仮説検定法を利用した ms imaging ヅヺソ解析セビ...

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仮説検定法利用した 仮説検定法利用した 仮説検定法利用した 仮説検定法利用した 2009MSSJ 1P-056 MS Imaging解析の開発 解析の開発 解析の開発 解析の開発 (株式会社島津製作所 基盤技術研究所) ○梶原茂樹、森永浩子、小河潔 Development of the Software Using Hypothesis Testing for MS Imaging Data S. Kajihara , H. Morinaga, K. Ogawa (Technology Research Laboratory, Shimadzu Corporation) はじに はじに はじに はじに 質量分析(MS)取得した場合、測定点ごとにMS 持つことにな、極て膨大なとな。この膨大なか 人間が目で見て有意な情報引き出すことは多大な時間と労力必要と す。このた、多変量解析などの統計的手法利用して、自動的に膨 大なか有意な情報得たのが開発さてい。 今回、MSにおいて、ROIRegion Of Interest)で指定した 2つの領域内で同じ強度、あいは異な強度の見つけた、 t検定利用す方法検討したので報告す。 The preliminary studies are conducted to apply the hypothesis testing for MS imaging. This result suggests that t-test is useful to find the common or different peaks in two regions. Short Abstract 方法 方法 方法 方法 あかじ撮影した光学画像、あいはTICtotal ion current)に MS画像上で、比較対象の2つの関心領域(ROI)指定し、各ROIに含 群において、同一のm/zの強度に違いがあか調 。このた、「領域A内の群と領域B内の群において、 同じm/zで観測さ強度の平均値の差はであ」という帰無 仮説に対す検定行う。ここでは、MSの強度は正規 分布に従うと仮定した場合の検定方法説明す。 ず、各領域で特定のm/zにおけ強度の母集団が正規分布に 従うか検定す。このた、Lilliefors検定利用し、有意水準5%で両 側検定行う。次に、2つの領域の両方で、「正規分布してい」という帰 無仮説が棄却さなかったm/zにおいて、等分散性の検定行う。すな ち、「2つの領域の母分散は同じであ」という帰無仮説に対し、検定統 計量F値使い、有意水準0.25で両側検定行う。最後に、平均値の差 について、等分散性が棄却さない場合はt検定、等分散性が棄却さ た場合はWelch t検定、有意水準0.1の両側検定で行う。 結果 結果 結果 結果 Calario™ PX-G5000@EPSON )で図 形印刷し、MS測定した。図1Aに光学画像、図1BTIC MS画像示す。図形は、で左三角形( )、 で右三角形( )描画したのであ、上部の領域( )では2が混合さてい。図1Bに検定対象として設定した2つのROI 示す。 ROI Aは単色領域、ROI Bはとの混合領域であ。 ROI AROI B内部の群の平均MS1Cに示す。 正規性が棄却さないm/zにおいて、強度平均値が等しいこと 否定できないのとしてm/z575の同位体群が見つかった(図2A)。 た、強度平均値が等しいとは言い難いとしてm/z1152が見 つかった(図2B)。この結果は、m/z575m/z1152はの成分 であととに、m/z1152 はとの混合に、 が起きたこと示唆してい。 さに、単色領域にROI C設定し、ROI Bとの比較行った。 その結果、強度平均値が等しいとは言い難いの1つとして m/z647が見つかった(図3A)。なお、PCAで見つかったm/z387について調と、強度が正規分布していないことがかった(図3B)。 結論 結論 結論 結論 MSにおいて、t検定利用す開発し、その 有効性確認した。このうな方法は、従来、主観的に議論さていた MSの結果、統計量という客観的指標に説明できと いう点で意義深いと考え。 今後、正規分布仮定しないU検定の利用法検討す予定であ。 Fig 2The results of hypothesis test between ROI A and ROI B. B) ROI A is not equal to ROI B. A) ROI A is equal to ROI B. Fig 1Sample for MS imaging(A), two ROIs for t-test(B) and the averaged spectra in ROI(C). A) ROI A C) B) ROI B Fig 3The results of hypothesis between ROI C and ROI B. B) ROI C and ROI B are not normally-distributed. A) ROI C is not equal to ROI B. 開発の概観 開発の概観 開発の概観 開発の概観 2つの 選択す。TICに画像 が表示さ。各画像上で、 に検定対象領 域(ROI)指定す。 ROI内部のの 平均が表示さ 。縦軸は、ROI A(赤)が ROI B(青)が で表示さ。 ③ 正規分布の検定、等分 散性の検定、平均値の差 の検定について、有意水 準入力す。Calc. 押すと、検定計算実行 す。 ④各m/zにおけp値の計 算結果が表示さ。 選択に、正規 分布、等分散性、平均値 の差に対す計算結果 切替えて表示す。 ⑤ に ROI AROI Bの平均値 が等しい」、「ROI Aの平均 値はROI B大きい」、 ROI Aの平均値はROI B 小さい」のいずか 選択す。 ⑥ 有意な結果示すm/z でのMS画像、平均 拡大図、箱髭図、正規 確率図が、で 表示さ。 ●箱髭図:中央値、中央 値のつき、第1四分 位点と第3四分位点、異 常値など表し、検定と は違う角度で、統計値の 視覚化に役立つ。2つの (こだ部分)が重な ない場合、5% の有意水 準で異な中央値つ と言え。 ●正規確率図: の分布が正規分布 していかどうか目視で 判断すたのであ 、検定とは違う角度で、 正規分布性立証した 警告与え。すての 点が直線の近くにあ 場合、正規分布してい という仮定が正しいこと 示す。

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Page 1: 仮説検定法を利用した MS Imaging ヅヺソ解析セビ …€ROIB内部のヒキスラ群の平均MS シヘキテラを図1Cに示す。 正規性が棄却されない m/z

仮説検定法を利用した仮説検定法を利用した仮説検定法を利用した仮説検定法を利用した2009MSSJ 1P-056

MS Imagingデータ解析ソフトの開発データ解析ソフトの開発データ解析ソフトの開発データ解析ソフトの開発(株式会社島津製作所基盤技術研究所)

○梶原茂樹、森永浩子、小河潔

Development of the Software Using Hypothesis Testing for MS Imaging Data○ S. Kajihara, H. Morinaga, K. Ogawa

(Technology Research Laboratory, Shimadzu Corporation)

はじめにはじめにはじめにはじめに質量分析(MS)イメージングを取得した場合、測定点ごとにMSスペクト

ルを持つことになり、極めて膨大なデータとなる。この膨大なデータから人間が目で見て有意な情報を引き出すことは多大な時間と労力を必要とする。このため、多変量解析などの統計的手法を利用して、自動的に膨大なデータから有意な情報を得るためのソフトウェアが開発されている。今回、MSイメージングにおいて、ROI(Region Of Interest)で指定した

2つの領域内で同じ強度、あるいは異なる強度のピークを見つけるため、

t検定を利用する方法を検討したので報告する。

The preliminary studies are conducted to apply the hypothesis testing

for MS imaging. This result suggests that t-test is useful to find the

common or different peaks in two regions.

Short Abstract

方法方法方法方法

あらかじめ撮影した光学画像、あるいはTIC(total ion current)によるMS画像上で、比較対象の2つの関心領域(ROI)を指定し、各ROIに含まれるピクセル群において、同一のm/zのピーク強度に違いがあるかを調べる。このため、「領域A内のピクセル群と領域B内のピクセル群において、同じm/zで観測されるピーク強度の平均値の差はゼロである」という帰無仮説に対する検定を行う。ここでは、MSスペクトルのピーク強度は正規

分布に従うと仮定した場合の検定方法を説明する。まず、各領域で特定のm/zにおけるピーク強度の母集団が正規分布に従うかを検定する。このため、Lilliefors検定を利用し、有意水準5%で両側検定を行う。次に、2つの領域の両方で、「正規分布している」という帰無仮説が棄却されなかったm/zにおいて、等分散性の検定を行う。すなわち、「2つの領域の母分散は同じである」という帰無仮説に対し、検定統計量F値を使い、有意水準0.25で両側検定を行う。最後に、平均値の差について、等分散性が棄却されない場合はt検定、等分散性が棄却された場合はWelch のt検定を、有意水準0.1の両側検定で行う。

結果結果結果結果

インクジェットプリンター(Calario™ PX-G5000@EPSON )でカラー図形を印刷し、MSイメージングを測定した。図1Aに光学画像、図1BにTIC

によるMS画像を示す。カラー図形は、シアンインクで左三角形( )、マゼンタで右三角形( )を描画したものであり、上部の領域( )では2色が混合されている。図1Bに検定対象として設定した2つのROIを示す。ROI Aはシアン単色領域、ROI Bはシアンとマゼンタの混合領域である。ROI A、ROI B内部のピクセル群の平均MSスペクトルを図1Cに示す。正規性が棄却されないm/zにおいて、ピーク強度平均値が等しいことを否定できないものとしてm/z575の同位体ピーク群が見つかった(図2A)。また、ピーク強度平均値が等しいとは言い難いピークとしてm/z1152が見つかった(図2B)。この結果は、m/z575とm/z1152はシアンインクの成分であるとともに、m/z1152はマゼンタインクとの混合により、イオンサプ

レッションが起きたことを示唆している。さらに、マゼンタ単色領域にROI Cを設定し、ROI Bとの比較を行った。その結果、ピーク強度平均値が等しいとは言い難いピークの1つとしてm/z647が見つかった(図3A)。なお、PCAで見つかったm/z387のピークについて調べると、強度が正規分布していないことがわかった(図3B)。

結論結論結論結論

MSイメージングにおいて、t検定を利用するソフトウェアを開発し、その

有効性を確認した。このような方法は、従来、主観的に議論されていたMSイメージングの結果を、統計量という客観的指標により説明できると

いう点でも意義深いと考える。今後、正規分布を仮定しないU検定の利用法も検討する予定である。

Fig 2....The results of hypothesis test between ROI A and ROI B.

B) ROI A is not equal to ROI B.

A) ROI A is equal to ROI B.

Fig 1....Sample for MS imaging(A), two ROIs for t-test(B) and the averaged spectra in ROI(C).

A)

ROI A

C)B)

ROI B

Fig 3....The results of hypothesis between ROI C and ROI B.

B) ROI C and ROI B are not normally-distributed.

A) ROI C is not equal to ROI B.

開発ソフトウェアの概観開発ソフトウェアの概観開発ソフトウェアの概観開発ソフトウェアの概観① 2つのデータファイルを選択する。TICによる画像が表示される。各画像上で、マウスにより検定対象領域(ROI)を指定する。

② ROI内部のピクセルの

平均スペクトルが表示される。縦軸は、ROI A(赤)がプラス、ROI B(青)がマイナスで表示される。

③正規分布の検定、等分

散性の検定、平均値の差の検定について、有意水準を入力する。Calc.ボタンを押すと、検定計算を実行する。

④各m/zにおけるp値の計

算結果が表示される。リストメニュー選択により、正規分布、等分散性、平均値の差に対する計算結果を切り替えて表示する。

⑤ リストメニューにより「ROI AとROI Bの平均値が等しい」、「ROI Aの平均値はROI Bより大きい」、「 ROI Aの平均値はROI B

より小さい」のいずれかを選択する。

⑥有意な結果を示すm/z

でのMS画像、平均スペク

トル拡大図、箱髭図、正規確率プロット図が、セットで表示される。

●箱髭図:中央値、中央値のばらつき、第1四分位点と第3四分位点、異常値などを表し、検定とは違う角度で、統計値の視覚化に役立つ。2つのボックスプロットのノッチ(へこんだ部分)が重ならない場合、5% の有意水

準で異なる中央値をもつと言える。

●正規確率プロット図:データの分布が正規分布しているかどうかを目視で判断するためのグラフであり、検定とは違う角度で、正規分布性を立証したり警告を与える。すべてのデータ点が直線の近くにある場合、正規分布しているという仮定が正しいことを示す。