merkez aratırma laboratuvarı (betum) · konferansta sunum yapılmıtır. •eğitim öğretime...

Merkez Araştırma Laboratuvarı

(BETUM)

Abant İzzet Baysal Üniversitesi Gölköy Yerleşkesi 14300 Bolu /TÜRKİYE

Telefon : 0 (374) 254 10 00 / 8701 Faks : 0 (374) 253 45 58

E-posta : betum@ibu.edu.tr Web: http://betum.ibu.edu.tr/

Proje Başlangıç: 2009

Faaliyete Başlama: 2013

AİBÜ Bilimsel, Endüstriyel ve Teknolojik Uygulama ve Araştırma Merkezi Yönetmeliği 01.06.2013 tarih ve 28664 sayılı Resmi Gazete

Toplam Alan: 3320 m2; Oturum Alanı:1060 m2

Toplam 23 adet araştırma ve analiz laboratuvarı

Bilimsel araştırmalara yönelik olarak teknolojik alanda uygulama ve araştırma yapan kurum ve kuruluşların ihtiyacı olan ileri düzeyde akademik ve üretime yönelik çalışmaların gerçekleşmesi için sürdürülebilir altyapı ile hizmet vermek; üniversite, kamu kurumları ve sanayi çevrelerinin ortaklaşa yürüteceği çalışmalara destek vererek ülke gelişmesine ve ekonomisine katkı sağlamaktır.

Temel ve uygulamalı alanlardaki araştırma ve geliştirme faaliyetlerini merkezi bir

organizasyon çerçevesinde düzenlemek,

Yaratıcı, verimli ve ortak çalışma grupları içeren bir araştırma ortamı oluşturmak,

Üniversite-sanayi işbirliğini güçlendirmek ve uygulanabilir sonuçların sanayiye

aktarımını hızlandırmak,

Disiplinler arası ve/veya çok disiplinli bilimsel araştırmalara ve nitelikli araştırıcı beyin

gücünün bir araya gelebilmesine imkân sağlamak,

Kamu ve özel sektörün ihtiyaç duyduğu veya ihtiyaç duyabileceği deney, test ve Ar-Ge

çalışmalarına imkan sağlamak, bu yolla üniversite-sanayi işbirliğinin önemli adımını

oluşturmak,

Abant İzzet Baysal Üniversitesi ile diğer üniversiteler arasında ortak araştırma

faaliyetlerinin geliştirilmesini sağlamak ve bu amaçla Abant İzzet Baysal Üniversitesi ile

yapılacak ortak projeler için diğer araştırıcılara çalışma imkanı sağlamak,

Uluslararası kuruluşlar, Üniversitenin bilimsel araştırma projeleri, sanayi ve diğer kamu

kurumlarının desteği ile yürütülen proje çalışmalarına çalışma ortamı hazırlamak,

Sağlayacağı ileri düzey araştırma olanaklarıyla, üniversitenin araştırıcı potansiyelinin

nitelik ve nicelik yönünden gelişimine önemli katkı sağlamaktır.

İşini severek yapan, tarafsız, bağımsız, etik ilkeler doğrultusunda çalışan, ülke, kurum, müşteri ve çevre çıkarlarını düşünen personel ile ulusal ve uluslararası geçerliliği olan yöntem ve izlenebilirliği sağlanmış cihazlar kullanarak mümkün olan en kısa sürede, doğru ve güvenilir sonuç vermek,

İyi bir mesleki ve teknik uygulama ile kontrol altında kaliteli iş üretmek ve kalitede sürekliliği sağlamak,

Müşteri memnuniyetini sağlamak, müşteri talep ve ihtiyaçları doğrultusunda yapılan analiz çeşitliliğini artırmak,

Kalite yönetim sisteminin tüm personel tarafından benimsenerek sürekli iyileştirilmesini sağlamak,

TS EN ISO/IEC 17025 Deney ve Kalibrasyon Laboratuvarlarının Yeterliliği İçin Genel Şartlar standardına uygun olarak hizmet vermek,

Kalite politikamızdır.

4 Uzman Dr.

1 Uzman Yüksek Mühendis

1 Biyolog

3 Lisans mezunu Tekniker

2 Destek elemanı

MALDI TOF/TOF Biotyper

İyon Kromatografisi Laboratuvarı

GC, GC/MS, HPLC, UPLC Laboratuvarı

Mekanik Yorulma Cihazı

Mikrobiyoloji Laboratuvarı

Görüntüleme Laboratuvarı

Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarı

Moleküler Biyoloji ve Genetik Laboratuvarı

Çevre Analiz Laboratuvarı

Organik ve İnorganik Halojen Tayini

Atık Su Analiz Laboratuvarı

Duyusal Analiz Laboratuvarı

• 1231 adet örnek analiz edilmiştir.

• 26 kalem makine ve teçhizatın eğitimi alınmıştır.

• 2016 yılında düzenlenen çeşitli eğitimlere katılınmış, ayrıca 1 adet kongre ve bir adet konferansta sunum yapılmıştır.

• Eğitim öğretime destek amacıyla ders kapsamında bir çok teknik gezi gerçekleştirilmiştir.

• Merkez adına 4 adet BAP projesi yürütülmektedir.

• Merkez bünyesinde 10 adet BAP projesi ve 2 adet ÖBAP, 1 adet DÜBAP, 2 adet de TÜBİTAK projesine analiz desteği sunulmuştur.

• Merkez Laboratuvar Bilgi Yönetim Sistemi (otomasyon) tamamlanarak kullanıma hazır hale getirtilmiş ve personele otomasyon kullanımı eğitim verilmiştir.

Merkezin 2016 Yılı Faaliyetleri

Bilimsel Endüstriyel ve Teknolojik Uygulama ve Araştırma Merkezi

Abant İzzet Baysal Üniversitesi Gölköy Yerleşkesi 14300 BOLU / TÜRKİYE Telefon : 0 (374) 254 10 00 / 8701 Faks : 0 (374) 253 45 58 E-posta : betum@ibu.edu.tr

Uzman Dr. Sanaz LAKESTANI

Meteorolojik Parametreler

Bölgesinde Kış ve Yaz Dönemlerine ait WRLPLOT ile Hazırlanan Rüzgargülleri

Rüzgar Hızı ve Yönü Yağmur Nem Sıcaklık

EPA, WHO ve Türkiye Güvenli-Yeşil Bina Tarafından İç Ortamlarda Sağlanması Gereken TUOB’lein Limitleri

TUOB İç ortam hava kalitesi

değerlendirmesi

Günlük ortalaması <500

μg.m-3

Kabul edilmiş değer

Günlük ortalaması 501-3000

µg/m3

Hassas grup için eylem

önerilmektedir 1

Günlük ortalaması > 3000

μg.m-3

Eylem gerekmektedir

1Hasas grup: bebekler, hamileler, yaşlılar, astım hastaları, kalp hastaları

Ölçülen Parametre

Sağlanması Gereken

Kriter

(μg.m-3)

Koşullu Sınır Değerler*

(μg.m-3)

Benzen 5 10

TUOB 200 400

UOB’lerin Mevsimsel değişimi

İç Ortam Sonuçlarının Anket Değerleri ile Karşılaştırılması

İlkbahar-yaz ve Sonbahar-Kış mevsimindeki iç ortam hava kirleticilerinin kaynaklarına ait faktör analiz sonuçları

UOB’lerden Kaynaklanan Risk Analizi

İç Ortamda Solunuma Bağlı Risk Analizi

İç ve Dış Ortamda Hayat Boyu Maruziyet Hesaplaması

Tehlike Sınırının Hesaplanması

Kanser Risk Limit Değerleri

A sınıfı 10-4 Kesin Risk,

B sınıfı 10-4-10-5 Muhtemel Risk

C sınıfı 10-5 -10-6 Mümkün Risk

CDI = (CA x ED x IR x EF x L xCU) BW x ALT x NY

Bebek Anne

ED Haftalık maruziyet

süresi (sa/hafta)

168 168

IR Solumun hızı

(m3/sa)

0,42 0,54

EF Maruziyet frekansı

(hafta)

52 52

L Toplam maruziyet

süresi(yıl)

7 70

BW vücut ağırlığı Kg 16,3 57,05

ATL Ortalama yaşam

süresi

0-7 35-44

NY bir yıldaki gün

sayısını (gün)

365 365

CU Birim değişikliği 10E-3 mg/µg

Kronik Günlük Kirlilik Alımı :

(mg/Kg/gün)

Bebekler ve anneler için benzenin iç ortamdaki solumaya bağlı yaşam boyu kanser riski

Naftalin için İç Ortamda Hayat boyu Kanser Riskine Maruz kalma

HR= C/RfC Tehlike Sınırının :

Tehlike Sınırı

HR Tehlike sınırı

C Konsantrasyon (μg m‐3)

RfC Referans Konsantrasyon (μg m‐3)

UOB Referans Konsantrasyon (μg

m‐3)

Kaynak

Benzen 9,6 ATSDR*

Etilbenzen 1300 ATSDR*

Toluen 5000 IRIS**

m,p,o-Ksilen 217 ATSDR*

naftalin 3.7 ATSDR*

*ATSDR (Agency for Toxic Substances and Disease Registry), **IRIS (Integrated Risk Information system)

UOB’lerin referans konsantrasyon miktarı (μg m‐3)

Benzen İçin EPA tarafından Önerilen Birim Risk Değeri ve Hayat Boyu kanser Riski karşılaştırılması

Türkiye ile Diğer Ülkelerin Tehlikeli Sınır Değerlerinin Karşılaştırılması

Bebeklerin Sağlık Durumu ile UOB’lerin ilişkisinin incelenmesi

Sağlıklı

48%

Alerji 8%

Bronşit, Bronşiyolit

14%

Diğer

Hastalıklar

30%

Hastalıklar Yüzdeleri

II.Dönem III.Dönem IV.Dönem

Solunum yolu

enfeksyon 79,10% 25,10% 2,40%

Alerji durumu 1,20% 4,80% 3,60%

Diğer hastalıklar 14,60% 23,00% 10,80%

Herhangi Bir Hastalık

Geçirmemiş 5,10% 46,70% 83,20%

II., III. Ve IV. Örnekleme Dönemlerinde bebeklerde görülen hastalıkların yüzdesi

Hastalık Çocuk Sayısı

doktor tanısı ile kesinleşmiş astım 3

alerji 3

atopik dermatit 17

Bronşit 7

Bronşiolit 23

Astım ve alerji bulunan evlerde sigara içilmesi, kömür sobası kullanılması, ana caddeye yakın olması ve yer kaplama tipinim lamine parke olması ortak özellik olarak göze çarpmaktadır.

Vakum Pompası İmpaktör

Penicillium: insanlarda deri, akciğer (inhilasyon), sindirim sistemi şarbonunu ve mavi küf hastalıklarına sebep olmaktadır. Solunum yolu, burun ve sinüs problemleri, göz ve cilt tahrişleri, sinir sistemi komplıkasyonları ve baş ağrısı gibi birçok rahatsızlık bu mantar türünün neden olduğu hastalıkların başında gelmektedir.

1-Penicillium 2-Sporothrix 3-Aspergillus 4-Rhizopus

Oturma Odası Bebek Odası Dış Ortam

Oturma Odası Bebek Odası

Uzm. Dr. Esra Mutlu

Birim sorumlusu Uzman Dr. BAHRAM SARKARATI

Proteomiks ◦ Tam protein Profil analizi

◦ Profil farklılık analizi

◦ Protein modifikasyon analizi

Enzimoloji ◦ Enzim saflaştırılması

◦ Aktivite tayini

◦ İnhibisyon çalışmaları

Fermentasyon ◦ Ayarlanabilir koşullarında fermentasyon prosedürü

ve ürünlerinin analizi

Örnek hazırlama ◦ Homojenizasyon ◦ Santrifugasyon ◦ Saflaştırma

Elektroforez ◦ 1D (PAGE) ◦ 2D (IEF + PAGE)

Western blot(tam içerik ve immune blot) Görüntüleme Jel ekstraksiyon MALDI TOF-TOF/MS

• Homojenizasyon

• Omni TH (0.25-100 ml)

• IKA 18 (5-1500ml)

• Santrifugasyon

• Hitachi CR22N Max RCF 55000

• Hitachi CP100NX Max RCF 803000

• Saflaştırma

• BioRad NGC Orta ve Düşük basınçlı kromatografi sistrmi

• GF

• IEX

• Afinte

• HI

• SDS-PAGE ve Native PAGE

• 8.6 x 6.8 cm

• 13.3 x 8.7 cm

• İzo elektrik Fokuslama

• pH range: 3-12

• IEF strip uzunluğu: 7, 11, 17 cm

• Western blot

• TransBlot Turbo:

• max 30 dakikada transfer sağlar

• ChemiDoc Görüntüleme:

• Görünür

• UV

• Luminesans

Çoklu İlaç direnç deneylerinde dirençli ve dirençsiz hücre hatlarında protein profil farkının analizi ◦ Örn. Meme kanseri MCF7/AdVp3000 hücre

hattında (Adriamycin’e dirençli) ilaca direnç unsurlarının tesbiti

Hastalık, Yaş ve çevre koşulları nedeniyle protein modifikasyonlarının incelenmesi

Kanser biyomarker çalışmaları

Gastrointestinal kanseri ◦ Mide kanserinde degAla-FPA (fibrinipeptide-A with alanine truncation at the N-

terminal) biomarker olarak kullanılmlştır. %85(Metastazlı) -%100 Metastazsıs sensetivite göstermiştir.

◦ Serum proteinlerindeki glikozilasyon farklılaşmaları biomarker olarak incelenmektedir.

Solunum sistemi kanseri ◦ Oksidatif stres kontrol proteinlerinin modifikasyonu ◦ COAH ve Akciğer kanserindeki farklı protein profili bulunmuştur.

Böbrek ve Mesane kanseri ◦ Böbrek hücre karsinomasında(RCC) serum proteumundaki farklılık benin ve malin

tümörlerin belirlenmesinde kullanılır. ◦ Mesane kanserinde idrar biyomarkerleri üzerinde çalışılmaktadır.

Prostat kanseri ◦ Prostat kanseri erken teşhisinde kullanılacak veya ilerlemeleri izleyecek biyomarkerler

üzerinde çalışılmaktadır.

Meme kanseri ◦ MALDI-TOF meme kanserinde aktif metabolitlerin tayininde kullanılmaktadır. ◦ Meme kanserinde regulator moleküller Western blot, 2D elektroforez ve MALDI-TOF

kullanılarak bulunmuştur.

Yumurtalık kanseri ◦ Yumurtalık kanserinde ilaç direnci çalışmaları 2D elektroforez ve MALDI-TOF/MS

kullanılarak yapılmaktadır.

Lösemi ◦ Akut miyeloid lösemi alt türlerinin ayrımında MALDI-TOF/MS kullanılmaktadır. ◦ MALDI-TOF/MS bir çok lösemi araştırmasında kullanılmıştır.

HPLC’ye göre avantajlar ◦ Az örnek hacmi 1-2

ug ◦ Az atık HPLC’ye göre

1/5 ◦ Hızlı 2-3 kat

detectörler: ◦ UV/VİS ◦ Floresan ◦ ECD

Vitaminler: A, B1, B2, 25-OH D, C, E, K Katekolaminler ◦ Dopamin ◦ Epinefrin ◦ Norepinefrin

Plazma serbest metanefrinleri Kanda hemoglobin varyantlarının tayini :

HgA, HgA1c,HgA2 HgF, HgS, HgC Nörotransmiterlerin tayini: Kolin, Asetilkolin Fizyolojik örneklerde pürin ve pirimidin

Kompleks ilaçlarda bileşen tayini

Etken madde miktar tayini (K.K. Lab.da)

Tıbbi bitkilerde etken madde tayini ◦ Atropa Belladonna(Güzelavrat otu): Atropin

◦ Cinchonae(kınakına) kabuğu: kinin, kinidin, hidrokinin, hidrokinidin

◦ Ephedra Sinica(Efedra): Efedrin ve Norefedrin

◦ Ginko Biloba : Quercetin, Kaempferol

Nursel SÖYLEMEZ MİLLİ

2017

Chemistry

Pharmaceutical

analysis

Clinical

analysis Taxonomy

MICROBIOLOGY

6907 Tür, Biotyper 3.1, Mascot, Autoflex Speed BRUKER

MALDI-TOF MS bu sayede her organizma için özgül olan proteinlerden kütle spektrometresine

dayalı o mikroorganizma için özgün bir çeşit parmak izini çıkarmakta, bu sayede bakteri, mantar ve virüs tanımlaması yapılabilmektedir.

Bakteri ve mantar tanımında MALDI-TOF Kütle Spektrometresi

Klinik mikrobiyoloji laboratuvarında MALDI-TOF Kütle Spektrometresi uygulaması

Bakteriyemi mikrobiyolojik teşhisinde MALDI-TOF Kütle Spektrometresi

MALDI-TOF Kütle Spektrometrisi dönüş süresi ve maliyet tasarrufu

MALDI-TOF MS, veri tabanında yer alan güvenilir Prevotella türlerini tanımlar.

MALDI-TOF MS'in tanımlama doğruluğu, 16S rRNA kısmi dizilişine yakındır.

Türler arası çeşitlilik nedeniyle, veri tabanının her türde bir takım suşlarla genişletilmesi gerekiyor.

Mevcut kütüphane kullanılarak Shigella türleri ve E. coli‘ yi ayırt etmek mümkün oldu.

Test edilen 180 izolatın % 94.4'ü doğru E. coli veya Shigellae olarak sınıflandırılmıştır.

Dört (% 2.2) izolatın sonuçları yorumlanamayıp ve altı (% 3.3) izolat yanlış sınıflandırılmıştır.

Nocardia türleri, insan klinik örneklerinden en sık izole edilen aerobik aktinomisetlerdir.

BDAL v6'lı Biotipper platformu, Nocardia‘nın 16 türünden 12 sini doğru olarak tanımladı

Streptomyces ve Tsukamurella cins düzeyinde tanımlamıştır

MALDI-TOF'un klinik olarak ilgili aktinomisitlerin veri tabanının takviye edilmesine gerek kalmadan tanımlanmasına yardımcı olduğunu gösterdi.

MALDI-TOF MS kullanılarak çiğ veya pastörize süt ile yapılan bir Fransız peyniri olan Maroilles'ten mezofilik laktik asit bakterilerinin (LAB) kültürlenebilir popülasyonunu tespit edilmiştir.

Kromojenik medya, MALDI-TOF MS'in teşhis kalitesini düşürmez.

Kromojenik ortamlar, mikrobik patojenlere yanlış tanımlamalar yapmaz.

Kromojenik ortam, MALDI-TOF MS tarafından mikrobik tanımlamayı desteklemek için kullanılabilir.

MALDI TOF Veteriner teşhis laboratuvarında bakterilerin belirlenmesi için bir yöntem olarak ~ 100 bakteri türünün belirlenmesi için değerlendirilmiş,

16S rDNA sekanslama ve biyokimyasal testlerle karşılaştırmalar yapılmış,

Sonuçların MALDI-TOF ile benzer olduğu bulunmuş ve

Veteriner kliniklerinde bakteri tanımlamak için hızlı ve güvenilir bir yöntemdir denilmiştir.

Çalışmada akut postoperatif endoftalmi hastalarında toplanan vitreus örneklerinden izole edilen 45 bakteri suşunun % 96'sını tanımlamışlardır.

Bağlar ve şarap imalathaneleri arasından izole edilen mayaların MALDI-TOF MS veritabanı oluşturulmuş ve

Tür seviyesinde maya tanımlanması başarıyla gerçekleştirilmiş

Droplet digital PCR ile akciğer kanseri hastalarında plevral sıvı örnekleri ile EGFR mutasyon tanısını geliştirdi.

Formalinle sabit parafine gömülü göğüs ve mide karsinom numunelerinde HER2 amplifikasyonunun ddPCR ile saptaması

‘’ddPCR , gerçek zamanlı PCR'ye kıyasla daha iyi saptama limiti göstermekle birlikte Düşük konsantrasyonda hedef bakterilerin miktarının belirlenmesinde umut verici bir yöntemdir’’

2018 Şüpheli kanserli hastalarda mitokondrial DNA kopya sayısının iyi optimize edilmiş bir ddPCR yöntemi ile nicelendirilmesi yapılmıştır.

HIV tedavisine ortak bir yaklaşım, HIV ile enfekte olmuş hücrelerin yeniden etkinleştirilmesini içerir.

HIV'in transkripsiyonla yeniden

aktive edilmiş hücrelerini doğrudan ölçmek için tek hücre testi geliştirildi.

Gecikmeyi geciktirici ajanların HIV'in yeniden aktivasyonu üzerindeki tek hücreli etkileri heterojendir.

Toplu hücre ile ilişkili HIV RNA

seviyeleri RNA üreten hücrelerin sayısından farklıdır.

Test, hedef hücre tanımlamasını

takiben genomik DNA ve mRNA'nın tek hücreli kantifikasyonuna izin verir.

Standart eğriye ihtiyaç duymadan balık dokusu örneklerinde IHNV yüklerini ölçmek için ddPCR‘ı kullanmışlardır

Tür teşhisi çalışmalarında

GDO Tespiti

Patojenik Escherichia coli O157 ve Listeria monocytogene'in eş zamanlı tespiti

Uzman Dr. Hatice Karadeniz

Serum,

plazma,

İdrar,

Ter,

Tükürük

Örnek (Sıvı veya katı)

Deiyonize su

ile Ultrasonik

Ekstraksiyon

İyon

Kromatografisi

Anyonlar: F-, Cl-, NO2-, NO3

-, SO42-, Br-, PO4

3-

Katyonlar: Ca+2, Mg+2, Na+, K+, Li+, NH4+

Serum,

plazma,

İdrar,

Ter,

Tükürük

Beyin Omurilik sıvısı

isi

Nükleer Magnetik Resonans Spektroskopisi

1H

13C

15N

19F

31P