РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК

НАУЧНЫЙ СОВЕТ ПО МАТЕМАТИЧЕСКОЙ БИОЛОГИИ И БИОИНФОРМАТИКЕ

ФЕДЕРАЛЬНЫЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР

ИНСТИТУТ ПРИКЛАДНОЙ МАТЕМАТИКИ ИМ. М.В. КЕЛДЫША

ИНСТИТУТ МАТЕМАТИЧЕСКИХ ПРОБЛЕМ БИОЛОГИИ

ПРОГРАММА

VII МЕЖДУНАРОДНОЙ КОНФЕРЕНЦИИ

«МАТЕМАТИЧЕСКАЯ БИОЛОГИЯ И БИОИНФОРМАТИКА»

14-19 октября 2018 г., Пущино

Конференция проводится при финансовой поддержке Российского фонда

фундаментальных исследований, проект 18-07-20040.

Техническую поддержку конференции осуществляет ООО «ИнтраБио»

© Научный совет РАН по математической биологии и биоинформатике

© ФИЦ «Институт прикладной математики имени М.В.Келдыша РАН»

© Институт математических проблем биологии РАН

2

15 октября, понедельник

9.00 – 10.00 Регистрация участников (ауд. 219, ИМПБ РАН)

Открытие конференции (конференц-зал, ИМПБ РАН)

10.00 – 10.10 Лахно Виктор Дмитриевич (Институт математических проблем биологии

РАН). Вступительное слово Председателя Организационного комитета.

10.10 – 10.45 Ризниченко Галина Юрьевна, Дьяконова А.Н., Коваленко И.Б.,

Плюснина Т.Ю., Хрущев С.С., Федоров В.А. (Московский государственный университет

имени М.В.Ломоносова) Модели клеточной и молекулярной регуляции фотосинтетической

цепи водород-выделяющих микроводорослей

10.45 – 11.20 Lakhno Viktor Dmitrievich (Institute of Mathematical Problems of Biology RAS –

the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of RAS) Electronic, Thermodynamic and

Dynamical Properties of DNA

11.20 – 11.40 Перерыв

Утреннее заседание, пленарные доклады1(конференц-зал, ИМПБ РАН)

Председатель сессии Устинин Михаил Николаевич

Начало заседания в 11.40

11.40 – 12.15 Russo Nino, De Simone B.C., Mazzone G., Marino T., Sicilia E., Toscano M.

(Università della Calabria, Italy) On the design of new photosensitizers active in photodynamic

therapy by using DFT tools

12.15 – 12.50 Твердислов Всеволод Александрович, Малышко Е.В. (МГУ имени М.В.

Ломоносова, физический факультет) Хиральный дуализм, стрела симметрий и молекулярные

машины

12.50 – 13.25 Сидорова А.Э., Твердислов В.А., Левашова Н.Т., Котов А.Р., Устинин Михаил

Николаевич (МГУ имени М.В. Ломоносова, Физический факультет, кафедра биофизики;

ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Метод количественной оценки

хиральности в иерархиях белковых структур

Дневное заседание, секционные доклады2

Секция А «Математические основы нанобиоэлектроники» (конференц-зал, ИМПБ РАН)

Председатель секции Лахно Виктор Дмитриевич

Начало заседания в 15.00

15.00 – 15.20 Bystrov Vladimir Sergeevich, Bdikin I.K., Tverdislov V.A., Zhulyabina O.A.,

Zelenovskiy P.S., Kopyl S.A. (Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of

Keldysh Institute of Applied Mathematics of RAS; TEMA-NRD, Mechanical Engineering Department

and Aveiro Institute of Nanotechnology (AIN), University of Aveiro; Physical Faculty, Lomonosov

Moscow State University; Ural Federal University; University of Aveiro) Physical ferroelectric and

chiral properties of various dipeptide nanotubes and nanostructures

15.20 – 15.40 Lakhno Viktor Dmitrievich, Sergeev K.S., Chetverikov A.P. (Institute of

Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of

RAS; National research Saratov state university) Evolution of electron energy under trapping by

mobile discrete breathers in DNA with fixed ends

1 Продолжительность пленарного доклада – 30 минут

2 Продолжительность секционного доклада – 15 минут

3

15.40 – 16.00 Fialko Nadezhda Sergeevna, Lakhno V.D. (Institute of Mathematical Problems of

Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of RAS) Modeling of charge

transfer in heterogeneous oligonucleotides at a biologically significant temperature

16.00 – 16.20 Korshunova Alevtina Nikolaevna, Lakhno V.D. (Institute of Mathematical Problems

of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of RAS) Various regimes of

charge transfer in a Holstein chain in a constant electric field depending on its intensity and the initial

charge distribution

16.20 – 16.40 Перерыв

16.40 – 17.00 Shigaev Aleksei Sergeevich, Feldman T.B., Nadtochenko V.A., Lakhno V.D.

(Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied

Mathematics of RAS; Emanuel Institute of Biochemical Physic, RAS; Semenov Institute of Chemical

Physics, RAS) Comparison of quantum-classical model of rhodopsin photoisomerization with a

quantum-mechanical model approach of Hahn and Stock

17.00 – 17.20 Fialko Nadezhda Sergeevna, Lakhno V.D. (Institute of Mathematical Problems of

Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of RAS) Modeling of charge

transfer in «donor-homogeneous brige-acceptor»chains at T = 300 K

17.20 – 17.40 Geraskin E.I., Chetverikov Aleksandr Petrovich, Shigaev A.S. (National research

Saratov state university; Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh

Institute of Applied Mathematics of RAS) Nucleation length of denaturation bubble in Peyrard-

Bishop-Dauxois model and its modifications

17.40 – 18.00 Korshunova Alevtina Nikolaevna, Lakhno V.D. (Institute of Mathematical Problems

of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of RAS) Charge transport in

a homogeneous molecular polynucleotide chain excited by initial displacements and velocities of

nucleotide pair

Секция Б «Математическая биофизика» (ауд. 306, ИМПБ РАН)

Председатель секции Ризниченко Галина Юрьевна

Начало заседания в 15.00

15.00 – 15.20 Черкай Александр Даниилович, Власов Ю.А. (Московский авиационный

институт (научный исследовательский университет); Новосибирский национальный

исследовательский государственный университет) Лингвистический анализ ритма сердца и

15 типов его диаграмм Пуанкаре

15.20 – 15.40 Кудинов А.Н., Михеев С.А., Цветков Виктор Павлович, Цветков И.В.

(Тверской государственный университет) Квантование фазового пространства мгновенного

сердечного ритма

15.40 – 16.00 Мазуров Михаил Ефимович, Городков А.Ю. (Российский экономический

университет им. Г.В. Плеханова; ФГБУ Научный центр сердечно-сосудистой хирургии им

А.Н. Бакулева) Торнадо в сердце, его самоорганизация

16.00 – 16.20 Кислухин Виктор Васильевич, Кислухина Е.В. (Медисоник; ГБУЗ НИИ СП им.

Н.В. Склифосовского ДЗ) Cтохастический анализ данных лазер-доплер флоуметрии (ЛДФ) и

интервалов cердечных сокращений (R-R)

16.20 – 16.40 Перерыв

16.40 – 17.00 Шадрина Нажия Хабибуллаевна (ФГБУН Институт физиологии им. И.П.

Павлова РАН) Влияние активных сокращений на распределение напряжений в стенке

резистивного кровеносного сосуда

4

17.00 – 17.20 Тетуев Руслан Курманбиевич, Москаленко А.В., Алёшин С.А., Махортых С.А.

(ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В.Келдыша РАН; ООО «Сентор Cофтвер») Перспективы

использования языка SpecML для математического моделирования в задачах кардиофизики

17.20 – 17.40 Шадрин Константин Викторович, Пахомова В.Г., Крюкова О.В., Рупенко А.П.

(Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр СО РАН»;

Красноярский государственный медицинский университет имени профессора В.Ф. Войно-

Ясенецкого) Математическое моделирование метаболической активности изолированной

перфузируемой печени крысы в условиях сниженной оксигенации перфузионной среды

17.40 – 18.00 Япаров.Б.Я, Ивченко Владимир Владимирович (Уральский федеральный

университет) Математическое моделирование зависимости времени активации

рианодинового рецептора от магния

18.00 – 18.20 Мазуров Михаил Ефимович (Российский экономический университет им. Г.В.

Плеханова) Кодирование информации в импульсных избирательных нейронных сетях

18.20 – 18.40 Мазуров Михаил Ефимович (Российский экономический университет им. Г.В.

Плеханова) Обучение избирательных нейронных сетей на основе самоорганизации

Постерная сессия (стендовые доклады)

18.20 –19.00

Астахова Татьяна Юрьевна, Виноградов Г.А. (Институт биохимической физики им. Н.М.

Эмануэля РАН) Полярон в постоянном электрическом поле. Возбуждение когерентных

колебаний решетки

Филиппов Сергей Валерьевич (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Методы

работы с динамическими молекулярными моделями, построенными в среде открытого 3D

редактора Blender

Пятков Максим Иванович, Зайцев А.Ю., Ольшевец М.М., Фиалко Н.С. (ИМПБ РАН –

филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Поиск оптимального шага интегрирования в задаче

моделирования динамики заряда в гетерогенных ДНК

Пятков Максим Иванович, Зайцев А.Ю., Ольшевец М.М., Фиалко Н.С. (ИМПБ РАН –

филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Частичная автоматизация расчетов на гибридных супер-

ЭВМ при моделировании переноса заряда в квазиодномерных молекулярных цепочках

19.00 – 21.00 Приветственный коктейль (холл 2-го этажа, ИМПБ РАН)

5

16 октября, вторник

9.00 – 10.00 Регистрация участников (ауд. 219, ИМПБ РАН)

Утреннее заседание, пленарные доклады (конференц-зал, ИМПБ РАН)

Председатель сессии Устинин Михаил Николаевич

Начало заседания в 10.00

10.00 – 10.35 Айду Эдуард Альфред-Иоханесович, Трунов В.Г. (Институт проблем

передачи информации им. А.А. Харкевича РАН) Биофизический смысл интегральных вектор-

кардиографических параметров

10.35 – 11.10 Устинин Михаил Николаевич, Масленников Ю.В., Рыкунов С.Д., Крымов В.А.

(ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; Институт Земного магнетизма,

ионосферы и распространения радиоволн им. Н.В. Пушкова РАН; Институт радиотехники и

электроники им. В.А. Котельникова РАН) Реконструкция функциональной структуры сердца

человека по малоканальной магнитной кардиограмме

11.10 – 11.45 Комаров Владислав Михайлович, Самченко А.А., Кондратьев М.С.

(Институт биофизики клетки РАН) Проблема доминирования A/T-треков в геноме человека

11.45 – 12.00 Перерыв

12.00 – 12.35 Ушенин Константин Сергеевич, Докучаев А., Магомедова С.М., Сопов О.В.,

Калинин В.В., Соловьева О.Э. (Уральский федеральный университет; Институт

иммунологии и физиологии УрО РАН; Национальный медицинский исследовательский центр

сердечно-сосудистой хирургии имени А.Н. Бакулева; ООО «Амикард») Модели

электрофизиологии сердца и торса человека верифицированные на клинических данных

12.35 – 13.10 Зимин Андрей Антонович, Назипова Н.Н. (Институт биохимии и физиологии

микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН; Пущинский естественно-научный институт

(Университет); ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Исследование

метагеномов океанической микробиоты

13.10 – 13.45 Быстров Владимир Сергеевич, Парамонова Е.В., Авакян Л.А., Коутиньо Ж.,

Быстрова А.В. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; Южный Федеральный

университет; Университет Авейро) Дефекты в гидроксиапатите: структура и свойства,

расчеты из первых принципов

Секция А «ММааттееммааттииччеессккииее ммееттооддыы ооббррааббооттккии ии ааннааллииззаа ббииооллооггииччеессккиихх ддаанннныыхх»

(конференц-зал, ИМПБ РАН)

Председатель секции Быстров Владимир Сергеевич

Начало заседания в 15.00

15.00 – 15.20 Paramonova Ekaterina Vladimirovna, Avakyan L.A., Coutinho J., Bystrov V.S.

(Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied

Mathematics of RAS; Physics Faculty, Southern Federal University; Department of Physics and I3N,

University of Aveiro) Density functional study of magnetic substitutions in hydroxyapatite

15.20 – 15.40 Авакян Леон Александрович, Манукян А.С., Парамонова Е.В., Богдан А.С.,

Сухарина Г.С., Шароян Э.Г., Бугаев Л.А. (Южный федеральный университет; Институт

физических исследований, Национальная академия наук Армении; ИМПБ РАН – филиал ИПМ

им. М.В. Келдыша РАН) Молекулярно-динамические модели на основе реактивного силового

поля нанокомпозитов железо/оксид/углерод, разрабатываемых для магнитной гипертермии

6

15.40 – 16.00 Bystrov Vladimir Sergeevich, Bdikin I.K., Silibin M.V., Karpinsky D.V., Meng X.J.,

Tian B.B., Wang J.L., Bystrova A.V., Paramonova E.V. (Institute of Mathematical Problems of

Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of RAS; TEMA-NRD,

Mechanical Engineering Department and Aveiro Institute of Nanotechnology (AIN), University of

Aveiro; National Research University of Electronic Technology “MIET”; Scientific-Practical

Materials Research Centre of NAS of Belarus; National Lab. Infrared Physics, Shanghai Institute of

Technical Physics, CAS) Computer modeling and studies of the polymer ferroelectrics/graphene

nano-composites

16.00 – 16.20 Хрущев Сергей Сергеевич, Плюснина Т.Ю. (МГУ имени М.В. Ломоносова,

биологический факультет) Метод спектральной мультиэкспоненциальной аппроксимации для

обработки больших массивов экспериментальных данных

16.20 – 16.40 Перерыв

16.40 – 17.00 Сенько Олег Валентинович, Кодрян М.С., Кузнецова А.В., Клименко Л.Л.

(Федеральный исследовательский центр «Информатика и управление» РАН; МГУ

им.М.В.Ломоносова; Институт биохимической физики им. Н.М. Эмануэля; Институт

химической физики им. Н.Н. Семёнова) Метод оптимальных разбиений для оценки влияния

степени оксигенации гемоглобина на фактор роста эндотелия сосудов

17.00 – 17.20 Рыкунова Е.Д., Рыкунов Станислав Дмитриевич, Бойко А.И., Устинин М.Н.

(ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; Московский физико-технический

институт (Государственный университет), факультет инноваций и высоких технологий)

Программный комплекс для анализа данных магнитной энцефалографии методом

виртуальных электродов

17.20 – 17.40 Панкратова Наталья Михайловна, Рыкунов С.Д., Устинин М.Н. (ИМПБ РАН –

филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Спектральные особенности энцефалограмм,

наблюдаемые при психических расстройствах

17.40 – 18.00 Поляков Максим Валентинович, Хоперсков А.В., Новочадов В.В.,

Терпиловский А.А., Тирас Х.П. (Волгоградский государственный университет; ООО

«Лаборатория виртуальной биологии»; Институт теоретической и экспериментальной

биофизики) Моделирование биологических тканей с использованием технологии 3D

реконструкции

18.00 – 18.20 Скрыпицына Татьяна Николаевна, Спиридонова Е.Е. (Московский

государственный университет геодезии и картографии (МИИГАиК)) Оценка

морфометрических параметров поверхности тела человека по данным биофотограмметрии

18.20 – 18.40 Лыжко Екатерина Викторовна, Махортых С.А. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ

им. М.В. Келдыша РАН; ПущГЕНИ) Использование сферических гармоник для анализа

источников ЭЭГ при наличии шума

Дневное заседание, секционные доклады

Секция Б «Биоинформатика» (ауд. 306, ИМПБ РАН)

Председатель секции Матушкин Юрий Георгиевич

Начало заседания в 15.00

15.00 – 15.20 Романенков Кирилл Владимирович, Тюльбашева Г.Э., Устинин М.Н.,

Назипова Н.Н. (Сколковский институт науки и технологий; ИМПБ РАН – филиал ИПМ им.

М.В. Келдыша РАН) Создание Web-сервера для получения сборки генома de novo на основе

объединения результатов, полученных различными программами-сборщиками

15.20 – 15.40 Маткаримов О.О., Поливода Д.Э., Попцова Мария Сергеевна (Факультет

компьютерных наук, Национальный исследовательский университет; «Высшая школа

экономики») Поиск паттернов ассоциации между функциональными элементами генома

7

15.40 – 16.00 Кутыркин Владимир Андреевич, Чалей М.Б. (МГТУ им. Н.Э. Баумана; ИМПБ

РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Распознавание скрытой периодичности в

последовательностях ДНК на основе стохастических моделей кодирования

16.00 – 16.20 Чалей Мария Борисовна, Тюлько Ж.С., Кутыркин В.А. (ИМПБ РАН – филиал

ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; ОмГМУ Минздрава России; МГТУ им. Н.Э. Баумана)

Особенности кодирующих последовательностей геномов флавивирусов

16.20 – 16.40 Перерыв

16.40 – 17.00 Bogatyrev Mikhail Jur'evich, Samodurov K.V. (Tula State University) Conceptual

Approach to Clustering in the Study of Gene Expression

17.00 – 17.20 Микурова Александра Валерьевна, Скворцов В.В. (Институт

биомедицинской химии им. В.Н. Ореховича) Обобщенная модель предсказания активности

ингибиторов нейра-минидазы вируса гриппа различных штаммов

17.20 – 17.40 Форгани Маджид Али, Хачай М.Ю. (Уральский Федеральный университет;

Институт математики и механики УрО РАН) Локальное влияние замены аминокислоты на

антигенность вируса гриппа

17.40 – 18.00 Тихонов Д.А., Куликова Людмила Ивановна, Руднев В.Р., Ефимов А.В. (ИМПБ

РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; Институт теоретической и экспериментальной

биофизики РАН; Институт белка РАН) Распознавание и исследование спиральных пар

белковых молекул

18.00 – 18.20 Руднев Владимир Ремович, Тихонов Д.А., Куликова Л.И., Губин М.Ю.,

Ефимов А.В. (Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН; ИМПБ РАН –

филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; Национальный исследовательский Томский

политехнический университет; Институт белка РАН) База данных структурных мотивов

белковых молекул и вычислительные сервисы для их анализа

Постерная сессия (стендовые доклады)

18.20 –19.30

Белинская Дарья Александровна, Гончаров Н.В. (Институт эволюционной физиологии и

биохимии им. И.М. Сеченова РАН; ФГУП «НИИ гигиены, профпатологии и экологии человека»

ФМБА России) Поиск спейсера для иммобилизации фосфорорганических соединений через

стрептавидин-биотиновую систему с помощью компьютерного моделирования

Шестакова Наталия Николаевна, Барыгин О.И., Белинская Д.А. (Институт эволюционной

физиологии и биохимии им. И.М. Сеченова РАН) Роль электростатических взаимодействий в

связывании пс ихотропных препаратов с NMDA-рецептором по данным компьютерного

моделирования

Грохлина Татьяна Ивановна, Панченко Л.А., Полозов Р.В., Сивожелезов В.С., Иванов В.В.

(ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; МГУ им. М.В.Ломоносова, Биологический

факультет; Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН; Институт

биофизики клетки РАН; Объединенный институт ядерных исследований; Национальный

исследовательский ядерный университет "МИФИ") Классификация комплексов семейств

белков: гомеодомены – ДНК, цинковые пальцы – ДНК. Статистический анализ структур ДНК

в интерфейсах комплексов гомеодомен – ДНК

Sarkar Aditya K., Sarzynska J., Lahiri A. (University of Calcutta; Institute of Bioorganic Chemistry,

Poznan) Effect of 2-thiouridine on RNA Conformation

Dutta Chowdhury S., Glyakina A.V., Lahiri A., Galzitskaya Oksana Valerianovna (Institute of

Protein Research, RAS; University of Calcutta; Institute of Mathematical Problems of Biology RAS –

8

the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics of RAS) Plant Antibacterial Peptides and their

Possible Oligomerization

Федосеева Вия Борисовна, Жаринова И.А., Александров А.А. (Институт Молекулярной

Генетики РАН) Особенности распределения мотивов РНК узнающих белков для протяженных

генов 15 хромосомы Homo sapiens

Филиппов Сергей Валерьевич, Сивожелезов В.С. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В.

Келдыша РАН; ИБК РАН) Метод построения динамических молекулярных моделей в среде

открытой 3D-платформы Blender на примере β2 -адренорецептора

Виноградов Дмитрий Сергеевич, Ульянов Е.В., Гудимчук Н.Б. (Центр теоретических

проблем физико-химической фармакологии РАН; МГУ имени М.В. Ломоносова) Кинетическая

модель динамики микротрубочки с учётом изогнутой конформации тубулина

Ульянов Евгений Владимирович, Виноградов Д.С., Атауллаханов Ф.И., Гудимчук Н.Б.

(МГУ имени М.В. Ломоносова; Центр теоретических проблем физико-химической

фармакологии РАН) Компьютерная модель сборки тубулиновых микротрубочек с изогнутыми

протофиламентами на конце

Баулин Евгений Федорович, Тихонова П.О., Ройтберг М.А. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им.

М.В. Келдыша РАН; Московский физико-технический институт; Национальный

исследовательский университет «Высшая школа экономики») Предсказание сайтов

связывания ионов магния с РНК методами машинного обучения

Окенов Арстанбек Окенович, Япаров Б.Я., Москвин А.С. (Уральский федеральный

университет имени первого Президента России Б.Н. Ельцина) Описание температурных

эффектов в TRP каналах на основе теории Крамерса

Ри Наталья Александровна, Хлебодарова T.M., Лихошвай В.А. (ФИЦ Институт цитологии и

генетики СО РАН) Молекулярно-генетические механизмы формирования мембранного

потенциала у Escherichia coli в условиях стационарного роста на нитрите

Киселев С.С., Озолинь О.Н., Панюков Валерий Васильевич (Институт биофизики клетки

РАН; ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Использование k-меров для

внутривидового типирования бактерий

9

17 октября, среда

Экскурсия в Серпуховский историко-художественный музей и Приокско-террасный

заповедник (отправление в 9.00 от здания ИМПБ РАН)

10

18 октября, четверг

9.00 – 10.00 Регистрация участников (ауд. 219, ИМПБ РАН)

Утреннее заседание, пленарные доклады (конференц-зал, ИМПБ РАН)

Председатель сессии Быстров Владимир Сергеевич

Начало заседания в 10.00

10.00 – 10.35 Морнев О.А., Лысикова Татьяна Асхатовна (Институт теоретической и

экспериментальной биофизики РАН) Динамика распространения нервного импульса: новые

детали старой проблемы

10.35 – 11.10 Клименко А.И., Мустафин З.С., Лашин С.А., Матушкин Юрий Георгиевич

(Институт цитологии и генетики СО РАН; Новосибирский Национальный

Исследовательский Государственный Университет) Моделирование эволюции усложнения и

упрощения метаболизма прокариот в пространственно-гетерогенных средах

11.10 – 11.45 Bratus Aleksandr Sergeevich, Yakushkina T., Drozhzhin S., Samokhin I. (Faculty of

Computational Mathematics and Cybernetics, Lomonosov Moscow State; Department of Applied

Mathematics; School of Business Informatics, National Research University Higher School of

Economics) Mathematical Models of Evolution for Replicator Systems: Fitness Landscape

Adaptation

11.45 – 12.00 Перерыв

12.00 – 12.35 Белотелов Николай Вадимович, Коноваленко И.А., Назарова В.М. (ФИЦ

«Информатика и управление» РАН; Московский физико-технический институт, Московский

государственный технический университет имени Н.Э. Баумана) Групповая динамика в

агентной модели популяции

12.35 – 13.10 Фрисман Ефим Яковлевич, Шлюфман К.В., Неверова Г.П. (Институт

комплексного анализа региональных проблем ДВО РАН; Институт автоматики и процессов

управления ДВО РАН; Дальневосточный федеральный университет) Возможные сценарии

динамики сателлитной популяции, связанной с циклирующими видами

13.10 – 13.45 Мустяца Вадим Вадимович, Костарев А.В., Творогова А.В., Атауллаханов

Ф.И., Воробьев И.А., Гудимчук Н.Б. (НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева; МГУ имени М.В.

Ломоносова; Центр теоретических проблем физико-химической фармакологии РАН;

Назарбаев Университет, Астана) Компьютерное моделирование динамики и структуры

концов микротрубочек

Дневное заседание, секционные доклады

Секция А «ММааттееммааттииччеессккииее ммооддееллии ббииооллооггииччеессккиихх ппррооццеессссоовв ии ссттррууккттууррыы ббииооммооллееккуулл»

(конференц-зал, ИМПБ РАН)

Председатель секции Махортых Сергей Александрович

Начало заседания в 15.00

15.00 – 15.20 Алексеев Алексей Алексеевич (МГУ имени М.В. Ломоносова, физический

факультет) Модель зависимости скорости синтеза хлоропластной АТФ-синтазы от ΔpH

мембраны

15.20 – 15.40 Глякина Анна Владимировна, Сурин А.К., Галзитская О.В. (ИМПБ РАН –

филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; Институт белка РАН) Модель укладки мономеров

актина в фибрилле

11

15.40 – 16.00 Das Sucharita, Basu Soumalee (Department of Microbiology, University of Calcutta)

Addressing BACE1 flexibility to identify inhibitors for Alzheimer’s Disease therapeutics

16.00 – 16.20 Перерыв

16.20 – 16.40 Зайцев Александр Васильевич, Мустяца В.В., Гудимчук Н.Б (МГУ имени М.В.

Ломоносова; НМИЦ ДГОИ им. Дмитрия Рогачева) Теоретический анализ механизма спасений

микротрубочек за счёт встраиваемых ГТФ островков

16.40 – 17.00 Лихачев Илья Вячеславович, Балабаев Н.К. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им.

М.В. Келдыша РАН) Использование параллелизма различных уровней в программе

моделирования молекулярной динамики PUMA-CUDA

17.00 – 17.20 Изотова Екатерина Дмитриевна, Багаева Т.В. (Казанский (Приволжский)

федеральный университет) Конформационная подвижность активного центра мутантной

формы 4SER катепсина-L: молекулярная динамика и ab initio вычисления

17.20 – 17.40 Теплухин Александр Валентинович (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В.

Келдыша РАН) Водородные связи и локальное упорядочение молекул в воде

17.40 – 18.00 Ковалева Наталья Алексеевна, Зубова Е.А. (Институт химической физики им.

Н.Н. Семенова РАН) Определение рода перехода между А- и В-формами молекулы ДНК в

рамках крупнозернистой модели

Секция Б «Популяционное моделирование» (ауд. 306, ИМПБ РАН)

Председатель секции Фрисман Ефим Яковлевич

Начало заседания в 15.00

15.00 – 15.20 Жданова Оксана Леонидовна, Неверова Г.П., Фрисман Е.Я. (Институт

автоматики и процессов управления ДВО РАН; Институт автоматики и процессов

управления ДВО РАН) Моделирование динамики сообщества хищник – жертва с учетом

возрастной структуры взаимодействующих видов

15.20 – 15.40 Неверова Галина Петровна, Фрисман Е.Я. (Институт автоматики и

процессов управления ДВО РАН; Институт комплексного анализа региональных проблем ДВО

РАН; Дальневосточный федеральный университет) Эволюция режимов динамики

структурированной популяции, вызванная дифференцированным промыслом

15.40 – 16.00 Ревуцкая Оксана Леонидовна, Неверова Г.П., Фрисман Е.Я. (Институт

комплексного анализа региональных проблем ДВО РАН; Институт автоматики и процессов

управления ДВО РАН) Динамические режимы модели структурированной популяции с учетом

избирательного промысла зрелых самцов и самок

16.00 – 16.20 Перерыв

16.20 – 16.40 Загребнева Анна Дмитриевна, Говорухин В.Н. (Донской государственный

технический университет; Южный федеральный университет) Пространственно-временные

структуры в системе «активный хищник-пассивная жертва»

16.40 – 17.00 Букин Юрий Сергеевич, Михайлов И.С. (Лимнологический институт СО РАН;

Иркутский научный центр СО РАН) Алгоритм построения сетей взаимодействия видов в

сообществах на основе результатов мониторинговых экологических исследований

17.00 – 17.20 Сабреков Александр Фаритович, Глаголев М.В., Терентьева И.Е. (Институт

водных проблем РАН; Югорский Государственный Университет; Институт проблем

экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН; Факультет Почвоведения МГУ им. М.В.

Ломоносова) Определение удельного потока метана из почвы с помощью обратного

моделирования на основе сопряжённых уравнений

12

17.20 – 17.40 Сабреков Александр Фаритович, Глаголев М.В., Терентьева И.Е., Мочёнов

С.Ю. (Институт водных проблем РАН; Югорский государственный университет; Институт

проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН; факультет почвоведения МГУ им. М.В.

Ломоносова) Идентификация скорости потребления метана в почвах методом обратной задачи

19.00 – Банкет (каминный зал гостиницы «Пущино»

13

19 октября, пятница

9.00 – 10.00 Регистрация участников (ауд. 219, ИМПБ РАН)

Утреннее заседание, пленарные доклады (конференц-зал, ИМПБ РАН)

Председатель сессии Ханина Лариса Геннадьевна

Начало заседания в 10.00

10.00 – 10.35 Грабарник Павел Яковлевич, Шанин В.Н., Шашков М.П., Иванова Н.В.

(Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН; ИМПБ РАН –

филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН) Применение методов стохастической геометрии в

экологии: проверка экологических гипотез

10.35 – 11.10 Ханина Лариса Геннадьевна, Смирнов В.Э., Быховец С.С., Романов М.С.,

Бобровский М.В. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; Институт физико-

химических и биологических проблем почвоведения РАН) Анализ пространственно-временных

данных для оценки влияния травяных пожаров на растительность зарастающих

сельскохозяйственных земель

11.10 – 11.30 Перерыв

Дневное заседание, секционные доклады

Секция А «ВВыыччииссллииттееллььннааяя ээккооллооггиияя» (конференц-зал, ИМПБ РАН)

Председатель секции Ханина Лариса Геннадьевна

Начало заседания в 11.30

11.30 – 11.50 Романов Михаил Сергеевич, Мастеров В.Б. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им.

М.В. Келдыша РАН; МГУ имени М. В. Ломоносова) Моделирование популяции белоплечего

орлана: устойчивая возрастная структура или переходная динамика?

11.50 – 12.10 Шашков Максим Петрович, Иванова Н.В. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В.

Келдыша РАН; Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН)

Стандарты и веб-инструменты для публикации данных через глобальные порталы по

биоразнообразию

Постерная сессия (стендовые доклады)

12.10 – 13.00

Галицкий Валерий Викторович (Институт физико-химических и биологических проблем

проблем почвоведения РАН) О морфологическом источнике дивергенции (хвойных) пород

деревьев. Модельный анализ

Шанин Владимир Николаевич, Грабарник П.Я., Быховец С.С., Чертов О.Г., Шашков М.П.,

Иванова Н.В., Фролов П.В. (Институт физико-химических и биологических проблем

почвоведения РАН; Центр по проблемам экологии и продуктивности лесов РАН; ИМПБ РАН –

филиал ИПМ им. М.В. Келдыша РАН; Бингенский технический университет) Новая версия

модели продукционного процесса 3-PG для основных лесообразующих пород Европейской

части РФ

Иванова Наталья Владимировна, Шанин В.Н., Шашков М.П. (ИМПБ РАН – филиал ИПМ

им. М.В. Келдыша РАН; Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения

РАН; Центр по проблемам экологии и продуктивности лесов РАН) Моделирование динамики

14

популяций охраняемого лишайника Lobaria pulmonaria при разных режимах лесопользования

в одновозрастных монодоминантных лесах Костромской области

Припутина И.В., Фролова Г.Г. (Институт физико-химических и биологических проблем

почвоведения РАН) Анализ данных о начальном росте культур сосны обыкновенной для

моделирования циклов C и N при искусственном восстановлении лесов.

Закрытие конференции

13.00 – 13.20 Виктор Дмитриевич Лахно (ИМПБ РАН – филиал ИПМ им. М.В. Келдыша

РАН) Журнал «Математическая биология и биоинформатика»: пути и перспективы

достижения международного уровня