aeb20111 marc bonneu estbb 2008 les approches protéomiques
TRANSCRIPT
![Page 1: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/1.jpg)
AEB2011 1Marc Bonneu ESTBB 2008
Les approches protéomiques
![Page 2: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/2.jpg)
Plan
1-Séparation des protéines par électrophorèse
2-Identification des protéines par spectrométrie de masseCarte peptidiqueSéquençage peptidique 3-Quantification des protéinesComparaison gel 2DMarquage isotopiqueLabel Free
4-Caractérisation des protéinesInteractions protéine-protéineModifications post-traductionnelles
![Page 3: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/3.jpg)
SDS-PAGE
1-Séparation des protéines par électrophorèse
Avantage : • toutes les protéines y compris les
protéines membranaires
Inconvénient :• Plusieurs protéines dans la même
bande• Les petites protéines migrent toutes
ensemble au niveau du front de migration
![Page 4: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/4.jpg)
Petites protéines emprisonnées dans des micelles de SDS
Remplacement de la glycine par un tripeptide de glycine (Tricine)
Tris-Tricine
1-Séparation des protéines par électrophorèse
![Page 5: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/5.jpg)
pI
taille
Avantages :Excellente résolution
Les limites :
Protéines majeuresProtéines solubles4 < pI <1115 000 Da < PM < 150 000 Da
IPG/SDS-PAGE
1-Séparation des protéines par électrophorèse
![Page 6: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/6.jpg)
16-BAC (benzyldimethyl-n-hexadecylammonium chloride)
Détergent cationique16-BAC
SD
S
16-BAC/SDS-PAGE
1-Séparation des protéines par électrophorèse
Avantages :Séparation des protéines hydrophobes possible
Les limites :Résolution réduite
![Page 7: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/7.jpg)
SyproRuby
1 2 3 4 5 6 7
Bleu Colloïdal
1 2 3 4 5 6 7
ProQ diamond
1 2 3 4 5 6 7
Nitrate d’argent
1 2 3 4 5 6 7
Coomassie R250
1 2 3 4 5 6 7
Ruthenium 16µl/L
1 2 3 4 5 6 7
1: 1000 ng/ protéine2: 500 ng/ protéine3: 250 ng/ protéine4: 125 ng/ protéine5: 62.5 ng/ protéine6: 31.25 ng/ protéine7: 15.6 ng/ protéine
La détection des protéines sur gel
1-Séparation des protéines par électrophorèse
![Page 8: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/8.jpg)
Limite de détection
Gamme dynamique
Coloration au bleu de Coomassie 500 ng 1 ordre
Coloration au bleu de Coomassie colloïdal classique 100 ng 2 à 3 ordres
Coloration au bleu de Coomassie colloïdal rapide 20 ng 2 à 3 ordres
Coloration au nitrate d’argent 10 ng 1 ordre + prot spécifique
Coloration au nitrate d’argent non compatible avec la masse 1 ng 1 ordre + prot
spécifique
SyproRuby®, DeepPurple®, Ruthénium 1 ng 3 ordres
Marquage radioactif 0.000 2 ng excellente
1-Séparation des protéines par électrophorèse
La détection des protéines sur gel
La gamme dynamique est définie comme le rapport du signal maximal mesurable sur le signal minimal mesurable
![Page 9: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/9.jpg)
Spectromètre de masse : mesure précise du rapport m/z d’un ion
peptideou
protéineion m/z
m : masse de l’ionz : valence de l’ion
unité : Thompson
Ionisation Analyseen m/z
H+ Spectromètre de Masse
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
protéine gène
![Page 10: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/10.jpg)
Pourquoi le spectromètre de masse mesure le rapport m/z ?
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
+
++
+
+ Champ électrostatique
m = 1000 Da
m = 1000 Da
m = 2000 Da
m/z =
m/z =
m/z =
1000 + 1
1000 + 2
2000 + 1
1
2
1
= 1001
= 501
= 2001
H+ = 1 Da
Vide suffisant
![Page 11: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/11.jpg)
Comment à partir du rapport m/z on déduit la valeur de la masse ?
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
m/z =
m/z =
m/z =
1000 + 1
1000 + 2
2000 + 1
1
2
1
= 1001
= 501
= 2001
H+ = 1 Da
501
1001
2001
![Page 12: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/12.jpg)
Comment à partir du rapport m/z on déduit la valeur de la masse ?
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
m/z =
m/z =
m/z =
1000 + 1
1000 + 2
2000 + 1
1
2
1
= 1001
= 501
= 2001
H+ = 1 Da
501
1001
2001
![Page 13: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/13.jpg)
Comment à partir du rapport m/z on déduit la valeur de la masse ?
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
m/z =
m/z =
m/z =
1000 + 1
1000 + 2
2000 + 1
1
2
1
= 1001
= 501
= 2001
H+ = 1 Da
501
1001
2001
Le massif isotopique
![Page 14: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/14.jpg)
Comment à partir du rapport m/z on déduit la valeur de la masse ?
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
Le massif isotopique
x 12C(x-1) 12C + 1 13C
(x-2) 12C + 2 13C
La différence de masse entre deux pics
successifs d’un massif isotopique est égale à
1Da
![Page 15: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/15.jpg)
Comment à partir du rapport m/z on déduit la valeur de la masse ?
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
x 12C(x-1) 12C + 1 13C
(x-2) 12C + 2 13C
La différence de masse entre deux pics
successifs d’un massif isotopique est égale à
1Da
a Th a Th
![Page 16: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/16.jpg)
Comment à partir du rapport m/z on déduit la valeur de la masse ?
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
x 12C(x-1) 12C + 1 13C
(x-2) 12C + 2 13C
La différence de masse entre deux pics
successifs d’un massif isotopique est égale à
1Da
a Th a Th
a = 1 z = 1a = 0.5 z = 2
a = 0.33 z = 3
![Page 17: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/17.jpg)
Protéine àidentifier
Peptides générés par protéolyse
Spectre MS expérimental
YILMNPRTHSEIKNPMLKLLIHGFDSQASDRTFGNHGGTKTRFDFEEKMLIYTRNVCWCHGFPITREAESDD
LKLLIHGFDSQASDRFGNHGGTKTRFDFEEKYILMNPRTHSEIK
Séquences des protéines
Peptides générés in silico
Spectres MS théoriques
Comparaison
m/z
I
m/z
I
KK
K
K
R
R
Carte peptidique
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
![Page 18: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/18.jpg)
Protéine Peptides générés par protéolyse
Spectre MS expérimental
YILMNPRTHSEIKNPMLKLLIHGFDSQASDRTFGNHGGTKTRFDFEEKMLIYTRNVCWCHGFPITREAESDD
LKLLIHGFDSQASDRFGNHGGTKTRFDFEEKYILMNPRTHSEIK
Séquences des protéines
Peptides générés in silico
Spectres MS2
théoriques
Co
mp
arai
sonm/z
I
m/z
I
KK
K
K
R
R
m/z
I
Spectre MS2 expérimental
Séquençage peptidique
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
![Page 19: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/19.jpg)
découpage
Digestion in-gel
Identification par spectrométrie de masse
LC/MS/MS
Compilation et élimination de la
redondance
Identification des protéines dans un mélange complexe
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
![Page 20: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/20.jpg)
trypsine
Protéines
dénaturation
Peptides
pH 3.5 pH 10
24 cm
32 morceaux
électrophorèse
Identification par spectrométrie de masse
LC/MS/MS
Compilation et élimination de la
redondance
Strip IPG
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
![Page 21: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/21.jpg)
Digestion in-gel
Carte peptidique séquence peptidique
Identification par MS
RapidePeu coûteux
Attention à l’overlapping
Identification systématique des protéines d’un protéome
2-Identification des protéines par spectrométrie de masse
![Page 22: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/22.jpg)
3-Quantification des protéines
Quantification relative par électrophorèseQuantification relative spectrométrie de masse
Marquage isotopiqueSILACICATiTRAQ
Label FreeQuantification absolue par spectrométrie de masse
Comparaison de l’abondance des protéines entre des états physiologiques différents
synthèse dégradationabondance
modificationmodification
synthèse abondance dégradation
![Page 23: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/23.jpg)
F1 F2
Identification par MSCarte peptidiqueSéquence peptidique
Quantification relative par électrophorèse bidimensionnelle
3-Quantification des protéines
![Page 24: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/24.jpg)
La spectrométrie de masse n’est pas quantitative
I
m/z
MS
1 Protéine Digestion Peptides
équimolaires
p
3-Quantification des protéines
![Page 25: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/25.jpg)
La spectrométrie de masse n’est pas quantitative et pourtant …
I
m/z
MS
1 Protéine Digestion Peptides
équimolaires
I
m/z
MS
Peptide p 14N
Peptide p 15N
p
I
m/z
MSI
m/z
MS
1:11:2
1:10
3-Quantification des protéines
![Page 26: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/26.jpg)
SILAC
ICAT
iTRAQ
Digestiontrypsique
échantillon
protéine
peptide
Spectrométrie de masse
La comparaison par marquage isotopique et analyse MS
Marquage isotopique
3-Quantification des protéines
![Page 27: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/27.jpg)
iTRAQ® : isobaric tags for relative and absolute quantification
reporter balance
114 31+ 145115 30+ 145116 29+ 145117 28+ 145
Groupementréactif
H2N-CH-CO-NH-CH-CO-NH-…
R1 R2
H3CN
NN
OO
O
O
3-Quantification des protéines
![Page 28: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/28.jpg)
Mélange
MarquageiTRAQ 114
protéine
protéolyse
t0 T0+20 min
MarquageiTRAQ 115
protéine
protéolyse
T0+40 min
MarquageiTRAQ 116
protéine
protéolyse
T0+60 min
MarquageiTRAQ 117
protéine
protéolyse
3-Quantification des protéines
iTRAQ® : isobaric tags for relative and absolute quantification
![Page 29: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/29.jpg)
114 31
115 30
116 29
117 28in
ten
sit
é
m/z
MS
inte
nsit
é
m/z
MS/MS
inte
nsit
é
m/z
11
41
15
11
61
17
peptidebalancereporter
peptidebalancereporter
peptidebalancereporter
peptidebalancereporter
3-Quantification des protéines
iTRAQ® : isobaric tags for relative and absolute quantification
![Page 30: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/30.jpg)
quanti
té
temps de rétention
Label Free
LC/MS/MS
inte
nsi
té
m/z m/z m/z m/z
MS MS MS MS
C18
3-Quantification des protéines
![Page 31: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/31.jpg)
Label Free
inte
nsi
té
m/z m/z m/z m/z
MS MS MS MS
inte
nsi
té
Même temps de rétention
3-Quantification des protéines
![Page 32: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/32.jpg)
Label Free
inte
nsi
té
Même temps de rétention
inte
nsi
té
Même temps de rétention
Échantillon 1
Échantillon 2
3-Quantification des protéines
![Page 33: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/33.jpg)
Protéines dont protéine P à doser
protéolyse
Peptides dont peptide p de la protéine p
Peptide p marqué par un isotope stable(quantité connue)
Analyse par LC/MS/MS
La quantification absolue : AQUA®
3-Quantification des protéines
m/z
MS
Peptide p Peptide p AQUA®
![Page 34: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/34.jpg)
3-Caractérisation des protéines
Complexe protéique AgglomératsModification
post-traductionnelle
![Page 35: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/35.jpg)
Complexe protéique
Le système double hybrideBlue Native / SDS-PAGECo-immunoprécipitationFar WesternPurification :
-Pull down-Purification des interactants par chromatographie d’affinité-Co-purification : TAP-tagPuce à protéinePhage displayComplémentation de fluorescence bimoléculaire (BiFC)Transfert d’énergie de fluorescence par résonanceRésonance plasmonique des surfaces
3-Caractérisation des protéines
![Page 36: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/36.jpg)
promoteur reporteur
Gal4p
TA
DB
TA
DB
signal
Gal4p active la transcription de GAL1 et GAL10
Le système double hybride
3-Caractérisation des protéines
![Page 37: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/37.jpg)
XY
promoteur reporteur
X
Y
TA
DB
+
signal
Le système double hybride
3-Caractérisation des protéines
![Page 38: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/38.jpg)
Principe BN/SDS-PAGE
BN-PAGE
SD
S-P
AG
E
BN
-PA
GE
1ère dimensionBleu de Coomassie
Gradient
2ème dimensionÉquilibrationSDS
Mercaptant
dessalage
Détergent neutre
Complexes membranaires
Complexes cytosoliques
pH
3-Caractérisation des protéines
![Page 39: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/39.jpg)
4% 18% 7% 12 %
complexes hétéromultimériques cytosoliques
3-Caractérisation des protéines
![Page 40: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/40.jpg)
La co-immunoprécipitation
Extrait
Anticorps spécifique
de
+Protéine A sépharose
Identification par
spectrométrie de masse
SDS-PAGE
3-Caractérisation des protéines
![Page 41: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/41.jpg)
Le Pull Down
lysat
+GST
GST GST
GST
Glutathion sépharose
GST
GST
GST
Identification par
spectrométrie de masse
SDS-PAGE
Glutathion sépharose
GST
GST
GST
GST
Variantes :-fixation préalable de la protéine de fusion sur la colonne de Glutathion séparose-autres étiquettes : 6His, Streptavidine, HaloTag, …
3-Caractérisation des protéines
![Page 42: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/42.jpg)
NHS activated sepharose™
lysat
Identification par
spectrométrie de masse
SDS-PAGE
La purification des interactants par chromatographie d’affinité
3-Caractérisation des protéines
![Page 43: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/43.jpg)
La co-purification : TAP-Tag
Protéine appât
Calmoduline Binding Peptide
Site de clivage de la protéase du TEV
Fragment ZZ de la protéine A
IgG Sepharose
CalmodulineSepharose
1
2
3
3-Caractérisation des protéines
![Page 44: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/44.jpg)
Le phage display
Banque de phageM13 avec PIII rec
ou PVIII rec
Sélection Lavage Elution
Amplification et re-sélection
3-Caractérisation des protéines
![Page 45: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/45.jpg)
Le Far Western
Transfert sur membrane
Renaturation Incubation avec la protéine
appât
Incubation avec l’anticorps dirigé
contre la protéine appât
Révélation avec un anticorps secondaire
Découpage de la zone
Identification par spectrométrie de
masse
3-Caractérisation des protéines
![Page 46: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/46.jpg)
Complémentation de fluorescence bimoléculaire (BiFC)
Protéine A Linker NYFP
1 154
Protéine B Linker CYFP155 233
3-Caractérisation des protéines
![Page 47: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/47.jpg)
Transfert d’énergie de fluorescence par résonance
Y YX
FRET
X
3-Caractérisation des protéines
![Page 48: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/48.jpg)
Résonance plasmonique des surfaces
Source de lumière
Unité de détection optique
Prisme
Puce avec film d’or
Canal
Lumière polarisée Lumière réfléchie
Angle
Inte
nsité
3-Caractérisation des protéines
![Page 49: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/49.jpg)
Puce à protéine
3-Caractérisation des protéines
![Page 50: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/50.jpg)
Agglomérats
Problème récurrent en bioproduction
Mise au point du process de production
Mesure de la masse du produit purifié
3-Caractérisation des protéines
![Page 51: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/51.jpg)
Modificationpost-
traductionnelle
Mesure de masse exacte de la protéine
Exemple : Masse mesurée = 65 864,338 DaMasse calculée = 65 928,435 Da
+58 Carboxymethyl (on Cysteine)+60 sodium + potassium+64 Selenocysteine (from Serine)+67 Asp transamidation with piperidine+68 3,5-Dichlorination (of Tyrosine with 35Cl)
D masse = + 64,097
3-Caractérisation des protéines
![Page 52: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/52.jpg)
Modificationpost-
traductionnelle
MS
fragmentation
protéolyse
MS2
MS3MS4
3-Caractérisation des protéines
![Page 53: AEB20111 Marc Bonneu ESTBB 2008 Les approches protéomiques](https://reader038.vdocuments.pub/reader038/viewer/2022103015/551d9d92497959293b8c8c11/html5/thumbnails/53.jpg)
Merci de votre attention