02-03 11 2003 - orgrntbcat.org.by/belnames/files/13457.pdf · 2019-01-30 · года, и его...
TRANSCRIPT
Глобулист - -Отличительное качество ученого — энтузиазм.
У.Л.Брэгг Лауреаты Нобелевских премий 1962 года после церемонии награждения. Слева направо: Морис
олекулярная биология ПОКОИТ- Уилкинс, Макс Перуц, Фрэнсис Крик, Джон Стейнбек ся на двух китах - нуклеино- (по литературе), Джеймс Уотсон, Джон Кендрю. вых кислотах и белках. Поэто- (Л.Д.Ландау, которому присудили премию по физике,
му кажется справедливым, что в 1962 находился в то время в московской больнице, году Нобелевская премия была вручена где награду ему вручил посол Швеции в СССР.) и открывателям ДВОЙНОЙ спиралиДжей-
К А0
I V \в MV каже
мсуУотсону Фрэнсису Крику и Морису Уилкинсу(по медицине), и впервые определившим на атомном уровне строе- жизнь изучению сложного олигомерно- И он счел возможным — без ведома ние глобулярных белков МаксуПеруцуи го белка гемоглобина. Любопытно, что Фрэнклин - ознакомить с веданными Джону Кендрю (по химии). главное достижение Перуца в кристал- Фрэнсиса Крика, писавшего в то время
Уотсон и Крик занимались исследо- лографии, ставшее залогом будущих под руководством Перуца диссертацию ваниемДНКв английском Кембридже, успехов (метод изоморфного замещения о гемоглобине и попутно занимавшего-в Кавендишскойлаборатории, где еще для белков), приходится на 1953 год, ся ДНК. Крик уже достаточно хорошо ранее начали трудиться Перуц с Кенд- когда была предложена и модель ДНК; разбирался в рентгенографии, чтобы рю. Через эту лабораторию в те же Перуц называл его годом чудес. суметь извлечь из них важную инфор-годы прошли еще несколько ученых, Этот ученый не только определил трех- мацию о строении остова ДНК. Впослед-получивших впоследствии высшую на- мерную структуру гемоглобина, но и рас- ствии он признал, что отчет Фрэнклин граду: Фредерик Сенгер (он быллау- крыл происходящие в нем электронные позволил ему с Уотсоном существенно реатомдважды - в 1958 году за рас- и конформационные изменения, разоб- продвинуться в решении проблемы, од-крытие структуры инсулина и в 1980-м рался в его внутримолекулярной дина- нако Розалинда, видимо, так до конца за метод секвенирования ДНК); Аарон мике. Он высказал гипотезу, что ивдру- своих дней (она умерла в 1958 году в Клуг(1982) - за электронную микро- гих белках при связывании лигандов идут возрасте 37лет) и не узнала, какую роль скопию кристаллов и изучение нуклео- аналогичные процессы и что они могут сыграла ее блестящая работа. протеиновых комплексов; Сидней Брен- лежать в основе ферментативного ката- В настоящее время рентгенострук-нер (в прошлом году) - за работы по лиза. (Нужно отметить, что некоторые турный анализ макромолекул постав-генетике развития нематоды. выводы Перуца относительно конформа- лен на поток, и уже известно строение
В своей нобелевской лекции Перуц на- ционных перестроек гемоглобина пред- многих тысяч разных белков. Однако в помнил, что сорок лет назад в Стокгольм восхитил наш биофизик Л.А. Блюмен- 50-е годы, когда методики еще не были приезжал его учитель сэр Уильям Лоу- фельд, который в 1954 году защитил док- отработаны, оборудование оставалось ренсБрэгг, чтобы поблагодарить Швед- горскуюдиссертацию «Структура гемо- несовершенным, а компьютеры ипро-скую академию за высокую честь, ока- глобина и механизм обратимого присо- граммы к ним делали первые шаги, рас-занную ему, Лоуренсу, и его отцуУилья- единения кислорода.) шифровка крупной молекулы представ-му Генри -в 1915 году премией были А коллега Перуца Кендрю в 1957 году ляла собой очень сложную и трудоем-отмечены их заслуги в становлении рент- установил пространственное строение кую проблему, решить которую удава-геновской кристаллографии. Работы более простого (не имеющего четвер- лось немногим. Как писала Ходжкин, Брэггов открыли путь к изучению строе- тичной структуры, то есть состоящего из «всякая расшифровка и интересна, и ния молекул с помощьюХ-лучей одной субъединицы) родственника ге- скучна: интересно искать ключ шифра,
Правда, до сороковых годов метод моглобина - белка миоглобина, опре- еще более волнующ конечныйрезуль-рентгеноструктурного анализа применя- делив положения примерно 2500 его ато- тат, а в промежутке между ними — ог-ли только к достаточно простым, низко- мов. В нобелевской лекции Кендрю ска- ромная техническая работа, цифры, молекулярным соединениям, причем зал, что это только начало — «переднами цифры, цифры...». обычно лишь для подтверждения иуточ- возник берег огромного континента, Перуц в одном из своих эссе (недавней ия их структуры, уже установленной ожидающего своих первопроходцев». но издан сборник его статей «I Wish I У химическим путем. Но в 1944 году До- Косвенно Перуц повлиял и на собы- Made You Angry Earlier», повествующих роти Ходжкин в Оксфорде расшифрова- тия, приведшие к открытию двойной спи- о его коллегах и эпизодах из истории ла состоящий из 23 атомов пенициллин, рали ДНК. Дело в том, что в 1952 году науки) сочувственно процитировал сло-который химикам не поддавался; затем Розалинда Фрэнклин представила в Со- ва английского деятеля театра и кино она же справилась с витамином В12 со- вет медицинских исследований отчет о Н.Кауарда: «Работа - это удоволь-держащим 93 атома. своей работе, где содержались получен- ствие. Ничто так не увлекательно, как
После этого ученые стали пытаться оп- ные ею высококачественные рентгено- работа». Видимо, в таком отношении к ределять трехмерные структуры глобу- граммы волокон ДНК. Как член комис- своему делу и заключалась одна из лярных белков, и фундамент тут зало- сии по проверке научной деятельности причин его успехов. жил Джон Бернал (см. статью о нем в лаборатории, сотрудником которой была Ранее «Химия и жизнь» (1990, № 9) «Химии и жизни», 2002, № 1). Перуц Фрэнклин, Перуц имел доступ к этому опубликовала воспоминания Перуца продолжил его дело и посвятил свою документу. «Здесь было столько одаренных лю-
28
дей...». В них он кратко рассказал о первой половине своей долгой жизни в науке -до середины 60-хгодов. Уче-ный скончался 6 февраля прошлого года, и его старый друг и коллега Клуг написал посвященную Перуцу статью, опубликованную в «Science» 29марта 2002 года.
I ) Е
пийскпм
дин из основателей рентгено-вской кристаллографии белков Макс Перуц проработал в анг-
лийском Кембридже 65 лет, лишь с одним перерывом во время Второй мировой войны. Его исследования привели к первым в истории расшифровкам трехмерной структуры глобулярных белков — миоглобина (Джон Кендрю), а затем и состоящего из четырех субъ-единиц гемоглобина (это сделал сам Перуц).
Сейчас каждый день в мире расшиф-ровывают два или три белка, и современные рентгеноструктурные методы настолько мощны, что приложимы к сложным молекулярным комплексам и даже органеллам. Фундамент этих успехов заложил Перуц, и его обычно считают классиком кристаллографии, однако определение координат атомов было для него не самоцелью, а лишь средством, позволяющим понять меха-низм работы белка. Поэтому прежде всего Перуц был химиком.
Макс Фердинанд Перуц родился в 1914 году в Вене, изучал химию в мест-ном университете. В 1936 году он приехал в Кембридж, чтобы готовить диссертацию под руководством Джона Бернала, который двумя годами ранее показал, что можно получать хорошие рентгеновские снимки кристаллов белков, не высушивая их, то есть прямо в маточном растворе. Перуц непременно хотел решить какую-нибудь важную биохимическую проблему и выбрал ге-моглобин, который ответствен задыхание. Хотя это большой и сложный
белок, но его можно было иметь в нуж-ном количестве, и он хорошо кристаллизовался.
Вскоре Перуц получил прекрасные дифракционные картины гемоглобина, содержащие тысячи рефлексов, и это позволило руководителю Кавендишской лаборатории сэру Лоуренсу Брэггу добыть для молодого исследователя грант Рокфеллеровского фонда. В 1940 году Перуц получил докторскую степень.
В то время, когда расшифровывали молекулы, содержащие примерно сто атомов, перспектива определить струк-туру белка, состоящего из нескольких субъединиц, каждая из которых имеет молекулярную массу 17 000 дальтон, казалась нереальной. Однако Брэгг понимал, что если Перуц справится с задачей, то это будет иметь огромное значение — по выражению Бернала, «приоткроет секрет жизни». Перуц одолел ее за двадцать два года напряженной работы, в которой было все — и периоды, когда руки опускались от, ка-залось, непреодолимых технических трудностей, и вдохновенные идеи.
Его деятельность в Кембридже была прервана войной, когда Перуц как граж-данин Австрии был интернирован. Его отправили в Канаду и привлекли к рабо-те над секретным проектом создания плавучих ледяных полей, которые долж-ны были служить аэродромами для самолетов, пересекающих Атлантику или охотящихся на вражеские субмарины. Задача Перуца состояла в разработке способа упрочнения льда путем наполнения его древесной пульпой. Квалификация Перуца в этом вопросе основыва-лась на том, что он увлекался альпиниз-мом и в 1938 году провел несколько месяцев высоко в горах, изучая строение и рост ледяных кристаллов.
Однако проект был вскоре отменен, и Перуц вернулся к научной работе в Кембридже, к изучению гемоглобина. Кендрю стал его сотрудником в 1945
ПОРТРЕТЫ
году и занялся миоглобином, который похож на одну субъединицу гемоглобина (но не тождествен ей).
В классической работе 1946 года Пе-руцдоказал, что белковые молекулы ок-ружены слоем «связанной воды» —факт, который теперь кажется очевидным. А 1951 год принес ему огорчение —он про-пустил альфа-спираль, когда вместе с Кендрю рассматривал возможные кон-формации полипептидных цепей. Но как только статья Лайнуса Полинга об этом появилась, Перуц сразу проанализировал соответствующие рентгенограммы и подтвердил наличие таких спиралей в белках.
В 1947 году в Кембридже было создано подразделение для изучения молекулярной структуры биологических систем (позднее ставшее лабораторией молекулярной биологии), и Перуц возглавил его, а Кендрю стал его членом. Вскоре к ним присоединился Фрэнсис Крик, в 1948 году—Хью Хаксли, в 51-м — Джим Уотсон, в 57-м —Сидней Бреннер; затем там начали работать Фред Сен-гер и автор этих строк. Лаборатория состояла из трех секторов: клеточной био-логии, структурных исследований, химии белков и нуклеиновых кислот; ими руководили соответственно Крик, Кендрю и Сенгер.
1953 году Перуц сделал свое глав-ное открытие в кристаллографии белков — решил для них «фазо
вую проблему». В своей лекции 1939 года Бернал указал, что в принципе структура белка может быть раскрыта методом изоморфного замещения (вве-дения в него тяжелых атомов), который уже применяли для расшифровки маленьких органических молекул. Однако для белков этот подход все еще оставался нереализованным.
Суть проблемы заключалась вот в чем. Максимумы дифракционной картины обладают различными интенсив-ностями, и их анализ позволяет найти распределение электронной плотности в кристалле; она выражается через так называемые структурные амплитуды, зависящие от числа электронов в атомах. Важно, что такие амплитуды — величины комплексные, то есть они характеризуются модулями и фазами. Чтобы определить строение молекулы, нужно знать и модули, и фазы, но диф-
29
ракционная картина непосредственно I о для Перуца это было только на- растворе изображается гиперболической дает лишь значения амплитуд. I 1 чало, поскольку построенная кривой, которая плавно растет, асимп-
Все же есть способ получить инфор- I I модель белка мало что говори- тотически приближаясь к пределу. мацию и о фазах. Если заменить в мо- ла о том, как он функционирует. Уче- А вот график подобной зависимости лекуле легкий атом на более тяжелый ному потребовались еще десять лет для гемоглобина S-образен, то есть (обычно металла), то он будет сильнее труда, чтобы достичь главной цели — имеет крутой участок и перегиб, что рассеивать Х-лучи, что скажется на понимания физического механизмаак- объясняется наличием четвертичной интенсивности пятен дифракционной тивности гемоглобина. структуры и взаимодействием субъеди-картины. И по их разности (для исход- Было известно, что функции миогло- ниц — в гемоглобине проявляют себя ного и измененного кристалла) можно бина и гемоглобина —обратимо связы- кооперативные свойства, так называе-определить фазы дифрагирующих волн. вать молекулярный кислород. Первый из мые «гем—гем-взаимодействия» (хотя В результате удается вычислить коор- них служит депо 02 в мышцах, запасая это нельзя понимать буквально, по-динаты тяжелого атома, а это шаг к его для последующего потребления скольку гемы сильно удалены друг от раскрытию всей структуры. Однако не- организмом; большие количества этого друга). Иначе говоря, поведение каж-обходимое условие применимости та- белка имеются у китообразных, прово- дой субъединицы зависит от того, в какого подхода — полное сохранение дящих длительное время под водой. ких состояниях находятся другие гемы структуры кристалла при замещении Гемоглобин —белок эритроцитов, пе- белка —связали они кислород или нет. легких атомов на тяжелые. Многие эн- реносящий кислород от легких ко всем Сродство гема к 02 возрастает по мере зимологи полагали, что подобная за- тканям и органам, а также участвующий того, какдругие гемы присоединяют его мена исказит их нормальную форму; в обратном транспорте углекислоты. (положительная кооперативность). кроме того, по их мнению, вклад атома По форме гемоглобин похож на ша- Этот факт имеет глубокий физиоло-металла в общее рассеивание белком рик диаметром около 5,5 нм. Он со- гический смысл: если бы у гемоглоби-Х-лучей будет слишком слабым, чтобы стоит из четырех свернутых в глобулы на зависимость была такой же, как у его можно было наблюдать. цепей—двух альфа- (у человека по 141 миоглобина (гиперболической), то
Требовалось доказать, что метод бу- аминокислотному остатку в каждой) и лишь малая часть связанного им кис-дет работать и в случае белков. Присое- двух бета-цепей (по 146). Каждая из лорода отщеплялась бы в тканях —ведь динив атом ртути к цистеиновой группе субъединиц содержит простетическую изменение парциального давления 02 в гемоглобине и проведя сравнительный группу гема — полициклическую струк- в тканях относительно легких невели-анализ рентгенограмм, Перуцобнаружил туру, называемую протопорфирином, с ко. В результате организм задыхался изменения интенсивности пятен, но не которой координационно связан атом бы даже в атмосфере чистого кисло-их координат. Это говорило о том, что, железа (см. рис.). рода. А крутая часть S-образной кри-какон и надеялся, никаких деформаций Атомы Fe способны окисляться, от вой делает сродство гемоглобина к белка не происходит —ртутные произ- чего их предохраняет белковая часть кислороду чувствительным к малым водные кристаллизуются изоморфно с молекулы (глобин) — гемы упрятаны изменениям его концентрации. исходным белком. Значит, фазовая про- внутри глобул, они расположены как бы Вклад в этот процесс вносит также блема для белков может быть решена! в карманах. Тем не менее в легких мо- эффект Бора (его открыл датский фи-
Перуцполучил ряд кристаллов гемо- лекулярный кислород проникаете щели зиолог Христиан Бор, отец Нильса глобина, в которых атом тяжелого ме- глобул и связывается с темами (с каж- Бора), который проявляет себя в гемо-талла находился в разных местах мо- дым из четырех гемов по одной моле- глобине, но не в миоглобине. А заклю-лекулы. За четыре последующих года куле 02). Хотя молекулы кислорода не чается он в том, что на степень срод-он собрал и обработал тысячи фото- подвергаются там химическим превра- ства к кислороду влияют концентрации графических пластинок, что позволило щениям, теперь мы знаем, что проис- водородных ионов и углекислого газа. раскрыть полную трехмерную структу- ходящие в гемоглобине процессы сход- Они тоже могут присоединяться к ге-ру белка с разрешением 0,55 нм (см. ны с теми, что протекают в обычных и моглобину, причем между связывани-рис). А Кендрю тем временем добил- аллостерических ферментах с их элек- ем кислорода и этих лигандов суще-ся больших успехов в работе с мио- тронно-конформационными взаимодей- ствует обратная зависимость. В резуль-глобином —достиг разрешения 0,2 нм. ствиями (потому этот белок иногда на- тате в тканях, где повышена концент-
В феврале 1960 года Перуц и Кенд- зывают «почетным ферментом»). рация Н+ и С02, кислород легче высво-рю опубликовали в «Nature» свои ре- Какже происходит связывание кисло- бождается, тогда как в легких, где по-зультаты, и ученый мир наконец узнал, рода в легких и его высвобождение в вышено содержание 02, выделяется как выглядят эти важнейшие белки. В тканях? В случае миоглобина зависи- углекислота. 1962 году их достижения были отмече- мость степени насыщения белка кисло- Теперь все это хорошо известно, хотя ны Нобелевской премией. родом от парциального давления 02 в особенности работы гемоглобина про-
30
должают изучать, используя самые разные биофизические методы, и в наши дни. Но Перуцу еще предстояло во всем этом разобраться.
А т 1x1 к V I т
4VRCTR
так, он понял, что связывание кислорода происходит кооперативно. Но как один гем может
чувствовать состояние других гемов, если они, согласно полученным Перу-цем данным, удалены друг от друга на 2,5 нм? Чтобы ответить на этот вопрос, нужно было в первую очередь расшифровать с достаточно большим разрешением обе основные информации гемоглобина — с присоединенными кислородами и без них— и провести их сравнительный анализ.
В 1970 году Перуц в основном справился с этой задачей, еще несколько лет заняли доведение разрешения до 0,2 нм, а также устранение многих возникших противоречий. Изменения в четвертичной структуре при оксигена-ции оказались довольно большими, что дало основание Перуцу назвать гемоглобин «молекулярными легкими» —белок как бы дышит.
Далее он выяснил, что в дезоксиге-моглобине вся структура стабилизируется четырьмя солевыми мостиками (электростатические взаимодействия), которые разрываются при образовании оксиформы. Это объясняет, почему дезоксиформа имеет более низкое сродство к кислороду по сравнению с миоглобином или изолированными субъединицами гемоглобина: связывание кислорода требует дополнительной энергии для разрыва мостиков.
Однако оставался открытым принципиальный вопрос: как присоединение кислорода к первому гему вызывает перестройку всей четвертичной структуры? По словам Перуца, «это как если бы блоха заставила прыгать слона». Ключ к ответу на него был найден после того, как ученый заметил, что в де-зоксисостоянии атом железа слегка выдвинут из плоскости гемовой группы (примерно на 0,05 нм), тогда как в оксиформе он лежит в плоскости гема. Перуц догадался, что этот сдвиг вызван изменением спинового состояния атома железа при его окислении — в нем перестраиваются электронные оболочки, из-за чего радиус атома уменьшается. Тут Перуц воспользовался своими познаниями в квантовой химии и теории поля лигандов.
Уменьшенный в размере атом Fe смещается к плоскости гема и тянет за собой полипептидную цепь, к которой он присоединен. Гемовая группа усиливает эти конформационные изменения (с гемом непосредственно контактируют 60 атомов белка) — можно сказать, что она переключает триггер, который приводит в движение набор молекулярных рычагов, и скрепляющие конструкцию солевые мостики разры
ваются. Одна половина белка(димер, состоящий из альфа- и бета-субъеди-ницы) поворачивается относительно другой, и вся молекула обретает более компактную форму.
Перуцу стало ясно, как в результате всех этих электронно-конформацион-ных перестроек реализуются взаимодействия между темами; затем он нашел молекулярное объяснение и эффекту Бора. Хотя его схему еще требовалось подтвердить и детализировать, предложенная Перуцем картина в целом была принята.
I | а I с
I I T СО CTDV
араллельноэтим исследованиям он занимался молекулярной патологией, связывающей болезни
со структурными аномалиями молекул, — анализировал мутантные формы гемоглобина. Ранее Полинг и другие авторы установили,что ряд наследственных заболеваний крови обусловлен мутациями гена этого белка. Так, серпо-видноклеточная анемия вызывается заменой двух аминокислот в белке, из-за чего молекулы обретают склонность образовывать агрегаты, а возникающие из них нитевидные структуры приводят к ненормальной, серповидной форме эритроцитов.
Вместе с сотрудниками Перуц искал способы лечения этой патологии. Кроме того, он показал, как эволюция гемоглобина отразилась на адаптации разных видов живых организмов — от гусей, перелетающих на большие расстояния, до лягушек, живущих на разных высотах, — ктем или иным условиям.
Приближаясь к своему 80-летию, Перуц сменил область медицинских интересов — обратился к болезни Хантингтона (нейродегенеративному расстройству, которое вызывается мутантным белком, позже названным «хантингти-ном»). Перуц пришел к этой проблеме через старую свою работу, в которой он заметил, что последовательность нескольких глутаминов в полипептидной цепи приводит к бета-складчатым листам, на одной стороне которых появляются положительные, а на другой —отрицательные заряды, из-за чего отдельные белки могут слипаться.
В 1994 году он показал, что полиглу-таминовый полимер образует агрегаты, приводящие к разрушению нейронов. В статье, отправленной в печать за день до его помещения в больницу в декабре 2001 года, он предложил модель строения таких полимеров и связанных сними амилоидных филаментов.
PV уководимая Перуцем лаборатория молекулярной биологии (он возглавлял ее до 1980 года) стала
одним из ведущих мировых центров в этой области знаний. Ее посещало много гостей (обычно докторов наук из США), которые осваивали и увозили с собой новые методики.
ПОРТРЕТЫ
Главный принцип Перуца как завлаба заключался в том, чтобы подобрать талантливых людей с разными научными интересами и дать им возможность свободно развивать свои идеи, обеспечив непринужденный обмен мнениями на семинарах и за чаем. Его стиль руководства — воздействие личным примером, и молодые сотрудники чаще видели его за лабораторным столом или у рентгеновской установки, чем в своем кабинете. На нем висели и административные обязанности, которые он терпеливо и аккуратно исполнял. Перуц явно предпочитал общение с коллегами заседаниям в разных комитетах, но, если интересы лаборатории требовали того, он активно участвовал в обсуждениях научной политики и других общественно важных тем.
Перуц был плодовитым автором, написавшим несколько книг, а также множество рецензий на научные монографии и учебники. В них отразились его мудрость и богатый опыт исследователя, а также незаурядный литературный дар — способность ясно и лаконично излагать свои мысли.
Он закончил свою насыщенную трудами и признанием жизнь счастливым человеком — к восхищению всех, кто встречался с Перуцем в его последние месяцы. Он никогда не почивал на лаврах и работал до конца, конечно, не ради новых почестей, а просто из-за любви к своему делу. О нем можно сказать то, что он написал о сэре Лоурен-се Брэгге: «Слава никогда не притупляла его острое научное любопытство, возможно, потому, что у него не было тщеславия или амбициозности использовать ее для личной власти».
Макса Перуца будут помнить как одного из немногих избранных, совершивших революцию в той части наук о живой природе, которую мы теперь называем молекулярной биологией.
Предисловие и сокращенный перевод
с английского Л.Каховского
31