbiologisk institutt håper du har anledning til å ta på deg oppgaven, og ber om at du tar kontakt med leder for Programstyret, professor Anders Fjose, dersom du har spørsmål.
Med vennlig hilsen
Prof. Anders Fjose Leder av Programstyret
Molekylærbiologisk institutt
Oddfrid T.K. Førland
Studiekonsulent Molekylærbiologisk institutt
1
Innhald 1. Mål med programsensur og programsensors oppgaver
s. 2
2. Retningslinjer og grunnprinsipper s. 4 2.1. Retningslinjer for ekstern sensorordning ved UiB s. 4 2.2. Anbefalte retningslinjer for de nasjonale referansepanelene (UHR) s. 7 2.3. Karaktersystemet – generelle og kvalitative beskrivelser (UHR) s. 8 2.4. Retningslinjer for bruk av det nasjonale karakterstystemet (UFD) s. 9 2.5.Felles forståelse av det nye karaktersystemet (Rektorene)
s. 10
3. Årsrapport for programsensor (fra Handbok kvalitetssikring)
s. 12
4. Plan for programsensor ved Molekylærbiologisk institutt
s. 13
5. Programmer og undervisning ved Molekylærbiologisk institutt s. 15 5.1. Bachelorprogram i molekylærbiologi s. 15 5.2. Masterprogram i molekylærbiologi s. 17 5.3. Emnebeskrivelser
s. 18
6. Oversikt over studenttall og resultater
s. 31
7. Retningslinjer for bruk av karakterskalaen A-F ved Molekylærbiologisk institutt
s. 33
8. Utfyllende regler for masterstudiet ved Molekylærbiologisk institutt, UiB
s. 35
9. Oversikt over elektroniske informasjonskilder og kontaktinformasjon
s. 38
10. Utfyllende informasjon om MOL 100
s. 40
11. Utfyllende informasjon om MOL 200
s. 54
2
1. Mål med programsensur og programsensors oppgaver
Universitetets kvalitetssikringssystem for undervisningen ble etablert i 2004 og er beskrevet i Handbok for kvalitetssikring av universitetsstudia (Revidert august 2004) http://uib.no/ua/studiekvalitet/kvalitetssikring/Revidert%20Handbok%20Kvalitetssikring%20aug%2004.doc . Et ledd i kvalitetssikringsarbeidet er ordningen med ekstern programsensor. Ved Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet har instituttet og programsensor følgende oppgaver i forhold til programevalueringen: Instituttet skal
• Nominere programsensor for en 4-års periode for de programmene som skal evalueres. Studiestyret oppnevner programsensor etter nominasjon fra instituttene. En programsensor kan fungere i to perioder.
• Inngå en kontrakt med programsensor hvor oppgavene er definert og honoraret er avtalt etter fakultetets retningslinjer for sensorhonorar. Programsensor oppnevnes slik at sensorperioden begynner med høstsemesteret når undervisningsåret starter. Programsensor får halv honorarsats for det første og det siste kalenderåret av sensorperioden.
• Definere hva programmet har behov for å få frem i evalueringen. Institutt/program setter selv opp en detaljert plan over hva de vil ha belyst i hvert av de fire år evalueringen foregår.
• Gi programsensor innsyn i sakslister og referater fra programstyremøter • Gi programsensor anledning til å delta på programstyremøter
Programsensor skal
• Legge vekt på en evaluering av den faglige oppbyggingen av studieprogrammet og på den faglige sammenhengen mellom bachelor- og masterprogrammet i den samme disiplinen.
• Kommentere og gi råd om innhold, kombinasjoner og struktur i kursene, og om vurderingsmåter.
• Utarbeide en årlig evalueringsrapport til programstyre innen 1. juli etter malen i Handbok for kvalitetssikring av universitetsstudia. Denne rapporten innarbeides i instituttrapporten. Programsensor kan fra år til år fokusere på ulike aspekter og problemstillinger ved programmet/programmene i samråd med institutt/programstyre.
• Delta i den mer omfattende programevalueringen som skal finne sted hvert 4. år (se pkt. 4.2 i Handbok for kvalitetssikring av universitetsstudia)
Målet med programevalueringen er en kontinuerlig utvikling og forbedring av fakultetets utdanningstilbud. Studentene ved fakultetet skal ha gode arbeidsforhold innenfor et attraktivt og relevant utdanningstilbud. Programevalueringen skal derfor blant annet sette fokus på den faglige oppbyggingen av studieprogrammet, og vurdere dens kvalitet i
3
forhold til nasjonal og internasjonal standard. Bedre kvalitetssikring ved utdanningsinstitusjonene er i samsvar med satsningsområdene i Bologna-prosessen. Programsensor skal også se kritisk på undervisnings- og vurderingsmetoder som blir brukt, og om disse gir den ønskede læringseffekten. Et viktig aspekt ved evalueringen gjennom en ekstern sensor vil også være å få frem muligheter for sammenslåing av emner og programmer for å unngå duplisering av tilbud og for en bedre utnyttelse av læringsressurser i form av undervisningspersonale og undervisningsrom. Sensormappen er en samling av retningsgivende dokumenter og andre relevante dokumenter for gjennomføring av studieprogrammet og vurdering av studentenes faglige prestasjoner. Formålet med sensormappen er å sikre at alle impliserte parter (programsensor, programansvarlige, veiledere) har en felles forståelse av gjeldende regler, samt kjennskap til den praksis som det legges opp til ved instituttet/programmet.
4
2. Retningslinjer og grunnprinsipper 2.1 Retningslinjer for ekstern sensorordning ved UiB (Fastsett i notat frå rektor og universitetsdirektør, datert 16.04.04) 2.1.1. Eksterne sensorars hovudoppgåver Eksterne sensorar skal bidra til å sikre kvaliteten på studiet og rettstryggleiken for studentane ved å: I vurdere studentane sine faglege prestasjonar, og II evaluere vurderinga eller vurderingsordningane. Ekstern sensor med oppgåver som under I, blir engasjerte av det enkelte fagmiljøet og utfører oppgåvene sine normalt som medlem i ein eksamenskommisjon. For ekstern sensor med oppgåver som under II, heretter kalla programsensor, gjeld retningslinene nedanfor. 2.1.2. Programsensors funksjon For det enkelte studieprogram eller undervisningsfag, eller for nærskylde undervisningsfag, skal det oppnemnast minst ein programsensor. Programsensor skal vurdere om gradar med same eller liknande fagkrins er av god standard jamført med tilsvarande ved andre nordiske universitet, og om eksamens- og vurderingssystemet som blir nytta i studiet, er rimeleg og blir praktisert rettferdig overfor studentane. Programsensorane må kunne: * delta i vurdering av einkvar studentprestasjon som fører fram til oppnådd grad, * avgjere problemtilfelle, * kommentere og gi råd om innhald, kombinasjonar og struktur i kursa, og om vurderingsmåtar. Programsensor kan delta i arbeidet i ein eksamenskommisjon når dette er mest praktisk, men normalt vil programsensoren vurdere eit utval av dei aktuelle studentprestasjonane. 2.1.3. Nominasjon, oppnemning og funksjonsperiode for programsensor Instituttstyrar/programstyre nominerer personar som kan påta seg vervet som programsensor. Dei som blir nominerte, skal ha brei undervisningserfaring og normalt ha kompetanse som minst førsteamanuensis. Personar som tidlegare har arbeidd ved institusjonen, kan ikkje oppnemnast før det er gått minst 3 år sidan tilsetjingsforholdet tok slutt. Programsensor blir oppnemnd av fakultetsstyret. Funksjonsperioden for programsensor er normalt 4 år, med høve til å fungere i to periodar. 2.1.4. Informasjon for programsensor I tillegg til desse retningslinene skal programsensor ved oppnemninga få tilsendt alt relevant materiale om vedkommande studium, mellom anna: * studieplanar og pensumoversikt
5
* interne retningsliner i fagmiljøet for karaktersetjing m.m. * oversikt over planlagde fellesmøte for planlegging og erfaringsutveksling av eksamen/vurdering * skjema for årleg rapport 2.1.5. Programsensors medverknad i vurderingsprosedyren Programsensor har rett til å få sjå alle delar av eit vurderingsopplegg som har relevans for karakterresultatet i eit emne/studieprogram. Dette gjeld så vel interne vedtak og reglar ved fagmiljøet/fakultetet som studentens prestasjonar. Programsensorar blir oppmoda om å gi si vurdering av vurderingsprosessen og korleis karakterskalaen A- F og greidd/ikkje greidd blir brukt. Nærmare om medverknad i vurdering på bachelornivå: Programsensor og fagmiljøet skal gjere avtale om kva for delar av eit studieprogram han/ho skal delta i og på kva måte. Dersom ein er einig om å trekke eit utval av studentsvar som programsensor skal få til gjennomsyn, skal utvalet alltid vere breitt nok til at vedkommande sensor kan vurdere om den interne karaktersetjinga er konsistent gjennomført. Dersom programsensor skal vurdere eit utval av studentsvar, skal prinsippa for korleis ein skal gjere utvalet, avtalast med sensoren på førehand. Som eit minimum skal programsensor i slike tilfelle få tilsendt: * prøve på eksamenssvar som representerer dei beste, gjennomsnittet og dei svakaste * alle eksamenssvar der andre sensorar har vore ueinige * alle/eit utval eksamenssvar som internt er vurderte til A eller F * alle grensetilfelle ved opptak til vidare studiar i faget Nærmare om vurdering på masternivå/ i profesjonsstudium: For enkelte studium kan programsensor få tilsendt forslag til avsluttande eksamensoppgåver til kommentar. I eksamenskommisjonen for mastergradsavhandlinga skal det vere minst 2 sensorar, av desse skal ein vere ekstern, enten programsensor eller ein engasjert ekstern sensor. Programsensor møter i fagmiljøet minst ein gong årleg for å drøfte løpande saker og meir overordna spørsmål som gjeld vurdering av studentprestasjonar. Institutt og fakultet bør gjere seg nytte av programsensorane til å drøfte struktur og innhald i kurs eller studieprogram, og dei vurderingsmetodane som blir nytta. 2.1.6. Rapport frå programsensor Programsensor skal levere ein årleg rapport om arbeidet sitt til det fakultetet som har oppnemnt han/henne. Det skal nyttast ein standard rapport for heile universitetet. Programsensor er dessutan fri til å komme med eigne kommentarar om alle forhold ved undervisningsopplegget og struktur og innhald i studiet/studieprogrammet. Programsensor kan, om han/ho ønskjer det, sende kopi av sin rapport til viserektor for utdanning. Vedkommande kan i særskilde tilfelle sende ein rapport, open eller konfidensiell, til viserektor for utdanning, når som helst i fungeringsperioden. Dersom universitetet grip inn i eit forhold på grunnlag av eit slikt skriv, skal den som
6
melde frå, gjerast kjend med dette. I klagesaker kan klagekommisjon eller Sentral klagenemnd be om å få sjå den årlege sensorrapporten. Den årlege sensorrapporten kan skrivast på norsk, engelsk eller eit anna høveleg framandspråk etter nærmare avtale. Vervet som programsensor blir honorert på årsbasis etter at årleg rapport er innlevert innan 1. mars. 2.1.7. Programsensor og det formelle systemet for kvalitetsutvikling og kvalitetssikring Ved utarbeiding av Utdanningsmelding og i andre samanhengar der kvalitetsspørsmål som gjeld undervisning blir tekne opp, bør alltid sensorrapporten trekkast inn i drøftingane. Ved alle evalueringar som gjeld fag, studieprogram eller system for kvalitetssikring, utgjer sensorrapportane del av grunnlagsmaterialet, og programsensor kan i tillegg bli bedt om å delta i sjølve evalueringstiltaket gjennom intervju eller på annan måte.
7
2.2 Anbefalte retningslinjer for de nasjonale referansepanlene (UHR – Universitets- og Høgskolerådet)
Til å overvåke bruken av den nye bokstavkarakterskalaen er det etablert nasjonale referansepaneler for de ulike fag og fagområder ved universiteter og høgskoler. Universitets- og høgskolerådet ved de nasjonale fakultetsmøtene og de nasjonale rådene er ansvarlig for å oppnevne disse referansepanelene. En egen arbeidsgruppe nedsatt av Universitets- og høgskolerådet har utarbeidet følgende anbefalte retningslinjer for de nasjonale referansepanelene. Det må påregnes endringer i retningslinjene etter hvert som man får erfaringer med arbeidet i panelene.
Til bruk i arbeidet for en nasjonal koordinering og faglig sikret bruk av karakterskalaen:
1. UHR har ansvar for utarbeidelse og revisjon av nasjonale kvalitative karakterbeskrivelser.
2. De nasjonale fakultetsmøtene og de nasjonale rådene utarbeider fagspesifikke karakterbeskrivelser. UHRs styre skal påse at disse er i samsvar med de felles nasjonale kvalitative beskrivelsene.
3. UHR oppnevner og koordinerer referansepaneler. Der det brukes bokstavkarakterskala skal referansepanelene ta utgangspunkt i den verbale beskrivelsen som er gitt av prestasjoner på de enkelte nivåene, og
a. Påse at hele bokstavkarakterskalaen brukes uavhengig av fagtradisjoner, fagnivå og institusjonstype
b. Sikre en felles forståelse av bruken av karakteren A c. Sikre en felles forståelse av skillet mellom E og F d. Sikre at karakteren C gir uttrykk for en jevnt god prestasjon
4. Referansepanelene vurderer punktene 3 a-d for hvert studieår med grunnlag i besvarelser og statistikk. Referansepanelene henter nødvendige data fra rapporter og statistikker som genereres fra studentdatasystemene, eventuelt også fra DBH.
5. Referansepanelene vurderer selv om det er nødvendig å foreta nærmere analyser av karaktersettingen i emner, studieprogrammer osv.
6. Innen en nærmere fastsatt dato skal alle referansepanelene ha meldt til UHR hvilke data/eksamensbesvarelser de trenger til sitt arbeid. UHR koordinerer innhentingen av materialet fra institusjonene.
7. Referansepanelenes analyser og funn rapporteres til UHR og institusjonene innen en nærmere angitt frist.
8. Funn og resultater skal inngå i kvalitetssikringssystemenes årsrapporter ved institusjonene. Det skal her gjøres rede for om det er nødvendig å iverksette tiltak og eventuelt hvilke, eventuelt om tidligere års tiltak har gitt de ønskede resultater.
9. Oppnevningsperiode for referansepanelene følger samme periode som for fakultetsmøter og nasjonale råd.
10. Utgifter til panelenes arbeid og aktiviteter dekkes av de institusjonene som har representanter i panelene.
11. UHR utarbeider jevnlig en nasjonal vurdering av karakterbruken på bakgrunn av panelenes rapporter. Vurderingen oversendes NOKUT og institusjonene.
05.07.2004GB
8
2.3 Karaktersystemet – generelle og kvalitative beskrivelser (UHR)
Utdrag fra brev fra Universitet- og Høyskolerådet (UHR) om justerte generelle og kvalitative beskrivelser av det nye karaktersystemet. Brevet er datert 20.08.04. Beskrivelsene er lagt ut på følgende lenke: http://www.uhr.no/utvalg/studie/nasjonalkarakterskala.htm
Bokmål symbol betegnelse generell, ikke fagspesifikk beskrivelse av vurderingskriterier
A fremragende Fremragende prestasjon som klart utmerker seg. Kandidaten viser svært god vurderingsevne og stor grad av selvstendighet.
B meget god Meget god prestasjon. Kandidaten viser meget god vurderingsevne og selvstendighet.
C god Jevnt god prestasjon som er tilfredsstillende på de fleste områder. Kandidaten viser god vurderingsevne og selvstendighet på de viktigste områdene.
D nokså god En akseptabel prestasjon med noen vesentlige mangler. Kandidaten viser en viss grad av vurderingsevne og selvstendighet.
E tilstrekkelig Prestasjonen tilfredsstiller minimumskravene, men heller ikke mer. Kandidaten viser liten vurderingsevne og selvstendighet.
F ikke bestått Prestasjon som ikke tilfredsstiller de faglige minimumskravene. Kandidaten viser både manglende vurderingsevne og selvstendighet.
Nynorsk symbol nemning generell, ikkje fagspesifikk omtale av vurderingskriterium
A framifrå Framifrå prestasjon som skil seg klart ut. Kandidaten syner særs god vurderingsevne og stor grad av sjølvstende.
B mykje god Mykje god prestasjon. Kandidaten syner mykje god vurderingsevne og sjølvstende.
C god Jamt god prestasjon som er tilfredsstillande på dei fleste områda. Kandidaten syner god vurderingsevne og sjølvstende på dei viktigaste områda.
D nokså god Akseptabel prestasjon med nokre vesentlege manglar. Kandidaten syner ein viss grad av vurderingsevne og sjølvstende.
E tilstrekkeleg Prestasjonen tilfredsstiller minimumskrava, men heller ikkje meir. Kandidaten syner lita vurderingsevne og lite sjølvstende.
F ikkje greidd Prestasjon som ikkje tilfredsstiller dei faglege minimumskrava. Kandidaten syner både manglande vurderingsevne og sjølvstende.
Engelsk symbol description General, qualitative description of valuation criteria
A Excellent An excellent performance, clearly outstanding. The candidate demonstrates excellent judgement and a high degree of independent thinking.
B Very good A very good performance. The candidate demonstrates sound judgement and a very good degree of independent thinking.
C Good A good performance in most areas. The candidate demonstrates a reasonable degree of judgement and independent thinking in the most important areas.
D Satisfactory A satisfactory performance, but with significant shortcomings. The candidate demonstrates a limited degree of judgement and independent thinking.
E Sufficient A performance that meets the minimum criteria, but no more. The candidate demonstrates a very limited degree of judgement and independent thinking.
F Fail A performance that does not meet the minimum academic criteria. The candidate demonstrates an absence of both judgement and independent thinking.
9
2.4 Retningslinjer for bruk av det nasjonale karaktersystemet (UFD) Utdrag fra Departementets brev datert 10.05.04 til universiteter og høyskoler. http://odin.dep.no/ufd/norsk/aktuelt/pressem/045071-110003/dok-bn.html Etter universitets- og høgskoleloven § 50 nr. 6 skal universiteter og høyskoler benytte samme karakterskala for vurdering av studentenes prestasjoner – en skala fra A- F, med fem trinn (A-E) for bestått og F for ikke bestått. Alternativt kan det gis bestått - ikke bestått. UHR har utarbeidet generelle beskrivelser for hvilken prestasjon som skal ligge til grunn for det enkelte karaktertrinn. Videre er det etablert nasjonale referansepaneler for karakterbruk, som skal samordne karakterbruken ved institusjonene innenfor samme fagområde (se retningslinjer for referansepanelene http://www.uhr.no/utvalg/studie/refpanelanbarbeidsrutiner.htm). På bakgrunn av det som fremkom under møtet, samt de punkter som universitetsrektorene fastsatte for forståelsen av karaktersystemet i november 2003, slår departementet fast at følgende grunnprinsipper skal legges til grunn for bruken av det nasjonale karaktersystemet på alle studienivå:
1. Karaktersettingen skal ta utgangspunkt i den verbale beskrivelse som er gitt av prestasjoner på de enkelte nivåene, der karakteren C skal gi uttrykk for en jevnt god prestasjon som er tilfredsstillende på de fleste områder og karakteren A for en fremragende prestasjon som klart utmerker seg. Den verbale beskrivelsen må forstås med referanse til anerkjente faglige standarder for det aktuelle studiet og de kunnskapsmål som er satt for det enkelte program eller emne. Kravene vil naturlig stige fra lavere til høyere studienivå. Det eksisterer således ingen forhåndsgitt fordeling av karakterer som noe eksamens- eller studiekull skal ”presses” inn i.
2. Skillet mellom bestått karakter og ikke bestått skal beskrives som absolutte krav.
Kriterier for bestått karakter skal gjenspeile faglig mestring i emnet, tilpasset det aktuelle studienivå. Kravene til bestått skal ikke gjøres avhengig av endringer i studentenes forutsetninger for å gjennomføre emnet.
Grensen mellom bestått og ikke bestått kan settes høyere enn grensen mellom E og F der en kun benytter uttrykkene bestått/ikke bestått og ikke den graderte skalaen.
3. Den enkelte student skal i utgangspunktet vurderes opp mot hele skalaen, uansett nivå (bachelor/master) og seleksjonsprosess, for å skjelne gode fra mindre gode prestasjoner og rangere studentene innbyrdes.
10
2.5 Felles forståelse av det nye karaktersystemet jf U&H- lovens § 50 nr. 6 Notat fra rektorene ved NTNU, UiB, UiO, UiT 6. november 2003 Norge har, som en del av Bologna-prosessen, sluttet seg til en internasjonal avtale som fastlegger hvordan den felles omregningsskalaen for nasjonale karaktersystem, ECTS, skal brukes. Men Norge har gått videre, man har valgt å nedlegge hele sin tidligere flora av sprikende karaktersystemer og har i stedet innført ECTS-skalaen som karaktersystem for hele U&H-sektoren. Vår sektor er derfor bundet av de internasjonale regler for ECTS når skalaen brukes som nasjonalt karaktersystem. Ved vurdering av prestasjoner forligger, ifølge ECTS, to muligheter • Prestasjonen vurderes til bestått/ikke bestått uten ytterligere graderinger av bestått. • Prestasjoner som vurderes til bestått, graderes etter en femtrinns skala fra A til E, der A er
beste karakter, E svakeste ståkarakter, og C er gjennomsnittlig ståkarakter over store populasjoner, der og da eller akkumulert over tid.
I den innkjøringsfasen der vi nå befinner oss, er det viktig at ikke lokale tolkninger oppstår og innarbeides. Denne muligheten til å utvikle og konsolidere felles holdninger i U&H-sektoren må ikke forskusles. For å bidra til en mest mulig lik bruk av den nye karakterskalaen, har rektorene for de fire universitetene samlet seg om følgende felles forståelse:
1. Karaktersettingen skal ta utgangspunkt i den verbale beskrivelse som er gitt av de enkelte
nivåene.
2. Kriterier for bestått karakter skal gjenspeile faglige mestringer i emnet, tilpasset det aktuelle studienivå. Kravene til bestått prestasjon skal ikke gjøres avhengige av endringer i studentenes forutsetninger for å gjennomføre emnet.
3. For store populasjoner skal karakter C stå for det en forventer som en typisk prestasjon av ”gjennomsnittsstudenten”. Man bør altså forvente at C blir gjennomsnittlig ståkarakter, for store populasjoner der og da, ellers over noe tid.
4. På fagområder med noenlunde tilsvarende utdanningstilbud mellom universitetene etableres et sett nasjonale referansepaneler bestående av en representant for hvert universitet som gir undervisning på fagområdet. Referansepanelene får følgende hovedoppgaver: a. Å sikre at kravene til en bestått prestasjon er de samme ved alle læresteder. Det kan i
praksis skje ved at panelet gjennomgår et mindre utvalg besvarelser i grenselandet mellom laveste ståkarakter og stryk.
b. Å samordne bruken av beste karakter (A) og forventet gjennomsnittskarakter (C). Ansvaret for å etablere og administrere slike paneler fordeles på tilsvarende måte som ansvaret for nasjonale opprykkskomitéer.
11
5. Der sterk seleksjon eller andre forhold fører til en sterk konsentrasjon av besvarelser innenfor et lite intervall (for eksempel A og B), bør en alvorlig vurdere å gå over til karaktersettingen bestått/ikke bestått.
6. For å bidra til gjennomsiktighet og tillit, vil hvert universitet offentliggjøre den statistiske fordeling av karakterer for det enkelte studieprogram og for de viktigste elementene som inngår i programmet.
7. Bruk av karakterer på tvers av universitets- og høgskolesektoren som overordnet sorteringsmekanisme ved konkurranse om opptak til videregående lukkete studier, stipend eller lignende, er bare realistisk på fagområder der tillit til gjennomgående kvalitetsstandarder knyttet til karaktersystemet er opprettet. Begrunnet tvil om denne betingelsen er oppfylt vil føre til at vi må vurdere å basere beslutningene på et annet grunnlag (eksempelvis egne opptaksprøver).
12
3. Årsrapport fra programsensor (mal fra Handbok Kvalitetssikring)
ÅRSRAPPORT FRÅ PROGRAMSENSOR
Namn: Programsensor ved
• fakultet:
• studieprogram/fagområde: Oppnemnt for perioden: Rapporten gjeld perioden: _______________________________________________________________________ Kommentar til:
1. Pensum Studieopplegg Prøveordning/eksamen
2. Studie- og eksamenskrav og generelt om studentane sine prestasjonar
3. Vurderingsprosessen som blir nytta i studiet og praktiseringa av karakterskalaen A-F og ev. bestått/ikkje bestått
4. I kva grad har du som programsensor deltatt i drøftingar i fagmiljøet om struktur og innhald i studieprogrammet og om dei vurderingsmetodane som blir nytta
5. Ev. særlege forhold ved gjennomføringa av studieprogrammet i perioden
6. Rolla og oppgåvene som programsensor
13
4. Plan for programsensor ved Molekylærbiologisk institutt Programstyret har laget en detaljert plan for programsensuren de første to årene. En foreløpig plan er også blitt utarbeidet for de to siste årene av sensurperioden, men her ønsker vi også at programsensor kommer med forslag til tema/problemstillinger som bør granskes nærmere. Programstyret kan revidere planen i samråd med programsensor. Programsensor bør hvert år ha et møte med programstyret og undervisningsansvarlige for emner som evalueres. I tillegg skal programsensor utarbeide en årlig evalueringsrapport til programstyret innen 1. juli etter malen i Handbok for kvalitetssikring av universitetsstudia. 2007-2008 I løpet av det første året bør programsensor gjøre seg godt kjent med oppbygningen av bachelor- og masterprogrammene og emnene som inngår i disse. Her ønsker vi i første omgang en kort tilbakemelding med en vurdering av hovedtrekkene i instituttets undervisningstilbud. I tillegg er det et spesielt behov for få en detaljert vurdering av de innledende obligatoriske emnene MOL100 og MOL200; særlig gjennomføring og opplegg på MOL100 og fordeling av faglig innhold mellom de to emnene. For begge emner er det viktig at programsensor ser kritisk på undervisnings- og vurderingsmetodene som blir brukt, og om disse gir den ønskede læringseffekten. Denne vurderingen må bl.a. baseres på evalueringsrapportene for disse emnene og samtaler med de emneansvarlige. Vi ønsker spesielt forslag til forbedringer av MOL100 som undervises til en stor og heterogen studentgruppe (biologer og kjemikere er også inkludert). Bruken av ressurser på dette emnet bør også vurderes i forhold til det store bidraget til instituttets totalproduksjon av studiepoeng. Ut ifra vårt ønske om å bedre studentenes faglige modning og motivasjon er det dessuten behov for å få en foreløpig vurdering av om det kunne ha en positiv effekt å inkludere noe laboratorieundervisning i MOL200. En mer helhetlig vurdering av instituttets laboratorieundervisning ønskes det andre året av sensurperioden. 2008-2009 Programsensor skal i løpet av det andre året se nærmere på instituttets helhetlige undervisningsvirksomhet bl.a. med utgangspunkt i undervisningsmeldingene fra de seinere år. Det er særlig behov for å få vurdert bachelor- og masterprogrammenes omfang, oppbygging og emnesammensetning i forhold til nasjonal og internasjonal standard. Videre ønsker vi tilbakemelding om hvilket helhetsinntrykk vår undervisningsvirksomhet, inkludert studiepoengproduksjon, gir sammenlignet med tilsvarende institutter ved andre institusjoner. Spesielle positive og eventuelt negative trekk bør fremheves. Det er også behov for å få belyst hvor omfattende undervisningstilbudet og undervisningsbelastningen er i forhold til antall vitenskapelig ansatte. Videre ønsker vi at programsensor fokuserer spesielt på laboratoriekursene som undervises på bachelor nivå (MOL202) og master nivå (MOL300). Instituttet har gjennom flere år arbeidet for å forbedre innholdet i disse kursene. I tillegg er det nylig innkommet forslag til ytterligere forbedringer hvor mer av laboratorieundervisningen er tenkt overført til bachelor nivå. Her bør det også vurderes om det ville vært gunstig å flytte noe av det grunnleggende fra MOL202 til MOL200. De ansvarlige for laboratorieundervisningen bør kontaktes for å få belyst disse
14
problemstillingene best mulig. Vurderingen av laboratorieundervisningen bør dessuten omfatte kommentarer til undervisningslaboratoriets utrustning og organisering. 2009-2010 I likhet med innføringsemnene er det viktig å få en kritisk vurdering av innhold og nivå i de andre teoretiske emnene som er obligatorisk for bachelorgraden (MOL201, MOL203) og mastergraden (MOL310). Dessuten ønsker vi synspunkter fra programsensor angående relevansen til de ulike spesialiserte emnene, og forslag til eventuelle endringer. Programsensor skal bl.a. med utgangspunkt i undervisningsmeldingene og emneevalueringene gi en helhetsvurdering av hvordan instituttet bruker ulike typer vurderingsformer på de forskjellige emnene. I tillegg er det behov for å få belyst instituttets praksis mht. bruk av ekstern sensor. Vi ønsker også å få kommentarer angående instituttets evne til omlegging av undervisningsvirksomheten i tråd med nye utfordringer og pålegg fra universitetsledelsen. I den forbindelse er det også behov for å få generelle tilbakemeldinger om omfang/kvalitet av programstyrets arbeid bl.a. med utgangspunkt i sakslister og referater fra programsyremøter. Programstyret ønsker videre å få vurdert det faglige og sosiale miljøet blant molekylærbiologistudenter på bakgrunn av tilgjengelig informasjon og kontakt med MBI studentenes egen organisasjon Heliks. Her er det naturlig å sammenligne med tilsvarende institutter ved andre institusjoner. 2010-2011 I tillegg til emnene som inngår i mastergraden er det behov for å få en vurdering av mastergradsoppgavene både mht. kvalitet og faglig relevans til molekylærbiologi. Her er det bl.a. viktig å få sammenlignet kvalitet og karaktersetting i forhold til tilsvarende institutter ved andre universiteter i Norge. Det siste året av sensurperioden ønsker vi også at programsensor skal gjøre en mer helhetlig kvalitetsvurdering av instituttets undervisningsvirksomheten og utarbeide diverse forslag til mulige forbedringer. Således er det bl.a. behov for å få synspunkter på om undervisningstilbudet bør justeres nærmere opp til instituttets forskningsprofil. I tilknytning til dette ønskes også forslag til eventuelt tettere koblinger mellom undervisning og forskningsvirksomhet som kan gi bedret motivasjon hos studentene og eventuell ressursinnsparing. Programsensor bør dessuten kommentere andre forhold som kan ha betydning for instituttets ressursbruk og undervisning. Eksempelvis ønskes kommentarer til bruken av stipendiater i undervisningen og hvordan undervisningsressursene fordeles på bachelorprogrammet og masterprogrammet. Gode råd om hvordan vi kan få bedre tid til forskning mottas også med takk.
15
5. Programmer og undervisning ved Molekylærbiologisk institutt (MBI) MBI har to studieprogram; bachelorprogram i molekylærbiologi og masterprogram i molekylærbiologi. I tillegg bidrar instituttet med emner til studieprogrammet i nanoteknologi. Instituttet har 20 emner i sin emneportefølje (se tabell 1). MOL100 Innføring i molekylærbiologi 10 Vår s. 18 MOL200 Metabolisme; regulering, reaksjonar og kompartmentalisering 10 Haust s. 19 MOL201 Molekylær cellebiologi 10 Vår s. 19 MOL202 Eksperimentell molekylærbiologi 10 Vår s. 20 MOL203 Genstruktur og funksjon 10 Haust s. 20 MOL204 Bioinformatikk 10 Haust s. 21 MOL211 Virologi 10 Vår s. 22 MOL212 Immunologi 10 Haust s. 22 MOL213 Utviklingsgenetikk 10 Haust s. 23 MOL215 Tumorbiologi 10 Vår s. 23 MOL216 Toksikologi 10 Vår s. 24 MOL217 Bioinformatikk II 10 Vår s. 24 MOL219 Molekylær nanobioteknologi 10 Vår s. 25 MOL231 Prosjektoppgåve i molekylærbiologi 10 Haust/vår s. 25 MOL270 Bioetikk 10 Haust s. 26 MOL300 Praktisk molekylærbiologi 20 Haust s. 27 MOL301 Biomolekyl 10 Haust s. 28 MOL310 Strukturell molekylærbiologi 10 Vår s. 28 MOL311 Prosjekt i molekylærbiologi 5 Haust/vår s. 29 MOL321 Molekylærbiologisk litteraturanalyse 5 Annakvar vår s. 30 Tabell 1. Emner ved Molekylærbiologisk institutt 5.1. Bachelorprogram i molekylærbiologi Studiepoeng: 180 Omfang: 3 år Oppstart: Haust Forkunnskapskrav For å kunne søke opptak til bachelorprogrammet i molekylærbiologi må du ha generell studiekompetanse eller fylle krava til realkompetanse. I tillegg må du ha 2MX/2MY/3MZ + 3MX/3FY/3KJ/3BI/(2KJ+3BT)/(2BI+3BT) Mål og innhald Molekylærbiologi og biokjemi er to sider av same fagområde, faget der dei levande organismane si molekylære oppbygging, kjemi og fysikk vert studert. Molekylærbiologar studerar dei biologiske makromolekyla DNA, RNA, protein og karbohydrat og andre organiske molekyl i levande celle. Faget er basert på teknologi som tillet isolering og studie av biologiske makromolekyl og metodar for å studera kva funksjonar slike molekyl har i levande celler og organismer.Studieprogrammet i molekylærbiologi har som mål å gje studentane både eit bredt teoretisk grunnlag for å forstå basale problemstillingar og solid kunnskap om fagets eksperimentelle metodar. Evolusjonære perpektiv står sentralt i
16
undervisingen. Gjennom studiet vil studentane få trening i å lese relevant faglitteratur kritisk. Det er og lagt vekt på øving i skriftleg og munnleg fremstilling av faget. Tilrådd studieplan Studentar som ikkje har 3KJ eller tilsvarande 6 V Val Val Val 5 H Val Val MOL203 4 V Val MOL202 MOL201 3 H Val MAT/STATval MOL200 2 V KJEM110 KJEM130/Val MOL100 1 H Ex. Phil. MAT111 Grunnkurs mat
/101 Brukarkurs mat KJEM100 Kjemi i naturen/Val
Studentar som har 3KJ eller tilsvarande 6 V Val Val Val 5 H Val Val MOL2034 V Val MOL202 MOL2013 H Val MAT/STATval MOL2002 V KJEM130/Val KJEM Val MOL1001 H Ex. phil. MAT111/101 KJEM110Emne merka lysegrått er obligatoriske for alle studieprogram ved fakultetet. Emne merka mørkegrått er spesialiseringsdelen, og er obligatoriske emne for programmet. Tilrådde valemne Molekylærbiologiske emne : MOL 204 Bioinformatikk, MOL 231 Prosjektoppgåve, MOL 270 Bioetikk. Andre emne i molekylærbiologi kan og vere relevant å ta mot slutten av bachelorgraden. Kjemiske emne: KJEM130 Organisk kjemi, KJEM131 Organisk syntese og analyse, KJEM120 Grunnstoffenes kjemi, KJEM122 Syntetisk uorganisk kjemi, KJEM210 Kjemisk termodynamikk og KJEM212 Molekylære drivkrefter Matematiske emne: MAT121 Lineær algebra, STAT101 Elementær statistikk og STAT110 Grunnkurs i statistikk. Biologiske emne: BIO110 Innføring i evolusjon og økologi, BIO113 Mikrobiologi og andre biologisk emne valt etter interesse. Dei 70 frie studiepoenga kan og vere frå andre fagretningar eller samansett at andre emne enn dei tilrådde. Valemne bør veljast etter interesse og evt. i forhold til planlagt masterstudium. Nokre masterprogram har spesielle faglege opptakskrav. Inntil 10 studiepoeng på 300-nivå kan inngå i den valfrie delen av bachelorgraden. Tilrådd utanlandsopphald Valfridomen i det 6. semesteret kan med fordel nyttast til internasjonal utveksling. Det finst i dag mange alternativ for deg som ønskjer å ta litt av utdanninga di i eit anna land. Universitetet i Bergen har mange utvekslingsavtalar, både i og utanfor Europa. I bachelorprogrammet i molekylærbiologi har vi i tillegg valgt ut særskilde samarbeidsuniversitet for å finna det fagtilbodet som passar best for deg. På den måten får du tilbod om eit tilrettelagt utanlandsopphald som blir integrert i graden. Molekylærbiologisk institutt tilbyr tilrettelagte delstudium ved University of Cape Town, Sør-Afrika, McGill
17
University, Canada og James Cook University, Australia. I tillegg har instituttet avtalar med fleire europeiske universitet. Yrkesvegar Molekylærbiologar arbeidar innan forsking og undervising ved universitet, statlege høgskular og andre vitenskapelege høgskular. Universitetssjukehusa og dei andre større sjukehusa engasjerar og molekylærbiologar. Internasjonalt er farmasøytisk og bioteknologisk industri og forsking ei viktig arbeidsmarknad. Molekylærbiologar arbeidar og innan administrasjon og undervising i den vidaregåande skulen, innan landbruks-, fiskeri- og havbruksnæring og i offentleg administrasjon. 5.2 Masterprogram i molekylærbiologi Masterprogram: Molekylærbiologi Grad: Master i molekylærbiologi Studiepoeng: 120 SP Omfang: 2 år Oppstart: Haust og vår Mål og innhald Molekylærbiologi handlar om dei biologiske makromolekyla og dei livsprosessane der desse inngår. Vi studerer den molekylære oppbygginga, kjemien og fysikken til DNA, RNA, protein, karbohydrat og lipid for å kunne forstå deira plass og funksjon i dei levande organismane. Forskinga er i stor grad retta mot basale problemstillingar som; genorganisering og uttrykking, proteinstruktur og funksjon, kromatinstruktur, utviklingsbiologi, toksikologi, strukturelle og funksjonelle aspekt ved bakteriar og virus, kreftforsking, proteom- og genomforsking. Genteknologi og bioinformatikk er viktige verktøy i vår forsking. Masterprogrammet i molekylærbiologi skal gje deg eit breitt grunnlag og god forståing innan aktuelle problemstillingar i faget. I arbeidet med masteroppgåva skal du planleggje og gjennomføre biokjemiske og molekylærbiologiske eksperiment og vurdere resultata i lys av dei hypotesane som blir testa Studiet gir deg erfaring med munnleg og skriftleg framstilling av resultat og teoriar, og trening i å kunne lese og kritisk vurdere relevant faglitteratur. Fagleg profil I masterprogrammet kan du spesialisere deg innanfor bioinformatikk, bioteknologi, cellebiologi, enzymologi, genetikk, immunologi, proteomikk, strukturbiologi, toksikologi, tumorbiologi, utviklingsgenetikk og virologi. Etter avtale kan du spesialisere deg i kombinasjon med andre fag. Opptaksgrunnlag Bachelorgrad i molekylærbiologi eller tilsvarande utdanning. Tilsvarande utdanning kan vera t.d. treårig relevant ingeniørutdanning eller bioingeniørutdanning, bachelor i biologi, kjemi, fysikk og informatikk. Oppbygging av studiet Masterprogrammet er sett saman av eit sjølvstendig vitskapleg arbeid (masteroppgåve) på 60 SP og emne på til saman 60 SP. Emna MOL300 Praktisk molekylærbiologi 20 SP (haust) og MOL310 Strukturell molekylæbiologi 10 SP (vår) er obligatoriske i mastergraden. I tillegg
18
kan Programstyret kreve at du tek emne i molekylærbiologi eller kjemi for å styrke din kunnskap innan desse fagområda. Minst eitt emne i bioinformatikk, virologi, immunologi, utviklingsgenetikk, tumorbiologi eller toksikologi er tilrådd blant dei valfrie emna. Emne i t.d. molekylærbiologi, kjemi eller biologi kan inngå som valemne, avhenging av din bakgrunn. MOL301 Biomolekyl må inngå i det første semesteret for studentar i bioinformatikk som ikkje har fagleg bakgrunn i molekylærbiologi. Ved oppstart vår startar ein med emnet MOL310. Tilrådd studieplan 4. V oppgåve oppgåve Oppgåve 3. H Val oppgåve Oppgåve 2. V MOL310 Val Oppgåve 1. H MOL300 Val Kontaktinformasjon Molekylærbiologisk institutt v/studiekonsulent. E-postadresse: [email protected] Yrkesvegar Molekylærbiologar arbeider innanfor forsking og undervisning ved universitet, høgskolar og private forskingsinstitusjonar. Universitetssjukehusa og dei andre større sjukehusa engasjerer også molekylærbiologar. Farmasøytisk og bioteknologisk industri og forsking er ein viktig arbeidsmarknad både nasjonalt og internasjonalt. Molekylærbiologar arbeider også innanfor administrasjon og undervisning i den vidaregåande skolen, i landbruks-, fiskeri- og havbruksnæringane og i offentleg forvalting. Studiet skal gi godt grunnlag for vidare doktorgradsstudium innanfor molekylærbiologi eller nærliggjande fagfelt. 5.3 Emnebeskrivelser MOL100 / Innføring i molekylærbiologi
Forelesing: 28 dobbelttimer (blir redusert til omlag 14 våren 2008) Ledet kollokvie: 5 dobbelttimar
Undervisnings- aktivitet
Prøveeksamen og spørretime Studiepoeng 10 Pensum: Biochemistry (ISE) 5. utgave, Campbell & Farrell
Hele boka pensum, med unntak av: kap. 14, 17, 18, 19, 21, 23 og 24 Semester Vår Språk Norsk Læringsmål Gje ei innføring i molekylærbiologiske prinsipp for vidare studiar i molekylærbiologi,
biologi og bioinformatikk. Fagleg innhald Prinsippet for overføring av genetisk informasjon, DNA og RNA molekyla (struktur,
funksjon), protein (struktur, funksjon). Cellebiologi (cellestruktur, cellemembran, oversikt over transportsystem). Kilder til cellulær energi: Fri energi, energi-lager, elektrontransport og fotosyntese (lys-reaksjoner). Genetikk, celledeling og reproduksjon (meiose, mitose). Prinsippa vert sett i lys av døme frå bioteknologi og medisin. Heile kurset undervisast i eit evolusjonært perspektiv.
Krav til forkunnskapar
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
KJEM100 og/eller KJEM110
19
Obligatoriske aktivitetar
5 deleksamenar som kvar tel 4% av sluttkarakter. (Blir endra til 3 obligatoriske deleks. Våren 2008)
Vurdering/ eksamensform
Deleksamenar (20 %) og skriftleg 4-timars eksamen (80 %).
MOL200 / Metabolisme: reaksjonar, regulering og kompartmentalisering
Forelesing: 16 dobbelttimar Kollokvier: 8 dobbelttimar
Undervisnings- aktivitet
Newsletterpresentasjon (student): 5 timar Studiepoeng 10 Pensum: Nelson & Cox: Lehninger Principles of Biochemistry, 4 ed. W.H. Freeman and
Company, New York. Forelesningene definerer pensum. til sammen utgjør sidehenvisningene ca 400 sider. Tekst skilt ut i bokser (i boken) regnes i utgangspunktet ikke med i pensum.
Semester Høst Språk Norsk og engelsk Læringsmål Gje ei djupare innsikt i molekylærbiologiske prinsipp i metabolismen, som er et
nødvendig grunnlag for vidare studiar i molekylærbiologi. Fagleg innhald Emnet omhandlar prinsipp og regulering av metabolske vegar i celler og organ.
Det gjer ein introduksjon til signalomforming og ei vidare oversikt i viktige emne i biokjemi og molekylærbiologi slik som cellulær arkitektur og trafikk, differensiering og cellesyklus, eigenskap til protein, enzym (mekanismar og kinetikk), regulering av protein. Det vert vektlagt å gje ei djupare forståing for bioenergi og metabolisme. Organspesifikk metabolisme vert behandla gjennom utvalde døme, der det endokrine system vert særskilt omhandla. Relevante molekylærbiologiske metodar, med særlig vekt på genteknologi, vert gjennomgått. Kurset undervisast i eit evolusjonært perspektiv. Delar av emnet vert gjeve saman med MOL301.
Krav til forkunnsk.
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
MOL100 og KJEM100 eller KJEM110 eller tilsvarande. Kunnskap i organisk kjemi, KJEM130 eller tilsvarande, er sterkt tilrådd.
Obligatoriske aktivitetar
Skriftleg semesteroppgåve (tel 20% av karakteren). Munnleg presentasjon av semesteroppgåva.
Vurdering/ eksamensform
Skriftleg avsluttande eksamen, 4 timar. Ved bestått avsluttande eksamen tel semesteroppgåva 20% og eksamen 80% av karakteren.
MOL201 / Molekylær cellebiologi
Forelesing: 13 dobbelttimar + spørretime Undervisnings- aktivitet Kollokvier: 8 dobbelttimar Studiepoeng 10 Pensum: H.Lodish et.al.,Molecular Cell Biology, 5.ed. (2004),WH Freeman and Company.
(426 pages) Semester Vår Språk Norsk Læringsmål Emnet har som mål å gje basalkunnskap i molekylær cellebiologi tilstrekkeleg til
vidare studier i molekylærbiologi. Emnet gir og nyttig cellebiologisk kunnskap for vidare utdanning i tilstøtande biologiske fag og farmasi.
Fagleg innhald Emnet gir ein detaljert gjennomgang av eukaryote cellers struktur og fysiologi med hovudvekt på: organeller, proteinsekresjon, intracellulære transportmekanismar, cellesyklus, signalomforming, cytoskjelett, vevsdanning,
20
celledifferensiering og kreftutvikling. Emnet er ei direkte vidareføring og fordjuping etter MOL101. Det blir lagt vekt på molekylær og eksperimentell forståing av faget. Emnet vil såleis og belyse korleis genetikk og genteknologi blir brukt som reiskap i cellebiologisk forsking. Emnet er obligatorisk for bachelor i molekylærbiologi.
Krav til forkunnskapar
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
MOL100/MOL101 eller tilsvarande.
Obl.aktivitet Ingen Vurdering/ eksamensform
Skriftleg eksamen (4 timar)
MOL202 / Eksperimentell molekylærbiologi
Forelesing: 6 dobbelttimar Undervisnings- aktivitet Laboratorieøving:108 timar Pensum: Semester Vår Språk Norsk Læringsmål Emnet har som mål å gje basalkunnskap i eksperimentell biokjemi og
molekylærbiologi og dannar grunnlag for vidare studie i molekylærbiologi. Fagleg innhald Emnet gir ei innføring og oversikt i dei viktigaste metodar i biokjemi og
molekylærbiologi. Studentane skal lære seg å arbeide både kvantitativt og kvalitativt. Statistisk analyse og signifikansvurdering av data vil bli vektlagt. Kurset vil ta føre seg arbeid med bakterier og celler, preparativ biokjemi, enzymologi og genteknologi. Vidare vil det bli gitt ei grundig innføring i instrumentelle teknikkar som spektroskopi, kromatografi, elektroforese og bruk av sentrifuger. Tryggleiksaspekt ved laboratoriearbeid blir og vektlagt. Emnet er obligatorisk for bachelor i molekylærbiologi.
Tilrådde forkunnskapar
Ingen.
Krav til forkunnskapar
MOL100 og MOL200 (eller MOL101) og laboratoriekurs i kjemi.
Obligatoriske aktivitetar
Førelesingar og laboratorieøvingar med rapport.
Vurdering/ eksamensform
Mappeevaluering og munnleg presentasjon
MOL203 / Genstruktur og funksjon
Forelesing: 14 dobbelttimar Kollokvier: 7 kollokvier
Undervisnings- aktivitet
Spørretime: 1 dobbelttime Pensum: Watson et al. : Molecular Biology of the Gene 5th ed.
Benjamin Cummings/Cold Spring, Harbour Laboratory Press Semester Haust Språk Norsk/Engelsk Læringsmål Gje solid basiskunnskap om genomet sin funksjon i eit biokjemisk og molekylært
perspektiv. Kurset er eit viktig ledd i førebuinga til mastergrad i
21
molekylærbiologi og samstundes nyttig for tilstøytande fagområde.
Fagleg innhald Emnet skal gje ein detaljert gjennomgong av det molekylære grunnlaget for prokaryote og eukaryote celler sin struktur og fysiologi. Emnet vil behandle: struktur av DNA, RNA og kromatin: vedlikehald av genom gjennom replikasjon, reparasjon, rekombinasjon: uttrykk av genom gjennom genregulering, transkripsjon, RNA-spleising og translasjon. Genteknologiske metodar i studiar av biologiske mekanismar og strukturar blir omtalt. Emnet er obligatorisk for bachelor i molekylærbiologi.
Krav til forkunnskapar
MOL101/MOL100 eller tilsvarande
Tilrådde forkunnskapar
MOL200, MOL201, MOL202
Obligatoriske aktivitetar
Ingen.
Vurdering/ eksamensform
Midtsemesterprøve pluss 4 timar skriftleg eksamen, eventuelt munnleg eksamen avhengig av antal studentar.
MOL204 / Anvendt bioinformatikk
Forelesing: 17 dobbelttimar Undervisnings- aktivitet Lab: 4 dataøvingar Pensum: Curriculum for MOL204 will be specified from: <br>
- David W. Mount (2004). Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (2.ed) Cold Spring Harbor Press (2004)<br> - from a compendium for lectures 5-7 og 9-10. <br> - all exercises <br> - a few original scientific papers.<br> See <a href="http://www.uib.no/mbi/mol204/mol204-curr04.html" target=_new>MOL204 tentative curriculum.
Semester Haust (begrensa kapasitet) Språk Engelsk Læringsmål Emnet skal gje molekylærbiologar praktisk opplæring i bruk av bioinformatiske
metodar og informatikarar skal få innsikt i aktuelle problemstillingar innan bioinformatikk
Fagleg innhald Emnet gjer ei innføring i bruk av bioinformatiske verktøy, inkludert analyse av protein og DNA-sekvensar, databasesøk, parvise- og multiple sekvenssamanstillingar, prediksjon av sekundærstruktur, visualisering og analyse av proteinstrukturar, fylogenetiske tre. Teoretisk grunnlag for et utval av dei sentrale metodar vert gjennomgått.
Krav til forkunnskapar
MOL100/MOL101 eller tilsvarande
Tilrådde forkunnskapar
MOL200 eller tilsvarande.
Obligatoriske aktivitetar
Førelesningar, øvingar og godkjende oppgåver.
Vurdering/ eksamensform
4 timar skriftleg eksamen, eventuelt munnleg eksamen avhengig av antal studentar.
22
MOL211 / Virologi Forelesing 19 dobbelttimar Undervisnings-
aktivitet Studentpresentasjon: 3 dobbelttimar Pensum: Læreboka er N.J. Dimmock, A.J.Easton and K.N.Leppard; “ Introduction to Modern
Virology” (Sixth Edition, 2006) Blackwell Publishing, ISBN 978-1-5051-3645-7, pb, og dekker den generelle delen av pensum. Spesielt interesserte studentar kan alternativt velja ei anna lærebok i virologi . Slike får ein på Studia eller dei kan kjøpast frå amazon.com. Førelesingane, presentasjonsoppgåvene og semesteroppgåvene dekker og deler av pensum i tillegg til nokre utleverte artiklar.
Semester Vår. Undevisast samen med MAR271 Språk Norsk/Engelsk Læringsmål Å gje studentane ei djupare forståing av moderne virologiske problem og
arbeidsmetodar. Fagleg innhald Emnet tek for seg virusstruktur, replikasjon, patogenese, diagnostikk, verten sin
respons mot virusinfeksjon og bruk av virus innan genterapi. Enkelte virus av relevans for menneske og fisk blir spesielt behandla. Emnet er basert på gjennomgang av virologiske prinsipp og sentrale originalarbeid.
Krav til forkunnskap
MOL100/MOL101 eller tilsvarande.
Tilrådde forkunnskapar
MOL200, MOL201, MOL202, MOL203
Obligatoriske aktivitetar
Førelesingar, semesteroppgåve og presentasjon.. Emnet inkluderar og ei obligatorisk oppgåve som utgjer 3 sp av arbeidsmengda.
Vurdering/ eksamensform
Skriftleg eksamen. Semesteroppgåva tel 30% og avsluttande eksamen 70% for endeleg karakter.
MOL212 / Immunologi
Forelesing: 14 dobbeltime + 1 diskusjonsdobbelttime Undervisnings- aktivitet Labøving: 20 timar Pensum: Kuby Immunology 2006
Authors: Kindt, Goldsby, Osborne W.H. Freeman and Company
Semester Haust Språk Norsk/Engelsk Læringsmål Gje studentane basale kunnskapar i immunologi og kjennskap til dei viktigste
immunologiske metodar som nyttast i molekylærbiologisk og cellebiologisk forskning.
Fagleg innhald Det blir først gjeve ei innføring og oversikt over immunsystemet sin oppbygging og funksjon, deretter immunsystemet si rolle i sjukdomsutvikling (infeksjonssjukdomar, autoimmune sjukdomar), og til slutt forebygging og behandling av sjukdomar ved vaksinering. Det teoretiske grunnlaget for immunologiske teknikkar blir og omhandla.
Krav til forkunnskapar
MOL100/MOL101 eller tilsvarande.
Tilrådd fork.skap MOL200, MOL201, MOL202, MOL203 Obl. aktivitet Semesteroppgåve og laboratorieøvingar med rapport. Vurdering/ eksamensform
Skriftleg eksamen 4 timar
23
MOL213 / Utviklingsgenetikk Forelesing: 11 dobbelttimar Undervisnings-
aktivitet Kollokvier/diskusjonsgrupper: 8 dobbelttimar Pensum: The curriculum consists of two major parts: 245 pages from the
textbook by Wolpert et al. (Principles of Development; 3. Ed., 2007) and approx. 50 pages from original articles (special topics treated in the discussion groups).
Semester Haust Språk Engelsk Læringsmål Gje studentane basale kunnskapar om genetiske og molekylære mekanismar som
regulerar grunnleggande trekk ved fosterutviklinga. Fagleg innhald Det teoretiske grunnlaget for utviklingsbiologi vil bli gjennomgått med spesiell vekt
på dei genetiske mekanismane som styrer tidlege trinn i fosterutviklinga: aksedanning, induksjon og gastrulasjon. Emnet omfattar dessutan ei grundig innføring i genetiske kontrollmekanismar som i stor grad er basert på Drosophila- modellen. I samband med dette vil det bli fokusert på betydinga av genregulering og korleis forstyrringar kan resultere i misdanningar. Nyare kunnskap om utviklingsregulerande mekanismar hos virveldyr vil og bli gjennomgått. Delar av kurset er basert på publiserte artiklar.
Tilrådde forkunnskapar
MOL100 og MOL200 (evt.MOL101), MOL201, MOL202, MOL203.
Obligatoriske aktivitetar
Forelesningar og øvingar. Kurset inkluderar og ei obligatorisk skriftleg semesteroppgåve som utgjer 3 sp av den totale arbeidsmengda.
Vurdering/ eksamensform
Skriftleg eksamen, 4 timar.
MOL215 / Tumorbiologi Undervisnings- aktivitet
Forelesing : 18 dobbelttimar
Studiepoeng 10 Pensum: Utvalde vitskaplege artiklar Semester Vår , kurset vert ikkje undervist ved lågt studenttal Språk Engelsk Læringsmål Gje studentane basale kunnskapar i moderne forståing av tumorbiologi og
eksperimentell kreftforsking. Fagleg innhald Det teoretiske grunnlaget for tumorbiologi, tumorutvikling (carcinogenese) vil bli
gjennomgått. Det vil og bli gitt ei oversikt av skading av DNA og mekanismar for reparasjon av skadar og genetisk basis for kreftutvikling. Delar av undervisingen baserast på publiserte artiklar.
Krav til forkunnskapar
MOL100 og MOL200 (evt. MOL101) eller tilsvarande.
Tilrådde forkunnskapar
MOL201, MOL202, MOL203
Obligatoriske aktivitetar
Godkjent oppgåve. Kurset inkluderar ei obligatorisk skriftleg semesteroppgåve som utgjer 1 SP av den totale arbeidsmengda.
Vurdering/ eksamensform
Skriftleg eksamen 4 timar.
24
MOL216 / Toksikologi Forelesing: 12 dobbelttimar Undervisnings-
aktivitet Øvingar: 36 timar (inkl. Gruppeøvingar, prosjektoppgåver m/presentasjon, dataøving, labøving og bedriftsbesøk).
Studiepoeng 10 Pensum: Stine & Brown: Principles of Toxicology, 2nd Ed., CRC-Taylor & Francis Semester Vår, emnet blir ikkje undervist ved lågt studenttal (min. 8) Språk Norsk Læringsmål Gje studentane basale kunnskapar i moderne forståing av toksikologiske problem. Fagleg innhald Det teoretiske grunnlaget for toksikologi vil bli gjennomgått og det vil bli lagt vekt
på forskjellige mekanismar for biologiske system sine reaksjonar på toksiske forbindingar. Kurset tek opp emne som toksikologien si historie, absorpsjon, distribusjon og utskiljing av framandstoff, biotransformasjon, kreftframkallande stoff, organtoksikologi, nevrotoksikologi, næringsmiddeltoksikologi, industriell toksikologi, økotoksikologi, toksisitetstesting og risikovurdering. Deler av undervisinga vil baserast på publiserte artiklar.
Krav til forkunnskapar
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
MOL100 og MOL200 (evt. MOL101), KJEM120, KJEM130, BIO110, BIO111, BIO114.
Obligatoriske aktivitetar
Førelesingar, øvingar og prosjektoppgåver. Emnet inkluderer ei midtsemesterprøve som utgjer 2 sp av den totale arbeidsmengda.
Vurdering/ eksamensform
Skriftleg eksamen (4 timar). Prosjektoppgavene blir dels evaluert gruppevis og teller 10% pr. oppgave. Midtsemesterprøven teller 20%, skriftlig eksamen teller 60%.
MOL217 / Anvendt Bioinformatikk II Undervisnings- aktivitet
Omlag 118 timar
(Emnet er under revisjon) Studiepoeng 10 Pensum: Prosjektemne (inga fast pensumliste) Semester Vår, emnet vert ikkje undervist ved lågt studenttal. Språk Engelsk Læringsmål Gje studentane grundig kjennskap til utvalde bioinformatiske verktøy og opplæring
i evaluering av både metodar og resultat. Fagleg innhald I dette emnet skal studentane setja seg grundig inn i bruk av bioinformatiske
verktøy for funksjonell annotering av protein. Kurset vert i stor grad lagt opp kring prosjektoppgåver kor fleire studentar arbeider saman. Desse oppgåvene er knytta til instituttet si bioinformatiske forskning. Som ein del av prosjektarbeidet, vert studentane trena i kritisk vurdering av både metodar og resultat. Dei konkrete prosjektoppgåvene vil variera frå år til år, men er for tida knytta til bioinformatisk prediksjon av funksjonelle seter i protein ved hjelp av ELM-ressursen (http://elm.eu.org).
Krav til forkunnskapar
MOL100 og MOL200 (evt. MOL101) og MOL204 eller tilsvarande
Tilrådde forkunnskapar
MOL201 og MOL203
25
Obligatoriske aktivitetar
Prosjektarbeid i grupper på 2-4 studentar, førelesingar og gruppearbeid. Emnet inkluderer ei obligatorisk skriftleg semesteroppgåve, som utgjer 7 sp av den totale arbeidsmengda.
Vurdering/ eksamensform
Munnleg eksamen, eventuelt skriftleg eksamen 4 timar avhengig av antal studentar. Alternative eksamensformer kan bli vurdert i relasjon til mappeevaluering
MOL219 / Molekylær bionanoteknologi
Forelesing: 20 dobbelttimar Undervisnings- aktivitet
Kollokvier: 7 dobbelttimar Lab.øving: 10 dagar
Det kan bli endringar. Studiepoeng 10 Pensum: David & Goodsell: BioNanoTechnology, delar av Nelson & Cox: Lehninger
Principles of Biochemistry, 4 ed. W.H. Freeman and Company, New York. Semester Vår, første gong våren 2008. Språk Norsk Læringsmål Kurset tek sikte på å gje ei grunnleggande molekylær forståing for dei krefter og
prinsippsom styrer cellulære prosessar i biologiske system. Fagleg innhald Kurset inneheld utvalde tema som er særleg relevant for forståing av grunnleggande
molekylærbiologiske prosessar og eksperimentelle teknikkar. Emnet tek utganspunkt i inter- og intramolekylære krefter og behandlar tema som sedimentering av makromolekyl, løselighet og molekylære interaksjonar. I laboratoriekursdelen vil analyse av den biologiske kvaliteten av rekombinate protein bli studert, samt deira interaksjonar med andre molekyl.
Krav til forkunnskapar
KJEM110 og KJEM130
Tilrådde forkunnskapar
MOL100 og MOL200
Obligatoriske aktivitetar
Laboratoriekurs med godkjent laboratoriejournal
Vurdering/ eksamensform
Skriftleg avsluttande eksamen, 4 timar.
MOL231 / Prosjektoppgåve i molekylærbiologi Undervisnings- aktivitet
Orienteringsmøte. Timeplan blir avtala mellom student og prosjektrettleiar.
Studiepoeng 10 Pensum: Semester Haust og vår, avhengig av antal tilgjengelege rettleiarar og prosjekt. Endeleg
opptak til kurset blir gjort etter emnepåmeldingsfristen kvart semester. Språk Engelsk Læringsmål Hensikten med prosjektoppgåva er tredelt: (i) å gje studenten ei innføring i
forskingsstrategi og praktisk forskingsarbeid med molekylærbiologiske metodar: (ii) å gje studenten øving i å lesa vitskapelege artiklar og (iii) å gje studenten forskingsbasert skrivetrening.
Fagleg innhald Prosjektoppgåva består i gjennomføring av eit avgrensa forskingsarbeid i rettleiaren si forskingsgruppe. I startfasen av prosjektoppgåva, skal studenten setja seg grundig inn i prosjektet sin bakgrunn, problemstilling og val av strategi og metodar, mellom anna ved å studera vitskaplege artiklar. Innhaldet i ei konkret oppgåve definerast av
26
den faglege rettleiar som tek på seg rettleiaroppgåva, men vil alltid gjelde metodar av generell nytte for molekylærbiologisk forsking. Omfanget av emnet er bestemt av studiepoeng, og vil dreie seg om 200-240 timar på laboratoriet, eller 25-30 fulle arbeidsdagar. Fordi MOL231 utgjer 1/3 av normal studiemengde i eit semester, vil laboratoriearbeidet alltid bli utført som deltidsarbeid som skal koordinerast med andre emne studenten tek, og rettleiar sin timeplan. Som eit minimum må ein rekna med 6 veker på laboratoriet, men ettersom ein må tilpasse arbeid etter timeplan med andre aktivitetar, kan arbeidet med prosjektoppgåva ofte strekkja seg opp mot 8-10 uker. Målsetjinga er at ein skal kunne byrje på oppgåvene allereie i andre studieveke av semesteret, slik at oppgåvene skal kunne være fullført før eksamenslesninga i andre fag startar. Likevel kan starttidspunkt variere på grunn av andre plikter rettleiar måtte ha.
Krav til forkunnskapar
Basal kunnskap i molekylærbiologi og kjemi, særleg viktig er erfaring frå laboratoriearbeid innan molekylærbiologi og kjemi. Emnet høver best i 5. eller 6. semester av bachelorgraden, eller under mastergraden.
Tilrådde forkunnskapar
MOL100 og MOL200 (evt. MOL101), MOL201, MOL202, MOL203, KJEM110, KJEM130 og KJEM131.
Obligatoriske aktivitetar
Kurset skal avsluttast med presentasjon av prosjektet i form av ein poster. Laboratoriejournalen skal leverast til rettleiar for kommentar. Journal og kommentar fra rettleiar skal sendast til emneansvarlig for endelig vurdering. Emnet vurderast som "bestått/ ikkje bestått". Det krevst at labjournalen er ført nøyaktig og at denne dagleg har vore oppdatert på laboratoriet. Ferdig godkjende lab-journalar behaldast av emneansvarleg til etter at eksamenar i semesteret er fullførte, og blir seinare deponert hjå dei enkelte rettleiarane. Studentar har seinare adgang til å kopiera frå labjournalen.
Vurdering/ eksamensform
Godkjent journal og prosjektrapport
MOL270 / Bioetikk
Forelesing: 13 dobbelttimar Undervisnings- aktivitet Kollokvier (utan leiar): 15 timar Studiepoeng 10 Pensum: Litteratur: Bioteknologinemnda si heimeside http://www.bion.no/ med linkar er god
for å finna stoff om spesielle emne. Andre viktige nettsider det er verdt å ta ein titt på er: http://www.shef.ac.uk/bioethics_today/ http://www.ccels.ac.uk/whatsnew.html http://bioethics.com Boka av Ben Mepham: ”Bioethics. An introduction for the biosciences” er kjøpt inn av Studia og kan kjøpast der. Studentane er tilrådt å skaffa seg denne for å få ei oversikt i bioetiske problem. Der det er relevant gir førelesarane ut materiale, litteraturreferansar eller internettadresser.
Semester Haust Språk Norsk Læringsmål Gje studenten ei god forståing av filosofiske, etiske, juridiske og biologiske aspekt
for sjølvstendig å kunne vurdere moderne bioetiske spørsmål. Fagleg innhald Undervisinga blir i stor grad bestemt av aktuell samfunnsdebatt, nasjonale og
internasjonale lovar og lovforslag og nyare bioteknologisk utvikling. Tema som testing av arveeigenskapar, genterapi, kloning, stamceller, assistert befrukting, xenotransplantasjon, bruk av dyr i forsking og matproduksjon og genetisk modifisering av planter vil bli diskutert. Forståing av etiske prinsipp blir og
27
gjennomgått. Det blir lagt vekt på aktiv deltaking frå studentane i undervisinga og dei skal til ein viss grad vere med å forme emnet. Faget passar for studentar frå alle fakultet.
Krav til forkunnskap
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
Ingen
Obligatoriske aktivitetar
Førelesingar, øvingar og semesteroppgåve.
Vurdering/ eksamensform
Godkjent semesteroppgåve.
MOL300 / Praktisk molekylærbiologi
Labøving: 27 fulle arbeidsdagar Forelesing: 15 timar
Undervisnings- aktivitet
Seminar: 3 x 5,5 t Studiepoeng 20 Pensum: Wilson & Walker: Principles and Techniques of Biochemistry and Molecular
Biology Semester Haust, avgrensa opptak. Studentar som har dette emnet som obligatorisk i
studieplanen vil bli prioritert. Språk Engelsk Læringsmål Emnet skal gje praktiske og teoretiske kunnskapar for vidare eksperimentelt arbeid
eller studiar i molekylærbiologi og lære studentane sjølvstendig laboratoriearbeid. Fagleg innhald Emnet er metoderetta og omfattar utvalte grunnleggande metodar i fysikalsk
biokjemi, biokjemisk analyse og separasjonsteknikk, genteknologi, immunologi og mikroskopi. Kurset inneheld oppgåver innan spektrofotometri, kromatografi, enzymologi, elektroforese, reinsing av biologiske makromolekyl, in situ hybridisering, immunologiske påvisingsteknikkar og sentrale teknikkar innan moderne genteknologi. Arbeid med ulike biologiske system vil også bli vektlagt. Det blir lagt vekt på at studentane lærer å organisere laboratoriearbeidet rasjonelt og å kombinere bruk av forskjellige metodar for å analysere spesifikke problemstillingar. Det blir også lagt vekt på tryggleikssaspekt ved laboratoriearbeid og god journalføring. MOL300 er obligatorisk for studentar som skal ta mastergrad i molekylærbiologi.
Krav til forkunnskapar
Ingen
Tilrådde forkunnskapar
Bachelorgrad eller tilsvarande omfang molekylærbiologisk kunnskap.
Obligatoriske aktivitetar
Førelesingar, laboratoriekurs m/journal og rapport.
Vurdering/ eksamensform
Godkjent laboratoriejournal og rapport (50 %). Skriftleg eksamen 4 timar (50 %).
28
MOL301 / Biomolekyl Forelesing: 15 dobbelttimar (mange felles forelesingar med MOL200) Kollokvier: 10 dobbelttimar
Undervisnings- aktivitet
Spørretime Studiepoeng 10 Pensum: DL Nelson &MM Cox: Lehninger Principles of Biochemistry 4th ed.
Forlag: W.H. Freeman and Company Semester Haust, blir ikkje undervist ved lågt studenttal. Språk Engelsk Læringsmål Emnet har som mål å gje basal kunnskap om biologiske makromolekyl og deira
funksjon i biokjemi, molekylærbiologi og cellebiologi, tilstrekkeleg til vidare studiar i bioinformatikk.
Fagleg innhald Emnet gjer ei innføring og oversikt over biomolekyla sin struktur og funksjon: syntese og eigenskapar hos biologiske makromolekyl, basale eigenskapar hos enzym, prinsipp i metabolisme, bioenergetikk, signaloverføring, regulering av genuttrykk og funksjon av biomolekyl i cellestruktur og differensiering. Oversikt over dei viktigaste prinsippa for eksperimentell biokjemi, molekylærbiologi og cellebiologi blir gjeve. Undervisinga er basert på at studentane har god studieteknikk og eit abstrakt omgrepsapparat frå tidlegare studiar. Emnet er obligatorisk i mastergrad i molekylærbiologi for studentar i bioinformatikk som manglar MOL101/MOL100+MOL200 eller tilsvarande emne.
Krav til forkunnskap Tilrådde forkunnskapar
Bachelorgrad eller tilsvarande med lite eller ingen bakgrunn i molekylærbiologi. Emnet er spesielt tilrettelagt for masterstudenter i bioinformatikk.
Obligatoriske aktivitetar
Kollokvier og semesteroppgåve. Semesteroppgåva omfattar ei skrifteleg avhandling og korte munnlege presentasjonar av spesielle vitskaplege problem og emne innan molekylærbiologi.
Vurdering/ eksamensform
4 timar skriftleg eksamen. Ved greidd avsluttande eksamen vil semesteroppgåva telle 25% av avsluttande karakter.
MOL310 / Strukturell Molekylærbiologi
Forelesing: 20 dobbelttimar Kollokvier: 8 dobbelttimar
Undervisnings- aktivitet
Dataøving: 3 timar Studiepoeng 10 Pensum: Whitford: Proteins: Structure and function Semester Vår, første gong våren 2008 Språk Engelsk Læringsmål Gje studentane ei god forståing av kjemiske prinsipp og metodar for struktur-
funksjon av biomolekyl. Fagleg innhald Emnet tek for seg kjemiske, fysikalske og biologiske eigenskapar ved biomolekyl.
Det blir lagt spesiell vekt på struktur-funksjonsrelasjonar hos protein. Karbohydrat og lipid vil bli behandla i den grad dei påverkar eigenskapane til proteina. Undervisinga vil bli lagt mot fysikalsk-kjemiske og termodynamiske aspekt, basert mellom anna på den kjemiske natur av makromolekyla sine byggesteinar: aminosyrene. Spesielt viktige faktorar for folding, ligandbinding og interaksjonar mellom protein og andre ligand vil bli vektlagt. Metodane for å studere desse makromolekyla sine strukturar og funksjonar/eigenskapar vil bli gjennomgått.
29
Korleis eigenskapane kan endrast ved mellom anna protein-engineering og faktorar som påverkar stabilitet og reaktivitet vil ò:g bli gjennomgått. Emnet er obligatorisk for ein mastergrad i molekylærbiologi.
Krav til forkunnskapar
Bachelorgrad eller tilsvarande omfang molekylærbiologisk kunnskap.
Tilrådde forkunnskapar
Generell god bakgrunn i organisk kjemi og molekylærbiologi.
Obligatoriske aktivitetar
Vurdering/ eksamensform
Skriftleg eksamen (4 timar).
MOL311 / Prosjektoppgåve i molekylærbiologi Undervisnings- aktivitet
Orienteringsmøte. Timeplan blir avtala mellom student og prosjektrettleiar.
Studiepoeng 5 Pensum: Semester Haust og vår, avhengig av antal tilgjengelege rettleiarar og prosjekt. Endeleg
opptak til kurset blir gjort etter emnepåmeldingsfristen kvart semester. Språk Engelsk Læringsmål Hensikta med prosjektoppgåva er tredelt: (i) å gje studenten ei innføring i
forskingsstrategi og praktisk forskingsarbeid med molekylærbiologiske metodar: (ii) å gje studenten øving i å lesa vitskapelege artiklar og (iii) å gje studenten forskingsbasert skrivetrening.
Fagleg innhald Prosjektoppgåva gjeld opplæring i praktisk laboratoriearbeid i molekylærbiologi, kor studentane arbeider som teknisk hjelp i ulike grupper sin forskingsaktivitet. I starten av prosjektet må studenten setja seg inn i tema, problemstilling og metodevalg ved å studera vitskapelege artiklar. Innhaldet i ei konkret oppgåve innan emnet definerast av den faglege rettleiars som påtar seg rettleiaroppgåva, men vil alltid gjelda metodar av generell nytte for molekylærbiologisk forsking. Omfanget av emnet er bestemt av studiepoenga, og vil for MOL 311 ( 5 sp) dreia seg om 100-120 timar på laboratoriet, eller 14-20 fulle arbeidsdagar. Fordi MOL311 emnet utgjer 1/6 av normal studiemengde i eit semester, vil laboratoriearbeidet alltid bli utført som deltidsarbeid. Derved vil emnets varigheit variera alt ettersom korleis emnet lar seg koordinera med studenten sine øvrige fag, samt rettleiars timeplan. Som et minimum må påregnast 3 veker på laboratoriet, men pga eksamenar i løpet av semesteret og andre kurs og ekskursjoner, kan arbeidet med prosjektoppgåva ofte strekkja seg opp mot 4-5 veker. Målsetjinga er at oppgåvene skal kunne påbegynnast allereie i semesterets andre studieveke, slik at oppgåvene skal kunne være fullført før eksamenslesninga i andre fag startar. Imidlertid kan det i enskilde oppgåver startast på noko varierande tidspunkt på grunn av rettleiars øvrige pliktar.
Krav til forkunnskapar
Bachelorgrad eller tilsvarende, med basalkunnskap i molekylærbiologi og kjemi og erfaring frå laboratoriearbeid i molekylærbiologi og kjemi.
Tilrådde forkunnskapar
Generell god bakgrunn i molekylærbiologi og MOL300.
Obligatoriske aktivitetar
Kurset skal avsluttast med presentasjon av prosjektet i form av ein poster. Laboratoriejournalen skal leverast til rettleiar for kommentar. Journal og kommentar fra rettleiar skal sendast til emneansvarlig for endelig vurdering. Emnet
30
vurderast som "bestått/ ikkje bestått". Det krevst at labjournalen er ført nøyaktig og at denne dagleg har vore oppdatert på laboratoriet. Ferdig godkjende lab-journalar behaldast av emneansvarleg til etter at eksamenar i semesteret er fullførte, og blir seinare deponert hjå dei enkelte rettleiarane. Studentar har seinare adgang til å kopiera frå labjournalen.
Vurdering/ eksamensform
Godkjent journal og prosjektrapport
MOL321/ Molekylærbiologisk litteraturanalyse Undervisnings- aktivitet
Forelesing: 14 dobbelttimar
Studiepoeng 5 Pensum: Vitskaplege artiklar Semester Annakvar vår. Neste gong våren 2008 Språk Engelsk Læringsmål Kurset skal gje studenten øving i å lese vitskaplege artiklar, forskingsbasert
skrivetrening og trening i framlegging av rapportar muntleg. Fagleg innhald Studenten vel saman med faglærar tema basert på originale vitskaplege artiklar.
Temaet kan tilpassast mastergradsprogrammet studenten er på, men må være forskjelleg frå temaet i sjølve oppgåva. Ein eller fleire studentar kan jobbe saman med same tema. Det vil bli lagt vekt på å lære kritisk lesing av originalarbeid, komme med forslag til nye forsøk og samanlikne ulike publikasjonar innan same tema.
Krav til forkunnskapar
Tilrådde forkunnskapar
Generell god bakgrunn i molekylærbiologi og MOL300.
Obligatoriske aktivitetar
Kollokvier, framlegging av ei skriftleg oppgåve og eit seminar.
Vurdering/ eksamensform
Greidd/ikkje greidd.
31
6. Oversikt over studenttall og resultater Høsten 2006 og våren 2007 er brukt som utgangspunkt for studenttall og resultater. Tall frå høsten 2005 og våren 2006 er tatt med til sammenligning (i parentes). Studiepoengproduksjon: Semester Høst 2006 (høst 2005) Vår 2007 (vår 2006) Totalt 2670 (2595) 4245 (4975) Emner 2265 (1965) 3510 (4150) Master/C.scient 405 (630) 735 (825)
2006 haust Høst 2006 Kandidat Resultat Emne Meldt Møtt Bestått
(h 2005) Snitt Stryk%
(h 2005) 3 foreg. år
MOL200 70 50 36 (36) C 28 (22) C MOL203 60 47 38 (37) C 19 (12) C MOL204 32 27 23 (24) B 15 (4) C MOL212 38 25 22 (10) B 12 (0) C MOL213 20 13 10 (3) C 23 (40) C MOL231 11 11 11 (7) MOL270 37 35 35 (22) MOL301 9 7 4 (1) C 43 (75) D MOL302 14 11 11 (20) B 0 (0) B MOL311 1 1 1 (1) MOL321 3 3 3 (5) MOL100* 31 20 12 (1) D 40 (67) C MOL201* 20 12 10 (9) C 17 (10) C MOL215* 1 1 1 MOL216* 6 3 3 B 0 C H.FAG 3 3 3 (2) B 0 B MASTER 3 3 3 (8) B 0 B TOTALT 363 274 228 Tabell 2. Strykprosent, frafall og karakterfordeling på emner og master, Molekylærbiologisk institutt høsten 2006. Antall kandidater og snittkarakter per emne høsten 2006. Ettersom dette var før innføring av tregangersregelen der kandidater kun kan framstille seg til eksamen tre ganger, hadde det ingen konsekvens for kandidater å ikke trekke seg fra eksamen. Differansen mellom kandidater meldt og kandidater møtt er derfor kunstig høy. Emner merket med * blir ikke undervist i høstsemesteret, men eksamen blir arrangert .Emnene MOL231, MOL270, MOL311 og MOL321 har ikke bokstavkarakter (bestått/ikke bestått). Snittkarakter er ikke oppgitt for emner med tre eller færre kandidater. Karaktersnitt for de tre foregående år er angitt i siste kolonne.
32
2007 vår Vår 2007 Kandidat Resultat Emne Meldt Møtt Bestått
(v 2006) Snitt Stryk%
(v 2006) 3 foreg. år
MOL100 195 173 157 (203) C 9 (5) C MOL201 56 45 39 (51) C 13 (6) C MOL202 40 37 37 (48) MOL211 26 22 22 (23) B 0 (0) B MOL215 32 25 25 (15) B 0 (6) B MOL216 19 16 14 (21) B 13 (16) C MOL217 7 6 6 (0) B 0 B MOL231 4 4 4 (10) MOL305 14 12 12 (16) C 0 (0) B MOL305A 4 1 1 MOL200* 26 19 13 (1) C 32 (80) C MOL203* 24 15 9 (7) C 40 (22) C MOL204* 3 2 2 (2) C 0 (0) C MOL212* 7 4 3 (2) D 25 (0) C MOL213* 3 1 1 (2) MOL301* 2 1 0 (1) H.FAG 1 1 1 (3) A 0 (0) B MASTER 11 11 11 (10) B 0 (0) B TOTALT 476 395 357 Tabell 3. Strykprosent, frafall og karakterfordeling på emner og master, Molekylærbiologisk institutt våren 2007. Antall kandidater og snittkarakter per emne våren 2007. Ettersom dette var før innføring av tregangersregelen der kandidater kun kan framstille seg til eksamen tre ganger, hadde det ingen konsekvens for kandidater å ikke trekke seg fra eksamen. Differansen mellom kandidater meldt og kandidater møtt er derfor kunstig høy. Emner merket med * blir ikke undervist i vårsemesteret, men eksamen blir arrangert .Emnene MOL231 og MOL202 har ikke bokstavkarakter (bestått/ikke bestått). Snittkarakter er ikke oppgitt for emner med tre eller færre kandidater. Karaktersnitt for de tre foregående år er angitt i siste kolonne. Karakterfordeling på mastergrad Karakterfordelinga på mastergrader (cand.scient. inngår ikke) 15.11.2004 – 26.06.2007:
Snittkarakteren er B.
A 17 B 24 C 2 D 0 E 0 F 0
33
7. Retningslinjer for bruk av karakterskalaen A – F ved Molekylærbiologisk institutt
Vedtatt av programstyret 24. september, 2003
Karakterbeskrivelser for deleksamener og emneeksamener i molekylærbiologi Ved bruk av deleksamener, hjemmeksamener og semesteroppgaver skal det bestemmes på forhånd hvor stor del disse skal utgjøre av endelig karakter i emnet. Besvarelsene skal i størst mulig grad vurderes i en skala 0 – 100 og karakter fastsettes etter følgende gruppering: A: 100 – 88 Framragende B: 87 – 76 Meget god C: 75 – 64 God D: 63 – 52 Nokså god E: 51 – 40 Tilstrekkelig F: 36 - 0 Ikke bestått Karakterbeskrivelser for en masteroppgave i molekylærbiologi Ved vurdering av en innlevert oppgave for mastergrad i molekylærbiologi skal det legges vekt på generelt inntrykk, disposisjon, introduksjonens relevans for oppgaven og generell litteraturoversikt, formulering av oppgavens målsetning, beskrivelse og bruk og valg av metoder, presentasjon av resultater i figurer og tabeller, resultatomtale, diskusjon og konklusjoner, beskrivelse av videre perspektiver, språk, ortografi og formuleringsevne, selvstendighet, initiativ og kreativitet. På basis av disse elementer skal oppgaven gis karakter etter følgende beskrivelser: A Framragende Kandidaten har usedvanlig god oversikt over den teorien som brukes og kan i stor grad anvende den selvstendig. I oppgaven demonstrerer kandidaten meget gode tekniske ferdigheter og kan gjennomføre avanserte eksperimenter på egen hånd. Framstillingen er svært oversiktlig og veldig klar og presis. Den inneholder ingen vesentlige mangler eller feil. B Meget god Kandidaten har meget god oversikt over teorien som brukes og viser evne til selvstendighet. Kandidaten har meget gode tekniske ferdigheter og kan gjennomføre eksperimenter på egen hånd. Framstillingen er klar og presis og den har få mangler. C God Kandidaten har god oversikt over teorien som brukes og kan til en viss grad anvende den selvstendig. Kandidaten har gode tekniske ferdigheter og kan gjennomføre endel eksperimenter på egen hånd. Framstillingen er god og forstålig, men har mangler. D Nokså god Kandidaten har svak teoretisk oversikt. Kandidaten kan gjennomføre rutineforsøk. Framstillingen er forståelig, men kan være ustrukturert, mangelfull og har vesentlige feil.
34
E Tilstrekkelig Kandidaten har ikke teoretisk oversikt og viser sviktende forståelse på flere områder. Kandidaten makter i liten grad å arbeide selvstendig. Framstillingen er akseptabel, men er ustrukturert, mangelfull og har vesentlige feil. F Ikke bestått Kandidaten har bare et overfladisk kjennskap til teorien som brukes. Store deler av framstillingen er preget av klare feil og misforståelser. Framstillingen er ustrukturert og vanskelig å følge.
35
8. Utfyllende regler for masterstudiet ved Molekylærbiologisk institutt, Universitetet i Bergen Vedtatt i Programstyret 24.01.2007 Veiledningskomité Alle studenter skal ha en hovedveileder. Hovedveileder er vitenskapelig prosjektansvarlig. Denne bør opprettes i første semester, senest mot slutten av andre semester. Alle studenter bør ha en medveileder. Dette er en veileder som skal bidra i det daglige arbeidet med forskningsoppgaven. Dette kan være en stipendiat eller post doc. Alle studenter skal ha en instituttkontakt. Denne oppnevnes blant de fast vitenskapelige ved MBI og skal være forskjellig fra hovedveileder. Instituttkontakten skal om nødvendig bistå ved problemer med gjennomføringen av masteroppgaven. Instituttkontakten skal fungere som instituttets interne sensor ved mastereksamen. Gjennomføring av avsluttende mastergradseksamen. Etter at masteroppgaven er innlevert og godkjent, avsluttes studiet med en muntlig mastergradseksamen. Denne eksamen består av en offentlig presentasjon hvor studenten selv gir en oversikt over oppgaven. Deretter følger en muntlig eksaminasjon/samtale med sensorer og veiledere om oppgaven. Veiledningskomiteen; hovedveiledere, evt. medveileder, intern sensor (instituttkontakt) og ekstern sensor møtes før studentens presentasjon og bestemmer en tentativ karakter. Alle punkter i skjema for vurdering av masteroppgaver i molekylærbiologi skal vektlegges. Eksamen starter med at studenten gir en presentasjon av oppgaven i form av foredrag på ca 30 min. Etter presentasjonen har studenten samtaler med veiledningskomité og sensor om oppgaven. Studenten må være forberedt på å forklare bakgrunn og gjennomføring av oppgaven, teoretisk og metodisk. Foredrag og etterfølgende samtaler kan gi justering av karakteren. Etter samtalen forlater studenten lokalet. Veileder, og medveileder når dette er naturlig, bidrar med sine vurderinger av student og oppgave. Av særlig betydning er veiledernes inntrykk av eksperimentell gjennomføring av forskningsoppgaven, grad av selvstendighet, forståelse og modenhet. Veilederne forlater lokalet og sensor og internsensor setter endelig karakter. Det er ekstern sensor som bestemmer endelig karakter. Behandling av klagesaker Ved klage oppnevner instituttet ny intern og ekstern sensor. Disse har samtaler med veileder og medveileder. Det arrangeres ny eksamen for kandidaten. Eksamenen er lukket men er ellers lik vanlig mastereksamen som beskrevet over.
36
Vurdering av masteroppgaver i molekylærbiologi I arbeidet med å tilnærme oss en felles forståelse av karakterskalaen og lik bedømmelse av masteroppgavene skal MBIs evalueringsskjema brukes ved alle avsluttende mastereksamener. Skjemaet lister i alt 13 punkter som skal vurderes. Det er ikke gitt noen vekting av punktene, men erfaring tilsier at omtrentlig lik vekting av hvert punkt vil fungere bra. Hvis alle punktene vurderes og rangeres etter gjeldende karakterskala; A fremragende, B meget god, C god, D nokså god, E tilstrekkelig og F som ikke bestått, vil karaktersettingen bli lik mellom kandidatene og riktig i forhold til karakterskalaen. Utfylte skjema er kun til intern bruk og skal ikke overleveres til studenten. Alle kandidatene skal være opplyst om prosedyre for eksamen og evaluering i god tid før eksamen.
37
Vurdering av masteroppgaver i molekylærbiologi Student Tittel
Veileder
Medveileder
Sensor
Instituttkontakt
kommentarer 1 Generelt inntrykk og
disposisjon
2 Sammendrag
3 Introduksjon og litteraturomtale
4 Mål og problemstilling
5 Metodebeskrivelse
6 Resultatomtale
7 Presentasjon av data i figurer og tabeller
8 Diskusjon og konklusjon
9 Litteratur/Referanser
10 Språk
11 Eksperimentell design og gjennomføring
12 Veileders inntrykk av selvstendighet, initiativ, forståelse og modenhet
13 Muntlig del: Presentasjon og eksaminasjon
Dato: Karakter:
38
9. Oversikt over elektroniske informasjonskilder og kontaktinformasjon Elektroniske informasjonskjelder for emner og studieprogram ved UiB: Studentportalen http://studentportal.uib.no/
Emner ved Mat.-Nat.
http://studentportal.uib.no/?mode=show_page&link_id=2264&toplink_id=551
Studieprogram ved UiB
http://studentportal.uib.no/index.php?mode=show_page&link_id=790&toplink_id=551
http://studentportal.uib.no/index.php?mode=show_page&link_id=2261&toplink_id=551
http://studentportal.uib.no/index.php?mode=show_page&link_id=791&toplink_id=551
Utdanning ved mat.nat.
http://www.uib.no/mnfa/kvalitetsreformen/studie/studie/utdanning%20ved%20matnat/index.htm
Nyttig informasjon om studier ved Det matematisk-naturvitenskaplige fakultet
Min Side. https://studentportal.uib.no/register/?return%5furl=%2fdotlrn%2f . Min side er et intranett for studenter med tre hovudnivå:
• Personlig side. Siden er unik for deg og samler informasjon om alle emner og grupper som du har studierett til. Her kan du også få informasjon om emner som du ikke skal ta eksamen i dette semesteret
• Emnesider. Alle emner med undervisning i inneværende semester har egen hjemmeside i intranettet. Her får du nytt fra emneansvarlig og andre på instituttet, tilgang til timeplan, studieplaner og pensum. Det er også her foreleser og andre faglig ansvarlige vil legge ut oppgaver og eventuelle andre tekster og presentasjoner.
• Gruppesider. Rommer mange ulike grupper, slik som studieprogram, kull, institutt og fakultet. Her vil du motta nytt fra de gruppene du er tilknyttet. Etter hvert vil og de studentorganisasjonane som ønsker det få mulighet til å ha hjemmesider her for å presentere nytt og sende e-post til sine medlemmer og andre interesserte.
Kontaktpersoner ved Molekylærbiologisk institutt
Programstyreleiar: Professor Anders Fjose, [email protected], tlf. 55 58 43 31 Studiekonsulent: Oddfrid Førland, [email protected], tlf. 55 58 45 29 Instituttleiar: Professor Johan R. Lillehaug, [email protected], tlf. 55 58 64 21
Programstyret ved Molekylærbiologisk institutt Professor Anders Fjose [email protected] Leiar Professor Rune Male [email protected] Repr. Gr A Førsteamanuensis II Pål Puntervoll [email protected] Repr. Gr. A ekstern PhD-student Christian Dölle [email protected] Repr. Gr. B Masterstudent Tonje Riste [email protected] Studentrepresentant Masterstudent Kristin Risa [email protected] Studentrepresentant Sekretær: Oddfrid Førland [email protected]
39
Referansegruppe blant studentene
Det arbeides med å opprette en referansegruppe blant molekylærbiologistudentene. Målet med denne gruppen er å skape en dialog med instituttet og en kontinuerlig evaluering av emner og program. Medlemmene i gruppen vil fungere som kontaktpersoner for sine emner/kull.
Studentorganisasjonen Heliks
Molekylærbiologistudentene har sin egen studentorganisasjon kalt Heliks. Heliks er aktive både med faglige og sosiale aktiviteter og innspill til instituttet.
Heliks sin hjemmeside: http://www.student.uib.no/heliks/ Styrets e-postadresse: [email protected]
40
10. Utfyllende informasjon om MOL100
Emnet er under revisjon, og opplegget for våren 2008 vil bli noe endret i forhold til beskrivelsen under som tar utgangspunkt i opplegget for vår 2005/2006/2007. Praktisk gjennomføring Undervisningen er sammensatt av forelesninger og kollokvier. Studentene skal i tillegg levere 5 obligatoriske deleksamener (flervalgsspørsmål). I forbindelse med de 5 obligatoriske innleveringene (deleksamen) ble det arrangert ledede kollokvier. Kollokvielederne var viderekomne studenter i molekylærbiologi. MOL100 er obligatorisk i flere studieprogram (Bachelor i molekylærbiologi, bachelor i biologi og bachelor i havbruk), og er i tillegg brukt som valgfritt emne på enkelte program. Fordelingen av studenter på emnet våren 2006 er her listet som et eksempel: Bachelor i molekylærbiologi: 49 Bachelor i biologi : 84 Bachelor i havbruk: 19 Bachelor i kjemi: 24 Årsstudium: 14 Diverse masterprogram: 12 Lærarutdanning: 12 Eksamen og vurderingsform: Gjennom semesteret har studentene levert 5 obligatoriske deleksamener (flervalgsoppgaver). Dette ble gjort elektronisk på nett ved hjelp av lms-systemet moodle. Dette har teknisk sett fungert godt. Eksempel på en slik deleksamen fins på s. 42. Slutteksamen vår 2005 og vår 2006 besto av flervalgsoppgaver. Slutteksamen ble endret våren 2006 ved at det i tillegg til flervalgsoppgaver, også ble gitt tradisjonelle skriveoppgaver. Eksamen besto av 70 spørsmål, og flervalgsoppgaver vart vektet 75 % mens de skriftlige oppgavene var vektet 25 %. Eksamen fra våren 2007 fins på s. 45. Sensuren blir i hovedsak gjort av emneansvarlig med assistanse fra en PhD-student som kontrollsjekka alle flervalgssvar. I tillegg ble ekstern sensor benyttet på et utvalg av oppgaver som utgjorde ca. 20 %. Strykprosent, frafall og karakterfordeling vår 2005-vår 2007 V 05 H 05* V 06 H 06* V 07 H 07* TOT Kandidater meldt 262 8 235 31 195 18 749 Kandidater møtt (frafall %)
241 (8%)
3 (62,5%)
214 (8,9%)
20 (29%)
173 (11,3%)
9 (50%)
660 (11,9%)
Bestått 238 1 203 12 157 4 615 Stryk 1 % 67 % 5 % 40 % 9 % 56 % 7 % Snittkarakter B D C D C C C *ny eksamen, ingen undervisning i høstsemesteret
41
0
50
100
150
200
A B C D E
Studentevalueringer MOL100 har generelt fått dårlige evalueringer fra studentene, og evalueringene fra de tre siste årene har gitt om lag samme resultat. Studentene er særlig misfornøyd med undervisningen og det de mener er et misforhold mellom innholdet i undervisning/deleksamener og pensumet i emnet. Misnøyen er rimelig jevnt fordelt mellom studentene på de ulike programmene som har MOL100 som obligatorisk del av emnesammensetningen. Emnerapporter og oppsummering av emneevalueringene finnes på universitetets studiekvalitetssider: http://studiekvalitet.uib.no/?mode=&link_id=2875&sublink_id=&subsublink_id=&toplink_id=144692&mode=show_page&content_id=4039&periode=2007v&modus=vis_fakultet_main Rapporter for MOL100 finnes for våren 2005, 2006 og 2007.
42
Eksempel på deleksamen MOL100 DELEKSAMEN 2 VÅREN 2006: Oppgave 1: Kiralitet av aminosyrer skyldes at alfa-karbonet : A) er uten netto ladning B) er en karboksylsyre C) er bundet til fire ulike kjemiske grupper D) forekommer i en absolutt L -konfigurasjon i naturlige protein E) er symmetrisk Oppgave 2: 2 aminosyrer av de standard 20 aminosyrene inneholder svovel, nemlig: A) cystein og serin B) cystein og treonin C) metionin og serin D) treonin og serin E) metionin og cystein Oppgave 3: Hvilken av følgende strukturer gjenspeiler best ryggraden av peptidbindinger i et protein ? A) Ca—N—Ca—C—Ca—N—Ca—C B) Ca—C—N—Ca—C—N C) C—N—Ca—Ca—C—N D) Ca—Ca—C—N—Ca—Ca—C E) Ca—N—C—C—N—Ca Oppgave 4: Fordelen ved å måle initiell reaksjonshastighet V0 er at ved begynnelsen av reaksjoner : A) kan [ES] måles nøyaktig B) Endringer i [S] har ingen innvirkning på V0 C) er endringer i [S] ubetydelige slik at [S] kan ansees som konstant D) er endringer i Km ubetydelige slik at Km kan ansees som konstant E) V0 = Vmax. Oppgave 5: Michaelis og Menten antok at totalreaksjonen for en enzym-katalysert reaksjon kunne skrives som
Ved hjelp av denne reaksjonen kan hastigheten på nedbrytning av enzym-substrat komplekset beskrives ved uttrykket : A) k1 [Et][ES] B) k1 ([Et / [ES])[S] C) k2 [ES] D) k-1 [ES] + k2 [ES] E) k-1 [ES]
43
Oppgave 6: Det antall substrat-molekyler som omdannes til produkt per tidsenhet av et enkelt enzymmolekyl under metningsbetingelser omtales som : A) Maksimal reaksjonshastighet B) Metnings-konstanten C) Turnover-tallet D) Michaelis-Menten tallet E) Dissosierings-konstanten Oppgave 7: Titrering av valin med en sterk base som NaOH, viser to pK’verdier. Titrerings- reaksjonen som skjer ved pK2 (pK2 = 9.62) er : A)—COOH + OH- til —COO- + H2O B) —NH3
+ + OH- til —NH2 + H2O C) —COO- + —NH3
+ til —COOH + —NH2 D) —COOH + —NH2 til —COO- + —NH3
+
E) —NH2 + OH til —NH + H2O Oppgave 8: Ved kompetitiv inhibisjon vil en inhibitor : A) bindes til flere ulike seter på enzymet B) bindes kovalent til enzymet C) bindes reversibelt til det aktive setet D) bare bindes til ES komplexet E) senke den karakteristiske Vmax for enzymet Oppgave 9: Hydrogenbindinger er : A: Like sterke som de kovalent bindingene i vann B: Ikke retningsorientert bindinger C: Karakteristiske for hydrokarboner D: Apolare E: Nær 5 % av styrken i kovalente bindinger Oppgave 10: I et plott av l/V mot 1/[S] for en enzym-katalysert reaksjon vil nærvær av en kompetitiv hemmer endre : A) formen på plottet B) skjæringspunktet på l/V aksen C) skjæringspunktet med l/[S] aksen D) pK for plottet E) Vmax Oppgave 11: Oksygen er tyngre enn vann, men likevel forsvant bare oksygen fra den tidlige jordklode fordi : A: Vann har lavere kokepunkt enn oksygen B: Oksygen er mer reaktivt enn vann C: Oksygen er mindre reaktivt enn vann D: Vann ikke fantes på den primitive jordkloden E: Hydrogenbindinger gir vann større molekylvekt som væske i forhold til som gass
44
Oppgave 12: Hvilke av følgende sakkarider utgjør et par av epimerer ? A) D-glukose og D-glukosamin B) D-glukose og D-mannose C) D-glukose og L-glukose D) D-laktose og D-sukrose E) L-mannose og L-fruktose Oppgave 13: Når linjært glukose danner en Haworth struktur, er produktet et: A) anhydrid B) glykosid C) hemiacetal D) lakton E) oligosakkarid Oppgave 14: Finn et utsagn blant de følgende utsagn som ikke er korrekt: A) En gitt reaksjon med en gunstig likevekt skjer med høy hastighet B) Etter en enkeltreaksjon blir enzymet tilgjengelig til å katalysere en ny reaksjon C) I omdanningen av S til P vil en katalytt forskyve likevekten mot høyre D) Senkes temperaturen for en reaksjon, vil reaksjonshastigheten senkes E) Substratet bindes til enzymets aktive sete Oppgave 15: Enzymer skiller seg fra andre katalytter ved at kun enzymer : A) Unngår å bli forbrukt i reaksjonen B) Fremviser spesifisitet mot en enkel reaktant C) Ikke påvirker likevekten i reaksjonen D) Danner et aktivert kompleks med reaktantene E) Senker aktiveringsenergien form den katalyserte reaksjonen
45
MOL 100: Innføring i Molekylærbiologi
Tid til rådighet er 4 timer ( 0900 til 1300 )
Eksamensteksten er kun på norsk (exam is given in Norwegian only) Eksamen består av i alt 70 spørsmål, som alle skal besvares. Flervalgsspørsmålene utgjør 75 % av eksamen. Alle svar skal føres på vanlig eksamenspapir (gjennomslagsark) påført kandidatnummer. Den rosa kopi kan kandidaten beholde. Svar merkes med spørsmålsnummer og alternativ). Evt. kommentarer til et svar på multiple choice oppgaver skrives etter svaralternativet, men begrenses til én linje. Skriftlige oppgavene bakerst utgjør 25 % av eksamen. Språk for besvarelse av oppgavene er norsk eller engelsk.
Gi konsise, men fullstendige skriftlige svar.
OBS: INGEN HJELPEMIDLER TILLATT. 1. Henderson-Hasselbach likninga syner :
A: At titrerbare grupper er halvt titrerte ved pK B: At joniserbare grupper er fullt titrerte ved pK C: At titrerbare grupper endrast frå positivt til negativt ladd form D: At titrerbare grupper endrast frå negativt til positivt ladd form E: Bufferkapasiteten er proporsjonal med pK
2. Ei Hydrogenbinding : A: er jamsterk med ei kovalent binding i vatn B: er ei retningsorientert binding C: er vanleg i hydrokarbon D: er apolar E: er eit hydrogen mellom to sterkt elektropositive atomer
3. Eukaryotar inneheld : A: cellemembranar utan kolesterol B: dobbeltmembraner rundt nukleolus C: membranar rundt nukleosoma D: membranar med mest kolesterol i Golgi-apparatet E: mest membran-kolesterol i plasmamembranen
46
4. I fundamentale termar veit vi idag at det finnast ulike typar ”Liv”: A: Feil, berre ein type liv B. To typar C. Fire typar D: Fem typar E: Tre typar
5. Translasjon betyr den prosessen som :
A: syntetiserer DNA B: syntetiserer RNA C: lager formylert methionyl-tRNA D: syntetiserer protein på grunnlag av genetisk informasjon E: ingen av disse svarene
6. Replikasjon betyr den prosessen som :
A: kopierer genetisk informasjon i DNA til DNA B: sørger for at leading strand blir lik lagging strand C: overvinner stopp- kodon sperrer D: kopierer genetisk informasjon i RNA til DNA E: ingen av disse svarene
7. Hvis adenin i DNA er blitt endret til guanin, kalles dette en : A: ernæringsfeil B: ”frameshift” C: en ligase-reaksjon D: en mutasjon E: ingen av disse svarene er rette
8. Meselson-Stahl eksperimentet fastslo at:
A: DNA polymerase er essensiell for DNA syntese. B: DNA syntese i E. coli skjer med en konservativ mekanisme. C: DNA syntese i E. coli skjer med en semikonservativ mekanisme. D: DNA syntese krever: dATP, dCTP, dGTP, og dTTP. E: Ny-syntetisert DNA i E. coli har base-sammensetning ulik templatens DNA.
9. Eit Okazaki fragment er:
A: DNA-fragment laga av endonuklease. B: RNA-fragment i 30S-subenheten av ribosomet. C: del av DNA som syntetiserast i 3' → 5' retning. D: eit segment av DNA som inngår i syntese av ’leading strand’. E: syntetisert av DNA polymerase.
10. E. coli DNA polymerase I:
A: kan initiera DNA syntese utan ein primer. B: er det same som ein primase. C: er det viktigaste syntese-enzymet i kromosomal replikasjon. D: ligerar saman fleire Okazaki-fragment. E: har sin hovudfunksjon i reparasjon av DNA.
11. Finn eit utsegn blant følgjande utsegn som er feil:
A: Ein enzymreaksjon der jamvekta favoriserar produkta, skjer alltid med høg fart. B: Etter ein enkeltreaksjon vert enzymet klar til å katalysera ein ny reaksjon. C: Ved omdanning av substrat til produkt, vil enzym endra jamvekta i reaksjonen. D: Enzym har ein tendens til å verta inaktiverte ved høge temperaturar. E: Substrat bindast alltid til det aktive setet på enzymet.
47
12. Protein hydrolyserast av sterk syre ved høge temperaturar som : A: gjev nye kvartærstrukturar. B: dannar isopeptidbindingar. C: gjev høgare substrataffinitet. D: øydelegg beta-flak. E: bindast til alfa-aminogrupper og til karbonyl-oksygenet.
13. Innhold av hydrofobe alifatiske aminosyrer i globulære protein er i sum relativt konstant i mange protein fordi:
A: De har likeverdige katalytiske sidekjeder. B: De stabiliserer bindingen av substrater til protein. C: De er like effektive i å forhindre dannelse av lange alfa-helikser. D: De gir sterke kvartærstrukturer. E: De gir stabile proteinkjerner.
14. Allosteriske protein:
A: har alltid kvartærstruktur. B: katalyserer alltid reaksjoner med Michaelis-Menten kinetikk. C: har alltid prostetiske grupper. D: har ustabile sekundærstrukturer . E: har liknende primærstruktur.
15. I plottet av 1/v mot 1/ [S] for enzym-katalysert reaksjon, vil en kompetitiv hemmer endre ;
A: formen på plottet. B: skjæringspunktet på (1/S )- aksen. C: pK for plottet. D: Vmax. E: enzymstørrelsen.
16. Integralprotein:
A: danner kanaler med hydrofobe porer. B: transporterer småmolekyl med Michaelis-Menten kinetikk. C: har aldri kvartærstruktur. D: mange ulike primærstrukturer. E: har karbohydrater på den cytoplasmatiske siden.
17. Kolesterol i biomembraner :
A: danner 1:1 kompleks med lange fettkjeder i triacylglycerider. B: kan ikkje flytte seg gjennom laga i ein biomembran. C: er prostetiske grupper. D: er eit fosfolipid. E: stabiliserar membranstrukturen.
18. Biomembranar :
A: er fritt permeable for glukose. B: er fritt permeable for vatn. C: transporterar oksygen ved antiport. D: transporterar vatn ved akvaporinprotein. E: er lite permeable for oksygen.
19. Glykolipid:
A: er delar av glykoprotein. B: brukast til sukkertransport i biomembranar. C: manglar fosfodiestere. D: har reduserande sukker i enden på strukturane . E: er spesielle fosfolipid.
48
20. Oksygen : A: er eit produkt av oksydativ fosforylering. B: er reaktivt av di det finnast i cellene i atomær tilstand. C: dannast ikkje i fotosystem I. D: er lett løyseleg i vatn E: var energikilda då livet blei til på jorda.
21. Hvilket utsagn om ATP syntetasen er riktig :
A: Den fosforylerer ADP mellom ytre og indre mitokondriemembran B: Den reduserer oksygen til vann i Kompleks IV. C: Den fosforylerer ADP og drives av en protonstrøm inn i mitokondriematriks. D: Den katalyserer reaksjonen uavhengig av protongradienter E: Den inhiberes direkte av rotenon.
22. Hvilken av følgende forbindelser er lavenergetisk :
A: fosfoenolpyruvat B: Adenosin monofosfat C: Uridin difosfat D: Cytidin trifosfat E: Guanin difosfat
23. I glykoprotein er sukker :
A: alltid bundet i O-glykosidiske bindinger B: aldri reduserende. C: til stede i proteinkjernen. D: alltid en kvantitativt større del av makromolekylet enn aminosyrene E: alltid små stereotype kombinasjoner av noen få sukkermonomerer.
24. Lipoproteiner :
A: kan være kovalente bindinger av lipider til sidekjedene i proteinets cystein B: har kovalente bindinger mellom kolesterol og proteiner peptidbindinger C: er alltid store assosiasjoner av lipid og protein holdt sammen av van der waalske krefter D: er dynamisk steady state tilstander med assosiasjon og dissosiasjon av fett og protein E: har aldri kovalente bindinger mellom fett og proteiner
25. Speilbildet av L-glukose er :
A: L-galaktose. B: D-mannose. C: D-glukose. D: en epimer. E: Sialinsyre.
26. Ein ”uncoupler” er :
A: ein inhibitor av proteinsyntese B: ein inhibitor av oksydativ fosforylering C: ein inhibitor av mitokondriereplikasjon D: ein inhibitor av proteinsyntese E: ein inhibitor av elektrontransport
27. Cytokrom er :
A: protein med prostetiske grupper B: protein med bundne nikotin-derivat C: protein med bundne sterol-derivat D: protein med bundne lipid-derivat E: protein med bundne vitamin-derivat
49
28. Reduksjon av sukker kan gi : A: et sølvspeil B: glukonat C: alkohol D: glukuronat E: ingen av desse
29. Ubikinon er en polymer av isopentenyl-grupper som :
A: kan overføre enkelt-elektroner B: inhiberes av cyanid C: binder høyenergetisk fosfat for syntese av ATP D: alltid binder 2 elektroner ad gangen E: cellene danner fra vitamin E
30. Den kjemiosmotiske teorien sier at :
A: hydrogen spaltes i segregerte proton og elektroner, som gir respektive ATP og vann B: ATPaser transporterer proton ut av matrix og derved danner ATP C: proton dannes i Kompleks II med ATP som resultat D: høyaktivt fosfat overføres fra mitokondrieprotein til ADP og gir ATP E: proton gir ATP ved passasje i elektrontransportkjeden
31. Koenzym Q :
A: deltar i elektronoverføring til Kompleks III B: er en prostetisk gruppe i cytokrom A3 C: hemmes av antimycin A D: er en prostetisk gruppe til mitokondrienes Kompleks IV E: mangler i brunt fettvev (som derfor produserer varme og ikke ATP)
32. Prokaryotiske ribosom :
A: utfører proteinsyntesen når ribosomet bindes til mRNA B: dannes etter at mRNA bindes til 30S enheten, hvoretter 50S enheten bindes C: har peptidyltransferasen på den lille subenheten D: har elongeringsfaktorer i den store subenheten E: er spesifikke for ulike mRNA
33. Aminoacyl-tRNA-syntetaser :
A: er spesifikke for alle aminosyrer inklusive hydroksyprolin B: er spesifikke for ulike klasser av aminosyrer så som de alifatiske C: gjenkjenner ikke metyltyrosin D: gjenkjenner ikke 3’-enden av tRNA E: modifiserer spesifikke tRNA-baser
34. Eukaryotiske gen for tRNA :
A: koder bare for én tRNA B: koder for hele det funksjonelle tRNA molekylet C: inneholder uvanlige svovelholdige baser D: transkriberes vanligvis av RNA polymerase III E: alle disse svarene er rette
35. Molekylvekta til tRNA er:
A: omlag 10.000 Da B: omlag 100.000 Da C: omlag 4 kDA D: omlag 25.000 Da E: omlag 80 kDa
50
36. Prokaryotiske ribosom : A: inneholder en pore i 30S enheten B: holder mRNA ubeveglig for å få en nøyaktig proteinsyntese C: inneholder 10 proteiner i den lille enheten og 25 i den store enheten D: er ribozymer E: ingen av disse svarene er rette
37. Eukaryotiske ribosom :
A: inneholder ett RNA molekyl i både den lille og i den store enheten B: inneholder en Shine-Dalgarno sekvens C: inneholder samme slags RNA som prokaryotiske ribosom D: kan danne polysomer E: er ofte polycistroniske
38. Prokaryotisk proteinsyntese :
A: initieres på 30S enheten B: initieres ved at metionin-tRNA formyleres etter binding til 30S enheten C: initieres med startkodon AUG D: initieres av startkodon GGC E: initieres med danningen av den første peptidbindingen katalysert av Ad #2451
39. ”Coding strand”, respektive ”template strand” er :
A: namnet på, respektive, den transkriberte og den ikkje-transkriberte DNA tråden B: namnet på kvar av dei to DNA trådane C: to namn for same struktur D: namn på ulike transkriberte element i DNA E: namnet på transkriptet frå kvar av dei to DNA trådane
40. Primase lager:
A: DNA på en templat-uavhengig måte B: DNA på en templat-avhengig måte C: lager RNA i kompleks med en DNA templat D: lager dobbelttrådig DNA E: lager dobbelttrådig RNA
41. Hvilket av følgende utsagn om prokaryotisk RNA polymerase er feil ?
A: Kjerneenzym bindes til promoter, men initierer aldri syntese uten sigma faktor B: RNA polymerase holoenzym har mange subenheter C: RNA laget av dette enzymet er helt komplementært til DNA templaten D: Enzymet setter på nukleotider i 3’-enden av det voksende RNA molekylet E: Enzymet kan ikke syntetisere RNA i fravær av DNA
42. Sigma-faktor i prokaryotisk RNA polymerase :
A: bindes til promoter etter at det er assossiert med kjerneenzymet B: gjenkjenner alle promotere i genomet C: kan ikke separeres fra kjerneenzymet D: er påkrevd for terminering av RNA syntesen E: kan katalysere RNA transkripsjon fra begge DNA trådene
43. Pribnow-boks og transkripsjonsstart :
A: finnes på samme sted på DNA B: sitter ca. 10 basepar fra hverandre C: er én og samme base-sekvens D: sitter på motsatte DNA tråder E: er respektive upstream og downstream fra promoter
51
44. Upstreams-elementer : A: er viktige funksjoner for histoner B: er et annet navn på nukleosomer C: er alltid i kjernepromoter D: regulerer replikasjon E: er deler av den utvidete promoter
45. Prokaryotisk transkripsjon :
A: skjer alltid i replikasjonsgaffelen B: krever flere initieringsfaktorer (IFs) C: skjer med ett enzym bundet til ulike promoterspesifiserende faktorer D: starter alltid i et lukket kompleks E: benytter flere ulike RNA polymeraser
46. TATA-boks :
A: er et viktig reguleringselement i bakterier B: sitter like upstream for Pribnow-boksen C: er en vanlig del av eukaryotiske promotere D: er en regulatorisk gensekvens i prokaryoter E: er bindingsstedet for RNA polymerase
47. Eukaryotiske gen transkriberes :
A: før hele transkriptet oversettes til et proteins aminosyre-sekvens B: før intron kuttes ut C: når ekson er spleiset ut av templat D: som et intron E: ved at ekson spleises ut av transkriptet
48. Fri energi for en biokjemisk reaksjon kan beregnes ut fra :
A: kjennskap til produktkonsentrasjonene B: farten på reaksjonen C: likevektstilstanden D: entropiforandringen i reaksjonen E: entalpiforandringen i reaksjonen
49. Nernst-ligningen :
A: gjelder spesifikt for allosteriske enzym B: er et alternativ til Michaelis-Menten ligningen C: kan brukes til å beregne likevektskonstanten D: kan ikke beskrive reaksjonen i mitokondrielt Kompleks IV E: ingen av disse svarene er rette
50. Michaelis og Menten skrev totalreaksjonen for en enzym-katalysert reaksjon som :
k1 k2 E + S ES → E + P k-1
Ved hjelp av denne reaksjonen kan hastigheten på nedbrytning av enzym-substrat komplekset beskrives ved uttrykket :
A: k1 [Et][ES] B: k1 ([Et / [ES])[S] C: k2 [ES] D: k-1 [ES] + k2 [ES] E: k-1 [ES]
52
51. Begrepet “induced fit” refererer til det faktum at: A: Enzym-spesifisiteten blir indusert av enzym-substrat bindingen B: Enzym-substrat binding gir en økning i reaksjonens entropi, hvilket favoriserer reaksjonen C: Substrat-binding induserer endret konformasjon i enzymet, som gir rett romlig ordning av det katalytiske setet D: Enzym-substrat binding induserer forflytting langs reaksjons-koordinatene mot transisjonstilstanden
E: Når substrat bindes til enzym, vil dette bevirke hydratisering av substratet 52. Kva for par av bindinger i peptidryggraden har fri rotasjon kring begge bindinger?
A: N—C og Cα —C B: C=O og N—C C: C=O og N—Cα D: Cα —C og N—Cα E: N—Cα og N—C
53. I ein α−heliks vil sidekjedene i aminosyrene :
A: alternera mellom utsida og innsida av heliksen B: finnast på utsida av heliksen C: leie til danning av berre høgre-dreiande heliksar D: generere hydrogen-bindinger som dannar heliksen E: samlast inni det indre av heliksen
54. Plasmamembranen sine protein :
A: har berre sekundærstrukturer av typen α−helikser B: har berre enzymaktivitet i den transmembranøse delen C: har alltid karbohydrat-einingane på cytoplasma sida D: har aldri kvartærstrukturar E: inga av desse svara er rette
55. Plasmamembraner :
A: hos arkebakterier har lipid som spenner over begge monolagene B: har alltid kolesterol for å avstive strukturen av bilagsmembranen C: stabiliseres av pore-protein med hydrofobe kjerner D: er ugjennomtrengelig for oksygen E: alle svarene over er feil
56. Plasmamembraner hos eukaryoter :
A: har aldri elektrisk ladning B: har en positiv ladning på innsiden av membranen fordi positive kalium-joner aktivt transporteres inn i cellen C: bruker kun symport og ikke anti-port mekanismer for transport D: har negativ ladning på innsiden av cellene selv om klorid-joner aktivt pumpes ut av cellene E: alle svarene over er feil
57. Transport over plasmamembranen i ei celle :
A: fylgjer alltid konsentrasjonsgradienten mellom inn- og ut-sida av membranen B: krev aktiv transport av lipofile komponentar C: skjer alltid som enten antiport eller synport i ei og same celle D: skjer alltid gjennom porer E: kan i energetisk tvilsame døme skje med hjelp av proton eller salt- gradientar
53
58. Den genetiske koden A: består av et kodon på 2 nabobaser i DNA eller mRNA B: definerer samsvaret mellom genets basesekvens og proteiners aminosyresekvens C: oversettes ved at anti-kodon på tRNA binder kun én aminosyre D: brukes ikke etter at alle tRNA er kovalent bundet til hver sin spesifikke aminosyre E: avleses av peptidyltransferasen
59. Shine-Dalgarno sekvensar :
A: finnast i protein ved autoimmune sjukdomar B: er protein med sekvensar som vert fosforylerte C: er startsignalet for transkripsjon i eukaryotar D: fastlegg kvar attenuering skjer ved transkripsjon E: er RNA-sekvensar som sikrar rett start på translasjonsprosessen
60. Ved sekvensering av baserekkefølgen i DNA brukes:
A: Edmann reagenset B: Sangers reagens (dinitrofenylfluorid) C: ddTTP D: jonebytterkolonner E: mangan
Små-spørsmål (utgjer 8 % av eksamen; kvart spørsmål tel 1 % ) Svar eksakt på desse spørsmåla; Ikkje meir enn 2 liner til kvart svar. 61. Kva funksjon har DNA polymerase I og III i prokaryotar? 62. Vis den generelle tertiærstruktur for vannløselige protein og for integralprotein. 63. Vis eit døme på den strukturelle rolla som prolin har i protein. 64. Hva er fosfolipid? Skissér strukturen av ett fosfolipid. 65. Kva rolle har mangan i fotosyntesen ? 66. Hvilken fysiologisk funksjon har vitamin A, og hvilket strukturelement besørger denne funksjonen? 67. Hva er forskjellen på tymin og uracil ? 68. Definer omgrepet turnover-tall. Deretter skal du svare konsist men fullstendig, på følgjande to oppgaver: Oppgave 69 : (8 % av eksamen). Grei ut om korleis eit ribosom klargjerast til å starta proteinsyntesen. Kva meinast med A, P & E sete, og kor finn ein desse ?. Korleis ser eit startkodon ut, og eksakt kvar finn ein eit startkodon ? Kva meiner ein med omgrepet ”wobble” relatert til proteinsyntese ? Oppgave 70: (9 % av eksamen) Beskriv elementene i lac-operonet, og vis hvordan elementene er ordnet i genomet. Beskriv hvordan aktiviteten i et lac-operon er regulert. Beskriv de ulike biokjemiske elementene i et lac-operon. Forklar hvordan disse elementene interagerer slik at en celle kan tilpasse seg de ulike næringsemner som den måtte ha tilgang til. Finner vi aspekter av denne type regulering i eukaryoter ?
54
11. Utfyllande informasjon om MOL200 Praktisk gjennomføring: Undervisningen er sammensatt av forelesninger og kollokvier. Studentene skal i tillegg levere en obligatorisk semesteroppgave. Studentene skriver oppgaven i grupper (inntil 3 studenter per oppgave), og oppgaven skal senere presenteres for medstudentene. Se ellers semesterplan for høsten 2007 s. 56. MOL200 er obligatorisk i bachelorgraden i molekylærbiologi, og blir i tillegg benyttet som valgemne av studenter ved andre studieprogram. Fordelingen av studenter på emnet høsten 2007 er slik: Bachelor i molekylærbiologi: 49 Bachelor i biologi: 8 Bachelor i kjemi: 10 Andre: 3 Eksamen og vurderingsform For å kunne gå opp til eksamen må studentene ha godkjent semesteroppgave og presentasjon. En liste over tema til semesteroppgavene høsten 2007 fins på s. 58. Slutteksamen gitt høsten 2007 fins på s. 62. Karakteren gitt på semesteroppgaven teller 20 % av sluttkarakteren. Fra og med høsten 2007 blir sensuren gjort av emneansvarlig og to interne sensorer. Tidlegere år har det vært benyttet ekstern sensor på et utvalg av oppgavene. Strykprosent, frafall og karakterfordleing høst 2005 – vår 2007 H07 er ikke inkludert da sensur ikke er fullført per dd. H05 V06* H06 V07* TOT Kandidater meldt 54 7 70 26 157 Kandidater møtt (frafall %)
46 (14.8%)
5 (28.6%)
50 (28.6%)
19 (26.9%)
120 (23.6%)
Bestått 36 1 36 13 86 Stryk 22 % 80 % 28% 32% 28% Snittkarakter C E C C C *kun eksamen, ingen undervisning i høstsemesteret
55
0
10
20
30
A B C D E
Studentevalueringer Emnerapporter og oppsummering av emneevalueringene finnes på universitetets studiekvalitetssider: http://studiekvalitet.uib.no/?mode=&link_id=2875&sublink_id=&subsublink_id=&toplink_id=144692&mode=show_page&content_id=4039&periode=2007v&modus=vis_fakultet_main Rapporter for MOL200 finnes for høsten 2005. Høsten 2007 ble det gjennomført en underveisevaluering for å kartlegge hvorfor studentene ikke møtte til kollokvier.
56
Eksempel på semesterplan MOL200 MOL200, høstsemesteret 2007.
Uke /dato
Tema Ref. Lehninger
Side-henvisning
34 RM, AG, MZ Orienteringsmøte RM Introduksjon, aa, peptider.
Proteiner, struktur Kap 3 Kap 4
75–89 116–125, 138-143, 147-152
35 Man 27/8 Tor 30/8
RM AG
Introduksjon om Newsletter; presentasjon av temaer, gruppeinndeling, opplegg for skriving og presentasjoner, kriterier for evaluering etc. OBS! en time, kl 12.15 – 13. Oppgaver til Gruppe 1-5
RM Protein funksjon. Enzymer, kinetikk, regulering
Kap 5 Kap 6
157–174 190–212, 225-232
36 Man 3/9 Tor 6/9
AG Karbohydrater og lipider. Oppgaver til Gruppe 6-10
Kap 7, Kap 10
238-266 343-363
37 Man 10/9
AG Membraner; transport, signalomforming
Kap 11 Kap 12
369-407 421-425, 429-445, 456-466
38 Man 17/9
MZ Bioenergetikk og metabolisme, oversikt
Intro, part II 481-488
38 20/9
Kollokvium 1 (Kap. 3, 4) - Amino syrer, peptider, proteiner, proteinstruktur Oppgaver til Gruppe 11-15 MZ Glykolyse, glukoneogenese,
pentosefosfat-veien Kap 14 521-554 39
Man 24/9 Tor 27/9
Newsletter presentasjon, grupper 1- 5
enzym, glyco
39 Kollokvium 2 (Kap. 5,6); Protein funksjon, enzymer, kinetikk og regulering MZ Forts. sukkermetabolisme.
Metabolsk regulering, glukose og glykogen
Kap 14 Kap 15
521-554/ 560-591
40 Man 1/10 Tor 4/10 Newsletter presentasjon, grupper 6 – 10
Oppgaver til Gruppe 16-20 lipid, sanser
40 Kollokvium 3 (Kap. 7, 10) Karbohydrater og glykobiologi, Lipider, typer og struktur 41 Man 8/10
MZ Metabolsk regulering, glukose og glykogen
Kap 15 560-591
41 Torsdag & fredag – MBI 10 års jubileum Oppgaver til Gruppe 21-25
MZ Sitronsyresyklus Kap 16 601-622 42 Man 15/10 Tor 18/10
Newsletter presentasjon, grupper 11 - 15
glycolyse, TCA (-ag)
42 Kollokvium 4 (Kap. 11, 12) Membran og transport, Biosignaling
57
MZ Oksidativ fosforylering. Mitokondrie
Kap 19 690-718 43 Man 22/10 Tor 25/10
AG Fettsyrer, opptak, lagring, transport og katabolisme
Kap 17 631-652
43 Kollokvium 5 (Kap 14, 15) Bioenergetikk og metabolisme, Glykolyse, glykogenese og pentose fosfat veien Sukkermetabolisme: Metabolsk regulering, glukose og glykogen
58
MOL200 Semesteroppgaver høsten 2007 GRUPPER/ TEMA
GR TITTEL REF. LEHNINGER
1 Enzymer How enzymes work – the triosephosphate isomerase reaction Knowles JR (1991) Nature 350, 121-124
528-9 758, 762, 764,
2 Enzymer; kooperativ regulering & allosteriske modeller Cooperative symmetric to asymmetric conformational transition of the apo-form of scavenger decapping enzyme revealed by simulations Ulla Pentikäinen, Olli T. Pentikäinen, Adrian J. Mulholland Proteins. 2007 Aug 17; [Epub ahead of print] Evolution of allosteric models for hemoglobin William A. Eaton, Eric R. Henry, James Hofrichter, Stefano Bettati, Cristiano Viappiani, Andrea Mozzarelli IUBMB Life, Volume 59, Issue 8 & 9 2007 , pages 586 – 599
165-166 225, -6 166-172
3 Enzymhemmere Dimethyl sulfoxide to vorinostat: development of this histone deacetylase inhibitor as an anticancer drug. Marks PA, Breslow R. Nat Biotechnol. 2007 Jan;25(1):84-90. Histone deacetylase inhibitors: molecular mechanisms of action WS Xu1, RB Parmigiani1 and PA Marks Oncogene (2007) 26, 5541–5552 Anticancer activities of histone deacetylase inhibitors Jessica E. Bolden*,‡,||, Melissa J. Peart§,|| and Ricky W. Johnstone*,‡ NATURE REVIEWS VOLUME 5 | SEPTEMBER 2006 | 769
209-212 1103
4 Heparansulfat Heparan sulfate: decoding a dynamic multifunctional cell regulator. Jeremy Turnbull, Andrew Powell and Scott Guimond (2001). Trends in Cell Biology 11, 75-82. Molecular diversity of heparan sulfate. Jeffrey D. Esko and Ulf Lindahl (2001). J. Clin. Invest. 108, 169-173. Tinkering with heparan sulfate sulfation to steer development. Bushra Gorsi and Sally E. Stringer (2007). Trends in Cell Biology 17,173-177.
s. 256-258
I 1-5 enzym, allosteri, kooperativitet, hemmere glycobiologi, heparansulfat, sukkerkoden utlev. oppg. 30/8 frist innlev 26/9 presentasjon 27/9
5 Sukkerkoden i ER The glycan code of the endoplasmic reticulum: asparagine-linked carbohydrates as protein maturation and quality-control tags Trends in Cell Biology, Volume 15, Issue 7, July 2005, Pages 364-370 Daniel N. Hebert, Scott C. Garman and Maurizio Molinari Dissecting glycoprotein quality control in the secretory pathway. Trends Biochem. Sci. 26 (2001), pp. 619–624. C.M. Cabral et al.,
s. 261-266
59
6 Caveolae og caveoliner Do caveolins regulate cells by actions outside of caveolae? Trends in Cell Biology, Volume 17, Issue 2, February 2007, Pages 51-57 Brian P. Head and Paul A. Insel Caveolae: anchored, multifunctional platforms in the lipid ocean Trends in Cell Biology, Volume 13, Issue 2, February 2003, Pages 92-100 Bo van Deurs, Kirstine Roepstorff, Anette M. Hommelgaard and Kirsten Sandvig Peering inside lipid rafts and caveolae Trends in Biochemical Sciences, Volume 27, Issue 9, 1 September 2002, Pages 435-438. Anne Kenworthy
s. 383-386 (+s.451)
7 ABC transportere – kolesterol og Tangier’s sykdom Molecular basis of cholesterol homeostasis: lessons from Tangier disease and ABCA1. Trends Mol Med. 2002 Apr;8(4):168-73. Oram JF. ABCA1: at the nexus of cholesterol, HDL and atherosclerosis. Trends Biochem Sci. 2007 Apr;32(4):172-9. Attie AD.
402
8 Aquaporiner – mer enn bare vann More than just water channels: unexpected cellular roles of aquaporins J. Cell Sci. 118 (2005), pp. 3225–3232. A.S. Verkman, Glycerol transport: an additional target for obesity therapy? Trends in Endocrinology & Metabolism, Volume 17, Issue 3, April 2006, Pages 77-78 E. Marelyn Wintour and Belinda A. Henry Aquaporins and disease: lessons from mice to humans Trends in Endocrinology and Metabolism, Volume 13, Issue 8, 1 October 2002, Pages 355-360 Landon S. King and Masato Yasui
406-408
9 Toksiner og G-protein signaler Activation of toxin ADP-ribosyltransferases by eukaryotic ADP-ribosylation factors Molecular and Cellular Biochemistry 193: 153–157, 1999. Joel Moss and Martha Vaughan Effects of Bacterial Toxins on Small GTP-binding Proteins Toxicology in Vitro, Volume 12, Issue 5, October 1998, Pages 527-531 E. Chaves-Olarte, X. Cortes-Bratti and M. Thelestam
464
II 6-10 membraner; transport og signalisering glykolyse utlev. oppg. 6/9 frist innlev 3/10 presentasjon 4/10
10 Fosfofruktokinase-mangel Phosphofructokinase deficiency Nakajima H, Raben H, Hamaguchi T, Yamasaki T (2002) Curr. Mol. Med. 2, 197-212 (focus on one major aspect, for example, causality between enzyme deficiency and clinical symptoms)
kap 14
60
11 Warburg effekten og carsinogenese Cancer’s Molecular Sweet Tooth and the Warburg Effect Kim, J. & Dang CV (2006) Cancer Res 66, 8927-30 Energy Deregulation: Licensing Tumors to Grow. Garber, G (2006) Science, 312, 1158-9.
11a Hypoxia-inducible Factor 1 Activation by Aerobic Glycolysis Implicates the Warburg Effect in Carcinogenesis. Lu, H., Forbes, RA & and Verma, A (2002) J. Biol. Chem. 277, 23111–23115,
11b p53 Regulates Mitochondrial Respiration Matoba S, Kang JG, Patino WD, et al. (2006) Science 312:1650–3
533-4
12 Glykogenin – starteren av glykogen syntesen Lomako J, Lomako WM, Whelan TG (2004) Biochim Biophys Acta 1673, 45-55
569-70
13 Den optimale strukturen til glykogen Meléndez-Hevia E, Waddell TG, Shelton ED (1993) Biochem. J. 295, 477-483
562-70
14 Substrat kanalisering i sitronsyre syklus Vélot C and Srere PA (2000) J. Biol. Chem. 275, 12926-12933 Haggie PM and Verkman AS (2002) J. Biol. Chem. 277, 40782-40788
kap 16
III 11-15 glykogen, struktur og syntese sitrosyresyklus utlev. oppg. 20/9 frist innlev 17/10 presentasjon 18/10
15
Dødelig syntese – Oppdagelsen av mekanismen bak fluoracetat forgiftning, et historisk perspektiv Peters RA (1952) Proc. Royal Soc. London 139, 143-170
16 Kjemiosmotisk kobling: kraften av protonene Rich P (2003) Nature 421, 583 Ferguson SJ (1995) Curr. Biol. 5, 25-27
712-13
17 Q-syklusen Trumpower BL (1990) J. Biol. Chem. 265, 11409-11412
701, Fig. 19-12
18 Den molekylære basis for uvanlig termoregulering i griser. Berg F, Gustafson U, Andersson L (2006) The Uncoupling Protein 1 Gene (UCP1) Is Disrupted in the Pig Lineage: A Genetic Explanation for Poor Thermoregulation in Piglets. PLoS Genet 2(8), e129
717
19 Som en glo i mørket: Regulering af ildflue luciferase aktivitet med nitrogenoksid Trimmer BA et al. (2001) Science 292, 2486-2488 Commentary: Pennisi E. (2001) Science 292, 2413-2414 (online only, no pdf)
503, Box 13-2
IV 16-20 oxidativ fosforylering lipider utlev. oppg. 4/10 frist innlev 31/10 presentasjon 1/11
20 Roterende proteinmotorer Oster G & Wang H (2003) Trends In Cell Biology 13, 114-121
711, 713, 721
61
21 P-piller og Johannesurt St. John's wort induces hepatic drug metabolism through activation of the pregnane X receptor. Moore LB, Goodwin B, Jones SA et al. Proc Natl Acad Sci U S A 2000; 97: 7500–7502. Unwanted pregnancy on self-medication with St John's wort despite hormonal contraception British Journal of Clinical Pharmacology 55 (1), 112–113. Ute I. Schwarz, Barbara Büschel, W. Kirch (2003) Hyperforin in St. John’s wort drug interactions Eur J Clin Pharmacol 62: 225-233. Madabushi et al. (2006) Interaction of St. John's Wort with oral contraceptives: effects on the pharmacokinetics of norethindrone and ethinyl estradiol, ovarian activity and breakthrough bleeding. Contraception, 71, 402-408 P. Murphy, S. Kern, F. Stanczyk, C. Westhoff (2005)
s. 465-466 + boks 21-1, s. 798-799
22 cGMP, NOS og Viagra Endogenous neurotransmitters mediating penile erection BJU International 81 (3), 424–431. Naylor (1998) Phosphodiesterase 5 inhibitors and nitrergic transmission—from zaprinast to sildenafil European Journal of Pharmacology 411: 1 – 10 Alan Gibson (2001)
s. 434-435 + s.889
23 Lipidmetabolisme - Ketonlegemer og hjernemetabolisme Is there an astrocyte–neuron ketone body shuttle? Trends in Endocrinology and Metabolism 12: 169-174 (2001) Manuel Guzmán and Cristina Blázquez Ketone body synthesis in the brain: possible neuroprotective effects Prostaglandins, Leukotrienes and Essential Fatty Acids Volume 70, Issue 3, March 2004, Pages 287-292 Manuel Guzmán
, and Cristina Blázquez
s. 650-652 + s.900
24 Overvekt, insulin resistens og type 2 diabetes Kahn SE., Hull RL. and Utzschneider (2006) Nature 444, 840-846
909-10, 914-15
25 AMPK, regulator av cellulær og systemisk energibalanse. Kola B. et.al. 2006) Trends in Endocrinology and Metabolism. 17, 205-215
913-15
V 21-25 Lever metabolisme, steroid-metabolisme, hjerne-metabolisme utlev. oppg. 11/10 frist innlev 7/11 presentasjon 8/11
26 NAD+ metabolisme Belenky, P. Bogan, KL. and Brenner, C. (2006) Trends in Biochemical Sciences, 32, 12 – 19.
301, 229
62
Universitetet i Bergen Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet
Molekylærbiologisk institutt
Skriftlig eksamen i:
MOL200 Metabolisme: reaksjonar, regulering og kompartmentalisering.
Metabolism: Reactions, regulation and compartmentalisation
Tirsdag 4. desember 2007, kl. 0900 – 1300 Besvar alle spørsmål konsist. Bruk gjerne illustrasjoner som svar på oppgavene. Bruk ikke for lang tid på noe enkeltspørsmål. Er et spørsmål uklart, gjør oppmerksom på hvordan du har bestemt deg for å forstå det. Tentative vekttall er gitt for hvert spørsmål. Til sammen utgjør eksamen 90 poeng. Bruk vekttallene til å vurdere hvor mye tid og arbeid det lønner seg å legge i hvert svar. Tillatte hjelpemidler: INGEN Answer all questions concisely. You should consider using figures to answer some of the problems. Do not use excessive time to answer any one question. If a question seems unclear, note how you have defined the question that you are answering. The approximate weight of each question is indicated, for a total of 90 points. Use these points to decide how much time and work to be allocated for each question. Texts or other sources of information are not permitted during the exam. Oppgåve 1 Aminosyrer og protein (13 p) a) Gjev den generelle strukturen til ei α aminosyre. (2 p) b) Kva er L og D form av aminosyrer – kvifor vert berre ei form brukt i protein? (2p) c) List opp 5 hovudklassar av aminosyrer. (2 p) d) Namngjev tre teoriar om folding av protein og forklar kort kvar av dei. (3 p) e) Når eit protein er denaturert, korleis kan det renaturerast? Om renaturering ikkje
skjer, kva kan forklaringa vere? (4 p) English translation a) Give a general structure of an α amino acid. (2 p)
63
b) What are L and D forms of amino acids – why is only one form used in proteins? (2 p)
c) List the 5 main classes of amino acids (2 p) d) Name three theories on folding of proteins and give a brief explanation of each.
(3 p) e) Once a protein has been denatured, how can it be renatured? If renaturation
does not occur, what might be the explanation? (4 p) Oppgåve 2 Generell metabolisme (18 p) a) Kva er den metabolske rolla til NAD+/NADH? Kva er den kjemiske forskjellen
mellom dei to formene av NAD? Namngje to reaksjonar (ta med substrat, produkt, enzym; ingen formlar vert kravd) som bruker dette koenzymet. (6)
b) Kva av dei fylgjande prosessane skal betraktast som anabole og kva som katabole: glykolyse, transkripsjon, translasjon, beta-oksidasjon, kolesterol syntese, glukoneogenese, Cori syklus, pyruvat dehydrogenase reaksjon. (4 p)
c) Forklar korleis skjelettmuskel og lever samarbeider om å forsyne muskelcellene med ATP (Cori syklusen). (4 p)
d) Under faste/sult kan ein dele utviklinga i tre stadier; innan eit døgn, mellom eit og fem døgn og meir enn sju døgn. Kva karakteriserer metabolismen ved desse stadia? (4 p)
English translation a) What is the metabolic role of NAD+/NADH? What is the chemical difference
between the two forms of NAD? Name two reactions (include substrates, products, enzyme; no formulae required) that use this coenzyme. (6)
b) Which of the following processes should be regarded as anabolic and which as catabolic: glycolysis, transcription, translation, beta-oxidation, cholesterol synthesis, gluconeogenesis, Cori cycle, pyruvate dehydrogenase reaction. (4)
c) Describe how skeletal muscle and the liver cooperate to fuel muscle cells with ATP (the Cori cycle). (4 p)
d) During fast/starvation we can divide the progression into three stages; within 24 hours, between one to five days and more than one week. What characterizes the metabolism at these stages? (4 p)
Oppgåve 3 Glykolyse, glukoneogenese (15 p) a) Teikn strukturformelen til glukose. Vis kor fosfatgruppa vert satt i den første
reaksjonen i glykolysen. (4 p) b) Kva er funksjonen til fosfofruktokinase-2? (3 p) c) Namngjev fasane i glykolysen og forklar denne klassifiseringa. (4 p) d) Gjev to eksempel på korleis glucagon og insulin resiprokt regulerer
glykolysen/glykoneogenesen. (4) English translation a) Draw the structure of glucose. Indicate where the phosphate group is attached
in the first reaction of glycolysis. (4) b) What is the function of phosphofructokinase-2? (3) c) Name the phases of glycolysis and explain your classification (4).
64
d) Give two examples how glucagon and insulin reciprocally regulate glycolysis/gluconeogenesis. (4)
Oppgave 4 Sitronsyresyklus og oksidativ fosforylering. (15 p) a) Navngi alle koenzymene/kofaktorene som er med i reaksjonene i pyruvat
dehydrogenase komplekset. Hva er funksjonene deres? (5 p) b) Beskriv prinsippet for kjemiosmotisk kobling i mitokondriell oksidativ
fosforylering. (4 p) c) Hva er det energikrevende trinnet i ATP genereringen av ATP syntase? (2 p) d) Hva er den omtrentlige energigevinsten fra fullstendig oksidering av ett molekyl
glukose (glukose==>pyruvat==>sitronsyre syklus==>oksidativ fosforylering)? Hvorfor er dette omtrentlig? (4 p)
English translation a) Name all coenzymes/cofactors involved in the reactions of the pyruvate
dehydrogenase complex. What are their functions? (5) b) Describe the basic principle of chemiosmotic coupling in mitochondrial oxidative
phosphorylation. (4) c) What is the energy-requiring step in the ATP generation by ATP synthase? (2) d) What is the approximate energy gain for the complete oxidation of one molecule
of glucose (glucose ==>pyruvate==>citric acid cycle==>ox. phos.). Why is it approximate? (4)
Oppgave 5 Metabolisme av lipider (29 p) a) Hvorfor er fett et gunstigere stoff for lagring av energi enn polysakkarider?
Hvordan skaper disse egenskapene problemer når energien skal utnyttes? (3 p) b) Beskriv med tekst og illustrasjoner en oversikt over hvilke metabolske prosesser
fett som kommer inn i kroppen fra et måltid kan gjennomgå. Fokuser på prosesser som inkluderer energibruk eller lagring og tegn opp hvilke organer og hvor i cellen reaksjonene skjer. Enkeltreaksjoner og reaksjonsligninger kreves ikke. (20 p)
c) Tegn følgende strukturformler (6 p):
i) Palmitinsyre (en fettsyre) ii) Malonyl-CoA (formel kreves ikke for coenzym A-delen) iii) Acetoacetat
English translation a) Why are lipids more advantageous than polysaccharides as storage fuels? How
do these properties create problems when the energy is to be exploited? (3 p) b) Describe in text and drawing(s) an overview of the metabolic processes that fats
(triglycerides) undergo following uptake into the body from a meal. Focus on processes that involve energy use or storage and indicate in what organs and
65
where in the cell reactions take place. Single reactions and equations are not required. (20 p)
c) Draw the following formulas (6 p):
i. Palmitic acid (a fatty acid) ii. Malonyl-CoA (formula is not required for the coenzyme A part) iii. Acetoacetate
1
Strategisk plan
for
Molekylærbiologisk institutt
August 15th, 2011
2
Sammendrag
MBI har siden etableringen i 1997 bygd opp en solid plattform innen molekylærbiologisk
forskning og forskningsbasert undervisning. Molekylærbiologien er i dag fundamental for studiet
og forståelsen av livsprosesser i vid forstand og vil være en bærebjelke i enhver bredere satsning
innen «Life sciences». Strategiplanen har derfor som utgangspunkt at instituttet skal
videreutvikles til å bli et sterkt internasjonalt forsknings- og undervisningsmiljø i
molekylærbiologi slik at det kan fylle rollen som nav og pådriver i en framtidig ”Life-science”
satsing ved Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet. Dette skal oppnås gjennom en
planmessig styrking av våre nåværende kompetanseområder og oppbygging av
forskningskompetanse på områder vi mener vil være sentrale i den internasjonale utviklingen av
faget. Instituttet har som overordnet mål å videreutvikle et stimulerende og dynamisk
forskningsmiljø med høy internasjonal standard innenfor identifiserte satsingsområder, og
instituttet skal være et attraktivt arbeidsmiljø for ansatte, studenter og gjesteforskere.
Ut fra vurderinger av faglig styrke og internasjonale trender innenfor vårt fagområde har
MBI identifisert følgende tre vitenskapelige satsingsområder:
Biomolekylær struktur-funksjonsrelasjoner
Signalisering og regulering i biologiske systemer
Beregningsorientert biologi (Computational Biology)
Med utgangspunkt i våre hovedmål har vi identifisert 6 delmål for instituttets videre arbeid:
1. Øke instituttets vitenskapelige bidrag kvalitativt og kvantitativt.
2. Styrke dynamikk og fokus i det interne forskningsmiljøet.
3. Være en sentral pådriver og premissleverandør i videreutviklingen av molekylær
biovitenskap ved Det matematisk- naturvitenskapelige fakultet og UiB.
4. Øke de totale rammene for instituttets vitenskaplig aktivitet.
5. Systematisk utvikle instituttets teknologibase.
6. Videreutvikle MBIs gode renommé innen utdanning.
Stimulering til økt forskningssamarbeid internt, alliansebygging over instituttgrensene
lokalt, stimulering av internasjonalt samarbeid og aktiv rådføring med en internasjonal
rådgivningsgruppe (SAC) vil være sentrale virkemidler. Forskerutdanning vil være sentralt i
utviklingen av ”Life-science” feltet i Bergen – som kompetanseleverandør og som kontaktpunkt
mellom de biomolekylære forskningsmiljøene. Vi ser videreutvikling av forskerskolen MCB
som et naturlig og viktig bidrag til en bredere ”Life-science” satsing ved fakultetet.
All undervisning skal være forskningsbasert og instituttet ønsker å videreføre vår
tradisjon i undervisningssamarbeid på tvers av institutt og fakultetsgrensene. Instituttet vil
utdanne kandidater som har tilstrekkelig tyngde til å ha reell gjennomslagskraft både med hensyn
på teori og praksis, og som basert på egen kompetanse er i stand til å holde seg faglig oppdatert,
samt ha nok bredde til at de kan drive kunnskapsbasert aktivitet i samarbeid.
3
A. Innledning
Molekylærbiologisk forskning er en sentral leverandør av innsikt, premisser og metodikk
til biovitenskap, herunder bioteknologi, biomedisin, farmasi, samt kjemiske og biologiske
disipliner. En skarp grenseoppgang mellom molekylærbiologi og de nevnte forskningsdisiplinene
er vanskelig og neppe ønskelig, men et unikt trekk ved molekylærbiologien er skiftet fra
molekylers kjemiske struktur og fysiske egenskaper til at molekyler i tillegg inneholder
konservert og overførbar informasjon med koder for molekylært mangfold og funksjon.
Molekylærbiologi er internasjonalt et svært aktivt satsningsområde innen eksperimentell
molekyl-orientert vitenskapelig aktivitet, og forskningsresultater innen feltet har, og har hatt,
enorme konsekvenser for medisinsk og økonomisk utvikling, samt hvordan vi ser på verden og
oss selv. Fagfeltets styrke viser seg internasjonalt f. eks. i at molekylærbiologiske forskere blir
tildelt Nobelprisen i medisin, fysiologi og kjemi. Den mest berømte av disse er nok oppdagelsen
av DNAs struktur (Watson og Crick). Videre, bestemmelsen av den første detaljerte protein-
strukturen (Max F. Perutz), og forståelsen av virus’ replikasjonsmekanismer (Delbrük, Hershey
og Luria). Alle disse er eksempler på hvor grunnleggende molekylærbiologisk forståelse er i seg
selv og for en rekke viktige fagfelt. Feltets gjennomslagskraft viser seg også i at
molekylærbiologiske artikler er dominerende i de multifaglige tidsskriftene Nature og Science.
Biovitenskap generelt er helt avhengig av bioteknologiske verktøy og kompetanse.
Biokjemi og molekylærbiologi er den basalvitenskapelige kunnskapsplattformen som driver
nyutvikling av slike nye verktøy og kompetanser, og følgelig en helt nødvendig bærebjelke i
enhver satsning innenfor dette svært omfattende feltet. Biokjemisk/molekylærbiologisk
forskningskompetanse er derfor en forutsetning for biovitenskapenes samlede suksess, og enhver
satsning på biovitenskap må støtte seg på et sterkt molekylærbiologisk fagmiljø.
Molekylærbiologi er derfor et av de mest potente og ekspansive fagfelt i den naturvitenskapelige
fagkretsen. Dette skyldes fagets unike og selvstendige plassering i grenseflaten mellom de
grunnleggende disiplinene fysikk, kjemi, matematikk og informatikk og de biologiske og
biomedisinske fagområder. Det samme vil gjelde prioriteringer i EUs rammeprogrammer og
NFRs satsing innen FUGE og det nye BIOTEK2012 initiativet. Videre står bioteknologi sentralt
i Regjeringens Forskningsmeldinger (St. 20, 2005, St.30 2008-2009) hvor det legges vekt på
sterkere satsing på naturvitenskap generelt og grunnforskning knyttet til teknologiutvikling
spesielt. Molekylærbiologisk institutt (MBI) har for tiden forskningsaktivitet innen 3 av de 4
tematisk prioriterte områdene (Energi og miljø, Hav og Helse) og 2 av de 3 prioriterte
teknologiområdene (Bioteknologi og Nye materialer, herunder nanotek). Det nasjonale
programmet for funksjonell genomforskning (FUGE) er et godt eksempel på fagets sentrale rolle.
Det forventes at faget i de kommende 10-20 år vil bidra sterkt både til utvikling av det
grunnleggende syn på de levende organismers prosesser og mekanismer så vel som i utvikling av
ny teknologi (f. eks. knyttet til syntetisk biologi) for både industri, bio-baserte næringer og i
medisin ved bedre sykdomsforståelse og behandling. Det er nå en etablert kjensgjerning at
molekylærbiologi i sitt mangfold av anvendelsesområder spiller – og i økende grad vil ha
innflytelse på – livskvaliteten til enkeltpersoner og utviklingen av samfunn, industri og miljø.
MBI tar mål av seg til å bidra sterkt i utviklingen av faget, både på lokalt, nasjonalt og
internasjonalt nivå. I løpet av de siste årene har instituttet en positiv utvikling som viser seg i en
rekke gode publikasjoner og deltakelse i både nasjonale og internasjonale forskningsprosjekter.
Det er også viktig å merke seg at det har vært en økning i interessen fra utenlandske
studenter/forskere til å studere/arbeide ved instituttet. Instituttets kvalitet gjenspeiles også i at
4
studentene som utdannes her er attraktive på arbeidsmarkedet, både nasjonalt og internasjonalt. I
dette dokumentet vil vi vise at MBI har et stort potensial til å hevde seg sterkt i årene som
kommer, både med hensyn på forskning, teknologiutvikling og utdanning.
B. Strategiske hovedtrekk
B.1 Satsingsområder
I forbindelse med utarbeidelsen av den første strategiske plan for instituttet, ble det i
2004-5 gjennomført en grundig og kritisk vurdering av vårt forskningspotensial sett i lys av
nasjonale og internasjonale trender i faget. Utviklingen siden da har bekreftet våre vurderinger
om at molekylærbiologien fortsatt vil være sterkt preget/avhengig av studier av makromolekylers
struktur og funksjon i kombinasjon med bioinformatisk og systembiologisk forskning. Økt
samhandling mellom basalfagene molekylærbiologi, kjemi, fysikk og matematikk er allerede en
forutsetning for internasjonal frontforskning innen molekylærbiologi og MBI ønsker å legge
forholdene til rette for en videre styrking av slikt samarbeid lokalt og ekstramuralt. Vi har derfor
valgt å videreføre instituttets forskningsstrategi med hovedvekt på studier av biologiske
makromolekylers struktur og funksjon som satsingsområde. Innenfor denne strategiske
målsetting vil instituttet fokusere på tre kompetanseområder:
1. Biomolekylær struktur-funksjonsrelasjoner
2. Signalisering og regulering i biologiske systemer
3. Beregningsorientert biologi (Computational Biology)
Instituttets overordnede mål er å etablere et stimulerende og dynamisk forskningsmiljø
med høy internasjonal standard innen disse tematiske områdene og være et attraktivt
arbeidsmiljø for instituttets ansatte, studenter og gjesteforskere.
1.1. Biomolekylær struktur-funksjonsrelasjoner
Instituttet har en betydelig vitenskaplig produksjon på proteiners struktur og funksjon. Flere
forskningsgrupper ser på proteiners egenskaper, lokalisering i celler og vev, evne til å utføre
arbeid på molekylært nivå, og hvordan dette påvirkes av andre cellulære komponenter som
for eksempel hormoner og andre signalsubstanser. En viktig forskningsfront internasjonalt er
å finne frem til ny strukturell informasjon, samt sette denne informasjonen inn i en
funksjonell sammenheng. Forskere ved instituttet bruker aktivt den nasjonale plattformen for
proteinstruktur bestemmelse, NORSTRUCT, og flere forskningsgrupper er brukere av lokal,
nasjonal og internasjonal NMR kapasitet. Forståelsen av komplekse nettverk av interaksjoner
mellom proteiner og andre biomolekyler er en uhyre viktig front internasjonalt og instituttet
har bidratt i dette feltet og ønsker å øke sin kompetanse på dette området. Biomolekylær
struktur-funksjonsrelasjoner har en sterk kobling til B1.2 og B1.3 – hhv. signalisering og
beregningsbiologi, som beskrevet under.
1.2. Signalisering og regulering i biologiske systemer
Celler – den grunnleggende enheten for alt liv – er komplekse og høyt regulerte entiteter.
Informasjon og signaler mellom og innad i celler formidles av en svært kompleks biokjemi,
5
og forskning innen informasjonsoverføring og signalregulering er grunnlaget for forståelsen
av organismers vekst og utvikling, differensiering av vev, patologi, og samspill med miljøet
(for eksempel påvirking av miljøgifter og (for mennesker) livsstil). Forskningsgrupper ved
instituttet arbeider med flere interessante problemstillinger innen denne rammen, blant annet
innen utviklingsbiologi og epigenetikk.
1.3. Beregningsbiologi (Computational Biology)
Molekylærbiologisk forskning har hatt en rivende utvikling siden begynnelsen av 1960-tallet.
Utviklingen har i stor grad vært drevet frem av teknologiske nyvinninger, og
molekylærbiologiens svært sofistikerte verktøykasse inkluderer teknikker som gjør at man i
dag kan studere biologiske fenomener fra atomnivå til celle- , vevs- og organismenivå.
Bioinformatikken, som har vokst i takt med molekylærbiologien siden slutten av 1970-tallet,
har i dag en sterk status som egen forskningsdisiplin og er i dag helt nødvendig for å kunne
håndtere kompleksiteten i de store datamengdene som genereres. I tillegg utgjør
beregningsbiologien en integrert del av den eksperimentelle molekylærbiologiske
forskningen. I dette skjæringspunktet vil beregningsbiologi, i tillegg til sin egenverdi som
forskningsdisiplin, spille en avgjørende rolle for framdrift av internasjonalt konkurransdyktig
eksperimentelle molekylærbiologisk forkning. Instituttet er avhengig av en intramural
styrking av dette feltet for å oppnå sine overordnede mål innenfor den eksperimentelle
molekylærbiologien.
De tre kompetanseområdene som instituttet har identifisert, er selvstendige i den forstand
at kompetanse, utstyr, personell og prosjekter er tilgjengelig i hver av kategoriene. Sammen
dekker de også det meste av eksisterende aktivitet ved MBI. Videre gir de hverandre støtte ved at
en del prosjekter kan starte i en kategori og utvikles inn i en av de to andre pilarene, eller
eventuelt begge. En slik fletting av aktivitet er ønskelig, siden det kan bidra til å styrke
tverrfaglighet og publikasjonstyngde.
B.2 Delmål og virkemidler
Flere forskere ved MBI har en betydelig nasjonal og internasjonal posisjon, dersom de
vurderes etter evne til å hente inn eksterne midler, produsere tyngre publikasjoner og knytte til
seg gode samarbeidspartnere. MBI har dog en forskergruppestruktur som er langt fra ideell (se
H. Gruppestruktur og kort resyme av nåværende situasjon), og denne situasjonen er en
betydelig hindrende faktor for videre utvikling av instituttet. Dette er ikke en unik situasjon for
MBI, men er en problematikk som er aktuell for store deler av den norske eksperimentelle
forskning, og MBI ønsker her å ta ansvar for å bedre sin egen situasjon. Basert på MBIs
vurdering av den gjeldende situasjonen foreslås det seks delmål med tilhørende mulige tiltak.
Noen av disse delmålene kan etterprøves, som for eksempel vitenskapelig produksjon og evne til
å drive inn ekstern finansiering (delmål 1 og 4). De øvrige målene har som hendsikt å gi videre
fokus for kontinuerlig arbeid opp mot det overordnede målet formulert under B.1.
1. Øke instituttets vitenskapelige bidrag kvalitativt og kvantitativt. Det er nødvendig å
videreutvikle/etablere vitenskaplige grupper som har tilstrekkelige kritisk masse og riktig
struktur til å kunne publisere på et høyt nivå. Mulige virkemidler:
6
a. Nyansettelser og omallokering av stabsressurser bør der, og når, dette er mulig, styrke
gruppene på postdoc/forsker-nivå, slik at disse nærmer seg produktive internasjonale
gruppestrukturer.
b. Tilby insentiver som støtter grupper som gjør fremragende innsats innad på instituttet,
slik at disse gruppene blir i stand til å styrke sin aktivitet ytterligee. Dette kan for
eksempel gjøres ved tildeling av interne midler, PhD-stillinger eller ekstra teknisk
hjelp.
c. Bruke en uavhengig vitenskapelig rådgivende komité (Scientific Advisory
Committee, SAC, se også E2 nedenfor). SAC skal gi råd i strategiske valg og i
utvikling av de tre satsingsområdene. SAC vil også bli bedt om å evaluere instituttets
produksjon og progresjon.
d. Prioritere ressurser til de faglige satsningsområdene skissert over.
2. Styrke dynamikk og fokus i det interne forskningsmiljøet. Det er viktig at fagpersonene
ved MBI realiserer sitt fulle potensial ved at det er et kontinuerlig og gjennomtrengende
fokus på vitenskap, teknisk ekspertise og fri flyt av ideer i et åpent og stimulerende miljø.
Dette punktet er avhengig av en balanse mellom faglig prioritering og faglig frihet (se også
E2). Mulige virkemidler:
a. Etablere et multidisiplinært fagmiljø av høy kvalitet. Det er ønskelig å ha et
tilstrekkelig overlapp mellom de vitenskaplige aktørene i et slikt miljø slik at de kan
gi hverandre gjensidig og komplimenterende støtte. Slike miljøer evner å reagere på,
og tilpasse seg, ny teknologi og metodikk langt hurtigere og i større grad enn det mer
fragmenterte miljøer kan.
b. Konsolidere forskningsmiljøets lokale, nasjonale og internasjonale rolle ved å støtte
samarbeidsprosjekter på disse nivåene innen instituttets tre kompetanseområder.
c. Sikre kontinuitet og gjennomslagskraft innen instituttets kjerneteknologi og metodikk
ved bruk av senioringeniørstillinger med høyt faglig kompetansenivå.
d. Tilby sosiale arrangementer for å fostre et positivt og åpent miljø for alle ansatte.
e. Tilby trening (vitenskaplig og teknisk) til den tekniske staben.
3. Identifisere og implementere den optimale strukturelle settingen for molekylær
biovitenskap og utdanning på fakultets- og universitetsnivå ved UiB. Gitt
molekylærbiologiens sentrale rolle innen biovitenskap, er det en selvfølge at MBI skal være
en bærebjelke i en slik struktur og – i samarbeid med universitetet forøvrig – en pådriver i
prosessen for å finne frem til denne strukturen. Mulige virkemidler:
a. Initiere og delta i møter mellom institutter og fakulteter som diskuterer og utformer
fremtidige strukturelle endringer som involverer molekylære ”life-sciences”.
b. Utvikle og videreutvikle strategiske allianser med andre fagmiljø, både lokalt,
nasjonalt og internasjonalt. MBI har god erfaring med å være en premiss- og
problemstillingsleverandør til institutter innenfor molekylære disipliner og ‘life-
sciences’, og vil fortsette å vende seg utover på alle nivå.
c. Fortsette å aktivt revidere, styrke og optimalisere kurs- og studietilbudet for å gi
trening i nødvendig molekylærbiologisk og biokjemisk kompetanse.
7
4. Øke de totale rammene for vitenskaplig aktivitet. MBI ønsker å utvide den eksisterende
vitenskapelige staben og å knytte til seg nye og yngre forskere, fortrinnsvis i en tenure-track-
lignende modus, herunder aktivt benytte ordninger som for eksempel BFS. Instituttet er klar
over at dette i stor grad krever at andelen av ekstern finansiering blir økt betydelig. Denne
økningen kan også komme fra deltagelse i etablering og oppfølging av SFF og SFI-type
instanser. I det sistnevnte tilfellet har MBI en nylig suksess i samarbeid med Biologisk
institutt med etableringen av et større forsknings-og-innovasjonsprogram innen
lakselusbiologi. Det er grunn til å tro at lignende brede samarbeid vil kunne øke de totale
rammene til instituttet. Mulige virkemidler:
a. Produksjon av vitenskaplige publikasjoner av høy kvalitet vil bidra til å tiltrekke
eksterne midler til instituttet. All aktivitet som støtter opp om dette, må derfor styrkes.
b. Oppmuntre til å søke i større grupper av interne, lokale, nasjonale og internasjonale
aktører, for på den måten få gjennomslagskraft og tyngde i de svært kompetitive
søknadsrundene. Dette tiltaket sammenfaller med ønsket om å ha et åpent og
samarbeidende institutt.
c. Veilede de yngste rekruttene i søknadsarbeid, både lokalt ved instituttet og ved bruk
av fakultet og Universitetets forskningsavdeling.
d. Premiere aktiv søking om forskningsmidler.
5. Systematisk utvikle instituttets teknologibase. Dette skal skje gjennom oppgradering av
den eksisterende instrumentpark og ved investering i nye teknologier. Instituttet ønsker også
å samarbeide med andre fagmiljøer om å skaffe og drifte tyngre instrumentering som har
bred og grunnleggende interesse. Store fremskritt innen molekylærbiologi skjer ofte når
interessante problemstillinger utforskes med ny teknologi. Stor oppfinnsomhet i utvikling av
nye instrumenter og målemetoder og bruk av modellsystemer/organismer er et karakteristisk
særtrekk ved faget. Det er derfor essensielt for instituttet at det foregår en kontinuerlig
oppgradering av instrument- og utstyrsparken.
a. Instituttet vil være en aktiv partner i å søke midler til store infrastrukturprosjekter (for
eksempel tungregning og NMR) i samarbeid lokalt og nasjonalt. På denne måten vil
MBI være med å sikre tilgangen på tung instrumentering noe som er uhyre viktig for
å kunne publisere på et høyt nivå.
b. Instituttet skal videreutvikle vår ”Protein produksjons ”core facility”” til å bli en
felles universitetetsresurs. I denne plattformen skal det inngå instrumenter som f. eks.
BiaCore, cirkulær dikroisme, mikrokalometri, og andre relaterte teknologier.(Se også
avsnitt G1-3).
c. Instituttet skal gjennom interne prioriteringer mhp. teknologi og utstyrskjøp slik at
dette reflekterer det vitenskaplige fokuset og etableres/videreutvikles som
fellesressurser.
d. Instituttet vil, i tråd med hovedsatsingsområdene i strategiplanen, samarbeide og
inngå gjensidige avtaler om spesialiseringer mellom lokale institutter, slik at ressurser
frigis på hvert sted. Denne spesialiseringen kan styrkes gjennom allokering av
dedikert personell.
8
6. Videreutvikle MBIs gode renomé innen utdanning. Instituttet ønsker å levere kurs og
akademiske grader på toppnivå. Kandidatene må ha tilstrekkelig kunnskaper til å ha reell
gjennomslagskraft i en jobb- eller forskingssituasjon etter endt udanning. MBI ønsker å
produsere kandidater med sterk metodologisk kompetanse, sammen med nok innsikt i andre
teknikker og teoretisk kunnskap til å kunne bidra i multidisiplinære samarbeid. Kandidatene
skal også ha fått trening i problemløsning som vitenskapelig redskap. Med andre ord, en
kandidat skal ha tung nok praktisk og teoretisk kompetanse til å ha reell gjennomslagskraft i
kunnskapsdreven aktivitet. MBI ønsker å tiltrekke seg kandidater på master og PhD-nivå
med andre bakgrunner enn molekylærbiologi, og å fortsette å rekruttere internasjonalt.
a. Utdanningen på bachelor-nivå må tilby studenter undervisning av høy kvalitet og god
kvantitativ bakgrunn. Den må gjøre det mulig for den enkelte student på et senere
tidspunkt å forstå ny teknologi og metodikk.
b. PhD-utdanningen som er organisert gjennom forskerskolen, Molecular and
Computational Biology (MCB) vil brukes til å eksponere studenter for forskjellige
disipliner de ikke har tilgang til på bachelor- og MSc-nivå. Den nasjonale Biostruct
PhD-utdanningen vil også bli tatt i bruk med dette for øyet.
c. Det er et mål at MBI skal kunne tilby gode praktiske kurs, også på høyere nivå.
Industrien har behov for molekylærbiologisk kompetanseutvikling, blant annet innen
proteinopprensing.
I samarbeid med fakultet ønsker MBI å utarbeide et forslag til en optimal struktur og størrelse
for MBI og molekylærbiologisk aktivitet ved UiB i det hele. Denne løsningen må tillate å svare
på alle «plikter» fagfeltet har. I tillegg bør den inneholde forutsetninger for å nå de ambisiøse
målene definert ovenfor.
C. Forskningsaktivitet
C1. Generell beskrivelse.
Det blir her ikke gitt en detaljert oversikt over all forskning ved instituttet, men de
forskningsaktivitetene som er mest relevante for satsingsområder MBI er engasjert i og ønsker å
videreføre, skisseres. Alle forskere ved instituttet arbeider med utgangspunkt i problemstillinger
relatert til biomolekylers struktur og molekylære egenskaper kombinert med biologisk funksjon
og cellulær regulering. Aktiviteten innen forskning med fokus på proteiners struktur og funksjon
er høy ved instituttet, men også andre biopolymerer som DNA/RNA, samt mindre metabolitter
og signalsubstanser har en viktig plass i instituttets samlede forskningsaktivitet.
Modellsystemene er eukaryote (dyr og/eller cellekulturer, gjær), prokaryote og virus, samt
utstrakt bruk av tungregning for å modellere proteiner. De tre kompetanseområder i instituttets
satsning presentert tidlig i dokumentet blir utdypet under.
MBI har siden instituttet ble dannet i 1997 hatt en økende forskningsaktivitet innen
bioinformatikk, både i grupper ved instituttet, og i nært samarbeid med Computational Biology
Unit (CBU) og Institutt for Informatikk. Instituttet har gitt et innføringskurs i bioinformatikk
siden 1999, og tilbyr i dag to bioinformatikkkurs. Dagens bioinformatikkaktivitet strekker seg fra
proteinstrukturmodellering og dynamiske studier av proteinfunksjon, via sekvensanalyser og
genuttrykk, til dynamisk matematisk modellering av metabolske prosesser. Bioinformatikk
aktiviteten og kompetanser ellers på UiB (organisert av CBU og Institutt for Informatikk)
9
omfatter et bredt spektrum av metoder og biologiske spørsmål. Dette ser MBI som en fordel for å
kunne hente kompetanse og videreutvikle samarbeid, samt til utdanning og rekruttering av
studenter. MBI har nylig rekruttert til flere forskningsgrupper med hovedkompetanse i
strukturmodellering, og har flere prosjekter med CBU som partner. MBI ser det som strategisk
både naturlig og viktig å styrke bioinformatikkaktiviteten ytterligere. Dette vil gjøre MBI bedre
rustet til å kunne stille og adressere viktige og relevante biologiske spørsmål.
De tre kompetanseområdene som instituttet har identifisert, er selvstendige i den forstand
at kompetanse, utstyr, personell og prosjekter er tilgjengelig i hver av kategoriene. Sammen
dekker de også det meste av eksisterende aktivitet ved MBI. Videre gir de hverandre støtte ved at
en del prosjekter kan starte i en kategori og utvikles inn i en av de to andre pilarene, eller
eventuelt begge. En slik fletting av aktivitet er ønskelig, siden det kan bidra til å styrke
tverrfaglighet og publikasjonstyngde.
C2. Instituttets vitenskapelige produksjon.
Sett i forhold til de totale ressurser MBI har hatt til disposisjon siden instituttet ble
opprettet, er den vitenskaplige publikasjonsaktivitet og kvaliteten av denne blant det beste på
fakultetet. Sammenlignet med de ledende molekylærbiologiske forskningsmiljøer internasjonalt,
har MBI fortsatt ikke en stabil vitenskapelig produksjon på høyt nivå. Sammenlignet med andre
norske institutter med fokus på eksperimentell molekylær forskning, publiserer dog MBI både
kvalitativt og kvantitativt på et godt nivå.
Instituttets medarbeidere har over den siste femårsperioden publisert et betydelig antall
vitenskapelige arbeider i internasjonale og nasjonale fagtidsskrifter. De fleste prosjekter har
problemstillinger som faller sammen med den rådende internasjonale forskningsfront, men bare
unntaksvis har dette ført til publikasjoner i journaler med meget høy «impact» faktor. Instituttet
har også en betydelig skjevfordeling i publikasjonsaktiviteten, hvor noen medarbeidere har
middels til god produktivitet mens andre publiserer mer sporadisk og dermed synes å ha
betydelige problemer med å få publisert sine forskningsresultater. En historisk gjennomgang av
hvilke journaler som er benyttet til publisering viser at publikasjonene fra instituttet ofte har
skjedd i journaler med lav «impact» faktor. Her har det skjedd en betydelig bedring de senere år;
i 2010 var andel Nivå II publikasjoner fra instituttet ca 50%. Noe som er svært høyt. Instituttet
har hatt fokus på tiltak for å øke forskningskvaliteten og dermed høyere publikasjonsnivå uten at
publisering i journaler med lav «impact» faktor er ensbetydende med lav vitenskapelig kvalitet,
men MBI ønsker at ambisjonen for publisering skal være rettet mot nivå II og publisering i de
aller beste internasjonale fagjournaler.
Ambisjonen om både økt vitenskapelig produksjon, og økt antall av ”high-impact” og
nivå II publikasjoner er krevende. Høykvalitetspublikasjoner er ressurskrevende, og satsing på
tunge publikasjoner vil til en viss grad gå på bekostning av høy produksjon. Vi mener likevel at
det gjennom forbedring av rammebetingelser, større fokus på samarbeid, samt en mer effektiv
organisering av forskningsgruppene skal være mulig å øke produksjonen og samtidig
opprettholde en høy kvalitet på enkeltpublikasjonene.
Økt forskningskvalitet kan ikke oppnås med de resurser som tildeles over
universitetsbudsjettet, MBI må derfor øke graden av ekstern finansiering. Dette fordrer en bevisst
og målrettet innsats – først og fremst fra instituttet selv. Samtidig er det et sentralt poeng at
instituttets rolle som basismiljø i molekylær biovitenskap kan videreutvikles, og at framtidige
satsinger innen ”Life-science” området utformes slik at de ivaretar instituttets evne til å levere
10
kompetanse, utdanning, teknologi og ekspertise innen feltet. Kommunikasjonen og samarbeidet
med fakultetet og de tilgrensende fagmiljøene vil derfor være avgjørende for instituttets mulighet
til å oppfylle sine mål, og vil derfor vektlegges tungt fra instituttets side.
En liste over utvalgte publikasjoner fra instituttet er gitt i Appendiks 1. Her gis det
eksempler på arbeider innenfor de tre kompetanseområdene beskrevet over.
C3. Bioteknologisk relevans av forskningen ved MBI
Flere av prosjektene ved instituttet har en klar relevans for bioteknologisk anvendelse.
F.eks. Methylococcus capsulatus bakteriegenomprosjektet dreier seg om en bakterie som kan
leve på metan. Dette prosjektet har således vært inspirert og til dels støttet av norsk gassindustri
(Statoil, Norferm A/S). Dette prosjektet spilte en sentral rolle i kompetanseoppbyggingen i
bioinformatikk. Andre eksempler er utvikling av biomarkører for overvåking av miljøforurensing
(Biosense A/S) og bruk av en spesifikk proteinase i hudkrem (ABT). Denne næringsaktiviteten
er knyttet til patenter utviklet ved instituttet; det finnes i tillegg flere MBI-baserte patenter som i
fremtiden kan bli realisert kommersielt. I tillegg er flere prosjekter relevante for utvikling av nye
metoder for diagnose og prognose av sykdom. Det er åpenbart flere muligheter for å utvikle flere
av prosjektene ved instituttet i retning av bioteknologisk anvendelse, for eksempel ekspresjon,
rensing og salg av biopolymerer. Instituttet vil i framtida utnytte bedre de tilgjengelige
muligheter for vurdering av kommersialisering av sin forskning og øvrig aktivitet. Næringslivet
har i denne sammenheng etterlyst muligheter for kursing av deres personell innen
proteinopprensing og annen bioteknologiske prosedyrer.
D. Faglig styrke, svakheter, trusler og muligheter.
Molekylærbiologi/biokjemi er i en unik strategisk posisjon. Faget er internasjonalt regnet
som et naturvitenskapelig basalfag med egendreven teknologiutvikling og egen vitenskapelig
spisskompetanse innenfor kjemi, fysikk, matematikk, (bio)informatikk og medisin. Moderne
forskningsfelt som nanoteknologi er i vesentlig grad basert på molekylærbiologisk forskning. Et
nytt industrielt kompetanseområde, syntetisk biologi, er i kraftig utvikling og er i sin helhet
basert på molekylærbiologisk kompetanse. Faget har i radikal grad påvirket de
naturvitenskapelige områdene botanikk, mikrobiologi og zoologi. Også innenfor
historieforskning og arkeologi er molekylærbiologiske teknikker i anvendelse. Innefor medisin,
farmakologi og ”forensic” medisin er etterhvert molekylærbiologiske teknikker nærmest blitt
allemannseie (DNA testing, DNA register og annet). Med bakgrunn i dette, er det en formidabel
utfordring for instituttet å møte de mange ønsker om samarbeid med andre fagområder, samtidig
som molekylærbiologisk/biokjemisk forskning må styrkes som selvstendig
grunnforskningsdisiplin. Det siste er en grunnleggende forutsetning for at samarbeidende
fagområder skal ha tilgang til et fagmiljø med ”state-of-the-art” teknologisk kunnskap.
D1. Ujevn kvalitet av instituttets vitenskapelige publikasjoner.
Det vitenskapelige nivået av forskningen ved instituttet kan til en viss grad vurderes ut fra
journalenes ”impact” faktor. Med forbehold om at det ofte er ønskelig å publisere i lav-”impact”
faktor journaler for å nå et ønsket publikum, så går det frem av publikasjonsstatistikken at
instituttets medarbeidere publiserer i meget sentrale molekylærbiologiske/biokjemiske
11
tidsskrifter. Det er et meget positivt trekk at våre forskere sett over en lengre tidsperiode har
publisert i flere av prestisjejournalene (PNAS, Blood, Nature, Science, EMBO Journal,
Molecular and Cellular Biology, Journal of Biological Chemistry, Cancer Research og Cell). En
betydelig del av publikasjonene er i journaler med ”impact” faktor over 4. Vi ser også at det
publiseres en del i mindre prestisjefylte journaler. Det foreligger utvilsomt et urealisert potensial
ved vårt institutt til å bidra helt i forskningsfronten. Denne strategiplanen har kommet med
forslag til delmål og virkemidler som kan realisere dette potensialet, i tråd med ambisjonen om å
etablere et forskningsinstitutt av høy internasjonal standard.
D2. Instituttet har en sterk basis i studier av protein funksjon.
Instituttet har betydelig faglig styrke innenfor områdene enzymologi, gen/protein-
ekspresjon, genomforskning, embryologi, utviklingsbiologi, pubertet relatert til fisk,
translasjonell kreftforskning, mikrobiell massespektroskopibasert proteomikk og bioinformatikk.
Spesielt går det klart fram av publikasjonsmaterialet at instituttet har en betydelig styrke innen
utforsking av proteiners funksjon. I tillegg til studier på genomnivå og funksjonelle arbeider, er
kompetansen meget høy innen ekspresjon og rensing av proteiner. Denne type ekspertise er en
mangelvare både i nasjonal og internasjonal forskning og er en forutsetning for studier som blant
annet omfatter bruk av NMR og røntgenkrystallografi. Instituttets bioinformatiske ekspertise
passer nøye sammen med dette. Det er derfor klart at instituttets hovedstyrke ligger i
basalvitenskaplige problemstillinger knyttet til genomstudier, gen/protein-ekspresjon og
protein/enzymstudier i kombinasjon med bioinformatikk.
D3. Instituttets forskningsgrupper har ujevn størrelse og styrke.
Siden molekylærbiologi er et eksperimentelt fag som typisk krever bred innsats med
forskjellig kompetanse og teknologi, er det viktig at forskningsgruppene har en størrelse og
struktur som er i samsvar med de oppgaver som skal løses. Per i dag har instituttets
forskningsgrupper ikke en slik struktur og styrke. Det er mange mindre forskningsprosjekter
sprunget ut av de enkelte forskningsgruppene, mens et færre antall prosjekter er knyttet til større
samarbeidsprosjekter og nettverk. Sett med vitenskapelig produktivitet som måleenhet, er
instituttet klart to-delt. Noen grupper har sterk og kontinuerlig aktivitet med god vitenskapelig
produksjon, mens andre har til dels liten vitenskapelig produksjon. Dette kan ha forskjellige
årsakssammenhenger, men er likevel en klar svakhet. Det er sterkt ønskelig at samtlige
vitenskapelig ansatte i hovedstilling er vitenskapelig aktive innenfor instituttets
forskningsstrategiske områder. Manglende aktivitet kan medføre negative miljømessige
ringvirkninger som over tid vil være uheldig. De jevnt produserende gruppene er også de som
gjennomgående har mest eksterne forskningsmidler.
D4. Instituttets utstyrspark trenger kontinuerlig oppgradering.
Et betydelig problem ved instituttet er at utstyrsparken er gammel og har alvorlige
mangler. I tillegg er det et faktum at utstyr innen fagområdet utdateres svært raskt (3-5 års
funksjonstid). Det er derfor påkrevet at en fornying av basisutstyr skjer raskt/kontinuerlig og at et
program for innkjøp av moderne instrumentering blir etablert. For å opprettholde og styrke et
høyt vitenskapelig nivå ved instituttet kreves det dynamisk samarbeid lokalt, nasjonalt og
internasjonalt. Slikt samarbeid skapes med basis i egen styrke. Instituttet har fagekspertise som
er etterspurt, men forskningsresursene er begrenset og resurstilgangen er relativt svak og ulikt
fordelt. Det foreligger derfor en reell fare for svekkelse av faglig konkurranseevne dersom
langsiktig lokal (UiB) resurssatsing uteblir. Strukturelle omorganiseringer vil ikke endre denne
situasjonen, men kan åpne for svekkelse av fagmiljøet.
12
E. Utfyllende betraktninger om mål og tiltak
Hovedutfordringen ligger i å styrke forskningen ved instituttet generelt og å utvikle noen
få forskningsgrupper til et høyt internasjonalt konkurransenivå, helst internasjonalt ledende,
innenfor avgrensede molekylærbiologiske forskningsfelt. Ved gjennomgåelse av instituttets
forskningsportefølje er det identifisert flere prosjekter som har potensiale til å frembringe
forskningsresultater på høyt internasjonalt nivå. Instituttet ønsker derfor å legge forholdene til
rette for at slike prosjekter skal få utvikle seg. I dette arbeidet inngår også endringer i
metodearsenalet og i rekrutteringspolitikken slik at instituttet kan knytte til seg gode yngre
forskere med internasjonal forskningserfaring. Våre medarbeidere har høy faglig kompetanse og
tradisjon innenfor disse fagfeltene, samtidig som de representerer forskningsfelt med stort
potensial og er internasjonalt meget sentrale. Ved fortsatt fokusering på instituttets sterke sider,
ønsker vi å bygge videre på en profil av metodisk kapabilitet og vitenskapelig kompetanse som
kan fungere som et ”varemerke”. Momenter som kan inngå i et slikt varemerke er:
E1.1 Fokus på molekylærbiologisk forskning av høy kvalitet: Molekylærbiologisk
institutt har som sitt primære mål å styrke grunnleggende molekylærbiologisk forskning og
videreføre en dynamisk forskningsbasert undervisning, som så kan komme sektorinteresser som
for eksempel medisin og marinbiologi til gode i form av vitenskapelig samarbeid eller hjelp til
teknologietablering. Molekylærbiologi er grunnlaget for en rekke etablerte felt som genomikk og
proteomikk og bioinformatikk og vil være helt sentral i etableringen og videreutvikling nye
disipliner som systembiologi, nanoteknologi og «interactomics», hvor sistnevnte dreier seg om
hvilke molekyler som vekselvirker med hverandre.
E1.2 Katalysator for tverrfaglige samarbeid: Molekylærbiologi ligger i grenseflaten
mellom matematikk, informatikk, kjemi og fysikk, med svært varierte problemstillinger innenfor
fagområdene mikrobiologi, generell biologi (zoologi, botanikk), farmakologi og medisin. Dette
plasserer molekylærbiologi/biokjemi i en særstilling ettersom kontaktflaten og dermed
samarbeidsmulighetene med andre forskningsfelt er nærmest ubegrenset. Det er nettopp denne
unike plassering av faget som gir instituttet og fagfeltet store muligheter i tiden som kommer.
For eksempler på etablerte samarbeid, videreutvikling av disse, samt muligheter for nye, se E3,
E4, E7 og F2 nedenfor.
E1.3 Udanning av solid ekspertise innen molekylærbiologi: MBI utdanner en rekke
gode kandidater på bachelor-, master- og PhD-nivå som fyller behov for molekylærbiologisk
ekspertise i et bredt spekter av aktiviteter innen akademisk forskning, statlig
laboratorievirksomhet og administrasjon (f. eks. NFR), randsone, og innen næringslivet. MBI tar
denne oppgaven alvorlig, spesielt med tanke på å utvikle praktiske laboratorieferdigheter og
metodologisk innsikt hos sine studenter.
E1.4 Heving av eksperimentelle spesialiseringer på instituttnivå: MBI har flere
fellesressurser driftet av personell med god kompetanse som innad fungerer som små
serviceenheter for vitenskapelig aktivitet. For å synliggjøre MBI og gjøre det attraktivt å
samarbeide med instituttet, kan noen av disse initiativene heves til å også kunne betjene eksterne
samarbeidspartnere fra akademia lokalt, nasjonalt og internasjonalt, samt kommersielle
interessenter. For eksempler, se avsnitt G. En slik tilnærming vil også sikre kritisk masse i
kompetanseutvilking.
E2. Vitenskapelig rådgivningskomité
13
Behovet for faglig prioritering er et av hovedansvarsområdene for instituttlederne i
henhold til universitetets ledelsesstruktur. Dette er kanskje instituttledernes største utfordring,
som må balanseres opp mot å gi den enkelte faglige ansatte frihet til å realisere seg selv
vitenskaplig. Selv de mest forskningsrenomerte instituttledere vil ha problemer med å vinne
aksept for faglig-strategiske valg som ikke ligger direkte innenfor egen spisskompetanse. Faglige
valg av denne natur krever stor legitimitet, og dette kan bare etableres med basis av råd fra
uegennyttig fagekspertise. MBI har tidligere brukt en uavhengig vitenskapelig
rådgivingskomité til å gi råd og vurderinger før omfattende prioriteringer blir gjort. Komiteen
har bestått av eksperter fra ledende molekylærbiologiske institusjoner. En slik komité vil ha 1-2
møter pr år med instituttenes forskere, gi råd om vitenskapelige strategier og ved utlysning av
nye/ledige stillinger. MBI ønsker fakultetets/UiBs forsatte støtte til en slik ordning.
E3. Organisering i grupper og nettverk
Det vil være et av instituttets hovedmål i tiden framover at mesteparten av
forskningsaktiviteten er organisert i grupper og nettverk, enten internt på instituttet og/eller ved
tilknytning til prosjekter i det lokale nærmiljø så vel som nasjonalt og internasjonalt. Instituttet
skal innenfor dette legge forholdene til rette slik at en oppnår sterkere synergieffekter og bedre
resursutnyttelse. Dette arbeidet er svært viktig for at forskningen har tilstrekkelig tyngde
internasjonalt, og at forskergruppen kan nærme seg en kritisk masse mhp ressurser og
kompetanse. Hovedområdet er valgt ut fra eksisterende kompetanse og en vurdering av den
utvikling molekylærbiologisk/biokjemisk forskning vil ha de nærmeste 10-15 årene. Ved en slik
fokusering vil instituttet videreutvikle sin vitenskapelige profil og forskningsgruppene kan
dannes på grunnlag av faglige interesser og muligheter for samarbeid. Instituttet har i forrige
strategiperiode (2005-2010) bevilget midler til etablering av nye intrainstituttsamarbeider og
felles metodeplattformer. Slike tiltak vil fremdeles være en viktig del av det kontinuerlige
omstillingsarbeidet ved instituttet.
E4. Styrking av lokalt forskningssamarbeid og nettverk
I tråd med målet om å utvikle sterke allianser, ønsker vi å videreutvikle samarbeidet
lokalt med Institutt for fysikk og teknologi, Kjemisk institutt, SARS Senteret, Institutt for
biologi, samt CBU og Institutt for Informatikk. Samarbeid med SARS Senteret, Institutt for
biologi og Havforskningsinstituttet er også etablert med hensyn til undervisning av
mastergradsstudenter, doktorkandidater og felles forskningsprosjekter. Vi har tatt initiativ
overfor Kjemisk institutt og Institutt for fysikk og teknologi for å etablere forsknings- og
undervisningssamarbeid, for eksempel i utviklingen av MOL219 – et kurs som tar for seg tung
og sentral metodikk innen biofysikk. Et annet eksempel på tverrfaglig kompetansesamarbeid er
et samarbeid mellom forskere på MBI og Senter for GeoBiologi. Dette samarbeidet er basert på
avansert bruk av massespektroskopi, og har resultert i tunge publikasjoner
Forskningssamarbeid med avdelinger ved Det Medisinske-Odontologisk fakultet (MOF)
og Haukeland Universitetssykehus er personbasert, men vi ønsker å bidra i etableringen av
forpliktende samarbeidsformer i tråd med Universitetets forskningsstrategiske initiativ. Både
eksisterende forskning ved MBI og den forskning som vil utvikle seg innenfor instituttets tre
strategiske kompetanseområder er direkte relevant for ulike aspekter av translasjonell medisinsk
forskning. Det er derfor naturlig for instituttet å bidra til å videreutvikle slike samarbeid.. MBI
ønsker derfor å styrke undervisningssamarbeidet med MOF.
14
E5. Utvikling av ny molekylærbiologisk teknologi
Det er, internasjonalt sett, en betydelig kreativitet innen utvikling av ny teknologi og
instrumentering for faget. Det forventes at nyvinninger i biokjemi/molekylærbiologi skjer når de
beste molekylærbiologiske problemstillinger knyttes til, og utforskes, med moderne teknologi.
Instituttet vil derfor være spesielt årvåkent for å følge med i utviklingen ved å anskaffe og gjøre
bruk av nye teknologier og målemetoder. Dette forutsetter at instituttet får tilgang til midler til
fornying og modernisering av instrumentparken i årene som kommer. Dette gjelde både nye
teknologier som tillater målinger av parametre en masse i det som er blitt kjent som funksjonell
genomikk og proteomikk, så vel som ved isolering og produksjon av enkeltproteiner for
detaljerte funksjonelle og strukturelle studier. Innen proteomikk er spesielt massespektroskopi
viktig instrumentering, og instituttet sitter på betydelig ekspertise innen dette teknologifeltet.
Samarbeid for å få tilgang til den beste instrumenteringen er en kontinuerlig nødvendighet; slike
samarbeid har tilgjengjeld gitt opphav til flere tunge publikasjoner (i MCP, PNAS, Proteomics).
Tilgang til fasiliteter for strukturbestemmelse av de proteiner som studeres ved instituttet
er av sentral betydning. Pr. i dag utføres slike studier (enten ved krystallografi eller NMR) i
samarbeid med kompetente partnere både i Norge (NORSTRUCT) og i utlandet. Den økte
aktiviteten innen dette feltet har krevd styrking av lokal tilgang på teknologi etablert ved
instituttet og i samarbeid med tilstøtende fagmiljøer ved UiB. MBI har derfor deltatt i arbeidet
med å få tung vitenskaplig infrastruktur til Bergen, i samarbeid med Kjemisk institutt og Institutt
for Biomedisin (Ultra-Høyfelts NMR) og med CBU (Tungregning). Begge initiativene vil
integreres på EU-nivå. Det er nylig avgjort at en tyngre investering innen ultra-høyfelt NMR vil
bli plassert i Bergen, dersom bevilget. Arbeidet med å gjøre Bergen attraktiv som
lokaliseringssted har vært gjort i et nært samarbeid mellom MBI, Kjemisk institutt og Institutt for
biomedisin. MBI vil delta aktivt i lignende relevante samarbeid i tiden som kommer.
E6. Rekruttering, kjønnsbalanse og tilsettingsstrategi
Årsaken til at forskningsgruppene er for små ligger i en sterk ubalanse i Instituttets
stillingsstruktur. Sammenlignet med suksessrike molekylærbiologiske forskningsinstitutter har
våre grupper for få forskere/post-doctorer og lite teknisk personale. Vi vil derfor benytte
nyrekruttering til å bygge en bedre stillingsstruktur. I denne sammenheng ønsker instituttet å
være aktiv i bruken av eksterne midler til å bygge opp kandidater, og har per dags dato to
autonome eksternt finansierte forskere.
Ut fra en samlet vurdering av faglige utfordringer, både med hensyn til forskning og
undervisning, vil det være et naturlig behov for utvidelse av både den vitenskapelige (fast og
midlertidig) og tekniske stab. Den vitenskapelige stab bør over noen år utvides til 20-25 og den
tekniske staben bør styrkes tilsvarende, både i antall og i faglig kompetanse for å møte de krav en
stadig teknologisk utvikling stiller. For å implementere instituttets strategiske plan er det
nødvendig å finne midler for å støtte dannelsen av nye sterke forskningsgrupper. I dette arbeidet
ser vi for oss en utvidelse av rammen i størrelsesorden 1,5 millioner årlig i en 5-6 års periode.
Instituttet vil også bruke ledige rekrutteringsstillinger aktivt i dette arbeidet. Selv om dette vil
være en betydelig investering for Universitetet, er dette nødvendig for å realisere hovedmålet i
den strategien som her er skissert.
MBI har lenge, og i tråd med UiBs ønske om å være et internasjonalt universitet,
rekruttert studenter, doktorgradskandidater, post-doctorer og forskere fra hele verden. MBI vil
15
opprettholde bevisstheten rundt internasjonalisering og god kjønnsbalanse i den kommende
strategiske perioden.
E7. Forskningen organisert i forskergrupper
Instituttet har en klar intensjon om at universitetsansatt vitenskapelig personale skal
kunne utføre sin forskning i etablerte forskergrupper. Dette betyr at medlemmer i gruppen skal få
så optimale arbeidsforhold som mulig. Gruppen skal utgjøre et kompetansefellesskap med
spisskompetanse innenfor temaområdet. Det er også en intensjon at gruppene skal
komplementere hverandre teknologisk slik at totalkompetanse og teknologinivå ved instituttet
holder internasjonalt høy standard.
Molekylærbiologisk forskning er særdeles dynamisk, dvs. problemstillinger, teoretisk og
metodologisk fundament endres og oppdateres kontinuerlig. Selv om langsiktighet er
grunnleggende nødvendig for å opprettholde et internasjonalt høyt forskningsnivå, vil
delprosjekter og teknologi ha en fornyelses syklus på 5-10 år. For å møte denne utfordringen er
det helt nødvendig å legge forholdene til rette for en dynamisk endring av gruppene. Dette kan
oppnås ved at 1) ansatte skifter gruppetilhørighet, 2) et utstrakt samarbeid mellom gruppene
basert på ”kiss and run” prinsippet eller 3) ved at en finner gode ordninger for rekruttering av
yngre forskere (post. dok. eller ”tenure track”-lignende stillinger).
F1. Undervisning
Instituttet har i dag en studentproduksjon som er blant de høyeste ved fakultetet (UiB).
Med den faglige kompetansebredde som er representert på instituttet sikres det at studentene
også får en bred faglig bakgrunn som de drar nytte av i sin videre karriere.
Kvaliteten på instituttets forskning er i stor grad avhengig av at undervisningen holder et
høyt nivå som sikrer god rekruttering til faget og stipendiatstillingene. Nivået på undervisningen
i molekylærbiologi har også betydelig innvirkning på rekrutteringen til det biologiske fagfelt og
den biomedisinske (translasjonell) forskning ved Universitetet, samt all bioteknologisk relatert
aktivitet i akademia, det offentlige og næringslivet. På bakgrunn av dette bør Universitetet satse
ekstra resurser for å styrke undervisningen ved vårt institutt. Ved fordeling av våre resurser, vil
en styrking av forskningsdelen være en viktig komponent for å oppnå en sterk
mastergradsutdanning/veiledning som danner fundamentet for rekruttering av gode
forskertalenter internt og for andre fagmiljø.
Vår undervisningen gir en innføring i basale prinsipper innen molekylærbiologi. Sentralt i
dette står en strukturell og funksjonell beskrivelse av de fire hovedgrupper av biologiske
makromolekyler. Disse presenteres først i sine enkeltstående former og senere som elementer i
cellens komplekse sammensetning og biologiske funksjon i hele organ eller organismer.
Undervisningen blir gitt både som forelesningsserier med kollokvier og i form av laboratoriekurs
som tar sikte på å utdype spesielt viktige deler av pensum samt å øve opp eksperimentelle
ferdigheter. MBI ønsker å være en pådriver i utviklingen av nye undervisningstilbud innenfor
molekylærbiologi. I denne sammenheng vil et undervisningstilbud i Bio-nanoteknologi være et
viktig insitament for framtidig teknologiutvikling og kommersiell utvikling av biologisk
kunnskap. Videre ønsker vi å tilby tunge nok laboratoriekurs som gir kandidater både generell og
spesifikk kompetanse som vil gjøre de uteksaminerte kandidatene attraktive på arbeidsmarkedet.
Et annet viktig element er å sikre at undervisningen forblir forskningsbasert, blant annet i den
16
forstand at studentene blir introdusert og involvert i vitenskapelig arbeid fra et tidlig stadium i
studiet sitt.
F2. Forskerutdanning/Forskerskoler
Det har vært etablert flere forskerutdanninger de siste årene. Instituttet har også i sammen
med Institutt for informatikk, Sars Senteret og CBU etablert en forskerskole innen Molecular and
Computational Biology (MCB). Institutt for biomedisin har også sluttet seg til dette
forskerskolesamarbeidet. Dette initiativet var et resultat av målrettet satsning som beskrevet i
strategiplanen fra forrige periode. En annen forskerskole er Biostruct, en PhD-skole som
fokuserer på struktur-biologi og som derfor er svært aktuell for MBIs aktivitet. Instituttet sender
en del av sine studenter til dette initiativet, og vitenskapelig personell har bidratt til utvikling av
faglig innhold og undervisning. Vi mener at det er en forutsetning for forskerskolenes fortsatte
suksess at det tilføres ekstra resurser til disse skolene i form av nye stipendiatstillinger og
kontinuerlig oppgradering av infrastruktur. Forskerkolene representerer gode muligheter til
kompetanseutvikling og kursspesialisering med nasjonal- internasjonal tyngde som MBI ønsker å
videreutvikle. Gjennom deltagelse i disse enhetene vil også kvaliteten på kursdelen av PhD-
graden kunne økes ytterligere.
G. Instituttet utad – allianser, formidling, innovasjon og randsone
MBI ønsker å være et åpent institutt i den forstand at det skal søke koblinger til andre
deler av universitetet og akademia, til næringslivet og bioteknologiske bedrifter i
etableringsfasen, samt media og befolkningen for øvrig. Mye av instituttets forskning,
kompetanse og kunnskap har bred interesse blant befolkningen for øvrig. MBI bør også kunne
spille en viktig rolle i samfunnsdebatter som måtte grense opp mot bioteknologiske
problemstillinger, samt fundamentale biologiske og medisinske spørsmål. En aktiv holdning til
deltagelse og formidling bør oppmuntres, da dette er forventet av universitetet og dessuten vil
hjelpe på både rekruttering og bevilgning over lengre tid.
Innovasjon og ekstern finansiering er en selvfølgelig del av det molekylærbiologiske
forskningsmiljø. Denne type symbiose har lang tradisjon innenfor biokjemisk forskning og vil
fortsatt være en av hovedfinansieringsmåtene for forskningen. Ekstern finansiering bør holdes
innenfor en rimelig prosentandel av totalbudsjettet slik at universitetet faglige handlingsfrihet
ikke svekkes. Instituttet vil være åpen for dialog med Universitetet og inntresenter fra industrien
om å etablere ”abonnementsordninger” hvor industribedrifter betaler for innsikt i enkeltgruppers
forskningsresultater med den hensikt at nye funn skal kunne kommersialiseres.
Vitenskapelige funn med kommersialiseringspotensiale skal identifiseres og gis mulighet
for produktrealisering. Dette forventer vi skal skje i nært samarbeid med Universitetets etablerte
enheter (BTO, oa.). Selv om MBI ikke selv ser det som sin oppgave å føre produkter fram til
markedet, vil vi bidra til at resultater fra vår forskning kan kommersialiseres gjennom samarbeid
med BTO og deres kommersielle partnere og oppstartsselskaper.
Instituttet stiller seg positiv til dannelse av forskningsallianser, bredt definert, dersom
dette kan føre til en faglig styrking av instituttet eller øke graden av ekstern finansiering. Det vil
være et mål å bidra til, eller lede, søknader om f.eks. Senter for fremragende forskning og andre
større nasjonale og internasjonale forskningsprogrammer. Som et ledd i å bygge nye
forskningsallianser ønsker vi å arrangere internasjonale konferanser og/eller workshops. Dette vil
gi oss anledning til å øke vår visibilitet utad. MBI vil også posisjonere seg som tilbyder av
17
spesialiserte tjenester, først og fremst til samarbeidspartnere, men også til kommersielle aktører.
Her følger eksempler på slike initiativer.
G1 Produksjon av proteiner: Produksjon og opprensing av proteiner i større mengde og
med modifikasjoner som markører eller isotopmerking, er av sentral betydning for både
forskningsaktivtet og i økende grad kommersiell aktivitet. MBI har utviklet en service-enhet som
gjør det mulig å levere slike tjenester innad på instituttet. Denne enheten fungerer som en
"proteinfabrikk" som tjener MBIs behov, men som instituttet ønsker å utvide til å kunne tjene
vitenskaplige og kommersielle samarbeidspartnere. En slik enhet vil komplimentere eksisterende
teknologiplattformer som PROBE og NORSTRUCT, samt større infrastruktursatsninger under
planlegging av et nasjonalt NMR-samarbeid.
G2 Bindingsstudier vha. Surface Plasmon Resonance: Kvantifisering av binding
mellom biomolekyler er av sentral betydning for molekylærbiologi, farmakologi, nanoteknologi,
systembiologi og interactomics. MBI har for egen del opprettet en velfungerende ressurs med
god ekspertise tilknyttet, hvor forskere kan få hjelp til å studere sine systemer. Denne
teknologifasiliteten skal utvides og kan videreutvikles til et nasjonalt kompetansesenter (Se
B2.5b). Metoden har kommersielt potensial innen drug-discovery, og lokalt innen
molekylorientert eksperimentell forskning i Bergensområdet er det behov for en slik plattform.
Instituttets kompetanse innen denne teknologien er også etterspurt i det kommersielle markedet.
G3 Sebrafiskfasilitet: Tilgang til modellorgansimer for in vivo studier på organismenivå
er svært attraktivt for mange forskere som ønsker å ta sine prosjekter videre. Instituttets nye
sebrafiskfasilitet stod ferdig i 2006, og er i dette perspektivet unikt i Bergen og attraktiv på
nasjonalt og internasjonalt nivå. Fasilteten består av 1800 akvarier med en kapasitet på opp til
50 000 sebrafisk. To teknikere er dedikert til fasiliteten, og en brukergruppe med kjennskap til
muligheter og vansker sørger for at utnyttelsen er så god som ressurser tillater det. Denne
fasiliteten gir MBI en god mulighet til å posisjonere seg utad og knytte til seg samarbeid.
G4 Kurs og fagtilbud: MBI dekker allerede en svært viktig etterspørsel av kompetanse
med fagtilbudet sitt. I tillegg til det eksisterende kurstilbudet, finnes det ”hull” i fagtilbudet lokalt
som påvirker både privat sektor, de naturvitenskaplige og bioteknologiske disiplinene, samt den
medisinske forskingen som finner sted ved UiB. Eksempler på etterspurte emner på høyere nivå
som faller inn under MBIs undervisningsmandat er et fokusert kurs på lipid- og
membranrelaterte emner, biofysikalske teknikker, og protein massespektroskopi. Det finnes en
etterspørsel etter denne typen kurs på tvers av fakulteter og institutter som MBI kan dekke, og
fagplaner er under utvikling for å dekke disse behovene.
G5 Formidling: MBI sitter på kompetanse innen formidling, men kunne tjene på å
fokusere mer på dette. Mulige tiltak er å profilere seg gjennom fora som Studentersamfunnet,
dagspresse eller lage formidlingsprosjekter innad på instituttet. Det finnes også midler til
undervisning og formidling utdelt av Universitetet som kan brukes til denne type aktivitet.
Mobilisering av studenter med formidlingsbakgrunn via fakultetsaviser er både en mulighet for
studentene, faglig ansatte og instituttet til å profilere seg og sette fokus på molekylærbiologi som
fag og fenomen.
H. Gruppestruktur; kort resymé av nåværende situasjon
Gruppene ved MBI gir en høy publiseringsrate iforhold til bemanning. Videre er
publikasjonene av høy internasjonal standard (>40% Nivå II, 2010). Men sammenlignet med
vellykkede tilsvarende institutter i Europa og utlandet forøvrig, kan det pekes på to store og
avgjørende strukturelle mangler ved MBI. For det første har MBI ved UiB en betydelig mindre
18
vitenskapelig stab. I skrivende stund har instituttet 12 fast vitenskapelig ansatte, herunder
professorer og 1. amanuenser, samt 2 forskerstillinger med gruppestruktur. I tillegg er det 8
stillinger på post doc nivå, med 3-4-årige kontrakter. Med andre ord, instituttet har kun 21
personer med doktorgradskompetanse. For det andre er den gjennomsnittlige størrelsen på de
vitenskapelige gruppene ved MBI, hver av dem ledet av en av de vitenskapelig ansatte, veldig
liten. En gjennomsnittlig gruppestruktur har 0,62 post doc’er, 1,38 PhD-studenter og i beste fall
en tekniker per gruppe. Tilgangen på masterstudenter ved instituttet er god, men de er ujevnt
fordelt (0-3 per gruppe).
Siden vitenskapelig fokus har vært relativt spredt, har den nødvendige kritiske massen for
en stimulerende og dynamisk vitenskapelig atmosfære vært vanskelig å realisere fullt ut. Den
individuelle gruppestørrelsen er i de fleste tilfellene ikke tilstrekkelig til å drive eksperimentell
forskning som kan opprettholdes på et høyt internasjonalt nivå. I tillegg til urealisert potensial av
intern vitenskapelig kompetanse, er mangelen på personell svært hemmende for aktiviteten.
Prosjekter må utføres slik beskrevet, uten mulighet til å følge opp nye ideer eller funn. Videre er
kapasiteten til å etablere og fostre samarbeid på tvers av grupper og institutter lav og krever tiltak
langt utover de rammene løpende prosjekter har. Det finnes heller ingen buffer som kan brukes
til å gardere aktivitet mot hendelser som permisjoner eller sykdom innad i gruppene. MBIs
hovedmål, å være en forskningsinstitusjon av høy internasjonal standard, kan kun blitt oppnådd
når de strukturelle problemene skissert over blir taklet konsekvent og systematisk.
For en mer omfattende rapport om MBIs produksjon, ansettelsesstruktur og aktivitet, henvises
det til forskningsrådets bioevaluering 2010-11, «MBI UiB Self-assessment panel3».
19
Appendix I: Kort om ansettelsesstruktur, juni 2011:
Den eksterne porteføljen ved MBI utgjør i år (2011) 40% av årsbudsjett på 50 millionar.
Instituttet har 12 vitskapelig tilsette i faste stillingar, tre vitskapelige II-stillingar, 15 forskarar og
postdoktorar, 22 stipendiatstillingar, 17 tekniske og fem administrative stillingar. 43 årsverk er
lønna over grunnbudsjettet, 22 årsverk av eksterne midlar og 6 årsverk er tilsette i samarbeidande
miljø ved UiB eller i randsona.
Appendix II: 5 siste publikasjoner av gruppeledere ved MBI, juni 2011: (ICI Web of Science pr. mai 2011)
Gruppeleder Thomas Arnesen:
Title: Proteome-derived Peptide Libraries Allow Detailed Analysis of the Substrate Specificities of N-alpha-
acetyltransferases and Point to hNaa10p as the Post-translational Actin N-alpha-acetyltransferase
Author(s): Van Damme, P; Evjenth, R; Foyn, H, et al.
Source: MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS Volume: 10 Issue: 5 DOI:
10.1074/mcp.M110.004580|ISSN 1535-9476 Published: 2011
Title: Depletion of the human N-alpha-terminal acetyltransferase A induces p53-dependent apoptosis and p53-
independent growth inhibition
Author(s): Gromyko, D; Arnesen, T; Ryningen, A, et al.
Source: INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER Volume: 127 Issue: 12 Pages: 2777-2789 Published:
2010
Title: The Chaperone-Like Protein HYPK Acts Together with NatA in Cotranslational N-Terminal Acetylation and
Prevention of Huntingtin Aggregation
Author(s): Arnesen, T; Starheim, KK; Van Damme, P, et al.
Source: MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY Volume: 30 Issue: 8 Pages: 1898-1909 Published: 2010
Title: Human Naa50p (Nat5/San) Displays Both Protein N-alpha- and N-epsilon-Acetyltransferase Activity
Author(s): Evjenth, R; Hole, K; Karlsen, OA, et al.
Source: JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Volume: 284 Issue: 45 Pages: 31122-31129 Published:
2009 Title: Carboxyl terminus of Hsc70-interacting protein is required for ubiquitination and acetylation-mediated
degradation of HIF-1 alpha in prolonged hypoxia
Author(s): Wei Wei; Yi Xin; Arnesen Thomas; et al.
Source: CLINICAL & EXPERIMENTAL METASTASIS Volume: 26 Issue: 7 Pages: 905-905 Published: OCT
2009
Professor Anders Fjose:
Title: Inhibition of the microRNA Pathway in Zebrafish by siRNA
Author(s): Fjose, Anders; Zhao, Xiao-Feng
Source: RNA Therapeutics: Function, Design, and Delivery Pages: 237-253 Published: 2010
Article Number: 10.1007/978-1-60761-657-3_15
Title: Exploring microRNA functions in zebrafish
Author(s): Fjose, Anders; Zhao, Xiao-Feng
Source: New Biotechnology Volume: 27 Issue: 3, Sp. Iss. SI Pages: 250-255 Published: JUL 31 2010
Article Number: 10.1016/j.nbt.2010.02.017
20
Title: Autoregulatory binding sites in the zebrafish six3a promoter region define a new recognition sequence for
Six3 proteins
Author(s): Suh, CS; Ellingsen, S; Austbo, L, et al.
Source: FEBS JOURNAL Volume: 277 Issue: 7 Pages: 1761-1775 Published: 2010
Title: Labelling and targeted ablation of specific bipolar cell types in the zebrafish retina
Author(s): Zhao, XF; Ellingsen, S; Fjose, A
Source: BMC NEUROSCIENCE Volume: 10 Article Number: 107 Published: 2009 Title: Distinct expression of two foxg1 paralogues in zebrafish
Author(s): Zhao Xiao-Feng; Suh Clotilde S.; Prat Carla R.; et al.
Source: GENE EXPRESSION PATTERNS Volume: 9 Issue: 5 Pages: 266-272 DOI:
10.1016/j.gep.2009.04.001 Published: JUN 2009
Professor Kari E. Fladmark:
Title: Proteomic response of human neuroblastoma cells to azaspiracid-1
Author(s): Kellmann, R; Schaffner, CAM; Gronset, TA, et al.
Source: JOURNAL OF PROTEOMICS Volume: 72 Issue: 4 Pages: 695-707 Published: 2009
Title: Proteomic tissue imaging for rapid brain biomarker discovery
Author(s): Brogger, J; Fladmark, K
Source: EUROPEAN JOURNAL OF NEUROLOGY Volume: 13 Pages: 42-42 Supplement: 2 Published: SEP
2006
Title: CaM-kinasell-dependent commitment to microcystin-induced apoptosis is coupled to cell budding, but not to
shrinkage or chromatin hypercondensation
Author(s): Krakstad, C; Herfindal, L; Gjertsen, BT, et al.
Source: CELL DEATH AND DIFFERENTIATION Volume: 13 Issue: 7 Pages: 1191-1202 Published: JUL
2006
Title: Algal toxins as guidance to identify phosphoproteins with key roles in apoptotic cell death
Author(s): Solstad, T; Fladmark, KE
Source: CURRENT PHARMACEUTICAL BIOTECHNOLOGY Volume: 7 Issue: 3 Pages: 209-215
Published: JUN 2006
Title: Caspase-dependent and geldanamycin-enhanced cleavage of co-chaperone p23 in leukemic apoptosis
Author(s): Gausdal, G; Gjertsen, BT; Fladmark, K, et al.
Source: FEBS JOURNAL Volume: 273 Pages: 48-48 Published: 2006
Førsteamanuensis Øyvind Halskau:
Title: The binding of 14-3-3 gamma to membranes studied by intrinsic fluorescence spectroscopy
Author(s): Bustad, HJ; Underhaug, J; Halskau, O, et al.
Source: FEBS LETTERS Volume: 585 Issue: 8 Pages: 1163-1168 Published: 2011
Title: Emergent membrane-affecting properties of BSA-gold nanoparticle constructs
Author(s): Lystvet, SM; Volden, S; Yasuda, M, et al.
Source: NANOSCALE Volume: 3 Issue: 4 Pages: 1788-1797 Published: 2011
Title: Interactions of alpha-Lactalbumin and Cytochrome c with Langmuir Monolayers of Glycerophospholipids
Author(s): Glomm, WR; Volden, S; Ese, MHG, et al.
Source: JOURNAL OF DISPERSION SCIENCE AND TECHNOLOGY Volume: 32 Issue: 2 Pages: 150-158
Title: Deconstructing honeybee vitellogenin: novel 40 kDa fragment assigned to its N terminus
Author(s): Havukainen, H; Halskau, O; Skjaerven, L, et al.
21
Source: JOURNAL OF EXPERIMENTAL BIOLOGY Volume: 214 Issue: 4 Pages: 582-592 Published: 2011
Title: HAMLET Interacts with Lipid Membranes and Perturbs Their Structure and Integrity
Author(s): Mossberg, AK; Puchades, M; Halskau, O, et al.
Source: PLOS ONE Volume: 5 Issue: 2 Article Number: e9384 Published: 2010
Professor Dag E. Helland:
Title: Biochemical and virological analysis of the 18-residue C-terminal tail of HIV-1 integrase
Author(s): Dar, MJ; Monel, B; Krishnan, L, et al.
Source: RETROVIROLOGY Volume: 6 Article Number: 94 Published: 2009
Title: Structural and functional similarities between HIV-1 reverse transcriptase and the Escherichia coli RNA
polymerase beta ' subunit (vol 484, pg 43, 2000)
Author(s): Szilvay, AM; Stern, B; Blichenberg, A, et al.
Source: FEBS LETTERS Volume: 485 Issue: 2-3 Pages: 209-209 Published: NOV 24 2000
Title: Structural and functional similarities between HIV-1 reverse transcriptase and the Escherichia coli RNA
polymerase beta ' subunit
Author(s): Szilvay, AM; Stern, B; Blichenberg, A, et al.
Source: FEBS LETTERS Volume: 484 Issue: 1 Pages: 43-47 Published: OCT 27 2000
Title: A monoclonal antibody defines a novel HIV type 1 Tat domain involved in trans-cellular trans-activation
Author(s): Valvatne, H; Szilvay, AM; Helland, DE
Source: AIDS RESEARCH AND HUMAN RETROVIRUSES Volume: 12 Issue: 7 Pages: 611-619 Published:
1996
Title: Monoclonal antibodies against human immunodeficiency virus type 1 integrase: Epitope mapping and
differential effects on integrase activities in vitro
Author(s): Nilsen, BM; Haugan, IR; Berg, K, et al.
Source: JOURNAL OF VIROLOGY Volume: 70 Issue: 3 Pages: 1580-1587 Published: MAR 1996
Professor Emeritus Harald B. Jensen:
Title: METHYLOCOCCUS CAPSULATUS (BATH): FROM GENOME TO PROTEIN FUNCTION, AND VICE
VERSA
Author(s): Karlsen, OA; Berven, FS; Bagstevold, JI, et al.
Source: METHODS IN ENZYMOLOGY: METHODS IN METHANE METABOLISM, VOL 495, PT B Pages:
63-79 Published: 2011
Title: Identification of a bacterial di-haem cytochrome c peroxidase from Methylomicrobium album BG8
Author(s): Karlsen, OA; Larsen, O; Jensen, HB
Source: MICROBIOLOGY-SGM Volume: 156 Pages: 2682-2690 Published: 2010
Title: The presence of multiple c-type cytochromes at the surface of the methanotrophic bacterium Methylococcus
capsulatus (Bath) is regulated by copper
Author(s): Karlsen, OA; Lillehaug, JR; Jensen, HB
Source: MOLECULAR MICROBIOLOGY Volume: 70 Issue: 1 Pages: 15-26 Published: 2008
Title: An oxidized tryptophan facilitates copper binding in Methylococcus capsulatus-secreted protein MopE
Author(s): Helland, R; Fjellbirkeland, A; Karlsen, OA, et al.
Source: JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Volume: 283 Issue: 20 Pages: 13897-13904 Published:
2008
22
Title: Analysing the outer membrane subproteome of Methylococcus capsulatus (Bath) using proteomics and novel
biocomputing tools
Author(s): Berven, FD; Karlsen, OS; Straume, AH, et al.
Source: ARCHIVES OF MICROBIOLOGY Volume: 184 Issue: 6 Pages: 362-377 Published: FEB 2006
Første amanuensis Aurelia E. Lewis:
Title: Identification of Nuclear Phosphatidylinositol 4,5-Bisphosphate-Interacting Proteins by Neomycin Extraction
Author(s): Lewis, AE; Sommer, L; Arntzen, MO, et al.
Source: MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS Volume: 10 Issue: 2 DOI:
10.1074/mcp.M110.003376|ISSN 1535-9476 Published: 2011
Title: G alpha(12) binds to the N-terminal regulatory domain of p120(ctn), and downregulates p120(ctn) tyrosine
phosphorylation induced by Src family kinases via a RhoA independent mechanism
Author(s): Ardawatia, VV; Masia-Balague, M; Krakstad, BF, et al.
Source: EXPERIMENTAL CELL RESEARCH Volume: 317 Issue: 3 Pages: 293-306 Published: 2011
Title: Functional Roles of Protein Kinase A (PKA) and Exchange Protein Directly Activated by 3 ',5 '-Cyclic
Adenosine 5 '-Monfophosphate (cAMP) 2 (EPAC2) in cAMP-Mediated Actions in Adrenocortical Cells
Author(s): Aumo, L; Rusten, M; Mellgren, G, et al.
Source: ENDOCRINOLOGY Volume: 151 Issue: 5 Pages: 2151-2161 Published: 2010
Title: Molecular aspects of steroidogenic factor 1 (SF-1)
Author(s): Hoivik, EA; Lewis, AE; Aumo, L, et al.
Source: MOLECULAR AND CELLULAR ENDOCRINOLOGY Volume: 315 Issue: 1-2 Pages: 27-39
Published: 2010
Title: POSTMan (POST-translational modification analysis), a software application for PTM discovery
Author(s): Arntzen, MO; Osland, CL; Raa, CRS, et al.
Source: PROTEOMICS Volume: 9 Issue: 5 Pages: 1400-1406 Published: 2009
Professor Johan Lillehaug
Title: Predictive and Prognostic Impact of TP53 Mutations and MDM2 Promoter Genotype in Primary Breast
Cancer Patients Treated with Epirubicin or Paclitaxel
Author(s): Chrisanthar R, Knappskog S, Lokkevik E, et al.
Source: PLOS ONE Volume: 6 Issue: 4 Article Number: e19249 Published: APR 27 2011
Title: Proteome-derived Peptide Libraries Allow Detailed Analysis of the Substrate Specificities of N-alpha-
acetyltransferases and Point to hNaa10p as the Post-translational Actin N-alpha-acetyltransferase
Author(s): Van Damme P, Evjenth R, Foyn H, et al.
Source: MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS Volume: 10 Issue: 5 Special Issue: Sp. Iss. SI DOI:
10.1074/mcp.M110.004580 Published: MAY 2011
Title: Alterations of the retinoblastoma gene in metastatic breast cancer
Author(s): Berge EO, Knappskog S, Lillehaug JR, et al.
Source: CLINICAL & EXPERIMENTAL METASTASIS Volume: 28 Issue: 3 Pages: 319-326 Published:
MAR 2011
Title: The MDM2 Promoter SNP285C/309G Haplotype Diminishes Sp1 Transcription Factor Binding and Reduces
Risk for Breast and Ovarian Cancer in Caucasians
Author(s): Knappskog S, Bjornslett M, Myklebust LM, et al.
Source: CANCER CELL Volume: 19 Issue: 2 Pages: 273-282 Published: FEB 15 2011
Title: Depletion of the human N-alpha-terminal acetyltransferase A induces p53-dependent apoptosis and p53-
independent growth inhibition
23
Author(s): Gromyko D, Arnesen T, Ryningen A, et al.
Source: INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER Volume: 127 Issue: 12 Pages: 2777-2789 Published:
DEC 15 2010
Professor Rune Male
Title: Involvement of Prop1 homeobox gene in the early development of fish pituitary gland
Author(s): Angotzi AR, Mungpakdee S, Stefansson S, et al.
Source: GENERAL AND COMPARATIVE ENDOCRINOLOGY Volume: 171 Issue: 3 Pages: 332-340
Published: MAY 1 2011
Title: Pharmacological characterization, localization and quantification of expression of gonadotropin receptors in
Atlantic salmon (Salmo salar L.) ovaries
Author(s): Andersson E, Nijenhuis W, Male R, et al.
Source: GENERAL AND COMPARATIVE ENDOCRINOLOGY Volume: 163 Issue: 3 Pages: 329-339
Published: SEP 15 2009
Title: Dioxin-induced protein-protein interactions between the aryl hydrocarbon receptor and the aryl hydrocarbon
receptor nuclear translocator from Atlantic salmon (Salmo salar)
Author(s): Nostbakken OJ, Hesjevoll B, Bernanian V, et al.
Source: MARINE ENVIRONMENTAL RESEARCH Volume: 66 Issue: 1 Pages: 187-187 Published: JUL
2008
Title: Estrogen-induced alterations in amh and dmrt1 expression signal for disruption in male sexual development in
the zebrafish
Author(s): Schulz RW, Bogerd J, Male R, et al.
Source: ENVIRONMENTAL SCIENCE & TECHNOLOGY Volume: 41 Issue: 17 Pages: 6305-6310
Published: SEP 1 2007 Title: Detection of viral sequences in archival spinal cords from fatal cases of poliomyelitis in 1951-1952
Author(s): Rekand T; Male R; Myking AO; et al.
Source: JOURNAL OF VIROLOGICAL METHODS Volume: 114 Issue: 1 Pages: 91-96 DOI:
10.1016/j.jviromet.2003.08.013 Published: DEC 2003
Professor Arnt Raae
Title: The intriguing Cyclophilin A-HIV-1 Vpr interaction: prolyl cis/trans isomerisation catalysis and specific
binding
Author(s): Solbak SM, Reksten TR, Wray V, et al.
Source: BMC STRUCTURAL BIOLOGY Volume: 10 Article Number: 31 Published: OCT 4 2010
Title: Strict conservation of the ITS regions of the ribosomal RNA genes in Atlantic cod (Gadus morhua L.)
Author(s): Johansen T, Repolho T, Hellebo A, et al.
Source: DNA SEQUENCE Volume: 17 Issue: 2 Pages: 107-114 Published: APR 2006
Title: Design and synthesis of C-14-labelled proteins as tools for protein digestion studies in fish larvae
Author(s): Hovde SC, Vidal MC, Opstad I, et al.
Source: AQUACULTURE NUTRITION Volume: 11 Issue: 6 Pages: 395-401 Published: DEC 2005
Title: In vivo incorporation of [U]C-14-amino acids: an alternative protein labelling procedure for use in examining
larval digestive physiology
Author(s): Tonheim SK, Espe M, Raae AJ, et al.
Source: AQUACULTURE Volume: 235 Issue: 1-4 Pages: 553-567 Published: JUN 1 2004
Title: Expression and purification of receptor for activated C-kinase 1 (RACK1)
Author(s): Bjorndal B, Trave G, Hageberg I, et al.
24
Source: PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION Volume: 31 Issue: 1 Pages: 47-55 Published: SEP
2003
Group Leader Nathalie Reuter
Title: Conformational Sampling and Nucleotide-Dependent Transitions of the GroEL Subunit Probed by Unbiased
Molecular Dynamics Simulations
Author(s): Skjaerven L, Grant B, Muga A, et al.
Source: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY Volume: 7 Issue: 3 Article Number: e1002004 Published: MAR
2011
Title: Principal component and normal mode analysis of proteins; a quantitative comparison using the GroEL
subunit
Author(s): Skjaerven L, Martinez A, Reuter N
Source: PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS Volume: 79 Issue: 1 Pages: 232-
243 Published: JAN 2011
Title: Exploring the factors determining the dynamics of different protein folds
Author(s): Hollup SM, Fuglebakk E, Taylor WR, et al.
Source: PROTEIN SCIENCE Volume: 20 Issue: 1 Pages: 197-209 Published: JAN 2011
Times Cited: 0
Title: Proliferating cell nuclear antigen acts as a cytoplasmic platform controlling human neutrophil survival
Author(s): Witko-Sarsat V, Mocek J, Bouayad D, et al.
Source: JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE Volume: 207 Issue: 12 Pages: 2631-2645 Published:
NOV 22 2010 Title: Molecular Dynamics Simulations of Mixed Acidic/Zwitterionic Phospholipid Bilayers
Author(s): Broemstrup Torben; Reuter Nathalie
Source: BIOPHYSICAL JOURNAL Volume: 99 Issue: 3 Pages: 825-833 DOI: 10.1016/j.bpj.2010.04.064
Published: AUG 4 2010
Professor Hee-Chan Seo:
Title: Autoregulatory binding sites in the zebrafish six3a promoter region define a new recognition sequence for
Six3 proteins
Author(s): Suh Clotilde S.; Ellingsen Staale; Austbo Lars; et al.
Source: FEBS JOURNAL Volume: 277 Issue: 7 Pages: 1761-1775 DOI: 10.1111/j.1742-4658.2010.07599.x
Published: APR 2010
Title: Spatio-temporal expression patterns of anterior Hox genes in Atlantic salmon (Salmo salar)
Author(s): Mungpiakdee Sutada; Seo Hee-Chan; Chourrout Daniel
Source: GENE EXPRESSION PATTERNS Volume: 8 Issue: 7-8 Pages: 508-514 DOI:
10.1016/j.gep.2008.06.004 Published: SEP 2008
Title: Differential evolution of the 13 Atlantic salmon Hox clusters
Author(s): Mungpakdee Sutada; Seo Hee-Chan; Angotzi Anna Rita; et al.
Source: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION Volume: 25 Issue: 7 Pages: 1333-1343 DOI:
10.1093/molbev/msn097 Published: JUL 2008
Title: Remodelling of the homeobox gene complement in the tunicate Oikopleura dioica
Author(s): Edvardsen RB; Seo HC; Jensen MF; et al.
Source: CURRENT BIOLOGY Volume: 15 Issue: 1 Pages: R12-R13 DOI: 10.1016/j.cub.2004.12.010
Published: JAN 11 2005
Title: Hox cluster disintegration with persistent anteroposterior order of expression in Oikopleura dioica
Author(s): Seo HC; Edvardsen RB; Maeland AD; et al.
25
Source: NATURE Volume: 431 Issue: 7004 Pages: 67-71 DOI: 10.1038/nature02709 Published: SEP 2 2004
Professor Bernt Walther
Title: Do life's three domains mirror the origins of sex? - Commentary
Author(s): Walther BT
Source: JOURNAL OF BIOSCIENCES Volume: 25 Issue: 3 Pages: 217-220 Published: SEP 2000
Title: Hatching in zebrafish (Danio rerio) embryos exposed to a 50 Hz magnetic field
Author(s): Skauli KS, Reitan JB, Walther BT
Source: BIOELECTROMAGNETICS Volume: 21 Issue: 5 Pages: 407-410 Published: JUL 2000
Title: Effects of xenoestrogen treatment on zona radiata protein and vitellogenin expression in Atlantic salmon
(Salmo salar)
Author(s): Arukwe A, Celius T, Walther BT, et al.
Source: AQUATIC TOXICOLOGY Volume: 49 Issue: 3 Pages: 159-170 Published: JUN 2000
Title: Mechanisms underlying photoperiodic effects on age at sexual maturity in Atlantic salmon, Salmo salar
Author(s): Taranger GL, Haux C, Hansen T, et al.
Source: AQUACULTURE Volume: 177 Issue: 1-4 Pages: 47-60 Published: JUL 1 1999
Times Cited: 41
Title: A sensitive zonagenetic assay for rapid in vitro assessment of estrogenic potency of xenobiotics and
mycotoxins
Author(s): Celius T, Haugen TB, Grotmol T, et al.
Source: ENVIRONMENTAL HEALTH PERSPECTIVES Volume: 107 Issue: 1 Pages: 63-68 Published: JAN
1999
Professor Mathias Zielgler
Title: Pathways and Subcellular Compartmentation of NAD Biosynthesis in Human Cells FROM ENTRY OF
EXTRACELLULAR PRECURSORS TO MITOCHONDRIAL NAD GENERATION
Author(s): Nikiforov A, Dolle C, Niere M, et al.
Source: JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Volume: 286 Issue: 24 Pages: 21767-21778 Published:
JUN 17 2011
Title: Compartmentation of NAD(+)-dependent signalling
Author(s): Koch-Nolte F, Fischer S, Haag F, et al.
Source: FEBS LETTERS Volume: 585 Issue: 11 Pages: 1651-1656 Published: JUN 6 2011
Title: Application of reverse-phase HPLC to quantify oligopeptide acetylation eliminates interference from
unspecific acetyl CoA hydrolysis
Author(s): Evjenth R, Hole K, Ziegler M, et al.
Source: FEBS JOURNAL Volume: 277 Pages: 265-266 Supplement: Suppl. 1 Published: JUN 2010
Title: Isoform-specific Targeting and Interaction Domains in Human Nicotinamide Mononucleotide
Adenylyltransferases
Author(s): Lau C, Dolle C, Gossmann TI, et al.
Source: JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY Volume: 285 Issue: 24 Pages: 18868-18876 Published:
JUN 11 2010
Title: Emerging Roles of NAD(+) and Its Metabolites in Cell Signaling
Author(s): Koch-Nolte F, Haag F, Guse AH, et al.
Source: SCIENCE SIGNALING Volume: 2 Issue: 57 Article Number: mr1 Published: FEB 10 2009
26
Professor Rein Aasland
Title: The CW domain, a new histone recognition module in chromatin proteins
Author(s): Hoppmann V, Thorstensen T, Kristiansen PE, et al.
Source: EMBO JOURNAL Volume: 30 Issue: 10 Pages: 1939-1952 Published: MAY 18 2011
Title: Plasticity of Animal Genome Architecture Unmasked by Rapid Evolution of a Pelagic Tunicate
Author(s): Denoeud F, Henriet S, Mungpakdee S, et al.
Source: SCIENCE Volume: 330 Issue: 6009 Pages: 1381-1385 Published: DEC 3 2010
Title: Heat-Stable Enterotoxin of Enterotoxigenic Escherichia coli as a Vaccine Target
Author(s): Taxt A, Aasland R, Sommerfelt H, et al.
Source: INFECTION AND IMMUNITY Volume: 78 Issue: 5 Pages: 1824-1831 Published: MAY 2010
Title: The Schizosaccharomyces pombe JmjC-Protein, Msc1, Prevents H2A.Z Localization in Centromeric and
Subtelomeric Chromatin Domains
Author(s): Buchanan L, Durand-Dubief M, Roguev A, et al.
Source: PLOS GENETICS Volume: 5 Issue: 11 Article Number: e1000726 Published: NOV 2009 Title: Using hydropathy features for function prediction of membrane proteins
Author(s): Panek Josef; Eidhammer Ingvar; Aasland Rein
Source: MOLECULAR MEMBRANE BIOLOGY Volume: 24 Issue: 4 Pages: 304-U98 DOI:
10.1080/09687860701213884 Published: 2007
Emnekode MAT102
Namn, nynorsk Brukarkurs i matematikk II
Namn, bokmål Brukerkurs i matematikk II Namn, engelsk Elementary Calculus II
Studiepoeng 10
Undervisningssemester Vår
Undervisningsspråk Norsk
Studienivå Bachelor
Institutt Matematisk institutt
Krav til studierett For oppstart på emnet er det krav om at du har ein studierett knytt til Det matematisk-naturvitskaplege fakultet.
Mål og innhald Emnet omhandlar likningssystem, determinantar, matrisealgebra, eigenverdiar og vektorer. Vidare vert det gjeve
innføring i homogene lineære differensiallikningar, system av differensiallikningar, populasjonsdynamiske modellar og funksjonar av fleire variable. Det blir gitt ei innføring i programmet Matlab, som vil verte brukt i øvingsoppgåver.
Numerisk løysing av algebraiske- og differensiallikningar ved hjelp av Matlab programma vil vere eit sentralt tema.
Læringsutbytte Etter fullførd emne skal studentane kunne:
Anvende reglane for matrisealgebra og løyse lineære likningsystem.
Berekne determinanter i konkrete tilfelle.
Gjengi definisjonar og omgrep knytt til vektorrom og deira dimensjon.
Løyse homogene og inhomogene lineære system av differensiallikningar.
Forstå enkle populasjonsmodellar.
Bruke grafisk drøfting for å få ei kvalitativ forståing av løysingskurvane.
Finne den partiell deriverte av funksjonar av fleire variable og bruke denne til å finne ekstrempunkter.
Skrive og forstå enkle MATLAB program.
Bruke MATLAB for å løyse algebraiske og differensiallikningar og system.
Bruke grafiske MATLAB verkty.
Tilrådde forkunnskapar MAT101
Krav til forkunnskapar
Fagleg overlapp Ingen
Undervising og omfang
Obligatoriske arbeidskrav Godkjende obligatoriske oppgåver (gyldig inneverande og påfølgjande haustsemester)
Vurdering/Eksamensform Skriftleg eksamen: 5 timar. Lovlege hjelpemiddel: kalkulator.
Eksamenssemester Det er ordinær eksamen kvart semester
Karakterskala
Grading scale
Ved sensur av emnet vert karakterskalaen A-F nytta.
The grading scale used is A to F. Grade A is the highest passing grade in the grading scale, grade F is a fail.
Undervisingsstad Bergen
Emneevaluering Studentane skal evaluere undervisinga i tråd med UiB og instituttet sitt kvalitetssikringssystem.
Kontaktinformasjon Førelesar og Administrativ kontaktperson finn du på Mi side, kontakt ev studiekonsulenten på instituttet.
U N I V E R S I T E T E T I B E R G E N Matematisk institutt
Matematisk institutt
Telefon 55582838
Telefaks 55589672
Postadresse
Postboks 7803
5020 Bergen
Besøksadresse
Johs. Brunsgt. 12
Bergen
Saksbehandler
Kristine Lysnes
55582834
side 1 av 1
Det matematisk-naturvitenskapelige fakultet
Nytt emne i brukertilpasset matematikk
Vedlagt er emnebeskrivelse for nytt emne MAT102 Brukerkurs i matematikk II.
Oppstartsemester vil være vår 2013 hvis fakultetet går inn for det. Vi vil understreke at
opprettelsen av kurset vil være avhengig av en økning i budsjettet på Matematisk institutt og
skal godkjennes av instituttleder. Dette brevet omhandler bare de faglige aspekter av kurset.
Pensum for det nye emnet er tenkt å være den siste tredjedelen av
boken 'Matematikk i praksis' av Tor Gulliksen og Arne Hole, som utgjør 5 studiepoeng. I
tillegg skal det gis en innføring i MATLAB, som også utgjør 5 studiepoeng. Det er ikke blitt
bestemt om det skal brukes en bok eller forelesningsnotater for MATLAB-delen.
Etter bestått MAT102 skal studentene kunne ta:
MAT121 - Lineær algebra
MAT131 - Differensialligninger I
MAT160 - Regnealgoritmer I
MAT102 vil derimot ikke kvalifisere direkte til å ta MAT212 - Funksjoner av flere variable.
Opptak til MAT212, som har krav om forkunnskaper tilsvarende MAT112 og MAT121, må
vurderes individuelt etter søknad fra studenter.
Vennlig hilsen
Jarle Berntsen Henrik Kalisch
Instituttleder for Programstyret
Kristine Lysnes
studiekonsulent
Referanse Dato
2011/10826-KRL 31.05.2012
1
Til Studiestyret ved Det matematisk-naturvitenskapelig fakultet
Rapport fra
Arbeidsgruppen for brukertilpasset tilbud i matematikk,
12. januar 2012
Oppsummering og anbefalinger
• Arbeidsgruppens vurderinger og anbefalinger er enstemmige. Vi takker for oppdraget
og ser fram til iverksettingen av våre forslag.
• Det er hensiktsmessig å opprettholde en todeling i matematikkundervisningen
mellom et løp for studenter som trenger mye matematikk, og et "brukerorientert
løp" for studenter som trenger matematikk som verktøy i mer begrenset grad. Det
brukerorienterte løpet bør imidlertid utvides ut over dagens MAT101/STAT101 til
også å omfatte et tredje kurs, som vi her har kalt MAT102.
• Det er et unisont ønske fra brukerinstituttene at en utvidet brukerorientert
matematikkpakke bør integrere opplæring i et matematikkverktøy (fortrinnsvis
Matlab eller R), noe som vil videreføre kompetanse studentene allerede tildels
innehar fra videregående skole. Vi ser det også som en klar fordel om Matematisk
institutt kunne bruke samme verktøy i STAT101 og MAT102.
• Et nytt brukerkurs MAT102 kan benytte samme lærebok som MAT101 (Tor Gulliksen:
Matematikk i praksis) og omfatte det stoffet som av plasshensyn ikke er inkludert i
dagens MAT101 (Lineær algebra, komplekse tall, resten av stoffet om
2
differensialligninger og funksjoner av flere variable). Resten av kurset bør vies til
eksempler på anvendelser og innføring i et matematikkverktøy (som Matlab eller R).
• MAT102 bør legges til vårsemesteret, slik at det kan følges i 2. semester og bygge
direkte videre på MAT101.
• Flere av brukerinstituttene har behov for anvendt stoff ut over MAT101 og MAT102, spesifikt relatert til differensialligninger, Fourierrekker og funksjoner av flere variable. Dette behovet vil imidlertid i stor grad kunne dekkes av dagens MAT131 Differensialligninger I. Det forutsettes da at MAT131 legges opp på en slik måte at MAT101 og MAT102 samlet sett gir tilstrekkelige forkunnskaper for å følge kurset, og vektlegger praktiske anvendelser. Til gjengjeld vil det ikke lenger være behov for at MAT121 Lineær algebra tilrettelegges for studenter som kun har MAT101.
• Gruppen ser ikke behov for å opprette andre nye brukerkurs enn MAT102 på
innføringsnivå, hverken i matematikk eller andre realfag. Imidlertid er det sterkt ønskelig å øke kapasiteten på brukerkurset i informatikk (INF109).
Bakgrunn
I kjølvannet av rapporten fra arbeidsgruppen for "Tverrfaglige studieprogram og
brukeremneundervisning"1 som ble levert Fakultetsstyret i mai 2010, var brukeremner i
matematikk ett av temaene som ble identifisert for videre oppfølging. Flere institutter og
tverrfaglige studieprogram har også etterlyst en diskusjon rundt tilbudet i anvendte
matematikkemner for utdanningsløp som har behov for matematikk som verktøy ut over det
som tilbys i dagens brukeremne MAT101.
I studiestyremøtet 26.01.11 ble det vedtatt å opprette en arbeidsgruppe med oppgave å
utrede en mulig utvidelse av det brukertilpassede tilbudet i matematikk. Arbeidsgruppen ble
formelt opprettet av visedekan 03.10.11 etter at de involverte instituttene hadde foreslått
medlemmer.
Sammensetning
Arbeidsgruppen har hatt følgende medlemmer fra brukerinstituttene samt leverandørsiden
på Matematisk institutt:
1 https://www.uib.no/filearchive/2010-2055-mn-vedlegg-1.pdf
3
• Bjørn J. Arntzen, Institutt for fysikk og teknologi • Nils Åge Frøystein, Kjemisk institutt • Jarl Giske, Institutt for biologi • Øyvind Halskau, Molekylærbiologisk institutt • Henrik Kalisch, Matematisk institutt • Harald Walderhaug (leder), Institutt for geovitenskap
Kristine Lysnes fra Matematisk institutt har fungert som gruppens sekretær
Mandat:
Arbeidsgruppen ble bedt om å vurdere følgende punkter:
• Om dagens matematikktilbud på innføringsnivå er tilstrekkelig eller om fakultetet bør
foreslå alternative emner som gir et bedre totaltilbud
• Vurdere om fakultetet bør ha en egen "matematikkpakke" for brukerorienterte og
teknologiske bachelorprogrammer
• Komme med innspill til eventuelt behov for andre brukerkurs på innføringsnivå (100-
tall) som ikke nødvendigvis er matematikk
Gruppen ble bedt om å levere sin rapport innen utgangen av mars 2012.
Arbeidsform
Gruppen har hatt 5 møter. Mellom møtene har gruppens medlemmer hatt meningsutveksling på e-post, og rådført seg med sine respektive institutter om temaene som har blitt behandlet. Visedekan Helge Dahle deltok på gruppens oppstartmøte.
Nåsituasjon
Dagens matematikkundervisning ved fakultetet er i praksis delt i to ulike og adskilte veier;
1) En teoretisk vei som er velegnet for studieløp som er tunge brukere av matematikk. Dette
løpet starter med MAT111 og fortsetter med ulike tematiske emner i de påfølgende
semestrene. En konsekvens av den tematiske oppdelingen er at studentene får god dybde i
alle sentrale matematiske tema, men dette forutsetter at man gjennomgår en matematisk
emnepakke på 50 studiepoeng eller mer.
2) En brukerorientert vei for studieprogrammer som også trenger matematikk som verktøy,
men i mer begrenset omfang, og heller ikke har plass til et stort antall matematikkemner i
studieplanen. Dette løpet baserer seg på brukerkursene MAT101 (som i henhold til
4
anbefalte forkunnskaper for matematikkemner nå kun gir grunnlag for ett matematikkurs til;
MAT121) og STAT101.
Studieprogrammene som ikke er tunge brukere av matematikk opplever det
brukerorienterte løpet som problematisk, i den forstand at MAT101 ikke dekker behovet for
basisteknikker i matematikk i tilstrekkelig bredde. Dagens lærebok i MAT101 oppleves som
god, men siden den opprinnelig er skrevet for et 15 studiepoeng kurs (dvs. før
kvalitetsreformen), må rundt 1/3 av innholdet i boka utgå, noe som medfører at sentrale
tema innen bl.a. lineær algebra, funksjoner av flere variable, differensialligninger og
komplekse tall ikke behandles. Det er som nevnt over mulig å supplere MAT101 med
MAT121, noe som (mer enn) oppfyller basisbehovet i lineær algebra, men fremdeles
etterlater store hull i de andre temaene nevnt over. I tillegg etterlyses mer eksempler på
anvendelse og illustrasjon av stoffet dersom de tilegnede teknikkene skal kunne brukes
aktivt senere av studentene i eget fagfelt.
Ønsker fra brukerinstituttene
Nytt brukeremne MAT102:
Diskusjonene i gruppen har vist at det er stor grad av konsensus mellom de ulike
brukerinstituttene om at MAT101 blir for knapt, og hvilke matematiske behov de har ut over
dette kurset:
• Alle involverte miljøer ønsker et brukerkurs nr 2 som de vil gjøre enten obligatorisk
eller sterkt anbefalt i sine bachelorgrader, og er innstilte på å rydde plass for et slikt
kurs i studieplanen.
• Det er enighet om at utvidet matematisk mengdetrening med fokus på
anvendelseseksempler/verktøy har stor verdi i seg selv, uavhengig av eksakt
pensuminnhold i et ekstra kurs. Et studieløp som bare inneholder MAT101 gir i de
fleste tilfeller for lite matematisk mengdetrening til at studentene anvender sin
kunnskap aktivt videre i eget fag.
• Alle ønsker at det undervises i bruk av et matematikkverktøy til visualisering og
eksemplifisering av matematiske og numeriske sammenhenger. Dette verktøyet bør
enten være gratis eller billig for studentene.
• Alle savner at det gis innføringer i de tema i MAT101-boka som av plasshensyn faller
ut av dagens pensum; lineær algebra, komplekse tall, resten av stoffet om
differensialligninger og funksjoner av flere variable.
5
Det er gruppens oppfatning at de fire punktene over best kan imøtekommes ved at det
introduseres et nytt brukerkurs MAT102 som anvender samme lærebok (Gulliksen) som
MAT101, slik at boka undervises i sin helhet. Denne læreboken er opprinnelig skrevet for et
15 studiepoengs kurs, og gir samlet sett en balansert og god introduksjon til praktisk
matematikk. Uansett hvilke deler av stoffet i boken som måtte fjernes for å presse pensum
ned til 10 studiepoeng, vil dette etterlate uheldige hull i sentrale tema.
Vi anser det ikke som noen god løsning å behandle alle temaene i boka mer overfladisk på 10
studiepoeng innenfor dagens MAT101 (eventuelt ved å skifte lærebok). Spennet i
matematiske tema er stort, og dersom det skal være et realistisk håp om at matematikken
studentene lærer skal anvendes i praksis senere, trengs det mer heller enn mindre
mengdetrening innenfor hvert enkelt tema. Dersom boka samlet sett utgjør 15 studiepoeng,
bør de overskytende 5 studiepoeng i et MAT102 derfor fokusere på trening i form av
regneeksempler, og introduksjon av et verktøy som studentene også kan nyttiggjøre seg til
praktisk matematikk senere i sitt studium og i arbeidslivet.
Introduksjon av matematikkverktøy i MAT102
I matematikkundervisningen i videregående skole gjøres det utstrakt bruk av enkle
programmer som f.eks. Geogebra2 for visualisering og eksemplifisering av matematiske
sammenhenger. Dette følges imidlertid ikke opp på fakultetets egne grunnkurs i
matematikk. Gruppen er enig om at en videreføring av denne kompetansen, fortrinnsvis
med et mer avansert verktøy som studentene har mulighet til å installere på egen PC og også
ha nytte av senere i sitt studium, er en viktig forutsetning for at tilegnede matematiske
teknikker skal forbli mer enn passiv kunnskap. Vi har i den sammenheng diskutert flere
mulige valg av verktøyprogram. Ut fra hensyn til både anvendelighet, lav brukerterskel,
mulighet for support og ikke minst hvilke programmer som brukes i undervisning og
forskning ved fakultetet i dag, mener vi det er to programmer som peker seg ut:
Matlab3 er programmet som er best kjent blant matematikerne som vil undervise et
eventuelt MAT102. Det brukes også i undervisningen på MAT160, som vil være et aktuelt
videregående emne for flere av studentene som følger et brukerorientert løp, og som
2 www.geogebra.org
3 http://www.mathworks.se/products/matlab/
6
verktøy på flere institutt (bl.a. geovitenskap). Programmet er ikke gratis, men individuelle
studentlisenser kan kjøpes for rundt 500 kroner, en kostnad vi mener kan forsvares ut fra at
studentene ikke vil måtte kjøpe ny lærebok i MAT102.
R4 brukes allerede som verktøy på brukerkurset i statistikk (STAT101), og er også i utstrakt
bruk på fakultetet, bl.a. på Institutt for biologi. I motsetning til Matlab er dette programmet
gratis tilgjengelig på internett.
Begge de ovennevnte verktøyene vil være hensiktsmessige alternativer i et nytt brukerkurs,
og de er i stor utstrekning installert på fakultetets datamaskiner allerede. Det endelige valget
av verktøy bør imidlertid etter gruppens mening overlates til de kursansvarlige på
Matematisk institutt. Vi vil imidlertid vektlegge at det er unødvendig at alle fremtidige kull av
studenter må lære seg to programmer som kan løse de samme oppgaver, og at det er bedre
at noen av lærerne lærer seg "det andre" programmet. Dette er til syvende og sist en faglig
vurdering som Matematisk institutt må ta.
Videre brukermatematikk ut over MAT102
Noen brukerorienterte studieløp, blant annet petroleum- og prosessteknologi og noen
retninger innen kjemi og geovitenskap, vil ha behov for matematikk ut over det som vil få
plass i MAT101/102. Aktuelle tema er i hovedsak differensialligninger, Fourierrekker og
funksjoner av flere variable. Gruppen har diskutert muligheten for å forlenge det separate
brukerløpet med et "MAT103", men kommet frem til at dette både praktisk og
ressursmessig virker lite hensiktsmessig. Imidlertid dekker dagens MAT131
Differensiallikningar I mye av det stoffet som etterlyses, og gruppen mener at det
brukerorienterte løpet heller kan påbygges med dette kurset. To forutsetninger for dette er:
• MAT101 og MAT102 må samlet sett gi tilstrekkelig forkunnskaper for MAT131. Dette
avviker fra dagens tilråding om forkunnskaper (MAT111, MAT112 og MAT121 hvorav
de to siste kan leses parallelt), men i henhold til signaler fra Matematisk institutt bør
dette være gjennomførbart.
• MAT131 legges opp slik at det inneholder tilstrekkelig med praktiske anvendelser
som er spesielt relevante for brukermiljøene.
De to punktene over vil kunne legge noen ekstra føringer på innhold og utforming av
MAT131. Til gjengjeld vil det ikke lenger være behov for at MAT121 Lineær algebra tilpasses
studenter som bare har MAT101 som forkunnskaper.
4 http://www.r-project.org/
7
Et annet eksisterende emne som blir identifisert som relevant for studenter innenfor et
brukerorientert løp er MAT160 Reknealgoritmar 1, som er viktig for miljøer som gjør utstrakt
bruk av numeriske metoder. Studenter som følger det brukerorienterte løpet over vil mangle
deler av de anbefalte forkunnskapene til dette kurset (MAT111 og MAT121), men til
gjengjeld potensielt ha bedre forhåndskunnskap om Matlab, som også anvendes her.
Spesielt for programmet i petroleum- og prosessteknologi er det ønskelig at motiverte
studenter også skal kunne utvide matematikken med emnet MAT212 Funksjonar av fleire
variable, selv om de har fulgt et brukerorientert løp. Imidlertid vil MAT101, MAT102 og
MAT131 ikke dekke de obligatoriske forkunnskapskravene for MAT212, som i dag utgjøres av
MAT112 og MAT121. I henhold til signaler fra Matematisk institutt vil en mulig løsning her
være at MAT101 i det brukerorienterte løpet kan byttes ut med MAT111 for motiverte
studenter med god bakgrunn fra videregående skole, og at MAT111, MAT102 og MAT131
samlet sett vil kunne utgjøre et alternativt forkunnskapskrav for MAT212. Meningene om
det er gunstig å anbefale MAT212 til studenter uten MAT112 er imidlertid delte på
Matematisk institutt, og de ønsker ikke å forplikte seg før dette har vært oppe til intern
diskusjon. En slik løsning forutsetter i tillegg at det ikke er nok overlapp mellom MAT111 og
MAT102 til å gi vekttallsreduksjon.
Studentbase for et brukerorientert løp
Alle de fem brukerinstituttene som har hatt representanter i arbeidsgruppen har i uformelle
diskusjoner stilt seg positive til den foreslåtte modellen, og er innstilt på å rydde plass til et
MAT102 i 2. semester i sine studieplaner. Det tas imidlertid forbehold om at endelige
anbefalinger om studieplanendringer avgjøres av programstyrene på de enkelte
studieprogram i forbindelse med årlig revisjon av studieplaner. Med dette forbehold ser
studentbasen på et framtidig MAT102 slik ut:
• Institutt for geovitenskap ønsker å gjøre et eventuelt MAT102 obligatorisk for
geologistudenter (ca 70 studenter årlig), mens geofysikkstudenter (som nå) vil følge
ordinære teoretiske matematikkemner.
• Institutt for biologi ønsker å gjøre MAT102 sterkt anbefalt i bachelorprogrammet,
avhengig av studentenes planer for senere spesialisering.
• Institutt for fysikk og teknologi ønsker at både MAT102 og MAT131 skal være
obligatoriske for bachelorprogrammet i petroleum- og prosessteknologi, på
bekostning av MAT112 og MAT121 som er obligatoriske i dag. Dette skiftet
forutsetter imidlertid at forkunnskapskravene for MAT212 kan oppfylles ved å
erstatte MAT101 med MAT111 i det brukerorienterte løpet, som beskrevet over.
Ordinære fysikkstudenter vil som nå følge teoretiske matematikkemner.
8
• Molekylærbiologisk institutt vil ha MAT102 som en sterk anbefaling i
bachelorprogrammet i molekylærbiologi.
• Kjemisk institutt vil ha enten MAT102 eller MAT121 som et sterkt anbefalt valg blant
flere matematikk/statistikkemner, avhengig av studentenes planer for senere
spesialisering.
Samlet sett representerer disse bachelorprogrammene rundt halvparten (i overkant av 300)
av fakultetets årlige inntak av laveregradsstudenter. For flertallet av disse studentene
(spesielt på geovitenskap, biologi og molekylærbiologi) vil MAT102 ikke fortrenge et
eksisterende matematikkurs i studieplanen, men representere en økning i antall avlagte
studiepoeng med matematikk. Rundt 130 studenter årlig (geologi samt petroleum- og
prosessteknologi) vil ha MAT102 som et obligatorisk emne. Det totale studenttallet på
MAT102 vil i tillegg avhenge av i hvilken grad kurset velges av studentene som får det
anbefalt på de andre bachelorprogrammene over, men et studenttall i overkant av 200
virker realistisk.
For MAT121 vil opplegget som er skissert over kunne gi en reduksjon i studenttallet, men
dette vil delvis bli kompensert av økning på MAT131.
Semesterplassering
Arbeidsgruppen mener det er viktig at matematikkemnene i et brukerløp kan følges
fortløpende i påfølgende semestre. Dette tilsier at MAT102 bør plasseres i vårsemesteret slik
at det kan følges i 2. semester, direkte etter MAT101. De involverte instituttene er også
innstilt på å tilrettelegge sine studieplaner for dette.
MAT131 undervises nå om våren; noe som vil føre til ett semesters opphold etter MAT102
for brukermiljø som også ønsker dette kurset. Konsekvensene av et semesterbytte for
MAT131 bør muligens utredes. Alternativt kan den matematiske kontinuiteten (og
kontinuiteten i bruk av verktøyprogrammer) ivaretas over fire semester ved å også inkludere
STAT101. Over de fire første semestrene på bachelorstudiet blir rekkefølgen av
brukermatematikk da: MAT101(1H); MAT102(2V); STAT101(3H) og MAT131(4V), med en
avtagende mengde studenter oppover i løpet.
Andre brukerkurs utenom matematikk
Ett av punktene i arbeidsgruppens mandat var å "Komme med innspill til eventuelt behov for
andre brukerkurs på innføringsnivå (100-tall) som ikke nødvendigvis er matematikk".
Arbeidsgruppen har ikke identifisert et konkret behov for nye kurs her, men ønsker å peke
på at begrenset kapasitet på de to innføringskursene i informatikk, spesielt INF109
9
(Dataprogrammering for naturvitskap) men også INF100 (Grunnkurs i programmering),
skaper problemer for brukermiljøene. Ordningen med prioritert opptak etter antall
studiepoeng fører med dagens kapasitet til at mange studentene ikke kan følge disse
kursene før det er "for sent" i forhold til andre emner i studieplanen.
Institutt for biologi har i tillegg innført PHYS101 som obligatorisk fag. Dette vil også bidra til å
styrke den kvantitative komponenten i utdanningen.
Tidspunkt for implementering
Ut fra gjeldende system for studieplanendringer meldes forslag til "større endringer" som
opprettelse/nedlegging av kurs inn til en årlig frist i oktober, og implementeres dersom de
godkjennes fra påfølgende studieår. Dette innebærer at et MAT102 tidligst vil kunne starte
opp studieåret 2013/2014; altså våren 2014. Arbeidsgruppen er imidlertid av den oppfatning
at det hadde vært gunstig å starte opp allerede våren 2013 dersom dette er praktisk
gjennomførbart. Dette forslaget medfører ingen endringer for studenter som allerede er i
gang eller av eksisterende emner, og vi tror derfor at disse endringene kan implementeres så
fort de nødvendige vedtak er gjort.
Bergen, 12.1.12,
Bjørn J. Arntsen
Nils Åge Frøystein
Jarl Giske
Øyvind Halskau
Henrik Kalisch
Harald Walderhaug
Kristine Lysnes (sekr)
4. Plan for programsensor ved Molekylærbiologisk in stitutt (utdrag frå sensormappe for programsensor) Programstyret har laget en detaljert plan for programsensuren de første to årene. En foreløpig plan er også blitt utarbeidet for de to siste årene av sensurperioden, men her ønsker vi også at programsensor kommer med forslag til tema/problemstillinger som bør granskes nærmere. Programstyret kan revidere planen i samråd med programsensor. Programsensor bør hvert år ha et møte med programstyret og undervisningsansvarlige for emner som evalueres. I tillegg skal programsensor utarbeide en årlig evalueringsrapport til programstyret innen 1. juli etter malen i Handbok for kvalitetssikring av universitetsstudia. 2007-2008 I løpet av det første året bør programsensor gjøre seg godt kjent med oppbygningen av bachelor- og masterprogrammene og emnene som inngår i disse. Her ønsker vi i første omgang en kort tilbakemelding med en vurdering av hovedtrekkene i instituttets undervisningstilbud. I tillegg er det et spesielt behov for få en detaljert vurdering av de innledende obligatoriske emnene MOL100 og MOL200; særlig gjennomføring og opplegg på MOL100 og fordeling av faglig innhold mellom de to emnene. For begge emner er det viktig at programsensor ser kritisk på undervisnings- og vurderingsmetodene som blir brukt, og om disse gir den ønskede læringseffekten. Denne vurderingen må bl.a. baseres på evalueringsrapportene for disse emnene og samtaler med de emneansvarlige. Vi ønsker spesielt forslag til forbedringer av MOL100 som undervises til en stor og heterogen studentgruppe (biologer og kjemikere er også inkludert). Bruken av ressurser på dette emnet bør også vurderes i forhold til det store bidraget til instituttets totalproduksjon av studiepoeng. Ut ifra vårt ønske om å bedre studentenes faglige modning og motivasjon er det dessuten behov for å få en foreløpig vurdering av om det kunne ha en positiv effekt å inkludere noe laboratorieundervisning i MOL200. En mer helhetlig vurdering av instituttets laboratorieundervisning ønskes det andre året av sensurperioden. 2008-2009 Programsensor skal i løpet av det andre året se nærmere på instituttets helhetlige undervisningsvirksomhet bl.a. med utgangspunkt i undervisningsmeldingene fra de seinere år. Det er særlig behov for å få vurdert bachelor- og masterprogrammenes omfang, oppbygging og emnesammensetning i forhold til nasjonal og internasjonal standard. Videre ønsker vi tilbakemelding om hvilket helhetsinntrykk vår undervisningsvirksomhet, inkludert studiepoengproduksjon, gir sammenlignet med tilsvarende institutter ved andre institusjoner. Spesielle positive og eventuelt negative trekk bør fremheves. Det er også behov for å få belyst hvor omfattende undervisningstilbudet og undervisningsbelastningen er i forhold til antall vitenskapelig ansatte. Videre ønsker vi at programsensor fokuserer spesielt på laboratoriekursene som undervises på bachelor nivå (MOL202) og master nivå (MOL300). Instituttet har gjennom flere år arbeidet for å forbedre innholdet i disse kursene. I tillegg er det nylig innkommet forslag til ytterligere forbedringer hvor mer av laboratorieundervisningen er tenkt overført til bachelor nivå. Her bør det også vurderes om det ville vært gunstig å flytte noe av det grunnleggende fra MOL202 til MOL200. De ansvarlige for laboratorieundervisningen bør kontaktes for å få belyst disse problemstillingene best mulig. Vurderingen av laboratorieundervisningen bør dessuten omfatte kommentarer til undervisningslaboratoriets utrustning og organisering.
2009-2010 I likhet med innføringsemnene er det viktig å få en kritisk vurdering av innhold og nivå i de andre teoretiske emnene som er obligatorisk for bachelorgraden (MOL201, MOL203) og mastergraden (MOL310). Dessuten ønsker vi synspunkter fra programsensor angående relevansen til de ulike spesialiserte emnene, og forslag til eventuelle endringer. Programsensor skal bl.a. med utgangspunkt i undervisningsmeldingene og emneevalueringene gi en helhetsvurdering av hvordan instituttet bruker ulike typer vurderingsformer på de forskjellige emnene. I tillegg er det behov for å få belyst instituttets praksis mht. bruk av ekstern sensor. Vi ønsker også å få kommentarer angående instituttets evne til omlegging av undervisningsvirksomheten i tråd med nye utfordringer og pålegg fra universitetsledelsen. I den forbindelse er det også behov for å få generelle tilbakemeldinger om omfang/kvalitet av programstyrets arbeid bl.a. med utgangspunkt i sakslister og referater fra programsyremøter. Programstyret ønsker videre å få vurdert det faglige og sosiale miljøet blant molekylærbiologistudenter på bakgrunn av tilgjengelig informasjon og kontakt med MBI studentenes egen organisasjon Heliks. Her er det naturlig å sammenligne med tilsvarende institutter ved andre institusjoner. 2010-2011 I tillegg til emnene som inngår i mastergraden er det behov for å få en vurdering av mastergradsoppgavene både mht. kvalitet og faglig relevans til molekylærbiologi. Her er det bl.a. viktig å få sammenlignet kvalitet og karaktersetting i forhold til tilsvarende institutter ved andre universiteter i Norge. Det siste året av sensurperioden ønsker vi også at programsensor skal gjøre en mer helhetlig kvalitetsvurdering av instituttets undervisningsvirksomheten og utarbeide diverse forslag til mulige forbedringer. Således er det bl.a. behov for å få synspunkter på om undervisningstilbudet bør justeres nærmere opp til instituttets forskningsprofil. I tilknytning til dette ønskes også forslag til eventuelt tettere koblinger mellom undervisning og forskningsvirksomhet som kan gi bedret motivasjon hos studentene og eventuell ressursinnsparing. Programsensor bør dessuten kommentere andre forhold som kan ha betydning for instituttets ressursbruk og undervisning. Eksempelvis ønskes kommentarer til bruken av stipendiater i undervisningen og hvordan undervisningsressursene fordeles på bachelorprogrammet og masterprogrammet. Gode råd om hvordan vi kan få bedre tid til forskning mottas også med takk.