Utilización de software Swiss Pdb Viewer y aplicación a una proteína

ejemplo

Antonio León Alcaide

COMPLEJO SEC1(NEURONAL)-SYNTAXIN 1a

Este complejo está formado por dos cadenas polipeptídicas.En la imagen podemos ver en rojo la estructura secundaria de Sec1 y en verde la estructura secundaria de syntaxin 1a

Superficie molecular del complejo

Esta proteína, con forma arqueada, tiene una cavidad central con una profunidad de 15 Amstrong.

Nsec1 se divide en 3 dominios, el primero comprende los residuos 4-134, el segundo los residuos 480-592 y el tercero los residuos 246-479.

El dominio 1 posee 5 hojas beta paralelas, las cuales son flanqueadas por 5 hélices tipo alfa.

Dominio 1 de

Sec1

Como se puede observar, la hoja beta del dominio 2 posee 4 ramas paralelas y una antiparalela.

Dominio 2 de Sec1

Dominio alfa-beta-alfa entre los dominios 547 y 584

Motivo alfa-beta-alfa entre los residuos 166 y 215

Dominio 3 de Sec 1

Comparación entre láminas beta de dominio 1 y 2. En un caso todas las ramas son paralelas, en el otro son antiparalelas. Esto puede indicar que estos dominios no se han originado por duplicación.

Estructura secundaria de los residuos 27-248 de syntaxin 1a. Esta proteína es mayoritariamente helicoidal.helical”

Syntaxin 1a

Los residuos comprendidos entre 160 y 172 forman una corte hélice situada en el exterior del complejo.

Estas hélices forman entre si un ángulo cercano a los 90º como se puede ver

La hélice corta y la larga se encuentran a unos 8 A de distancia

Si artificialmente, con el software utilizado modificamos el tipo de estructura secundaria de una hélice a una lámina beta vemos como incrementa en gran medida la distancia entre los dos átomos dados.

Con el software podemos variar los ángulos Phi y Psi de cada residuo de forma individual y observar los cambios que esto provocará en la estructura:

Hélice original sin modificar ningún ángulo

Modificación de ángulos Phi y Psi de un solo residuo (indicado en diagrama de Ramachandra)

Dos ramas de lámina beta sin modificar ningún ángulo

Modificación de los ángulos de un solo residuo(indicado con flecha)