como comunicar y diseminar información científica en internet
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Como comunicar y diseminar información científica en internet para obtener mayor visibilidad e
impacto
Del acceso abierto a la ciencia 2.0
ImparteGrupo Evaluación de la Ciencia y la Comunicación Científica
• Daniel Torres Salinastorressalinas@gmail.com
• Emilio Delgado López-Cózaredelgado@ugr.es
Organiza• Vicerrectorado de Política Científica e Investigación
• Facultad de Ciencias del TrabajoUNIVERSIDAD DE GRANADA
13 de Diciembre de 2010
C
torressalinas@gmail.com
# Contenidos
1. Una introducción general a la comunicación científica en la actualidad
2. El acceso abierto a las publicaciones científicas
3. La ciencia 2.0
4. Nuevos indicadores
5. El data sharing
Y sobre todo vamos a ver como gracias al acceso abierto y la ciencia 2.0 podemos contribuir a aumentar las visibilidad en internet de las publicaciones
Esta publicación nos servirá como ejemplo.
torressalinas@gmail.com
#1
La comunicación científica en la actualidad
C
torressalinas@gmail.com
# ¿Porqué es necesario un seminario como éste?
We believe that the research community is ripe for a revolution in scientic communication and that the current generation of scientists will be the one to push it forward. These scientists have a natural ability to do science in an electronic environment without the need for printed publications or static documents and, in fact, can feel quite limited by the traditional format of a publication. Perhaps most importantly, they appreciate that the sheer amount of data and the number of publications is prohibitive to the traditional methods of keeping current with the literature.
Phil Bourne. CTWatch Quarterly, Volume 3, Number 3, August 2007)
torressalinas@gmail.com
Informal
Artículo Científico[Peer Review, Público Final,
Especializado]
Libros y monografías
Obras de referencia
Repositorios autoarchivos
preprints
Congresos[Peer Review,
interpersonal, público]
Data SharingData Banks
Web 2.0: blogs, facebook, twitter.[sin Peer Review,
interpersonal, público]
Cafeterías universitarias, e-mail, teléfono
[interpersonal, privado]
Formales
# Los canales de comunicación científica
C
NYAS: You have called the Web "the ultimate global collaborative medium" and science "the ultimate global collaborative pursuit.“
Hannay: Yes, that's one of the reasons why I decided to work on the Web in science. Tim Berners-Lee originally considered the Web a scientific communication means. But, ironically it hasn't been scientists and the research community pushing the Web to its limits.
Hannay Publishing Director, Web Publishing, Nature Publishing Group
# Internet como medio de comunicación científica
torressalinas@gmail.com
# ¿Qué canales utilizan los científicos para publicar?
torressalinas@gmail.com
# ¿Qué citan los científicos?
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# ¿Qué canales utilizan los para diseminar la información?
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# ¿Cómo buscan los científicos?
• Several of the researchers describe themselves as “lazy,” alluding to the fact that they do not bother to get a journal article if it is unavailable in electronic form. This is primarily because they have become so used to information being just “a click away (Haglund,2008)
• Personally the way I work, I mean in the old days we used to go to the library, and people used to go Saturday morning or whatever to the libraries and go through the journals […], now this doesn’t happen any more, we have the electronic information (Fry et all., 2009)
• “If I can't get it right away online, I don't read it," said a chemist at Science Online 2010. (Names omitted to protect the guilty!)
• For many researchers, especially in the sciences, Google is the first choice for information—all kinds of information. Only a few of the researchers have knowledge about Google Scholar. The researchers use a relatively limited amount of sources, a few subject specific databases (Haglund, 2008)
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# ¿Dónde buscan información los científicos?
torressalinas@gmail.com
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# Las herramientas de los científicos según los científicos
1. CASOS ANALIZADOSLos propios científicos nos dicen que servicios y fuentes de información usan nos puede ayudar a orientarnos en la formación que debemos dar a los usuarios. Dedicado a CIENCIAS DE LA VIDA, Grupos encuestados: Animal Genetics and Animal Disease Genetics; Transgenesis in the chick and development of the chick embryo; Epidemiology of Zoonotic Diseases; Neuroscience; Systems Biology; Regenerative Medicine
2. RECURSOS BIBLIOGRÁFICOS2.1. Pubmed, Biomed Central, Google Scholar, Google
2.2. Portales específicos: Wiley, WoS, Science Direct 2.3 Otros recursos mencionados: Citesser, Arxiv
2.4. Mencionan como software bibliográfico: Ednote y Zotero
3. RECURSOS ON-LINE3.1. Portales de revistas importantes: Nature, Science, New Scientist3.2. Portales de Instituciones: Welcome Trust, European Bioinformatics Institute, …3.3. Portales específicos disciplina: NCBI, OMIM, OMIAN3.4. Portales comerciales: Rochen, Sigma, Invitrogen
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# Las herramientas de los científicos según los científicos
4. OTROS RECURSOS WEB Y WEB 2.04.1. Enciclopedias: Wikipedia4.2. Escritorios On-line: Google Docs 4.3. Mensajería: Skipe, Twitter, MSM4.4. Imágenes: Google Images, Yahoo Images Search, Picasa4.5. Otros: Google Earth
5. KEY ISSUES DEL ESTUDIO5.1. Google aparece como herramienta fundamental en búsquedas bibliográficas5.2. Los portales de revistas son muy empleados y bien considerados5.3. Se piensa que se debería compartir toda la información On-Line5.4. Open Access se percibe positivamente5.5. La falta de tiempo es el factor más importantes a la hora de usar la 2.05.6. La mayor de los recursos se descubren por recomendación de colegas5.7. Uso muy limitado de las Redes Sociales en el lugar de trabajo5.8. No tienen ni idea de lo que es la Cloud Computing
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#
• Uso de las citas y medidas indirectas (IF) para evaluar el impacto y difusión de las publicaciones
• Es responsabilidad del editor diseminar tú trabajo• El artículo impreso era el formato definitivo del
trabajo• La producción de los colegas se identificaban en
BBDD• El artículo como unidad mínima de comunicación• El editor tiene el control del copyright
# Los modelos de comunicación científica.
ANTES DE INTERNET
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#
• Otros posible Indicadores más ricos y variados para evaluar las contribuciones
• Una diseminación más efectiva del trabajo está ahora en manos del autor
• El formato digital está ya consolidado en la mayor parte de las áreas
• Bastantes alternativas para mantener informada a la comunidad de los trabajos
• Los datos como unidad mínima de comunicación• El autor tiene más poder sobre sus contenidos
# Los modelos de comunicación científica
AHORA CON INTERNET
# Crece el volumen de papers on-line: Número de repositorios
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# # Crece el volumen de papers on-line: Nº revistas en acceso abierto
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# Crece el volumen de papers on-line: Nº revistas en acceso abierto
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# Crecimiento de los datos
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# Apunte final. The enhanced publication
Leo
Waaijers
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# Apunte final. Pero siempre hay que andarse con ojo
¿y entonces qué?
ISI
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# 2 Open Access
/Acceso Abierto
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# Introducción
El acceso abierto significa el acceso on-line inmediato, libre y sin restricciones a materiales digitales académicos/científicos y de éstos especialmente a los trabajos científicos sometidos a peer review y publicados en revistas científicas
Por “acceso abierto” a esta literatura queremos decir su disponibilidad gratuita en Internet público, permitiendo a cualquier usuario leer, descargar, copiar, distribuir, imprimir, buscar o usarlos con cualquier propósito legal, sin ninguna barrera financiera, legal o técnica, fuera de las que son inseparables de las que implica acceder a Internet mismo. La única limitación en cuanto a reproducción y distribución y el único rol del copyright en este dominio, deberá ser dar a los autores el control sobre la integridad de sus trabajos y el derecho de ser adecuadamente reconocidos y citados.
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# Ley de la Ciencia, la Tecnología y la Innovación. Borrador 1 V.
Artículo 35. Difusión en acceso abierto.…
2. Los investigadores cuya actividad investigadora esté financiada íntegramente con fondos de los Presupuestos Generales del Estado harán pública una versión digital de la versión final de los contenidos que les hayan sido aceptados para publicación en publicaciones de investigación seriadas o periódicas, tan pronto como resulte posible, pero no más tarde de seis meses después de la fecha oficial de publicación.
3. La versión electrónica se hará pública en repositorios de acceso abierto reconocidos en el campo de conocimiento en el que se ha desarrollado la investigación, o en repositorios de acceso abierto institucionales.
4. La versión electrónica pública podrá ser empleada por las Administraciones Públicas en sus procesos de evaluación.
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# Percepción open access
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# Conceptos básicos
PRE-PRINTS
POST-PRINTS
Nuestros artículos que todavía no ha sido sometidos a revisión por parte de ninguna revista científica
Nuestros artículos que que pasado el proceso de revisión y serán o han sido publicados en una revista científica
¿Qué ponemos en acceso abierto?
¿Dónde los ponemos en acceso abierto?
WEBPROPIA
REPOSITORIOS
REVISTAS CIENTÍFICAS
le llamamos la “RUTA VERDE” le llamamos la “RUTA DORADA”
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# Literatura en acceso abierto
1 de cada 4 artículos están ya en acceso abierto
Björk B-C et el. (2010) Open Access to the Scientific Journal Literature: Situation 2009. PLoS ONE 5(6): e11273.
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# Conocimiento de los repositorios
Aproximadamente el 70% de los científicos no conoce los repositorios
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# Open Access e impacto ¿Aumenta o no?
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# Open Access e impacto ¿Aumenta o no?
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# Open Access e impacto ¿Aumenta o no?.
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# 2 Open Access
/Acceso Abierto
productos y servicios
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# ¿Cómo conocer las políticas de acceso abierto de las revistas?
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# Sherpa Romeo
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# Sherpa Romeo. El registro.
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# Sherpa Romeo. Las estadísticas
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# Sherpa Romeo. Open Access. Pagar por liberar
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# Open Access. Pagar por publicar
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# Las políticas de acceso abierto de las revistas españolas
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# ¿Dónde depositar? Web personal o repositorioPágina del grupo ec3 con las publicaciones en acceso abierto.- Responde a nuestra identidad- Podemos incluir todo tipo de
materiales- Integrado con nuestro CV- Metadatos a nuestro gusto- Laborioso
Repositorio E-LIS sobre Biblioteconomía y Documentación- Permanent link- Estabilidad temporal- Metadatos- Dependiendo poco tiempo
# ¿Dónde depositar? Web + repositorio
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# ¿Qué repositorios debo conocer?: DIGIBUG
EL REPOSITORIO INSTITUCIONAL DE LA UGR
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# ¿Qué repositorios debo conocer?: REPEC , SSRN y ArXiv
Research Papers in Economics
Social Science Research Network
Arxiv.org e-Print Archive
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# ¿Qué repositorios debo conocer?
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# ¿ y al final que repositorio utilizo, institucional o disciplinar?
Björk B-C et el. (2010) Open Access to the Scientific Journal Literature: Situation 2009. PLoS ONE 5(6): e11273.
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# 2 Open Access
/Acceso Abierto
Ejemplos prácticos
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# Ejemplo, pasos a seguir para dar acceso abierto a un trabajo
1. Me aceptan un paper en el Profesional de la Información
2. Compruebo política OA de la revista
Torres-Salinas, Daniel; Jiménez-Contreras, Evaristo. Introducción y estudio comparativo de los nuevos indicadores de citación sobre revistas científicas en Journal Citation Reports y Scopus. El profesional de la información, 2010, marzo abril, v. 19, n. 2, pp. 201-207.
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# Ejemplo, pasos a seguir para dar acceso abierto a un trabajo
3. Lo cuelgo desde diferentes lugares. Puertas de entrada al documento
Página grupo
Página personal
Repositorio temático
Revista científica también lo da en OA
# Difusión según depósito
CON TODO ESTO CONSEGUIREMOS QUE NUESTRO TRABAJO SEA FÁCILMENTE RECUPERABLE EN INTERNET
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# Difusión según depósito
Recolectores
Google scholarOtros motores Google
Poca gente te buscará aquí
Sin embargo te garantiza estar aquí en condiciones óptimas
Repositorio
Web Site
Repositorio
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# Recuperable desde repositorios
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# Recuperable desde los productos de google
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# Recuperable desde otros motores de búsqueda científicos
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# Resumen de la localización del full text en diferentes motores
Full Text
Lugar que toma como fuente
GOOGLE 2 - Página Personal- Página Grupo
GOOGLE ACADÉMICO
2 - Página Revista- Página Grupo
SCIRUS 1 - Repositorio E-LIS
SCIENTIFIC WEB PLUS
2 - Página Revista - Página Grupo
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# Lectura recomendada
Alonso, J; Zubirats, I; Martínez, M. Informe Apei sobre acceso abierto. Asociación Profesional de Especialistas en Información, 2008.
http://eprints.rclis.org/15107/1/informeapeiaccesoabierto.pdf
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# 3
Ciencia 2.0
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# Definición
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# Analogía actividad científica y web 2.0
GENERACIÓN ALTRUISTA* DE CONTENIDO
INTERACCIÓN ENTRE USUARIOS
FORMACIÓN DE COMUNIDADES
INTELIGENCIA
COLECTIVA
PILARES SOCIALES DE LA WEB 2.0
ACTIVIDAD CIENTÍFICA
Revistas científicas, libros, comunicaciones, etc..
Congresos, grupos de investigación, cartas a revistas, compartir equipos, dar cursos, etc..
Colegios invisibles
Semejanzas web 2.0 y ciencia
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# La web 2.0 y el normativismo mertoniano
COMUNITARISMO
UNIVERSALIDAD
DESINTERÉS
ORIGINALIDAD
ESCEPTICISMO
ESPECIALIZACIÓN
ENTRETENIMIENTO
DESCRIPCIÓN DE LA ESTRUCTURA NORMATIVA DE LA CIENCIA
- Merton, Robert K. 1977. La Sociología de la ciencia. Alianza. Madrid.- Ziman, John. 2003. ¿Qué es la Ciencia?. Cambridge UP. Madrid
EL DECÁLOGO 2.0 IDEAL?
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# La web 2.0 y ….
Wikipedia es uno de los productos más representativos de los valores de la Web 2.0; un medio ambiente igualitario con sentido de neutralidad entre pares… La aplicación permite al usuario publicar y luego la comunidad determina la relevancia del contenido.
A tono con los valores del saber compartido, Sunstein (2006) señala que los campos del conocimiento científico son como grandes wikis, editables todo el tiempo a modo de revisión entre pares, en los cuales las nuevas entradas representan trabajos que hacen crecer la inteligencia colectiva en forma eficiente.
Pardo Kuklinski. Nociones básicas alrededor de la Web 2.0. EN: Cobo Romaní, Cristóbal;Pardo Kuklinski, Hugo. 2007. Planeta Web 2.0. Inteligencia colectiva o medios fast food. Grup de Recerca d'Interaccions Digitals, Universitat de Vic. Flacso México. Barcelona / México DF.
WIKIPEDIA - CIENCIA
CIENCIA - WIKI
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# La web 2.0, la ciencia y la larga cola
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# La web 2.0, la ciencia y las barreras para la publicación
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# Cosas que están cambiando con la ciencia 2.0
La forma de comunicarse
La forma de escribir
La forma de difundir información
La aptitud
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# Para qué la usan los científicos
To exchange ideas and to get ideas but, most of all, to disseminate ideas. [...]It of big value to be able to communicate with academics from all over the world.
It almost offers you a half-way house in that you can be less formal, you don’t have to have completed your research project, you can talk about your research findings as it were and it’s kind of put out there in the public space and people can comment or interact without having to wait until your final output is a journal article that will appear in print.
[...] ultimately it will change how people do research [and] it is about accelerating the research cycle for small pieces of research that are easily distributed.
Phil. Trans. R. Soc. A 2010 368, 4039-4056
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‘Web 2.0 encompasses a variety of different meanings that include anincreased emphasis on user-generated content, data and content sharing andcollaborative effort, together with the use of various kinds of social software,new ways of interacting with web-based applications, and the use of the web asa platform for generating, re-purposing and consuming content.’(Anderson, 2007)
# Para qué la usan los científicos
TODAVIA ES UNA CUESTIÓN DE MINORIAS
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# 3
Ciencia 2.0
Herramientas 2.0
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# Los servicios de la web 2.0 para la difusión
Dentro de los servicios de la web 2.0 para la difusión de la actividad científica y académica
BLOGSmicroblogs
REDES SOCIALES
ESCRITORIOS
ONLINEALOJAMIENTO
PPT
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# ¿Servicio general? O ¿Servicio especializado?
- Dirigidos exclusivamente a científicos
- Contenidos profesionales- Integrales para gestión de un CV
académico (repositorio, etc…)- Poca población- Poca apertura- Poco recuperable- Interoperabilidad limitada
- Dirigidos a todos los públicos- Contenidos heterégeneos- No adaptados a CV académicos
(aunque podemos customizarlos)- Mucha población de usuarios- Bastante apertura- Muy recuperable por motores- Interoperabilidad máxima
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# Herramientas 2.0 generalistas que recomendamos
Blogging
Microblogging
Red Social
Repositorio ppt
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# Los blogs usos básicos en ciencia.
ANUNCIAR NUESTRAS PUBLICACIONES
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# Los blogs usos básicos en ciencia.
ADELANTAR NUESTRO TRABAJAO
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# Los blogs usos básicos en ciencia.
INFORMAR Y COMENTAR EN QUE CONGRESOS PARTICIPAMOS
# Los blogs usos básicos en ciencia.
ESCRIBIR PEQUEÑAS NOTAS RÁPIDAS O BIEN DAR SALIDA A TEXTOS DIVULGATIVOS PUBLICADOS EN OTROS LUGARES
# Los blogs usos básicos en ciencia.
INFORMAR SOBRE NOTICIAS EN NUESTRO CAMPO
# Los blogs usos básicos en ciencia.
OTRAS COSAS QUE HEMOS PUBLICADO EN EL BLOG
Proyectos concedidos
Reconocimientos
Reseñas
Visitas recibidas
# Los blogs en la ciencia. Algunos ejemplos.
# Los blogs en la ciencia. Algunos ejemplos. Redes de blogs
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# Twitter. Características básicas
@reply
DM (direct message)
Follow
Hashtag
RT (Retweet)
Tweet
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# Twitter. Características básicas. Los HashtagAl escribir # en una palabra en un tweet estamos escribiendo un hashtag que nos permiten clasificar los tweets para que luego puedan verse todos agrupados como si de una canal se tratase
# EC3
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# Twitter. Scientwists
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# Algunos de los mensajes que suelo mandar en Twiiter
A nivel científico el principal uso de twitter es la difusión de información!
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# También muy empleado en las congresos y charlas
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# Facebook también para difundir
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# Microaudiencias profesionales/científicas en FacebookTécnico CSIC
Contratado biblioteca
Bibliotecario en la USAL
Compañero EC3
U. Miguel Hernández Staff
Postdoc UGR Gestor repositorio Una biblioteca
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# La web 2.0 en Google
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# Slideshare
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# Slideshare y la integración en el blog
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# Interoperatividad entre aplicaciones
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# Interoperatividad entre aplicaciones
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# Lectores de Feeds
Páginas inicio
Lectores de feeds
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# Lectores de Feeds
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# 3
Ciencia 2.0
Ejemplo difusión
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# Inmediatez de la publicación
IMPACTO CIENTÍFICO
Velocidad difusión
YA 2 años
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# Ciclo estratégico de difusión
# A. Depósito del artículo en el repositorio
# B. Redacción de la entrada del blog
Título de la entrada similar al título del artículo o igual
Imagen portada de la revista donde ha aparecido el trabajo
Texto explicando el trabajo. En tono informal. Podemos aprovechar el abstract
Referencia. Incluye link a la versión electrónica de la revista
Link al texto completo
# C. Difusión del paper desde twitter
Link al repositorio
Link
a la
ent
rada
del
blo
g
Versión full-text del paper
● Se preciso en el mensaje
● Nombra a la revista
● Deja espacio para RTs
● Utiliza acortadores de URL
● Piensa en el horario
● Mensaje un 1-2 después blog
# C. Difusión del paper desde facebook
Link al repositorio
Link
a la
ent
rada
del
blo
g
Versión full-text del paper
# Gente contenta con la difusión en las redes sociales
# Ciclo estratégico aplicado
Observatorio de Cambio Global en Sierra Nevada
Antonio Jesús Pérez-Luque; Francisco Javier Bonet García & Ramón Pérez Pérez. Utilización de la web 2.0 en el seguimiento del cambio global: El Observatorio del Cambio Global en Sierra Nevada. Conama10 Congreso Nacional de Medio Ambiente
Tipo de documento Plataforma
Redes Sociales
TwitterFacebook
Pdf Scribd
Presentaciones SlideboomSlideshare
Vídeos YoutubeScivee
# Ciclo estratégico aplicado
Observatorio de Cambio Global en Sierra Nevada
Antonio Jesús Pérez-Luque; Francisco Javier Bonet García & Ramón Pérez Pérez. Utilización de la web 2.0 en el seguimiento del cambio global: El Observatorio del Cambio Global en Sierra Nevada. Conama10 Congreso Nacional de Medio Ambiente
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# Lecturas recomendadas
Cabezas-Clavijo, Á.; Torres-Salinas, D.; Delgado López-Cózar, E. Ciencia 2.0: catálogo de herramientas e implicaciones para la actividad investigadora. El profesional de la información, 2009, 18 (1): 72-79 .
Torres-Salinas, Daniel; Delgado López-Cózar, Emilio. Estrategia para mejorar la difusión de los resultados de investigación con la Web 2.0. El Profesional de la Información, 2009, 19:5, 534-539.
http://ec3.ugr.es/
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# 4
Nuevos indicadores
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# La huella 2.0
Se escribeSe comentaSe filtraSe difundeSe valoraSe puntúaSe selecciona
Y lo escritoY lo comentadoY lo filtradoY lo difundidoY lo valoradoY lo puntuadoY lo seleccionado
… queda registrado y nos habla del valor de un usuario del valor de una información
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# Indicadores 2.0
Cometarios recibidos (blogs)
Chat social (retweets en Twitter)
Selecciones en servicios de etiquetado social (ej: del.cio.us)
Enlaces recibidos desde la web social (ej: blogs)
Número de nodos y contactos en las redes (ej: Facebook)
Links (entrantes; salientes; co-links)
Visitas (visitantes únicos, tiempo visita, …)
Uso (visualizaciones, descargas, …)
TR
AD
ICIO
NA
LE
SO
RIG
INA
LE
S 2
.0
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# Ejemplo de medición de PloS
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# Indicadores. Descargas en REPEC. TOP 25 Journals Articles
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# Indicadores. Descargas en REPEC. TOP 25 Journals Authors
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# Indicadores. Descargas en SSRN. Top Institutions
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# Relación entre el número de descargas y la citación
For this set of papers, a correlation between logs of 0.54 was found. An analysis of downloads and later citations of physics articles deposited in arXiv.org showed an asymptotic correlation of 0.46. For Nature Neuroscience articles published in 2005, a correlation of 0.72 was found between citations. Overall correlation between total downloads and total citations of Journal of Vision articles is 0.74.
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# Indicadores en Slideshare
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# Indicadores en marcadores sociales
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# La suma de las microaudiencias
En el grupo Ec3 tenemos tres miembros activos en las redes sociales
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# ¿Y qué pasó con nuestro trabajo?
En E-LIS ha sido descargado 96 a las que habría que suma las descargas en la revistas y las webs personales
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# ¿Y qué pasó con nuestro trabajo?
Se han realizado diferentes reseñas en blogs y páginas webs
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# ¿Y qué pasó con nuestro trabajo?
Ha sido seleccionado por 30 usuarios y 12 grupos en CITEULIKE
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Ha comenzado ha ser citado en los canales formales
# ¿Y qué pasó con nuestro trabajo?
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# 4 Data sharing
"Reanalysis is a direct measure of utility to other researchers, which is the basis for reputation and for a high level of citation. So there is potentially value in Analyses looking at the accessibility of data, the adequacy of metadata and protocols, and the reproducibility of specific results. Such studies—if transparently and responsibly conducted—can be more useful in guiding excellent research practices than any number of standard-setting documents because they directly demonstrate the effects of data formatting, accessibility and precisely described decision making on other researchers' ability to use the published results and data."
# Prefacio
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# Definición
By "final research data", we mean recorded factual material commonly accepted in the scientific community as necessary to validate research findings. Final research data do not include laboratory notebooks, partial datasets, preliminary analyses, drafts of scientific papers, plans for future research, peer review reports, communications with colleagues, or physical objects, such as gels or laboratory specimens. NIH
¿Qué son los datos de investigación?
RAW DATA || FINAL RESEARCH DATA || PRIMARY DATA
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#¿Qué es el data sharing?
¿Qué es el data sharing?
¿Cómo se comparten los datos?
• A través de repositorios públicos (DATASETS)• A través de publicaciones/revistas científicas• Peer to peer• Medios no públicos [data centers o data enclaves]
”Acción de compartir con otros colegas los ficheros de datos, generados durante el curso de una investigación. Si trabajas en medicina, por ejemplo, consistiría en poner en línea para descarga todos los datos, convenientemente organizados, de los pacientes que han participado en un ensayo”
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#¿Qué tipo de datos?
Experimentales - Generales por equipos de laboratorio. Suelen ser reemplazables y caros- Ejms: Secuencias genómicas, cromatografías, etc…
Modelos o simulaciones. - Generados por modelos, el modelo y los metada (inputs) es lo más importante
Observacionales- Reproducibles, capturados en tiempo real, irremplazables- Ejms: datos de sensores, encuestas, telemetría, Neuroimagénes
Datos derivados.- Surgen de la combinación de raw data y otros datos- Bases de datos en 3D, Data mining
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#¿Qué tipo de datos?. Ejemplos de los formatos.
TIPO FORMATO
Texto ascii, Word, PDF
Numérico ascii, SPSS, STATA, Excel, Access, MySQL
Multimedia jpeg, tiff, dicom, mpeg, quicktime
Modelos 3D, statisticalSoftware Java, C
Específico de disciplina FITS in astronomy, CIF in chemistry
Específico de instrumentos Olympus Confocal Microscope Data Format
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# ¿Cuál es el destino final de los datos?
.•
Manuscrito
. •Publicación
. •Bibliotecas
.
• Archivos privados
.
•¿¿¿¿?????
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# Ventajas del data sharing
• contribuye a reproducir, replicar y verificar resultados obtenidos por otros
• favorece la posibilidad de reutilización de esos datos para otro tipo de análisis diferente al original
• permite combinar diferentes archivos para realizar metaánalisis
• ayuda a evitar investigaciones duplicadas
• ahorro económico para las agencias financiación
• es un arma eficaz en la lucha contra el fraude
• aceleración en la citación e incrementos en el número de citas ¿?
Frente a las ventajas la incertidumbre del científico y el coste
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Descripción Productores Consumidores Financiación
CENTRALIZADO Diversos conjuntos de datos almacenados en una sola localización en un formato común
Los datos se comparten a través de interfaces bien desarrollados. Libre a todos el mundo
Alta visibilidad, fácil recuperación y subida de datos al repositorio
Normalmente los datos almacenados son muy comunes por lo que solo requiere gastos de mantenimiento y desarrollo
FEDERADOS Los conjuntos de datos están separados físicamente pero se crean de forma virtual conjuntos comunes
Se limita a los participantes del programa y requiere una alta estandarización de los datos
Es relativamente fácil unir y recuperar los conjuntos de datos para los participantes
Requiere fuerte financiación, una infraestructura compleja y participantes muy implicados
DISTRIBUIDOS Los datos están separados física y virtualmente
Los datos suelen estar colgados de web sites (grupos, revistas, etc..) como información suplementaria
Poca normalización, depende de las científicos que los comparten, pueden ser difíciles de interpretar, recuperar
No requiere financiación centralizada y a menudo los datos se pierden y no se conservan por mucho tiempo
# ¿Dónde se almacenan los datos?. (Piwowar, 2008)
torressalinas@gmail.com
# Ejemplo de datos centralizados: the cancer genome atlas
torressalinas@gmail.com
# Ejemplo de distribuidos
Artículo publicado en PLoS One
# Algunas instituciones con políticas sobre los datos
# Algunas instituciones con políticas sobre los datos
torressalinas@gmail.com
REPOSITORIOABIERTO
Todos los datos pueden ser utilizados y reutilizados por otros investigadores
Se comparten en abierto todos los datos. No se puede reducir el riesgo sobre la reutilización de los datos
Participación fácil y abierta para todo tipo de proyectos e investigadores
Maximiza los beneficios de la reutilización de los datos. Es muy apropiado para datos no sensibles.
REPOSITORIOHÍBRIDO
Una parte de los datos se distribuye libremente y otra usuarios restringidos con límites en la reutilización de los datos
Se busca un uso apropiado y eficiente de los datos. Se intenta limitar el riesgo en la utilización de determinados datos
Fácil y abierta para aquellos datos sin riesgos. Se requieren cualificación y permisos para ciertas colecciones de datos
Maximiza la reutilización a la vez que protege los datos sensibles. Requiere verificación de accesos
REPOSITORIOCONTROLADO
Solo usuarios autorizados pueden tener acceso a los datos
Permite la compartir apropiadamente y sin riesgo los datos, se minimizan los peligros
Los permisos y la reutilización de los datos es complejo y consumen bastante tiempo
Por encima de otros criterios se busca la privacidad y la seguridad en los datos
# Tipología de los datos según el control (Piwowar, 2008)
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# Ejemplo de repositorio de datos abierto: SNP
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Why is access restricted? NIH is committed to respecting the privacy and intentions of research participants with regard to how data pertaining to their individual information is used. Data access is therefore intended only for scientific investigators pursuing research questions that are consistent with the informed consent agreements provided by individual research participants. Furthermore, investigators provided access will be expected to utilize appropriate data security measures.
Who is an authorized user within the data access request system? Authorized users include the researchers who may request data sets for specific research uses, the Institutional Signing Officials from the PI's home organization who certify and submit such requests, and the NIH staff who review and process requests (e.g., members of the Data Access Committees).
# Ejemplo de repositorio de datos híbrido: dbGAP
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Access Certification
Investigators who do not have NIMH grant funding to analyze these data must submit an access request. Access requests will be considered based on experience and qualifications of the investigators in conducting genetic research on complex disorders, and consist of an original of the following:
A letter containing the name, mailing address, e-mail address, …. This letter should be written on the letterhead of the sponsoring institution at which the research will be conducted.The curriculum vitae of the principal investigator and all co-investigators.A completed Distribution Agreement (one agreement per disorder), including specification of the research project to be conducted and signatures of the principal investigator and an authorized representative of the recipient institution.
# Ejemplo de repositorio de datos controlado: NIMH
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ACCESOLOCAL
El acceso a los datos se realiza a través de los responsables de colecciones locales dedicadas a un estudio concreto
Los productores de datos están cómodos porque ellos otorgan el permiso a sus datos
El acceso depende de las condiciones ad-hoc establecidas en cada una de las colecciones. Puede ser opaco.
ACCESOCENTRAL
EL acceso lo otorga un comité de expertos de uso de datos o una autoridad central
Los productores de los datos deben confiar en la autoridad central
El acceso depende de que se respete todas las condiciones establecidas
# ¿Quién controla el acceso y los permisos a los repositorios?
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# El papel de las revistas científicas
“... a condition of publication in a Nature journal is that authors are required to make materials, data and associated protocols promptly available to readers without preconditions”
“... All appropriate datasets, images, and information should be deposited in public resources. Please provide the relevant accession numbers (and version numbers, if appropriate). Accession numbers should be provided in parentheses after the entity on first use”
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# El papel de las revistas científicas
Las revistas bien cuelgan los datos en la @versión del paper o…
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# El papel de las revistas científicas
o bien las mismas revistas indican a los lectores en que repositorios “oficiales” deben depositar los datasets.
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# El papel de las revistas científicas # 3
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# Del artículo a los datos (1) # 3
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# Del artículo a los datos (1). El accession number # 3
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# Del artículo a los datos (1). El código y la cita. # 3
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# Del artículo a los datos (1)
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# Del artículo a los datos (1)
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# Del artículo a los datos (1)
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# De los datos a los artículos
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# De los datos a los artículos
Búsqueda en GEO = smoking & Cancer
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# De los datos a los artículos
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# Aplicaciones generalistas para compartir datos.
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Ventajas:
- Permite trabajar directamente con ficheros excel
- Gráficos interactivos
- Permite crear informes
- Permite compartirlos- Bien embebidos en la web- Bien a través de urls
# Ejemplo, Swivel. Características básicas.
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# Ejemplo, Swivel. Características básicas.
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# ¿Qué opinan los científicos de todo esto?
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# ¿Aumenta el impacto compartir datos?
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# Compartiendo datos en nuestras publicaciones
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# Compartiendo datos en nuestros productos
• Daniel Torres Salinas• Emilio Delgado López Cózar
Contacto: torressalinas@gmail.con
Daniel Torres-Salinas; Emilio Delgado López Cózar. Curso: Como comunicar y diseminar información científica en internet para obtener mayor visibilidad e impacto: Del acceso abierto a la ciencia 2.0. Universidad de Granada, Vicerrectorado de Investigación y Políticas Científicas, Facultad de Ciencias deTrabajo, Granada 13 de Diciembre de 2010
MUCHÍSIMAS GRACIAS!!
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