väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · viroloogia enamlevinud ......
TRANSCRIPT
![Page 1: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/1.jpg)
Piret van der Sman
TTML peaspetsialist
Paide 04.02.2019
Väikesed, kuid ohtlikud
vaenlased kartulikasvatuses
![Page 2: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/2.jpg)
TAIMETERVISE JA MIKROBIOLOOGIA
LABORATOORIUM (TTML)
nematoodide määramine taimsest materjalist,
mullast, puidulaastudest, putuka kehastNEMATOLOOGIA
MÜKOLOOGIA seenhaiguste määramine taimsest materjalist
ja mullast; umbrohuseemnete määramine
ENTOMOLOOGIA
BAKTERIOLOOGIA
VIROLOOGIA
enamlevinud putukkahjurite määramine
taime bakterhaiguste määramine
taime viirushaiguste ja viroidide määramine
![Page 3: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/3.jpg)
Peamised taksonoomilised grupid, mis põhjustavad
taimehaiguseid (a) ning taimehaiguste levimise põhjused (b-e):Anderson, P.K. jt, 2004. Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544
![Page 4: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/4.jpg)
TTML laboris kasutatavad meetodid:
- Mikroskopeerimine ja morfoloogiline määramine (bakterid, seened, nematoodid, putukad)
- Immunoloogilised meetodid IFAs ja ELISA (bakterid ja viirused)
- Molekulaarbioloogilised meetodid PCR, Real-Time PCR ja sekveneerimine (esmase meetodina bakterid ja viirused, kinnitusmeetodina kõikides valdkondades)
- Biotestid (bakterioloogia, viroloogia)
- Puhaskultuuride kasvatamine agarsöötmetel (bakterioloogia ja mükoloogia)
![Page 5: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/5.jpg)
Bakterioloogia valdkonnas määratavad
OHTLIKUD taimekahjustajad kartulil
Kartuli pruun-
baktermädanik (Ralstonia
solanacearum)
Kartuli ringmädanik
(Clavibacter michiganensis
subsp. sepedonicus).
![Page 6: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/6.jpg)
KARTULI OHTLIKE BAKTERHAIGUSTE
MÄÄRAMINE:
IFAS (Immunofluorescence Antibody
Staining)- proovide töötlemine
spetsiifiliste antikehadega ja järgnev
uurimine UV-mikroskoobi all
PCR (Polymerase Chain Reaction)-
bakteriaalse DNA olemasolu
määramine
Agarsöötmed - haigustekitaja kultuuri
isoleerimine selektiivsele agarile
Biotest- indikaatortaimede nakatamine
kahtlase prooviga
![Page 7: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/7.jpg)
Kõige levinumad kartuliviirused:
Kõige levinumad kartuliviirused:
PVYN PVYO/C PLRV
PVA PVM PMTV
PVS PVV PVX
TRV TBRV TSWV
Eesti seemnekartulis reguleeritud
viirused:
PVY PVA PVS
PVX PVM PLRV
![Page 8: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/8.jpg)
Viiruste määramine laboris:
-Viraalse valgu tuvastamine
immuunomeetodil (ELISA)
-Viraalse nukleiinhappe
tuvastamine (PCR, RT-PCR,
Real-Time RT-PCR)
-Sekveneerimine (Sanger ja
NGS)
![Page 9: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/9.jpg)
Mükoloogia e. seenhaigused:
•Kartuli pruunmädanik
(Phytophthora infestans)
•Kartuli mustkärn
(Rhizoctonia solani)
•Fusarioos (Fusarium solani)
•Kartulivähk (Synchytrium endobioticum)
•Geotrichum candidum
•Colletotrichum coccoides
•Helmintosporium solani
•Harilik kärntõbi
(Streptomyces scabies) –bakter
![Page 10: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/10.jpg)
Seenhaiguste määramine laboris:
Morfoloogiline määramine:
Mikroskopeerimine
Seente puhaskultuuride
eraldamine agarsöötmetel
Vajadusel leiu kinnitamine
PCR meetodil ja
sekveneerimisega
![Page 11: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/11.jpg)
Nematoloogia: vabalt elavad nematoodid
Kartuliingerjas
(Ditylenchus destructor)
Kartuliingerjas on EL-s
seemnekartulis reguleeritud
kahjustaja
![Page 12: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/12.jpg)
Kartuliingerja määramine laboris:
Nematoodi eraldamine:
Baermann’i lehtri meetod
Morfoloogiline määramine:
mikroskopeerimine
Vajadusel leiu kinnitamine
PCR meetodil ja
sekveneerimisega
![Page 13: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/13.jpg)
Nematoloogia: Kartuli kiduuss
Kollane kartuli-kiduuss
(Globodera rostochiensis)
Valkjas kartuli-kiduuss
(Globodera pallida)
Mõlemad kiduussi liigid on
ohtlike taimekahjustajate
nimekirjas
![Page 14: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/14.jpg)
Kiduussi laboratoorne määramine:
Kiduussid eraldamine:
flotatsioonimeetodil
Morfoloogiline määramine:
mikroskopeerimine
Vajadusel leiu kinnitamine
PCR meetodil ja
sekveneerimisega
![Page 15: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/15.jpg)
Kartuliproovidega seotud leiud 2018
aastal:
Bakterioloogia: Cms ja Rs (esmaleid)
Viroloogia: PVY, PVM ja PVS
Mükoloogia:
Nematoloogia: Ditylenchus destructor, Globodera
rostochiensis, Globodera pallida (esmaleid)
![Page 16: Väikesed, kuid ohtlikud vaenlased kartulikasvatuses · 2019. 2. 4. · VIROLOOGIA enamlevinud ... Trends Ecol. Evol. 19(10), 535–544. TTML laboris kasutatavad meetodid:-Mikroskopeerimine](https://reader035.vdocuments.pub/reader035/viewer/2022071408/60ffa3d489f49c4a790f2afc/html5/thumbnails/16.jpg)
Uued seadmed laboris:
•Reaal-aja PCR masin
Quantstudio 5
•Ellutriaator Emitech
•Tsentrifuug Eppendorf
•Proovimuljur Bioreba
•Ettiketi printer Brady